gnu: id3lib: Fix CVE-2007-4460.

* gnu/packages/mp3.scm (id3lib)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/id3lib-CVE-2007-4460.patch: New variable.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: cyrus-sasl: Update URLs.

* gnu/packages/cyrus-sasl.scm (cyrus-sasl)[source]: Use HTTPS URL.
[home-page]: Update home-page URL.

gnu: devil: Fix CVE-2009-3994.

* gnu/packages/patches/devil-CVE-2009-3994.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/image.scm (devil): Use it.

gnu: iptables: Update to 1.4.21.

* gnu/packages/linux.scm (iptables): Update to 1.4.21.

gnu: Add emacs-better-defaults.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-better-defaults): New variable.

gnu: emacs: Remove uncompressed-file-fetch.

* gnu/packages/emacs.scm (uncompressed-file-fetch): Delete.
(emacs-rfcview, emacs-ffap-rfc-space, emacs-queue, emacs-spinner):
Replace uncompressed-file-fetch with url-fetch.

build: emacs: Handle sources that are a single elisp file.

* guix/build/emacs-build-system.scm (gnu:unpack)
(store-file->elisp-source-file, unpack): New procedures.
(%standard-phases): Use the new unpack procedure.

gnu: Add emacs-seq.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-seq): New variable.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: Add emacs-spinner.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-spinner): New variable.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: Add emacs-pkg-info.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-pkg-info): New variable.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: Add emacs-queue.

*  gnu/packages/emacs.scm (emacs-queue): New variable.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: emacs: Fix indentation of scheme keyword lists.

* gnu/packages/patches/emacs-fix-scheme-indent-function.patch: New patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/emacs.scm (emacs)[source]: Use it.

gnu: gegl: Fix CVE-2012-4433.

* gnu/packages/gimp.scm (gegl)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/gegl-CVE-2012-4433.patch: New variable.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: vte-0.28: Fix CVE-2012-2738.

* gnu/packages/gnome.scm (vte-0.28)[source]: Add patches.
* gnu/packages/patches/vte-CVE-2012-2738-pt1.patch,
gnu/packages/patches/vte-CVE-2012-2738-pt2.patch: New variables.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.

gnu: t1lib: Fix CVE-2010-2642, CVE-2011-{0764, 1552, 1553, 1554}.

* gnu/packages/fontutils.scm (t1lib)[source]: Add patches.
* gnu/packages/patches/t1lib-CVE-2010-2642.patch,
gnu/packages/patches/t1lib-CVE-2011-0764.patch,
gnu/packages/patches/t1lib-CVE-2011-1552+CVE-2011-1553+CVE-2011-1554.patch: New variables.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.

download: Update Sourceforge mirrors.

* guix/download.scm (mirrors)[sourceforge]: Update mirror list.

gnu: dtach: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/screen.scm (dtach)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: dtach: Update to 0.9 [Fixes CVE-2012-3368].

* gnu/packages/screen.scm (dtach): Update to 0.9.

gnu: tinyproxy: Update to 1.8.4 [Fixes CVE-2012-3505].

* gnu/packages/web.scm (tinyproxy): Update to 1.8.4.
[source]: Download from new location.
[home-page]: Project has moved to Github.

gnu: jansson: Fix CVE-2016-4425.

* gnu/packages/web.scm (jansson)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/jansson-CVE-2016-4425.patch: New variable.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: antiword: Fix CVE-2014-8123.

* gnu/packages/textutils.scm (antiword)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/antiword-CVE-2014-8123: New variable.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: a2ps: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/pretty-print.scm (a2ps)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: a2ps: Fix CVE-2001-1593, CVE-2014-0466.

* gnu/packages/pretty-print.scm (a2ps)[source]: Add patches.
* gnu/packages/patches/a2ps-CVE-2001-1593.patch,
gnu/packages/patches/a2ps-CVE-2014-0466.patch: New variables.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.

gnu: pcre2: Fix CVE-2016-3191.

* gnu/packages/patches/pcre2-CVE-2016-3191.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/pcre.scm (pcre2): Use it.

gnu: libyaml: Fix CVE-2014-9130.

* gnu/packages/patches/libyaml-CVE-2014-9130.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/web.scm (libyaml): Use it.

gnu: graphicsmagick: Fix CVE-2016-5118.

* gnu/packages/patches/graphicsmagick-CVE-2016-5118.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/imagemagick.scm (graphicsmagick): Use it.

gnu: vorbis-tools: Fix CVE-2014-9638, CVE-2014-9639, CVE-2014-9640.

* gnu/packages/xiph.scm (vorbis-tools)[source]: Add patches.
* gnu/packages/patches/vorbis-tools-CVE-2014-9638+CVE-2014-9639.patch,
gnu/packages/patches/vorbis-tools-CVE-2014-9640.patch: New variables.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.

gnu: libtar: Fix CVE-2013-4420.

* gnu/packages/compression.scm (libtar)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/libtar-CVE-2013-4420.patch: New variable.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

This is a follow-up to 89d80159b1da81c4017b46a575c3ec5dd9a96c90.

gnu: glibc: Refer to the target kernel headers when cross-compiling.

This fixes a regression introduced in
efc4eb147512fa7a2c6d74d9b296cfc22b1ef198 whereby the build process
corresponding to 'guix build glibc --target=mips64el-linux-gnu' would
refer to the native headers instead of the target headers, leading to a
build failure:

  ../sysdeps/unix/sysv/linux/statfs64.c: In function ‘__statfs64’:
  ../sysdeps/unix/sysv/linux/statfs64.c:73:1: error: control reaches end of non-void function [-Werror=return-type]
   }
   ^

When we were using CROSS_CPATH instead of CROSS_C_INCLUDE_PATH, the
problem was hidden by the fact that CPATH corresponds to '-I' whereas
C_INCLUDE_PATH corresponds to '-isystem', and '-isystem' directories are
searched after '-I' directories.

* gnu/packages/base.scm (glibc)[arguments]: Refer to the kernel headers
from '%build-target-inputs' when cross-building.

gnu: libtar: Update to 1.2.20 [fixes CVE-2013-4397, CVE-2013-4420].

* gnu/packages/compression.scm (libtar): Update to 1.2.20.
[source]: Add Debian mirror.
[arguments]: Add 'autoconf phase.
[native-inputs]: Add autoconf, automake, libtool.
[inputs]: Add zlib.
[home-page]: Point to temporary home.

gnu: pciutils: Add kmod support.

* gnu/packages/pciutils.scm (pciutils)[inputs]: Add kmod.

gnu: pciutils: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/pciutils.scm (pciutils)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: pciutils: Update to 3.5.1.

* gnu/packages/pciutils.scm (pciutils): Update to 3.5.1.

gnu: rpm: Fix CVE-2014-8118.

* gnu/packages/patches/rpm-CVE-2014-8118.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/package-management.scm (rpm): Use it.

gnu: rpm: Update to 4.12.0.1.

* gnu/packages/package-management.scm (rpm): Update to 4.12.0.1.

gnu: zeromq: Update to 4.0.7 [fixes CVE-2014-9721].

* gnu/packages/networking.scm (zeromq): Update to 4.0.7.

gnu: libsodium: Update to 1.0.10.

* gnu/packages/crypto.scm (libsodium): Update to 1.0.10.

gnu: procmail: Fix CVE-2014-3618.

* gnu/packages/patches/procmail-CVE-2014-3618.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/mail.scm (procmail): Use it.

gnu: elfutils: Update to 0.166 [fixes CVE-2014-9447].

* gnu/packages/elf.scm (elfutils): Update to 0.166.

gnu: luajit: Update to 2.0.4.

* gnu/packages/lua.scm (luajit): Update to 2.0.4.

gnu: lua: Update to 5.2.4.

* gnu/packages/lua.scm (lua): Update to 5.2.4.

gnu: lua: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/lua.scm (lua)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: lua-5.1: Fix CVE-2014-5461.

* gnu/packages/lua.scm (lua-5.1)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/lua-CVE-2014-5461: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: retroarch: Update to 1.3.4.

* gnu/packages/games.scm (retroarch): Update to 1.3.4.

gnu: libyaml: Update to 0.1.6 [fixes CVE-2014-2525].

* gnu/packages/web.scm (libyaml): Update to 0.1.6.

services: Add urandom-seed-service.

Fixes <http://bugs.gnu.org/23605>.

* gnu/services/base.scm (urandom-seed-service): New procedure.
(%random-seed-file, urandom-seed-service-type): New variables.
(%urandom-seed-shepherd-service): New procedure.
(%base-services): Call 'urandom-seed-service'.
* doc/guix.texi (Base Services): Document it.

gnu: potrace: Update to 1.13 [fixes CVE-2013-7437].

* gnu/packages/fontutils.scm (potrace): Update to 1.13.

gnu: Add Guile-GNOME.

* gnu/packages/gtk.scm (guile-gnome): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Update diamond to 0.8.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (diamond): Update to 0.8.3.

gnu: Add gcide.

* gnu/packages/dictionaries.scm (gcide): New variable.

gnu: wxmaxima: Wrap with GSETTINGS_SCHEMA_DIR and XDG_DATA_DIRS.

Fixes <http://bugs.gnu.org/22709> and <http://bugs.gnu.org/23260>.

* gnu/packages/math.scm (wxmaxima)[arguments]: Wrap with
GSETTINGS_SCHEMA_DIR and XDG_DATA_DIRS.

gnu: gprolog: Don't install files into "$out/gprolog-1.4.4".

* gnu/packages/gprolog.scm (gprolog)[arguments]: Pass '--with-install-dir'
to #:configure-flags.

gnu: Add wiredtiger.

* gnu/packages/database.scm (wiredtiger): New variable.

cve: Use a more compact format for the list of package/versions.

On a warm cache, "guix lint -c cve vorbis-tools" goes down
from 6.5s to 2.4s.

* guix/cve.scm (cpe->package-name): Change to return two values instead
of a pair.
(cpe->product-alist): New procedure.
(%parse-vulnerability-feed): Use it instead of 'filter-map'.
(fetch-vulnerabilities): Bump sexp format version to 1.
(vulnerabilities->lookup-proc): Adjust accordingly.  When #:version is
omitted, return a list of vulnerabilities instead of a list of
version/vulnerability pairs.
* tests/cve.scm (%expected-vulnerabilities)
("vulnerabilities->lookup-proc): Adjust accordingly.

guix package: Inherit the transformed version number.

Previously, 'guix package -i emacs --with-source=./emacs-42.tar.gz'
would fail to use "42" as the version number in the manifest entry.

Reported by piyo on #guix.

* guix/scripts/package.scm (process-actions)[transform-entry]: Inherit
the version number from the result of TRANSFORM when it's a package.
* tests/guix-package.sh: Test it.

gnu: gd: Update to 2.2.1 [fixes CVE-2015-{8874, 8877}].

* gnu/packages/patches/gd-CVE-2016-3074.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.
* gnu/packages/gd.scm (gd): Update to 2.2.1.
[source]: Remove patch. Update source URL.

gnu: scrot: Add source mirror.

* gnu/packages/xdisorg.scm (scrot)[source]: Add fossies mirror.

gnu: serf: Update project source.

* gnu/packages/web.scm (serf)[source]: Releases are now hosted by Apache.
[home-page]: Project is now hosted by Apache.

gnu: xlockmore: Update to 5.47.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xlockmore): Update to 5.47.

gnu: t1lib: Add source mirror.

* gnu/packages/fontutils.scm (t1lib)[souce]: Add fossies mirror.

gnu: synergy: Update to 1.7.6.

* gnu/packages/synergy.scm (synergy): Update to 1.7.6.

gnu: synergy: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/synergy.scm (synergy)[arguments]; Use 'modify-phases'.

gnu: synergy: Update project source.

* gnu/packages/synergy.scm (synergy)[source]: Use new location.
[home-page]: Use project's new website.

gnu: eyed3: Update to 0.7.9.

* gnu/packages/mp3.scm (eyed3): Update to 0.7.9.

gnu: mpc123: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/mp3.scm (mpc123)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: mpc123: Add new source location.

* gnu/packages/mp3.scm (mpc123)[source]: Add Debian mirror.
[home-page]: Project has moved to Github.

download: Default to a 10s connection establishment timeout.

* guix/build/download.scm (ftp-fetch): Add #:timeout and pass it to
'ftp-open'.
(http-fetch): Add #:timeout and pass it to 'open-connection-for-uri' and
in recursive calls.
(url-fetch): Add #:timeout and pass it to 'http-fetch' and 'ftp-fetch'.

download: Use URI objects for content-addressed mirrors.

This fixes a bug whereby 'http-fetch' would be passed a string instead
of a URI object.

* guix/build/download.scm (url-fetch): Rename 'content-addressed-urls'
to 'content-addressed-uris', and call 'string->uri'.

gnu: Add emacs-epl.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-epl): New variable.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: emacs-async: Update to 1.9.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-async): Update to 1.9.

gnu: magit: Update to 2.7.0.

* gnu/packages/emacs.scm (magit): Update to 2.7.0.

gnu: moreutils: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/moreutils.scm (moreutils)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: moreutils: Update to 0.58.

* gnu/packages/moreutils.scm (moreutils): Update to 0.58.

gnu: qemu: Make tests more verbose.

* gnu/packages/qemu.scm (qemu)[arguments]: Add 'make-gtester-verbose'
phase.

gnu: qemu: Use 'install-file' instead of 'copy-file'.

* gnu/packages/qemu.scm (qemu)[arguments]: Use 'install-file'.

gnu: qemu: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/qemu.scm (qemu)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: qemu: Disable parallel tests again.

* gnu/packages/qemu.scm (qemu)[arguments]: Re-add #:parallel-tests? #f,
which had been removed in a2ccaa0d790004c1c303a4421f7494ef73b65bd5.

cve: Include the 3 previous years of vulnerabilities.

* guix/cve.scm (fetch-vulnerabilities): Add 'format' call.
(current-vulnerabilities): Include the 3 previous years.

gnu: isc-dhcp: Specify CPE name.

* gnu/packages/admin.scm (isc-dhcp)[properties]: New field.

gnu: rush: Fix CVE-2013-6889.

* gnu/packages/patches/rush-CVE-2013-6889.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/rush.scm (rush): Use it.

nls: Adjust to texlive.scm renaming.

* po/packages/POTFILES.in: Adjust to texlive.scm rename in
commit 8f9ac90182c022c69600f17ef9c1149e029bc301.

substitute: Internationalize the "Downloading" message.

* guix/scripts/substitute.scm (process-substitution): I18n "Downloading"
message.

gnu: Add mitlm.

* gnu/packages/speech.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: Add autoconf-archive.

* gnu/packages/autotools.scm (autoconf-archive): New variable.

doc: Fix typo.

* doc/guix.texi (Derivations): Add 's' to "contain".

gnu: hurd: Add hurd-core-headers package.

* gnu/packages/hurd.scm (hurd-core-headers): New variable.

gnu: Add texmaker.

* gnu/packages/tex.scm (texmaker): New variable.

gnu: Rename texlive module to tex.

* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Rename texlive.scm to tex.scm.
* gnu/packages/texlive.scm: Rename file to tex.scm.
* gnu/packages/tex.scm: Renamed from texlive.scm.
* gnu/packages/algebra.scm: Adjust accordingly.
* gnu/packages/docbook.scm: Likewise.
* gnu/packages/engineering.scm: Likewise.
* gnu/packages/gettext.scm: Likewise.
* gnu/packages/gnome.scm: Likewise.
* gnu/packages/lisp.scm: Likewise.
* gnu/packages/maths.scm: Likewise.
* gnu/packages/music.scm: Likewise.
* gnu/packages/ocaml.scm: Likewise.
* gnu/packages/photo.scm: Likewise.
* gnu/packages/plotutils.scm: Likewise.
* gnu/packages/python.scm: Likewise.
* gnu/packages/scheme.scm: Likewise.

gnu: aria2: Update to 1.23.0.

* gnu/packages/bittorrent.scm (aria2): Update to 1.23.0.
[inputs]: Move cppunit ...
[native-inputs]: ... to here.
[home-page]: Update to new Github website.

grafts: Create only one grafted variant of each derivation.

Currently, with several grafts applicable to Inkscape, this makes:

  guix gc -R $(guix build inkscape -d) | wc -l

go from 2376 to 2266 (4.6%).

* guix/grafts.scm (cumulative-grafts): Pass 'graft-derivation/shallow'
the subset of GRAFTS that applies to DRV.

gnu: randomjungle: Add gfortran:lib to native-inputs.

* gnu/packages/machine-learning.scm (randomjungle)[native-inputs]: Add
gfortran:lib.

gnu: enlightenment: Update to 0.20.8.

* gnu/packages/enlightenment.scm (enlightenment): Update to 0.20.8.

gnu: elementary: Update to 1.17.1.

* gnu/packages/enlightenment.scm (elementary): Update to 1.17.1.

gnu: efl: Update to 1.17.1.

* gnu/packages/enlightenment.scm (efl): Update to 1.17.1.

gnu: python-llfuse: Update to 1.1.

* gnu/packages/python.scm (python-llfuse, python2-llfuse): Update to 1.1.

gnu: fuse: Update to 2.9.6.

* gnu/packages/linux.scm (fuse): Update to 2.9.6.
[home-page]: Update home-page URL.

gnu: dnsmasq: Update to 2.76 [fixes CVE-2015-3294].

* gnu/packages/dns.scm (dnsmasq): Update to 2.76.

gnu: ruby-mime-types: Update to 3.1.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-mime-types): Update to 3.1.
[native-inputs]: Add 'ruby-minitest-hooks'.

gnu: Add ruby-minitest-hooks.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-minitest-hooks): New variable.

gnu: Add ruby-sequel.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-sequel): New variable.