gnu: pciutils: Build fixes for the Hurd.

* gnu/packages/linux.scm (kmod)[supported-systems]: Remove the Hurd.
* gnu/packages/patches/pciutils-hurd-configure.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/pciutils.scm (pciutils): Use it.
[inputs]: Include kmod only for supported systems.

gnu: shadow: Add linux-pam dependency for the Hurd.

* gnu/packages/admin.scm (shadow): Also include linux-pam dependency
for the Hurd.

gnu: fontconfig: Build fix for the Hurd.

* gnu/packages/patches/fontconfig-hurd-path-max.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/fontutils.scm (fontconfig): Use it.

gnu: less: Build fix for the Hurd.

* gnu/packages/patches/less-hurd-path-max.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/less.scm (less): Use it.

daemon: Avoid kill -1 bug on the Hurd.

This allows for native builds on the Hurd, doing

    sudo ./pre-inst-env guix-daemon --disable-chroot --build-users-group=guixbuild &
    ./pre-inst-env guix build hello

* nix/libutil/util.cc (killUser)[__GNU__]: Avoid kill -1 bug; kill only
current process and ignore SIGKILL status in parent.

Co-authored-by: Jan Nieuwenhuizen <janneke@gnu.org>

daemon: Do not use clone on the Hurd.

Checking for CLONE_NEWNS is only needed for using tha Linux specific clone(2),
otherwise we can use fork(2).  Using clone on the Hurd needs some work, only
support LINUX for now.  See
https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2020-03/msg00190.html

* nix/libstore/build.cc (CHROOT_ENABLED): Break into CHROOT_ENABLED
and CLONE_ENABLED.
(DerivationGoal::startBuilder): Replace CHROOT_ENABLED with __linux__.
(DerivationGoal::runChild): Only define pivot_root() if SYS_pivot_root is
defined.

Co-authored-by: Jan Nieuwenhuizen <janneke@gnu.org>

gnu: hurd: Update to hurd-headers version: 0.9-91a51672.

* gnu/packages/patches/hurd-cross.patch: New file.
* gnu/packages/patches/hurd-fix-eth-multiplexer-dependency.patch: Remove
unused file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Update admin.
* gnu/packages/hurd.scm (hurd): Update to latest git master: version and
source from hurd-headers; Add hurd-cross patch.

gnu: commencement: glibc-final: Allow gnumach-headers references.

* gnu/packages/commencement.scm (glibc-final): Allow gnumach-headers-boot0
references for the Hurd.

gnu: commencement: gnumach-headers-boot0: Update to 1.8-116-g28b53508.

* gnu/packages/commencement.scm (gnumach-headers-boot0): Update to
1.8-116-g28b53508.

gnu: commencement: hurd-source: Update to latest git.

* gnu/packages/commencement.scm (hurd-source-version): Update to
0.9-229-ga1efcee8.
(hurd-source-boot0): Update url to updated lilypond tarball.

gnu: commencement: glibc-intermediate: Build fixes for the Hurd.

* gnu/packages/commencement.scm (glibc-intermediate): Configure with
--disable-werror, update pthreads workaround.

gnu: commencement: hurd-minimal-boot0: Build from tarball.

The 'hurd-minimal' package (via hurd-headers) now uses a git checkout and
added dependencies on autoconf, automake and teiinfo to build.  Using those in
commencement creates a bootstrap loop.  So, revert to a tarball release.

* gnu/packages/commencement.scm (hurd-minimal-boot0): Build from tarball;
remove autoconf, automake, texinfo bootstrap dependencies.

gnu: commencement: hurd-headers-boot0: Build from tarball.

The 'hurd-headers' package now uses a git checkout and added dependencies on
autoconf and automake to build.  Using those in commencement creates a
bootstrap loop.  So, revert to a tarball release.

* gnu/packages/commencement.scm (hurd-version-boot0, hurd-source-boot0): New
variable.
(hurd-headers-boot0): Use it to build from tarball; remove autoconf, automake,
texinfo bootstrap dependencies.

gnu: commencement: gnumach-headers-boot0: Build from tarball.

The 'gnumach-headers' package now uses a git checkout and added dependencies
on autoconf, automake and texinfo to build.  Using those in commencement
creates a bootstrap loop.  So, revert to a tarball release.

* gnu/packages/commencement.scm (gnumach-headers-boot0): Build from tarball;
remove autoconf, automake, texinfo bootstrap dependencies.

gnu: make: Support for the Hurd.

* gnu/packages/base.scm (gnu-make): Use fork/exec rather than posix_spawn on
the Hurd.  Also, add __alloca linkage workaround.

gnu: java-jansi-native: Compile fix for the Hurd.

* gnu/packages/java.scm (java-jansi-native): Add catch-all clause;
fixes running guix refresh.

gnu: bootstrap: Add support for the Hurd.

On 3342a1182b15ec031f0ec6f602fd96c1dca3d4b0
   gnu: make-bootstrap: Use _IOLBF on Guile 2.0 only.

Run
    ./pre-inst-env guix build --target=i586-pc-gnu bootstrap-tarballs --verbosity=1

Producing

    /gnu/store/lhca65c997pvic5cfrpm0dasniwqlg2a-bootstrap-tarballs-0

With guix hash -rx /gnu/store/lhca65c997pvic5cfrpm0dasniwqlg2a-bootstrap-tarballs-0

    07jnq2by98f2a45k8wd2gj62iazvwfa4z7p3w3id4m1g0fdsvc3b

* gnu/packages/bootstrap.scm (%bootstrap-executables): Add entries for the
Hurd.
(bootstrap-executable-url): Use lilypond url for the Hurd.
(bootstrap-guile-url-path): Likewise.
(bootstrap-guile-hash): Add entry for the Hurd.
(%bootstrap-coreutils&co): Likewise.
(%bootstrap-binutils): Likewise.
(%bootstrap-glibc): Likewise.
(%bootstrap-gcc): Likewise.
* guix/packages.scm (%supported-systems): Add i586-gnu.

Co-authored-by: Jan Nieuwenhuizen <janneke@gnu.org>

gnu: make-bootstrap: Use _IOLBF on Guile 2.0 only.

* gnu/packages/make-bootstrap.scm (%binutils-static-stripped, %gcc-stripped,
%bootstrap-tarballs)[arguments]: Wrap use of '_IOLBF' in 'cond-expand' and use
'line instead on Guile > 2.0.

gnu: bootstrap: Use fall-back mechanism for bootstrap-executables.

* gnu/packages/bootstrap.scm (%bootstrap-executable-base-urls): New variable.
Add lilypond.org url as a fall-back.
(bootstrap-executable-file-name): New function.
(bootstrap-executable): Use them to implement fall-back for donwloads of
bootstrap executables.

gnu: bootstrap: gcc-static: Use gcc-5.

* gnu/packages/make-bootstrap.scm (gcc-static): Use gcc-5.  This fixes
building libstdc++-boot0 with a newly built %bootstrap-gcc.
(%gcc-stripped): Likewise.
(gcc-for-bootstrap): Likewise.
* gnu/packages/patches/gcc-5-hurd.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/gcc.scm (gcc-5): Use it.

Revert "gnu: guile-static-stripped: Update to 2.2."

As discussed on IRC, keeping bootstrap Guile on 2.0 simplifies adding new
architectures and removes the need for parameterizing
gnu/packages/bootstrap.scm.

This reverts commit 2acfe022a740f79b593348cc6362cc4ee8f33bb4.

* gnu/packages/make-bootstrap.scm (%guile-static): Revert to guile-2.0.  Retain
build recipe.
* gnu/packages/patches/guile-relocatable.patch: Update for Guile 2.0.14.

gnu: cross-libc: Build fix for the Hurd.

This fixes cross building of coreutils, e.g.

    ./pre-inst-env guix build --target=i586-pc-gnu coreutils

* gnu/packages/cross-base.scm (cross-libc): Add -lhurduser, -lmachuser for the
Hurd.

gnu: glibc: Add signal SA_SIGINFO support for the Hurd.

* gnu/packages/patches/glibc-hurd-signal-sa-siginfo.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/base.scm (glibc): Use it.

gnu: glibc: Add clock patches for the Hurd.

* gnu/packages/patches/glibc-hurd-clock_t_centiseconds.patch: New file.
* gnu/packages/patches/glibc-hurd-clock_gettime_monotonic.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Update them.
* gnu/packages/base.scm (glibc): Use them.

gnu: hurd: Fix hurd-target?, add hurd-system?.

* gnu/packages/hurd.scm (hurd-target?): Bugfix; the arguments to
string-suffix? to test (%current-system) were transposed, always resulting
in #f.  Use hurd-triplet?.
(hurd-system?): New exported variable.

gnu: grub: Support for the Hurd.

* gnu/packages/virtualization.scm (qemu)[supported-systems]: Remove the Hurd.
* gnu/packages/linux.scm (mdadm)[supported-systems]: Likewise.
(lvm2)[supported-systems]: Likewise.
(fuse)[supported-systems]: Likewise.
* gnu/packages/patches/grub-verifiers-Blocklist-fallout-cleanup.patch:
New file
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/bootloaders.scm (grub): Use it.
[inputs, native-inputs]: Remove non-supported dependencies on non-supported
systems.  Fixes build for the Hurd.

gnu: GHC: Enable RUNPATH validation.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-7, ghc-8.0, ghc-8.4)[arguments]: Remove
 #:validate-runpath?.

gnu: ghc@8.0: Remove obsolete patch.

* gnu/packages/patches/ghc-dont-pass-linker-flags-via-response-files.patch:
Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/haskell.scm (ghc-8.0)[source](patches): Remove it.

gnu: ghc: Really disable test that fails with glibc 2.30 and later.

This follows up commit 2e9c43aa9adac2bd6bcf92373d1cf9f322afa5a3, which was
incomplete.  Fixes <https://bugs.gnu.org/39358>.

* gnu/packages/patches/ghc-testsuite-dlopen-pie.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.  Also use tabs instead
of spaces on surrounding patches.
* gnu/packages/haskell.scm (ghc-8.6)[native-inputs]: Add patch for
"ghc-testsuite".
[arguments]: Remove incomplete workaround for the same issue.

gnu: cross-gcc: Add a "lib" output.

Add a "lib" output to cross-gcc. This requires an upstream GCC patch adding
support for --with-toolexeclibdir configure option. This option allows to
install cross-built GCC libraries in a specific location.

This also fixes the computation of TOOLDIR_BASE_PREFIX, that fails when
/gnu/store/... directories are involved.

* gnu/packages/patches/gcc-7-cross-toolexeclibdir.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/cross-base.scm (cross-gcc)[source]: Apply it,
[outputs]: add a "lib" output,
(cross-gcc-snippet): fix TOOLDIR_BASE_PREFIX.

gnu: GHC: Disable test that fails with glibc 2.30 and later.

Fixes <https://bugs.gnu.org/39358>.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-8.6)[arguments]: Add substitution to disable
broken test.

gnu: ghc@8.4: Update to 8.4.4.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-8.4): Update to 8.4.4.

gnu: ghc@8.4: Remove redundant inputs.

Incidentally, this fixes a build failure where GHC's build processes fail to
link libffi and libgmp for 'ghc-cabal'.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-8.4)[inputs]: Remove BINUTILS, GCC, and
MAKE-LD-WRAPPER.
[arguments]: Adjust accordingly.

Merge branch 'master' into core-updates

gnu: linux-libre: Update to 5.4.27.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.27.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.112.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.112.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.174.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.174.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.217.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.217.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.217.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4-version): Update to 4.4.217.
(linux-libre-4.4-pristine-source): Update hash.

gnu: ghc-stylish-haskell: Deprecate older duplicate package.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-stylish-haskell): Deprecate it.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: stylish-haskell: Update description.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (stylish-haskell): Update description.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add r-oai.

* gnu/packages/cran.scm (r-oai): new variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add r-latex2exp.

* gnu/packages/cran.scm (r-latex2exp): new variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add r-httpcode.

* gnu/packages/cran.scm (r-httpcode): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: global: Add 'python-wrapper' as input.

* gnu/packages/code.scm (global)[inputs]: Add 'python-wrapper' to fix
tagging python code.

Revert "gnu: Remove qemu-minimal@2.10."

This package was still in use by american-fuzzy-lop.

This reverts commit 559f37328851fc1ae1d90f27fab7beff3d804421.

gnu: gpgme: Fix build.

Reported by joshuaBPMan on #guix.

* gnu/packages/gnupg.scm (gpgme)[arguments]: Add ‘disable-failing-test’ phase.

gnu: python-pygraphviz: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/graphviz.scm (python-pygraphviz)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: python-tables: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-tables)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: python-future: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-future)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: python-scrypt: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-scrypt)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: python-scikit-learn: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/machine-learning.scm (python-scikit-learn)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: python2-pyro: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-pyro)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: python2-element-tree: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-element-tree)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: python-cheetah: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-cheetah)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: python-kivy: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-kivy)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: Add gnome-shell-extension-topicons-redux.

* gnu/packages/gnome-xyz.scm (gnome-shell-extension-topicons-redux): New
variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: ghc-extra: Downgrade to 1.6.21.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-extra): Downgrade to 1.6.21.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Remove qemu-minimal@2.10.

* gnu/packages/virtualization.scm (qemu-minimal-2.10): Remove variable.

gnu: Remove flex@2.6.1.

* gnu/packages/flex.scm (flex-2.6.1): Remove variable.

gnu: GRUB: Use the latest version of QEMU for tests.

* gnu/packages/bootloaders.scm (grub)[native-inputs]: Change from
QEMU-MINIMAL-2.10 to QEMU-MINIMAL.

gnu: GRUB: Build with the latest version of Flex.

* gnu/packages/bootloaders.scm (grub)[native-inputs]: Change from FLEX-2.6.1
to FLEX.

gnu: python-grpcio: Update to 1.27.2.

* gnu/packages/rpc.scm (python-grpcio): Update to 1.27.2.
[source](modules, snippet): New fields.
[arguments]: Add phases to use system libraries and the correct compiler.
[inputs]: Add C-ARES, OPENSSL, and ZLIB.

gnu: TensorFlow: Correct gRPC input.

* gnu/packages/machine-learning.scm (tensorflow)[native-inputs]: Move
GRPC:STATIC ...
[inputs]: ... here.

gnu: gRPC: Update to 1.27.3.

* gnu/packages/rpc.scm (grpc): Update to 1.27.3.
[arguments]: Add "-DgRPC_ABSL_PROVIDER=package" in #:configure-flags.
[inputs]: Add ABSEIL-CPP.
(grpc-1.16.1): New public variable.
* gnu/packages/hyperledger.scm (hyperledger-iroha)[inputs]: Change from GRPC
to GRPC-1.16.
* gnu/packages/machine-learning.scm (tensorflow)[native-inputs, inputs]: Likewise.

gnu: python-gast: Update to 0.3.3.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-gast): Update to 0.3.3.

gnu: go-gopkg.in-mgo.v2: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/databases.scm (go-gopkg.in-mgo.v2)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: lua5.2-expat: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/lua.scm (lua5.2-expat)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: git-test-sequence: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/version-control.scm (git-test-sequence)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: ogre: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/graphics.scm (ogre)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: ruby-sequel: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-sequel)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: ruby-rspec: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-rspec)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: opencl-clhpp: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/opencl.scm (opencl-clhpp)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: gnupg: Update to 2.2.20 [security fix].

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg): Update to 2.2.20.

gnu: Add emacs-objed.

*gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-objed): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: blktrace: Update to db4f634.

* gnu/packages/linux.scm (blktrace): Update to db4f634.
[revision]: Increment variable.
[patches]: Remove variable.
* gnu/packages/patches/blktrace-use-rmtree.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: coreutils: Improve description.

* gnu/packages/base.scm (coreutils): Improve description and state that there
is no shell included.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: Add r-boa.

* gnu/packages/cran.scm (r-boa): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add r-crochet.

* gnu/packages/cran.scm (r-crochet): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add hash-extender.

* gnu/packages/crypto.scm (hash-extender): New variable.
* gnu/packages/patches/hash-extender-test-suite.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register the new file.

gnu: python-grpcio: Move to (gnu packages rpc).

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-grpcio): Move from here ...
* gnu/packages/rpc.scm (python-grpcio): ... to here.

gnu: gRPC: Move to (gnu packages rpc).

* gnu/packages/machine-learning.scm (grpc): Move to ...
* gnu/packages/rpc.scm: ... here.  New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Adjust accordingly.
* gnu/packages/hyperledger.scm: Adjust module imports.

gnu: python-language-server: Build with python-jedi@0.15.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-language-server)[propagated-inputs]:
Remove PYTHON-JEDI.  Add PYTHON-JEDI-0.15.
(python-jedi-0.15, python-parso-0.5): New public variables.

gnu: python-django: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/django.scm (python-django)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: python2-s3cmd: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-s3cmd)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: rsync: Use system zlib and popt libraries.

Reduce our likelihood of contracting security bugs at the expense of
compression ratio (in some cases) and compatibility with rsync≤3.1.1.

rsync@3.1.2 was released in 2014.  Time to upgrade your CentOS box.

* gnu/packages/rsync.scm (rsync)[inputs]: Add popt and zlib.
[arguments]: Use them.

gnu: perl-archive-zip: Update to 1.68.

* gnu/packages/perl-compression.scm (perl-archive-zip): Update to 1.68.

gnu: guile3.0-syntax-highlight: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile3.0-syntax-highlight)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: guile-rsvg: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/gtk.scm (guile-rsvg)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: hdf-eos2: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/maths.scm (hdf-eos2)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: ruby-omniauth: Update to 1.9.1.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-omniauth): Update to 1.9.1.

gnu: Use ‘license:’ prefix in (gnu packages libreoffice).

* gnu/packages/libreoffice.scm: Import (guix licenses) with a #:prefix
and adjust all callers.

gnu: r-maptools: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/cran.scm (r-maptools)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: ocaml-sedlex: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-sedlex)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: ocaml-tsdl: Update to 0.9.7.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-tsdl): Update to 0.9.7.
[native-inputs]: Remove ocaml-ocb-stubblr.
[inputs]: Remove ocaml-result.

gnu: ocaml-tsdl: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-tsdl)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: sbcl-parse-number: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-parse-number)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: sbcl-parse-js: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-parse-js)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: sbcl-cl+ssl: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl+ssl)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: cl-jonathan: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-jonathan)[home-page]: Use HTTPS.