gnu: rct: Be more idiomatic.

* gnu/packages/cpp.scm (rct): Move the call to 'git-version' into the
package definition.
[source]: Explicitly include the source URI rather than using
'home-page'.

gnu: linux-libre: Update to 5.0.8.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 5.0.8.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.35.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.35.
(%linux-libre-4.19-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.112.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.112.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.169.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.169.

gnu: Add r-styler.

* gnu/packages/cran.scm (r-styler): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: grammalecte: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/dictionaries.scm (grammalecte): Update to 1.0.1.
[source]: Update URL.

gnu: linkchecker: Shorten patch file name.

This file name was too long for 'tar', as reported by 'guix lint'.

* gnu/packages/patches/linkchecker-mark-more-tests-that-require-the-network.patch:
Rename to...
* gnu/packages/patches/linkchecker-tests-require-network.patch: ... this.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/web.scm (linkchecker)[source]: Likewise.

gnu: ocaml-dose3: Shorten patch file name.

This file name was too long for 'tar', as reported by 'guix lint'.

* gnu/packages/patches/ocaml-dose3-Add-unix-as-dependency-to-dose3.common-in-META.in.patch:
Rename to...
* gnu/packages/patches/ocaml-dose3-add-unix-dependency.patch: ... this.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-dose3)[source]: Adjust accordingly.

build: Show completion percentage while building.

* build-aux/compile-all.scm (%): New procedure.
(command-line): Use it to report completion.

maint: Build all the 'guix' packages in parallel.

Until now, the 'guix' package shipped in binary tarballs and system
images would be built sequentially for each system type, one at a time.
Now all of them can potentially be built in parallel.

* Makefile.am (system_flags): New function.
(release): Run "guix build guix" before "make binary-tarballs" and
before "guix system disk-image" to build all the 'guix' packages in
parallel.

maint: 'release' clears gettext-induced changes in doc/.

* Makefile.am (release): Run "git checkout ." in doc/

guix build: Accept multiple '-s' options.

* guix/scripts/build.scm (%default-options): Remove 'system'.
(%options) <--system>: Keep previous occurrences of 'system in RESULT.
(options->derivations)[system]: Remove.
[systems, things-to-build]: New variables.
[compute-derivation]: New procedure.
Iterate on all of SYSTEMS to compute the derivations of THINGS-TO-BUILD.
* tests/guix-build.sh: Add test for one and multiple '-s' flags.
* doc/guix.texi (Additional Build Options): Document this behavior.

gnu: r-seurat: Update to 3.0.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-seurat): Update to 3.0.0.
[propagated-inputs]: Remove r-dosnow, r-dplyr, r-dtw, r-foreach, r-fpc,
r-gplots, r-hdf5r, r-hmisc, r-httr, r-lars, r-mixtools, r-reshape2, and
r-tidyr; add r-future, r-future-apply, r-ggrepel, r-kernsmooth, r-rlang,
r-rsvd, r-scales, and r-sctransform.

gnu: Add r-sctransform.

* gnu/packages/cran.scm (r-sctransform): New variable.

gnu: r-urltools: Update to 1.7.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-urltools): Update to 1.7.3.

gnu: r-rdpack: Update to 0.11-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-rdpack): Update to 0.11-0.

gnu: r-sdmtools: Update to 1.1-221.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-sdmtools): Update to 1.1-221.1.

gnu: r-hardyweinberg: Update to 1.6.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-hardyweinberg): Update to 1.6.2.

gnu: r-clipr: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-clipr): Update to 0.6.0.

gnu: r-caret: Update to 6.0-83.

* gnu/packages/statistics.scm (r-caret): Update to 6.0-83.

gnu: klick: Fix build with latest scons.

* gnu/packages/music.scm (klick)[arguments]: Patch "SConstruct" file to make
it compatible with the current version of scons.

gnu: perl-datetime-timezone: Fix missing timezone data.

I noticed this when using Sqitch, on systems without /usr/share/zoneinfo,
actions like deploy fail.

* gnu/packages/perl.scm (perl-datetime-timezone)[arguments]: Add 'patch-tzdata
phase to replace /usr/share/zoneinfo with a reference to the tzdata package.
[inputs]: Add the tzdata package.

gnu: python2-send2trash: Don't inherit properties from python-send2trash.

This is a follow-up to commit 20b3fde7763a14f605ac8a0aba1abfa73a6e7dda.
Commits and beer do not mix well.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-send2trash): Inherit using STRIP-PYTHON2-VARIANT.

gnu: python-send2trash: Really delay Python2 variant.

This is a follow-up to commit 4782a06f45d515eebc4d1ee8e958def409a0ef9f, which
somehow solved my problem, but did so incorrectly.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-send2trash)[properties]: Refer to
PYTHON2-SEND2TRASH.

gnu: gpgme: Update to 1.13.0.

* gnu/packages/gnupg.scm (gpgme): Update to 1.13.0.
[source](patches): Remove.

gnu: python-send2trash: Properly delay python2 variant.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-send2trash)[properties]: Move from here ...
(python-send2trash)[properties]: ... to here.

gnu: python-service-identity: Update to 18.1.0.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-service-identity): Update to 18.1.0.

gnu: python-jsonschema: Update to 3.0.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-jsonschema): Update to 3.0.1.
[arguments]: Adjust check phase for Twisted instead of nosetests.
[native-inputs]: Remove PYTHON-NOSE and PYTHON-VCVERSIONER.  Add
PYTHON-SETUPTOOLS-SCM and PYTHON-TWISTED.
[propagated-inputs]: Add PYTHON-ATTRS, PYTHON-PYRSISTENT and PYTHON-SIX.
(python2-jsonschema)[native-inputs, propagated-inputs]: Inherit.

gnu: Add python-pyrsistent.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pyrsistent, python2-pyrsistent): New
public variables.

gnu: python-twisted: Update to 19.2.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-twisted): Update to 19.2.0.
[propagated-inputs]: Add PYTHON-PYHAMCREST.

gnu: python-automat: Update to 0.7.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-automat): Update to 0.7.0.

gnu: python-m2r: Update to 0.2.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-m2r): Update to 0.2.1.

gnu: python-idna: Update to 2.8.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-idna): Update to 2.8.

gnu: python-hyperlink: Update to 19.0.0.

* gnu/packages/python-web.scm (python-hyperlink): Update to 19.0.0.

gnu: python-zope-interface: Update to 4.6.0.

* gnu/packages/python-web.scm (python-zope-interface): Update to 4.6.0.

gnu: xmlsec: Update to 1.2.28.

* gnu/packages/xml.scm (xmlsec): Update to 1.2.28.

guile-build-system: Support building in parallel.

* guix/build/guile-build-system.scm (build): Use invoke-each, instead of
for-each, to use multiple cores if available.
(invoke-each, report-build-process): New procedures.

lint: 'check-github-url' uses our own 'open-connection-for-uri'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/35053>.
Reported by Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>.

Previously 'check-github-url' would let Guile 2.2's (web client) module
take care of opening the connection.  Consequently, it wouldn't use the
TLS priority strings that we use in (guix build download),
'open-connection-for-uri'.  In particular, it would not disable TLSv1.3,
which would trigger <https://bugs.gnu.org/34102> for github.com.

* guix/scripts/lint.scm (check-github-url): Add #:timeout parameter.
[follow-redirect]: Change parameter name to 'url' and pass it to
'string->uri'.  Call 'guix:open-connection-for-uri' to open the
connection and pass it to 'http-head' via #:port.

gnu: gnuastro: Update to 0.9.

* gnu/packages/astronomy.scm (gnuastro): Update to 0.9.
[native-inputs]: Add libtool.

gnu: nano: Update to 4.1.

* gnu/packages/nano.scm (nano): Update to 4.1.

gnu: xpra: Update to 2.5.1.

* gnu/packages/xorg.scm (xpra): Update to 2.5.1.

gnu: rclone: Update to 1.47.0.

* gnu/packages/sync.scm (rclone): Update to 1.47.0.

gnu: console-setup: Update to 1.191.

* gnu/packages/xorg.scm (console-setup): Update to 1.191.

installer: Sort keyboard layouts according to language and translations.

Previously, we would always (1) put English first, and (2) sort the
other layouts based on their English description.  This fixes both
issues.

* gnu/installer/newt/keymap.scm (sort-layouts)[layout<?]: New procedure.
[preferred]: New variable.
Partition according to both the 'name' and 'synopsis' fields.  Sort both
the main layouts and the other layouts according to 'layout<?'.

installer: Parse the 'shortDescription' field from xkeyboard-config.

* gnu/installer/keymap.scm (<x11-keymap-layout>)[synopsis]: New field.
(xkb-rules->models+layouts): Fill out the 'synopsis' field.

installer: Translate keyboard layout names.

* gnu/installer.scm (installer-program)[installer-builder]: Call
'bindtextdomain' for "xkeyboard-config".
* gnu/installer/newt/keymap.scm (run-keymap-page): Add calls to
'gettext'.

nls: Update 'de' translation.

nls: Update 'de' translation of the manual.

pull: '--url', '--commit', and '--branch' apply to the 'guix' channel.

Suggested by pkill9 <pkill9@runbox.com>.

* guix/scripts/pull.scm (channel-list): Apply REF and URL to the 'guix'
channel.
* doc/guix.texi (Invoking guix pull): Adjust accordingly.

installer: Sort items with 'string-locale<?'.

That way "Österreich" comes before "Schweiz" in a German locale (or
pretty much any sane locale.)

* gnu/installer/newt/page.scm (run-listbox-selection-page)[sort-listbox-items]:
Use 'string-locale<?' instead of 'string<=?'.

installer: Look up timezone name translations in "iso_3166-1".

* gnu/installer/newt/timezone.scm (run-timezone-page): Add call to
'gettext' for timezone names.

installer: Display language and territory names natively.

* gnu/installer.scm (installer-program): Add calls to 'bindtextdomain'.
* gnu/installer/newt/locale.scm (run-locale-page) <language, territory>:
Add calls to 'gettext'.

installer: Change language as soon as it has been chosen.

Previously we'd call 'setlocale' only after the complete 'locale' step
had finished.

* gnu/installer/newt/locale.scm (run-language-page): Set the 'LANGUAGE'
environment variable before returning.

gnu: guix: Update to b8b1e4d.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to b8b1e4d.

installer: Desktop environment page now includes window managers.

* gnu/installer/services.scm (<system-service>)[snippet]: Change to be a
list of sexps and add default value.
[packages]: New field.
(%system-services): Adjust 'snippet' fields to be lists of sexps.
Add Openbox, awesome, i3, and ratpoison.
(system-services->configuration): Adjust 'snippet' handling.  Honor
'packages' field.

gnu: guix: Don't pass '--with-libgcrypt-prefix'.

* gnu/packages/package-management.scm (guix)[arguments]: Remove
"--with-libgcrypt-prefix" from the configure flags.

build: No longer substitute 'LIBGCRYPT'.

This had become useless since ca719424455465fca4b872c371daf2a46de88b33.

* configure.ac (LIBGCRYPT): Remove.
* guix/config.scm.in (%libgcrypt): Remove.

self: Remove unused variable.

This variable is unused since commit
45779fa676419de8838cb26b6c7a24678a2be1cd.

* guix/self.scm (%dependency-variables): Remove.
* build-aux/build-self.scm (%dependency-variables): Remove.

gnu: awesome: Update home page.

* gnu/packages/wm.scm (awesome)[home-page]: Update.

services: fprintd: Fix service.

* gnu/services/authentication.scm (<fprintd-configuration>)[ntp]: Rename to...
[fprintd]: ...this.
(fprintd-dbus-service): New procedure.
(fprintd-service-type): Use it.
[default-value]: Add value.

gnu: gtkwave: Update to 3.3.100.

* gnu/packages/fpga.scm (gtkwave): Update to 3.3.100.

gnu: qsynth: Update to 0.5.6.

* gnu/packages/audio.scm (qsynth): Update to 0.5.6.

gnu: qjackctl: Update to 0.5.7.

* gnu/packages/audio.scm (qjackctl): Update to 0.5.7.

gnu: csound: Update to 6.12.2.

* gnu/packages/audio.scm (csound): Update to 6.12.2.

gnu: gtkwave: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/fpga.scm (gtkwave)[source]: Hard-code NAME.

gnu: calf: Update to 0.90.2.

* gnu/packages/audio.scm (calf): Update to 0.90.2.

gnu: the-legend-of-edgar: Update to 1.31.

* gnu/packages/games.scm (the-legend-of-edgar): Update to 1.31.
[inputs]: Use SDL 2 union.
[arguments]: Adjust accordingly.

gnu: dungeon-crawl-stone-soup: Update to 0.23.2.

* gnu/packages/games.scm (dungeon-crawl-stone-soup): Update to 0.23.2.

gnu: minetest: Update to 5.0.1.

* gnu/packages/games.scm (minetest): Update to 5.0.1.
games
minetest

gnu: snd: Update to 19.3.

* gnu/packages/audio.scm (snd): Update to 19.3.

gnu: bennu-game-development-modules: Fix typos.

* gnu/packages/game-development.scm (bennu-game-development-modules)
[synopsis, description]: Fix ‘developement’ spelling.

gnu: emacs-irony-mode: Fix typo in description.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-irony-mode)[description]:
Re-spell ‘resistent’.

gnu: rubberband: Update to 1.8.2.

* gnu/packages/audio.scm (rubberband): Update to 1.8.2.
[arguments]: Add ‘skip-jni-installation’ phase.

gnu: webkitgtk: Fix build on i686.

Fixes <https://bugs.gnu.org/35232>.

* gnu/packages/patches/webkitgtk-sse2.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk-2.24)[source](patches): New field.

gnu: epiphany: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/gnome.scm (epiphany)[source]: Hard-code NAME.

gnu: eolie: Update to 0.9.60.

* gnu/packages/gnome.scm (eolie): Update to 0.9.60.

gnu: docker, docker-cli: Update to 18.09.5.

* gnu/packages/docker.scm (%docker-version): Update to 18.09.5.

gnu: avrdude: Use @acronym{} mark-up.

* gnu/packages/flashing-tools.scm (avrdude)[description]: Use it.

gnu: avrdude: Update to 6.3.

* gnu/packages/flashing-tools.scm (avrdude): Update to 6.3.

gnu: singular: Update to 4.1.2p1.

* gnu/packages/algebra.scm (singular): Update to 4.1.2p1.

gnu: Add poedit.

* gnu/packages/poedit.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: Add lucene++.

* gnu/packages/rdf.scm (lucene++): New variable.

gnu: spice-gtk: Update to 0.36.

* gnu/packages/spice.scm (spice-gtk): Update to 0.36.
[inputs]: Add JSON-GLIB.
[arguments]: Disable session test.

gnu: spice-gtk: Propagate required inputs.

* gnu/packages/spice.scm (spice-gtk)[inputs]: Move GTK+, PIXMAN and OPENSSL ...
[propagated-inputs]: ... here.
(virt-viewer)[inputs]: Remove OPENSSL.

gnu: http-parser: Update to 2.9.2.

* gnu/packages/web.scm (http-parser): Update to 2.9.2.
[source](snippet): Remove.

gnu: nginx: Update to 1.15.12.

* gnu/packages/web.scm (nginx): Update to 1.15.12.

gnu: python-dask: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-dask): Update to 1.2.0.

gnu: libqmi: Update to 1.22.4.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libqmi): Update to 1.22.4.

gnu: libmbim: Update to 1.18.2.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libmbim): Update to 1.18.2.

gnu: bridge-utils: Update to 1.6.

* gnu/packages/linux.scm (bridge-utils): Update to 1.6.
[source]: Update project URL.

gnu: apfs-fuse: Fix ’file system’ spelling.

* gnu/packages/file-systems.scm (apfs-fuse)[synopsis]: Fix spelling.

gnu: lm-sensors: Update home page.

* gnu/packages/linux.scm (lm-sensors)[home-page]: Update.

gnu: Add sbcl-log4cl, cl-log4cl, and ecl-log4cl.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-log4cl, cl-log4cl, ecl-log4cl): New
variables.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: sbcl-bordeaux-threads: Update to 0.8.6-1.5dce49f.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-bordeaux-threads): Update to commit
5dce49f.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-ace-link.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ace-link): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: http-parser: Fix build on i686-linux.

Fixes a regression introduced in
c11fcc6aa27db5f68aed807a6190143f4a156564, whereby 'http-parser' would
fail to build on i686.

* gnu/packages/web.scm (http-parser)[source](modules, snippet): New
fields.

tests: Gracefully skip zlib test when zlib is missing.

* tests/zlib.scm: Use 'test-skip' instead of (exit 77)
when (zlib-available?) returns false.

gnu: slurm: Configure with a "standard" syslogdir.

Until now, we were using syslogdir=$prefix/etc, which did not exist.
Thus, commands would always fail like this:

  $ guix environment --ad-hoc slurm --pure -- squeue -u $USER
  squeue: error: s_p_parse_file: unable to status file /gnu/store/…-slurm-17.11.3/etc/slurm.conf: No such file or directory, retrying in 1sec up to 60sec

* gnu/packages/parallel.scm (slurm)[arguments]: Pass --sysconfdir.

gnu: Add libomp.

* gnu/packages/llvm.scm (libomp): New variable.