gnu: bedops: Update to 2.4.14.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bedops): Update to 2.4.14.

gnu: Add wayland.

* gnu/packages/freedesktop.scm (wayland): New variable.

system: Rename 'sudoers' into 'sudoers-file'.

* gnu/system.scm (<operating-system>): Rename record field.
  (etc-directory): Rename argument.
  (operating-system-etc-directory): Adjust accordingly.
* doc/guix.texi (operating-system Reference): Likewise.

gnu: talloc: Change source URI to use https.

* gnu/packages/samba.scm (talloc)[source]: Change URI to use https.

gnu: qt: Add more inputs.

* gnu/packages/qt.scm (qt)[inputs]: Add cups, libmng, postgresql and unixodbc.

gnu: Add libmng.

* gnu/packages/image.scm (libmng): New variable.

gnu: qt: Update to 5.4.2.

* gnu/packages/qt.scm (qt): Update to 5.4.2.

gnu: qt-4: Update to 4.8.7.

* gnu/packages/qt.scm (qt-4): Update to 4.8.7.

gnu: talloc: Update to 2.1.2.

* gnu/packages/samba.scm (talloc): Update to 2.1.2.

gnu: calibre: Update to 2.30.0.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre): Update to 2.30.0.

gnu-maintenance: Use 'home-page' as an additional hint of "GNUness".

Reported by Rastus_Vernon on IRC.
Fixes 'gnu-package?' for GNUcash.

* guix/gnu-maintenance.scm (gnu-package?)[gnu-home-page?]: New procedure.  Use
  it to determine whether PACKAGE is GNU.

build: Don't build the guix-daemon man page when --disable-daemon.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20824>.
Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* doc.am (dist_man1_MANS): Conditionalize doc/guix-daemon.1 on BUILD_DAEMON.

gnu: qemu: Add fixes for CVE-2015-{4037,4103,4104,4105,4106}.

* gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-4037.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-4103.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-4104.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-4105.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-4106-pt1.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-4106-pt2.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-4106-pt3.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-4106-pt4.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-4106-pt5.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-4106-pt6.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-4106-pt7.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-4106-pt8.patch: New files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/qemu.scm (qemu-headless)[source]: Add patches.

gnu: git: Update to 2.4.3.

* gnu/packages/version-control.scm (git, git-manpages): Update to 2.4.3.

gnu: ffmpeg: Update to 2.7.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Update to 2.7.
  [native-inputs]: Add texinfo.

gnu: Add ruby-multipart-post.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-multipart-post): New variable.

gnu: Add ruby-slop.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-slop): New variable.

gnu: Add ruby-git.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-git): New variable.

gnu: Add ruby-minitest-bacon.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-minitest-bacon): New variable.

gnu: Add ruby-minitest-sprint.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-minitest-sprint): New variable.

gnu: Add ruby-minitest.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-minitest): New variable.

gnu: Add ruby-daemons.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-daemons): New variable.

gnu: Add ruby-net-http-persistent.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-net-http-persistent): New variable.

gnu: Add ruby-connection-pool.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-connection-pool): New variable.

gnu: Add ruby-arel.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-arel): New variable.

gnu: Add ruby-bacon.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-bacon): New variable.

gnu: Rename (gnu packages dwm) to (gnu packages suckless).

* gnu/packages/dwm.scm: Rename this ...
* gnu/packages/suckless.scm: ... to this.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Change dwm.scm to suckless.scm.

gnu: Add st.

* gnu/packages/dwm.scm (st): New variable.

services: Remove lsh service from %DESKTOP-SERVICES.

Suggested by Mark H Weaver and others
at <http://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2015-06/msg00227.html>.

* gnu/services/desktop.scm (%desktop-services): Remove call to 'lsh-service'.
* doc/guix.texi (Desktop Services): Adjust accordingly.

gnu: Add haskell-mode.

* gnu/packages/emacs.scm (haskell-mode): New variable.

gnu: python-scikit-learn: Update to 0.16.1.

* gnu/packages/python.scm (python-scikit-learn): Update to 0.16.1.

gnu: orfm: Update to 0.4.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (orfm): Update to 0.4.1.

gnu: python-scikit-learn: Use OpenBLAS instead of ATLAS.

* gnu/packages/python.scm (python-scikit-learn)[inputs]: Replace "atlas" with
  "openblas".
* gnu/packages/python.scm (python-scikit-learn)[arguments]: Remove build phase
  'set-environment-variables, which is only needed when ATLAS is used.

gnu: python-scipy: Build with OpenBLAS and lapack.

* gnu/packages/python.scm (python-scipy)[inputs]: Remove "atlas", add "lapack"
  and "openblas".
* gnu/packages/python.scm (python-scipy)[arguments]: Replace phase
  "set-environment-variables" with "configure-openblas".

gnu: python-numpy-bootstrap: Add lapack to inputs.

* gnu/packages/python.scm (python-numpy-bootstrap)[inputs]: Add lapack to
  inputs, because OpenBLAS does not include lapack functions.

gnu: lv2: Update to 1.12.0.

* gnu/packages/audio.scm (lv2): Update to 1.12.0.

gnu: screen: Update to 4.3.0.

* gnu/packages/screen.scm (screen): Update to 4.3.0.

gnu: openssl: Update to 1.0.2b.

* gnu/packages/openssl.scm (openssl): Update to 1.0.2b.

gnu: perl-net-ssleay: Disable test that fails with openssl-1.0.2b.

* gnu/packages/patches/perl-net-ssleay-disable-ede-test.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/openssl.scm (perl-net-ssleay): Add patch.

gnu: python: Disable ssl test that fails with openssl-1.0.2b.

* gnu/packages/patches/python-disable-ssl-test.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/python.scm (python): Add patch.

doc: Move most 'HACKING' informations into the manual.

* HACKING (Contributing): New section.
  (Building from Git, The Perfect Setup, Coding Style, Submitting Patches):
  Move to ...
* doc/guix.texi (Running Guix Before It Is Installed): Likewise.
* doc/contributing.texi: ... here. New file.
* doc.am (EXTRA_DIST): Use it.
* README (Installation): Adapt to it.
* configure.ac (DOT): Likewise.

gnu: guix: Wrap 'guix' so GUILE_LOAD_PATH includes the dependencies.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-0.8.2)[arguments]: Add
  'wrap-program' phase.

gnu: guix: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-0.8.2)[arguments]: Use
  'modify-phases' instead of 'alist-cons-before'.

gnu: Add hydra.

* gnu/packages/ci.scm: New file.
* gnu/packages/patches/hydra-automake-1.15.patch,
  gnu/packages/patches/hydra-disable-darcs-test.patch: New files.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add file.
  (dist_patch_DATA): Add patches.

gnu: Add Catalyst-Authentication-Store-DBIx-Class.

* gnu/packages/web.scm (perl-catalyst-authentication-store-dbix-class):
  New variable.

gnu: Add Catalyst-Plugin-Authorization-Roles.

* gnu/packages/web.scm (perl-catalyst-plugin-authorization-roles): New
  variable.

gnu: Add Set-Object.

* gnu/packages/perl.scm (perl-set-object): New variable.

gnu: Add powertabeditor.

* gnu/packages/music.scm (powertabeditor): New variable.

gnu: catch-framework: Update to 1.1.3.

* gnu/packages/check.scm (catch-framework): Update to 1.1.3.

gnu: Add rtmidi.

* gnu/packages/audio.scm (rtmidi): New variable.

gnu: Add pugixml.

* gnu/packages/xml.scm (pugixml): New variable.

gnu: Add RapidJSON.

* gnu/packages/web.scm (rapidjson): New variable.

gnu: Add withershins.

* gnu/packages/code.scm (withershins): New variable.

install: Use udev rules for device-mapper.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20791>.
Reported by Benz Schenk <benz.schenk@uzh.ch>.

* gnu/system/install.scm (installation-services): Add #:rules argument for
  'udev-service'.

gnu: Add OrfM.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (orfm): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <ricardo.wurmus@mdc-berlin.de>

gnu: icedtea7: Bootstrap with GCJ.

* gnu/packages/java.scm (icedtea7): Bootstrap with GCJ rather than compile
  with IcedTea6.

gnu: Add Couger.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (couger): New variable.

gnu: Add randomjungle.

* gnu/packages/machine-learning.scm (randomjungle): New variable.

gnu: Add python-libsvm.

* gnu/packages/machine-learning.scm (python-libsvm): New variable.

gnu: Add libsvm.

* gnu/packages/machine-learning.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: ngs-sdk: Update to version 1.1.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ngs-sdk): Update to version 1.1.1.

gnu: ghc: Patch runtime references to /bin/sh.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc)[arguments]: Rename
  'unpack-and-fix-testsuite' phase to 'unpack-testsuite-and-fix-bins'.
  Patch source files that reference /bin/sh.

build-system/haskell: install config for any package that creates it.

A Cabal package is allowed to declare an "empty" library, in an
otherwise executable-only package, for the purpose of allowing Cabal
to use it as a dependency for other packages.  See e.g. hspec-discover.

* guix/build/haskell-build-system.scm (register): Unconditionally call
  setup script with "register", and install any config file generated.

profiles: Process ghc conf files only once.

A package may be listed in the manifest inputs multiple times.  Avoid
copying ghc *.conf files twice by deleting duplicates.

* guix/profiles.scm (ghc-package-cache-file)[conf-files]: Delete
  duplicate manifest inputs before copying conf files.

profiles: Search for ghc conf files only if package db exists.

This avoids having 'find-files' report warnings about searching in
non-existent directories.

* guix/profiles.scm (ghc-package-cache-file)[conf-files]: Only search
  for *.conf files if the search directory exists.

Revert "gnu: openssl: Update to 1.0.2b."

This reverts commit 4f467e33de0b64b1afd935d14ec6a4839e03bdfc.

gnu: openssl: Update to 1.0.2b.

* gnu/packages/openssl.scm (openssl): Update to 1.0.2b.

tests: Avoid sequence of zero expressions.

* tests/records.scm ("define-record-type* with let* behavior"): Add missing
  body for clause.

records: Remove unnecessary 'begin'.

* guix/records.scm (define-record-type*): Remove unnecessary 'begin'.

tests: Write the random seed to the error port.

* guix/tests.scm (random-seed): New procedure.
  (%seed): Use it, and write the random seed to the error port.

gnu: guix: Update snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to a43b55f.
  [source]: Add 'file-name' field.
  [native-inputs]: Add HELP2MAN.

packages: Make 'location' field innate.

* guix/packages.scm (<package>)[location]: Add 'innate' property.
* guix/build-system/gnu.scm (static-package): Remove 'loc' parameter and
  'location' field.
* gnu/packages/autotools.scm (autoconf-wrapper): Remove 'location' field.
* gnu/packages/commencement.scm (gnu-make-boot0, diffutils-boot0, gcc-final):
  Likewise.
* gnu/packages/cross-base.scm (cross): Likewise.
* gnu/packages/emacs.scm (emacs-no-x, emacs-no-x-toolkit): Likewise.
* gnu/packages/make-bootstrap.scm (tarball-package): Likewise.
* gnu/packages/maths.scm (petsc-complex): Likewise.

records: Add support for 'innate' fields.

* guix/records.scm (make-syntactic-constructor): Add #:innate parameter.
  [record-inheritance]: Honor it.
  [innate-field?]: New procedure.
  (define-record-type*)[innate-field?]: New procedure.
  Pass #:innate to 'make-syntactic-constructor'.
* tests/records.scm ("define-record-type* & inherit & innate",
  "define-record-type* & thunked & innate"): New tests.

records: "options" → "properties".

* guix/records.scm (define-record-type*): Change "options" to "properties".

records: Factorize field property predicates.

* guix/records.scm (define-field-property-predicate): New macro.
  (define-record-type*)[thunked-field?, delayed-field?]: Use it.

records: Separate default-value handling.

* guix/records.scm (make-syntactic-constructor)[default-values]: New
  variable.
  [field-default-value]: New procedure.
  Use them.

records: Replace 'eval-when' with a proper 'define-syntax'.

* guix/records.scm (make-syntactic-constructor): Remove enclosing
  'eval-when'.  Turn into a 'syntax-rules' macro.

gnu: gnupg: Update to 2.1.5.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg): Update to 2.1.5.

gnu: Add librest.

* gnu/packages/gnome.scm (librest): New variable.

gnu: inetutils: Update to 1.9.4.

* gnu/packages/admin.scm (inetutils): Update to 1.9.4.

guix build: Allow directories to be passed to --with-source.

* guix/scripts/build.scm (package-with-source)[tarball-base-name]: Gracefully
  handle file names that lack an extension.
  Pass #:recursive? #t to 'download-to-store'.
* guix/download.scm (download-to-store): Add #:recursive? parameter and pass
  it to 'add-to-store'.
* doc/guix.texi (Invoking guix build): Add an example of --with-source with a
  directory.

environment: Connect to the store after the command line has been parsed.

* guix/scripts/environment.scm (guix-environment): Call 'parse-command-line'
  outside of 'with-store'.  This allows things like --help to run even if the
  daemon is not running.

build: Build man pages after the corresponding code.

* doc.am (doc/guix.1): Remove extraneous $(top_builddir)/.
  (doc/guix-daemon.1): Fix dependency.
  (doc/guix-$(1).1): Remove extraneous $(top_builddir)/.  Depend on the .go
  files instead of the .scm file.  Add dependency on scripts/guix.

daemon: Internationalize guix-daemon.

* nix/nix-daemon/guix-daemon.cc (n_, _): New macros.
  (guix_textdomain): New variable.
  (doc): Use 'n_'.
  (options): Likewise, and lowercase messages.
  (argp): Add initializer for 'argp_domain' field.
  (parse_opt): Use '_' for messages.
  (main): Likewise, and add calls to 'setlocale', 'bindtextdomain', and
  'textdomain'.
* daemon.am (guix_daemon_CPPFLAGS): Add -DLOCALEDIR.
* po/guix/Makevars (XGETTEXT_OPTIONS): Remove '--language' option.  Add
  '--keyword=n_'.
* po/guix/POTFILES.in: Add guix-daemon.cc.

gnu: qemu: Add fix for CVE-2015-3209.

* gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-3209.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/qemu.scm (qemu): Add patch.

gnu: cups: Update to 2.0.3.

* gnu/packages/cups.scm (cups): Update to 2.0.3.

gnu: linux-libre: Update to 4.0.5.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to 4.0.5.

guix-register: Use C++11 range 'for' loop instead of 'foreach' macro.

* nix/guix-register/guix-register.cc (register_validity): Use C++11 range
  'for' loop instead of 'foreach'.

guix-register: Perform deduplication even when --prefix is passed.

Fixes <http://bugs.gnu.org/19044>.

* nix/guix-register/guix-register.cc (register_validity): Change the (optimize
  && prefix.empty ()) condition to just (optimize).  Change settings.nixStore
  around the loop.  Prepend PREFIX to the argument passed to 'optimisePath'.
* tests/guix-register.sh: Use 'guix-register -p' with duplicate files, and
  make sure they are deduplicated on the target.  Adjust existing tests.

tests: Make the daemon socket explicit in guix-register test.

* tests/guix-register.sh: Define GUIX_DAEMON_SOCKET.  Pass it explicitly to
  'open-connection'.

guix system: init: Overwrite the items in the target store.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20722>.
Reported by Eric Bavier <ericbavier@openmailbox.org>.

* guix/scripts/system.scm (copy-item): Check whether DEST exists and remove it
  if it does.

install: Really overwrite TARGET/var/guix/profiles/system-1-link.

* gnu/build/install.scm (populate-root-file-system): Delete system-1-link
  under TARGET, not under /.  Use 'catch' and check for EEXIST instead of
  (false-if-exception (delete-file ...)).

ui: Replace the global 'symlink' binding.

* guix/ui.scm (symlink): Set! the global symlink.

doc: Add 'help2man' to HACKING.

* HACKING: Mention 'help2man'.

gnu: mysql: Update to 5.6.25.

* gnu/packages/databases.scm (mysql): Update to 5.6.25.
  [source]: Use 'version-major+minor'.
  [build-system]: Change to cmake-build-system.  Adjust arguments
  accordingly.
  [inputs]: Add libaio.  Remove procps.  Move perl to 'native-inputs'.

import: hackage: Refactor parsing code and add new options.

* guix/import/cabal.scm: New file.
* guix/import/hackage.scm: Update to use the new Cabal parsing module.
* tests/hackage.scm: Update tests.
* guix/scripts/import/hackage.scm: Add new '--cabal-environment' and '--stdin'
  options.
* doc/guix.texi: ... and document them.
* Makefile.am (MODULES): Add 'guix/import/cabal.scm',
  'guix/import/hackage.scm' and 'guix/scripts/import/hackage.scm'.
  (SCM_TESTS): Add 'tests/hackage.scm'.

gnu: Add proof-general.

* gnu/packages/ocaml.scm (proof-general): New variable.

doc: Suggest unpacking the binary tarball in /tmp.

Suggested by Thomas Schwinge <thomas@codesourcery.com> and others.

* doc/guix.texi (Binary Installation): Suggest unpacking in /tmp rather than /.

install: Omit /root from the binary tarball.

Suggested by Thomas Schwinge <thomas@codesourcery.com>.

* gnu/system/install.scm (self-contained-tarball): Remove
  "/root/.guix-profile" from the 'tar' arguments.
* doc/guix.texi (Binary Installation): Add a step to create
  ~root/.guix-profile.

monads: Allow n-ary '>>=' expressions.

Suggested by Federico Beffa <beffa@fbengineering.ch>.

* guix/monads.scm (bind-syntax): New macro.
  (with-monad): Use it instead of 'identifier-syntax'.
* tests/monads.scm (">>= with more than two arguments"): New test.
* doc/guix.texi (The Store Monad): Explain that there can be several MPROC.
  Add an example.