gnu: julia: Upgrade to 1.3.1.

* gnu/packages/julia.scm (libuv-julia): Upgrade to 2.0.0-1.35b1504.
(libunwind-julia): New variable.
(llvm-patch): Rename to ...
(julia-patch): ... this. Update to 1.3.1.
(llvm-julia): Adjust patch-set based on above change. Adjust indent.
(julia): Update to 1.3.1.
[source]: Add patch.
[arguments]: Adjust custom 'prepare-deps (llvm-patch): Rename to ...
(julia-patch): ... this. Update to 1.3.1.
(llvm-julia): Adjust patch-set based on above change.
(julia): Upgrade to 1.3.1.
[arguments]: Adjust custom 'prepare-deps phase based on changed inputs.
Remove most of 'hardcode-soname-map. Adjust 'fix-include-and-link-paths.
Add new 'fix-precompile phase. Adjust custom 'disable-broken-tests
phase. Add new 'make-wrapper phase. Adjust make-flags.
[inputs]: Add p7zip, mbedtls-apache, curl libssh2.
Remove openspecfun, fftw, fftwf, python2-virtualenv, rmath.
Replace libunwind with libunwind-julia, custom suitesparse with system
suitesparse, custom dsfmt with system dsfmt.
[native-search-paths]: Add JULIA_DEPOT_PATH.
* gnu/packages/patches/julia-SOURCE_DATE_EPOCH-mtime.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: julia.scm: Fix indentaion.

* gnu/packages/julia.scm: Re-indent file.

gnu: libgit2: Upgrade to 1.0.0.

* gnu/packages/version-control.scm (libgit2): Upgrade to 1.0.0.
[source]: Download using url-fetch.
[arguments]: Remove 'fix-pcre2-reference, 'make-git-checkout-writable
custom phases.
[home-page]: Update home-page.

gnu: sssd: Upgrade to 1.16.5.

* gnu/packages/sssd.scm (sssd): Upgrade to 1.16.5.
[source]: Use https.

gnu: libgit2: Use system http-parser.

* gnu/packages/version-control.scm (libgit2)[source]: Update snippet.
[arguments]: Add configure-flag to use system http-parser.
[inputs]: Add http-parser.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: http-parser: Add support for RFC 3986.

Fixes parsing of colon followed by empty port, allowed by RFC 3986
specifications.  Fedora is applying it to system http-parser too.

* gnu/packages/web.scm (http-parser)[source]: Add patch from Fedora.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add dsfmt.

* gnu/packages/maths.scm (dsfmt): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: mumi: Update to 0.0.0-15.c85015d.

* gnu/packages/mail.scm (mumi): Update to 0.0.0-15.c85015d.

gnu: Add perl-authen-dechpwd.

* gnu/packages/perl.scm (perl-authen-dechpwd): New variable.

gnu: Add perl-data-integer.

* gnu/packages/perl.scm (perl-data-integer): New variable.

gnu: Add perl-digest-crc.

* gnu/packages/perl.scm (perl-digest-crc): New variable.

gnu: Add perl-scalar-string.

* gnu/packages/perl.scm (perl-scalar-string): New variable.

gnu: mumi: Update to 0.0.0-14.ab53797.

* gnu/packages/mail.scm (mumi): Update to 0.0.0-14.ab53797.

gnu: libxfce4util: Update to 4.15.0.

* gnu/packages/xfce.scm (libxfce4util): Update to 4.15.0.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: gp2c: Update to 0.0.11pl3.

* gnu/packages/algebra.scm (gp2c): Update to 0.0.11pl3.

gnu: pari-gp: Update to 2.11.3.

* gnu/packages/algebra.scm (pari-gp): Update to 2.11.3.

gnu: mame: Update to 0.220.

* gnu/packages/emulators.scm (mame): Update to 0.220.

services: guix: Add 'set-http-proxy' action.

Fixes <https://bugs.gnu.org/25569>.
Reported by Divan Santana <divan@santanas.co.za>.

* gnu/services/base.scm (shepherd-set-http-proxy-action): New procedure.
(guix-shepherd-service): Add 'actions' field.  Change 'start' to a
lambda; check the value of the "http_proxy" environment variable and
add "http_proxy" and "https_proxy" to #:environment-variables as a
function of that.
* gnu/tests/base.scm (run-basic-test)["guix-daemon set-http-proxy
action", "guix-daemon set-http-proxy action, clear"]: New tests.
* doc/guix.texi (Base Services): Document it.

maint: Remove GCC from the packages to cross-build.

* etc/release-manifest.scm (%packages-to-cross-build): Remove GCC.

installer: Reduce height of the help window.

* gnu/installer/newt/help.scm (run-help-page): Pass #:listbox-height.

ci: Remove "mips64el-linux-gnuabi64" from '%cross-targets'.

The N64 ABI has always been a niche, it seems.

* gnu/ci.scm (%cross-targets): Remove "mips64el-linux-gnuabi64".

gnu: thinkfan: Update to 1.1.

* gnu/packages/linux.scm (thinkfan): Update to 1.1.

gnu: emacs-org-superstar: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-superstar): Update to 1.1.0.

gnu: Add emacs-ctrlf.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ctrlf): New variable.

gnu: emacs-prescient: Update to 4.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-prescient): Update to 4.1.
[propagated-inputs]: Add emacs-selectrum.
[license]: Fix field.

gnu: Add emacs-selectrum.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-selectrum): New variable.

gnu: sbcl: Update to 2.0.3.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl): Update to 2.0.3.

services: syslog: Create log files as non-world-readable.

Partly fixes <https://bugs.gnu.org/40405>.
Reported by Diego Nicola Barbato <dnbarbato@posteo.de>.

* gnu/services/base.scm (syslog-service-type): Change 'start' method to
set umask to #o137 before spawning syslogd.
* gnu/tests/base.scm (run-basic-test)["/var/log/messages is not
world-readable"]: New test.

channels: Call 'build-self.scm' procedure with a trivial build handler.

Previously, "TESTS=installed-os guix build -m etc/system-tests.scm"
would repeat the "Computing Guix derivation" phase ~5 times due to the
fact that there were several call paths, within a build-accumulator,
leading to (package-derivation store guix).

* guix/channels.scm (with-trivial-build-handler): New procedure.
(build-from-source): Wrap 'build' call in 'with-trivial-build-handler'.

gnu: rust-bumpalo-3: Update to 3.2.1 [fixes RUSTSEC-2020-0006].

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-bumpalo-3): Update to 3.2.1.

Note: rust-bumpalo-2.5 is not affected.

gnu: GnuTLS: Fix CVE-2020-11501.

* gnu/packages/tls.scm (gnutls)[replacement]: New field.
(gnutls-3.6.13): New variable.
(gnutls/guile-2.0, gnutls/dane, gnutls-3.6.10, gnutls3.0-gnutls): Use
PACKAGE/INHERIT.

gnu: Move PACKAGES-WITH-*PATCHES to (guix packages)

* gnu/packages/cross-base.scm (package-with-extra-patches,
package-with-patches): Move procedures from here...
* guix/packages.scm (package-with-extra-patches, package-with-patches):
...to here, and export.

gnu: fossil: Update to 2.10.

* gnu/packages/version-control.scm (fossil): Update to 2.10.
[source]: Remove obsolete alternate URL.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add wireguard-linux-compat.

* gnu/packages/vpn.scm (wireguard-linux-compat): New variable.
(wireguard): Deprecate in favor of wireguard-tools.

* gnu: emacs-elisp-demos: Update to 2020.02.19

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-elisp-demos) Update to 2020.02.19.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

installer: Hide shepherd messages.

* gnu/installer.scm (apply-locale): Set "shepherd-message-port" instead of
redirecting stderr to make sure that nothing is printed on console.

installer: Adapt to Guile-newt revision 2.

* gnu/installer/newt/page.scm (run-input-page): Remove component argument that
  is not longer passed to the procedure passed to 'add-component-callback',
 (run-listbox-selection-page): ditto.
 * gnu/installer/newt/user.scm (run-user-add-page): Ditto,
 (run-user-add-page): ditto.

installer: Add a help page.

* gnu/installer/newt/help.scm: New file.
* gnu/local.mk (INSTALLER_MODULES): Add it.
* po/guix/POTFILES.in: Add it.
* gnu/installer/record.scm (<installer>): Add 'help-menu' and 'help-page'
 fields,
 (installer-help-menu, installer-help-page): new exported procedures.
 * gnu/installer/newt.scm (init): Set the help line,
 (help-menu, help-page): new procedures used ...
 (newt-installer): ... here.
 * gnu/installer/newt/keymap.scm (run-layout-page): Add a context argument to
 differenciate the help context from the main one,
 (run-keymap-page): add a context argument and pass it to run-layout-page.
 * gnu/installer.scm (compute-keymap-step): Add a context argument and pass it
 to 'installer-keymap-page',
 (installer-steps): set the help menu and pass the appropriate context to
 compute-keymap-step calls,
 (guile-newt): update to revision 2.

installer: Remove trailing tabs.

* gnu/installer.scm (installer-steps): Remove trailing tabs.

gnu: rgbds: Update to 0.4.0.

* gnu/packages/assembly.scm (rgbds): Update to 0.4.0

gnu: mumi: Update to 0.0.0-13.1fee105.

* gnu/packages/mail.scm (mumi): Update to 0.0.0-13.1fee105.

news: Add entry for 'rottlog-service-type'.

* etc/news.scm: Add entry for 'rottlog-service-type'.

services: Add 'rottlog-service-type' to '%base-services'.

* gnu/services/base.scm (%base-services): Add an instance of
ROTTLOG-SERVICE-TYPE.
* doc/guix.texi (Log Rotation): Mention that it's part of
%BASE-SERVICES and change example.

build-self: Avoid call to 'show-what-to-build*' on modern Guix.

This avoids repeated "will be downloaded" messages for
'compute-guix-derivation' and its dependencies.

* build-aux/build-self.scm (build): Don't call 'show-what-to-build*'
when 'with-build-handler' is defined.

doc: Make 'fc-cache -rv' instructions more prominent.

* doc/guix.texi (Application Setup): Move the "fc-cache" instructions
next to the Fontconfig paragraph and make the command more visible.

build: Add linphone.scm to gnu/local.mk.

This is a followup to d5a8e391ac2546241d0ff60c9a1fd2fb8ff57536.

* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add linphone.scm.

services/web: Add missing ungexp for mumi shepherd services.

This is a follow-up to commit f00f52a1fb5ac08f8059dffcd60d36adcda06603.

* gnu/services/web.scm (mumi-shepherd-services): Ungexp variables.

services/web: Add default values to all mumi-configuration fields.

This is a follow-up to commit f00f52a1fb5ac08f8059dffcd60d36adcda06603.

* gnu/services/web.scm (<mumi-configuration>)[sender,smtp]: Add default
values.

gnu: mumi: Update to 0.0.0-12.bb2fe92.

* gnu/packages/mail.scm (mumi): Update to 0.0.0-12.bb2fe92.
[inputs]: Add guile-gcrypt, guile-redis, guile-webutils, mailutils.
* gnu/services/web.scm (<mumi-configuration>): New record type.
(mumi-configuration, mumi-configuration?, mumi-configuration-mumi,
mumi-configuration-mailer?, mumi-configuration-sender,
mumi-configuration-smtp): New procedures.
(mumi-shepherd-services): Accept configuration; adjust start commands; add
Shepherd service for mumi mailer.
(mumi-service-type): Pass default configuration.
* doc/guix.texi (Web Services): Update documentation.

gnu: guile-for-guile-emacs: Update to 2.1.2-1.15ca784.

* gnu/packages/guile.scm (guile-for-guile-emacs): Update to 2.1.2-1.15ca784.
[source]: Fetch from Guile upstream repository.
[arguments]: Enable tests; replace 'bootstrap phase; disable only broken
tests.
[native-search-paths]: Inherit from guile-2.2.

gnu: r-snowballc: Update to 0.7.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-snowballc): Update to 0.7.0.

gnu: r-huge: Update to 1.3.4.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-huge): Update to 1.3.4.1.

gnu: r-tidytree: Update to 0.3.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-tidytree): Update to 0.3.3.

gnu: r-ggstance: Update to 0.3.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggstance): Update to 0.3.4.

gnu: r-factoextra: Update to 1.0.7.

* gnu/packages/cran.scm (r-factoextra): Update to 1.0.7.

gnu: r-reticulate: Update to 1.15.

* gnu/packages/cran.scm (r-reticulate): Update to 1.15.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-vcd: Update to 1.4-7.

* gnu/packages/cran.scm (r-vcd): Update to 1.4-7.

gnu: r-sn: Update to 1.6-1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-sn): Update to 1.6-1.

gnu: r-quantreg: Update to 5.55.

* gnu/packages/statistics.scm (r-quantreg): Update to 5.55.

gnu: r-xml2: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-xml2): Update to 1.3.0.
[propagated-inputs]: Remove r-rcpp.

gnu: r-lattice: Update to 0.20-41.

* gnu/packages/statistics.scm (r-lattice): Update to 0.20-41.

gnu: gsm: Add a newline to the fPIC option substitute replacement.

* gnu/packages/audio.scm (gsm): Add a trailing newline to the replacement
text.  This makes it more robust in the face of future changes.

gnu: mediastreamer2: Move the tester files and HTML doc to separate outputs.

The tester binary generated gets installed with about 20 MiB of data files,
and the HTML documentation weighs another 500 KiB or so.  Move them to
separate outputs.

* gnu/packages/patches/mediastreamer-srtp2.patch: Rename to...
* gnu/packages/patches/mediastreamer2-srtp2.patch: ...this, to please 'guix
lint'.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adapt.
* gnu/packages/linphone.scm (mediastreamer2)[patches]: Likewise.
[outputs]: Add the "doc" and "tester" outputs.
[phases]: Add a phase to move the HTML doc and tester binary and data to the
'doc' and 'tester' outputs, respectively.
[description]: Remove the unicode characters surrounding the word 'powerful'.

gnu: linux-libre-arm*-generic*: Enable RTC for rockchip platforms.

* gnu/packages/linux (linux-libre-arm-generic, linux-libre-arm-generic-5.6,
  linux-libre-arm64-generic, linux-libre-arm64-generic-5.6): Enable
  RTC_DRV_RK808 as a built-in in kernel configuration.

gnu: ogre: Update to 1.12.5.

* gnu/packages/graphics.scm (ogre): Update to 1.12.5.
[source]: Add recursive? flag.
[arguments]: Update configure flags. Add a phase to fix CMakeLists.txt. Remove
unnecessary substitution.
[native-inputs]: Replace googletest with googletest-1.8.
[inputs]: Add pugixml.

gnu: mediastreamer2: Enable SRTP2.

* gnu/packages/patches/mediastreamer-srtp2.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/linphone.scm (mediastreamer2)[source]: Use it.

gnu: Add msamr.

* gnu/packages/linphone (msamr): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add vo-amrwbenc.

* gnu/packages/audio.scm (vo-amrwbenc): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add opencore-amr.

* gnu/packages/audio.scm (opencore-amr): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add mswebrtc.

* gnu/packages/linphone.scm (mswebrtc): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add mssilk.

* gnu/packages/linphone.scm (mssilk): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add msopenh264.

* gnu/packages/linphone.scm (msopenh264): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

system: Allow for comma-separated keyboard layouts.

Reported by Florian Pelz <pelzflorian@pelzflorian.de>.

* gnu/bootloader/grub.scm (keyboard-layout-file): Replace commas with
hyphens in the first argument to 'computed-file'.
* gnu/system/keyboard.scm (keyboard-layout->console-keymap): Likewise.
* doc/guix.texi (Keyboard Layout): Add example.

gnu: vmpk: Make some inputs native.

* gnu/packages/music.scm (vmpk)[inputs]: Move qttools from here...
[native-inputs]: ...to here.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: synthv1: Make some inputs native.

* gnu/packages/music.scm (synthv1)[inputs]: Move qttools from here...
[native-inputs]: ...to here.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: kxmlgui: Make some inputs native.

* gnu/packages/kde-framework.scm (kxmlgui)[inputs]: Move qttools from here...
[native-inputs]: ...to here.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: kplotting: Make some inputs native.

* gnu/packages/kde-framework.scm (kplotting)[inputs]: Move qttools from here...
[native-inputs]: ...to here.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: kio: Make some inputs native.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kio)[inputs]: Move qttools from here...
[native-inputs]: ...to here.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: kiconthemes: Make some inputs native.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kiconthemes)[inputs]: Move qttools from here...
[native-inputs]: ...to here.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: kdewebkit: Make some inputs native.

* gnu/packages/kde-framework.scm (kdewebkit)[inputs]: Move qttools from here...
[native-inputs]: ...to here.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: itk-snap: Make some inputs native.

* gnu/packages/image-processing.scm (itk-snap)[inputs]: Move qttools from here...
[native-inputs]: ...to here.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: gpsbabel: Make some inputs native.

* gnu/packages/gps.scm (gpsbabel)[inputs]: Move qttools from here...
[native-inputs]: ...to here.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: alsa-modular-synth: Make some inputs native.

* gnu/packages/audio.scm (alsa-modular-synth)[inputs]: Move qttools from here...
[native-inputs]: ...to here.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: liblinphone: Add features.

* gnu/packages/linphone.scm (liblinphone)[arguments]<#:configure-flags>: Add features.
<#:phases>[patch]: New phase.
[inputs]: Add glib, gtk2, notify.
[propagated-inputs]: Add murrine.

gnu: Add liblinphone.

* gnu/packages/linphone.scm (liblinphone): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add mediastreamer2.

* gnu/packages/linphone.scm (mediastreamer2): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add belle-sip.

* gnu/packages/linphone.scm (belle-sip): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: mm-common: Make coreutils and sed native-inputs.

* gnu/packages/gnome.scm (mm-common)[inputs]: Remove coreutils, sed.
[native-inputs]: Add coreutils, sed.

gnu: Add mm-common.

* gnu/packages/gnome.scm (mm-common): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: python-intervaltree: Update to 3.0.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-intervaltree): Update to 3.0.2.
[arguments]: Don't skip the tests, work around the problematic
sanity-check instead.

gnu: linux-libre: Remove 5.6.

The corresponding kernel config files are not yet updated, so remove
linux-libre-5.6 until they can be reviewed. See bug #40190.

* gnu/packages/linux (linux-libre-5.6): Delete variable.

gnu: gsm: Update to 1.0.19.

* gnu/packages/audio.scm (gsm): Update to 1.0.19.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: gsm: Fix installation directory.

This is a follow-up commit to 74c7f367daa, which broke the installation of the
bin, lib and share artifacts.

* gnu/packages/audio.scm (gsm)[make-flags]: Programmatically build the
INSTALL_ROOT make flag so that the %output variable gets properly expanded.
Instead of repeating the default CCFLAGS values as a make flag...
[phases]: ...add "-fPIC" using substitutes* in a new add-fpic-ccflag phase.

gnu: Add mtpaint.

* gnu/packages/image.scm (mtpaint): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: xfce4-places-plugin: Make some inputs native.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-places-plugin)[inputs]: Move desktop-files-utils from here...
[native-inputs]: ...to here.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: spacefm: Make some inputs native.

* gnu/packages/lxde.scm (spacefm)[inputs]: Move desktop-files-utils from here...
[native-inputs]: ...to here.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: ristretto: Make some inputs native.

* gnu/packages/xfce.scm (ristretto)[inputs]: Move desktop-files-utils from here...
[native-inputs]: ...to here.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: pcb: Make some inputs native.

* gnu/packages/engineering.scm (pcb)[inputs]: Move desktop-files-utils from here...
[native-inputs]: ...to here.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: mate: Make some inputs native.

* gnu/packages/mate.scm (mate)[inputs]: Move desktop-files-utils from here...
[native-inputs]: ...to this new field.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: lepton-eda: Make some inputs native.

* gnu/packages/engineering.scm (lepton-eda)[inputs]: Move desktop-files-utils from here...
[native-inputs]: ...to here.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>