Merge remote-tracking branch master into core-updates

time-machine: Honor the standard build options.

* guix/scripts/time-machine.scm (show-help): Call 'show-build-options-help'.
(%options): Add %STANDARD-BUILD-OPTIONS.
(%default-options): New variable.
(parse-args): Pass (list %default-options) to 'parse-command-line' and
remove #:build-options? parameter.
(guix-time-machine): Call 'set-build-options-from-command-line' and wrap
'cached-channel-instance' call in 'with-status-verbosity'.
* doc/guix.texi (Invoking guix time-machine): Mention common build options.

time-machine: Handle 'git-error' exceptions.

* guix/scripts/pull.scm (with-git-error-handling): Export.
* guix/scripts/time-machine.scm (guix-time-machine): Wrap body in
'with-git-error-handling'.

news: Add entry for "guix time-machine".

* etc/news.scm: Add entry for 'guix time-machine'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

inferior: 'cached-channel-instance' takes an open store connection.

* guix/inferior.scm (cached-channel-instance): Take an explicit 'store'
argument.
(inferior-for-channels): Wrap call to 'cached-channel-instance' in
'with-store'.
* guix/time-machine.scm (guix-time-machine): Wrap call to
'cached-channel-instance' in 'with-store'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

Add 'guix time-machine'.

* guix/scripts/time-machine.scm: New file.
* Makefile.am: (MODULES): Add it.
* guix/scripts/pull.scm (channel-list): Export.
* guix/inferior.scm (cached-channel-instance): New procedure.
(inferior-for-channels): Use it.
* doc/guix.texi (Invoking guix time-machine): New section.
(Channels): Cross-reference it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

pull: Remove unused '--verbose' option.

This option had been ignored since commit
0d39a3b98948314e135566b9315717695a9035ea (August 2018).

* guix/scripts/pull.scm (show-help, %options): Remove "--verbose".
(build-and-install): Remove #:verbose?, which was unused.
(guix-pull): Adjust accordingly.

Revert "gnu: openmpi: Pass explicit "--with-*" configure flags."

This reverts commit eaa52b5baa8fbb26a79890561d0c40344d1e1bf3,
which would lead to build failures on systems other than x86_64-linux.

gnu: openmpi: Fix typo.

* gnu/packages/mpi.scm (openmpi)[inputs]: For UCX, check the supported
systems of UCX, not PSM2.

gnu: tomb: Use system's sudo.

* gnu/packages/crypto.scm (tomb)[arguments]: Disallow references to the "sudo"
input.  Remove it's path from the wrapper.

gnu: tomb: Add lsof input for "ps" and "slam".

* gnu/packages/crypto.scm (tomb)[inputs]: Add lsof.
[arguments]: Add it to the wrapper PATH.

gnu: tomb: Update to 2.7.

* gnu/packages/patches/tomb-fix-errors-on-open.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/crypto.scm (tomb): Update to 2.7.
[source]: Use the patch.

gnu: CMake: Add version 3.15.5.

Add CMake version 3.15.5 but do not replace the existing version to avoid
triggering the rebuild of all CMake-based packages.

See <https://issues.guix.gnu.org/issue/38060>.

* gnu/packages/cmake.scm (cmake-3.15.5): Add CMake 3.15.5.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: ungoogled-chromium: Update to 78.0.3904.97-0.acaf163.

* gnu/packages/chromium.scm (%preserved-third-party-files): Adjust for
Chromium 78.
(%chromium-version): Set to 78.0.3904.97.
(%ungoogled-revision): Set to acaf16383f264d8a2f24142ad054c9b4355771d3.
(%debian-revision): Set to e43d74632091324774a5049668782dba7b09cf72.
(%chromium-origin, %ungoogled-origin, %debian-origin): Update hashes.
(gentoo-patches, %auxiliary-patches): Remove variables.
(ungoogled-chromium-source): Adjust Debian patches for 78.  Don't apply
%AUXILIARY-PATCHES.
(libvpx/chromium): New variable.
(ungoogled-chromium)[arguments]: Add substitution for ICU headers.  Adjust
other substitutions for 78.  Remove obsolete workaround.  Increase ulimit in
'build' phase.  Don't install '22x22' icon, which no longer exists.
[inputs]: Change from LIBVPX to LIBVPX/CHROMIUM.
[properties]: Remove HIDDEN?.
(ungoogled-chromium-wayland)[inputs]: Don't remove inherited inputs.
(ungoogled-chromium-is-deprecated, ungoogled-chromium-wayland-is-deprecated):
Remove variables.

gnu: gn: Enable tests.

* gnu/packages/build-tools.scm (gn)[arguments]: Remove #:tests?.  Override
'check' phase.

gnu: gn: Update to 0.0-1666.6e5ba2e.

* gnu/packages/build-tools.scm (gn): Update to 0.0-1666.6e5ba2e.
[arguments]: Do not override LDFLAGS.

gnu: openmpi: Raise the priority of the PSM2 component.

This allows us to get better performance by default on machines with
OmniPath hardware.

* gnu/packages/patches/openmpi-psm2-priority.patch: New file.
* gnu/packages/mpi.scm (openmpi)[source]: Use it.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: psm: Add "debug" output.

* gnu/packages/linux.scm (psm)[outputs]: New field.

gnu: openmpi, slurm: Switch to hwloc 2.x.

* gnu/packages/mpi.scm (openmpi)[inputs]: Switch to HWLOC-2.
* gnu/packages/parallel.scm (slurm)[inputs]: Likewise.

gnu: hwloc: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/mpi.scm (hwloc-2.0): Rename to...
(hwloc-2): ... this.  Update to 2.1.0
(hwloc-2.0): Define as deprecated.
* gnu/packages/opencl.scm (pocl)[inputs]: Adjust accordingly.

gnu: slurm: Build shared libraries only.

* gnu/packages/parallel.scm (slurm)[arguments]: Pass "--disable-static".

gnu: slurm: Update to 19.05.3-2.

* gnu/packages/parallel.scm (slurm): Update to 19.05.3-2.
[source](snippet): Keep "contribs/mpi" and its reference in
'Makefile.am'.
[inputs]: Remove OPENSSL.
[arguments]: Remove "--with-ssl".  Add 'install-libpmi' phase.

gnu: Add Intel MPI Benchmarks.

* gnu/packages/mpi.scm (intel-mpi-benchmarks): New variable.

gnu: rdma-core: Update to 26.0.

* gnu/packages/linux.scm (rdma-core): Update to 26.0.
[arguments]: Add "-DRST2MAN_EXECUTABLE=..." to #:configure-flags.
[native-inputs]: Add PYTHON-DOCUTILS.

gnu: rdma-core: Use the "write" ioctl mode.

* gnu/packages/linux.scm (rdma-core)[arguments]: Add "-DIOCTL_MODE=write"
to #:configure-flags.

gnu: openmpi: Pass explicit "--with-*" configure flags.

* gnu/packages/mpi.scm (openmpi)[arguments]: Pass "--with-ucx",
"--with-psm", and "--with-psm2".

gnu: ucx: Do not install static libraries.

* gnu/packages/fabric-management.scm (ucx)[arguments]: Pass
"--disable-static".

gnu: ucx: Enable InfiniBand support through Verbs.

Until now, InfiniBand support was missing, as reported by "ucx_info -d"
on a machine with InfiniBand networking.

* gnu/packages/fabric-management.scm (ucx)[arguments]: Build with
"--with-verbs".

scripts: system: Add --target option.

* guix/scripts/system.scm (%options): Add target option,
(%default-options): ditto,
(process-action): Rename existing target variable to target-file and pass new
target variable to run-with-store procedure.

system: vm: Support cross-compilation.

* gnu/system.scm (system-linux-image-file-name): Add support for cross-built
systems. Remove system argument that was ignored,
(operating-system-kernel-file): adapt by removing ignored os argument.
* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm): Add target
argument and turn inputs into native-inputs. Pass target to qemu-command
and gexp->derivation calls.
(iso9660-image): Add target argument and pass it to
expression->derivation-in-linux-vm. Remove qemu from inputs as it
is not necessary.
(qemu-image): Add target argument, also remove qemu from inputs. Pass
target argument to expression->derivation-in-linux-vm call.

system: vm: Add arm64 support.

* gnu/build/vm.scm (load-in-linux-vm): Add target-arm64? argument and use it
to pass correct arguments to qemu.
* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm): Pass the new
target-arm64? argument added above. Do not add ESP partition on all ARM
targets. Do not pass grub-efi package to initialize-hard-disk on ARM targets.

build: vm: Fix arm32 support.

* gnu/build/vm.scm (load-in-linux-vm): Disable qemu highmem support on ARM32
systems.

utils: Use target-aarch64? and target-arm? helpers.

* guix/utils.scm (target-aarch64?, target-arm?): New exported procedures.

gnu: cmake: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/cmake.scm (cmake-minimal)[inputs]: Move all inputs to ...
[native-inputs]: ... here, except for ncurses.

gnu: crda: Fix cross-compilation

* gnu/packages/linux.scm (crda)[arguments]: Patch Makefile to use cross
pkg-config when cross-compiling. Also search for wireless-regdb in both
native-inputs and inputs. Set CC variable to cross-compiler when
cross-compiling.

gnu: libnl: Move python outputs to separate packages.

Cross compiling python extensions is currently broken. To allow libnl
cross compilation, move its python2 and python3 outputs to separate
packages.

* gnu/packages/linux.scm (libnl)[outputs]: Remove python2 and python3
and replace by ...
(libnl-python-package):  ... this new procedure,
(libnl-python2, libnl-python3): new variables.

gnu: guile-sqlite3: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/patches/guile-sqlite3-fix-cross-compilation.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/guile.scm (guile-sqlite3)[source]: Apply previous patch,
[native-inputs]: add guile.

gnu: guile-gcrypt: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/gnupg.scm (guile-gcrypt) [native-inputs]: Add guile,
[arguments]: add libgcrypt-config to PATH when cross-compiling.

gnu: doxygen: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/documentation.scm (doxygen)[arguments]: Force cmake to use
iconv.h from cross-libc.

gnu: git: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/version-control.scm (git-cross-configure-flags): New variable,
(git)[arguments]: add it to configure-flags. Also add cross curl-config script
to PATH.
(git-minimal): Add previous variable to configure-flags.

gnu: swig: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/swig.scm (swig)[inputs]: Add pcre that is needed when cross-compiling.

gnu: openldap: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/openldap.scm (openldap)[inputs]: Move groff from here to ...
[native-inputs]: ... here. Also add bdb and automake.
[arguments]: Add cross-compilation specific configure-flags. Do not strip when
cross-compiling. Add a new fix-configure phase to update outdated config.sub
and config.guess. Add a fix-cross-gcc phase to set CC variable to
cross-compiler name when cross-compiling.

gnu: bdb: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/dbm.scm (bdb-4.8)[arguments]: Pass host argument to configure
when cross-compiling.

gnu: eudev: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/linux.scm (eudev)[arguments]: Look for xsltproc in both
native-inputs and inputs. Also, do not run udevadm when cross-compiling.

We need to find another way to generate hwdb.bin file for cross-built systems.

gnu: boost: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/patches/boost-dumpversion.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/boost.scm (boost)[source]: Apply it,
[native-inputs]: add python unless cross-compiling,
[arguments]: pass cross-compilation mandatory
flags and fill a user-config.jam file pointing to cross-compiler. Disable
python support that is broken when cross-compiling. Disable
provide-libboost_python when cross-compiling.

gnu: icu4c: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/icu4c.scm (icu4c-build-root): New variable.
(icu4c)[native-inputs]: Add it.
[arguments]: Pass it as a configure-flag.

gnu: cyrus-sasl: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/patches/cyrus-sasl-ac-try-run-fix.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/cyrus-sasl.scm (cyrus-sasl)[origin]: Apply it.
[native-tools]: Add autoconf, automake and libtool.
[arguments]: Run autoconf to apply m4 modification in patch above.

gnu: groff: Fix cross compilation.

* gnu/packages/groff.scm (groff)[native-inputs]: Add self,
[arguments]: set GROFF_BIN_PATH and GROFFBIN variables when
cross-compiling.
(groff-minimal)[native-inputs]: Add groff.

gnu: cmake: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/cmake.scm (cmake-minimal-cross): New package.
* guix/build-system/cmake.scm (default-cmake): Add new target argument and use
it to select cmake-minimal or cmake-minimal-cross.
(lower): Pass target to default-cmake.

gnu: openssl: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/tls.scm (openssl-next)[arguments]: Pass CROSS_COMPILE
environment variable and target system to configure script.

gnu: git-annex: Update to 7.20191114.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (git-annex): Update to 7.20191114.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: rtmidi: Update to 4.0.0.

* gnu/packages/audio.scm (rtmidi): Update to 4.0.0.
[source]: Download tarball from upstream URL rather than the powertab github
fork.
[arguments]: Enable tests.  Remove 'build and 'install phases and add a new
'noconfigure phase to prevent the bootstrap script from invoking configure.
[home-page]: Update homepage to upstream URL.
* gnu/packages/music.scm (powertabeditor)[arguments]: Add phase that substitutes
the rtmidi #include directive to find the header.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: freecad: Update to 0.18.4.

* gnu/packages/engineering.scm (freecad): Update to 0.18.4.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

make-bootstrap: Adjust copied linux headers.

* guix/build/make-bootstrap.scm (copy-linux-headers): Remove header
file 'a.out.h' is no longer part of the linux kernel headers.

gnu: emacs-flycheck-cpplint: Set cpplint path.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-flycheck-cpplint)[inputs]: Add cpplint.
[arguments]: Add a set-cpplint-path phase to set the path of cpplint.

gnu: Add cpplint.

* gnu/packages/cpp.scm (cpplint): New variable.

gnu: aspell: Update to 0.60.8.

* gnu/packages/aspell.scm (aspell): Update to 0.60.8.
[source]: Remove "aspell-gcc-compat.patch".
* gnu/packages/patches/aspell-gcc-compat.patch: Remove.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: aspell: Truly honor $ASPELL_DICT_DIR.

Fixes <https://bugs.gnu.org/29686>.
Reported by Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>.

* gnu/packages/aspell.scm (aspell)[arguments]: Remove 'wrap-aspell' phase.
* gnu/packages/patches/aspell-default-dict-dir.patch: Add hunk to expand
the right-hand size of '|' in values like "<$FOO|$BAR/baz>".  Change
DICT_DIR to refer to "$HOME" on the right-hand side.

gnu: fluidsynth: Update to 2.0.9.

* gnu/packages/audio.scm (fluidsynth): Update to 2.0.9.

gnu: perl-type-tiny: Update to 1.006000.

* gnu/packages/perl.scm (perl-type-tiny): Update to 1.006000.

gnu: msitools: Update to 0.100.

* gnu/packages/package-management.scm (msitools): Update to 0.100.

gnu: perl-mail-dkim: Update to 0.58.

* gnu/packages/mail.scm (perl-mail-dkim): Update to 0.58.

gnu: Add m2-planet.

* gnu/packages/mes.scm (m2-planet): New variable.

gnu: Add emacs-helm-fish-completion.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm-fish-completion): New variable.

gnu: r-gprofiler: Update to 0.7.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gprofiler): Update to 0.7.0.

gnu: r-hexbin: Update to 1.28.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-hexbin): Update to 1.28.0.

gnu: r-r-oo: Update to 1.23.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-r-oo): Update to 1.23.0.

gnu: r-glmnet: Update to 3.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-glmnet): Update to 3.0.
[inputs]: Move gfortran from here...
[native-inputs]: ...to here.
[propagated-inputs]: Add r-shape.

gnu: r-dt: Update to 0.10.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dt): Update to 0.10.

gnu: r-rmarkdown: Update to 1.17.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rmarkdown): Update to 1.17.

gnu: r-hms: Update to 0.5.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-hms): Update to 0.5.2.

gnu: r-roxygen2: Update to 7.0.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-roxygen2): Update to 7.0.0.
[propagated-inputs]: Add r-rlang.

gnu: r-r6: Update to 2.4.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-r6): Update to 2.4.1.

gnu: r-testthat: Update to 2.3.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-testthat): Update to 2.3.0.
[propagated-inputs]: Add r-ellipsis and r-pkgload.

gnu: r-knitr: Update to 1.26.

* gnu/packages/statistics.scm (r-knitr): Update to 1.26.

gnu: r-survival: Update to 3.1-7.

* gnu/packages/statistics.scm (r-survival): Update to 3.1-7.

gnu: r-farver: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-farver): Update to 2.0.1.
[propagated-inputs]: Remove r-rcpp.

gnu: r-ggeffects: Update to 0.13.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggeffects): Update to 0.13.0.
[propagated-inputs]: Remove r-scales.

gnu: r-learnr: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-learnr): Update to 0.10.0.
[propagated-inputs]: Add r-checkmate, r-ellipsis, and r-renv.

gnu: r-ggfortify: Update to 0.4.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggfortify): Update to 0.4.8.

gnu: r-kernlab: Update to 0.9-29.

* gnu/packages/cran.scm (r-kernlab): Update to 0.9-29.

gnu: r-bookdown: Update to 0.15.

* gnu/packages/cran.scm (r-bookdown): Update to 0.15.

gnu: r-future: Update to 1.15.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-future): Update to 1.15.0.

gnu: r-rbamtools: Update to 2.16.17.

* gnu/packages/cran.scm (r-rbamtools): Update to 2.16.17.

gnu: r-fields: Update to 10.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-fields): Update to 10.0.

gnu: r-spam: Update to 2.4-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-spam): Update to 2.4-0.

gnu: r-rcppannoy: Update to 0.0.14.

* gnu/packages/cran.scm (r-rcppannoy): Update to 0.0.14.

gnu: r-rvcheck: Update to 0.1.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-rvcheck): Update to 0.1.6.

gnu: r-rootsolve: Update to 1.8.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-rootsolve): Update to 1.8.1.

gnu: r-flextable: Update to 0.5.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-flextable): Update to 0.5.6.

gnu: r-officer: Update to 0.3.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-officer): Update to 0.3.6.

gnu: r-rjags: Update to 4-10.

* gnu/packages/cran.scm (r-rjags): Update to 4-10.

gnu: r-ggpubr: Update to 0.2.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggpubr): Update to 0.2.4.

gnu: r-openxlsx: Update to 4.1.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-openxlsx): Update to 4.1.3.
[propagated-inputs]: Add r-rlang and r-stringi.

gnu: r-tinytex: Update to 0.17.

* gnu/packages/cran.scm (r-tinytex): Update to 0.17.

gnu: r-xfun: Update to 0.11.

* gnu/packages/cran.scm (r-xfun): Update to 0.11.

gnu: r-prodlim: Update to 2019.10.13.

* gnu/packages/cran.scm (r-prodlim): Update to 2019.10.13.

gnu: r-rcpp: Update to 1.0.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-rcpp): Update to 1.0.3.

gnu: r-haven: Update to 2.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-haven): Update to 2.2.0.
[propagated-inputs]: Add r-rlang and r-tidyselect.

gnu: Add r-renv.

* gnu/packages/cran.scm (r-renv): New variable.