gnu: perl-email-sender: Update to 1.300028.

* gnu/packages/mail.scm (perl-email-sender): Update to 1.300028.

gnu: perl-xml-xpath: Update to 1.40.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-xpath): Update to 1.40.

gnu: perl-xml-compile-wsdl11: Update to 3.05.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-compile-wsdl11): Update to 3.05.

gnu: perl-xml-compile-soap: Update to 3.20.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-compile-soap): Update to 3.20.

gnu: perl-xml-compile-cache: Update to 1.05.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-compile-cache): Update to 1.05.

gnu: perl-xml-compile: Update to 1.54.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-compile): Update to 1.54.

gnu: perl-xml-dom: Update to 1.46.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-dom): Update to 1.46.
[propagated-inputs]: Add perl-xml-parser.

gnu: perl-xml-libxml-simple: Update to 0.97.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-libxml-simple): Update to 0.97.

gnu: perl-graph-readwrite: Update to 2.09.

* gnu/packages/xml.scm (perl-graph-readwrite): Update to 2.09.

gnu: perl-dbd-sqlite: Update to 1.52.

* gnu/packages/databases.scm (perl-dbd-sqlite): Update to 1.52.

gnu: perl-dbix-class-schema-loader: Update to 0.07046.

* gnu/packages/databases.scm (perl-dbix-class-schema-loader):
Update to 0.07046.

gnu: perl-dbix-class-introspectablem2m: Update to 0.001002.

* gnu/packages/databases.scm (perl-dbix-class-introspectablem2m):
Update to 0.001002.

gnu: perl-dbix-class-cursor-cached: Update to 1.001004.

* gnu/packages/databases.scm (perl-dbix-class-cursor-cached):
Update to 1.001004.

gnu: perl-dbix-class: Update to 0.082840.

* gnu/packages/databases.scm (perl-dbix-class): Update to 0.082840.

gnu: perl-email-simple: Update to 2.211.

* gnu/packages/mail.scm (perl-email-simple): Update to 2.211.

gnu: perl-namespace-autoclean: Update to 0.28.

* gnu/packages/perl.scm (perl-namespace-autoclean): Update to 0.28.

gnu: perl-class-method-modifiers: Update to 2.12.

* gnu/packages/perl.scm (perl-class-method-modifiers): Update to 2.12.

gnu: perl-email-mime-contenttype: Update to 1.018.

* gnu/packages/mail.scm (perl-email-mime-contenttype): Update to 1.018.

gnu: perl-email-mime: Update to 1.937.

* gnu/packages/mail.scm (perl-email-mime): Update to 1.937.

gnu: perl-email-messageid: Update to 1.406.

* gnu/packages/mail.scm (perl-email-messageid): Update to 1.406.

gnu: perl-email-address: Update to 1.908.

* gnu/packages/mail.scm (perl-email-address): Update to 1.908.

gnu: iw: Update to 4.9.

* gnu/packages/linux.scm (iw): Update to 4.9.

gnu: pciutils: Update to 3.5.2.

* gnu/packages/pciutils.scm (pciutils): Update to 3.5.2.

refresh: '--list-updaters' shows updater coverage.

* guix/scripts/refresh.scm (list-updaters-and-exit): Compute the
coverage ratio of each updater and print it.  Print the coverage ratio
for all the updaters.
* doc/guix.texi (Invoking guix refresh): Document it.

gnu-maintenance: Add kernel.org updater.

* guix/gnu-maintenance.scm (latest-kernel.org-release): New procedure.
(%kernel.org-updater): New variable.
* guix/scripts/refresh.scm (%updaters): Add it.

upstream: Properly verify signatures of uncompressed tarballs.

* guix/upstream.scm (uncompressed-tarball): New procedure.
(download-tarball): Use it when the basename of SIGNATURE-URL doesn't
contain the basename of URL.

refresh: Honor the selected updaters when '-u' isn't given.

Fixes a regression introduced in
e9c72306fdfd6a60158918850cb25d0ff3837d16.

* guix/scripts/refresh.scm (check-for-package-update): Add 'updaters'
parameter and honor it.
(guix-refresh): Pass UPDATERS to 'check-for-package-update'.

gnu-maintenance: Factorize URL prefix predicates.

* guix/gnu-maintenance.scm (url-prefix-predicate): New procedure.
(gnome-package?): Rewrite in terms of 'url-prefix-predicate'.
(kde-package?, xorg-package?): Remove.
(%kde-updater, %xorg-updater): Use 'url-prefix-predicate'.

tests: Create a copy-on-write image instead of copying eagerly.

* gnu/tests/install.scm (qemu-command/writable-image): Invoke 'qemu-img
-o backing_file' instead of calling 'copy-file'.

gnu: hdf5: Update to 1.8.18 [fixes CVE-2016-{4330,4331,4332,4333}].

* gnu/packages/maths.scm (hdf5): Update to 1.8.18.
[source]: Add alternate URL.

services: nginx: Join strings with spaces.

* gnu/services/web.scm (config-domain-strings, config-index-strings):
Use "string-join" to join strings with spaces.

gnu: gcj: Conditionally apply patch for armhf.

* gnu/packages/gcc.scm (gcj)[source]: Inherit from "gcc" package.
[native-inputs]: Conditionally add arm-patch.
[arguments]: Conditionally add phase "apply-arm-patch".

gnu: borg: Fix the test suite.

* gnu/packages/backup.scm (borg)[arguments]: Use
add-installed-pythonpath and disable tests related to FUSE.

gnu: git: Update to 2.11.0.

* gnu/packages/version-control.scm (git): Update to 2.11.0.

services: Add 'cuirass-service'.

* gnu/services/cuirass.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.
* doc/guix.texi (Continuous integration): New node.

gnu: Add Cuirass.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): New variable.

Co-authored-by: Jan Nieuwenhuizen <janneke@gnu.org>

gnu: guix-0.11.0: Add guile-ssh to inputs.

* gnu/packages/package-management.scm (guile-ssh)[inputs]: Add
  guile-ssh.
  [arguments]: Add guile-ssh to GUILE_LOAD_PATH.

gnu: frescobaldi: Disable tests.

* gnu/packages/music.scm (frescobaldi)[arguments]: Disable tests.

gnu: Add zzuf

* gnu/packages/debug.scm (zzuf): New variable.

gnu: libxfont: Update to 1.5.2.

* gnu/packages/xorg.scm (libxfont): Update to 1.5.2.

gnu: gphoto2, libgphoto2: Use libjpeg-turbo.

* gnu/packages/photo.scm (gphoto2, libgphoto2)[inputs]: Add libjpeg-turbo.

gnu: spice: Use libjpeg-turbo instead of libjpeg.

* gnu/packages/spice.scm (spice)[inputs]: Use libjpeg-turbo as suggested
during the build.

gnu: icecat: Use libjpeg-turbo instead of bundled libjpeg.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source]: Remove bundled libjpeg, which
is actually libjpeg-turbo.
[inputs]: Add libjpeg-turbo.
[arguments]: Use it.

gnu: Add libjpeg-turbo.

* gnu/packages/image.scm (libjpeg-turbo): New variable.

gnu: kauth: Fix cmake macros to be used by other packages.

* gnu/packages/kde-framework.scm (kauth)[phases]: New phase
  fix-cmake-install-paths.

gnu: extra-cmake-modules: Always install into /lib and not into /lib64.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (extra-cmake-modules)[phases]:
  New phase fix-lib-path.

gnu: Add ksyntaxhighlighting.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (ksyntaxhighlighting): New variable.

gnu: Update kde-frameworks to 5.28.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kpackage): Update to 5.28.1
  (extra-cmake-modules, attica, bluez-qt, breeze-icons, kapidox,
  karchive, kcodecs, kconfig, kcoreaddons, kdbusaddons, kdnssd,
  kguiaddons, ki18n, kidletime, kitemmodels, kitemviews, kplotting,
  kwayland, kwidgetsaddons, kwindowsystem, modemmanager-qt,
  networkmanager-qt, oxygen-icons, solid, sonnet, threadweaver, kauth,
  kcompletion, kcrash, kdoctools, kfilemetadata, kimageformats,
  kjobwidgets, knotifications, kpty, kunitconversion, baloo,
  kactivities, kactivities-stats, kbookmarks, kcmutils,
  kconfigwidgets, kdeclarative, kded, kdesignerplugin, kdesu,
  kemoticons, kglobalaccel, kiconthemes, kinit, kio, knewstuff,
  knotifyconfig, kparts, kpeople, krunner, kservice, ktexteditor,
  ktextwidgets, kwallet, kxmlgui, kxmlrpcclient, plasma-framework,
  frameworkintegration): Update to 5.28.0

Merge branch 'python-build-system'.

gnu: python2-discogs-client: Remove python2-setuptools from inputs.

* gnu/packages/music.scm (python2-discogs-client): Use simply
  "package-with-python2". Remove inheriting from python-discogs-client
  since adding python2-setuptools to [native-inputs] has been the sole
  reason for inheriting.
  (python-discogs-client) Remove the now needless [properties]
  "python2-variant".

gnu: dovecot: Update to 2.2.26.0.

* gnu/packages/mail.scm (dovecot): Update to 2.2.26.0.
[arguments]: Patch shebangs in test file.

Merge branch 'master' into python-build-system

gnu: wicd: Fix build.

* gnu/packages/wicd.scm (wicd) [arguments]: Disable installation
  via setuptools (and --single-version-externally-managed).

gnu: wxPython: Remove useless inputs.

* gnu/packages/wxwidgets.scm (python2-wxpython) [native-inputs]: Remove
  setuptools, which is already included in python.

gnu: wxPython: Fix build.

* gnu/packages/wxwidgets.scm (python2-wxpython) [arguments]: Disable
  installation via setuptools (and --single-version-externally-managed).

gnu: oxygen-icons: Add 'upstream-name' property.

Fixes <http://bugs.gnu.org/25020>.
Reported by Hartmut Goebel <h.goebel@goebel-consult.de>.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (oxygen-icons)[properties]: New
field.

gnu-maintenance: 'latest-kde-release' honors 'upstream-name' properties.

* guix/gnu-maintenance.scm (latest-kde-release): Honor the
'upstream-name' property of PACKAGE.

refresh: Warn about packages that lack an updater.

* guix/upstream.scm (package-update-path): Rename to...
(package-latest-release): ... this.  Remove 'version>?' check.
(package-latest-release*): New procedure.
(package-update): Use it.
* guix/scripts/refresh.scm (lookup-updater): Rename to...
(lookup-updater-by-name): ... this.
(warn-no-updater): New procedure.
(update-package): Add #:warn? parameter and honor it.
(check-for-package-update): New procedure.
(guix-refresh)[warn?]: New variable.
Replace inline code when UPDATE? is false with a call to
'check-for-package-update'.
Pass WARN? to 'check-for-package-update' and 'update-package'.
* doc/guix.texi (Invoking guix refresh): Document it.  Fix a couple of
typos.

gnu: efl: Update to 1.18.3.

* gnu/packages/enlightenment.scm (efl): Update to 1.18.3.

gnu: wine: Use 'modify-phases' syntax.

* gnu/packages/wine.scm (wine)[arguments]: Use 'modify-phases' syntax.

gnu: wine: Update to 1.9.24.

* gnu/packages/wine.scm (wine): Update to 1.9.24.
[home-page]: Use https.

gnu: Add non-session-manager.

* gnu/packages/music.scm (non-session-manager): New variable.

gnu: offlineimap: Update to 7.0.10.

* gnu/packages/mail.scm (offlineimap): Update to 7.0.10.

gnu: cairo: Fix CVE-2016-9082.

* gnu/packages/gtk.scm (cairo)[replacement]: New field.
(cairo/fixed): New variable.
(cairo-xcb)[source]: Use patch.
[replacement]: New field, set false.
* gnu/packages/pdf.scm (poppler)[inputs]: Custom cairo should be
replaced by a new custom patched cairo.
* gnu/packages/patches/cairo-CVE-2016-9082.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: Add viewnior.

* gnu/packages/image-viewers.scm (viewnior): New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: Add wgetpaste.

* gnu/packages/wget.scm (wgetpaste): New variable.

gnu: aspell-dict-en: Update to 2016.11.20-0.

* gnu/packages/aspell.scm (aspell-dict-en): Update to 2016.11.20-0.

gnu: Allow nfs file systems to be automatically mounted.

* gnu/build/file-systems.scm (mount-file-system): Append target addr= when
mounting nfs filesystems.

gnu: perl-dbd-mysql: Update to 4.041 [security fix].

* gnu/packages/databases.scm (perl-dbd-mysql): Update to 4.041.
[source]: Update CPAN URI.

vm: Avoid needless file copy in 'load-in-linux-vm'.

Reported by Chris Webber.

* gnu/build/vm.scm (load-in-linux-vm)[image-file]: Remove.  Directly
refer to OUTPUT instead.

pull: Set '%nix-instantiate' to a sensible value.

Reported by ng0 <ng0@libertad.pw>.
Fixes <http://bugs.gnu.org/25053>.

* guix/build/pull.scm (build-guix): Replace "@NIX_INSTANTIATE@" in
guix/config.scm with "nix-instantiate".

doc: Document NSS incompatibility issues on foreign distros.

* doc/guix.texi (Application Setup)[Name Service Switch]: New
subsection.

gnu: Add r-gkmsvm.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gkmsvm): New variable.

gnu: Add r-rocr.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rocr): New variable.

gnu: Add r-gplots.

* gnu/packages/statistics.scm (r-gplots): New variable.

gnu: Add r-gdata.

* gnu/packages/statistics.scm (r-gdata): New variable.

gnu: Add r-seqgl.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-seqgl): New variable.

gnu: Add r-chipkernels.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-chipkernels): New variable.

gnu: Add r-gtools.

* gnu/packages/statistics.scm (r-gtools): New variable.

gnu: Add r-kernlab.

* gnu/packages/machine-learning.scm (r-kernlab): New variable.

gnu: Add r-sfsmisc.

* gnu/packages/statistics.scm (r-sfsmisc): New variable.

gnu: Add r-wgcna.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-wgcna): New variable.

gnu: Add r-fastcluster.

* gnu/packages/statistics.scm (r-fastcluster): New variable.

gnu: Add r-preprocesscore.

* gnu/packages/statistics.scm (r-preprocesscore): New variable.

gnu: Add r-dynamictreecut.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dynamictreecut): New variable.

gnu: Add r-r4rna.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-r4rna): New variable.

gnu: Add r-spams.

* gnu/packages/statistics.scm (r-spams): New variable.

gnu: Add r-googlesheets.

* gnu/packages/statistics.scm (r-googlesheets): New variable.

gnu: Add r-cellranger.

* gnu/packages/statistics.scm (r-cellranger): New variable.

gnu: Add r-rematch.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rematch): New variable.

doc: Suggest installing gvfs.

* gnu/system/examples/desktop.tmpl: Add gvfs to the system-wide list of
packages.

gnu: lv2: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/audio.scm (lv2): Update to 1.14.0.

gnu: non-sequencer: Update to 1.9.5-2.a22f33f.

* gnu/packages/music.scm (non-sequencer): Update to 1.9.5-2.a22f33f.

gnu: ntp: Update to 4.2.8p9.

* gnu/packages/ntp.scm (ntp): Update to 4.2.8p9.

gnu: ntp: Fix indentation.

* gnu/packages/ntp.scm (ntp): Fix indentation to only use spaces.

gnu: Add editres.

* gnu/packages/xorg.scm (editres): New variable.

gnu: Add newick-utils.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (newick-utils): New variable.

pull: Hack to allow compilation with older Guile-SSH packages.

Reported by iyzsong@member.fsf.org (宋文武)
at <https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2016-11/msg01045.html>.

* build-aux/build-self.scm (build): Set 'LTDL_LIBRARY_PATH' when
GUILE-SSH has a "0.9." version prefix.

gnu: jasper: Update to 2.0.0 [fixes security issues].

* gnu/packages/image.scm (jasper): Update to 2.0.0.
[build-system]: Switch to cmake-build-system.

gnu: gphoto2: Update to 2.5.11.

* gnu/packages/photo.scm (gphoto2): Update to 2.5.11.