gnu: python-click-threading: Update to 0.4.3.

* gnu/packages/python.scm (python-click-threading): Update to 0.4.3.
[source]: Use pypi-uri.

gnu: python-icalendar: Update to 3.11.7.

* gnu/packages/python.scm (python-icalendar): Update to 3.11.7.

gnu: r-genomicalignments: Update to 1.12.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicalignments): Update to 1.12.2.

gnu: r-tidyr: Update to 0.7.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-tidyr): Update to 0.7.0.
[propagated-inputs]: Remove r-lazyeval; add r-glue, r-purrr, r-rlang, and
r-tidyselect.

gnu: Add r-tidyselect.

* gnu/packages/statistics.scm (r-tidyselect): New variable.

gnu: r-vegan: Update to 2.4-4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-vegan): Update to 2.4-4.
[native-inputs]: Remove r-knitr.

gnu: r-maldiquant: Update to 1.16.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-maldiquant): Update to 1.16.4.

gnu: r-bookdown: Update to 0.5.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-bookdown): Update to 0.5.

gnu: r-ksamples: Update to 1.2-7.

* gnu/packages/cran.scm (r-ksamples): Update to 1.2-7.

gnu: r-distillery: Update to 1.0-4.

* gnu/packages/cran.scm (r-distillery): Update to 1.0-4.

gnu: r-sp: Update to 1.2-5.

* gnu/packages/cran.scm (r-sp): Update to 1.2-5.

gnu: r-ggally: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggally): Update to 1.3.2.

gnu: r-reshape: Update to 0.8.7.

* gnu/packages/cran.scm (r-reshape): Update to 0.8.7.

gnu: r-powerlaw: Update to 0.70.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-powerlaw): Update to 0.70.1.

gnu: r-circlize: Update to 0.4.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-circlize): Update to 0.4.1.

gnu: r-shape: Update to 1.4.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-shape): Update to 1.4.3.

gnu: r-tclust: Update to 1.3-1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-tclust): Update to 1.3-1.

gnu: r-fastcluster: Update to 1.1.24.

* gnu/packages/statistics.scm (r-fastcluster): Update to 1.1.24.

gnu: r-rcpparmadillo: Update to 0.7.960.1.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rcpparmadillo): Update to 0.7.960.1.2.

gnu: r-plotrix: Update to 3.6-6.

* gnu/packages/statistics.scm (r-plotrix): Update to 3.6-6.

gnu: r-httr: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-httr): Update to 1.3.1.
[propagated-inputs]: Remove r-digest and r-stringr.

gnu: r-commonmark: Update to 1.4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-commonmark): Update to 1.4.

gnu: r-ade4: Update to 1.7-8.

* gnu/packages/statistics.scm (r-ade4): Update to 1.7-8.

gnu: r-tibble: Update to 1.3.4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-tibble): Update to 1.3.4.

gnu: r-rlang: Update to 0.1.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rlang): Update to 0.1.2.

gnu: r-knitr: Update to 1.17.

* gnu/packages/statistics.scm (r-knitr): Update to 1.17.

gnu: r-bh: Update to 1.65.0-1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-bh): Update to 1.65.0-1.

gnu: r-scales: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-scales): Update to 0.5.0.
[propagated-inputs]: Add r-r6 and r-viridislite.

gnu: r-mgcv: Update to 1.8-19.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mgcv): Update to 1.8-19.

gnu: r-matrix: Update to 1.2-11.

* gnu/packages/statistics.scm (r-matrix): Update to 1.2-11.

gnu: r-servr: Update to 0.7.

* gnu/packages/web.scm (r-servr): Update to 0.7.

gnu: php: Update to 7.1.9.

* gnu/packages/php.scm (php): Update to 7.1.9.

gnu: java-slf4j-api: Fix tests.

* gnu/packages/java.scm (java-slf4j-api)[arguments]: Enable tests
Adjust the jar content to prevent a test failure.

gnu: djvulibre: Remove timestamps from .svgz files.

* gnu/packages/djvu.scm (djvulibre)[arguments]: New field.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-tuareg.

* gnu/packages/ocaml.scm (emacs-tuareg): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-ebuild-mode: Update to 1.37.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ebuild-mode): Update to 1.37.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-2048-game.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-2048-game): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

packages: 'fold-packages' takes an optional 'modules' parameter.

Suggested by Christopher Baines <mail@cbaines.net>.

* gnu/packages.scm (fold-packages): Add optional 'modules' parameter and
honor it.

scripts: Remove 'max-silent-time' from the default options.

Fixes <http://bugs.gnu.org/27157>.

Having a finite default `max-silent-time' value for scripts such as 'guix
environment' could lead to timeouts when building subtitutes; this was
undesirable.

This change also fixes client behavior to match the documentation, which
is that by default the daemon's settings are honored.

* guix/scripts/archive.scm (%default-options): Remove max-silent-time entry.
* guix/scripts/copy.scm (%default-options): Likewise.
* guix/scripts/environment.scm (%default-options): Likewise.
* guix/scripts/pack.scm (%default-options): Likewise.
* guix/scripts/package.scm (%default-options): Likewise.
* guix/scripts/pull.scm (%default-options): Likewise.
* guix/scripts/system.scm (%default-options): Likewise.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: r-rcas: Correct license.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rcas)[license]: Use correct license.

gnu: r-rcas: Update to 1.3.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rcas): Update to 1.3.3.

gnu: mysql: Enable tests on aarch64.

* gnu/packages/databases.scm (mysql)[arguments]: Remove logic disabling
the tests on aarch64-linux.

gnu: vsearch: Update to 2.4.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (vsearch): Update to 2.4.4.

gnu: metabat: Update to 2.12.1.

* gnu/packages/patches/metabat-remove-compilation-date.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.
* gnu/packages/bioinformatics.scm (metabat): Update to 2.12.1.
[source]: Remove it.  Use url-fetch.

gnu: netcdf: Fix reproducibility issue; remove unneeded references.

* gnu/packages/maths.scm (netcdf) [arguments]: Add phase to fix the embedded
  'Configured On' date; truncate reference to compiler store item.

gnu: hdf4: Avoid unneeded store references to compilers.

* gnu/packages/maths.scm (hdf4) [arguments]: Add phase 'patch-settings to
  truncate hashes of compiler store items.

gnu: hdf5: Avoid unneeded store references to compilers.

* gnu/packages/maths.scm (hdf5) [arguments]: Add phase to patch
  "libhdf5.settings", removing references to the C/C++/Fortran compilers.

gnu: hdf5: Add output for fortran interface.

* gnu/packages/maths.scm (hdf5) [native-inputs]: Add gfortran.
  [outputs]: Add "fortran".
  [arguments]: Enable Fortran compilation; add "/lib" directory of the fortran
  output to the runpath of the Fortran libs; add a 'split phase to move
  all Fortran-related files to the the Fortran output store location.

gnu: python2-larch: Enable tests.

* gnu/packages/patches/python2-larch-coverage-4.0a6-compatibility.patch: New
file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/python.scm (python2-larch)[source]: Use it.
[arguments]: Move 'check' phase to before 'build' phase.

gnu: python2-ttystatus: Enable tests.

* gnu/packages/python.scm (python2-ttystatus)[arguments]: Replace 'check'
phase with custom function.

gnu: python2-cliapp: Enable tests.

* gnu/packages/python.scm (python2-cliapp)[arguments]: Replace 'check' phase
with custom function.

gnu: linux-libre: Update to 4.12.10.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.12.10.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.46.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.46.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.85.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.85.

gnu: libxml2/fixed: Use patches from inherited package.

This is a followup to 76fed2b3c4e3703d1ad81c4330edd94d551b6334.

* gnu/packages/xml.scm (libxml2/fixed)(patches): Inherit patches from LIBXML2.

gnu: graphicsmagick: Fix CVE-2017-{13775,13776,13777}.

* gnu/packages/imagemagick.scm (graphicsmagick)[source]: Add patches.
* gnu/packages/patches/graphicsmagick-CVE-2017-13775.patch,
gnu/packages/patches/graphicsmagick-CVE-2017-13776+CVE-2017-13777.patch:
New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register them.

gnu: efl: Update to 1.20.3.

* gnu/packages/enlightenment.scm (efl): Update to 1.20.3.

gnu: Fix current-guix.

Without this change, I get errors like:
  ERROR: In procedure string-drop:
  ERROR: Value out of range 0 to 35: 51

* gnu/packages/package-management.scm (current-guix): Pass exactly the same
  path to git-predicate and local-file, to ensure that the select? function is
  compatible.

gnu: sddm: Update to 0.15.0.

* gnu/packages/display-managers.scm (sddm): Update to 0.15.0.
[source]: Update tarball name.
[inputs]: Add ELOGIND.
[arguments]: Adjust #:configure-flags for elogind support. Add phase to
patch hard-coded loginctl reference.

gnu: libxml2: Fix CVE-2017-{0663,7375,7376,9047,9048,9049,9050}.

* gnu/packages/patches/libxml2-CVE-2017-0663.patch,
gnu/packages/patches/libxml2-CVE-2017-7375.patch,
gnu/packages/patches/libxml2-CVE-2017-7376.patch,
gnu/packages/patches/libxml2-CVE-2017-9047+CVE-2017-9048.patch,
gnu/packages/patches/libxml2-CVE-2017-9049+CVE-2017-9050.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/xml.scm (libxml2)[replacement]: New field.
(libxml2/fixed): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: postgresql: Update to 9.6.5.

* gnu/packages/databases.scm (postgresql): Update to 9.6.5.

Release-notes: https://www.postgresql.org/docs/9.6/static/release-9-6-5.html

gnu: Remove python2-rpy2.

Python 2 is no longer supported.

* gnu/packages/python.scm (python2-rpy2): Remove variable.

gnu: python-rpy2: Update to 2.9.0.

* gnu/packages/python.scm (python-rpy2): Update to 2.9.0.
[arguments]: Run tests before install phase; add build phase "fix-tests".
[propagated-inputs]: Add python-jinja2 and python-pytz.
[inputs]: Add r-ggplot2, r-rsqlite, r-dplyr, r-dbplyr, and python-numpy.

gnu: python-rpy2: Update license.

* gnu/packages/python.scm (python-rpy2)[license]: Correct GPLv3+ to GPLv2+;
list additional licenses.

gnu: Add r-dbplyr.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dbplyr): New variable.

gnu: retux: Update to 1.3.5.

* gnu/packages/games.scm (retux): Update to 1.3.5.

gnu: python-tmx: Update to 1.10.

* gnu/packages/game-development.scm (python-tmx): Update to 1.10.

gnu: python-sge-pygame: Update to 1.5.1.

* gnu/packages/game-development.scm (python-sge-pygame,
python2-sge-pygame): Update to 1.5.1.

gnu: python-pyjwt: Update to 1.5.2 [fixes CVE-2017-11424].

* gnu/packages/python.scm (python-pyjwt): Update to 1.5.2.
[source]: Add snippet to remove pre-compiled files.
[native-inputs]: Change PYTHON-PYTEST to PYTHON-PYTEST-3.0.

gnu: Add emacs-idris-mode.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-idris-mode): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-prop-menu.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-prop-menu): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: mpd: Remove the mpd-file field.

Since MPD switches user, the pid-file must be in a writable dir.  This
is now always /var/run/mpd/(user)/pid.

* gnu/services/audio.scm (mpd-service-type): Add a activation-service
extension.
(<mpd-configuration>)[pid-file]: Remove.
(mpd-service): Rename to...
(mpd-shepherd-service): ... this.
(mpd-file-name, mpd-service-activation): New procedure.
* doc/guix.texi (Audio Services): Document the changes.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: knot: Update to 2.5.4.

* gnu/packages/dns.scm (knot): Update to 2.5.4.

gnu: Add pt-scotch32.

* gnu/packages/maths.scm (pt-scotch32): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add "scotch32".

* gnu/packages/maths.scm (scotch32): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: bioinformatics: Work around more "dotless @INC" build failures.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ncbi-vdb, sra-tools)[arguments]: Add
'set-perl-search-path' phase.

gnu: ruby-2.2.7: Fix CVE-2017-{0899,0900,0901,0902}.

* gnu/packages/patches/ruby-2.2.7-rubygems-2613-ruby22.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/ruby.scm (ruby-2.2.7)[source]: Use it.

gnu: ruby-2.3.4: Fix CVE-2017-{0899,0900,0901,0902}.

* gnu/packages/patches/ruby-2.3.4-rubygems-2613-ruby23.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/ruby.scm (ruby-2.3.4)[source]: Use it.

gnu: ruby-2.4.1: Fix CVE-2017-{0899,0900,0901,0902}.

* gnu/packages/patches/ruby-rubygems-2612-ruby24.patch,
gnu/packages/patches/ruby-rubygems-2613-ruby24.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/ruby.scm (ruby-2.4.1)[source]: Use them.

gnu: metabat: Update to 2.11.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (metabat): Update to 2.11.3.
[source]: Use git-fetch.  Remove boost-related patch.
* gnu/packages/patches/metabat-fix-boost-issue.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: vlc: Fix build and clean up expression.

Commit 3e0c54bf4de0b5e9d77271613287457dbcd64103 touches 'configure.ac' which
in turn regenerates 'po/Makefile.in.in' with the wrong SHELL and breaks
install.  While at it, consolidate the other patching phases and remove
unneeded inputs.

* gnu/packages/video.scm (vlc)[arguments]: Consolidate patching phases into a
'patch-source' phase and run it immediately after unpack.
[native-inputs]: Remove AUTOCONF, AUTOMAKE and LIBTOOL.

gnu: vlc: Recover lost phase.

This is a followup to eb1f2420d5d72bb5d178a744cffb4978c7446286.

* gnu/packages/video.scm (vlc)[arguments]: Run the fix-livemedia-utils-prefix
phase before configure.

gnu: gd: Replace with 2.2.5.

Fixes CVE-2017-6362 and CVE-2017-7890.

* gnu/packages/gd.scm (gd)[replacement]: New field.
(gd-2.2.5): New variable.
* gnu/packages/php.scm (gd-for-php): Remove variable
(php)[inputs]: Replace GD-FOR-PHP with GD-2.2.5.
* gnu/packages/patches/gd-CVE-2017-7890.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: claws-mail: Update to 3.15.1.

* gnu/packages/mail.scm (claws-mail): Update to 3.15.1.

gnu: Add texlive-latex-acmart.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-acmart): New variable.

gnu: mbedtls-apache: Update to 2.6.0 [fixes CVE-2017-14032].

* gnu/packages/tls.scm (mbedtls-apache): Update to 2.6.0.

gnu: vlc: Remove obsolete test workaround.

* gnu/packages/video.scm (vlc)[arguments]: Drop ac_cv_c_fast_math from
  #:configure-flags.  Remove related 'bootstrap' phase.

gnu: vlc: Build with modular qt.

* gnu/packages/video.scm (vlc)[inputs]: Remove QT.  Add QTBASE and QTX11EXTRAS.
[arguments]: Add CXXFLAGS=-std=gnu++11 to #:configure-flags.  Add
'fix-qt-include' phase.

gnu: qemu: Update to 2.10.0.

* gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-10664.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-10806.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-10911.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-11334.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-11434.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-12809.patch:
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-7493.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-8112.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-8309.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-8379.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-8380.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-9524.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/virtualization.scm (qemu): Update to 2.10.0.
[source](patches): Remove.

gnu: jsoncpp: Update to 1.8.2.

* gnu/packages/serialization.scm (jsoncpp): Update to 1.8.2.

gnu: multiqc: Update to 1.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (multiqc): Update to 1.2.
[source]: Remove patches.
[arguments]: Remove to enable tests.
[propagated-inputs]: Add python-spectra, python-requests, python-markdown,
python-lzstring.
* gnu/packages/patches/multiqc-fix-git-subprocess-error.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Add python-spectra.

* gnu/packages/python.scm (python-spectra, python2-spectra): New variables.

gnu: Add python-colormath.

* gnu/packages/python.scm (python-colormath, python2-colormath): New
variables.

gnu: python-jinja2: Update to 2.9.6.

* gnu/packages/python.scm (python-jinja2): Update to 2.9.6.
[arguments]: Add build phase "delete-incompatible-files".

gnu: Add python-lzstring.

* gnu/packages/compression.scm (python-lzstring, python2-lzstring): New
variables.

gnu: hyperrogue: Update to 10.0g.

* gnu/packages/games.scm (hyperrogue): Update to 10.0g.

gnu: Add linkchecker.

* gnu/packages/web.scm (linkchecker): New variable.

gnu: kdevelop: Update to 5.1.2.

* gnu/packages/kde.scm (kdevelop, kdevplatform): Update to 5.1.2.

gnu: coda: Update to 2.18.2.

* gnu/packages/maths.scm (coda): Update to 2.18.2.

gnu: Add fzy.

* gnu/packages/shellutils.scm (fzy): New variable.