services: Add certbot service.

* gnu/services/certbot.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add new file.
* doc/guix.texi (Certificate Services): New section.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

build: Add missing patch.

This is a followup to 797d238789f7635bdd55aae103db1a7c4ff33798.

* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add
'node-test-http2-server-rst-stream.patch'.

gnu: Add nototools.

* gnu/packages/fontutils.scm (nototools): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python2-defcon.

* gnu/packages/fontutils.scm (python2-defcon): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python2-booleanoperations.

* gnu/packages/python.scm (python2-booleanoperations): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python-pyclipper.

* gnu/packages/python.scm (python-pyclipper, python2-pyclipper): New variables.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python-setuptools-scm-git-archive.

* gnu/packages/python.scm (python-setuptools-scm-git-archive,
python2-setuptools-scm-git-archive): New variables.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python2-ufolib.

* gnu/packages/fontutils.scm (python2-ufolib): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: add font-fira-sans.

* gnu/packages/fonts.scm (font-fira-sans): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add font-lato.

* gnu/packages/fonts.scm (font-lato): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add font-dosis.

* gnu/packages/fonts.scm (font-dosis): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: zsh: Update to 5.4.2.

* gnu/packages/shells.scm (zsh): Update to 5.4.2.
[arguments]: Add a 'patch-test' build phase.

gnu: libressl: Update to 2.6.3.

* gnu/packages/tls.scm (libressl): Update to 2.6.3.

gnu: you-get: Update to 0.4.985.

* gnu/packages/video.scm (you-get): Update to 0.4.985.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-internetarchive: Enable tests.

* gnu/packages/web.scm (python-internetarchive): Enable tests.

gnu: python-internetarchive: Update to 1.7.4.

* gnu/packages/web.scm (python-internetarchive): Update to 1.7.4.

gnu: guix: Update snapshot to 0a154c1.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to commit 0a154c1.

gnu: Add eless.

* gnu/packages/emacs.scm (eless): New variable.

gnu: Add roguebox-adventures.

* gnu/packages/games.scm (roguebox-adventures): New variable.

lint: Adjust file-name length test for out-of-tree file names.

* guix/scripts/lint.scm (check-patch-file-names): Adjust
file-name-length calculation.

lint: 'patch-file-names' checks for file name length.

Reported at <https://bugs.gnu.org/27943>
by Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>.

* guix/scripts/lint.scm (%distro-directory): New variable.
(check-patch-file-names): Add check for the file name length.
* tests/lint.scm ("patches: file name too long"): New test.

gnu: perl-markdown-discount: Use a shorter patch file name.

* gnu/packages/patches/perl-text-markdown-discount-use-system-markdown.patch:
Rename to...
* gnu/packages/patches/perl-text-markdown-discount-unbundle.patch:
... this.
* gnu/packages/markup.scm (perl-text-markdown-discount): Adjust accordingly.

build: Explicitly flush the "LOAD" and "GUILEC" lines.

* build-aux/compile-all.scm <top level>: Add calls to 'force-output'
in the #:report-load and #:report-compilation procedures.  Fixes a
regression introduced in 2890ad332fcdfd4bc92b127d783975437c8b718b
whereby compilation output would be buffered, leading to a weird
visual effect.

gnu: guix: Add guile-bytestructures to the search path.

* gnu/packages/package-management.scm (guix)[arguments]: In
'wrap-program' phase, add guile-bytestructures to the path.

gnu: guix: Provide the correct version string.

Fixes <https://bugs.gnu.org/29429>.
Reported by Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>.

* gnu/packages/package-management.scm (guix)[arguments]: Move
'bootstrap' phase before 'configure'.  Create '.tarball-version' file.

services: xorg: Remove WindowMaker as a default fallback.

* gnu/services/xorg.scm (xinitrc)[builder](system-profile)
(user-profile): New variables.
(xsession-command, find-session): New procedures.
When FALLBACK-SESSION is #f, find a valid session at run time.
* doc/guix.texi (X Window): Adjust accordingly, and insist that one
or more window managers must be installed.

services: xorg: Document 'slim-configuration' and deprecate 'slim-service'.

* gnu/services/xorg.scm (<slim-configuration>): Provide default values
for all fields.
(slim-service-type)[default-value]: New field.
* doc/guix.texi (X Window): Remove 'slim-service' documentation.
Document 'slim-service-type' and 'slim-configuration'.
* gnu/services/desktop.scm (%desktop-services): Use 'slim-service-type'.

services: slim: Remove unused 'bash' configuration field.

* gnu/services/xorg.scm (<slim-configuration>)[bash]: Remove.
(slim-service): Adjust accordingly.

services: xorg: Allow users to specify a list of modules.

* gnu/services/xorg.scm (%default-xorg-fonts): New variable.
(xorg-configuration-file): Add #:modules and #:fonts.  Rewrite to return
a 'computed-file' that honors MODULES and FONTS.
(xorg-wrapper): Pass #:modules to 'xorg-configuration-file'.
(xorg-start-command): Add #:fonts.  Pass #:fonts and #:modules to
'xorg-configuration-file'.
* doc/guix.texi (X Window): Adjust documentation of 'xorg-start-command'
and 'xorg-configuration-file'.

gnu: xdg-utils: Add perl-file-mimeinfo as an input.

* gnu/packages/freedesktop.scm (perl-file-mimeinfo)
[input]: Add perl-file-mimeinfo.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add perl-file-mimeinfo.

* gnu/packages/freedesktop.scm (perl-file-mimeinfo): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add perl-file-desktopentry.

* gnu/packages/freedesktop.scm (perl-file-desktopentry): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add perl-file-basedir.

* gnu/packages/freedesktop.scm: (perl-file-basedir): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

ui: Avoid "pkg:out" syntax when reporting collisions.

* guix/ui.scm (call-with-error-handling)[manifest-entry-output*]: New
procedure.  Use it when reporting collisions.

gnu: node: Update to 8.9.1.

* gnu/packages/node.scm (node): Update to 8.9.1.
[source]: Apply 'node-test-http2-server-rst-stream.patch'.
[arguments]: Skip 'doc-only' target in 'check', which attempts to use
npm to retrieve 'js-yaml' package.  Remove test/doctool/test-make-doc.js.
Do not remove now-missing test case.  Remove new test case that fails in
containers due to networking.
* gnu/packages/patches/node-test-http2-server-rst-stream.patch: New file.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: libmicrohttpd: Update to 0.9.57.

* gnu/packages/gnunet.scm (libmicrohttpd): Update to 0.9.57.
[description]: Fix line breaks.

gnu: nano: Update to 2.9.1.

* gnu/packages/nano.scm (nano): Update to 2.9.1.

gnu: emacs-org-contrib: Fix sha256 checksum due to emacs-org update.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-org-contrib)[source]: Fix sha256 checksum.

services: configuration: Show default values of list types.

* doc/guix.texi (Messaging Services): Regenerate it.
* gnu/services/configuration.scm (show-default?): Check VAL rather than DEFAULT.
* gnu/services/messaging.scm (show-default?): Check VAL rather than DEFAULT.
(prosody-configuration)[modules-enabled]: Remove default value from docstring.

gnu: lua-lpeg: Avoid code repetition.

* gnu/packages/lua.scm (make-lua-lpeg): New procedure.
(lua-lpeg, lua5.2-lpeg): Call make-lua-lpeg.

gnu: gnurl: Update to 7.56.1-2.

* gnu/packages/gnunet.scm (gnurl): Update to 7.56.1-2.
[arguments]: Adjust the #:configure-flags.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add vim-fugitive.

* gnu/packages/vim.scm (vim-fugitive): New variable.

gnu: Add gama.

* gnu/packages/gps.scm (gama): New variable.

gnu: Patch udisks to directly reference cryptsetup and parted.

This fixes some functionality in gnome-disks, which uses udisks. Adding
cryptsetup enables creating partitions using LUKS, and adding parted enables
editing the partition tables through the disks application.

* gnu/packages/freedesktop.scm (udisks)[inputs]: Add cryptsetup and parted.
  (arguments): Rename set-mount-file-name phase, and add cryptsetup and
  parted.

services: desktop: Create /var/run/udisks2 for the udisks service.

* gnu/services/desktop.scm (%udisks-activation): New variable.
  (udisks-service-type)[extensions]: Extend the activation service type with
  %udisks-activation.

gnu: openntpd: Enable use of TLS-based time constraints.

* gnu/packages/ntp.scm (openntpd)[inputs]: Add libressl.

gnu: monero-core: Update to 0.11.1.0.

* gnu/packages/finance.scm (monero-core): Update to 0.11.1.0.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: monero: Update to 0.11.1.0.

* gnu/packages/finance.scm (monero): Update to 0.11.1.0.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: steghide: Fix description.

* gnu/packages/image.scm (steghide)[description]: Remove typos and improve
grammar.

gnu: rhythmbox: Update to 3.4.2.

* gnu/packages/gnome.scm (rhythmbox): Update to 3.4.2.

gnu: libgweather: Update to 3.26.1.

* gnu/packages/gnome.scm (libgweather): Update to 3.26.1.

gnu: glade@3: Update to 3.20.2.

* gnu/packages/gnome.scm (glade3): Update to 3.20.2.

gnu: libzip: Run all tests.

* gnu/packages/compression.scm (libzip)[arguments]: Delete
‘remove-failing-stest’ phase.

gnu: borg: Use new borgbackup.org home page.

* gnu/packages/backup.scm (borg)[home-page]: Update.

gnu: python-prompt-toolkit: Update to 1.0.15.

* gnu/packages/python.scm (python-prompt-toolkit): Update to 1.0.15.

gnu: python-pyicu: Update home page.

* gnu/packages/python.scm (python-pyicu)[home-page]: Update.

gnu: python-pyicu: Update to 1.9.8.

* gnu/packages/python.scm (python-pyicu): Update to 1.9.8.
[arguments]: Delete.
[native-inputs]: Add python-pytest and python-six.

gnu: rapicorn: Update home page.

* gnu/packages/graphics.scm (rapicorn)[home-page]: Use extant domain.

gnu: borg: Update to 1.1.3 [fixes CVE-2017-15914].

* gnu/packages/backup.scm (borg): Update to 1.1.3.
[arguments]: Skip ‘test_mount_hardlinks’ test.

gnu: youtube-dl: Update to 2017.11.26.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2017.11.26.

gnu: guile-wisp: Move .go files to 'lib/guile/2.2/site-ccache'.

* gnu/packages/guile.scm (guile-wisp)[arguments]: Remove (system base
compile) from #:modules, and (ice-9 rdelim) and (ice-9 popen).
In 'install-go-files' phase, invoke 'guild' to compile, and write to
lib/guile/X.Y/site-ccache.

gnu: guile-wisp: Switch to Guile 2.2.

* gnu/packages/guile.scm (guile-wisp)[inputs]: Use GUILE-2.2 instead of
GUILE-2.0.

gnu: guile-wisp: Update to 0.9.8.

* gnu/packages/guile.scm (guile-wisp): Update to 0.9.8.
[inputs]: Remove PYTHON.
[native-inputs]: New field.
[arguments]: Keep 'install' phase.  Add 'install-go-files' phase.
Adjust 'substitute-before-config' phase.

gnu: Add java-jbzip2.

* gnu/packages/compression.scm (java-jbzip2): New variable.

gnu: Add java-picard-1.113.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-picard-1.113): New variable.

gnu: Add ant-junit.

* gnu/packages/java.scm (ant-junit): New variable.

gnu: Add ant-apache-bcel.

* gnu/packages/java.scm (ant-apache-bcel): New variable.

gnu: Add java-commons-bcel.

* gnu/packages/java.scm (java-commons-bcel): New variable.

gnu: Add java-cofoja.

* gnu/packages/java.scm (java-cofoja): New variable.

gnu: Add java-picard.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-picard): New variable.

gnu: java-htsjdk: Update to 2.3.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-htsjdk): Update to 2.3.0.
[arguments]: Build with JDK 8.
[inputs]: Add java-ngs, java-snappy, java-commons-compress,
java-commons-logging-minimal, java-commons-jexl-2, and java-xz.
[native-inputs]: Add java-testng.

gnu: Add java-commons-jexl-2.

* gnu/packages/java.scm (java-commons-jexl-2): New variable.

gnu: Add javacc-4.

* gnu/packages/java.scm (javacc-4): New variable.

gnu: Add javacc.

* gnu/packages/java.scm (javacc): New variable.

gnu: Add java-snappy-1.

* gnu/packages/compression.scm (java-snappy-1): New variable.

gnu: librecad: Ensure that icons are found at runtime.

* gnu/packages/engineering.scm (librecad)[arguments]: Add phase
"wrap-executable".

gnu: r-rhdf5: Fix build phase.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rhdf5)[arguments]: Fix "unpack-smallhdf5"
phase.

gnu: shotwell: Update to 0.27.1.

* gnu/packages/gnome.scm (shotwell): Update to 0.27.1.

Update e-mail for ng0.

* .mailmap: Update entries for ng0.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: fish-guix: Use new URL.

* gnu/packages/shells.scm (fish-guix)[source]: Use new URL.
(home-page): Use new URL.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-pycanberra: Switch to new download URL.

* gnu/packages/libcanberra.scm (python-pycanberra)[source]: Use new URL.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: crawl: Update to 0.20.1.

* gnu/packages/games.scm (crawl): Update to 0.20.1.
(crawl-tiles): Update to 0.20.1.
[native-inputs]: Add pngcrush.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: openntpd: Update to 6.2p3.

* gnu/packages/ntp.scm (openntpd): Update to 6.2p3.

gnu: exim: Fix CVE-2017-16943.

* gnu/packages/patches/exim-CVE-2017-16943.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/mail.scm (exim)[source]: Use it.

gnu: image: Rename pngcrunch to pngcrush and update it.

* gnu/packages/image.scm (pngcrush): Renamed from pngcrunch.
[version]: update to 1.8.13.
[arguments]: Use the nolib Makefile.
[origin]: Use the no-lib tar.
[home-page]: update to the new website.
(pngcrunch): New deprecation variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

list-runtime-roots: Ignore ESRCH while reading from /proc.

Fixes <https://bugs.gnu.org/29368>.
Reported by Martin Castillo <castilma@uni-bremen.de>.

* nix/scripts/list-runtime-roots.in (referenced-files): Ignore ESRCH.

tests: messaging: Enable Prosody DIGEST-MD5 auth mechanism.

GNU Freetalk doesn't support SCRAM-SHA-1.

* gnu/tests/messaging.scm (%test-prosody): Override default
disable-sasl-mechanisms value.

services: prosody: Add support for disable-sasl-mechanisms.

* doc/guix.texi (Messaging Services): Update accordingly.
* gnu/services/messaging.scm (prosody-configuration)[disable-sasl-mechanisms]:
New field.

services: prosody: Allow to add raw content to the config file.

* doc/guix.texi (Messaging Services): Update accordingly.
* gnu/services/messaging.scm (prosody-configuration)[raw-content]: New field.
(raw-content?, serialize-raw-content): New procedures.

services: prosody: Add support for http-max-content-size.

* doc/guix.texi (Messaging Services): Update accordingly.
* gnu/services/messaging.scm (prosody-configuration)[http-max-content-size]:
New field.

services: prosody: Add support for http-external-url.

* doc/guix.texi (Messaging Services): Update accordingly.
* gnu/services/messaging.scm (prosody-configuration)[http-external-url]: New
field.

services: prosody: Adapt to Prosody 0.10.0.

* doc/guix.texi (Messaging Services): Add "mam" as a module example.  Document
'prosodyctl check'.  Replace 'prosodyctl cert request' with 'prosodyctl cert
import'.  Regenerate it.
* gnu/services/messaging.scm (serialize-module-list): Remove "posix" from the
default modules list because it is now automatically loaded.
(ssl-configuration)[key, certificate]: Remove them because they are now
automatically located.  Fix their docstrings.
(%default-modules-enabled): Add "carbons" and "blocklist".
(prosody-configuration)[certificates]: Set default directory from which
certificates/keys will be automatically located.

gnu: prosody: Add lua5.1-bitop to inputs.

It is required for mod_websocket on Lua 5.1 since Prosody 0.10.

* gnu/packages/messaging.scm (prosody)[inputs]: Add lua5.1-bitop.

gnu: Add lua5.1-bitop.

* gnu/packages/lua.scm (make-lua-bitop): New procedure.
(lua5.2-bitop): Call make-lua-bitop.
(lua5.1-bitop): New variable.

gnu: prosody: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/messaging.scm (prosody): Update to 0.10.0.

Signed-off-by: Clément Lassieur <clement@lassieur.org>

vm: Use os-defined initrd intead of base-initrd.

* gnu/system/vm.scm (system-disk-image, system-qemu-image,
  virtualized-operating-system): Replace base-initrd by
  (operating-system-initrd os).

The system produced were always using base-initrd even if the user had
defined a custom initrd based on raw-initrd in the os declaration.

gnu: qtox: Update to 1.13.0.

* gnu/packages/messaging.scm (qtox): Update to 1.13.0.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: tidy-html: Update to 5.6.0.

* gnu/packages/web.scm (tidy-html): Update to 5.6.0.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: mongodb: Remove some bundled sources.

* gnu/packages/databases.scm (mongodb)[source]: Add snippet to remove
some of the bundled sources.
[input]: Remove unused boost input.

gnu: mongodb: Use system wiredtiger when available.

* gnu/packages/databases.scm (mongodb)[inputs]: Add wiredtiger on
64-bit systems.
[arguments]: When using wiredtiger, use system wiredtiger.