gnu: mate-user-guide: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/mate.scm (mate-user-guide): Update to 1.24.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: mate-control-center: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/mate.scm (mate-control-center): Update to 1.24.0.
[inputs]: Add polkit.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: caja-extensions: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/mate.scm (caja-extensions): Update to 1.24.0.
[native-inputs]: Add xmllint provided by the libxml2 package.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: marco: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/mate.scm (marco): Update to 1.24.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: caja: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/mate.scm (caja): Update to 1.24.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: mate-panel: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/mate.scm (mate-panel): Update to 1.24.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: mate-media: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/mate.scm (mate-media): Update to 1.24.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: mate-applets: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/mate.scm (mate-applets): Update to 1.24.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: mate-menus: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/mate.scm (mate-menus): Update to 1.24.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: libmatekbd: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/mate.scm (libmatekbd): Update to 1.24.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: libmatemixer: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/mate.scm (libmatemixer): Update to 1.24.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: mate-settings-daemon: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/mate.scm (mate-settings-daemon): Update to 1.24.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: mate-session-manager: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/mate.scm (mate-session-manager): Update to 1.24.0.
[native-inputs]: Add now required libxcomposite.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: mate-terminal: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/mate.scm (mate-terminal): Update to 1.24.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: libmateweather: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/mate.scm (libmateweather): Update to 1.24.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: mate-desktop: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/mate.scm (mate-desktop): Update to 1.24.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: mate-icon-theme: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/mate.scm (mate-icon-theme): Update to 1.24.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

bournish: Prevent inlining of run-time support procedures.

On Guile 3, those procedures could be inlined, leading to
unbound-variable errors:

  scheme@(guile-user)> ,bournish
  Welcome to Bournish, a minimal Bourne-like shell!
  To switch back, type `,L scheme'.
  bournish@(guile-user)> ls
  ice-9/boot-9.scm:1669:16: In procedure raise-exception:
  Unbound variable: ls-command-implementation

Reported by Ricardo Wurmus.

* guix/build/bournish.scm (define-command-runtime): New macro.
(ls-command-implementation, wc-command-implementation)
(wc-l-command-implementation, wc-c-command-implementation): Use it
instead of 'define'.

nls: Add Tamil translation.

* po/guix/LINGUAS: Add 'ta'.
* po/guix/ta.po: New file.

gnu: docker: Provide version string to docker service.

Fixes <https://bugs.gnu.org/40368>.
Reported by Pierre Neidhardt <mail@ambrevar.xyz>.

* gnu/packages/docker.scm (docker)[configure]: Provide version string.
[install]: Install versioned binary.

gnu: emacs-sly-asdf: Update to 20200306.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-sly-asdf): Update to 20200306.

system: Add xterm to lightweight-desktop example.

That makes ratpoison more usable, for instance.

* gnu/system/examples/lightweight-desktop.tmpl (packages): Add XTERM.

gexp: 'lower-references' uses 'mapm/accumulate-builds'.

* guix/gexp.scm (lower-references): Use 'mapm/accumulate-builds' instead
of 'mapm'.

guix system: Use 'mapm/accumulate-builds'.

* guix/scripts/system.scm (perform-action): Use 'mapm/accumulate-builds'
instead of 'mapm'.

services: Accumulate builds for 'system' entries.

That way, more build requests are accumulated when running "guix system
build".

* gnu/services.scm (system-derivation): Use 'mapm/accumulate-builds'
rather than 'sequence'.

gnu: Add cramfs-tools.

* gnu/packages/linux.scm (cramfs-tools): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

ui: Clarify "dependencies changed".

Suggested by Leo Famulari <leo@famulari.name>.

* guix/ui.scm (show-manifest-transaction): Change to "dependencies or
package changed".

gnu: Add ccl-1.12.

* gnu/packages/lisp.scm (ccl-1.12): New variable.

gnu: nethack: Make some inputs native.

* gnu/packages/games.scm (nethack)[inputs]: Move flex & bison from here...
[native-inputs]: ...to this new field.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: mailutils: Make some inputs native.

* gnu/packages/mail.scm (mailutils)[inputs]: Move dejagnu from here...
[native-inputs]: ...to here.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: iwd: Make some inputs native.

* gnu/packages/networking.scm (iwd)[inputs]: Move libtool from here...
[native-inputs]: ...to here.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: darktable: Make some inputs native.

* gnu/packages/photo.scm (darktable)[inputs]: Move intltool, perl & pkg-config
from here...
[native-inputs]: ...to here.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: transmission: Install icons to the "gui" output.

* gnu/packages/bittorrent.scm (transmission)[arguments]: Move the "icons" and
  "pixmaps" folders to the "gui" output.  Previously, if the user only install
  the "gui" output, the icon would be missing.

gnu: openshot: Enable tests.

* gnu/packages/video.scm (openshot)[arguments]: Add custom 'check phase.

gnu: openshot: Upgrade to 2.5.1.

* gnu/packages/video.scm (openshot): Update to 2.5.1.
[source]: Add note about bundled libraries. Remove upstream rename
workaround.
[home-page]: Update to new home-page.

gnu: python-aiohttp: Enable tests

* gnu/packages/python-web.scm (python-aiohttp) [arguments]: Enable tests
[native-inputs] Add test dependencies [patches] Add test case patch
* gnu/packages/patches/python-aiohttp-3.6.2-no-warning-fail.patch: New file
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-pytest-forked

* gnu/packages/check.scm (python-pytest-forked): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gunicorn: Update to 20.0.4

* gnu/packages/python-web.scm (gunicorn) [version]: Update to 20.0.4
[arguments] Re-enable previously failing tests

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

grafts: Simplify access to store item references.

This is a followup to 710854304b1ab29332edcb76f3de532e0724c197.

This also slightly reduces the number of 'query-references' RPCs, for
instance from 176 to 166 from "guix build emacs -d".

* guix/grafts.scm (references-oracle): Remove.
(non-self-references): Remove 'references' parameter and add 'store'.
Add 'references*' procedure and use it instead of 'references'.  Adjust
caller accordingly.
(cumulative-grafts): Remove 'references' parameter and adjust caller
accordingly.

gnu: libavif: Update to 0.6.3.

* gnu/packages/image.scm (libavif): Update to 0.6.3.

gnu: netpbm: Install an unversioned library link.

* gnu/packages/netpbm.scm (netpbm)[arguments]: Symlink libnetpbm.so.*.*
to libnetpbm.so.

Reported by R Veera Kumar <vkor@vkten.in>.

gnu: Add gnome-chess

* gnu/packages/games.scm (gnome-chess): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: netpbm: Delete files natively.

* gnu/packages/netpbm.scm (netpbm)[arguments]: Delete files with
DELETE-FILE-RECURSIVELY instead of invoking ‘rm’.

gnu: netpbm: Use INVOKE.

* gnu/packages/netpbm.scm (netpbm)[arguments]: Substitute INVOKE
for SYSTEM*.

gnu: netpbm: Omit static libraries.

* gnu/packages/netpbm.scm (netpbm)[arguments]: Don't copy the static
libraries to the output.

gnu: openshot: Fix ‘color shift.png’ file name.

* gnu/packages/video.scm (openshot)[source]: Rename it to
‘colorshift.png’ in the snippet.

Reported by <znavko@disroot.org>.

gnu: emacs-spacemacs-theme: Update to f79c40fb241e204539fde97200abae91e828e585.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-spacemacs-theme): Update to
f79c40fb241e204539fde97200abae91e828e585.

gnu: emacs-all-the-icons: Update to 4.0.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-all-the-icons): Update to 4.0.1.

gnu: Add emacs-evil-leader.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-leader): New variable.

gnu: emacs-graphviz-dot-mode: Update to 0.4.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-graphviz-dot-mode): Update to 0.4.2.
[native-inputs]: Add emacs-company.
[description]: Fix typo.

gnu: Add perl-crypt-eksblowfish.

* gnu/packages/perl.scm (perl-crypt-eksblowfish): New variable.

gnu: Add qiv.

* gnu/packages/image-viewers.scm (qiv): New variable.

gnu: ungoogled-chromium: Update to 80.0.3987.162-0.516e2d9 [security fixes].

* gnu/packages/chromium.scm (%chromium-version): Set to 80.0.3987.162.
(%chromium-origin): Update hash.

gnu: r-biocworkflowtools: Update to 1.12.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocworkflowtools): Update to 1.12.1.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-mixomics: Update to 6.10.9.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-mixomics): Update to 6.10.9.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-cytoml: Update to 1.12.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cytoml): Update to  1.12.1.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-gofuncr: Update to 1.6.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-gofuncr): Update to 1.6.1.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-genomicinteractions: Update to 1.20.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-genomicinteractions): Update to 1.20.2.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-biomart: Update to 2.42.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biomart): Update to 2.42.1.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-genomeinfodb: Update to 1.22.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomeinfodb): Update to 1.22.1.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-forecast: Update to 8.12.

* gnu/packages/cran.scm (r-forecast): Update to 8.12.

gnu: r-rematch2: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-rematch2): Update to 2.1.1.

gnu: r-afex: Update to 0.27-2.

* gnu/packages/cran.scm (r-afex): Update to 0.27-2.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-fs: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-fs): Update to 1.4.0.
[propagated-inputs]: Remove r-rcpp.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-performance: Update to 0.4.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-performance): Update to 0.4.5.

gnu: r-heatmaply: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-heatmaply): Update to 1.1.0.

gnu: r-quantmod: Update to 0.4.17.

* gnu/packages/cran.scm (r-quantmod): Update to 0.4.17.

gnu: r-tinytex: Update to 0.21.

* gnu/packages/cran.scm (r-tinytex): Update to 0.21.

gnu: r-callr: Update to 3.4.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-callr): Update to 3.4.3.

gnu: r-sn: Update to 1.6-0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-sn): Update to 1.6-0.
[propagated-inputs]: Add r-quantreq.

gnu: r-gtools: Update to 3.8.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-gtools): Update to 3.8.2.

gnu: r-foreach: Update to 1.5.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-foreach): Update to 1.5.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-tibble: Update to 3.0.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-tibble): Update to 3.0.0.
[propagated-inputs]: Add r-ellipsis, r-lifecycle, r-magrittr, and r-vctrs.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: Add emacs-elf-mode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-elf-mode): New variable.

gnu: Add emacs-imenu-list.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-imenu-list): New variable.

gnu: Add emacs-evil-tmux-navigator.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-tmux-navigator): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: toot: Adjust custom phases.

* gnu/packages/mastodon.scm (toot)[arguments]: 'check is already run
after 'install so replace 'check rather than re-inserting it.

gnu: toot: Update to 0.25.2.

* gnu/packages/mastodon.scm (toot): Update to 0.25.2.

gnu: vim-asyncrun: Update to 2.7.1.

* gnu/packages/vim.scm (vim-asyncrun): Update to 2.7.1.

gnu: mpv-mpris: Switch to copy-build-system.

* gnu/packages/video.scm (mpv-mpris)[build-system]: Switch to
copy-build-system.
[arguments]: Add custom 'build phase before 'install phase.

gnu: mpv-mpris: Update to 0.4.

* gnu/packages/video.scm (mpv-mpris): Update to 0.4.

gnu: font-gnu-unifont: Update to 13.0.01.

* ngu/packages/fonts.scm (font-gnu-unifont): Update to 13.0.01.
[home-page]: Follow redirect.

gnu: emacs-discover-my-major: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-discover-my-major)[source]: Download
using git-fetch. Use new upstream URI.
[home-page]: Update to new home-page.

system: Move nanorc to XDG_CONFIG_HOME.

* gnu/system/shadow.scm (skeleton-directory): Move .nanorc to
.config/nano/nanorc.

gnu: mumi: Update to 0.0.0-11.0e9af8d.

* gnu/packages/mail.scm (mumi): Update to 0.0.0-11.0e9af8d.

gnu: Add libantlr3c.

* gnu/packages/java.scm (libantlr3c): New variable.

Co-authored by Maxim Cournoyer.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: mumi: Update to 0.0.0-10.f7d6a54.

* gnu/packages/mail.scm (mumi): Update to 0.0.0-10.f7d6a54.

gnu: git-annex: Update to 8.20200330.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (git-annex): Update to 8.20200330.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: gimp: Disable automatic update checking

* gnu/packages/gimp.scm (gimp)[arguments]: Disable update checking
in #:configure-flags.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: gnumach: Fix compilation.

* gnu/packages/hurd.scm (gnumach)[arguments]: Inherit arguments from
GNUMACH-HEADERS.
[native-inputs]: Add AUTOCONF, AUTOMAKE, and TEXINFO-4.

Revert "gnu: coreutils: Fix cross-compilation to i586-pc-gnu."

This reverts commit 67cbfeae30eb9b7c56145bf72582d71eea177370, which is
not longer necessary now that the 'ld.so' linker script of the cross
glibc contains "libhurduser.so libmachuser.so".

gnu: cross-libc: Build fix for the Hurd.

This fixes cross building of coreutils, e.g.

    ./pre-inst-env guix build --target=i586-pc-gnu coreutils

* gnu/packages/cross-base.scm (cross-libc): Add -lhurduser, -lmachuser for the
Hurd.

gnu: Add spandsp.

* gnu/packages/telephony.scm (spandsp): New variable.

Co-authored by Maxim Cournoyer.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: Add neverball

* gnu/packages/games.scm (neverball): New variable.

gnu: pam-krb5: Fix CVE-2020-10595.

* gnu/packages/patches/pam-krb5-CVE-2020-10595.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/admin.scm (pam-krb5)[source]: Use it.

gnu: python-pyyaml: Update to 5.3.1 [fixes CVE-2020-1747]

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pyyaml): Update to 5.3.1.

gnu: Add perl-class-mix.

* gnu/packages/perl.scm (perl-class-mix): New variable.

gnu: Add perl-params-classify.

* gnu/packages/perl.scm (perl-params-classify): New variable.

gnu: Add perl-devel-callchecker.

* gnu/packages/perl.scm (perl-devel-callchecker): New variable.

gnu: Add perl-dynaloader-functions.

* gnu/packages/perl.scm (perl-dynaloader-functions): New variable.