Merge remote-tracking branch 'origin/master' into core-updates

doc: Fix typo.

* doc/guix.texi (Desktop Services): "orMATE" --> "or MATE".

gnu: gcc: Fix cross-compilation to GNU/Hurd.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-configure-flags-for-triplet): Return
"--disable-libcilkrts" when TARGET matches "-gnu".

gnu: guile-static: Reuse the existing phases.

This is a followup to 33c3a214a4194a34b534bccf76bdd05db8ee565b.

* gnu/packages/make-bootstrap.scm (%guile-static)[arguments]: Use
'substitute-keyword-arguments'.  Honor the existing phases.

build: dub-build-system: Make builds reproducible.

* guix/build/dub-build-system.scm (build): Make reproducible.
(check): Make reproducible.

gnu: services: Add MATE desktop service.

* gnu/services/desktop.scm (<mate-desktop-configuration>,
mate-desktop-service-type): New variable.
(mate-desktop-service): New public variable.

* doc/guix.texi (Desktop Services): Document the service.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: mate: Add more packages.

* gnu/packages/mate.scm (mate)[inputs]: Add "mate-user-guide", "mate-calc", "mate-backgrounds",
"mate-netbook", "hicolor-icon-theme", "mate-utils", "engrampa", "eom", "mate-polkit",
"mate-system-monitor", "mate-utils", "pluma", "atril".

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add mate-polkit.

* gnu/packages/mate.scm (mate-polkit): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add mate-system-monitor.

* gnu/packages/mate.scm (mate-system-monitor): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add pluma.

* gnu/packages/mate.scm (pluma): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add engrampa.

* gnu/packages/mate.scm (engrampa): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add eom.

* gnu/packages/mate.scm (eom): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add mate-utils.

* gnu/packages/mate.scm (mate-utils): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add mate-screensaver.

* gnu/packages/mate.scm (mate-screensaver): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add mate-netbook.

* gnu/packages/mate.scm (mate-netbook): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add libfakekey.

* gnu/packages/xdisorg.scm (libfakekey): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add mate-icon-theme-faenza.

* gnu/packages/mate.scm (mate-icon-theme-faenza): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add mate-common.

* gnu/packages/mate.scm (mate-common): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add mate-backgrounds.

* gnu/packages/mate.scm (mate-backgrounds): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add mate-calc.

* gnu/packages/mate.scm (mate-calc): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add atril.

* gnu/packages/mate.scm (atril): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: caja: Add native-search-paths.

* gnu/packages/mate.scm (caja)[native-search-paths]: Add it.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add caja-extensions.

* gnu/packages/mate.scm (caja-extensions): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: mate-session-manager: Configure with with elogind support.

* gnu/packages/mate.scm (mate-session-manager)[arguments]: Add '--enable-elogind'
to configure-flags.
(phases): Add 'pre-configure' phase.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add mate-user-guide.

* gnu/packages/mate.scm (mate-user-guide): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: youtube-dl: Update to 2017.12.31.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2017.12.31.

gnu: edi: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/enlightenment.scm (edi): Update to 0.6.0.
[source]: Download from enlightenment's website.
[tests]: Disable tests.
[native-inputs]: Remove check, lcov.

gnu: Add emacs-php-mode.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-php-mode): New variable.

gnu: linux-libre: Update to 4.14.10.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.14.10.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.73.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.73.

gnu: gtk+: Enable broadway backend.

* gnu/packages/gtk.scm (gtk+)[arguments]: Add "--enable-broadway-backend"
to #:configure-flags.

gnu: borg: Update to 1.1.4.

* gnu/packages/backup.scm (borg): Update to 1.1.4.
[source]: Remove obsolete patch.  Remove bundled lz4 and zstd.
[inputs]: Add zstd.
[arguments]: Build with input versions of lz4 and zstd.
* gnu/packages/patches/borg-fix-archive-corruption-bug.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: youtube-dl: Update to 2017.12.28.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2017.12.28.

gnu: python-lit: Fix tests.

* gnu/packages/check.scm (python-lit)[native-inputs]: Add python-pytest.

gnu: tremc: Update to 0.9.0-2.e06d08d.

* gnu/packages/bittorrent.scm (tremc): Update to 0.9.0-2.e06d08d.
[build-system]: Switch to the gnu-build-system.
[arguments]: Adjust accordingly.

gnu: guile@2.2: Fix cross-compilation.

Previously it would fail with:

    GUILEC language/elisp/boot.go
  [...]
  In language/bytecode/spec.scm:
      28:15  2 (bytecode->value #vu8(127 69 76 70 1 1 1 255 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 52 0 0 0 24 ?) ?)
  In unknown file:
     1 (load-thunk-from-memory #vu8(127 69 76 70 1 1 1 255 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 52 0 0 ?))
  In ice-9/boot-9.scm:
     752:25  0 (dispatch-exception _ _ _)

  ice-9/boot-9.scm:752:25: In procedure dispatch-exception:
  In procedure load-thunk-from-memory: No such file or directory

* gnu/packages/guile.scm (guile-2.2)[arguments]: New field.

gnu: mesa: Add radeon vulkan driver support for i686-linux.

* gnu/packages/gl.scm (mesa)[arguments]: Add "--with-vulkan-drivers" on
i686-linux. Change Vulkan comments and TODO to reflect the changes.

gnu: rage: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/enlightenment.scm (rage): Update to 0.3.0.
[build-system]: Switch to meson build system.

tests: networking: Add tests for Open vSwitch.

* gnu/tests/networking.scm (openvswitch-configuration-service,
%openvswitch-os): New variables.
(setup-openvswitch, run-openvswitch-test): New procedures.
(%test-openvswitch): New public variable.

services: networking: Add a dependency override mechanism to <static-networking>.

* gnu/services/networking.scm (<static-networking>)[requirement]: New field.
(static-networking-shepherd-service): Don't override requirement for loopback.
(static-networking-service): Expose 'requirement' parameter.  Default to UDEV.
* gnu/services/base.scm (%base-services): Add (requirement '()) for loopback service.
* doc/guix.texi (Networking Services): Document it.

gnu: ledger-agent: Escape '@' symbols in description.

Fixes a Texinfo syntax error introduced in d596fea5fd6cbcd98f1bc185817f2ae9d82060a9.
Reported by Fis Trivial in <https://bugs.gnu.org/29879>.

* gnu/packages/finance.scm (ledger-agent)[description]: Escape '@'.

hydra: Do not cross-build from non-Intel platforms.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (hydra-jobs)[cross-jobs](pointless?):
Return #t on non-Intel.

gnu: coreutils: Fix cross-compilation.

Previously cross-compiling coreutils would fail with:

  aarch64-linux-gnu-gcc   -Os -g0 -Wl,--as-needed -static -pthread -o src/uptime src/uptime.o src/libver.a lib/libcoreutils.a  lib/libcoreutils.a
  /gnu/store/hk8615wmmzk28k5z06g69jm6vbhc8lgk-glibc-cross-aarch64-linux-gnu-2.26.105-g0890d5379c-static/lib/libc.a(mktime.o): In function `__mktime_internal':
  /tmp/guix-build-glibc-cross-aarch64-linux-gnu-2.26.105-g0890d5379c.drv-0/glibc-2.26-105-g0890d5379c/time/mktime.c:353: multiple definition of `__mktime_internal'
  lib/libcoreutils.a(mktime.o):mktime.c:(.text+0x214): first defined here
  collect2: error: ld returned 1 exit status

* gnu/packages/base.scm (coreutils)[arguments]: Add #:configure-flags
when cross-compiling.

gnu: mesa: Add pl111 driver support for aarch64.

* gnu/packages/gl.scm (mesa)[arguments]: Build the pl111 gallium driver.

gnu: mesa: Add TODO about Vulkan drivers on i686-linux.

* gnu/packages/gl.scm (mesa)[arguments]: Add TODO about building Mesa with
Vulkan drivers enabled on i686-linux.

gnu: lynx: Update to 2.8.9dev.16 [fixes CVE-2017-1000211].

* gnu/packages/web-browsers.scm (lynx): Update to 2.8.9dev.16.
[arguments]: Patch the path of the shell in the translations makefile.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.9-30.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.9-30.

gnu: qemu: Update home-page.

* gnu/packages/virtualization.scm (qemu)[home-page]: Update URL.

gnu: qemu: Add wrapper for Samba.

* gnu/packages/virtualization.scm (qemu)[arguments]: Change #:configure-flags to
a list, add --smbd flag. Add 'create-samba-wrapper phase.

gnu: Add keepkey-agent.

* gnu/packages/finance.scm (keepkey-agent): New variable.

gnu: Add python-keepkey.

* gnu/packages/finance.scm (python-keepkey, python2-keepkey): New variables.

gnu: emacs-guix: Update to 0.3.4.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-guix): Update to 0.3.4.

gnu: Add missing copyright line.

* gnu/packages/ruby.scm: Add missing copyright line for commit f90c25c.

gnu: guix: Update snapshot to f76ff984.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to f76ff984.

gnu: Add trezor-agent.

* gnu/packages/finance.scm (trezor-agent): New variable.

gnu: Add ledger-agent.

* gnu/packages/finance.scm (ledger-agent): New variable.

gnu: Add python-trezor.

* gnu/packages/finance.scm (python-trezor, python2-trezor): New variables.

gnu: Add python-ledgerblue.

* gnu/packages/finance.scm: Import (gnu packages libusb).
(python-ledgerblue, python2-ledgerblue): New variables.

gnu: Add python-hidapi.

* gnu/packages/libusb.scm (python-hidapi, python2-hidapi): New variables.

gnu: ceph: Disable tests.

* gnu/packages/storage.scm (ceph): Disable tests due to
<https://bugs.gnu.org/29674>.

gnu: mlt: Fix license.

mlt is built with '--enable-gpl3', so the license is gpl3.

* gnu/packages/video.scm (mlt)[license]: Change license to gpl3.

gnu: mlt: Add ffmpeg support.

* gnu/packages/video.scm (mlt)[inputs]: Add ffmpeg.

gnu: Add ruby-org-ruby.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-org-ruby): New variable.

gnu: Add ruby-rubypants.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-rubypants): New variable.

gnu: qgpgme: Make GnuPG available while building.

This is a followup to commit b3ecb3fe8d4a947a7807018647616f95532df3ac.

* gnu/packages/gnupg.scm (qgpgme)[native-inputs]: Add the native-inputs
of GPGME.

gnu: mesa: Update to 17.3.1.

* gnu/packages/gl.scm (mesa): Update to 17.3.1.
[inputs]: Remove s2tc.
[native-inputs]: Add python2-mako.
[arguments]: Add radeonsi to --with-gallium-drivers (exclude aarch64 and armhf).

gnu: xorg-server: Update to 1.19.6.

* gnu/packages/xorg.scm (xorg-server): Update to 1.19.6.

gnu: zathura: Remove superfluous inputs from dependents.

* gnu/packages/pdf.scm (zathura-cb, zathura-ps, zathura-djvu,
zathura-pdf-mupdf)[inputs]: Remove GTK+, which is propagated from GIRARA.
(zathura-pdf-poppler): Likewise.  Remove CAIRO which is propagated from ZATHURA.

gnu: zathura: Adjust inputs.

* gnu/packages/pdf.scm (zathura)[inputs]: Remove GTK+, which is propagated by
GIRARA.  Move GIRARA to ...
[propagated-inputs]: ... here.  Add CAIRO.

gnu: girara: Enable tests.

* gnu/packages/gtk.scm (girara)[native-inputs]: Add XORG-SERVER.
[arguments]: Add START-XSERVER phase.  Remove #:tests?.

gnu: girara: Correct inputs.

* gnu/packages/gtk.scm (girara)[native-inputs]: Add CHECK.
[propagated-inputs]: Add GTK+.
[inputs]: Remove.

gnu: zathura: Enable tests.

* gnu/packages/pdf.scm (zathura)[native-inputs]: Add CHECK and XORG-SERVER.
[arguments]: Remove #:tests?.  Add phase START-XSERVER.

gnu: zathura-pdf-poppler: Update to 0.2.8.

* gnu/packages/pdf.scm (zathura-pdf-poppler): Update to 0.2.8.

gnu: zathura-pdf-mupdf: Update to 0.3.2.

* gnu/packages/pdf.scm (zathura-pdf-mupdf): Update to 0.3.2.

gnu: zathura-djvu: Update to 0.2.7.

* gnu/packages/pdf.scm (zathura-djvu): Update to 0.2.7.

gnu: zathura-ps: Update to 0.2.5.

* gnu/packages/pdf.scm (zathura-ps): Update to 0.2.5.

gnu: zathura-cb: Update to 0.1.7.

* gnu/packages/pdf.scm (zathura-cb): Update to 0.1.7.

gnu: zathura: Update to 0.3.8.

* gnu/packages/pdf.scm (zathura): Update to 0.3.8.
[native-inputs]: Add GLIB:BIN.

gnu: girara: Update to 0.2.8.

* gnu/packages/gtk.scm (girara): Update to 0.2.8.
[native-inputs]: Add GLIB:BIN.

gnu: mujs: Update to 1.0.2.

* gnu/packages/javascript.scm (mujs): Update to 1.0.2.
[source]: Download over HTTPS.
[home-page]: Update to redirected URL.

gnu: libpipeline: Update to 1.5.0.

* gnu/packages/man.scm (libpipeline): Update to 1.5.0.

gnu: xf86-video-intel: Update snapshot to af6d8e9.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-intel): Update to 2.99.917-9-af6d8e9.

gnu: seabios: Update to 1.11.0.

* gnu/packages/firmware.scm (seabios): Update to 1.11.0.

gnu: Add Pioneer.

* gnu/packages/games.scm (pioneer): New variable.

gnu: python-pillow: Fix test failures on i686-linux and armhf-linux.

* gnu/packages/patches/python-pillow-fix-failing-tests.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/python.scm (python-pillow)[source]: Use it.

gnu: lollypop: Use meson-build-system, update to 0.9.306.

* gnu/packages/gnome.scm (lollypop) [origin]: Update version to 0.9.306,
download tarball from gitlab.
[build-system]: Use meson-build-system.
[arguments]: Remove phases for "pseudo meson build system".
[native-inputs]: Add glib:bin and gtk+:bin, remove ninja.
[inputs]: Remove gtk+ and meson.

gnu: Run some tests in the mongodb package check phase.

Previously the mongodb dbtests and unittests were only built, and not actually
run.

* gnu/packages/databases.scm (mongodb)[native-inputs]: Add python2-minimal,
  python2-pymongo and python2-pyyaml for running the resmoke.py program, and
  add tzdata as some tests fail without this.
  [arguments]: Run the tests through the resmoke.py script in the check phase,
  set TZDIR as a couple of tests seem to depend on this, add a comment about
  the resource requirements of the tests, as they require a large amount of
  disk space, and disable the async_stream_test, as it seems to hang.

gnu: Build wiredtiger with builtin compressors.

WiredTiger is used by MongoDB, and it seems to require it to be built with
builtin support for snappy compression.

* gnu/packages/databases.scm (wiredtiger)[arguments]: Replace --enable-zlib
  and --enable-snappy with --with-builtins=snappy,zlib.

Revert "gnu: qemu: Enable Samba support."

This reverts commit 84276503059d46c0a42240f8770f59090614d863.

gnu: vsearch: Update to 2.6.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (vsearch): Update to 2.6.2.

gnu: lookingglass: Update to a9.

* gnu/packages/virtualization.scm (lookingglass): Update to a9.

gnu: hexchat: Disable (duplicate) icon theme generation.

* gnu/packages/messaging.scm (hexchat): Disable (duplicate) icon theme
generation.

gnu: totem: Disable (duplicate) cache generation.

* gnu/packages/gnome.scm (totem): Disable (duplicate) cache generation.

gnu: mpv: Update to 0.28.0.

* gnu/packages/video.scm (mpv): Update to 0.28.0.
[inputs]: Change ffmpeg to ffmpeg-git, add wayland-protocols.

gnu: Add ffmpeg-git.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg-git): New variable.

gnu: qemu: Enable Samba support.

* gnu/packages/virtualization.scm (qemu)[arguments]: Change #:configure-flags to
a list, add --smbd flag.
[inputs]: Add samba.

gnu: icecat: Add more fixes from upstream mozilla-esr52.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source]: Add selected fixes from the
upstream mozilla-esr52 repository.
* gnu/packages/patches/icecat-bug-1414945.patch,
gnu/packages/patches/icecat-bug-1424373-pt2.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.

gnu: gpgme: Find the GnuPG executable in the environment.

This partially reverts commit 0e06bec250f34d (gnu: gpgme: Build with the
latest GnuPG) because it caused python-pygpgme and python2-pygpgme to
fail to build:

<https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2017-12/msg00371.html>

* gnu/packages/gnupg.scm (gpgme)[arguments]: Remove '--enable-fixed-path'
from #:configure-flags.
[inputs]: Move gnupg to native-inputs.

gnu: nginx-documentation: Fix typo in synopsis.

* gnu/packages/web.scm (nginx-documentation)[synopis]: Add missing article.

gnu: python-sqlalchemy-utils: Update to 0.32.21.

* gnu/packages/databases.scm (python-sqlalchemy-utils): Update to 0.32.21.