gnu: guile-wisp: fix url

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-wisp): add www to url (required due to hoster-changes)

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: wisp: update to 1.0.2.

* gnu/packages/guile-xyz (wisp): update to version 1.0.2.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: cmus: Support AAC format.

* gnu/packages/music.scm (cmus)[inputs]: Add faad2.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

build: Use '-Wshadowed-toplevel' only when supported.

* guix/build/compile.scm (supported-warning-type?): New procedure.
(%warnings): Remove 'unsupported-warning', though removing it doesn't
make any difference.  Define 'optional', and use it to determine whether
to include 'shadowed-toplevel'.

gnu: Add emacs-gitlab-ci-mode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-gitlab-ci-mode): New variable.

gnu: Add emacs-matcha.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-matcha): New variable.

gnu: Blender: Update to 2.80-rc1.

* gnu/packages/graphics.scm (blender): Update to 2.80-rc1.

gnu: OpenImageIO: Update to 1.8.17.

* gnu/packages/graphics.scm (openimageio): Update to 1.8.17.
(openimageio-1.7): New variable.
(blender-2.79)[inputs]: Use openimageio-1.7.

gnu: Add aptdec.

* gnu/packages/ham-radio.scm (aptdec): New variable.

gnu: Add grisbi.

* gnu/packages/finance.scm (grisbi): New variable.

Signed-off-by: Timothy Sample <samplet@ngyro.com>

gnu: rust: Fix hash.

I don't know what the previous hash described, but the signature on this
one is valid.

* gnu/packages/rust.scm (rust)[source]: Update hash.

gnu: rust: Update to 1.36.0.

* gnu/packages/rust.scm (rust): Rename to...
(rust-1.35): ...this.
(rust): New variable.

gnu: certbot, python-acme: Update to 0.35.1.

* gnu/packages/tls.scm (certbot, python-acme): Update to 0.35.1.

gnu: expat: fix CVE-2018-20843

* gnu/packages/xml.scm (expat)[replacement]: New field.
(expat/fixed): New variable.
* gnu/packages/patches/expat-CVE-2018-20843.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add patch file.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: expat: Add additional source URI

The expat sourceforge page announces that the project is in the process of
moving to GitHub.

* gnu/packages/xml.scm (expat)[source]: Add GitHub URI.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: mumi: Update to 0.0.0-4.ea0a28f.

* gnu/packages/mail.scm (mumi): Update to 0.0.0-4.ea0a28f.

gnu: sbcl-clx: Update to 0.7.5.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-clx): Update to 0.7.5.
[origin]: Drop "clx-remove-demo.patch" and the snippet that removes demo code.
* gnu/packages/patches/clx-remove-demo.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: pies: Update to 1.4.

* gnu/packages/admin.scm (pies): Update to 1.4.
[arguments]: Modify /bin/sh reference in src/comp.c as well.

guix gc: Correctly handle '--delete-generations' with no arguments.

Previously, 'guix gc --delete-generations' would crash: the "" pattern
would be passed to 'matching-generations', which would return #f instead
of returning a list.

Reported by Raghav Gururajan <rvgn@disroot.org>
in <https://bugs.gnu.org/36466>.

* guix/ui.scm (matching-generations): Raise an error when passed an
invalid pattern.
* guix/scripts/gc.scm (delete-old-generations): Check if PATTERN is
true.
(%options): Leave ARG as-is for 'delete-generations'.
(guix-gc): Use 'assq' instead of 'assoc-ref' for 'delete-generations'.
* guix/scripts/package.scm (delete-matching-generations):
Replace (string-null? pattern) with (not pattern).  Remove 'else'
clause.
(%options): Leave ARG as-is for 'delete-generations'.
* guix/scripts/pull.scm (%options): Leave ARG as-is for
'list-generations'.
(process-query): Replace (string-null? pattern) with (not pattern).
* guix/scripts/system.scm (list-generations): Likewise, and remove
'else' clause.
(process-command): Use #f instead of "" when no pattern is given.

Merge branch 'staging'

gnu: linux-libre: Update to 5.1.17.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 5.1.17.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.58.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.58.
(%linux-libre-4.19-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.133.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.133.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.185.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.185.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.185.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.185.

gnu: vim-airline-themes: Update to 0.0.0-2.e6f2332.

* gnu/packages/vim.scm (vim-airline-themes): Update to 0.0.0-2.e6f2332.
[version]: Use 'git-version'.
[source]: Use 'git-file-name'.

gnu: msmtp: Install additional files.

* gnu/packages/mail.scm (msmtp)[arguments]: Rename custom phase
install-msmtpq to install-additional-files. Install vim plugins.

gnu: perl-xml-compile: Update to 1.63.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-compile): Update to 1.63.

gnu: perl-html-form: Update to 6.04.

* gnu/packages/web.scm (perl-html-form): Update to 6.04.

gnu: xscreensaver: Remove CFLAG for old gcc versions.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xscreensaver)[arguments]: Do what the
comment tells us.

gnu: xscreensaver: Update to 5.43.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xscreensaver): Update to 5.43.

gnu: acpica: Update to 20190703.

* gnu/packages/admin.scm (acpica): Update to 20190703.

gnu: sedsed: Edit description.

* gnu/packages/admin.scm (sedsed)[description]: Use @command{} instead
of command(n) and do some minor editing.

gnu: sedsed: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/admin.scm (sedsed)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: cvs: Rename patch file.

* gnu/packages/version-control.scm (cvs)[source]: Rename patch.
* gnu/packages/patches/cvs-2017-12836.patch: Rename to ...
* gnu/packages/patches/cvs-CVE-2018-12836.patch: ... this.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: libexif: Fix CVE-2018-20030.

* gnu/packages/photo.scm (libexif)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/libexif-CVE-2018-20030.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: strongswan: Update to 5.8.0 [fixes CVE-2018-17540, CVE-2018-2065{0,1}].

* gnu/packages/networking.scm (strongswan): Update to 5.8.0.

gnu: net-snmp: Mark package not affected by CVE-2015-8100.

* gnu/packages/networking.scm (net-snmp)[properties]: New field.

gnu: testdisk: Download over HTTPS.

* gnu/packages/admin.scm (testdisk)[source]: Use HTTPS.

gnu: testdisk: Update to 7.1.

* gnu/packages/admin.scm (testdisk): Update to 7.1.

gnu: sedsed: Update to 1.1.

* gnu/packages/admin.scm (sedsed): Update to 1.1.
[arguments]: Use (default) Python (3).

gnu: sedsed: Symlink after wrapping.

Drop unused .sedsed-real symlink and avoid sedsed → sedsed.py
→ .sedsed.py-real exec chain.

* gnu/packages/admin.scm (sedsed)[arguments]: Move ‘symlink’ phase
after ‘wrap’.

gnu: mutter: Remove duplicate gtk+ input.

* gnu/packages/gnome.scm (mutter)[arguments]: Remove duplicate gtk+
from propagated-inputs.

gnu: a2ps: Fix CVE-2015-8107.

* gnu/packages/pretty-print.scm (a2ps)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/a2ps-CVE-2015-8107.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: mupdf: Update to 1.15.0 [fixes CVE-2018-18662, CVE-2018-19777,
CVE-2018-1988{1,2}, CVE-2019-613{0,1}, CVE-2019-7321].

* gnu/packages/pdf.scm (mupdf): Update to 1.15.0.
[source]: Update source snippet.

gnu: mujs: Update to 1.0.6 [fixes CVE-2019-1141{1,2,3}, CVE-2019-12798].

* gnu/packages/javascript.scm (mujs): Update to 1.0.6.
[source]: Download using url-fetch.
[arguments]: Update 'install-shared-library phase.
[home-page]: Update to new home-page.

gnu: plib: Fix CVE-2011-4620, CVE-2012-4552.

* gnu/packages/game-development.scm (plib)[patches]: Add patches.
* gnu/packages/patches/plib-CVE-2011-4620.patch,
gnu/packages/patches/plib-CVE-2012-4552.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register them.

gnu: python-gnupg: Update to 0.4.4 [fixes CVE-2019-6690].

* gnu/packages/gnupg.scm (python-gnupg): Update to 0.4.4.

gnu: gpgme: Add updater properties.

* gnu/packages/gnupg.scm (gpgme)[properties]: New field. Add ftp-server,
ftp-directory.

gnu: npth: Add updater properties.

* gnu/packages/gnupg.scm (npth)[properties]: New field. Add ftp-server,
ftp-directory.

gnu: gpa: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/gnupg.scm (gpa): Update to 0.10.0.

gnu: gpa: Add updater properties.

* gnu/packages/gnupg.scm (gpa)[properties]: New field, add ftp-server,
ftp-directory.

gnu: postgresql@9: Update to 9.6.14 [fixes CVE-2018-1058, CVE-2019-9193]

* gnu/packages/databases.scm (postgresql@9): Update to 9.6.14.

gnu: gnupg: Update to 2.2.17.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg): Update to 2.2.17.

gnu: icecat: Update to 60.8.0-guix1 [security fixes].

Includes fixes for CVE-2019-9811, CVE-2019-11709, CVE-2019-11711,
CVE-2019-11712, CVE-2019-11713, CVE-2019-11715, CVE-2019-11717,
CVE-2019-11719, CVE-2019-11729, and CVE-2019-11730.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (%icecat-version): Update to 60.8.0-guix1.
(icecat-source)[upstream-firefox-source]: Update hash.
(icecat): Refresh some stale comments.

Merge branch 'master' into staging

gnu: ungoogled-chromium: Increase build timeout.

* gnu/packages/chromium.scm (ungoogled-chromium)[properties]: Set TIMEOUT to
40 hours.

gnu: iproute2: Update to 5.2.0.

* gnu/packages/linux.scm (iproute): Update to 5.2.0.

gnu: python-internetarchive: Update to 1.8.5.

* gnu/packages/web.scm (python-internetarchive)[version]: Update to 1.8.5.
[source](modules, snippet): New fields.

gnu: wgetpaste: Update to 2.29.

* gnu/packages/wget.scm (wgetpaste): Update to 2.29.
[arguments]: Replace default paste service. Install license file.

gnu: emacs-stumpwm-mode: Update to 0.0.1-1.8fbe071.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-stumpwm-mode): Update to 0.0.1-1.8fbe071.

gnu: r-biocinstaller: Remove entirely.

This follows up on commit 0971f8bd884b6e92b77d9e12030cd58279699183,
which led to ‘r-biocmanager: unbound variable’ errors.  See
<https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2019-07/msg00120.html>.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocinstaller): Remove variable.

gnu: Add anonip.

* gnu/packages/web.scm (anonip): New variable.

gnu: snap: Update to 5.0.1.

* gnu/packages/education.scm (snap): Update to 5.0.1.

gnu: musescore: Update to 3.2.3.

* gnu/packages/music.scm (musescore): Update to 3.2.3.

gnu: libmicrohttpd: Update to 0.9.65.

* gnu/packages/gnunet.scm (libmicrohttpd): Update to 0.9.65.

gnu: grub: Build ‘grub-mount’.

This increases the closure size by a mere 1.8 MiB (0.8%).

* gnu/packages/bootloaders.scm (grub)[inputs]: Add fuse.

gnu: grub: Update to 2.04.

* gnu/packages/bootloaders.scm (grub): Update to 2.04.
[source]: Remove upstreamed patches.
[arguments]: Don't require Python.  Add a ‘disable-pixel-perfect-test’
phase to skip tests that fail with with our newer Unifont.
* gnu/packages/patches/grub-efi-fat-serial-number.patch: Adjust context.
* gnu/packages/patches/grub-binutils-compat.patch,
gnu/packages/patches/grub-check-error-efibootmgr.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.

guix-install.sh: Don't initialise ~/.gnupg.

* etc/guix-install.sh (chk_gpg_keyring): Call gpg with ‘--dry-run’.

guix-install.sh: Check for PGP key separately.

* etc/guix-install.sh (chk_gpg_keyring): New function to handle the
public key check previously stuffed into chk_require.
(main): Call it.

discovery: Handle edge case in scheme-files when looking at symlinks.

Previously, this code would cause crashes in Guix (running guix package -s for
example) which could be experienced when Emacs creates temporary files in the
gnu/packages/patches directory when a patch file has been edited, but not
saved.

* guix/discovery.scm (scheme-files): Add else clause to cond used when
handling symlinks.

guix-install.sh: Add missing ‘local’ declaration.

* etc/guix-install.sh (chk_require): Make $c local.

guix-install.sh: Treat REQUIRE as the array it is.

Don't flatten it into a string only to split it again later.

* etc/guix-install.sh (chk_require): Iterate over array elements, not
string tokens.
(main): Pass $REQUIRE as an array of arguments.

scripts: environment: Add --no-cwd.

* doc/guix.texi (Invoking guix environment): Add --no-cwd.
* guix/scripts/environment.scm (show-help, %options): Add --no-cwd.
(launch-environment/container): Add 'map-cwd?' param; only add mapping
for cwd if #t.  Only change to cwd within container if #t, otherwise
home.
(guix-environment): Error if --no-cwd without --container.  Provide
'(not no-cwd?)' to launch-environment/container as 'map-cwd?'.
* tests/guix-environment.sh: Add test for no-cwd.

Co-authored-by: Mike Gerwitz <mtg@gnu.org>

scripts: environment: Only rewrite user-specified mappings.

* guix/scripts/environment.scm (launch-environment/container): Only
  apply override-user-mappings to user-mappings and cwd. Do not apply to
  network configuration mapping and inputs.

gnu: Remove r-biocinstaller.

It requires R < 3.6 and is no longer supported.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocinstaller): Define as
deprecated in favour of r-biocmanager.

gnu: r-xbioc: Update to 0.1.16-1.6ff0670.

This is needed to deprecate r-biocinstaller, which is no longer
distributed.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-xbioc): Update to 0.1.16-1.6ff0670.
[propagated-inputs]: Replace deprecated r-biocinstaller with
r-biocmanager.

gnu: cmh: Fix build.

This follows up on commit 1de48e8f8afec23847458c533d2fae0d69d8942a.

* gnu/packages/algebra.scm (fplll-4-cmh): New variable.
(cmh)[inputs]: Use it.

gnu: libomp: Download over HTTPS.

* gnu/packages/llvm.scm (libomp)[source]: Use HTTPS.

gnu: libomp: Fix source hash.

This is a follow-up to commit c5296e205b65a9b53553cf45be2ab223d5e82df5,
which updated llvm.

* gnu/packages/llvm.scm (libomp)[source]: Fix hash.

gnu: r-txdb-mmusculus-ucsc-mm10-knowngene: Update to 3.4.7.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-txdb-mmusculus-ucsc-mm10-knowngene):
Update to 3.4.7.

gnu: Add emacs-polymode-org.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-polymode-org): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-polymode: Update to 0.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-polymode): Update to 0.2.
[source]: Change URL of Git repository to Polymode GitHub project.
[homepage]: Change URL to polymode GitHub project.
[description]: Realign text.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: i3blocks: Update to ec050e7.

* gnu/packages/wm.scm (i3blocks): Update to ec050e7.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: dosfstools: Enable compat symlinks.

Enable compatibility symlinks to provide commands such as `mkfs.vfat`.

* gnu/packages/disk.scm (dosfstools)[arguments]: Pass
"--enable-compat-symlinks" to configure.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: wireservice: New wireservice-package macro.

Replace the parent 'base-package' variable with a 'wireservice-package' macro
that includes all common package fields.

* gnu/packages/wireservice.scm (base-package): Delete.
(wireservice-package): New macro.
(python-leather, python-agate, python-agate-sql, python-agate-dbf,
python-agate-excel): Use wireservice-package.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

channels: Key cached channel derivations by system.

Previously, the channel instance to derivation mapping would be
independent of the system.  Thus, building the same channel instance for
several different systems would always return the derivation that was
first computed.

This is a followup to c3ab921eed2a471022e9863a94ea521508782e53.

* guix/channels.scm (channel-instance-derivations)[instance->derivation]:
Pass the current system as a third argument to 'mcached'.

gnu: gama: Update to 2.06.

* gnu/packages/gps.scm (gama): Update to 2.06.

gnu: diffoscope: Update to 116.

* gnu/packages/package-management (diffoscope): Update to 116.

gnu: Add csvkit.

* gnu/packages/wireservice.scm (csvkit): New variable.
* gnu/packages/patches/csvkit-fix-tests.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-agate-excel.

* gnu/packages/wireservice.scm (python-agate-excel): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-agate-dbf.

* gnu/packages/wireservice.scm (python-agate-dbf): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-agate-sql.

* gnu/packages/wireservice.scm (python-agate-sql): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-agate.

* gnu/packages/wireservice.scm (python-agate): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-leather.

* gnu/packages/wireservice.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-dbfread.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-dbfread): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-crate.

* gnu/packages/databases.scm (python-crate): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-pytimeparse.

* gnu/packages/time.scm (python-pytimeparse): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-slugify.

* gnu/packages/python-web.scm (python-slugify): New variable.
* gnu/packages/patches/python-slugify-depend-on-unidecode.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-moe-theme-el.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-moe-theme-el): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>