gnu: mediastreamer2: Update to 4.4.34.

* gnu/packages/linphone.scm (mediastreamer2)[source]: Switch to git repository.
[version]: Update to 4.4.34.
[patches]: Remove field.
[configure-flags]: Remove the ENABLE_STRICT, ENABLE_BV16, CMAKE_C_FLAGS and
CMAKE_CXX_FLAGS flags.
[phases]{fix-version}: New phase.
{separate-outputs}: Modify.
[native-inputs]: Replace python with python-wrapper.
[home-page]: Update.
[license]: Upgrade to GPLv3+.
* gnu/packages/patches/mediastreamer2-srtp2.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: ortp: Update to 4.4.34.

* gnu/packages/linphone.scm (ortp)[source]: Switch to git repository.
[version]: Update to 4.4.34.
[outputs]{doc, tester}: New outputs.
[configure-flag]: Enable tests.
[phases]{fix-version-strings, separate-outputs}: New phases.
[home-page]: Update.
[license]: Upgrade to GPLv3+.

Co-authored-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>
Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: bzrtp: Update to 4.4.34 and enable tests.

* gnu/packages/linphone.scm (bzrtp)[source]: Switch to git repository.
[version]: Update to 4.4.34.
[configure-flags]: Enable tests.
[license]: Upgrade to GPLv3+.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: belcard: Update to 4.4.34 and enable tests.

* gnu/packages/linphone.scm (belcard)[source]: Switch to git repository.
[version]: Update to 4.4.34.
[outputs]: Add the tester and debug outputs.
[arguments]: Enable tests.
[phases]{patch-vcard-grammar-location, install-tester, check}: New phases.

Co-authored-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>
Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: belr: Update to 4.4.34 and enable tests.

* gnu/packages/linphone.scm (belr)[source]: Switch to git repository.
[version]: Update to 4.4.34.
[arguments]: Remove the tests? argument to enable tests.
[phases]{move-tester, check}: New phases.

Modified-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>
Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: bctoolbox: Update to 4.4.34 and enable libdecaf, tests.

* gnu/packages/linphone.scm (bctoolbox)[version]: Update to 4.4.34.
[source]: Switch to git repository.
[outputs]: Add a debug output.
[arguments]: Remove tests? argument, enabling tests.
[phases]{patch-cmake, skip-problematic-tests}
{fix-installed-resource-directory-detection}: New phases.
{check}: Override phase.
[inputs]: Add libdecaf.
[license]: Update to GPLv3+.

Co-authored-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>
Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: qrencode: Enable tests.

* gnu/packages/aidc.scm (qrencode)[arguments]: Add configure-flag to
build tests. Use custom 'check phase to run tests.

gnu: qrencode: Update to 4.1.1.

* gnu/packages/aidc.scm (qrencode): Update to 4.1.1.

gnu: urlscan: Update to 0.9.6.

* gnu/packages/mail.scm (urlscan): Update to 0.9.6.

gnu: vim-asyncrun: Update to 2.8.5.

* gnu/packages/vim.scm (vim-asyncrun): Update to 2.8.5.

gnu: wireguard-tools: Update to 1.0.20210315.

* gnu/packages/vpn.scm (wireguard-tools): Update to 1.0.20210315.

gnu: bcachefs-tools: Update to 0.1-4.bb6eccc.

* gnu/packages/file-systems.scm (bcachefs-tools): Update to 0.1-4.bb6eccc.

gnu: skopeo: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/virtualization.scm (skopeo): Update to 1.2.2.

gnu: links: Update to 2.22.

* gnu/packages/web-browsers.scm (links): Update to 2.22.

gnu: neomutt: Update to 20210205.

* gnu/packages/mail.scm (neomutt): Update to 20210205.

gnu: mpop: Update to 1.4.13.

* gnu/packages/mail.scm (mpop): Update to 1.4.13.

tests: Add Transmission Daemon system test.

* gnu/tests/file-sharing.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: hnsd: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/dns.scm (hnsd): Update to 1.0.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

http-client: Don't drop failed query when reconnecting.

Reported by Christopher Baines <mail@cbaines.net>.

* guix/http-client.scm (http-multiple-get): Change 2nd argument to
'drop' to PROCESSED when (false-if-networking-error ...) returns #f.

gnu: cross-base: Relax check for powerpc64le.

* gnu/packages/cross-base.scm (cross-gcc-arguments): When conditionally adding
"--with-long-double-128", check for "powerpc64le-" prefix instead of matching
full target.

Signed-off-by: Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>

gnu: gegl: Update to 0.4.28.

* gnu/packages/gimp.scm (gegl): Update to 0.4.28.
[arguments]: Build with meson@0.55.

gnu: babl: Update to 0.1.86.

* gnu/packages/gimp.scm (babl): Update to 0.1.86.
[arguments]: Build with meson@0.55.

gnu: spdlog: Update to 1.8.5.

* gnu/packages/logging.scm (spdlog): Update to 1.8.5.

gnu: gnutls: Fix typos in description.

* gnu/packages/tls.scm (gnutls)[description]: Fix typos.

Reported by genr8 on #guix.

gnu: gramps: Update to 5.1.3.

* gnu/packages/genealogy.scm (gramps): Update to 5.1.3.

gnu: autofs: Update to 5.1.7.

* gnu/packages/file-systems.scm (autofs): Update to 5.1.7.
[arguments]: Add a new 'fix-rpath phase.

gnu: Add xsd.

* gnu/packages/cpp.scm (xsd): New variable.

Co-authored-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>
Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: Add cli.

* gnu/packages/cpp.scm (cli): New variable.

Modified-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>
Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: Add libxsd-frontend.

* gnu/packages/cpp.scm (libxsd-frontend): New variable.

Modified-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>
Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: Add libcutl.

* gnu/packages/cpp.scm (libcutl): New variable.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: Add build.

* gnu/packages/build-tools.scm (build): New variable.

Co-authored-by: Raghav Gururajan <rg@raghavgururajan.name>

gnu: soci: Propagate inputs.

* gnu/packages/databases.scm (soci)[inputs]: Move to...
[propagated-inputs]: ... here.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: imagemagick: Add more upstream fixes.

* gnu/packages/patches/imagemagick-ReadDCMImage-fix.patch,
gnu/packages/patches/imagemagick-ReadDCMPixels-fix.patch,
gnu/packages/patches/imagemagick-WriteTHUMBNAILImage-fix.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/imagemagick.scm (source): Add patches.

gnu: imagemagick: Fix CVE-2020-27829.

* gnu/packages/patches/imagemagick-CVE-2020-27829.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/imagemagick.scm (source): Add patch.

gnu: imagemagick: Hide 'imagemagick/stable' variant.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick/stable): Hide it.
(imagemagick): Remove inherited 'hidden?' property.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.12-4.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.12-4.

gnu: Use 'gtk-doc/stable' in native-inputs of selected packages.

* gnu/packages/calendar.scm (libical),
gnu/packages/check.scm (umockdev),
gnu/packages/fontutils.scm (libraqm),
gnu/packages/freedesktop.scm (appstream, farstream, libglib-testing)
(udisks, libfprint, libportal),
gnu/packages/geo.scm (memphis, osm-gps-map),
gnu/packages/glib.scm (template-glib),
gnu/packages/gnome.scm (gupnp-igd, libcloudproviders, libgrss, seed)
(gtx, dee, zeitgeist, phodav, gssdp, gupnp, gupnp-dlna, gupnp-av, rygel)
(libnma, gdl, libnotify, vte-ng, dconf, libxklavier, libsoup, colord)
(geoclue, geocode-glib, amtk, grilo, gvfs, gusb, network-manager)
(network-manager-applet, gfbgraph, libunique, cheese, libhandy)
(gnome-latex, libgda),
gnu/packages/gstreamer.scm (orc),
gnu/packages/gtk.scm (at-spi2-core, goocanvas),
gnu/packages/language.scm (nimf),
gnu/packages/networking.scm (libnice),
gnu/packages/video.scm (schroedinger),
gnu/packages/virtualization.scm (libosinfo),
gnu/packages/webkit.scm (wpewebkit, webkitgtk),
gnu/packages/xml.scm (libxmlb)[native-inputs]: Replace 'gtk-doc' with
'gtk-doc/stable'.

gnu: gtk-doc: Add 'gtk-doc/stable' variant.

* gnu/packages/gtk.scm (gtk-doc/stable): New variable.

gnu: dblatex: Add 'dblatex/stable' variant.

* gnu/packages/docbook.scm (dblatex/stable): New variable.

gnu: imagemagick: Add 'imagemagick/stable' variant.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick/stable): New variable.
(imagemagick): This is now an alias to 'imagemagick/stable'.

gnu: imagemagick: Remove graft.

Note that this commit does *not* integrate the fixes that were previously
applied via the graft.  This commit simply discards those fixes.  We will
address those security flaws, without grafting, in subsequent commits.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick)[replacement]: Remove field.
(imagemagick/fixed): Remove variable.

gnu: Add interception-dual-function-keys.

* gnu/packages/linux.scm (interception-dual-function-keys): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add interception-tools.

* gnu/packages/linux.scm (interception-tools): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add mandoc.

* gnu/packages/man.scm (mandoc): New variable.

Co-authored-by: Stefan Karrmann <S.Karrmann@web.de>

http-client: 'http-multiple-get' is tail-recursive again.

Fixes <https://bugs.gnu.org/47283>.

Commit 205833b72c5517915a47a50dbe28e7024dc74e57 made 'http-multiple-get'
non-tail-recursive.  Each recursive call would install an exception
handler.  As the number of iterations grows beyond 1,000, quadratic
complexity of 'raise-exception' would show and we'd spend most of our
time there.

* guix/http-client.scm (false-if-networking-error): New macro.
(http-multiple-get): Use it around 'write-request' and 'put-bytevector'
calls, and around 'read-response' call, in lieu of the inline 'catch'
forms.

gnu: knot: Update to 3.0.5.

* gnu/packages/dns.scm (knot): Update to 3.0.5.

gnu: gnu-efi: Update to 3.0.13.

* gnu/packages/efi.scm (gnu-efi): Update to 3.0.13.

gnu: pam-mount: Update to 2.18.

* gnu/packages/admin.scm (pam-mount): Update to 2.18.
[inputs]: Replace pcre with pcre2.

gnu: Add gpart.

* gnu/packages/disk.scm (gpart): New public variable.

gnu: ntl: Update to 11.4.4.

* gnu/packages/algebra.scm (ntl): Update to 11.4.4.

gnu: diffoscope: Update to 171.

* gnu/packages/diffoscope.scm (diffoscope): Update to 171.

gnu: gptfdisk: Update to 1.0.7.

* gnu/packages/disk.scm (gptfdisk): Update to 1.0.7.

gnu: git: Update to 2.31.1.

* gnu/packages/version-control.scm (git): Update to 2.31.1.

gnu: facter: Update to 4.0.52.

* gnu/packages/admin.scm (facter): Update to 4.0.52.

gnu: ccls: Update to 0.20201219.

* gnu/packages/cpp.scm (ccls): Update to 0.20201219.

gnu: nnn: Update to 3.6.

* gnu/packages/admin.scm (nnn): Update to 3.6.

gnu: cryptsetup: Update to 2.3.5.

* gnu/packages/cryptsetup.scm (cryptsetup): Update to 2.3.5.

gnu: icedove: Update to 78.9.0.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icedove): Update to 78.9.0.

gnu: cuirass: Update to 1.0.0-5.eb94e7d.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 1.0.0-5.eb94e7d.

gnu: bcmatroska2: Fetch the sources from git.

* gnu/packages/linphone.scm (bcmatroska2)[source]: Fetch sources from git.
[description]: Expound description.
[license]: Add the gpl2+ license to the list.  Remove broken URLs.

gnu: bcg729: Enable tests and update home page, license.

* gnu/packages/linphone.scm (bcg729)[source]: Remove '.git' suffix from URL.
[tests?]: Remove argument.
[configure-flags]: Enable tests.
[phases]{copy-inputs}: New phase.
{check}: Override.
[native-inputs]: Add perl, test-patterns and unzip.
[home-page]: Update.
[license]: Upgrade to GPLv3+.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: upx: Fix CVE-2021-20285.

* gnu/packages/patches/upx-CVE-2021-20285.patch: New patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/compression.scm (upx): Apply patch.

gnu: Add emacs-cascading-dir-locals.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-cascading-dir-locals): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-relative-buffers.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-relative-buffers): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: rust: Add Rust 1.51

* gnu/packages/rust.scm (rust-1.51): New variable.

gnu: cuirass: Fix version generation.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass)[arguments]: Add a 'fix-version-gen phase.

gnu: python-pytz: Update to 2021.1.

* gnu/packages/time.scm (python-pytz): Update to 2021.1.

gnu: python-pytzdata: Update to 2020.1.

* gnu/packages/time.scm (python-pytzdata): Update to 2020.1.

gnu: tzdata: Update to 2021a.

* gnu/packages/base.scm (tzdata): Update to 2021a.
[inputs]: Update tzcode.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: emacs-imenu-list: Bump revision.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-imenu-list): Bump revision.

This is a followup to e0495951d5e8544c0f6d2e5a8a83b3c3e419bb3a.

gnu: emacs-imenu-list: Update to 0.9-0.b502223.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-imenu-list): Update to 0.9-0.b502223.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-nice-citation.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-nice-citation): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-all-the-icons-dired: Update to 1.0-2-fc2dfa1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-all-the-icons-dired): Update to 1.0-2-fc2dfa1.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: hikari: Improve package.

* gnu/packages/wm.scm (hikari)[inputs]: Sort alphabetically.
[synopsis]: Shorten a bit.
[description]: Use full sentences.

gnu: Add hikari.

* gnu/packages/wm.scm (hikari): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: cuirass: Update to 1.0.0-4.ff3f25d.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 1.0.0-4.ff3f25d.

gnu: eolie: Add missing inputs.

This fixes errors observed directly at launch of Eolie inside pure
environments.  (See <https://bugs.gnu.org/47097> for more information.)
It is still not possible to launch Eolie inside a container, however.
(See also <https://bugs.gnu.org/47106>.)

* gnu/packages/gnome.scm (eolie)[inputs]: Add libhandy and
gnome-settings-daemon.

gnu: guix-build-coordinator: Update to 0-21.6e7e63f.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-build-coordinator): Update to
0-21.6e7e63f.

gnu: guix-data-service: Update to 0.0.1-26.410f58c.

* gnu/packages/web.scm (guix-data-service): Update to 0.0.1-26.410f58c.
[inputs]: Use newer PostgreSQL and guile-json packages, and switch to
non-deprecated variants of other packages.

gnu: Add r-samr.

* gnu/packages/cran.scm (r-samr): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add r-gsa.

* gnu/packages/cran.scm (r-gsa): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-suppdists: Update hash.

* gnu/packages/cran.scm (r-suppdists)[source]: Update hash.

gnu: SVT-HEVC: Update to 1.5.0.

* gnu/packages/video.scm (svt-hevc): Update to 1.5.0.
[license]: Specify the license.

gnu: SVT-AV1: Update URLs.

* gnu/packages/video.scm (svt-av1)[source, home-page]: Update URLs.

gnu: libaom: Update to 3.0.0.

* gnu/packages/video.scm (libaom): Update to 3.0.0.

gnu: guix: Update to 6e7ba45.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 6e7ba45.

gnu: sqlite: Update to 3.32.3 [security fixes].

Fixes CVE-2020-11655, CVE-2020-11656, CVE-2020-13434, CVE-2020-13435,
CVE-2020-13630, CVE-2020-13631, CVE-2020-13632, CVE-2020-15358 and
CVE-2020-9327.

* gnu/packages/sqlite.scm (sqlite/fixed): New variable.
(sqlite)[replacement]: Graft.

gnu: mariadb: Fix CVE-2021-27928.

* gnu/packages/patches/mariadb-CVE-2021-27928.patch: New patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/databases.scm (mariadb/fixed): New variable. Apply patch.
(mariadb)[replacement]: Graft.

gnu: Remove QT 4.

For more information, see:

https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2016-02/msg00596.html
https://bugs.gnu.org/45704

* gnu/packages/qt.scm (qt-4, python2-pyqt-4): Remove variables.
* gnu/packages/engineering.scm (qucs, qucs-s): Remove variables.
* gnu/packages/messaging.scm (pybitmessage): Remove variable.
* gnu/packages/password-utils.scm (keepassx): Remove variable.
* gnu/packages/pdf.scm (poppler-qt4): Remove variable.

doc: "Invoking guix refresh" links to '--with-latest'.

* doc/guix.texi (Invoking guix refresh): Reword intro and Link to
'--with-latest'.

doc: Explain how to pass 'guix refresh' the packages found in your profile.

Suggested by Xinglu Chen <public@yoctocell.xyz>.

* doc/guix.texi (Invoking guix refresh): Mention how to update packages
found in one's profile.

doc: Move 'guix refresh --list-updaters' reference to the right place.

* doc/guix.texi (Invoking guix refresh): Move '--list-updaters' right
after '--type'.

import: print: Improve origin method name guesswork.

Fixes <https://bugs.gnu.org/47375>.
Reported by Léo Le Bouter <lle-bout@zaclys.net>.

* guix/import/print.scm (package->code): For METHOD, use 'variable-name'
preferably, and call 'procedure-name' as a last resort.

lint: archival: Gracefully handle packages with a #f hash value.

Fixes <https://bugs.gnu.org/47293>.
Reported by Luis Felipe.

* guix/lint.scm (check-archival): Check whether 'content-hash-value'
returns true.

gnu: ircii: Update to 20210314 [security fixes].

See this message for more information about the security issues fixed in
ircii 20210314:

https://seclists.org/oss-sec/2021/q1/262

* gnu/packages/irc.scm (ircii): Update to 20210314.

gnu: linux-libre 5.10: Update to 5.10.26.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.10-version): Update to 5.10.26.
(linux-libre-5.10-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre: Update to 5.11.10.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.11-version): Update to 5.11.10.
(linux-libre-5.11-pristine-source): Update hash.

gnu: vips: Update to 8.10.6.

* gnu/packages/image-processing.scm (vips): Update to 8.10.6.

gnu: spdlog: Update to 1.8.3.

* gnu/packages/logging.scm (spdlog): Update to 1.8.3.

gnu: youtube-dl: Update to 2021.03.25.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2021.03.25.