gnu: linux-libre@5.7: Update to 5.7.13.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.7-version): Update to 5.7.13.
(linux-libre-5.7-pristine-source): Update hash.
(deblob-scripts-5.7): Update to 5.7.13.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.137.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.137.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.
(deblob-scripts-4.19): Update to 4.19.137.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.192.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.192.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.
(deblob-scripts-4.14): Update to 4.14.192.

gnu: sameboy: Update to 0.13.4.

* gnu/packages/emulators.scm (sameboy): Update to 0.13.4.

gnu: linux-libre: Update to 5.7.12.

* gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.7-arm.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.7-arm64.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.7-i686.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.7-x86_64.conf: New files.
* Makefile.am (AUX_FILES): Update accordingly.
* gnu/packages/linux.scm: (linux-libre-5.7): New variable.
(linux-libre-version, linux-libre-pristine-source)
(linux-libre-source, linux-libre): Point to linux-libre-5.7*.

gnu: stapler: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/pdf.scm (stapler): Update to 1.0.0.
[source]: Fetch from pypi.
[inputs]: Remove python2-pypdf2.
[propagated-inputs]: Add python-more-itertools and python-pypdf2.
[arguments]: Remove #:python argument.  Replace 'fix-pypdf-version-requirement
phase with 'fix-more-itertools-version-requirement phase.

gnu: python-m2crypto: Add swig as native-input.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-m2crypto)[native-inputs]: Add swig.

gnu: hydrogen: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/music.scm (hydrogen): Update to 1.0.0.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add confclerk.

* gnu/packages/calendar.scm (confclerk): New variable.

gnu: isync: Update to 1.3.3.

* gnu/packages/mail.scm (isync): Update to 1.3.3.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: roffit: Update to 0.12.

* gnu/packages/groff.scm (roffit): Update to 0.12.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: Add paprefs.

* gnu/packages/pulseaudio.scm (paprefs): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: emacs-lsp-ui: Update to 7.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-lsp-ui): Update to 7.0.

gnu: Add r-iml.

* gnu/packages/cran.scm (r-iml): New variable.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>
Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add r-metrics.

* gnu/packages/cran.scm (r-metrics): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: rust-tokio-test-0.2: Don't skip build.

We already use Rust 1.39.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-tokio-test-0.2): Don't skip build.

gnu: rust-tokio-rustls-0.12: Don't skip build.

We already use Rust 1.39.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-tokio-rustls-0.12)[arguments]: Don't skip
  build. Skip tests that require networking.

gnu: rust-tokio-macros-0.2: Don't skip build.

We already use Rust 1.39.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-tokio-macros-0.2): Don't skip build.

gnu: rust-http-body-0.3: Don't skip build.

We already use Rust 1.39.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-http-body-0.3): Don't skip build.

gnu: rust-http: Don't skip build.

We already use Rust 1.39.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-http-0.2, rust-http-0.1): Don't skip
  build.
  (rust-http-0.1)[cargo-development-inputs]: Use correct quickcheck version.

gnu: rust-bytes: Don't skip build.

We already use Rust 1.39.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-bytes-0.5, rust-bytes-0.4): Don't
  skip build.

gnu: wmnd: Update to 0.4.18.

* gnu/packages/gnustep.scm (wmnd): Update to 0.4.18.

gnu: mcrl2: Update to 202006.0.

* gnu/packages/maths.scm (mcrl2): Update to 202006.0.

gnu: Add r-fastshap.

* gnu/packages/cran.scm (r-fastshap): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add r-rticles.

* gnu/packages/cran.scm (r-rticles): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-dae: Update to 3.1-27.

* gnu/packages/cran.scm (r-dae): Update to 3.1-27.

gnu: Add r-dae.

* gnu/packages/cran.scm (r-dae): New variable.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>
Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: neofetch: Update to 7.1.0.

* gnu/packages/admin.scm (neofetch): Update to 7.1.0.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add watchexec.

* gnu/packages/rust-apps.scm (watchexec): New variable.

gnu: rust-notify-4: Update to 4.0.15.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-notify-4): Update to 4.0.15.
  [cargo-inputs]: Remove rust-kernel32-sys-0.2, replace rust-inotify-0.6
  with -0.7.
  [cargo-development-inputs]: Replace rust-tempdir-0.3 with
  rust-tempfile-3.

gnu: Add rust-inotify-0.7.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-inotify-0.7): New variable.
  (rust-inotify-0.6): Inherit from rust-inotify-0.7.

gnu: rust-clap-2: Update to 2.33.1

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-clap-2): Update to 2.33.1.

gnu: Add rust-derive-builder-0.9.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-derive-builder-0.9,
  rust-derive-builder-core-0.9): New variables.
  (rust-derive-builder-0.5, rust-derive-builder-core-0.2): Inherit from
  newer versions.

gnu: Add rust-darling-0.10.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-darling-0.10, rust-darling-core-0.10,
  rust-darling-macro-0.10): New variables.

gnu: Add rust-ident-case-1.

* gnu/pacages/crates-io.scm (rust-ident-case-1): New variable.

gnu: rust-syn: Don't include minor version in variable name.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-syn-1.0): Rename to...
  (rust-syn-1): ...this.
* gnu/packagess/rust-apps.scm (rust-cbindgen): Fixup dependency list.

gnu: rust-quote: Don't include minor version in variable name.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-quote-1.0): Rename to...
  (rust-quote-1): ...this.
* gnu/packagess/rust-apps.scm (rust-cbindgen): Fixup dependency list.

gnu: rust-proc-macro2: Don't include minor version in variable name.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-proc-macro2-1.0): Rename to...
  (rust-proc-macro2-1): ...this.
* gnu/packages/rust-apps.scm (rust-cbindgen): Fixup dependency list.
* gnu/packages/sequoia.scm (sequoia): Likewise.

gnu: rust-void: Don't include minor version in variable name.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-void-1.0): Rename to...
  (rust-void-1): ...this.

gnu: rust-cc: Don't include minor version in variable name.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-cc-1.0): Rename to...
  (rust-cc-1): ...this.
* gnu/packages/video.scm (rav1e): Adjust dependency list.

gnu: rust-fnv: Don't skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-fnv-1)[arguments]: Don't skip build.

gnu: rust-fnv: Don't include minor version in variable name.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-fnv-1.0): Rename to...
  (rust-fnv-1): ...this.

gnu: rust-nix-0.14: Don't skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-nix-0.14)[arguments]: Inherit from
  rust-nix-0.15.

gnu: Add rust-nix-0.17.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-nix-0.17): New variable.
  (rust-nix-0.15): Inherit from rust-nix-0.17.

gnu: rust-nix-0.15: Fix build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-nix-0.15)[snippet]: Unpin dependency version.

gnu: rust-new-debug-unreachable: Don't include minor version in variable name.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-new-debug-unreachable-1.0): Rename to...
  (rust-new-debug-unreachable-1): ...this.

gnu: rust-walkdir: Don't include minor version in variable name.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-walkdir-2.3): Rename to...
  (rust-walkdir-2): ...this.
  (rust-walkdir-1.0): Rename to...
  (rust-walkdir-1): ...this.

gnu: Add tascam-gtk.

* gnu/packages/music.scm (tascam-gtk): New variable.

gnu: Add libxmlplusplus-2.6.

* gnu/packages/xml.scm (libxmlplusplus-2.6): New variable.

gnu: Add libxmlplusplus.

* gnu/packages/xml.scm (libxmlplusplus): New variable.

gnu: Add paperview.

* gnu/packages/games.scm (paperview): New variable.

gnu: catch-framework2: Update to 2.13.0.

* gnu/packages/check.scm (catch-framework2): Update to 2.13.0.
* gnu/packages/engineering.scm (libfive)[arguments]: Adjust custom
'find-catch phase for updated include path.
* gnu/packages/xdisorg.scm (j4-dmenu-desktop)[arguments]: Add custom
'find-catch phase to search for updated catch2 include directory.

gnu: pjproject-jami: Reuse more of the base pjproject.

Now that the base pjproject is built as a shared library, the cost of adding
dependencies shared with Jami is minimal.  The pjproject-jami now differs only
by its added patches.

* gnu/packages/jami.scm (pjproject-jami)[arguments]: Use the
substitute-keyword-arguments macro to reuse the base pjproject package
arguments, adding only the 'apply-patches phase.

gnu: opendht: Propagate gnutls.

Propagate gnutls as it's included by the opendht/crypto.h header file.

* gnu/packages/networking.scm (opendht)[inputs]: Move gnutls...
[propagated-inputs]: ...to here.  Move argon2 to inputs.

gnu: pjproject: Enable shared libraries.

* gnu/packages/telephony.scm (pjproject)[outputs]: Add a "static" output.
[phases]: Move the 'check phase after the 'install phase.
{move-static-libraries}: Add phase.
[configure-flags]: Set LDFLAGS to add a runpath reference to self.

gnu: pjproject: Include sensible configure flags from pjproject-jami.

This is done so the regular pjproject has more in common with
pjproject-jami, which allows simplifying its definition.

* gnu/packages/telephony.scm (pjproject)[configure-flags]: Add
'--enable-epoll' when the system is Linux.  Define CFLAGS with
the '-DNDEBUG' options.

gnu: pjproject: Fix problem in pkg-config file.

* gnu/packages/patches/pjproject-correct-the-cflags-field.patch: Add patch.
* gnu/packages/patches/pjproject-fix-pkg-config-ldflags.patch: Likewise.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register the new patches.
* gnu/packages/telephony.scm (pjproject): Use them.
* gnu/packages/jami.scm (pjproject-jami): Remove a patch from
pjproject-jami that is already applied against pjproject.

gnu: pjproject: Fix build and enable tests.

* gnu/packages/telephony.scm (pjproject)[origin]: Simplify snippet definition
and remove all bundled libraries.
[outputs]: Add a debug output.
[arguments]: Enable tests, and explicit the configure flags now required to
build using only system libraries.
[phases]{make-source-files-writable}: Add phase.
{disable-some-tests}: Overhaul phase.
[inputs]: Add bcg729, gsm, libsamplerate, opus, portaudio and speexdsp.

gnu: resample: Improve synopsis and description.

The synopsis mentioned a library but it is instead a set of command line
utilities.

* gnu/packages/audio.scm (resample)[synopsis]: Mention these are utilities.
[description]: Describe the two included command line utilities in more
detail.

gnu: Add inspircd.

* gnu/packages/irc.scm (inspircd): New variable.

gnu: libjpeg-turbo: Replace with 2.0.5 [fixes CVE-2020-13790].

* gnu/packages/image.scm (libjpeg-turbo/fixed): New variable.
(libjpeg-turbo)[replacement]: New field.

gnu: libjpeg: Update to 9d [security fixes].

Includes fixes for CVE-2020-13790 and CVE-2020-14152.

* gnu/packages/image.scm (ijg-libjpeg): Update to 9d.

gnu: Remove libjpeg@8d.

This version of ijg-libjpeg contains security vulnerabilities
and is not used by any other package in Guix.

* gnu/packages/image.scm (ijg-libjpeg-8): Remove variable.

gnu: libxfce4util: Update source URI.

* gnu/packages/xfce.scm (libxfce4util)[source]: Update URI.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: emacs-hl-todo: Update to 3.1.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-hl-todo): Update to 3.1.2.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: rust-1.45: Update to 1.45.2.

* gnu/packages/rust.scm (rust-1.45): Update to 1.45.2.

file-systems: Leave room for extension in serialized specs.

* gnu/system/file-systems.scm (spec->file-system): Ignore extra fields.
(file-system->spec): Add comment.

scripts: Pass #:verbosity to 'build-notifier'.

* guix/scripts/archive.scm (guix-archive): Pass #:verbosity to
'build-notifier'.
* guix/scripts/build.scm (guix-build): Likewise.
* guix/scripts/copy.scm (guix-copy): Likewise.
* guix/scripts/deploy.scm (guix-deploy): Likewise.
* guix/scripts/environment.scm (guix-environment): Likewise.
* guix/scripts/pack.scm (guix-pack): Likewise.
* guix/scripts/package.scm (guix-package*): Likewise.
* guix/scripts/pull.scm (guix-pull): Likewise.
* guix/scripts/system.scm (verbosity-level): New procedure.
(process-action): Pass #:verbosity to 'build-notifier'.
(guix-system): Use 'verbosity-level' for 'with-status-verbosity'.

ui: Add #:verbosity to 'show-what-to-build'.

* guix/ui.scm (%default-verbosity): New variable.
(show-what-to-build): Add #:verbosity and honor it.
(build-notifier): Add #:verbosity and pass it to 'show-what-to-build'.

doc: Document 'mount-may-fail?' field.

This is a followup to 7c27bd115b14afd142da7684cc349369965f9eab.

* doc/guix.texi (File Systems): Document 'mount-may-fail?'.

gnu: emacs-guix: Update to latest gitlab version.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-guix): Update to a 0.5.2 snapshot.
fix https://issues.guix.gnu.org/41063
[source] changes to git-getch.
[snippet] removed.
[native-inputs] added tools to build.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: easyrpg-player: Update to 0.6.2.1.

* gnu/packages/easyrpg.scm (easyrpg-player): Update to 0.6.2.1.

gnu: xfce4-terminal: Update to 0.8.9.2.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-terminal): Update to 0.8.9.2.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: xfce4-time-out-plugin: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-time-out-plugin): Update to 1.1.1.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: emacs: Ignore empty XIM styles.

As of libx11 version 1.6.10, xim may be NULL, which causes a segmentation
fault in the execution of ARRAYELTS.  As a cautionary measure, we
short-circuit this logic.

* gnu/packages/patches/emacs-ignore-empty-xim-styles.patch: New file.
* gnu/packages/emacs.scm (emacs emacs-next)[patches]: Use it.
* gnu/local.mk: Register it.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: android: Export android-liblog.

* gnu/packages/android.scm (android-liblog): Export it.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: android: Export android-libcutils.

* gnu/packages/android.scm (android-libcutils): Export it.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: xfce4-stopwatch-plugin: Update to 0.4.0.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-stopwatch-plugin): Update to 0.4.0.
[arguments]: Enable "tests".

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: Add python-onnx.

* gnu/packages/machine-learning.scm (python-onnx): New variable.
* gnu/packages/patches/python-onnx-use-system-googletest.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: python-protobuf: Update to 3.12.4.

* gnu/packages/protobuf.scm (python-protobuf): Update to 3.12.4.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: cuirass: Update to 0.0.1-42.d332955.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 0.0.1-42.d332955.

gnu: cuirass: Update to 0.0.1-41.614ea05.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 0.0.1-41.614ea05.

gnu: emacs-dhall-mode: Update to 0.1.3-1.484bcf8.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-dhall-mode): Update to 0.1.3-1.484bcf8.

gnu: emacs-org-roam: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-org-roam): Update to 1.2.1.
[propagated-inputs]: Replace emacs-emacsql with emacs-emacsql-sqlite3.
[home-page]: Update URL.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: Add emacs-emacsql-sqlite3.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-emacsql-sqlite3): New variable.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

services: Add zram-device-service.

* gnu/services/linux.scm (<zram-device-configuration>): New record.
(zram-device-service-type): New variable.
* doc/guix.texi (Linux Services): Document it.
* tests/services/linux.scm (zram-swap-device-test): New tests.

gnu: Add cl-qbase64.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-qbase64, cl-qbase64, ecl-qbase64): New
  variables.

Co-authored-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: sbcl-eos: Update to 0.0.0-2.b4413bc.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-eos): Update to 0.0.0-2.b4413bc.

gnu: Add emacs-jenkinsfile-mode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-jenkinsfile-mode): New variable.

gnu: Add Remake.

* gnu/packages/debug.scm (remake): New variable.
* gnu/packages/patches/remake-impure-dirs.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: nomad: Update to 0.2.0-alpha.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (nomad): Update to 0.2.0-alpha.

This is a significant update to Nomad. This removes the majority of C code and
replaces it with gobject introspection using g-golf.

In the process the nomad package expression has changed significantly.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: starfighter: Update to 2.3.1.

* gnu/packages/games.scm (starfighter): Update to 2.3.1.

gnu: xorg-server: Fix CVE-2020-14347 via graft.

* gnu/packages/patches/xorg-server-CVE-2020-14347.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/xorg.scm (xorg-server/fixed): New variable.
(xorg-server)[replacement]: New field.
(xorg-server-wayland): Use package/inherit.

gnu: libx11: Replace with 1.6.10 [fixes CVE-2020-14344].

* gnu/packages/xorg.scm (libx11/fixed): New variable.
(libx11)[replacement]: New field.

gnu: cuirass: Update to 0.0.1-40.153b49c.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 0.0.1-40.153b49c.

gnu: sbcl: Update to 2.0.7.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl): Update to 2.0.7.

doc: Explain how to use psql with peer authentication.

* doc/guix.texi (Database Services): Add example of shell commands to use psql
as  system user.  Also add troubleshooting tip when service fails to start
because of incompatible cluster.

services: postgresql: Provide postgresql commands.

* gnu/services/databases.scm (postgresql-service-type): Extend
profile-service-type to provide postgresql commands.

gnu: Add git-cal.

* gnu/packages/version-control.scm (git-cal): New variable.

gnu: texmacs: Update to 1.99.13.

* gnu/packages/text-editors.scm (texmacs): Update to 1.99.13.
[source]: Remove unnecessary snippet.
[native-inputs]: Add xdg-utils.
[inputs]: Replace qt-4 with qtbase.
[arguments]: Add a phase to fix hard-coded paths.
[description]: Fix small typo.