linux-boot: Handle nfs-root device strings.

* gnu/build/linux-boot.scm (device-string->file-system-device): Support
nfs-root "device" strings.
* gnu/build/file-systems.scm (canonicalize-device-spec): Support nfs-root
"device" strings.
* gnu/machine/ssh.scm (machine-check-file-system-availability): Avoid
checking of NFS file systems.
* gnu/system.scm (read-boot-parameters, device-sexp->device): Support
nfs-root "device" strings.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: nomad: Update to 0.2.0-alpha-100-g6a565d3.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (nomad): Update to 0.2.0-alpha-100-g6a565d3.
[source]: Use permanent redirect for source url.
[native-inputs]: Add gnu-gettext.
[inputs]: Add gstreamer, gst-plugins-base, gst-plugins-good, gst-plugins-bad,
gst-plugins-ugly.
[propagated-inputs]: Move to inputs gstreamer, gst-plugins-base, gst-plugins-good,
gst-plugins-bad, gst-plugins-ugly. Removed gsettings-desktop-scheme.
[arguments]: Set GST_PLUGINS_PATH, NOMAD_WEB_EXTENSION_DIR and GI_TYPELIB_PATH
variables in 'wrap-binaries phase.
[native-search-paths]: Remove it.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: Add Rust 1.46.

* gnu/packages/rust.scm (rust-1.46): New variable.

gnu: guix-data-service: Update to c596a1c.

* gnu/packages/web.scm (guix-data-service): Update to c596a1c.
[inputs]: Add guile-prometheus.

gnu: Add python-httpx.

* gnu/packages/python-web.scm (python-httpx): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: Add python-httpcore.

* gnu/packages/python-web.scm (python-httpcore): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: Add python-trio-typing.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-trio-typing): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: Add python-autoflake.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-autoflake): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: Add python-flake8-pie.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-flake8-pie): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: Add python-uvicorn.

* gnu/packages/python-web.scm (python-uvicorn): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: Add python-watchgod.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-watchgod): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: Add python-pytest-toolbox.

* gnu/packages/python-check.scm (python-pytest-toolbox): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: Add python-uvloop.

* gnu/packages/python-web.scm (python-uvloop): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: Add python-httptools.

* gnu/packages/python-web.scm (python-httptools): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: gnuastro: Update to 0.13.

* gnu/packages/astronomy.scm (gnuastro): Update to 0.13.

gnu: guile-pfds: When using Guile 3, compile as a r6rs library.

This allow the package to be resused by r6rs compliant scheme implementations
that expect *.sls files.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile2.2-pfds): Rename *.sls files to *.scm
since Guile 2 does not support the sls extension.
(guile-pfds): Removed the renaming of files to *.sls to *.scm.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: g-golf: Update to 0.1.0-822.84e894e.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (g-golf): Update to 0.1.0-822.84e894e.

This also fixes the version to the correct one which is 0.1.0.  Technically
g-golf does not actually have a release yet.  The author of g-golf confirmed
versions will start at 0.1.0 as autotools currently has that version.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: emacsy-minimal: Update to v0.4.1-31-g415d96f.

Emacsy now includes trivial fixes for 'end-of-line to be on par with Emacs
'end-of-line.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (emacsy-minimal): Update to v0.4.1-31-g415d96f.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: coq-equations: Update 1.2.1-8.10-2.

* gnu/packages/coq.scm (coq-equations): Update to 1.2.1-8.10-2.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: libsass: Update to 3.6.4.

* gnu/packages/web.scm (libsass): Update to 3.6.4.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: xournalpp: Fix path to addr2line binary.

* gnu/packages/pdf.scm (xournalpp)[arguments]: Add phase substituting path of
addr2line utility.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: libhandy: Update to 0.91.0.

* gnu/packages/gnome.scm (libhandy): Update to 0.91.0.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: xtl: Update to 0.6.18.

* gnu/packages/cpp.scm (xtl): Update to 0.6.18.

gnu: simple-scan: Update to 3.36.6.

* gnu/packages/gnome.scm (simple-scan): Update to 3.36.6.

gnu: Add node@10.22.

* gnu/packages/node.scm (node-10.22): New variable.

gnu: node: Downgrade to 10.20.0.

Fixes <https://issues.guix.gnu.org/43228>.

* gnu/packages/node.scm (node): Downgrade to 10.22.0.
[inputs]: Downgrade nghttp2 to 1.40.

gnu: Add ebusd.

* gnu/packages/embedded.scm (ebusd): New variable.

bootloader: Use "define" instead of "define*" for all records.

* gnu/bootloader/grub.scm (grub-minimal-bootloader): Use "define".
(grub-efi-bootloader): Use "define".
(grub-mkrescue-bootloader): Use "define".

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: linux-libre: Enforce the use of the correct deblobbing scripts.

* gnu/packages/linux.scm (deblob-scripts-5.8, deblob-scripts-5.4,
deblob-scripts-4.19, deblob-scripts-4.14, deblob-scripts-4.9,
deblob-scripts-4.4): Use the respective LINUX-LIBRE-X.Y-VERSION variables.

gnu: Do not truncate the version of the linux-libre deblobbing script file names.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-deblob-scripts): Use VERSION instead of
VERSION-MAJOR+MINOR.

gnu: linux-libre: Update to 5.8.7.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.8-version): Update to 5.8.7.
(linux-libre-5.8-pristine-source): Update hash.
(deblob-scripts-5.8): Update to 5.8.7.

gnu: linux-libre@5.4: Update to 5.4.63.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.63.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.
(deblob-scripts-5.4): Update to 5.4.63.

gnu: Add guile-prometheus.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-prometheus): New variable.

gnu: browserpass-native: Update to 3.0.7.

* gnu/packages/password-utils.scm (browserpass-native): Update to 3.0.7.

gnu: go-github-com-mattn-go-zglob: Update to 0.0.3.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-mattn-go-zglob): Update to 0.0.3.

gnu: kmonad: Update to 0.4.0.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (kmonad): Update to 0.4.0.
[arguments]: Update doc dir for new repo layout.
[inputs]: Add new dependencies.

gnu: pagekite: Update to 1.5.2.200725.

* gnu/packages/networking.scm (pagekite): Update to 1.5.2.200725.

bootloader: Add comment about grub configuration files.

* gnu/bootloader/grub.scm: Add comment about grub configuration files.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: mod-wsgi: Update to 4.7.1.

* gnu/packages/web.scm (mod-wsgi): Update to 4.7.1.

git: Export url-cache-directory.

* guix/git.scm (url-cache-directory): Export it.

gnu: Add go-github-com-tv42-httpunix.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-tv42-httpunix): New variable.

gnu: hydrogen: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/music.scm (hydrogen): Update to 1.0.1.

gnu: fet: Update to 5.46.1.

* gnu/packages/education.scm (fet): Update to 5.46.1.

gnu: emacs-cider: Update to 0.26.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-cider): Update to 0.26.1.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: emacs-perspective: Update to 2.11.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-perspective): Update to 2.11.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: emacs-chronometrist: Update to 0.5.5.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-chronometrist): Update to 0.5.5.
[propagated-inputs]: Add emacs-anaphora.

gnu: youtube-dl: Update to 2020.09.06.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2020.09.06.

gnu: Update Iosevka fonts from 3.2.2 to 3.4.7

* gnu/packages/fonts.scm (font-iosevka, font-iosevka-slab,
font-iosevka-term, font-iosevka-term-slab, font-iosevka-aile,
font-iosevka-etoile, font-iosevka-sparkle): Update to 3.4.7.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: lxqt-panel: Patch xkeyboard-config location.

* gnu/packages/lxqt.scm (lxqt-panel)[inputs]: Add xkeyboard-config.
[arguments]: Add custom phase to patch the path to xkeyboard-config in
kbindicator for reading the keyboard layouts.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: pspp: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/statistics.scm (pspp): Update to 1.4.1.

gnu: libphutil: Deprecate package.

This package was deprecated upstream and the functionality was moved
into arcanist and phabricator.

* gnu/packages/phabricator.scm (libphutil): Deprecate package.

gnu: arcanist: Update to 0.0.0-2.ceb082e.

* gnu/packages/phabricator.scm (arcanist): Update to 0.0.0-2.ceb082e.
[inputs]: Remove libphutil.
[arguments]: Adjust custom 'install phase for removed input. Wrap binary
with php.
[license]: Add license of vendored library.

gnu: seqmagick: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (seqmagick): Update to 0.8.0.

gnu: deluge: Update to 2.0.3.

* gnu/packages/bittorrent.scm (deluge): Update to 2.0.3.
[source]: Update URL.
[inputs]: Remove libtorrent, python2-chardet, python2-pygtk,
python2-pyopenssl, python2-pyxdg, python2-service-identity, python2-twisted.
[propagated-inputs]: Add gtk+, librsvg, libtorrent, python-pycairo,
python-chardet, python-dbus, python-mako, python-pygobject, python-pillow,
python-pyopenssl, python-pyxdg, python-rencode, python-service-identity,
python-setproctitle, python-six, python-twisted, and python-zope-interface.
[native-inputs]: Add python-wheel.
[arguments]: Disable tests.  Add 'fix-gettext-warning and 'wrap phase.

gnu: Add npiet.

* gnu/packages/piet.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

scripts: system: Expand some help messages.

* guix/scripts/system.scm (show-help): Add to '--share=SPEC' and
'--expose=SPEC' that it also works for containers.

gnu: dunst: Update to 1.5.0.

* gnu/packages/dunst.scm (dunst): Update to 1.5.0.

gnu: sbcl-ironclad: Update to 0.51.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-ironclad): Update to 0.51.

gnu: sbcl-cl-webkit: Update to 20200905.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-webkit): Update to 20200905.

gnu: python-docker-py: Rename to python-docker.

This is a follow-up to commit 3146b6da6dd3124f8693f48a9ed7ff8208324e23.

* gnu/packages/docker.scm (python-docker-py): Rename to...
(python-docker): ...this.
(docker-compose): Adjust inputs.
* gnu/packages/android.scm (fdroidserver): Adjust inputs.

gnu: Update gPodder to 3.10.16 and disable updater.

* gnu/packages/gpodder.scm (gpodder): Update to 3.10.16 and add patch.
* gnu/packages/patches/gpodder-disable-updater.patch: New file
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add patch

Signed-off-by: Andreas Enge <andreas@enge.fr>

gnu: Add sbcl-clim-examples.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-clim-examples): New variable.

gnu: Add sbcl-mcclim-raster-image.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-mcclim-raster-image): New variable.

gnu: Add sbcl-mcclim-test-util.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-mcclim-test-util): New variable.

gnu: linux-libre: Validate that the cleaned up tarball is free of blobs.

* gnu/packages/linux.scm (make-linux-libre-source): Call the deblob-check
script on the generated tarball archive with the --use-awk and --list-blobs
options.

gnu: make-linux-libre-source: Set output port buffering to line mode.

* gnu/packages/linux.scm (make-linux-libre-source): Set output port buffering
to line mode via setvbuf.  Remove the ad-hoc calls to force-output.

gnu: texlive-logreq: Correct synopsis.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-logreq)[synopsis]: Correct.

gnu: r-mnormt: Update to 2.0.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mnormt): Update to 2.0.2.

gnu: r-rfast: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-rfast): Update to 2.0.0.

gnu: r-systemfonts: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-systemfonts): Update to 0.3.0.
[propagated-inputs]: Add r-cpp11.

gnu: r-xgboost: Update to 1.2.0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-xgboost): Update to 1.2.0.1.

gnu: r-ingredients: Update to 2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-ingredients): Update to 2.0.

gnu: r-xmlparsedata: Update to 1.0.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-xmlparsedata): Update to 1.0.4.

gnu: r-rnifti: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-rnifti): Update to 1.2.1.

gnu: r-trend: Update to 1.1.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-trend): Update to 1.1.3.

gnu: r-ttr: Update to 0.24.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-ttr): Update to 0.24.2.

gnu: r-cicero: Update to 1.6.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cicero): Update to 1.6.2.

gnu: r-mixomics: Update to 6.12.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-mixomics): Update to 6.12.2.

gnu: r-atacseqqc: Update to 1.12.4.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-atacseqqc): Update to 1.12.4.

gnu: r-gkmsvm: Update to 0.81.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-gkmsvm): Update to 0.81.0.

gnu: r-chippeakanno: Update to 3.22.3.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-chippeakanno): Update to 3.22.3.

gnu: gmic: Update to 2.9.2.

* gnu/packages/image-processing.scm (gmic): Update to 2.9.2.

gnu: cifs-utils: Update to 6.11 [fixes CVE-2020-14342].

* gnu/packages/samba.scm (cifs-utils): Update to 6.11.

gnu: python-paramiko: Update to 2.7.2.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-paramiko): Update to 2.7.2.

gnu: Add texlive-logreq.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-logreq): New variable.

gnu: fpc: Fix reproducibility problem.

* gnu/packages/pascal.scm (fpc)[arguments]: Add 'patch-release-date' to
replace a build timestamp with the release date instead.

gnu: guix-jupyter: Fix compilation with Guile-JSON >= 4.3.x.

Reported by wehlutyk on #guix.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-jupyter)[source]: Avoid
'define-json-mapping' name clash with Guile-JSON.

gnu: r-httpuv: Unvendor libuv.

* gnu/packages/cran.scm (r-httpuv) [source]: Remove bundled libuv, add
patch.
[arguments] Rewrite header locations, fix pipe server issue.
[inputs] Add libuv.
* gnu/packages/patches/r-httpuv-1.5.4-unvendor-libuv.patch: New file.
* gnu/local.mk: Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: taglib: Update to 1.12-beta-1 [security fixes].

This switches to a yet unreleased version of taglib, to make sure long
standings issues and CVEs are covered until a proper release is made
upstream.

Among these, we have:

- CVE-2017-12678
- CVE-2018-11439
- https://github.com/taglib/taglib/issues/864

* gnu/packges/mp3.scm (taglib): Update to 1.12-beta-1.
[source]: Switch to using git-fetch.

gnu: node: Update 10.22.0.

* gnu/packages/node.scm (node): Update to 10.22.0.
[inputs]: Replace nghttp2 with nghttp2-1.41.

gnu: Remove emacs-seq package.

It is included with emacs and installing it alongside emacs 27 causes issues.

Fixes <https://bugs.gnu.org/43138>.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-bugs-hunter)[propagated-inputs]: Remove.
(emacs-erc-status-sidebar)[propagated-inputs]: Remove.
(emacs-psc-ide)[propagated-inputs]: Remove emacs-seq.
(emacs-biblio)[propagated-inputs]: Remove emacs-seq.
(emacs-seq): Delete variable.
(emacs-flycheck-haskell)[propagated-inputs]: Remove emacs-seq.

gnu: emacs-auctex: Configure executable paths.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-auctex): Configure absolute paths to
ghostscript and texlive executables.
[inputs]: Add ghostscript.

gnu: Add emacs-org-edna.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-edna): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: txr: Update to 243.

* gnu/packages/lisp.scm (txr): Update to 243.

gnu: kdenlive: Add ffmpeg to input list

* gnu/packages/kde.scm (kdenlive): Add ffmpeg to inputs and wrap
the final binary accordingly to have ffmpeg in it's PATH.
[inputs]: Add ffmpeg.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

.guix-authorizations: Add planglois to the committers.

* .guix-authorizations: Add planglois.

gnu: darktable: Add dependency on libavif, ocl-icd.

* gnu/packages/photo.scm (darktable)[inputs]: Add libavif, ocl-icd.
[arguments]: Set LD_LIBRARY_PATH for OpenCL.
[supported-systems]: Remove i686 which is not supported anymore.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: darktable: Update to 3.2.1.

* gnu/packages/photo.scm (darktable): Update to 3.2.1.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Document 'file-system-label' and 'uuid'.

* doc/guix.texi (File Systems): Document 'file-system-label' and 'uuid'.

doc: Syntax highlighting now handles @var within @lisp.

* doc/build.scm (syntax-highlighted-html)[build](concatenate-pieces):
Handle @var{name}.