etc: snippets: Add new build systems to package snippet.

* etc/snippets/scheme-mode/guix-package: Add android-ndk-build-system and
scons-build-system as possibilities for the build-system field.

gnu: curl: Update replacement to 7.61.0 [fixes CVE-2018-0500].

* gnu/packages/curl.scm (curl)[replacement]: Update to 7.61.0.
(curl-7.60.0): Replace with ...
(curl-7.61.0): ... new variable.

Merge branch 'staging'

gnu: xapian: Fix notmuch test failure.

* gnu/packages/patches/xapian-revert-5489fb2f8.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/search.scm (xapian)[source](patches): Use it.

gnu: emacs-biblio: Add missing dependencies.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-biblio)[propagated-inputs]: Add emacs-seq,
  emacs-dash and emacs-let-alist.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: faba-icon-theme: Switch to meson-build-system.

* gnu/packages/gnome.scm (faba-icon-theme):
[build-system]: Switch to meson-build-system.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: faba-icon-theme: Update to 4.3.

* gnu/packages/gnome.scm (faba-icon-theme) Update to 4.3.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: moka-icon-theme: Update to 5.4.0.

* gnu/packages/gnome.scm (moka-icon-theme): Update to 5.4.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add go-gopkg-in-yaml-v2.

* gnu/packages/golang.scm (go-gopkg-in-yaml-v2): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add go-gopkg-in-check-v1.

* gnu/packages/golang.scm (go-gopkg-in-check-v1): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add go-github-com-gorhill-cronexpr.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-gorhill-cronexpr): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add go-github-com-docker-machine.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-docker-machine): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add go-github-com-docker-go-connections.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-docker-go-connections): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: mcron: Add 'schedule' action.

Inspired by
<https://lists.gnu.org/archive/html/help-guix/2018-07/msg00035.html>.

* gnu/services/mcron.scm (shepherd-schedule-action): New procedure.
(mcron-shepherd-services): Add 'actions' field.
* gnu/tests/base.scm (run-mcron-test)["schedule action"]: New test.
* doc/guix.texi (Scheduled Job Execution): Mention 'herd schedule'.

services: shepherd: Support custom actions.

* gnu/services/shepherd.scm (<shepherd-service>)[actions]: New field.
(<shepherd-action>): New record type.
(shepherd-service-file): Pass #:actions to 'make'.
* doc/guix.texi (Shepherd Services): Document custom actions.

gnu: emacs-helm-bibtex: Add emacs-ivy to inputs.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-helm-bibtex)[inputs]: Add emacs-ivy.

gnu: emacs-biblio: Add emacs-dash to inputs.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-biblio)[inputs]: Add emacs-dash.

import: hackage: Evaluate "-any" and "-none" version comparison operators.

* guix/import/cabal.scm (eval-cabal): Modify.
* tests/hackage.scm (test-cabal-4): New variable and test.
(test-cabal-5): New variable and test.
(test-cabal-6): New variable and test.

gnu: Syncthing: Fix a crash bug.

* gnu/packages/patches/syncthing-fix-crash.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/syncthing.scm (syncthing)[source]: Use it.

gnu: Add quaternion.

* gnu/packages/messaging.scm (quaternion): New variable.

gnu: Add libqmatrixclient.

* gnu/packages/messaging.scm (libqmatrixclient): New variable.

gnu: psmisc: Update to 23.1.

* gnu/packages/linux.scm (psmisc): Update to 23.1.
[source](uri): Use XZ-compressed tarball.

gnu: unbound: Update to 1.7.3.

* gnu/packages/dns.scm (unbound): Update to 1.7.3.

gnu: php: Build with an older oniguruma.

* gnu/packages/textutils.scm (oniguruma-5): New public variable.
* gnu/packages/php.scm (php)[inputs]: Change ONIGURUMA to ONIGURUMA-5.

gnu: iso-codes: Update home page.

* gnu/packages/iso-codes.scm (iso-codes)[home-page]: Change to salsa.debian.org.

gnu: oniguruma: Update to 6.8.2.

* gnu/packages/textutils.scm (oniguruma): Update to 6.8.2.

gnu: lsof: Return #t from all phases.

* gnu/packages/lsof.scm (lsof)[arguments]: Return #t from phases.

gnu: lsof: Update to 4.91.

* gnu/packages/lsof.scm (lsof): Update to 4.91.

gnu: xf86-input-libinput: Update to 0.28.0.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-input-libinput): Update to 0.28.0.

gnu: ldb: Downgrade to 1.3.3.

LDB 1.4 and above does not support Samba < 4.9; see
<https://bugzilla.samba.org/show_bug.cgi?id=13519>.

* gnu/packages/samba.scm (ldb): Downgrade to 1.3.3.
[inputs]: Remove LMDB.
[arguments]: Remove #:tests.

gnu: tdb: Update to 1.3.16.

* gnu/packages/databases.scm (tdb): Update to 1.3.16.

gnu: tevent: Update to 0.9.37.

* gnu/packages/samba.scm (tevent): Update to 0.9.37.

gnu: talloc: Update to 2.1.14.

* gnu/packages/samba.scm (talloc): Update to 2.1.14.

gnu: python-pyyaml: Update to 3.13.

* gnu/packages/python.scm (python-pyyaml): Update to 3.13.

gnu: appstream-glib: Update to 0.7.10.

* gnu/packages/glib.scm (appstream-glib): Update to 0.7.10.

gnu: libzip: Update to 1.5.1.

* gnu/packages/compression.scm (libzip): Update to 1.5.1.
[build-system]: Switch to CMAKE-BUILD-SYSTEM.

gnu: rng-tools: Update to 6.3.

* gnu/packages/linux.scm (rng-tools): Update to 6.3.

gnu: openh264: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/video.scm (openh264): Update to 1.8.0.
[source](uri): Use release tarball.

gnu: xapian: Update to 1.4.6 [fixes CVE-2018-0499].

* gnu/packages/search.scm (xapian, python-xapian-bindings): Update to 1.4.6.

gnu: GnuPG: Update to 2.2.9.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg): Update to 2.2.9.

import: hackage: Support "-any" and "-none" version comparison operators.

* guix/import/cabal.scm (make-cabal-parser): Modify.
(is-any): New variable.
(is-none): New variable.
(lex-any): New procedure.
(lex-none): New procedure.
(lex-word): Modify.
(eval-cabal): Modify.

import: hackage: Support "custom-setup" field.

Fixes <https://bugs.gnu.org/23961>.

* guix/import/cabal.scm (make-cabal-parser): Modify.
(is-custom-setup): New variable.
(lex-custom-setup): New procedure.
(is-id): Modify.
(lex-version): Modify.
(<cabal-custom-setup>): New record type.
(eval-cabal): Modify.
(dependencies): Add parameter.

gexp: Allow bytevector as content of `plain-file'.

This allows for using a package source directly from git, doing something like

    (define (command->bytevector command)
      (let ((port (apply open-pipe* OPEN_READ command)))
        (let ((output (get-bytevector-all port)))
          (close-port port)
          output)))

    (define-public hello-git
      (package
        (name "hello")
        (version "git")
        (source (let* ((commit "stable-2.0")
                       (content (command->bytevector
                                 `("git" "archive" "--format" "tar" "--prefix"
                                   ,(string-append commit "/") ,commit)))
                       (file-name (string-append "hello-" commit)))
                  (plain-file file-name content)))
        ...
        ))

* guix/gexp.scm (<plain-file>): Also allow bytevector content.
(plain-file-compiler): Handle bytevector content.
* doc/guix.texi (G-Expressions): Describe plain-file now also taking
bytevectors.

store: Add `binary-file'.

* guix/store.scm (binary-file): New function.
* doc/guix.texi (The Store Monad): Describe binary-file.

gnu: Add ghc-xdg-basedir.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-xdg-basedir): New variable.

gnu: Add ghc-regex-tdfa-text.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-regex-tdfa-text): New variable.

gnu: u-boot-tools: Simplify build.

* gnu/packages/bootloaders.scm (u-boot-tools)[arguments]<#:phases>[build]:
Modify.

gnu: u-boot-tools: Install "sunxi-spl-image-builder".

* gnu/packages/bootloaders.scm (u-boot-tools)[arguments]<#:phases>[build]:
Build sunxi-spl-image-builder.
(u-boot-tools)[arguments]<#:phases>[install]: Install sunxi-spl-image-builder.

gnu: make-u-boot-package: Return #t from "install" phase.

* gnu/packages/bootloaders.scm (make-u-boot-package)[arguments]<#:phases>
[install]: Return #t.

gnu: msmtp: Update to 1.6.8.

* gnu/packages/mail.scm (msmtp): Update to 1.6.8.
[source]: Update to new source location.
[home-page]: Update to new home-page.

gnu: btrfs-progs: Update home-page.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs)[home-page]: Update to redirected
home-page.

gnu: Add emacs-fold-dwim.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-fold-dwim): New variable.

gnu: Add emacs-recent-addresses.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-recent-addresses): New variable.

gnu-maintenance: Get GNU metadata from rec files.

Suggested by Mike Gerwitz <mtg@gnu.org>.

* guix/gnu-maintenance.scm (%package-list-url): Use the .rec file.
(%package-description-url): Likewise.
(official-gnu-packages)[read-records]: Skip record descriptors.
Rename fields to use underscores instead of hyphens.

gnu: gzochi: Update to 0.12.

* gnu/packages/game-development.scm (gzochi): Update to 0.12.

import: gem: Add recursive import.

* doc/guix.texi (Invoking guix import): Document gem recursive import.
* guix/import/gem.scm (gem->guix-package): Return package and dependencies
values.
(gem-recursive-import): New procedure.
* guix/scripts/import/gem.scm (show-help, %options): Add recursive option.
(guix-import-gem): Use 'gem-recursive-import'.
* tests/gem.scm (test-json): Rename to 'test-foo-json'.
("gem->guix-package"): Use 'test-foo-json'.
(test-bar-json, test-bundler-json): New variables.
("gem-recursive-import"): New test.

build-system/haskell: Make phases fail on error.

* guix/build/haskell-build-system.scm (configure): Make it fail on error.
(run-setuphs): Make it fail on error.

build: Add missing patches to the distribution.

Reported by jonsger.

* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add
perl-text-markdown-discount-unbundle.patch and
racket-fix-xform-issue.patch.

ui: Fix typo.

* guix/ui.scm (display-profile-content-diff): Fix typo in docstring.

profiles: Introduce 'profile-search-paths' and use it.

* guix/profiles.scm (profile-search-paths): New procedure.
* guix/scripts/environment.scm (evaluate-search-paths): Remove.
(create-environment): Replace 'paths' with 'manifest'.  Use
'profile-search-paths' instead of 'evaluate-search-paths'.
(show-search-paths): Likewise.
(launch-environment): Replace 'paths' with 'manifest'.  Make 'pure?' a
keyword parameter.
(launch-environment/fork, launch-environment/container): Likewise.
(guix-environment): Remove 'paths' variable.  Adjust callers of the
above procedures accordingly.

environment: Simplify code by using manifests internally.

* guix/scripts/environment.scm (strip-input-name)
(package+propagated-inputs, package-or-package+output?)
(compact): Remove.
(inputs->profile-derivation): Rename to...
(manifest->derivation): ... this.  Replace 'inputs' parameter with
'manifest'.
(input->manifest-entry): New procedure.
(package-environment-inputs): Rewrite to return a list of manifest
entries.
(options/resolve-packages): Rewrite to return a manifest.
(guix-environment): Remove 'inputs'.  Define 'paths' in terms of
'manifest-search-paths'.

profiles: Factorize 'manifest-search-paths'.

* guix/profiles.scm (manifest-search-paths): New procedure.
(profile-derivation)[builder]: Use it.
* guix/build/profiles.scm (build-etc/profile): Remove $PATH.

gnu: fc-host-tools: Fix internal invocations.

* gnu/packages/embedded.scm (fc-host-tools)[arguments]<#:phases>
[patch-installation-paths]: Modify.

gnu: fc-host-tools: Update description.

* gnu/packages/embedded.scm (fc-host-tools)[description]: Modify.

gnu: Add patches.

* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add 'rust-bootstrap-stage0-test.patch',
'rust-coresimd-doctest.patch'.

gnu: libyajl: Actually run test suite.

* gnu/packages/web.scm (libyajl)[arguments]: Patch shebang in test suite.

gnu: u-boot: Update to 2018.07.

--=-=-=
Content-Type: text/plain

The attached patch updates u-boot to 2018.07, which required adding
native-inputs of "bison" and "flex".

live well,
  vagrant

From 74a9561ac07592a5ae15b723d0f2ac7fc05c463c Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Vagrant Cascadian <vagrant@debian.org>
Date: Tue, 10 Jul 2018 00:12:05 +0000
Subject: [PATCH] gnu: u-boot: Update to 2018.07.

* gnu/packages/bootloaders.scm (u-boot): Update to 2018.07.
  (u-boot)[native-inputs]: Add "bison" and "flex".

gnu: rust: Update to 1.27.0.

* gnu/packages/rust.scm (rust): Rename to...
(rust-1.26): ...this.
(rust): New variable.
* gnu/packages/patches/rust-bootstrap-stage0-test.patch: New file.

gnu: rust: Support build with glibc-2.27; update to 1.26.2.

* gnu/packages/rust.scm (rust-source): Add "patches" argument.
(rust-bootstrapped-package): Add "patches" argument.
(rust-1.19)[arguments]<#:phases>[patch-tests]: Modify.
[arguments]<#:phases>[patch-aarch64-test]: New phase.
[arguments]<#:phases>[use-readelf-for-tests]: New phase.
[arguments]<#:phases>[remove-unsupported-tests]: New phase.
(rust-1.23): Disable "run-pass/out-of-stack.rs" test.
(rust-1.24)[arguments]<#:phases>[patch-aarch64-test]: Replace.
(rust-1.25)[inputs]: Switch to LLVM 6.0.
(rust-1.25)[arguments]<#:phases>[enable-codegen-tests]: New variable.
(rust): New variable.
* gnu/packages/patches/rust-coresimd-doctest.patch: New file.

gnu: lua: Update to 5.3.5.

* gnu/packages/lua.scm (lua): Update to 5.3.5.

guix: Add opam importer.

* guix/scripts/import.scm (importers): Add opam.
* guix/scripts/import/opam.scm: New file.
* guix/import/opam.scm: New file.
* tests/opam.scm: New file.
* Makefile.am: Add them.
* doc/guix.texi (Invoking guix import): Document it.

gnu: wine-staging: Update to 3.12.

* gnu/packages/wine.scm (wine-staging): Update to 3.12.

gnu: wine-staging-patchset-data: Update to 3.12.

* gnu/packages/wine.scm (wine-staging-patchset-data): Update to 3.12.

gnu: vte-ng: Update to 0.52.2.a.

* gnu/packages/gnome.scm (vte-ng): Update to 0.52.2.a.
[arguments]: Remove #:configure-flags.

gnu: vte-ng: Use "invoke".

* gnu/packages/gnome.scm (vte-ng)[arguments]: Call INVOKE instead of SYSTEM*.

gnu: libgit2: Update to 0.26.5 [fixes CVE-2018-10887 and CVE-2018-10888].

* gnu/packages/version-control.scm (libgit2): Update to 0.26.5.

gnu: gnome-dictionary: Fix install phase.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-dictionary)[arguments]: Add phase to prevent
post-install script from running.

gnu: openmw: Update to a checkout version.

* gnu/packages/game-development.scm (openmw): Update to the latest
commit to fix the build.

gnu: openscenegraph: Update to 3.6.2.

* gnu/packages/graphics.scm (openscenegraph): Update to 3.6.2.
[source]: Use the new url and 'git-fetch' method.
[properties]: Add 'upstream-name'.
[native-inputs]: Add 'pkg-config'.
[inputs]: Add 'libxrandr'.
* gnu/packages/patches/openscenegraph-ffmpeg3.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: dunst: Add svg support.

* gnu/packages/dunst.scm (dunst)[inputs]: Use 'gdk-pixbuf+svg' instead
of 'gdk-pixbuf'.

gnu: Add emacs-tide.

* gnu/packges/emacs.scm (emacs-tide): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-typescript-mode.

* gnu/packges/emacs.scm (emacs-typescript-mode): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-nodejs-repl.

* gnu/packges/emacs.scm (emacs-nodejs-repl): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Use https://alpha.gnu.org instead of FTP.

* doc/guix.texi (Binary Installation)
(USB Stick and DVD Installation, Running GuixSD in a VM): Use
"https://alpha.gnu.org" instead of the now deprecated FTP URLs.

doc: Fix FTP link in documentation.

The current incorrect link at: https://www.gnu.org/software/guix/manual/en/guix.html#Running-GuixSD-in-a-VM.

I looked for other instances of this mistake in the docs, but I could't
find any.

* doc/guix.texi: fix link to GuixSD VM image in FTP server.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Fix syntax error and remove trailing whitespace.

This is a follow-up to commit a33652ee336ae9a5d2ab5fd54bf2397caec42a0e.

* doc/guix.texi (Prometheus Node Exporter Service): Remove trailing whitespace
and change "defvr" to "defvar".

gnu: macs: Update to 2.1.1.20160309.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (macs): Update to 2.1.1.20160309.

services: Add prometheus-node-exporter-service-type.

* gnu/services/monitoring.scm (prometheus-node-exporter-service-type):
New variable.
(<prometheus-node-exporter-configuration>): New record type.
(prometheus-node-exporter-shepherd-service): New procedure.
* gnu/doc/guix.texi (Monitoring Services): Document it.
* gnu/tests/monitoring.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add test module.

gnu: linux-libre: Update to 4.17.5.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.17.5.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.54.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.54.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

Merge branch 'master' into staging

gnu: imagemagick: Update to 6.9.10-5.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.10-5.

gnu: ffmpeg@3.4: Update to 3.4.3.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg-3.4): Update to 3.4.3.

gnu: libxscrnsaver: Update to 1.2.3.

* gnu/packages/xorg.scm (libxscrnsaver): Update to 1.2.3.

gnu: gimp: Update to 2.10.4.

* gnu/packages/gimp.scm (gimp): Update to 2.10.4.

gnu: gegl: Update to 0.4.4.

* gnu/packages/gimp.scm (gegl): Update to 0.4.4.

gnu: babl: Update to 0.1.52.

* gnu/packages/gimp.scm (babl): Update to 0.1.52.

gnu: python-graphviz: Update to 0.8.4.

* gnu/packages/graphviz.scm (python-graphviz): Update to 0.8.4.

gnu: xf86-video-r128: Fix FTBFS with xorg-server >= 1.20.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-r128): Update to 6.10.2-0.c4c878d.
[source]: Use GIT-FETCH.
[arguments]: Add 'prevent-configure' phase.
[native-inputs]: Add AUTOCONF, AUTOMAKE and LIBTOOL.

gnu: xf86-video-savage: Fix FTBFS with xorg-server >= 1.20.

* gnu/packages/patches/xf86-video-savage-xorg-compat.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-savage)[source](patches): Use it.