doc: Fix typo.

* doc/guix.texi (Web Services): Fix ‘wether’ typo.

gnu: less: Update to 530.

* gnu/packages/less.scm (less): Update to 530.

maint: Adjust 'check-final-inputs-self-contained' for glibc:static.

This change is necessary to cope with
6dff905e51202bbdebbad8811b6509584d12a796.

* build-aux/check-final-inputs-self-contained.scm (final-inputs): Change
'match' pattern to match (LABEL PACKAGE OUTPUT).

gnu: cuirass: Update to 326264c.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 326264c.

gnu: sablevm: Do not change GC, just disable stripping.

* gnu/packages/java.scm (sablevm)[arguments]: Disable stripping; do not play
with GC settings as they have no reliable effect on build success.

gnu: sablevm: Use a different GC implementation.

This is an attempt to fix a segfault when building ant-bootstrap.

* gnu/packages/java.scm (sablevm)[arguments]: Use gencopy GC implementation.

gnu: sablevm-classpath: Remove unnecessary inputs.

* gnu/packages/java.scm (sablevm-classpath)[inputs]: Remove.

gnu: Add u-boot-pine64-plus.

* gnu/packages/bootloaders.scm (u-boot-pine64-plus): New variable.

gnu: make-u-boot-package: Install 'itb' and 'dtb' files also.

* gnu/packages/bootloaders.scm (make-u-boot-package)[arguments]: Add
'itb' and 'dtb' files to the files installed during custom 'install phase.

gnu: arm-trusted-firmware-pine64-plus: New variable.

* gnu/packages/firmware.scm (arm-trusted-firmware-pine64-plus): New
variable.

gnu: make-arm-trusted-firmware: New procedure.

* gnu/packages/firmware.scm (make-arm-trusted-firmware): New procedure.

gnu: tvtime: Fix build.

* gnu/packages/tv.scm (tvtime)[native-inputs]: Add 'pkg-config' to avoid
compilation errors.

gnu: dunst: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/dunst.scm (dunst): Update to 1.3.1.
[arguments]: Add SERVICEDIR_DBUS make flag.
[inputs]: Use 'gdk-pixbuf' instead of 'gtk'.

gnu: streamlink: Update to 0.11.0.

* gnu/packages/video.scm (streamlink): Update to 0.11.0.
[native-inputs]: Add python-urllib3.

tests: Add tests for "guix system disk-image" et al.

* tests/guix-system.sh: Add test cases that exercise (1) all of the
  example files in gnu/system/examples, and (2) all of the "image"
  creation commands: vm, vm-image, disk-image, and docker-image.

system: Add "guix system docker-image" command.

* gnu/system/vm.scm (system-docker-image): New procedure.
* guix/scripts/system.scm (system-derivation-for-action): Add a case for
  docker-image, and in that case, call system-docker-image.
  (show-help): Document docker-image.
  (guix-system): Parse arguments for docker-image.
* doc/guix.texi (Invoking guix system): Document "guix system
  docker-image".
* gnu/system/examples/docker-image.tmpl: New file.

guix: Rewrite build-docker-image to allow more paths.

* guix/docker.scm (build-docker-image): Rename "path" argument to
  "prefix" to reflect the fact that it is used as a prefix for the
  symlink targets.  Add the "paths" argument, and remove the "closure"
  argument, since it is now redundant.  Add a "transformations"
  argument.
* guix/scripts/pack.scm (docker-image): Read the profile's reference
  graph and provide its paths to build-docker-image via the new "paths"
  argument.

gnu: When building in a VM, share a temporary directory.

* gnu/build/vm.scm (load-in-linux-vm): Make a shared temporary directory
  available in the VM.
* gnu/system/vm.scm (%linux-vm-file-systems): Add a corresponding entry.

vm: Allow control of deduplication in root-partition-initializer.

* gnu/build/vm.scm (root-partition-initializer): Add #:deduplicate?
  keyword argument.

tests: Add tests for "guix pack".

* guix/scripts/pack.scm (bootstrap-xz): New variable.
  (%options) <--bootstrap>: New option.
  (show-help): Document the new --bootstrap option.
  (guix-pack): When --bootstrap is specified, use the bootstrap Guile,
  tar, and xz to build the pack, and do not use any profile hooks or
  locales.
* doc/guix.texi (Invoking guix pull): Document the new --bootstrap
  option.
* tests/guix-pack.sh: New file.
* Makefile.am (SH_TESTS): Add guix-pack.sh.
* gnu/packages/package-management.scm (guix) <inputs>: Add util-linux.

gnu: Add r-catdap.

* gnu/packages/cran.scm (r-catdap): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Keep Krita 3 along with Krita 4.

* gnu/packages/kde.scm (krita-3): New variable.

gnu: java-aqute-bnd-annotation: Update to 3.5.0.

* gnu/packages/java.scm (java-aqute-bnd-annotation): Update to 3.5.0.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

doc: Move Cgit Service documentation to the Version Control section.

* doc/guix.texi (Miscellaneous Services): Move the Cgit Service to
section Version Control Services.

gexp: 'program-file' has a new #:module-path parameter.

* guix/gexp.scm (<program-file>): Add 'path' field.
(program-file): Add #:module-path parameter and honor it.
(program-file-compiler): Honor the 'path' field.
* tests/gexp.scm ("program-file #:module-path"): New test.
* doc/guix.texi (G-Expressions): Update.

gexp: 'gexp->script' and 'gexp->file' have a new #:module-path parameter.

* guix/gexp.scm (load-path-expression): Add 'path' optional parameter.
(gexp->script): Add #:module-path and honor it.
(gexp->file): Likewise.
* tests/gexp.scm ("gexp->script #:module-path"): New test.
* doc/guix.texi (G-Expressions): Update accordingly.

gnu: git: Update to 2.16.3.

* gnu/packages/version-control.scm (git): Update to 2.16.3.

gnu: libgee: Update to 0.20.1.

* gnu/packages/gnome.scm (libgee): Update to 0.20.1.

gnu: fribidi: Update to 1.0.2.

* gnu/packages/fribidi.scm (fribidi): Update to 1.0.2.
[arguments]: Disable building documentation for now.

gnu: parallel: Update to 20180322.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20180322.

gnu: coq-flocq: Use predictable source URI.

* gnu/packages/ocaml.scm (coq-flocq)[source]: Use predictable URI.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.89.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.89.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.123.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.123.

gnu: Add lyx.

* gnu/packages/patches/lyx-2.2.3-fix-test.patch: New file.
* gnu/local.mk: Add it.
* gnu/packages/tex.scm (lyx): New variable.

gnu: node: Update to 9.9.0.

* gnu/packages/node.scm (node): Update to 9.9.0.

gnu: krita: Update to 4.0.0.

* gnu/packages/kde.scm (krita): Update to 4.0.0.

gnu: darktable: Update to 2.4.2.

* gnu/packages/photo.scm (darktable): Update to 2.4.2.

gnu: r-bookdown: Do not propagate ghc-pandoc.

This package propagates r-rmarkdown, which propagates its own variant of
Pandoc.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-bookdown)[propagated-inputs]: Remove
ghc-pandoc.

gnu: nginx: Update to 1.13.10.

* gnu/packages/web.scm (nginx): Update to 1.13.10.
[arguments]: Update kernel version to match glibc minimum requirement.

gnu: nmap: Update to 7.70.

* gnu/packages/admin.scm (nmap): Update to 7.70.
[source](snippet): End on #t.
[inputs]: Add ZLIB.

gnu: talloc: Update to 2.1.12.

* gnu/packages/samba.scm (talloc): Update to 2.1.12.

gnu: certbot: Update to 0.22.2.

* gnu/packages/tls.scm (python-acme, certbot): Update to 0.22.2.

gnu: python-cryptography: Update to 2.2.1.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-cryptography-vectors,
python-cryptography): Update to 2.2.1.

publish: Always build a new derivation for the "/log/NAME" test.

Fixes <https://bugs.gnu.org/30868>.
Reported by Martin Castillo <castilma@uni-bremen.de>.

* tests/publish.scm ("/log/NAME"): Use #$(random-text) in the builder.

publish: Add test for non-GET queries.

* tests/publish.scm ("non-GET query"): New test.

gnu: Add supercollider.

* gnu/packages/audio.scm (supercollider): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: yaml-cpp: Update to 0.6.1.

* gnu/packages/serialization.scm (yaml-cpp): Update to 0.6.1.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add boost-sync.

* gnu/packages/boost.scm (boost-sync): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Add index entries for realtime and jackd in the manual.

* doc/guix.texi (Base Services): Add realtime and jackd indices to the
`pam-limits-service' service, as the examples shows how they can be
configured.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: shepherd: Update to 0.4.0.

* gnu/packages/admin.scm (shepherd): Update to 0.4.0.  Remove patches.
* gnu/packages/patches/shepherd-close-fds.patch,
gnu/packages/patches/shepherd-herd-status-sorted.patch: Remove.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.
* gnu/services/admin.scm (%default-rotations): Remove
/var/log/shepherd.log.

services: rottlog: Add /var/log/debug to '%default-rotations'.

* gnu/services/admin.scm (%rotated-files): Add "/var/log/debug".

gnu: linux-libre: Update to 4.15.12.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.15.12.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.29.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.29.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: emacs-deferred: Update to 0.5.1.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-deferred): Update to 0.5.1.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: emacs-clojure-mode: Update to 5.6.1.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-clojure-mode): Update to 5.6.1.

Fix copyright notice for Nils Gillmann.

This is a followup to commit af23710ff522bb4e6cedf841c4fb977d96c9d8b3.

* gnu/packages/linux.scm: Fix name and email address for Nils Gillmann.

gnu: mpd: Update to 0.20.18.

* gnu/packages/mpd.scm (mpd): Update to 0.20.18.

gnu: Add tinyscheme.

* gnu/packages/scheme.scm (tinyscheme): New public variable.

gnu: libosinfo: Update usb.ids.

This follows up commit 0def9120882f90372fd6bb2e80e8330d67745610, which
tried to use the CVS ID as the SVN revision, which unfortunately doesn't
work.

* gnu/packages/virtualization.scm (libosinfo)[native-inputs]: Update
revision and hash for ‘usb.ids’.

gnu: rawtherapee: Update to 5.4.

* gnu/packages/photo.scm (rawtherapee): Update to 5.4.

gnu: pigx-chipseq: Update to 0.0.10.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-chipseq): Update to 0.0.10.
[inputs]: Remove r-rcas and duplicate of snakemake; add r-biocparallel,
r-biostrings, r-dplyr, r-genomicalignments, rsamtools, r-s4vectors, r-tibble,
r-tidyr, r-htmlwidgets, and r-rmarkdown.

gnu: libosinfo: Fix URL for usb.ids.

Fixes <http://bugs.gnu.org/30890>.

* gnu/packages/virtualization.scm (libosinfo)[native-inputs]: Fix URL of
"usb.ids".

gnu: texlive-fonts-amsfonts: Make build reproducible.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-fonts-amsfonts)[arguments]<#:phases>[build]:
Make build reproducible.

gnu: util-linux: Fix CVE-2018-7738 without grafting.

* gnu/packages/linux.scm (util-linux)[replacement]: Remove field.
(util-linux-2.31.1): New variable.
* gnu/system.scm (%base-packages): Use util-linux-2.31.1.

gnu: gparted: Update to 0.31.0.

* gnu/packages/disk.scm (gparted): Update to 0.31.0.

gnu: coq-flocq: Update phase style.

* gnu/packages/ocaml.scm (coq-flocq)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM* and end all phases with an explicit #t.

gnu: leocad: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/lego.scm (leocad)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: leocad: Update phase style.

* gnu/packages/lego.scm (leocad)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM* and end all phases with an explicit #t.

gnu: leocad: Update to 18.02.

* gnu/packages/lego.scm (leocad): Update to 18.02.

gnu: gmp-ecm: Update to 7.0.4.

* gnu/packages/algebra.scm (gmp-ecm): Update to 7.0.4.
[source]: Use predictable URI.

gnu: r-spams: Use predictable source URI.

* gnu/packages/statistics.scm (r-spams)[source]: Use predictable
URI.

gnu: pigx-chipseq: Update to 0.0.9.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-chipseq): Update to 0.0.9.
[inputs]: Add coreutils and grep.

gnu: Add python-logwrap.

* gnu/packages/python.scm (python-logwrap): New variable.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: python-ptyprocess: Update source URL.

* gnu/packages/python.scm (python-ptyprocess)[origin](source): Update URL.

gnu: rofi: Update source hash.

The tarball was updated in-place with a bugfix; see
<https://github.com/DaveDavenport/rofi/issues/782>.

* gnu/packages/xdisorg.scm (rofi)[source](sha256): Adjust hash.
[arguments]: Remove phase 'add-missing-configuration-files'.

Correct name and Email for ng0.

* .mailmap: Correct name and Email for ng0.
* Makefile.am, doc/guix.texi, etc/completion/fish/guix.fish
gnu/packages/accessibility.scm, gnu/packages/admin.scm,
gnu/packages/audio.scm, gnu/packages/autotools.scm,
gnu/packages/cdrom.scm, gnu/packages/check.scm,
gnu/packages/cinnamon.scm, gnu/packages/compression.scm,
gnu/packages/crypto.scm, gnu/packages/databases.scm,
gnu/packages/django.scm, gnu/packages/dns.scm,
gnu/packages/emacs.scm, gnu/packages/enlightenment.scm,
gnu/packages/fonts.scm, gnu/packages/fontutils.scm,
gnu/packages/forth.scm, gnu/packages/fvwm.scm,
gnu/packages/games.scm, gnu/packages/gl.scm,
gnu/packages/gnome.scm, gnu/packages/gnunet.scm,
gnu/packages/gnupg.scm, gnu/packages/gnuzilla.scm,
gnu/packages/gtk.scm, gnu/packages/guile-wm.scm,
gnu/packages/guile.scm, gnu/packages/haskell-check.scm,
gnu/packages/haskell-crypto.scm, gnu/packages/haskell.scm,
gnu/packages/image-viewers.scm, gnu/packages/image.scm,
gnu/packages/irc.scm, gnu/packages/language.scm,
gnu/packages/libcanberra.scm, gnu/packages/linux.scm,
gnu/packages/lisp.scm, gnu/packages/lolcode.scm,
gnu/packages/lxde.scm, gnu/packages/lxqt.scm,
gnu/packages/mail.scm, gnu/packages/markup.scm,
gnu/packages/mate.scm, gnu/packages/maths.scm,
gnu/packages/mc.scm, gnu/packages/messaging.scm,
gnu/packages/music.scm, gnu/packages/ncurses.scm,
gnu/packages/networking.scm, gnu/packages/nickle.scm,
gnu/packages/openbox.scm, gnu/packages/pdf.scm,
gnu/packages/perl-check.scm, gnu/packages/perl.scm,
gnu/packages/python-crypto.scm, gnu/packages/python-web.scm,
gnu/packages/python.scm, gnu/packages/qt.scm,
gnu/packages/ruby.scm, gnu/packages/rust.scm,
gnu/packages/scheme.scm, gnu/packages/serialization.scm,
gnu/packages/shells.scm, gnu/packages/ssh.scm,
gnu/packages/suckless.scm, gnu/packages/tbb.scm,
gnu/packages/telephony.scm, gnu/packages/text-editors.scm,
gnu/packages/textutils.scm, gnu/packages/time.scm,
gnu/packages/tls.scm, gnu/packages/tor.scm,
gnu/packages/version-control.scm, gnu/packages/video.scm,
gnu/packages/vim.scm, gnu/packages/web.scm,
gnu/packages/wm.scm, gnu/packages/xdisorg.scm,
gnu/packages/xfce.scm, gnu/packages/xml.scm,
gnu/packages/xorg.scm, gnu/services/certbot.scm,
gnu/services/desktop.scm, gnu/services/version-control.scm,
gnu/services/web.scm, guix/import/hackage.scm,
guix/licenses.scm: Likewise.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: ruby-sanitize: Update to 4.6.3.

This fixes CVE-2018-3740.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-sanitize): Update to 4.6.3.

gnu: cdogs-sdl: Update to commit bab20313.

Fixes <https://bugs.gnu.org/30623>.

* gnu/packages/games.scm (cdogs-sdl): Update to commit
bab2031369b9ea2dbeb7eedbde10a43dd8ca83db.
[source]: Use git-fetch.

gnu: Add r-dyn.

* gnu/packages/cran.scm (r-dyn): New variable.

gnu: pigx-bsseq: Update to 0.0.8.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-bsseq): Update to 0.0.8.

Merge branch 'staging'

gnu: pigx-rnaseq: Update to 0.0.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-rnaseq): Update to 0.0.3.
[inputs]: Add gzip.

gnu: dnsmasq: Fix description typos.

* gnu/packages/dns.scm (dnsmasq)[description]: Fix some typos.

gnu: dnsmasq: Update to 2.79.

* gnu/packages/dns.scm (dnsmasq): Update to 2.79.

gnu: certbot: Update to 0.22.1.

* gnu/packages/tls.scm (python-acme, certbot): Update to 0.22.1.

gnu: python-cryptography: Update to 2.2.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-cryptography-vectors,
python-cryptography): Update to 2.2.

gnu: imlib2: Update to 1.5.1.

* gnu/packages/image.scm (imlib2): Update to 1.5.1.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.9-39.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.9-39.

gnu: zziplib: Correct license.

* gnu/packages/compression.scm (zziplib)[license]: Add MPL1.1.

gnu: zziplib: Update to 0.13.69.

* gnu/packages/compression.scm (zziplib): Update to 0.13.69.
[home-page]: Use new GitHub home.
[source](uri): Adjust accordingly.
[arguments]: Remove.

gnu: rofi: Update to 1.5.1.

* gnu/packages/xdisorg.scm (rofi): Update to 1.5.1.

Revert "Revert "gnu: patchelf: Update argument phase.""

This change only affects armhf, which doesn't use PatchELF.  My bad!

This reverts commit b1d096f869ed53b84486855d73c7e9070fdf3ae2.

Revert "build-system/meson: Use 'target-arm32?' for armhf-linux case."

This requires adding (guix utils) to the build inputs, and causes too many
rebuilds for now.

This reverts commit 24a2e9172a2d8970d57865c6130f2184385183a3.

Revert "gnu: patchelf: Update argument phase."

It causes too many rebuilds this late in the 'staging' cycle.

This reverts commit c1d1cd817c7ab8d99e962e286c207943765a8e8f.

gnu: uwsgi: Update to 2.0.17 [fixes CVE-2018-7490].

* gnu/packages/web.scm (uwsgi): Update to 2.0.17.
[source]: Use HTTPS URL.

gnu: mcron: Update to 1.1 and deprecate "mcron2".

* gnu/packages/guile.scm (mcron): Update to 1.1.
[native-inputs]: Add TZDATA-FOR-TESTS.
[arguments]: New field.
(mcron2): Define using 'deprecated-package'.
* gnu/services/mcron.scm: Replace 'mcron2' with 'mcron'.
* doc/guix.texi (Scheduled Job Execution): Likewise.
* gnu/tests/base.scm (%mcron-os): Remove comment about mcron2.

gnu: linux-libre: Update to 4.15.11.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.15.11.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.28.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.28.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.88.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.88.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.122.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.122.