Revert "derivations: 'derivation-hash' assumes inputs are coalesced."

This reverts commit 1d008d9f8c44dfdb808235d451b72f255e72f103.
Reported by Rutger Helling <rhelling@mykolab.com>.
Fixes <https://bugs.gnu.org/29689>.

gnu: polyml: Update to 5.7.1.

* gnu/packages/sml.scm (polyml): Update to 5.7.1.

gnu: guile-gdbm-ffi: Install documentation.

* gnu/packages/guile.scm (guile-gdbm-ffi)[arguments]: Install README.md and
some examples.  Tidy up MKDIR-P calls.

gnu: gtksourceview: Update to 3.24.6.

* gnu/packages/gtk.scm (gtksourceview): Update to 3.24.6

vm: Use qemu drive device parameter.

* gnu/build/vm.scm (load-in-linux-vm): Use device parameter to define drive
  device.

gnu: cgit: Patch absolute file names.

* gnu/packages/version-control.scm (cgit): Patch absolute file names.

gnu: Add krita.

* gnu/packages/kde.scm (krita): New variable.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kkebreau@posteo.net>

doc: Fix typo.

* doc/guix.texi: Add missing ‘@*’ to copyright headers.

gnu: xfig: Update to 3.2.6a.

* gnu/packages/xfig.scm (xfig): Update to 3.2.6a.
[native-inputs]: Remove groff, imake, makedepend.  Add desktop-file-utils.
[inputs]: Remove libxmu and zlib.
[arguments]: Remove custom phases.  Add a ‘strip-bogus-exec-prefix’ phase.
Run the rudimentary test suite.

gnu: services: Add php-fpm.

* gnu/services/web.scm (<php-fpm-configuration>,
  <php-fpm-process-manager-configuration>): New record types.
  (php-fpm-configuration?,
   php-fpm-process-manager-configuration?,
   php-fpm-service-type,
   nginx-php-location): New procedures.
* doc/guix.texi (Web-Services): Document php-fpm service.
* gnu/tests/web.scm: Add php-fpm system test.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: meson: Update to 0.44.0.

* gnu/packages/build-tools.scm (meson): Update to 0.44.0

gnu: miniupnpc: Update to 2.0.20171212.

* gnu/packages/upnp.scm (miniupnpc): Update to 2.0.20171212.

gnu: global: Update to 6.6.

* gnu/packages/code.scm (global): Update to 6.6.

derivations: 'derivation-hash' assumes inputs are coalesced.

* guix/derivations.scm (derivation-hash): Remove
redundant 'coalesce-duplicate-inputs' call.

derivations: Use 'define-immutable-record-type' as appropriate.

This is a followup to dc673fa1131fb5d1e5ca29acb4a693cfb906986f.

* guix/derivations.scm (<derivation-output>, <derivation-input>): Use
'define-immutable-record-type'.

memoization: Profiling support keeps track of lookups and hits.

* guix/memoization.scm (<cache>): New record type.
(define-lookup-procedure, define-update-procedure): New macros.
(cache-ref, cacheq-ref, cache-set!, cacheq-set!): New procedures.
(cached/mv, cachedq/mv, cached, cachedq): Use them instead of 'hash-ref'
and 'hash-set!'.
(%make-hash-table*): When 'profiled?' returns true, return a <cache>
object.
(define-cache-procedure): Adjust to show cache lookups and hits.

memoization: Add profiling support.

* guix/memoization.scm (%memoization-tables): New variable.
(%make-hash-table*, show-memoization-tables): New procedures.
(make-hash-table*): New macro.
Add top-level call to 'register-profiling-hook!'.
(memoize): Adjust to pass the resulting procedure to
'make-hash-table*'.
(%mlambda): Likewise.

Add (guix profiling).

* guix/profiling.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
* guix/store.scm (record-operation): Use 'profiled?' and
'register-profiling-hook!'.

gnu: xfig, transfig: Update home pages.

* gnu/packages/xfig.scm (xfig, transfig)[home-page]: Use SourceForge.net.

gnu: Add uthash.

* gnu/packages/datastructures.scm (uthash): New public variable.

gnu: Add fbcat.

* gnu/packages/linux.scm (fbcat): New public variable.

gnu: Add snapscreenshot.

* gnu/packages/linux.scm (snapscreenshot): New public variable.

gnu: linux-libre: Update to 4.14.5.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.14.5.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.68.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.68.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.105.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.105.

gnu: whois: Update to 5.2.19.

* gnu/packages/networking.scm (whois): Update to 5.2.19.
[arguments]: Don't set HAVE_LIBIDN in 'setenv' phase; this is now autodetected.
[native-inputs]: Add PKG-CONFIG.

gnu: Remove ffmpeg@3.3.

The reason this was required was because of a regression in ffmpeg 3.4; see
<https://trac.ffmpeg.org/ticket/6775>.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-libav)[inputs]: Change FFMPEG-3.3 to FFMPEG.
* gnu/packages/video.scm (ffmpeg-3.3): Remove variable.

gnu: ffmpeg: Update to 3.4.1.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Update to 3.4.1.

gnu: Add cli-visualizer.

* gnu/packages/audio.scm (cli-visualizer): New variable.

services: web: Switch nginx related functions to use match-record.

As this is less prone to mistakes than match.

* gnu/services/web.scm (default-nginx-config, nginx-activation,
  nginx-shepherd-service): Switch from using match-lambda to match-record.

services: web: Add support for configuring the nginx server names hash.

The nginx service can fail to start if the server names hash bucket size is
too small, which can happen on some systems, and when using QEMU, depending on
the CPU.

* gnu/services/web.scm (<nginx-configuration>): Add
  server-names-hash-bucket-size and server-names-hash-bucket-max-size.
  (default-nginx-config): Add support for the new hash bucket size parameters.
  (nginx-service, nginx-activation): Pass the new hash bucket size parameters
  through to the default-nginx-config procedure.
* doc/guix.texi (Web Services): Document the new hash bucket size parameters.

services: web: Remove default certificate and key files for nginx.

If nginx is configured with a ssl-certificate file, and ssl-certificate-key,
it will fail to start unless these exist. To avoid this happening, change the
default to #f.

* gnu/services/web.scm (<nginx-server-configuration>)
  [ssl-certificate,ssl-certificate-key]: Set the defaults to #f.
* gnu/tests/web.scm (%nginx-servers): Remove redundant
  nginx-server-configuration fields.
* doc/guix.texi (Web Services): Update examples and documentation.

web: Don't error about missing ssl related files.

Erroring here prevents doing things like building a system using nginx on a
different machine from where it's intended to be deployed, or creating
containers and VMs that use the ssl-certificate parts of the nginx
configuration, without also getting these files to exist.

* gnu/services/web.scm (emit-nginx-server-config): Don't error on missing ssl
  related files.

gnu: cargo: Add file-name field to input sources.

* gnu/packages/rust.scm (cargo)[inputs]: Add 'file-name' field to all
source inputs.

gnu: rust: Add support for all platforms.

* gnu/packages/rust.scm (%rust-bootstrap-binaries): Add entries for all
platforms supported by Guix.
(rustc-bootstrap, cargo-bootstrap)[supported-systems]: Remove field.

gnu: %rust-bootstrap-binaries: Add missing catch-all entry.

* gnu/packages/rust.scm (%rust-bootstrap-binaries): Add missing
catch-all entry to prevent various errors in Guix.

gnu: Switch to using the version-major procedure.

* gnu/packages/audio.scm (ardour)[arguments]: Switch to using version-major.
  (hmmer)[source]: Switch to using version-major.
  (pidgin)[native-search-paths]: Switch to using version-major.
  (r-minimal)[source]: Switch to using version-major.

guix: utils: Add version-major.

* guix/utils.scm (version-major): New procedure.

gnu: Add afew.

* gnu/packages/mail.scm (afew): New variable.

gnu: Add emacs-diff-hl.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-diff-hl): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: skalibs: Fix non-reproducibility issue.

* gnu/packages/skarnet.scm (skalibs)[arguments]: In 'reproducible'
phase, insert a 'sort' call in "Makefile".

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-string-inflection.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-string-inflection): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-grep-a-lot.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-grep-a-lot): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-csv-mode.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-csv-mode): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-ws-butler.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ws-butler): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add i3lock-fancy.

* gnu/packages/wm.scm (i3lock-fancy): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add i3lock-color.

* gnu/packages/wm.scm (i3lock-color): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add gource.

* gnu/packages/version-control.scm (gource): New variable.

gnu: darktable: Add configure option

Revert "gnu: libinput: Update to 1.9.3."

This reverts commit 5f5083749c1ff2731e84fa7d8eea182ad45c18a5.

Ninja FTBFS on armhf-linux and thus cannot build libinput.

gnu: jemalloc: Fix tests for aarch64.

* gnu/packages/patches/jemalloc-arm-address-bits.patch: New patch.
* gnu/packages/jemalloc.scm (jemalloc)[source]: Use it.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

utils: Fix cond-expand for Guile 2.0.

* guix/build/download.scm (tls-wrap): Use 'guile-2.2' feature instead.

gnu: rust: Update rust to 1.22.1 and cargo to 1.23.0.

* gnu/packages/rust.scm (%rust-bootstrap-binaries-version): Update version.
(%rust-bootstrap-binaries): Use x86_64 rust bootstrap package for x86_64 build.
(%cargo-reference-project-file): Use specific file as "project" file when
patching rust vendored sources.
(%cargo-reference-hash): sha256 sum for %cargo-reference-project-file.
(rustc-bootstrap): Use bootstrap package with host architecture.
(cargo-bootstrap): Use bootstrap package with host architecture.
(rustc): Add new test dependency, fix build issues, use "./x.py" script for
build instead of "./configure".
(cargo): Update dependencies, patch shebangs for vendored sources
* gnu/packages/jemalloc.scm: Add jemalloc-4.5.0 release.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

ui: Display hints to resolve profile collisions.

Fixes <https://bugs.gnu.org/29255>.
Reported by Ben Sturmfels <ben@sturm.com.au>.

* guix/ui.scm (display-collision-resolution-hint): New procedure.
(call-with-error-handling): Call it upon '&profile-collistion-error'.

build-system/asdf: Use 'mlambda'.

* guix/build-system/asdf.scm (package-with-build-system): Use 'mlambda'
instead of 'memoize'.

gnu: youtube-dl: Update to 2017.12.10.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2017.12.10.

gnu: t1lib: Change how patched CVEs are listed.

* gnu/packages/fontutils.scm (t1lib)[source]: Change patch name.
[properties]: New field, register patched CVEs.
* gnu/packages/patches/CVE-2011-1552+CVE-2011-1553+CVE-2011-1554.patch:
Rename to CVE-2011-1552+.patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Change patch name.

lint: 'check-vulnerabilities' also checks package properties.

* guix/scripts/lint.scm (check-vulnerabilities): Also check for CVEs
listed as mitigated in the package properties.
* tests/lint.scm ("cve: known safe from vulnerability"): New test.

gnu: emacs-smartparens: Update to 1.11.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-smartparens): Update to 1.11.0.

gnu: git-modes: Rename to 'emacs-git-modes'.

* gnu/packages/emacs.scm (git-modes)[name]: Change to "emacs-git-modes".
(git-modes/old-name): New variable.

gnu: graphicsmagick: Update to 1.3.27.

* gnu/packages/patches/graphicsmagick-CVE-2017-11403+CVE-2017-14103.patch,
gnu/packages/patches/graphicsmagick-CVE-2017-12935.patch,
gnu/packages/patches/graphicsmagick-CVE-2017-12936.patch,
gnu/packages/patches/graphicsmagick-CVE-2017-12937.patch,
gnu/packages/patches/graphicsmagick-CVE-2017-13775.patch,
gnu/packages/patches/graphicsmagick-CVE-2017-13776+CVE-2017-13777.patch,
gnu/packages/patches/graphicsmagick-CVE-2017-14042.patch,
gnu/packages/patches/graphicsmagick-CVE-2017-14165.patch,
gnu/packages/patches/graphicsmagick-CVE-2017-14649.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.
* gnu/packages/imagemagick.scm (graphicsmagick): Update to 1.3.27.
[source](patches): Remove.

gnu: gstreamer: Update to 1.12.4.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gstreamer, gst-plugins-base, gst-plugins-good,
gst-plugins-ugly, gst-libav, python-gst): Update to 1.12.4.
(gst-plugins-bad): Likewise.
[arguments]: Remove #:phases.

gnu: notmuch: Update to 0.25.3.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch): Update to 0.25.3.

gnu: xapian: Update to 1.4.5.

* gnu/packages/search.scm (xapian, python-xapian-bindings): Update to 1.4.5.

gnu: picprog: Fix non-Intel support.

* gnu/packages/patches/picprog-non-intel-support.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/embedded.scm (picprog)[source]: Add patch.
[arguments]: Skip building the 'testport' binary.

gnu: Add picprog.

* gnu/packages/embedded.scm (picprog): New variable.

gnu: perl-sql-abstract: Update source uri.

* gnu/packages/databases.scm (perl-sql-abstract)[source]: Update source uri.

gnu: glpk: Update to 4.64.

* gnu/packages/maths.scm (glpk): Update to 4.64.

gnu: aspell-dict-en: Update to 2017.08.24-0.

* gnu/packages/aspell.scm (aspell-dict-en): Update to 2017.08.24-0.

gnu: aspell.scm: Alphabetize dictionaries.

* gnu/packages/aspell.scm: Reorder the dictionaries alphabetically.

gnu: gnurl: Use new download URL.

* gnu/packages/gnunet.scm (gnurl)[source]: Use mirror://gnu.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: neomutt: Update to 20171208.

* gnu/packages/mail.scm (neomutt): Update to 20171208.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: blists: Update to 2.0.

* gnu/packages/mail.scm (blists): Update to 2.0.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add emacs-robe.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-robe): New variable.

gnu: chez-scheme: Update to 9.5.

* gnu/packages/chez.scm (chez-scheme): Update to 9.5.
[arguments]: Add ‘patch-broken-documentation’ phase.

gnu: bedtools-2.18: Fix build.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bedtools-2.18)[arguments]: Restore custom
install phase.

Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

gnu: icecat: Fix CVE-2017-7843.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source]: Add upstream fix for
CVE-2017-7843.

gnu: linux-libre@4.1: Update to 4.1.47.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.1): Update to 4.1.47.

gnu: fvwm: Update to 2.6.7.

* gnu/packages/fvwm.scm (fvwm): Update to 2.6.7.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: libmicrohttpd: Update to 0.9.58.

* gnu/packages/gnunet.scm (libmicrohttpd): Update to 0.9.58.

doc: Fix typo.

* doc/guix.texi (Package Management): Fix typo.

gnu: wine64: Install libraries to /lib.

* gnu/packages/wine.scm (wine64)[arguments]: Remove inherited #:make-flags and
add new #:make-flags argument. #:configure-flags: Change LDFLAGS from /lib64
to /lib.

gnu: wine: Add more inputs.

* gnu/packages/wine.scm (wine)[inputs]: Add eudev, gst-plugins-base, libpcap
and v4l-utils.

gnu: Add qmpbackup.

* gnu/packages/virtualization.scm (qmpbackup): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: openmw: Update to 0.43.0.

* gnu/packages/game-development.scm (openmw): Update to 0.43.0.

gnu: Add virtualgl.

* gnu/packages/gl.scm (virtualgl): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

licenses: Add wxWindows 3.1 license.

* guix/licenses.scm (wxwindows3.1+): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: eolie: Update to 0.9.15.

* gnu/packages/gnome.scm (eolie): Update to 0.9.15.

gnu: keepassxc: Always install libraries to /lib.

* gnu/packages/password-utils.scm (keepassxc)[arguments]: Add #:configure-flags
argument to force installing libraries to /lib.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: openrct2: Always install libraries to /lib.

* gnu/packages/games.scm (openrct2)[arguments]: Add #:configure-flags argument
to force installing libraries to /lib.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-exwm: Update to 0.16.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-exwm): Update to 0.16.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: libinput: Update to 1.9.3.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libinput): Update to 1.9.3.
[build-system]: Switch to meson-build-system.
[arguments]: Disable documentation.
[native-inputs]: Add check and valgrind for tests.
(libinput-minimal)[native-inputs]: Add check, valgrind.
[arguments]: Disable libwacom, documentation and debug-gui.

gnu: xf86-input-wacom: Update to 0.35.0.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xf86-input-wacom): Update to 0.35.0.

gnu: libwacom: Update to 0.26.

* gnu/packages/xdisorg.scm (libwacom): Update to 0.26.

gnu: mpd: Update to 0.20.12.

* gnu/packages/mpd.scm (mpd): Update to 0.20.12.

scripts: All commands enable build hooks by default.

* guix/scripts/archive.scm (%default-options): Add 'build-hook?'.
* guix/scripts/copy.scm (%default-options): Likewise.
* guix/scripts/environment.scm (%default-options): Likewise.
* guix/scripts/pack.scm (%default-options): Likewise.
* guix/scripts/package.scm (%default-options): Likewise.
* guix/scripts/pull.scm (%default-options): Likewise.

gnu: certbot: Update to 0.20.0.

* gnu/packages/tls.scm (python-acme, certbot): Update to 0.20.0.

gnu: sddm: Remove obsolete workaround.

* gnu/packages/display-managers.scm (sddm)[arguments]: Remove obsolete
'fix-qml-include' phase.

gnu: re2: Update to 2017-12-01.

* gnu/packages/regex.scm (re2): Update to 2017-12-01.

gnu: libraw: Update to 0.18.6.

* gnu/packages/photo.scm (libraw): Update to 0.18.6.