gnu: libxkbfile: Update to 1.0.9.

* gnu/packages/xorg.scm (libxkbfile): Update to 1.0.9.

gnu: libxdmcp: Update to 1.1.2.

* gnu/packages/xorg.scm (libxdmcp): Update to 1.1.2.

gnu: libfs: Update to 1.0.7.

* gnu/packages/xorg.scm (libfs): Update to 1.0.7.

gnu: libfontenc: Update to 1.1.3.

* gnu/packages/xorg.scm (libfontenc): Update to 1.1.3.

gnu: libxshmfence: Update to 1.2.

* gnu/packages/xorg.scm (libxshmfence): Update to 1.2.

gnu: kbproto: Update to 1.0.7.

* gnu/packages/xorg.scm (kbproto): Update to 1.0.7.

gnu: iceauth: Update to 1.0.7.

* gnu/packages/xorg.scm (iceauth): Update to 1.0.7.

gnu: font-util: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/xorg.scm (font-util): Update to 1.3.1.

gnu: bdftopcf: Update to 1.0.5.

* gnu/packages/xorg.scm (bdftopcf): Update to 1.0.5.

gnu: libinput: Update to 1.1.902.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libinput): Update to 1.1.902.

gnu: libwacom: Propagate glib input.

* gnu/packages/xdisorg.scm (libwacom): Propagate glib input.

gnu: mesa: Update to 11.0.9.

* gnu/packages/gl.scm (mesa): Update to 11.0.9.

gnu-maintenance: Add X.org updater.

* guix/gnu-maintenance.scm (xorg-package?, latest-xorg-release): New
  private functions.
  (%xorg-updater): New public variable.

* guix/scripts/refresh.scm (%updaters): Add %xorg-updater.

* doc/guix.texi (Invoking guix refresh): Mention the new updater.

gnu: libvpx: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/video.scm (libvpx)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: libvpx: Update to 1.5.0.

* gnu/packages/video.scm (libvpx): Update to 1.5.0.

gnu: gst-plugins-base: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-plugins-base)[arguments]: Use
'modify-phases'.

gnu: Add gst-plugins-bad.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-plugins-bad): New variable.

gnu: gst-libav: Update to 1.6.3.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-libav): Update to 1.6.3.

gnu: gst-plugins-ugly: Update to 1.6.3.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-plugins-ugly): Update to 1.6.3.

gnu: gst-plugins-good: Update to 1.6.3.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-plugins-good): Update to 1.6.3.

gnu: gst-plugins-base: Update to 1.6.3.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-plugins-base): Update to 1.6.3.

gnu: gstreamer: Update to 1.6.3.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gstreamer): Update to 1.6.3.

gnu: pulseaudio: Update to 8.0.

* gnu/packages/pulseaudio.scm (pulseaudio): Update to 8.0.

gnu: r-topgo: Add missing input.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-topgo)[propagated-inputs]: Add
  "r-graph".

gnu: Add r-graph.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-graph): New variable.

gnu: Add r-org-mm-eg-db.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-org-mm-eg-db): New variable.

gnu: Add r-org-dm-eg-db.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-org-dm-eg-db): New variable.

gnu: Add r-org-ce-eg-db.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-org-ce-eg-db): New variable.

gnu: Add r-org-hs-eg-db.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-org-hs-eg-db): New variable.

Do not check package freshness during upgrade.

Fixes <http://bugs.gnu.org/22740>.
Reported by Andreas Enge <andreas@enge.fr>.

* gnu/packages.scm (waiting, ftp-open*, check-package-freshness): Remove.
* guix/scripts/package.scm (options->installable): Adjust accordingly.
* emacs/guix-main.scm (package->manifest-entry*): Likewise.

publish: Move 'query-path-info' call where it belongs.

* guix/scripts/publish.scm (narinfo-string): Remove 'path-info'
parameter and add 'store' parameter.  Call 'query-path-info'.
(render-narinfo): Adjust accordingly.

gnu: lsh: lshd now supports X11 forwarding.

Reported by myglc2 <myglc2@gmail.com>.

* gnu/packages/lsh.scm (lsh)[inputs]: Add XAUTH.
[arguments]: Modify 'XAUTH_PROGRAM' macro in 'server_x11.c'.

gnu: lsh: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/lsh.scm (lsh)[arguments]: Use 'modify-phases' instead of
'alist-cons-before'.

gnu: services: Install policies for polkit service.

* gnu/services/desktop.scm (polkit-etc-files): Add the polkit package
  itself to the list of packages to scan for .policy files.  This add
  support for pkexec.

mplayer: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/video.scm (mplayer)[arguments]: Use 'modify-phases'.
[source]: Use https.
[home-page]: Use https.

gnu: mplayer: Add codecs.

* gnu/packages/video.scm (mplayer)[inputs]: Add libass, libmpeg2,
  libvdpau, libx264, opus.

gnu: dropbear: Update to 2015.71.

* gnu/packages/ssh.scm (dropbear): Update to 2015.71.

gnu: guile-next: Set correct native search paths.

* gnu/packages/guile.scm (guile-next): Use the "2.2" directory for the
  load paths.

services: herd: Add missing newlines in error messages.

* gnu/services/herd.scm (report-action-error): Add missing newlines in
messages.

refresh: Remove unneeded import.

Reported by Leo Famulari <leo@famulari.name>
and Ben Woodcroft <b.woodcroft@uq.edu.au>
at <http://bugs.gnu.org/22752>.

* guix/scripts/refresh.scm: Remove unneeded and harmful import of (guix
import gem).

doc: Add example of VCS-snapshot version numbers.

* doc/guix.texi (Version Numbers): Add example for VCS version numbers.

gnu: Add xfce4-xkb-plugin.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-xkb-plugin): New variable.
  (xfce)[propagated-inputs]: Add it.

gnu: telepathy-logger: Disable parallel tests.

* gnu/packages/freedesktop.scm (telepathy-logger)[arguments]: Disable parallel
tests.

gnu: Add rdmd.

* gnu/packages/ldc.scm (rdmd): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: modem-manager: Use HTTPS URL.

* gnu/packages/freedesktop.scm (modem-manager)[source]: Use HTTPS URL.

gnu: mpd: Update to 0.19.12.

* gnu/packages/mpd.scm (mpd): Update t0 0.19.12.

gnu: ncmpcpp: Udate to 0.7.3.

* gnu/packages/mpd.scm (ncmpcpp): Update to 0.7.3.
[inputs]: Add icu4c.

gnu: ncmpcpp: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/mpd.scm (ncmpcpp)[arguments]: Use 'modify-phases'.

vm: Only pass "-enable-kvm" to qemu if /dev/kvm is present.

Fixes <http://bugs.gnu.org/22633>.

* gnu/build/vm.scm (load-in-linux-vm): Only pass "-enable-kvm" flag to qemu
  if "/dev/kvm" is present.
* gnu/system/vm.scm (common-kvm-options): Same as above.

gnu: pkg-config: Add non-HTTPS alternate URL.

* gnu/packages/pkg-config.scm (%pkg-config)[source]: Add non-HTTPS URL.

grafts: 'name' parameter of 'graft-derivation' is now optional.

* guix/grafts.scm (graft-derivation): Name 'name' a keyword parameter.
* guix/packages.scm (package-derivation, package-cross-derivation):
Adjust accordingly.
* tests/grafts.scm ("graft-derivation"): Likewise.
* tests/packages.scm ("package-derivation, indirect grafts"): Likewise.

derivations: Move grafts to (guix grafts).

* guix/derivations.scm (<graft>, graft-derivation, %graft?)
(set-grafting): Move to...
* guix/grafts.scm: ... here.  New file.
* guix/gexp.scm, guix/packages.scm, tests/packages.scm,
guix/scripts/build.scm: Use it.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
(SCM_TESTS): Add tests/grafts.scm.
* tests/derivations.scm ("graft-derivation"): Move to...
* tests/grafts.scm: ... here.  New file.

gnu: Remove python2-pyqt-4.

* gnu/packages/qt.scm (python2-pyqt-4): Delete variable. It depends on Qt 4,
  which does not receive security updates any more.

gnu: Remove KDE 4.

* gnu/packages/kde.scm (qjson): Move from here...
* gnu/packages/qt.scm (qjson): ...to here.
* gnu/packages/pumpio.scm: Drop inclusion of (gnu packages kde).
* gnu/packages/kde.scm: Delete file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Unregister it.
* gnu/packages/rdf.scm (soprano): Delete variable.

KDE 4 relies on Qt 4, which does not receive security updates any more.

gnu: python-patsy: Define 'python2-variant'.

* gnu/packages/statistics.scm (python-patsy)[properties]: New field.
(python2-patsy): Use 'strip-python2-variant'.

gnu: python-patsy: Update to 0.4.1.

* gnu/packages/statistics.scm (python-patsy, python2-patsy): Update to 0.4.1.

emacs: Do not allow a user to modify system profiles.

Fixes <http://bugs.gnu.org/22607>.
Reported by myglc2 <myglc2@gmail.com>.

Remove possibilities to install/delete packages to/from a system profile
both for "Package List" and "Package Info" buffers.

* emacs/guix-profiles.el (guix-system-profile-regexp): New variable.
(guix-system-profile?): New procedure.
* emacs/guix-ui-package.el (guix-package-info-insert-output): Do not
display "Install"/"Delete" button for a system profile.
(guix-package-assert-non-system-profile): New procedure.
(guix-package-execute-actions): Use it.

emacs: Set 'guix-buffer-item' before displaying entries.

* emacs/guix-buffer.el (guix-buffer-set): Set 'guix-buffer-item' early,
  so that it can be used during displaying entries.  For example, this
  allows us to use a value of the current guix profile when package
  entries are inserted in a "List" or "Info" buffer.

emacs: Add 'M-x guix-installed-{user/system}-packages'.

* emacs/guix-ui-package.el (guix-installed-user-packages)
(guix-installed-system-packages): New commands.
* doc/emacs.texi (Emacs Commands): Document them.

gnu: qemu: Add fixes for CVE-2015-8619, CVE-2016-1981, CVE-2016-2197.

* gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-8619.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2016-1981.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2016-2197.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-usb-ehci-oob-read.patch: New files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/qemu.scm (qemu)[source]: Add patches.

gnu: Add gnome-screenshot.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-screenshot): New variable.

gnu: libotf: Use mirror:// URL.

* gnu/packages/fontutils.scm (libotf): Use mirror://savannah URL.

gnu: c-ares: Update to 1.11.0.

* gnu/packages/adns.scm (c-ares): Update to 1.11.0.

gnu: parallel: Update to 20160122.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20160122.

gnu: python-acme: Generate and install documentation.

* gnu/packages/tls.scm (acme)[arguments]: Add 'docs' phase.
[native-inputs]: Add python-sphinx, python-sphinxcontrib-programoutput,
python-sphinx-rtd-theme, python-setuptools, texinfo.

gnu: letsencrypt: Generate and install documentation.

* gnu/packages/tls.scm (letsencrypt)[arguments]: Add 'docs' phase.
[native-inputs]: Add python2-sphinx, python2-sphinx-rtd-theme,
python2-sphinx-repoze-autointerface,
python2-sphinxcontrib-programoutput, texinfo.

gnu: Add python-sphinx-repoze-autointerface.

* gnu/packages/python.scm (python-sphinx-repoze-autointerface,
python2-sphinx-repoze-autointerface): New variables.

licenses: Add repoze license.

* guix/licenses.scm (repoze): New variable.

gnu: Add python-sphinxcontrib-programoutput.

* gnu/packages/python.scm (python-sphinxcontrib-programoutput,
python2-sphinxcontrib-programoutput): New variables.

gnu: python-apipkg: Remove unzip dependency.

Unzip was never used for this package.

* gnu/packages/python.scm (python-apipkg): Remove unzip dependency.

gnu: Add python-editor.

* gnu/packages/python.scm (python-editor, python2-editor): New variables.

gnu: Add python-translitcodec.

* gnu/packages/python.scm (python-translitcodec, python2-translitcodec):
  New variables.

gnu: Add python-celery.

* gnu/packages/python.scm (python-celery, python2-celery): New variables.

gnu: Add python-billiard.

* gnu/packages/python.scm (python-billiard, python2-billiard):
  New variables.

gnu: Add python-kombu.

* gnu/packages/python.scm (python-kombu, python2-kombu): New variables.

gnu: Add python-amqp.

* gnu/packages/python.scm (python-amqp, python2-amqp): New variables.

gnu: Add python-anyjson.

* gnu/packages/python.scm (python-anyjson, python2-anyjson): New variables.

gnu: Add python-webtest.

* gnu/packages/python.scm (python-webtest, python2-webtest):
  New variables.

gnu: Add python-pyquery.

* gnu/packages/python.scm (python-pyquery, python2-pyquery): New variables.

gnu: Add python-pastedeploy.

* gnu/packages/python.scm (python-pastedeploy, python2-pastedeploy):
  New variables.

gnu: Add python-wsgiproxy2.

* gnu/packages/python.scm (python-wsgiproxy2, python2-wsgiproxy2):
  New variables.

gnu: Add python-waitress.

* gnu/packages/python.scm (python-waitress, python2-waitress): New variables.

gnu: Add python-beautifulsoup4.

* gnu/packages/python.scm (python-beautifulsoup4, python2-beautifulsoup4):
  New variables.

gnu: Add python-pytest-xdist.

* gnu/packages/python.scm (python-pytest-xdist, python2-pytest-xdist):
  New variables.

gnu: Add python2-execnet.

* gnu/packages/python.scm (python2-execnet): New variable.

gnu: Add python2-apipkg.

* gnu/packages/python.scm (python2-apipkg): New variable.

gnu: Add python-alembic.

* gnu/packages/python.scm (python-alembic, python2-alembic): New variables.

download: Add 'url-fetch/tarbomb'.

Suggested by Federico Beffa.
Fixes <http://bugs.gnu.org/22676>.
Reported by Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>.

* gnu/packages/engineering.scm (broken-tarball-fetch): Remove.
(fastcap)[source](method): Use URL-FETCH/TARBOMB instead.
* gnu/packages/scheme.scm (broken-tarball-fetch): Remove.
(scmutils)[source](method): Use URL-FETCH/TARBOMB instead.
* guix/download.scm (url-fetch/tarbomb): New procedure, renamed from
'broken-tarball-fetch'.

doc: Add Texinfo HTML cross-reference file.

Fixes <http://bugs.gnu.org/22543>.

* doc/htmlxref.cnf: New file.
* doc.am (EXTRA_DIST): Add it.

gnu: icu4c: Fetch from sourceforge.

* gnu/packages/icu4c.scm (icu4c): Download via sourceforge mirrors.  The
  previous URL,
  http://download.icu-project.org/files/icu4c/55.1/icu4c-55_1-src.tgz,
  redirects to sourceforge, which then fails because that redirects to
  https and as the original URL didn't start with HTTPS, gnutls wasn't
  included in the downloader.

Update all sources from freedesktop.org to use https

* gnu/packages/xorg.scm:
* gnu/packages/xdisorg.scm:
* gnu/packages/video.scm:
* gnu/packages/tls.scm:
* gnu/packages/python.scm:
* gnu/packages/pulseaudio.scm:
* gnu/packages/polkit.scm:
* gnu/packages/pdf.scm:
* gnu/packages/libcanberra.scm:
* gnu/packages/gtk.scm:
* gnu/packages/gstreamer.scm:
* gnu/packages/gnome.scm:
* gnu/packages/glib.scm:
* gnu/packages/ghostscript.scm:
* gnu/packages/freedesktop.scm:
* gnu/packages/fontutils.scm: Update all sources hosted on freedesktop
  to fetch tarballs via https.  freedesktop.org appears to have updated
  recently to redirect all http to https.  As an exception, we leave
  pkg-config like it is, because pkg-config is needed to build gnutls,
  and without gnutls we can't download https URLs.

Revert "doc: Drop documentation of deprecated procedures."

This reverts commit f5c6e77a7f42e133df8c97d3b4798a11e6d58d06.

gnu: libx264: Update to 20160220-2245.

* gnu/packages/video.scm (libx264): Update to 20160220-2245.

gnu: xvid: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/video.scm (xvid)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: xvid: Update to 1.3.4.

* gnu/packages/video.scm (xvid): Update to 1.3.4.

linux-modules: Use normalized module names for 'modprobe.blacklist'.

* gnu/build/linux-modules.scm (normalize-module-name): New procedure.
(file-name->module-name): Use it.
(module-black-list): Expound docstring.

gnu: linux-libre: Update to 4.4.2.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to 4.4.2.

gnu: python-enum34: Remove python-setuptools from inputs.

* gnu/packages/python.scm (python-enum34)[inputs]: Remove
python-setuptools.

gnu: Don't use python-enum34 when building with python-3.4.

* gnu/packages/docker.scm (docker-compose)[inputs]: Remove python-enum34.
* gnu/packages/python.scm (python-parse-type)[inputs]: Likewise.
(behave)[inputs]: Likewise.
(python-cryptography)[propagated-inputs]: Likewise.
(python2-cryptography)[propagated-inputs]: Add python2-enum34.

gnu: Add python2-enum34.

* gnu/packages/python.scm (python2-enum34): New variable.