gnu: paps: Update to 0.7.0-1.37e6ca1.

* gnu/packages/pdf.scm (paps): Update to 0.7.0-1.37e6ca1.
[source]: Fetch from git.
[arguments]: Add phase "do-not-run-configure-script-during-bootstrap".
[native-inputs]: Add autoconf, automake, gettext-minimal, glib:bin and
intltool.
[home-page]: Point to Github.

gnu: python-websocket-client: Update to 0.54.0.

* gnu/packages/python-web.scm (python-websocket-client): Update to 0.54.0.
[properties]: New field.
(python2-websocket-client)[native-inputs]: Add
python2-backport-ssl-match-hostname.

gnu: python-isort: Update to 4.3.4.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-isort): Update to 4.3.4.
[source]: Use 'git-fetch'.
[properties]: New field.
(python2-isort)[native-inputs]: Add python2-futures.

gnu: python-wrapt: Update to 1.11.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-wrapt): Update to 1.11.1.

gnu: python-virtualenv: Update to 16.1.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-virtualenv): Update to 16.1.0.
[arguments]: Move custom 'check phase to custom 'disable-failing-test
phase and re-instate standard 'check phase.

gnu: guile-bytestructures: Update to 1.0.5.

* gnu/packages/guile.scm (guile-bytestructures): Update to 1.0.5.

gnu: emacs-nix-mode: Move to emacs-xyz.scm.

This removes emacs-xyz.scm from the closure of (gnu packages base).

* gnu/packages/package-management.scm (emacs-nix-mode): Move back to...
* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-nix-mode): ... here.  New variable.

tests: Adjust for removal of 'device' field in <bootloader-configuration>.

This is a followup to commit 5f7467f046c3c1648cdf6eb81b3ec041bfc1f9bb.

* tests/guix-system.sh: For <bootloader-configuration> records, use
'target' rather than 'device'.

store: Rename '&nix-error' to '&store-error'.

* guix/store.scm (&nix-error): Rename to...
(&store-error): ... this, and adjust users.
(&nix-connection-error): Rename to...
(&store-connection-error): ... this, and adjust users.
(&nix-protocol-error): Rename to...
(&store-protocol-error): ... this, adjust users.
(&nix-error, &nix-connection-error, &nix-protocol-error): Define these
condition types and their getters as deprecrated aliases.
* build-aux/run-system-tests.scm, guix/derivations.scm,
guix/grafts.scm, guix/scripts/challenge.scm,
guix/scripts/graph.scm, guix/scripts/lint.scm,
guix/scripts/offload.scm, guix/serialization.scm,
guix/ssh.scm, guix/tests.scm, guix/ui.scm,
tests/derivations.scm, tests/gexp.scm, tests/guix-daemon.sh,
tests/packages.scm, tests/store.scm, doc/guix.texi: Adjust to use the
new names.

store: Rename <nix-server> to <store-connection>.

* guix/store.scm (<nix-server>): Rename to...
(<store-connection>): ... this.  Adjust users accordingly.
(nix-server?, nix-server-major-version)
(nix-server-minor-version, nix-server-socket)
(nix-server-version): Define as deprecated aliases.
* guix/inferior.scm: Adjust accordingly.
* guix/ssh.scm: Likewise.

deprecation: Send warnings to (current-error-port) by default.

* guix/deprecation.scm (deprecation-warning-port): Default
to (current-error-port).

deprecation: Add 'define-deprecated/alias'.

* guix/deprecation.scm (define-deprecated/alias): New macro.

gnu: fortune-mod: Skip failing tests.

* gnu/packages/games.scm (fortune-mod)[arguments]: Skip failing tests.

gnu: mediainfo: Update to 18.12.

* gnu/packages/video.scm (mediainfo): Update to 18.12.
[arguments]: Remove manual autogen.sh.

gnu: libzen: Fix sha256 and remove manual autogen.sh.

* gnu/packages/cpp.scm (libzen)[source]: Fix sha256.
[arguments]: Remove manual autogen.sh.

import: github: Improve readability.

* guix/import/github.scm (latest-released-version): Use any and cond instead
of a recursive loop and an if-else ladder respectively.

import: github: Use prereleases when package has no releases.

* guix/import/github.scm (latest-released-version): Use preleases when package
has no releases.

gnu: xen: Update comments.

* gnu/packages/virtualization.scm (xen): Update comments.

gnu: xen: Don't patch etherboot Makefile.

* gnu/packages/virtualization.scm (xen)[arguments]<#:phases>[patch]:
Don't patch etherboot's "Makefile".

gnu: calibre: Fix PDF to EPUB conversion.

When trying to convert a PDF to EPUB, the following error occurs:

File "/gnu/store/kz6bgqw9z7akj11zh20wkx14cgq0s3n2-calibre-3.35.0/lib/calibre/calibre/ebooks/pdf/pdftohtml.py", line 76, in pdftohtml
    _('Could not find pdftohtml, check it is in your PATH'))

Hardcode pdftohtml binary path by patching pdftohtml.py.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre)[arguments]: Patch pdftohtml.py in
'configure phase to set hardcode pdftohtml binary path.

gnu: moreutils: Update to 0.63.

* gnu/packages/moreutils.scm (moreutils): Update to 0.63.
[arguments]: All phases return #t.

gnu: perl-module-scandeps: Update to 1.27.

* gnu/packages/perl.scm (perl-module-scandeps): Update to 1.27.

gnu: perl-json: Update to 4.01.

* gnu/packages/perl.scm (perl-json): Update to 4.01.
[source]: Update source uri.

gnu: perl-json-xs: Update to 4.0.

* gnu/packages/perl.scm (perl-json-xs): Update to 4.0.
[native-inputs]: Add perl-canary-stability.

gnu: perl-file-remove: Update to 1.58.

* gnu/packages/perl.scm (perl-file-remove): Update to 1.58.
[description]: Texify the description.

gnu: perl-file-homedir: Update to 1.004.

* gnu/packages/perl.scm (perl-file-homedir): Update to 1.004.

gnu: perl-file-which: Update to 1.23.

* gnu/packages/perl.scm (perl-file-which): Update to 1.23.
[source]: Update source uri.
[home-page]: Update to new home-page.

gnu: perl-file-slurp: Update to 9999.25.

* gnu/packages/perl.scm (perl-file-slurp): Update to 9999.25.
[source]: Update source uri.

gnu: perl-text-template: Update to 1.54.

* gnu/packages/perl.scm (perl-text-template): Update to 1.54.
[native-inputs]: Add perl-test-more-utf8, perl-test-warnings.

gnu: Add perl-test-more-utf8.

* gnu/packages/perl-check.scm (perl-test-more-utf8): New variable.

build-self: Execute trampoline in a clean environment.

Previously execution of the trampoline would be somewhat sensitive to
GUILE_LOAD_PATH & co., for example.

* build-aux/build-self.scm (build-program): Remove 'unsetenv' call and
%LOAD-COMPILED-PATH hack.
(call-with-clean-environment): New procedure.
(with-clean-environment): New macro.
(build): Wrap 'open-pipe*' call in 'with-clean-environment'.

ci: Skip system tests on armhf-linux.

* gnu/ci.scm (system-test-jobs): Return the empty list when SYSTEM is
"armhf-linux".

gnu: xen: Update comment.

Follow-up to 35e8900da092d027528a467d9e1b98c6fab22335.

* gnu/packages/virtualization.scm (xen): Update comment.

gnu: Add xen.

* gnu/packages/virtualization.scm (xen): New variable.

Update .mailmap.

* .mailmap: Add my email.

Update 'TODO'

* TODO (Installer): Add Pierre Neidhardt suggestions described here:
  https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2019-01/msg00305.html

gnu: gajim: Update to 1.1.2.

* gnu/packages/messaging.scm (gajim): Update to 1.1.2.

gnu: python-nbxmpp: Update to 0.6.9.

* gnu/packages/messaging.scm (python-nbxmpp): Update to 0.6.9.

gnu: xcursorgen: Update to 1.0.7.

* gnu/packages/xorg.scm (xcursorgen): Update to 1.0.7.

gnu: umoci: Update to 0.4.3.

* gnu/packages/virtualization.scm (umoci): Update to 0.4.3.

gnu: vlc: Update to 3.0.6.

* gnu/packages/video.scm (vlc): Update to 3.0.6.

gnu: perl-xml-compile: Update to 1.61.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-compile): Update to 1.61.

pull: Add missing import.

Fixes <https://bugs.gnu.org/34136>.
Reported by Pierre Neidhardt <mail@ambrevar.xyz>.

Fixes wrong-type-arg crash of "guix pull -p /does-not-exist -l".

* guix/scripts/pull.scm: Use (srfi srfi-34).

self: Build the (gnu tests …) modules.

* guix/self.scm (compiled-guix)[*system-modules*]: Remove gnu/tests/*
from #:extra-files.
[*system-test-modules*]: New variable.
[build-modules]: Add them.

python-cysignals: Update to 1.9.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-cysignals, python2-cysignals):
Update to 1.9.0.

gnu: freedink-data: Update to 1.08.20190120.

* gnu/packages/games.scm (freedink-data): Update to 1.08.20190120.

gnu: freedink-dfarc: Add upstream refresh information.

* gnu/packages/games.scm (freedink-dfarc)[properties]: New field.

gnu: fredink-data: Add upstream refresh information.

* gnu/packages/games.scm (freedink-data)[properties]: New field.

gnu: freedink-engine: Add upstream refresh information.

* gnu/packages/games.scm (freedink-engine)[properties]: New field.

import: github: Check if git URIs are GitHub URIs.

This fixes a regression introduced in 9a5091d0c181453d0f31ce97f96a4e577a25e796
whereby packages with git origin URIs not hosted on GitHub would be wrongly
detected as being covered under the github updater.
Reported by Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>.

* guix/import/github.scm (updated-github-url): Check if git URIs are GitHub
URIs.

gnu: Add pencil2d.

* gnu/packages/animation.scm (pencil2d): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: qjackctl: Disable xunique.

* gnu/packages/audio.scm (qjackctl)[arguments]: Pass "--disable-xunique" to
configure-flags.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

channels: Use 'fold2'.

* guix/channels.scm (latest-channel-instances): Use 'fold2' instead of
'fold'.

channels: Gracefully report the lack of a 'guix' channel.

* guix/channels.scm (channel-instance-derivations): Raise an '&message'
condition when CORE-INSTANCE is #f.

channels: Build channel modules in an inferior.

This ensures that channel modules are compiled with the right Guile,
that they get to see the right modules, and so on.  IOW, it avoids bugs
such as those addressed by commits
3c0e16391ed9a3e3e4611b940fb393c5f2ecea63 and
cb341c121919877ae6267a6460c0c17536d06eff.

* guix/channels.scm (standard-module-derivation): Add 'core'
parameter.  Rewrite in terms of 'gexp->derivation-in-inferior'.
(build-from-source): Add #:core parameter and pass it to
'standard-module-derivation'.
(build-channel-instance): Add 'core' parameter and pass it on.
(channel-instance-derivations)[dependencies]: Remove.
Adjust 'build-channel-instance' call.

inferior: 'gexp->derivation-in-inferior' honors EXP's load path.

Previously the imported modules and extensions of EXP would be missing
from the load path of 'guix repl'.

* guix/inferior.scm (gexp->derivation-in-inferior)[script]: New
variable.
[trampoline]: Write (primitive-load #$script) to PIPE.  Add #$output.
* tests/channels.scm ("channel-instances->manifest")[depends?]: Check
for requisites rather than direct references.
Adjust callers accordingly.

channels: Don't pull from the same channel more than once.

Previous 'channel-instance->manifest' would call
'latest-channel-derivation', which could trigger another round of
'latest-repository-commit' for no good reason.

* guix/channels.scm (resolve-dependencies): New procedure.
(channel-instance-derivations)[edges]: New variable.
[instance->derivation]: New procedure.
* tests/channels.scm (make-instance): Use 'checkout->channel-instance'
instead of 'channel-instance'.
("channel-instances->manifest"): New test.

gnu: ocrad: Update to 0.27.

* gnu/packages/ocr.scm (ocrad): Update to 0.27.

gnu: links: Update to 2.18.

* gnu/packages/web-browsers.scm (links): Update to 2.18.

gnu: csound: Update to 6.12.0.

* gnu/packages/audio.scm (csound): Update to 6.12.0.

gnu: %desktop-services: Use polkit-service-type.

* gnu/services/desktop.scm (%desktop-services): Replace polkit-service
with polkit-service-type.

gnu: %base-services: Use *getty-service-type.

* gnu/services/base.scm (%base-services): Replace agetty-service with
agetty-service-type, mingetty-service with mingetty-service-type.

gnu: %base-services: Use login-service-type.

* gnu/services/base.scm (login-service-type)[default-value]: New field.
(%base-services): Replace login-service with login-service-type.

services: %base-services: Use udev-service-type.

* gnu/services/base.scm (udev-configuration): Fix typo.
(udev-service-type)[default-value]: New field.
(%base-services): Replace udev-service with udev-service-type.

services: %base-services: Use nscd-service-type.

* gnu/services/base.scm (nscd-service-type)[default-value]: New field.
(%base-services): Replace nscd-service with nscd-service-type.

services: Use guix-service-type.

* gnu/services/base.scm (%base-services): Replace guix-service with
guix-service-type.
* gnu/system/examples/docker-image.tmpl (services): Same.

tests: More adjustments to python.scm split.

This is a followup to 44d10b1f722856ab8e9b942804aa7ef33e2ef739.

* tests/lint.scm: Update imports.

lint: check-source-unstable-tarball: Don't assume uri length.

* guix/scripts/lint.scm (check-source-unstable-tarball): Replace third
with code to make sure there are enough elements to check.

gnu: vboot-utils: Install development keys.

* gnu/packages/bootloaders.scm (vboot-utils)[arguments]: Add 'install-devkeys'
phase.

gnu: subversion: Mention "svn" in the description.

* gnu/packages/version-control.scm (subversion)[description]: Mention
"svn".

ci: Use a valid 'current-guix'.

This fixes a regression introduced in
b5f8c2c88543158e8aca76aa98f9009f6b9e743a whereby 'current-guix' (needed
by some of the system tests) would fail to build.
Reported by Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>.

It also speeds up compilation of 'current-guix' since the channel
instance is already compiled or can be built quickly compared to the
default 'current-guix'.

* gnu/packages/package-management.scm (current-guix-package): New
variable.
(current-guix): Honor it.
* gnu/ci.scm (channel-build-system): New variable.
(channel-instances->derivation): New procedure.
(system-test-jobs): Add #:source and #:commit parameters.
Define 'instance' and parameterize CURRENT-GUIX-PACKAGE.
(hydra-jobs)[checkout, commit, source]: New variables.
Pass #:source and #:commit to 'system-test-jobs'.

profiles: Allow a profile to be added as an entry of another profile.

* guix/build/profiles.scm (build-etc/profile): When 'OUTPUT/etc/profile'
already exists, delete it first.
(build-profile): Likewise for 'OUTPUT/manifest'.
* tests/profiles.scm ("profile in profile"): New test.

tests: Adjust to python.scm split.

This is a followup to 44d10b1f722856ab8e9b942804aa7ef33e2ef739.

* tests/profiles.scm ("package->manifest-entry, search paths"): Adjust
module name for PYTHON2-MATPLOTLIB.

gnu: emacs-matrix-client: Update to a0623667.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-matrix-client): Update to a0623667.

gnu: texlive-texmf: Fix build.

This is a follow-up to commit a1b4d62cda12d0d54663700a3f384f8a8ad5b13d.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-texmf)[arguments]: Unset texlive-bin search
path.

gnu: Add endless-sky.

* gnu/packages/games.scm (endless-sky): New variable.

gnu: wine-staging: Update to 4.0-rc7.

* gnu/packages/wine.scm (wine-staging-patchset-data): Update to 4.0-rc7.
* gnu/packages/wine.scm (wine-staging): Update to 4.0-rc7.

self: Add gnu/tests/* to the installed files.

* guix/self.scm (compiled-guix)[*system-modules*]: Add gnu/tests/*.

gnu: spacefm: Fix build against glibc 2.28.

* gnu/packages/lxde.scm (spacefm)[source](modules, snippet): New fields.

gnu: youtube-dl: Update to 2019.01.17.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2019.01.17.

maint: Add gnu/ci.scm to the distribution.

* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add %D%/ci.scm.

gnu: Inkscape: Update to 0.92.4.

* gnu/packages/inkscape.scm (inkscape): Update to 0.92.4.
[source]: Remove obsolete patches.

gnu: smartmontools: Update to 7.0.

* gnu/packages/admin.scm (smartmontools): Update to 7.0.

gnu: openconnect: Update to 8.02.

* gnu/packages/vpn.scm (openconnect): Update to 8.02.

gnu: openconnect: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/vpn.scm (openconnect)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: liburcu: Update to 0.10.2.

* gnu/packages/datastructures.scm (liburcu): Update to 0.10.2.

gnu: liburcu: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/datastructures.scm (liburcu)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: emacs-matrix-client: Bump revision.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-matrix-client): Bump revision to trigger
  the update, since updating commit is not enough.

tests: docker: Use "package" instead of "dummy-package".

* gnu/tests/docker.scm (build-tarball&run-docker-test): Use "package" instead
of "dummy-package".

gnu: graphene: Remove custom autogen phase.

* gnu/packages/gtk.scm (graphene)[arguments]: Remove 'autogen phase.

gnu: Add libnfs.

* gnu/packages/file-systems.scm (libnfs): New variable.

gnu: Add mozjs-60.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (mozjs-60): New variable.

gnu: mozjs-52: Add configure flag to prevent crash.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (mozjs-52)[arguments]: Pass "--disable-jemalloc"
to prevent crashes in gnome-shell.

gnu: Add libdazzle.

* gnu/packages/gnome.scm (libdazzle): New variable.

gnu: Add libimobiledevice.

* gnu/packages/libusb.scm (libimobiledevice): New variable.

gnu: Add libusbmuxd.

* gnu/packages/libusb.scm (libusbmuxd): New variable.

gnu: Add libplist.

* gnu/packages/libusb.scm (libplist): New variable.

gnu: libusb.scm: Use license: prefix.

* gnu/packages/libusb.scm: Use "license:" prefix.

gnu: Add umockdev.

* gnu/packages/check.scm (umockdev): New variable.

gnu: ibus: Do not hardcode Python version.

* gnu/packages/ibus.scm (ibus)[arguments]: Remove hardcoded Python version.