gnu: libusb-for-axoloti: Revert to 1.0.23.

* gnu/packages/axoloti.scm (libusb-for-axoloti): Revert to 1.0.23, because the
patch does not apply to the latest version.

gnu: guile-opengl: Fix linking with libGL.so.

* gnu/packages/gl.scm (guile-opengl)[arguments]: Fix reference to libGL.so.

gnu: Add instrain.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (instrain): New variable.

gnu: Add python-drep.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-drep): New variable.

gnu: Add python-lmfit.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-lmfit): New variable.

gnu: Add python-asteval.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-asteval): New variable.

gnu: Add python-uncertainties.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-uncertainties): New variable.

gnu: guile-email-latest: Update to 0.2.2-1.ca0520a.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-email-latest): Update to 0.2.2-1.ca0520a.

gnu: Add r-textplot.

* gnu/packages/cran.scm (r-textplot): New variable.

gnu: Add r-btm.

* gnu/packages/cran.scm (r-btm): New variable.

gnu: Add r-eyelinker.

* gnu/packages/cran.scm (r-eyelinker): New variable.

gnu: Add r-intervals.

* gnu/packages/cran.scm (r-intervals): New variable.

gnu: Add r-rtweet.

* gnu/packages/cran.scm (r-rtweet): New variable.

gnu: Add r-rworldmap.

* gnu/packages/cran.scm (r-rworldmap): New variable.

gnu: Add r-tmaptools.

* gnu/packages/cran.scm (r-tmaptools): New variable.

gnu: Add r-stars.

* gnu/packages/cran.scm (r-stars): New variable.

gnu: Add r-lwgeom.

* gnu/packages/cran.scm (r-lwgeom): New variable.

gnu: Add r-packcircles.

* gnu/packages/cran.scm (r-packcircles): New variable.

gnu: Add r-readtext.

* gnu/packages/cran.scm (r-readtext): New variable.

gnu: Add r-antiword.

* gnu/packages/cran.scm (r-antiword): New variable.

gnu: Add r-pdftools.

* gnu/packages/cran.scm (r-pdftools): New variable.

gnu: Add r-qpdf.

Cannot add to (gnu packages pdf) due to circular module dependency.

* gnu/packages/cran.scm (r-qpdf): New variable.

gnu: Add r-readods.

* gnu/packages/cran.scm (r-readods): New variable.

gnu: Add r-streamr

* gnu/packages/cran.scm (r-streamr): New variable.

gnu: Add r-ndjson.

* gnu/packages/cran.scm (r-ndjson): New variable.

gnu: gzstream: Add PIC flag.

* gnu/packages/compression.scm (gzstream) [arguments]: Add phase 'use-pic.

gnu: Add r-striprtf.

* gnu/packages/cran.scm (r-striprtf): New variable.

gnu: Add r-textclean.

* gnu/packages/cran.scm (r-textclean): New variable.

gnu: Add r-english.

* gnu/packages/cran.scm (r-english): New variable.

gnu: Add r-lexicon.

* gnu/packages/cran.scm (r-lexicon): New variable.

gnu: Add r-syuzhet.

* gnu/packages/cran.scm (r-syuzhet): New variable.

gnu: Add r-textshape.

* gnu/packages/cran.scm (r-textshape): New variable.

gnu: Add r-dtt.

* gnu/packages/algebra.scm (r-dtt): New variable.

gnu: Add r-mgsub.

* gnu/packages/cran.scm (r-mgsub): New variable.

gnu: Add r-qdapregex.

* gnu/packages/cran.scm (r-qdapregex): New variable.

gnu: Add r-esc.

* gnu/packages/statistics.scm (r-esc): New variable.

gnu: unzip: Remove redundant and unused "unzip-symlink.patch".

This is a followup to commit 31d289a4759909d24dd309ac24d42902a8c20da0,
which added, but did not use, "unzip-symlink.patch", which is
redundant with the pre-existing "unzip-initialize-symlink-flag.patch".

* gnu/packages/patches/unzip-symlink.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: OpenSSL: Refer to the version number in a more robust way.

* gnu/packages/tls.scm (openssl)[arguments]: Replace use of VERSION with
(PACKAGE-VERSION THIS-PACKAGE).
(openssl/fixed): Adjust accordingly.

gnu: ImageMagick: Refer to the version number in a more robust way.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick)[arguments]: Replace use of VERSION
with (PACKAGE-VERSION THIS-PACKAGE).
(imagemagick/fixed): Adjust accordingly.

gnu: libtiff: Refer to the version number in a more robust way.

* gnu/packages/image.scm (libtiff)[arguments]: Replace use of VERSION
with (PACKAGE-VERSION THIS-PACKAGE).
(libtiff/fixed): Adjust accordingly.

gnu: libhandy: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/gnome.scm (libhandy): Update to 1.2.0.

ci: Support packages with multiple channels.

This is a follow-up of 61a1165340a8bcc45550259edca25275d899fe09. For packages
provided by external channels, package-channels procedure will return at least
two channels. Take it into account.

* gnu/ci.scm (cuirass-jobs): Fix channels subset argument.

gnu: Update OnionShare to 2.3.1.

* gnu/packages/tor.scm (onionshare-cli): New variable.
(onionshare): Inherit from onionshare-cli.
[arguments]: Add patch-tests and install-data phases.  Adjust check phase for
new tests.
[inputs]: Remove python-pycryptodome, python-nautilus, python-sip,
python-stem, and python-pyqt.  Add onionshare-cli, python-shiboken-2,
python-pyside-2, python-qrcode.
[description]: Use new upstream description.

gnu: python-eventlet: Add missing dependencies.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-eventlet)[propagated-inputs]: Add
python-dnspython and python-monotonic.

gnu: Add python-flask-socketio.

* gnu/packages/python-web.scm (python-flask-socketio): New variable.

gnu: Add python-socketio.

* gnu/packages/python-web.scm (python-socketio): New variable.

gnu: Add python-engineio

* gnu/packages/python-web.scm (python-engineio): New variable.

gnu: Add python-bidict.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-bidict): New variable.

gnu: Add python-sortedcollections.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-sortedcollections): New variable.

gnu: Add python-sphinx-autodoc-typehints.

* gnu/packages/sphinx.scm (python-sphinx-autodoc-typehints): New variable.

gnu: Add python-sphobjinv.

* gnu/packages/sphinx.scm (python-sphobjinv): New variable.

gnu: pdfarranger: Update to 1.7.1.

* gnu/packages/pdf.scm (pdfarranger): Update to 1.7.1.

gnu: alacritty: Adjust to changes in the cargo-build-system.

* gnu/packages/terminals.scm (alacritty)[arguments]: Add flag to not
install source.

gnu: newsboat: Adjust to changes in cargo-build-system.

* gnu/packages/syndication.scm (newsboat)[arguments]: Add flag to not
install source.

gnu: librsvg-next: Adjust to changes in cargo-build-system.

* gnu/packages/gnome.scm (librsvg-next)[arguments]: Add flag to not
install source.

build-system/cargo: Propagate crates across builds.

* guix/build-system/cargo.scm (cargo-build): Add cargo-package-flags,
install-source flags.
* guix/build/cargo-build-system.scm (unpack-rust-crates, package): New
procedures.
(install): Also install crate sources.
(%standard-phases): Add new phases.
* doc/guix.texi (Packaging-guidelines)[Rust Crates]: Adjust to changes
in the cargo-build-system.

ci: Add channel subset support.

* gnu/ci.scm (cuirass-jobs): Add channel subset support.

gnu: mes: Remove aarch64-linux from supported-systems.

* gnu/packages/mes.scm (mes)[supported-systems]: Remove aarch64-linux.
Thinko: mes only builds on aarch64-linux using --system=armhf-linux.

gnu: mescc-tools: Build for armhf-linux and aarch64-linux too.

* gnu/packages/mes.scm (mescc-tools)[supported-systems]: New field, overriding
the v0.5.2 version.

bootstrap: mescc-tools-static: Base arguments on version 0.5.2.

* gnu/packages/make-bootstrap.scm (%mescc-tools-static)[arguments]: Use
fixed package-arguments of mescc-tools-0.5.2.

gnu: mes: Update to 0.23.

* gnu/packages/mes.scm (mes)[source]: Update to 0.23.
[supported-systems]: Add aarch64-linux, armhf-linux.
(mes-rb5)[version,source,supported-systems]: Revert to v0.22.

gnu: mes: Update to nyacc-1.00.2.

* gnu/packages/mes.scm (mes)[propagated-inputs]: Use nyacc-1.00.2.

gnu: Add nyacc-1.00.2.

* gnu/packages/mes.scm (nyacc-1.00.2): New variable.

gnu: mescc-tools: Update to 0.7.0.

* gnu/packages/mes.scm (mescc-tools)[source]: Update to 0.7.0.
[arguments]: Add patch-prefix phase to remove hardcoded "/usr/bin".

gnu: font-libertinus: Update to 7.040.

* gnu/packages/fonts.scm (font-libertinus): Update to 7.040.

gnu: font-abattis-cantarell: Update to 0.301.

* gnu/packages/fonts.scm (font-abattis-cantarell): Update to 0.301.

gnu: font-ibm-plex: Update to 5.1.3.

* gnu/packages/fonts.scm (font-ibm-plex): Update to 5.1.3.

gun: unzip/fixed: Fix tests on 32-bit systems.

* gnu/packages/patches/unzip-32bit-zipbomb-fix.patch: New patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/compression.scm (unzip/fixed): Apply patch.

gnu: unzip: Fix patch name.

This is what happens when you push without testing your changes :/

* gnu/packages/compression.scm (unzip)[source]: Adjust patch name.

gnu: unzip: Rename patch.

* gnu/packages/patches/unzip-case-insensitive.patch: Rename from
unzip-caseinsensitive.patch.

gnu: unzip: Add patches from Fedora [security fixes].

Non-exhaustively fixes CVE-2016-9844, CVE-2018-1000035, CVE-2018-18384, and
CVE-2019-13232.

* gnu/packages/patches/unzip-COVSCAN-fix-unterminated-string.patch,
gnu/packages/patches/unzip-CVE-2016-9844.patch,
gnu/packages/patches/unzip-CVE-2018-1000035.patch,
gnu/packages/patches/unzip-CVE-2018-18384.patch,
gnu/packages/patches/unzip-case-insensitive.patch,
gnu/packages/patches/unzip-alt-iconv-utf8-print.patch,
gnu/packages/patches/unzip-alt-iconv-utf8.patch,
gnu/packages/patches/unzip-close.patch,
gnu/packages/patches/unzip-exec-shield.patch,
gnu/packages/patches/unzip-fix-recmatch.patch,
gnu/packages/patches/unzip-manpage-fix.patch,
gnu/packages/patches/unzip-overflow.patch,
gnu/packages/patches/unzip-symlink.patch,
gnu/packages/patches/unzip-timestamp.patch,
gnu/packages/patches/unzip-valgrind.patch,
gnu/packages/patches/unzip-x-option.patch,
gnu/packages/patches/unzip-zipbomb-manpage.patch,
gnu/packages/patches/unzip-zipbomb-part1.patch,
gnu/packages/patches/unzip-zipbomb-part2.patch,
gnu/packages/patches/unzip-zipbomb-part3.patch: New patches.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register them.
* gnu/packages/compression.scm (unzip/fixed): New variable. Apply patches.
(unzip)[replacement]: Graft.

gnu: webkitgtk: Enable WOFF2 support.

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk):
[arguments]<#:configure-flags>: Remove "-DUSE_WOFF2=OFF".
[inputs]: Add woff2.

gnu: wpewebkit: Update to 2.30.5 [security fixes].

* gnu/packages/webkit.scm (wpewebkit): Update to 2.30.5.
[arguments]<#:configure-flags>: Add "-DUSE_SYSTEMD=OFF" and
"-DUSE_GSTREAMER_GL=OFF". Change "-DENABLE_ENCRYPTED_MEDIA=ON" to
"-DENABLE_ENCRYPTED_MEDIA=OFF" (DRM).

gnu: guix: Update to c8887a5.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to c8887a5.

gnu: emacs-elfeed-score: Fix description Texinfo syntax.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-elfeed-score)[description]:
Remove extra "@".

gnu-maintenance: Autoload (zlib).

* guix/gnu-maintenance.scm: Autoload (zlib).

inferior: Add <inferior> printer.

This avoids printing the whole package table in backtraces and such.

* guix/inferior.scm (write-inferior): New procedure.
<top level>: Call 'set-record-type-printer!'.

gnu: sudo: Update to 1.9.6.

* gnu/packages/admin.scm (sudo): Update to 1.9.6.

gnu: quagga: Use archived source tarball.

* gnu/packages/networking.scm (quagga)[source]: Download from Fossies archive.

tests: Remove obsolete comment.

This follows up on commit c05ceaf2b650d090cf39a048193505cb4e6bd257.

* tests/lint.scm: Remove comment.

Reported by morgansmith in #guix.

gnu: console-setup: Update to 1.201.

* gnu/packages/xorg.scm (console-setup): Update to 1.201.

gnu: qjackctl: Update to 0.9.1.

* gnu/packages/audio.scm (qjackctl): Update to 0.9.1.

gnu: Add syscall-intercept.

* gnu/packages/engineering.scm (syscall-intercept): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add guile-f-scm.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-f-scm): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add l2md.

* gnu/packages/mail.scm (l2md): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: terminator: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/gnome.scm (terminator): Update to 2.1.0.
[inputs]: Add python, python-dbus, python-notify2.
[arguments]: Add a phase to handle Python DBus. Disable tests.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: opencl-headers: Update to 2020.12.18

* gnu/packages/opencl.scm (opencl-headers): Update to 2020.12.18.
[version]: Use the latest tagged version, now that they exist.
[arguments]: Replace all phases with trivial header copy.
[license]: Change license to Apache 2.0 (happened in March 2020).

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: opencc: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/textutils.scm(opencc): Update to 1.1.1
[arguments]<#:out-of-source?>: Build in source tree.
<#:parallel-build?>: Disable.
<#:phases>: In "patch-3rd-party-references", fix the version of dependency.
Add phases "patch-python-binding-installation", "install-python-binding"
and "enable-bytecode-determinism".
[native-inputs]: Add python-setuptools and python-wheel.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: cagebreak: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/wm.scm (cagebreak): Update to 1.6.0.

gnu: python-scikit-image: Enable tests.

* gnu/packages/python-science.scm (python-scikit-image)[arguments]: Add phases
related to tests.
[native-inputs]: Add python-codecov, python-flake8, python-pytest,
python-pytest-cov, python-pytest-localserver, python-wheel.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: python-scikit-image: Update to 0.18.1.

* gnu/packages/python-science.scm (python-scikit-image): Update to 0.18.1.
[propagated-inputs]: Remove python-six.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add python-pooch.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pooch): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-org-msg.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-msg): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-elfeed-score.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-elfeed-score): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add xe.

* gnu/packages/parallel.scm (xe): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add clikan.

* gnu/packages/task-management.scm (clikan): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add python-click-default-group.

* /gnu/packages/python-xyz.scm (python-click-default-group): New
variable.

Co-authored-by: Raghav Gururajan <rg@raghavgururajan.name>
Co-authored-by: jgart <jgart@dismail.de>
Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-ox-haunt.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ox-haunt): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-ox-gemini: Fix version number.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ox-gemini)[version]: Set version number to
0 as set in the main library.

gnu: Add emacs-ox-gemini.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ox-gemini): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>