tests: marionette-operating-system: Add initrd parameter and kernel-arguments.

* gnu/tests.scm (marionette-operating-system): Use initrd parameter "on-error"
and kernel-arguments "panic".

system: Export operating-system-user-kernel-arguments.

* gnu/system.scm (operating-system-user-kernel-arguments): Export it.

gnu: behave: Enable tests.

* gnu/packages/check.scm (behave)[native-inputs]: Add python-mock, python-nose
and python-pyhamcrest.
[arguments]: Remove #:tests?.  Add #:test-target.

gnu: gnucash: Update to 2.6.19.

* gnu/packages/gnucash.scm (gnucash, gnucash-docs): Update to 2.6.19.

gnu: tor: Update to 3.2.9.

* gnu/packages/tor.scm (tor): Update to 0.3.2.9.

gnu: geierlein: Use HTTPS for home page.

* gnu/packages/finance.scm (geierlein)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: geierlein: Update to 0.9.13.

* gnu/packages/finance.scm (geierlein): Update to 0.9.13.

gnu: libsrtp: Mark up description.

* gnu/packages/telephony.scm (libsrtp)[description]: Use @dfn.

gnu: libsrtp: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/telephony.scm (libsrtp): Update to 1.6.0.  Re-indent.

gnu: seqmagick: Update to 0.7.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (seqmagick): Update to 0.7.0.  Use
python-3.
[arguments]: Remove replacement phase for check.
[inputs]: Add biopython.  Remove python2-biopython-1.66.
(python2-biopython-1.66): Remove variable.

gnu: ledger: Fix test failures.

* gnu/packages/patches/ledger-revert-boost-python-fix.patch,
gnu/packages/patches/ledger-fix-uninitialized.patch: New patches.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/finance.scm (ledger)[source]: Use them.

gnu: emacs-auctex: Update to 12.1.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-auctex): Update to 12.1.0.

gnu: Electrum: Update to 3.0.5 [security fixes].

This fixes a critical security issue:

<https://github.com/spesmilo/electrum/issues/3374>

* gnu/packages/finance.scm (electrum): Update to 3.0.5.

gnu: kurly: Install some documentation.

* gnu/packages/curl.scm (kurly)[arguments]: Install the README in an
'install-readme' phase and don't install the source code.

gnu: feh: Update to 2.23.

* gnu/packages/image-viewers.scm (feh): Update to 2.23.

gnu: xscreensaver: Update to 5.38.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xscreensaver): Update to 5.38.

gnu: samba: Update to 4.7.4.

* gnu/packages/samba.scm (samba): Update to 4.7.4.

gnu: whois: Update to 5.2.20.

* gnu/packages/networking.scm (whois): Update to 5.2.20.

gnu: jsoncpp: Update to 1.8.4.

* gnu/packages/serialization.scm (jsoncpp): Update to 1.8.4.

linux-boot: Add #:on-error for initrd error handling.

Suggested by Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>
in <https://bugs.gnu.org/29922>.

* gnu/build/linux-boot.scm (boot-system): Add #:on-error parameter and
pass it to 'call-with-error-handling'.
* gnu/system/linux-initrd.scm (raw-initrd): Add #:on-error and pass it.
(base-initrd): Likewise.

gnu: Add vboot-utils.

* gnu/packages/bootloaders.scm (vboot-utils): New public variable.

gnu: Add iucode-tool.

* gnu/packages/linux.scm (iucode-tool): New public variable.

gnu: Add rename.

* gnu/packages/admin.scm (rename): New public variable.

gnu: lame: Remove obsolete workaround.

* gnu/packages/mp3.scm (lame)[native-inputs]: Remove.

gnu: openvswitch: Update to 2.8.1.

* gnu/packages/networking.scm (openvswitch): Update to 2.8.1.

gnu: guile-wiredtiger: Update to 0.6.3.

* gnu/package/databases.scm (guile-wiredtiger): Update to 0.6.3.
[arguments]: Enable tests; disable parallel tests; remove
'remove-bundled-dependencies' phase.
[synopsis, description]: Improve them.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kkebreau@posteo.net>

gnu: Add emacs-bongo.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-bongo): New variable.

gnu: snakemake: Update to 4.4.0.

* gnu/packages/python.scm (snakemake): Update to 4.4.0.

gnu: elixir: Update to 1.5.3.

* gnu/packages/elixir.scm (elixir): Update to 1.5.3.

gnu: services: Add darkstat service.

* gnu/services/monitoring.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.
* doc/guix.texi (Monitoring Services): Document it.

gnu: Add darkstat.

* gnu/packages/monitoring.scm (darkstat): New variable.

import: crate: Gracefully deal with missing license info.

Reported by Fis Trivial <ybbs.daans@hotmail.com>.
Fixes <https://bugs.gnu.org/28987>.

* guix/import/crate.scm (crate-fetch): Check whether the "license" info
is present.

services: guix: Add 'log-compression' option.

* gnu/services/base.scm (<guix-configuration>)[log-compression]: New
field.
(guix-shepherd-service): Use 'match-record' instead of 'match'.  Honor
'log-compression'.
* doc/guix.texi (Base Services): Document 'log-compression'.

gnu: Add html-xml-utils.

* gnu/packages/xml.scm (html-xml-utils): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add rtags.

* gnu/packages/code.scm (rtags): New public variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: guix: Update snapshot to c04ffad.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to c04ffad.

gnu: youtube-dl: Update to 2018.01.07.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2018.01.07.

gnu: nano: Update to 2.9.2.

* gnu/packages/nano.scm (nano): Update to 2.9.2.

gnu: borg: Unbundle libb2.

* gnu/packages/backup.scm (borg)[source]: Remove bundled libb2 in snippet.
[inputs]: Add libb2.
[arguments]: Use it.

gnu: Add libb2.

* gnu/packages/crypto.scm (libb2): New public variable.

gnu: Add missing copyright line.

* gnu/packages/check.scm: Add copyright line for 18a4d6d.

gnu: Add python-pyhamcrest.

* gnu/packages/check.scm (python-pyhamcrest, python2-pyhamcrest): New
variables.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kkebreau@posteo.net>

publish: Publish build logs.

* guix/scripts/publish.scm (render-log-file): New procedure.
(make-request-handler): Add "log" case.
* tests/publish.scm ("/log/NAME")
("/log/NAME not found"): New tests.
* doc/guix.texi (Invoking guix publish): Document /log URLs.

publish: Use 'x-raw-file' internal response header.

This adjusts the workaround for <http://bugs.gnu.org/21093> so that it's
not limited to a single content-type.

* guix/scripts/publish.scm (render-nar/cached): Add the 'x-raw-file'
header on the response.
(render-content-addressed-file): Likewise.
(with-content-length): Remove the 'x-raw-file' header.
(http-write): Instead of dispatching on 'application/octet-stream',
check whether 'x-raw-file' is set to determine whether to spawn a
thread.

doc: Mark zlib as mandatory, libbz2 as optional.

* doc/guix.texi (Requirements): Move zlib to mandatory and libbz2 to
optional.
* README: Ditto.

daemon: Make libbz2 an optional dependency.

* config-daemon.ac: Don't bail out when libbz2 is missing.  Define
'HAVE_LIBBZ2' Automake conditional.
* nix/libstore/build.cc: Wrap relevant bits in '#if HAVE_BZLIB_H'.
* nix/libstore/globals.cc (Settings::Settings): 'logCompression'
defaults to COMPRESSION_GZIP when HAVE_BZLIB_H is false.
* nix/libstore/globals.hh (CompressionType): Make 'COMPRESSION_BZIP2'
conditional on HAVE_BZLIB_H.
* nix/local.mk (guix_register_LDADD, guix_daemon_LDADD): Add -lbz2 only
when HAVE_LIBBZ2.
* nix/nix-daemon/guix-daemon.cc (parse_opt): Ignore "bzip2" when not
HAVE_BZLIB_H.

daemon: Add gzip log compression.

* nix/nix-daemon/guix-daemon.cc (GUIX_OPT_LOG_COMPRESSION): New macro.
(options): Mark "disable-log-compression" as hidden and add
"log-compression".
(parse_opt): Handle GUIX_OPT_LOG_COMPRESSION.
* nix/libstore/build.cc (DerivationGoal): Add 'gzLogFile'.
(openLogFile): Initialize it when 'logCompression' is COMPRESSION_GZIP.
(closeLogFile, handleChildOutput): Honor 'gzLogFile'.
* nix/libstore/globals.hh (Settings)[compressLog]: Remove.
[logCompression]: New field.
(CompressionType): New enum.
* nix/libstore/globals.cc (Settings::Settings): Initialize it.
(update): Remove '_get' call for 'compressLog'.
* nix/local.mk (guix_daemon_LDADD, guix_register_LDADD): Add -lz.
* guix/store.scm (log-file): Handle '.gz' log files.
* tests/guix-daemon.sh: Add test with '--log-compression=gzip'.
* doc/guix.texi (Invoking guix-daemon): Adjust accordingly.
* config-daemon.ac: Check for libz and zlib.h.

ssh: Improve error reporting when retrieving files.

'guix copy --from' now reports messages much more useful than "failed to
retrieve files".

* guix/ssh.scm (store-export-channel)[export]: Wrap 'use-modules' in
'catch' and 'with-store' in 'guard'.  Check for invalid items.  Write a
status sexp on stdout.
(raise-error): New macro.
(retrieve-files): Read the initial status sexp and report errors
accordingly.

ui: Display hints that come along with '&message' conditions.

* guix/ui.scm (call-with-error-handling): Add case for message and
fix-hint?.

gnu: rosegarden: Use jack-1.

* gnu/packages/music.scm (rosegarden)[inputs]: Replace jack-2 with jack-1.

gnu: dssi: Use jack-1.

* gnu/packages/music.scm (dssi)[inputs]: Replace jack-2 with jack-1.

gnu: Add muse-sequencer.

* gnu/packages/music.scm (muse-sequencer): New variable.

vm: 'vm-image' images refer to the root file system by UUID.

This avoids the hard-coded "/dev/sda1", which only made sense when the
image is run with "qemu-system-x86_64 -hda", not when it's passed to
Xen, etc.

Reported by Andreas Enge <andreas@enge.fr>.

* gnu/system/vm.scm (system-qemu-image): Define 'root-uuid', use it as
the 'device' field for "/", and pass it to 'qemu-image'.

gnu: mes: Generalize logic for native-inputs.

* gnu/packages/mes.scm (mes)[native-inputs]: On all architectures except
i686-linux use cross compiler packages.

gnu: webkitgtk: Disable SharedArrayBuffers to mitigate Spectre.

* gnu/packages/patches/webkitgtk-mitigate-spectre.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk)[source]: Add patch.

gnu: icecat: Add more fixes, including Spectre mitigation.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source]: Add more fixes from the
upstream mozilla-esr52 repository, plus a backported mitigation for
Spectre from Firefox 57.0.4.
* gnu/packages/patches/icecat-bug-1427870-spectre-mitigation.patch:
New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: irssi: Update to 1.0.6 [fixes CVE-2017-{5205,5206,5207,5208}].

* gnu/packages/irc.scm (irssi): Update to 1.0.6.

doc: Describe Wayland status.

* doc/guix.texi (Desktop Services): Add a paragraph about the current status of
Wayland in Guix.

gnu: gdm: Update to 3.26.2.1.

* gnu/packages/gnome.scm (gdm): Update to 3.26.2.1.

gnu: gnome-online-accounts: Update to 3.26.2.

This removes telepathy support, which is actively discouraged upstream:
<https://git.gnome.org/browse/gnome-online-accounts/commit/?id=a65ebfe1069>.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-online-accounts): Update to 3.26.2.
[inputs]: Remove telepathy-glib.

gnu: crawl, craw-titles: Update to 0.21.0.

* gnu/packages/games.scm (crawl, crawl-tiles): Update to 0.21.0.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

build: Detect broken 'equal?' in Guile 2.2.1.

Fixes <https://bugs.gnu.org/29903>.
Reported by Mathieu Lirzin <mthl@gnu.org>.

* m4/guix.m4 (GUIX_ASSERT_SYNTAX_OBJECT_EQUAL): New macro.
* configure.ac: Use it.

publish: Save bandwidth on narinfo 404s.

This saves 18 bytes on each 404 narinfo response.

* guix/scripts/publish.scm (render-narinfo): Pass #:phrase to
'not-found'.
(render-narinfo/cached): Likewise.

gnu: linux-libre: Update to 4.14.12.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.14.12.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.75.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.75.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.110.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.110.

gnu: stellarium: Update to 0.17.0.

* gnu/packages/astronomy.scm (stellarium): Update to 0.17.0.
[source]: Use new upstream URL.
[arguments]: Adjust #:test-target; add #:configure-flags to locate the
qtserialport header files and enable the building of tests; remove
'patch-tests' phase.

gnu: qjackctl: Add support for ALSA MIDI sequencer.

* gnu/packages/audio.scm (qjackctl)[inputs]: Add alsa-lib.

gnu: qjackctl: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/audio.scm (qjackctl): Update to 0.5.0.

gnu: qsynth: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/audio.scm (qsynth): Update to 0.5.0.

gnu: Add padthv1.

* gnu/packages/music.scm (padthv1): New variable.

gnu: fluidsynth: Update to 1.1.9.

* gnu/packages/audio.scm (fluidsynth): Update to 1.1.9.

gnu: synthv1: Update to 0.8.6.

* gnu/packages/music.scm (synthv1): Update to 0.8.6.

gnu: drumkv1: Update to 0.8.6.

* gnu/packages/music.scm (drumkv1): Update to 0.8.6.

gnu: samplv1: Update to 0.8.6.

* gnu/packages/music.scm (samplv1): Update to 0.8.6.

gnu: Add nmoldyn.

* gnu/packages/chemistry.scm (nmoldyn): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add domainfinder.

* gnu/packages/chemistry.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: btrfs-progs: Update to 4.14.1.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs): Update to 4.14.1.

gnu: qjackrcd: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/audio.scm (qjackrcd): Update to 1.2.2.
[source]: Fetch sources from git.

gnu: python-click-log: Update to 0.2.1.

* gnu/packages/python.scm (python-click-log): Update to 0.2.1.

gnu: python-click-threading: Update to 0.4.4.

* gnu/packages/python.scm (python-click-threading): Update to 0.4.4.

gnu: log4cpp: Update to 1.1.3.

* gnu/packages/logging.scm (log4cpp): Update to 1.1.3.

gnu: hdparm: Update to 9.53.

* gnu/packages/linux.scm (hdparm): Update to 9.53.
[description]: Fix @dfn{}.

gnu: filezilla: Update to 3.29.0.

* gnu/packages/ftp.scm (filezilla): Update to 3.29.0.

gnu: libfilezilla: Expand description.

In theory, this isn't just an FTP client library. In practice, it is.

* gnu/packages/ftp.scm (libfilezilla)[description]: Illustrate features.

gnu: libfileziila: Update to 0.11.2.

* gnu/packages/ftp.scm (libfilezilla): Update to 0.11.2.

gnu: Add python2-mmtk.

* gnu/packages/python.scm (python2-mmtk): New public variable.

gnu: ao-cad: Update and fix for aarch64.

* gnu/packages/patches/ao-cad-aarch64-support.patch: New patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/engineering.scm (ao-cad)[source]: Use it.  Update snapshot to
fb288c9.  Use VCS helpers for version and file-name.
[arguments]: Add 'remove-native-compilation' phase.

gnu: glog: Disable signal-handler unit tests.

* gnu/packages/logging.scm (glog)[arguments]: Add 'disable-signal-tests' phase.

gnu: surfraw: Point to the correct Perl executable.

* gnu/packages/web.scm (surfraw)[arguments]: Hardcode the path to Perl
in a 'patch-perl' phase.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: GNU Unifont: Update to 10.0.07.

* gnu/packages/fonts.scm (font-gnu-unifont): Update to 10.0.07.

gnu: Add python2-scientific.

* gnu/packages/python.scm (python2-scientific): New public variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python2-pyro.

* gnu/packages/python.scm (python2-pyro): New public variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: file: Mention libmagic.

* gnu/packages/file.scm (file)[description]: Mention libmagic.

gnu: vlc: Enable libdvdread and libdvdcss support.

* gnu/packages/video.scm (libdvdread): Compile with libdvdcss support;
  (vlc): Add libdvdread as input.

gnu: tiled: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/game-development.scm (tiled): Update to 1.1.0.

gnu: giac-xcas: Update to 1.4.9-43.

* gnu/packages/algebra.scm (giac-xcas): Update to 1.4.9-43.

gnu: Add emacs-evil-quickscope.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-evil-quickscope): New variable.

Revert "gnu: vlc: Enable libdvdread and libdvdcss support."

This reverts commit d5456444f7032e7bc9168db2b59e548672795b72.
It broke 'gnome', via 'gnome-disk-utility'.

gnu: Add libgeotiff.

* gnu/packages/geo.scm (libgeotiff): New variable.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>