licenses: Add CC-BY-SA and CC-BY.

* guix/licenses.scm (cc-by-sa4.0, cc-by3.0): New variables.

gnu: Set license of the bootstrap tools.

* gnu/packages/bootstrap.scm (package-from-tarball)[license]: Set to
  GPL3+.
* gnu/packages/make-bootstrap.scm (%static-binaries)[license]:
  Likewise.

lint: Add 'license' checker.

* guix/scripts/lint.scm (check-license): New procedure.
  (%checkers): Add 'license' checker.
* tests/lint.scm ("license: invalid license"): New test.

gnu: r-stringr: Provide valid 'home-page' URL.

* gnu/packages/statistics.scm (r-stringr)[home-page]: Set to valid URL.

emacs-build-system: Fix a file name of info directory.

* guix/build/emacs-build-system.scm (move-doc): Adjust to use
  "/share/info" instead of its sub-directory.

gnu: wpa-supplicant-light: Rename to wpa-supplicant-minimal.

* gnu/packages/admin.scm (wpa-supplicant-light): Rename to ...
  (wpa-supplicant-minimal): ...this.
  (wpa-supplicant): Use it.
* gnu/system/install.scm (installation-os): Use it.

gnu: Add Anonymous Pro fonts.

* gnu/packages/fonts.scm (font-anonymous-pro): New variable.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: Add ruby-nokogiri.

Co-Authored-By: Pjotr Prins <pjotr.public01@thebird.nl>
* gnu/packages/ruby.scm (ruby-nokogiri): New variable.

gnu: Add ruby-mini-portile.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-mini-portile): New variable.

gnu: Add ruby-minitar.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-minitar): New variable.

tests: Fix typos.

* tests/derivations.scm ("substitutable-derivation?",
  "derivation-prerequisites-to-build and substitutes, local build"): Fix
  harmless typos.

download: Disable offloading for downloads.

* guix/download.scm (url-fetch): Use #:local-build? #t.
* guix/git-download.scm (git-fetch): Likewise.

build: syscalls: Properly handle clone errors.

* guix/build/syscalls.scm (clone): Catch -1 return value and throw error.

gnu: Remove #:select from module import in (gnu packages geeqie).

* gnu/packages/geeqie.scm: Import all of (gnu packages ghostscript) instead
  of selectively only the lcms variable; this helps resolve problems with
  circular dependencies when including the module.

gnu: libtiff: Update home page.

* gnu/packages/image.scm (libtiff)[home-page]: Update.

gnu: vigra: Add support for OpenEXR.

* gnu/packages/image.scm (vigra)[inputs]: Add ilmbase and openexr.
  [arguments]: Augment #:configure-flags.

gnu: Order module imports in (gnu packages photo) alphabetically.

* gnu/packages/photo.scm: Order module imports alphabetically.

gnu: Add prefix to license imports in (gnu packages photo).

* gnu/packages/photo.scm: Import (guix licenses) with #:prefix license: to
  avoid an impending clash with the import of zlib from both (guix licenses)
  and (gnu packages compression).

gnu: guix: Enable container tests.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Delete
  'disable-container-tests' build phase.

monads: Fix 'liftN' fallback case.

Reported by Andy Wingo <wingo@igalia.com>.

* guix/monads.scm (define-lift) <fallback case>: Add missing #'.  Remove
  extra formal parameter.
* tests/monads.scm ("lift"): Add test with 'lift1' as a procedure.

gnu: Add 'patches'.

* gnu/packages/patchutils.scm (patches): New variables.

gnu: Add python2-notmuch.

* gnu/packages/mail.scm (python2-notmuch): New variable.

gnu: ath9k-htc-firmware: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/firmware.scm (ath9k-htc-firmware): Update to 1.4.0.

gnu: Rename librest to rest.

* gnu/packages/gnome.scm (rest): Rename from librest.

emacs: Add support for "triplet" package inputs.

Fixes <http://bugs.gnu.org/21399>.

* emacs/guix-main.scm (full-name->name+version): Adjust to handle
  "name-version:output" string.
  (package-inputs-names): Support ("name" package "output") inputs.

gnu: r: Drop texlive from native-inputs.

* gnu/packages/statistics.scm (r)[native-inputs]: Remove "texlive".

gnu: r: Install info documentation.

* gnu/packages/statistics.scm (r)[arguments]: Add phases "make-info" and
  "install-info" to build and install info documentation.

gnu: r: Drop IcedTea from inputs.

* gnu/packages/statistics.scm (r)[inputs]: Remove "icedtea6".

publish: Gracefully handle the lack of a deriver.

* guix/scripts/publish.scm (narinfo-string): Catch 'system-error' around
  'load-derivation' call; return BASE-INFO upon ENOENT.  This allows us
  to return the narinfo even if DERIVER is missing.  Before that, the
  exception would be uncaught, leading to 500 Internal Error on the
  client side.

gnu: magit: Update to 2.2.2.

* gnu/packages/emacs.scm (magit): Update to 2.2.2.

gnu: tinc: Use /etc as the sysconfdir, and /var as the localstatedir.

* gnu/packages/vpn.scm (tinc)[arguments]: New field.

gnu: Add r-ggplot2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-ggplot2): New variable.

gnu: Add r-scales.

* gnu/packages/statistics.scm (r-scales): New variable.

gnu: Add r-reshape2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-reshape2): New variable.

gnu: Add r-stringr.

* gnu/packages/statistics.scm (r-stringr): New variable.

gnu: Add r-stringi.

* gnu/packages/statistics.scm (r-stringi): New variable.

gnu: Add r-rcolorbrewer.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rcolorbrewer): New variable.

gnu: Add r-proto.

* gnu/packages/statistics.scm (r-proto): New variable.

gnu: Add r-plyr.

* gnu/packages/statistics.scm (r-plyr): New variable.

gnu: Add r-rcpp.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rcpp): New variable.

gnu: Add r-munsell.

* gnu/packages/statistics.scm (r-munsell): New variable.

gnu: Add r-magrittr.

* gnu/packages/statistics.scm (r-magrittr): New variable.

gnu: Add r-labeling.

* gnu/packages/statistics.scm (r-labeling): New variable.

gnu: Add r-gtable.

* gnu/packages/statistics.scm (r-gtable): New variable.

gnu: Add r-digest.

* gnu/packages/statistics.scm (r-digest): New variable.

gnu: Add r-dichromat.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dichromat): New variable.

gnu: Add r-colorspace.

* gnu/packages/statistics.scm (r-colorspace): New variable.

gnu: bundler: Update to 1.10.6.

* gnu/packages/ruby.scm (bundler): Update to 1.10.6.

gnu: Add libraw.

* gnu/packages/photo.scm (libraw): New variable.

gnu: sfml: Update to 2.3.1.

* gnu/packages/game-development.scm (sfml): Update to 2.3.1.
  [inputs]: Add flac, libvorbis, xcb-util-image.

gnu: linux-libre: Update to 4.2.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to 4.2.
* gnu/packages/linux-libre-x86_64.conf, gnu/packages/linux-libre-i686.conf:
  Update, based largely on https://jxself.org/git/kernel-configs.git

graph: Add '--expression'.

* guix/scripts/graph.scm (%options, show-help): Add '--expression'.
  (guix-graph): Call 'read/eval-package-expression' for 'expression'
  pairs in OPTS.
* tests/guix-graph.sh: Add tests.
* doc/guix.texi (Invoking guix graph): Document it.

doc: Document polkit and elogind services.

* doc/guix.texi (Desktop Services): Add polkit-service and
  elogind-service documentation.

gnu: Add polkit service.

* gnu/services/desktop.scm (polkit-service): New function.
  (%desktop-services): Add polkit service.

gnu: polkit: Look for rules in /run/current-system/profile.

* gnu/packages/polkit.scm (polkit): Configure to look for actions and
  rules in the system profile.  Arrange to look for the setuid helper in
  /run/setuid-programs.  Fix introspection installation.

Based on a patch by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

gnu: polkit: Use elogind for seat management.

* gnu/packages/polkit.scm (polkit): Depend on elogind.

gnu: Add elogind service.

* gnu/services/desktop.scm (<elogind-configuration>): New record type.
  (elogind-configuration-file, elogind-service): New functions.
  (%desktop-services): Add elogind-service.

gnu: elogind: Update to version 219.12.

* gnu/packages/freedesktop.scm (elogind): Update to 219.12.  Use a tarball
  instead of a git checkout.

gnu: Add attic.

* gnu/packages/backup.scm (attic): New variable.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: Add python-msgpack.

* gnu/packages/python.scm (python-msgpack, python2-msgpack): New variables.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: Add python-llfuse.

* gnu/packages/python.scm (python-llfuse, python2-llfuse): New variables.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: emacs-flycheck: Use the upstream release instead of MELPA.

* gnu/packages/emacs.scm (flycheck): Change version to 0.23.
  Replace MELPA tarball with the upstream release.

emacs: Use "r" key for 'cran' action in 'import' popup.

* emacs/guix-command.el (guix-command-improve-import-argument): New
  variable and function.
  (guix-command-argument-improvers): Add it.

gnu: xfce: Add xfce4-pulseaudio-plugin.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce)[propagated-inputs]: Add xfce4-pulseaudio-plugin.

gnu: Add xfce4-pulseaudio-plugin.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-pulseaudio-plugin): New variable.

gnu: xfce4-panel: Build with GTK+ 3 support.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-panel)[arguments]: New field.

gnu: libxfce4ui: Build with GTK+ 3 support.

* gnu/packages/xfce.scm (libxfce4ui)[propagated-inputs]: Add gtk+.

gnu: Add deeptools.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (deeptools): New variable.

gnu: Add perl-czplib.

* gnu/packages/perl.scm (perl-czplib): New variable.

gnu: Add missing patch for Guile-Present.

This patch should have been added in cdd383e.

* gnu/packages/patches/guile-present-coding.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add ZynAddSubFX.

* gnu/packages/music.scm (zynaddsubfx): New variable.

gnu: Add minixml.

* gnu/packages/xml.scm (minixml): New variable.

gnu: Add gerbv.

* gnu/packages/engineering.scm (gerbv): New variable.

gnu: Add po4a.

* gnu/packages/gettext.scm (po4a): New variable.

gnu: Add TeX Gyre fonts.

* gnu/packages/fonts.scm (font-tex-gyre): New variable.

guix: Add GUST font license 1.0.

* guix/licenses.scm (gfl1.0): New variable.

import: gem: Fix minor bug and add unit test.

* guix/import/gem.scm (make-gem-sexp): Properly handle an empty list of
  licenses.  When rendering a list of licenses, cons 'list onto the front of
  the expression.
* tests/gem.scm: New file.
* Makefile.am (SCM_TESTS): Add it.

gnu: Add sassc.

* gnu/packages/web.scm (sassc): New variable.

gnu: Add python-oslotest

* gnu/packages/openstack.scm (python-oslotest, python2-olsotest): New variables.

gnu: Add python-os-client-config

* gnu/packages/openstack.scm (python-os-client-config,
  python2-os-client-config): New variables.

gnu: Add python-mox3.

* gnu/packages/openstack.scm (python-mox3, python2-mox3): New variables.

gnu: Add python-pbr.

* gnu/packages/openstack.scm: New file.
* gnu-system.am: Add it.

gnu: add python-appdirs.

* gnu/packages/python.scm (python-appdirs, python2-appdirs): New variables.

gnu: guile-ssh: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/ssh.scm (guile-ssh): Update to 0.8.0.
  [inputs]: Use LIBGCRYPT instead of LIBGCRYPT-1.5.

gnu: libssh: Update to 0.6.5.

* gnu/packages/ssh.scm (libssh): Update to 0.6.5.
  [source]: Remove 'patches'.
  [inputs]: Use LIBGCRYPT instead of LIBGCRYPT-1.5.

gnu: Add emacs-flycheck.

* gnu/packages/emacs.scm (flycheck): New variable.

gnu: Add emacs-let-alist.

* gnu/packages/emacs.scm (let-alist): New variable.

emacs: Add "View graph" action to graph popup.

* emacs/guix-command.el: Require 'guix-external'.
  (guix-run-view-graph): New function.
  (guix-command-additional-execute-arguments,
  guix-command-special-executors): Add entries for "View graph" action.

emacs: Allow users to choose a 'find-file' function.

* emacs/guix-utils.el (guix-find-file-function): New variable.
  (guix-find-file): Use it.

emacs: Add code to run 'dot' program.

* emacs/guix-external.el: New file.
* emacs.am (ELFILES): Add it.

emacs: Add code to pipe guix output to external program.

* emacs/guix-main.scm: Use (ice-9 popen) module.
  (pipe-guix-output): New procedure.

gnu: Add Guile-Present.

* gnu/packages/gtk.scm (guile-present): New variable.

gnu: Add Guile-RSVG.

* gnu/packages/gtk.scm (guile-rsvg): New variable.
* gnu/packages/patches/guile-rsvg-pkgconfig.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add frescobaldi.

* gnu/packages/music.scm (frescobaldi): New variable.

gnu: Add python-ly.

* gnu/packages/python.scm (python-ly): New variable.

gnu: Add python-poppler-qt4.

* gnu/packages/pdf.scm (python-poppler-qt4): New variable.

gnu: Add poppler-qt4.

* gnu/packages/pdf.scm (poppler-qt4): New variable.

gnu: Add ruby-thor.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-thor): New variable.

gnu: Add ruby-xml-simple.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-xml-simple): New variable.

gnu: Add ruby-orderedhash.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-orderedhash): New variable.