gnu: Add r-reportingtools.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-reportingtools): New variable.

gnu: Add r-pfam-db.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-pfam-db): New variable.

gnu: Add r-affycontam.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-affycontam): New variable.

gnu: Add r-affycompatible.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-affycompatible): New variable.

gnu: Add r-affycomp.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-affycomp): New variable.

gnu: Add r-affydata.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-affydata): New variable.

gnu: Add r-timeseriesexperiment.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-timeseriesexperiment): New variable.

gnu: Add r-wavcluster.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-wavcluster): New variable.

gnu: r-spam: Update to 2.3-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-spam): Update to 2.3-0.

gnu: r-feather: Update to 0.3.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-feather): Update to 0.3.5.

gnu: emacs-zerodark-theme: Update to 4.6.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-zerodark-theme): Update to 4.6.
[source]: Update to new source uri.

gnu: Add yubico-pam.

* gnu/packages/authentication.scm (yubico-pam): New variable.

gnu: r-delayedmatrixstats: Update to 1.6.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-delayedmatrixstats): Update to 1.6.1.

gnu: r-rhdf5lib: Update to 1.6.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rhdf5lib): Update to 1.6.1.

gnu: r-rtracklayer: Update to 1.44.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rtracklayer): Update to 1.44.4.

gnu: r-genomicranges: Update to 1.36.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicranges): Update to 1.36.1.

gnu: r-s4vectors: Update to 0.22.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-s4vectors): Update to 0.22.1.

gnu: r-mixomics: Update to 6.8.4.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-mixomics): Update to 6.8.4.

gnu: r-gtrellis: Update to 1.16.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-gtrellis): Update to 1.16.1.

gnu: r-regioner: Update to 1.16.4.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-regioner): Update to 1.16.4.

gnu: Add emacs-elixir-mode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-elixir-mode): New variable.

gnu: wine-staging: Update to 4.16.

* gnu/packages/wine.scm (wine-staging-patchset-data): Update to 4.16.
* gnu/packages/wine.scm (wine-staging): Update to 4.16.

import/utils: beautify-description: Recognize more fragments.

* guix/import/utils.scm (beautify-description): Handle additional common
initial sentence fragments in descriptions.

gnu: r-tidyr: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-tidyr): Update to 1.0.0.
[propagated-inputs]: Add r-ellipsis, r-lifecycle, and r-vctrs.

gnu: r-diffusionmap: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/graph.scm (r-diffusionmap): Update to 1.2.0.

gnu: r-seqinr: Update to 3.6-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-seqinr): Update to 3.6-1.

gnu: Add r-lifecycle.

* gnu/packages/cran.scm (r-lifecycle): New variable.

gnu: r-huge: Update to 1.3.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-huge): Update to 1.3.3.

gnu: r-tidytree: Update to 0.2.7.

* gnu/packages/cran.scm (r-tidytree): Update to 0.2.7.

gnu: r-activity: Update to 1.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-activity): Update to 1.3.
[propagated-inputs]: Add r-insol.

gnu: r-sjplot: Update to 2.7.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-sjplot): Update to 2.7.1.

gnu: r-sjstats: Update to 0.17.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-sjstats): Update to 0.17.6.
[propagated-inputs]: Add r-parameters.

gnu: r-emmeans: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-emmeans): Update to 1.4.1.

gnu: r-sjlabelled: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-sjlabelled): Update to 1.1.1.

gnu: r-circlize: Update to 0.4.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-circlize): Update to 0.4.8.

gnu: r-httpuv: Update to 1.5.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-httpuv): Update to 1.5.2.

gnu: Add r-insol.

* gnu/packages/cran.scm (r-insol): New variable.

gnu: Add r-rgdal.

* gnu/packages/cran.scm (r-rgdal): New variable.

gnu: Add r-parameters.

* gnu/packages/cran.scm (r-parameters): New variable.

gnu: gnujump: Add desktop file.

This fixes bug#37069.

* gnu/packages/games.scm (gnujump)[arguments]: Add custom
'create-desktop-entry phase to install a desktop file.

gnu: tipp10: Fix path in desktop entry.

* gnu/packages/patches/tipp10-fix-compiling.patch: Remove changes to
hardcode executable path.

gnu: gmsh: Update home page.
This addresses a 'guix lint' warning.

* gnu/packages/maths.scm (gmsh)[home-page]: Update to avoid URL
redirection.

gnu: mcron: Update to 1.1.2.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (mcron): Update to 1.1.2.
[arguments]: Remove custom 'set-timezone phase.
[native-inputs]: Add autoconf, automake, help2man, texinfo.
[inputs]: Remove ed, which.

gnu: shellutils.scm: Sort module inputs.

* gnu/packages/shellutils.scm: Sort module inputs alphabetically.

gnu: Add zsh-autosuggestions.

* gnu/packages/shellutils.scm (zsh-autosuggestions): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add ruby-rspec-wait.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-rspec-wait): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

build-system/cargo: Remove unused function.

* guix/build/cargo-build-system.scm (touch): Remove it.

build-system/cargo: Use 'strip-store-file-name'.

This is a follow-up to f58b2f38e4dfdbb8473fb2816d44fae6ad9cbc79.

* guix/build/cargo-build-system.scm (configure): Use bespoke
'strip-store-file-name' function.

gnu: Add sh-z shell tool

* gnu/packages/shellutils.scm (sh-z): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Thunar: Update to 1.8.9.

* gnu/packages/xfce.scm (thunar): Update to 1.8.9.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: openblas: Set 'NUM_THREADS'.

Until now, OpenBLAS would use at most the N threads, where N is the
number of cores that happened to be available on the build
machine (typically N=8).

* gnu/packages/maths.scm (openblas/fixed-num-threads): New variable.
(openblas)[replacement]: New field.
(openblas-ilp64): Use 'package/inherit'.

gnu: python-matplotlib-documentation: Add missing input.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-matplotlib-documentation)[native-inputs]:
Add python-sphinx-copybutton.
(python2-matplotlib-documentation)[native-inputs]: Remove
python-sphinx-copybutton.

gnu: Add python-sphinx-copybutton.

* gnu/packages/sphinx.scm (python-sphinx-copybutton): New variable.

gnu: python-matplotlib: Update to 3.1.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-matplotlib): Update to 3.1.1.
[native-inputs]: Remove python-nose; add python-pytest and unzip; add
jquery-ui.
[arguments]: Add build phases "fix-and-disable-failing-tests" and
"install-jquery-ui", and move the "check" phase after the "install" phase;
use the default backend in setup.cfg.
(python2-matplotlib): Keep at version 2.2.3.
(python-matplotlib-documentation)[arguments]: Remove "check" phase.

gnu: Add r-assertr.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertr): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: emacs-interactive-align: Update to 0.4.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-interactive-align): Update to 0.4.2.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-doom-themes.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-doom-themes): New variable.

Co-authored-by: Brett Gilio <brettg@posteo.net>
Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

linux-container: "run-container" scripts shows the container's PID.

* gnu/build/linux-container.scm (call-with-container): Add
 #:process-spawned-hook and honor it.
* gnu/system/linux-container.scm (container-script)[script]:
Define 'explain' and pass it as #:process-spawned-hook'.

services: Fix /usr/bin/env special file target.

This is a followup to a9162155975a131afa1e6a44262afbb7af91f7fd.

* gnu/services/base.scm (%base-services): Fix "/usr/bin/env" target.

linux-container: Exclude more services when sharing networking with the host.

* gnu/system/linux-container.scm (containerized-operating-system)[useless-services]:
Add more services to the list when SHARED-NETWORK? is true.

file-systems: Add /var/run/nscd to '%network-file-mappings'.

This allows containers created by "guix environment -CN" or by
"guix system container -N" to talk to the host nscd.

* gnu/system/file-systems.scm (%network-file-mappings): Add
"/var/run/nscd".
* gnu/build/shepherd.scm (default-mounts)[nscd-socket]: Remove.
* gnu/system/linux-container.scm (container-script)[nscd-run-directory]
[nscd-mapping, nscd-os, nscd-specs]: Remove.
[script]: Filter out from SPECS bind-mounts where the device does not
exist.
* guix/scripts/environment.scm (launch-environment/container)
[optional-mapping->fs]: New procedure.
[mappings]: Remove %NETWORK-FILE-MAPPINGS.
[file-systems]: Add %NETWORK-FILE-MAPPINGS here, filtered through
'optional-mapping->fs'.

build: cargo-build-system: Strip store hash from vendor-dir.

* guix/build/cargo-build-system.scm (configure): When copying the
sources into the vendor-dir strip off the hash before the package name.

gnu: gmsh: Fetch source from Git.

* gnu/packages/maths.scm (gmsh)[source]: Switch to GIT-FETCH.

gnu: python-pytest-virtualenv: Enable tests.

* gnu/packages/python-check.scm (python-pytest-virtualenv)
[phases]{patch-virtualenv-executable}: New phase.
[propagated-inputs]: Move python-virtualenv from here...
[inputs]: ...to here.

gnu: python-pathpy: Add a missing propagated input.

This fixes the build of 'python-pytest-shutil', amongst others.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pathpy)[propagated-inputs]: Add
python-importlib-metadata.

gnu: gfbgraph: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/gnome.scm (gfbgraph)[source]: Hard-code NAME.

gnu: openconnect: Update to 8.05 [fixes CVE-2019-16239].

* gnu/packages/vpn.scm (openconnect): Update to 8.05.

gnu: hypre: Update texlive-union.

* gnu/packages/maths.scm (hypre)[native-inputs]: Replace texlive-generic-xypic
and texlive-fonts-xypic with texlive-xypic; add texlive-cm to the
texlive-union.

gnu: texlive-xypic: Install all files.

Reported by numerobis on the #guix IRC channel.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-xypic)[source]: Install "tex/generic/xypic"
files.
[arguments]: Remove #:tex-directory.

gnu: python-language-server: Update to 0.28.3-1.c3cab77.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-language-server): Update to 0.28.3-1.c3cab77.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: r-bsgenome-celegans-ucsc-ce6: Permit substitution.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bsgenome-celegans-ucsc-ce6)[arguments]:
Remove field.

gnu: r-bsgenome-celegans-ucsc-ce6: Use bioconductor-uri.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bsgenome-celegans-ucsc-ce6)[source]: Use
BIOCONDUCTOR-URI.

gnu: python-ipython-documentation: Make reproducible.

Fixes <https://bugs.gnu.org/37373/>.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-ipython)[arguments]: Add phase
"make-docs-reproducible" to remove timestamps from documentation generated in
dependent python-ipython-documentation package.

gnu: recode: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/textutils.scm (recode)[source]: Hard-code NAME.

gnu: recode: Update to 3.7.5.

* gnu/packages/textutils.scm (recode): Update to 3.7.5.
[native-inputs]: Use python@3 and python-cython@3.

gnu: glslang: Use GIT-FILE-NAME.

* gnu/packages/vulkan.scm (glslang)[source]: Use GIT-FILE-NAME.

gnu: nghttp2: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/web.scm (nghttp2)[source]: Hard-code NAME.

gnu: neofetch: Update to 6.1.0.

* gnu/packages/admin.scm (neofetch): Update to 6.1.0.

gnu: youtube-dl: Update to 2019.09.12.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2019.09.12.

gnu: openssl: Update to 1.1.1d [fix CVE-2019-{1547,1549,1552,1563}].

* gnu/packages/tls.scm (openssl-next): Update to 1.1.1d.

doc: Actually suggest ‘fc-cache -r’.

A follow-up commit to 0cd3e99d64081e958919845ddd01ae8d2fb2d692.

* doc/guix.texi (Application Setup): Fix my own typo.

doc: Run fc-cache verbosely and delete existing caches.

* doc/guix.texi (Application Setup): Suggest ‘fc-cache -rv’ instead
of ‘fc-cache -f’.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

services: libvirtd: Use '/run/current-system/profile/bin' as PATH.

This is a followup to ef640db2f509f51ebfe3a6a66ba837ef3103bbb7.

* gnu/services/virtualization.scm (libvirt-shepherd-service): Set
'#:environment-variables' for 'make-forkexec-constructor'.

gnu: foo2zjs: Update to 20190909.

* gnu/packages/cups.scm (foo2zjs): Update to 20190909.

gnu: workrave: Correct the types of inputs used.

* gnu/packages/gnome.scm (workrave)[propagated-inputs]: Move them all to...
[inputs]: ...here.
[native-inputs]: Move libxscrnsaver to the 'inputs' field.

gnu: workrave: Update to version 1.10.34.

* gnu/packages/gnome.scm (workrave): Update version and hash strings.
[inputs]: Remove python-cheetah.
[native-inputs]: Add boost, python-3 and python-jinja2; remove the "bin"
output of glib.

gnu: emacs-debbugs: Update to 0.19.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-debbugs): Update to 0.19.

gnu: emacs-smart-mode-line: Update to 2.13.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-smart-mode-line): Update to 2.13.

gnu: guile-json: Use "mirror://savannah" URL.

* gnu/packages/guile.scm (guile-json, guile-json-3): Change URL to
mirror://savannah.

gnu: guile-json: Update to 3.2.0.

* gnu/packages/guile.scm (guile-json-3): Update to 3.2.0.

gnu: guile-gcrypt: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/gnupg.scm (guile-gcrypt): Update to 0.2.0.

gnu: libvirt: Don't wrap with PATH.

This reverts commit 903e051a71467bc96a054c9b4ed89348fdae8977 to fix
<https://bugs.gnu.org/31365>.  The full path of the 'ip' command is already
embedded, and we want to search 'qemu' in PATH.

* gnu/packages/virtualization.scm (libvirt): Remove 'wrap-libvirtd phase.  Add
configure flags to run qemu as 'nobody:kvm'.
* gnu/services/virtualization.scm (libvirt-service-type): Add 'qemu' to the
system profile.

gnu: emacs-elpy: Update to 1.31.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-elpy): Update to 1.31.0.

gnu: python-jedi: Update to 0.15.1 and re-enable tests.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-jedi): Update to 0.15.1; re-enable
tests.

gnu: python-parso: Run the test suite.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-parso)[phases]: Replace the check phase.

gnu: python-parso: Update to 0.5.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-parso): Update to 0.5.1.

gnu: Add openscad.

* gnu/packages/engineering.scm (openscad): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: nftables: Update to 0.9.2.

* gnu/packages/linux.scm (nftables): Update to 0.9.2.

gnu: libnftnl: Update to 1.1.4.

* gnu/packages/linux.scm (libnftnl): Update to 1.1.4.

gnu: libsoup: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/gnome.scm (libsoup)[source]: Hard-code NAME.