gnu: Add r-fdb-infiniummethylation-hg19.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-fdb-infiniummethylation-hg19): New variable.

gnu: portaudio: Build position independent code and install more headers.

* gnu/packages/audio.scm (portaudio)[arguments]: Pass "--with-pic" and
initialize libtool in new build phase "build-only-position-independent-code";
install extra header in new build phase "install-missing-headers".

gnu: Add r-minfi.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-minfi): New variable.

gnu: Add r-bumphunter.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bumphunter): New variable.

gnu: Add r-siggenes.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-siggenes): New variable.

gnu: Add r-illuminaio.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-illuminaio): New variable.

gnu: Add r-geoquery.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-geoquery): New variable.

gnu: Add r-scone.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-scone): New variable.

gnu: Add r-scdd.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-scdd): New variable.

gnu: Add r-noiseq.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-noiseq): New variable.

gnu: Add r-monocle.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-monocle): New variable.

gnu: Add r-mast.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-mast): New variable.

gnu: Add r-icobra.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-icobra): New variable.

gnu: Add r-beanplot.

* gnu/packages/cran.scm (r-beanplot): New variable.

gnu: Add r-nor1mix.

* gnu/packages/cran.scm (r-nor1mix): New variable.

gnu: Add r-ggextra.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggextra): New variable.

gnu: Add r-colourpicker.

* gnu/packages/cran.scm (r-colourpicker): New variable.

gnu: Add r-shinyjs.

* gnu/packages/cran.scm (r-shinyjs): New variable.

gnu: Add r-shinybs.

* gnu/packages/cran.scm (r-shinybs): New variable.

gnu: Add r-ihw.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ihw): New variable.

gnu: Add r-lpsymphony.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-lpsymphony): New variable.

gnu: Add r-ebseq.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ebseq): New variable.

gnu: Add r-nbpseq.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-nbpseq): New variable.

gnu: wireshark: Update to 3.0.0.

* gnu/packages/networking.scm (wireshark): Update to 3.0.0.

gnu: python-py3status: Update to 3.16.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-py3status): Update to 3.16.

gnu: r-minpack-lm: Fix typo in description.

* gnu/packages/cran.scm (r-minpack-lm)[description]: Fix typo.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: rosegarden: Update to 18.12.

* gnu/packages/music.scm (rosegarden): Update to 18.12.
[arguments]: Remove unused flag.

gnu: musescore: Update to 3.0.5.

* gnu/packages/music.scm (musescore): Update to 3.0.5.

describe: 'package-path-entries' no longer includes the "guix" entry.

Fixes <https://bugs.gnu.org/34833>
Reported by mikadoZero <mikadozero@yandex.com>.

By returning the "guix" entry, we were then adding it to
%PACKAGE-MODULE-PATH, causing the discovery code to scan the whole tree,
including gnu/installer modules, which would in turn lead to warnings.
Regression introduced in bfc9c339301ffe6dd15d156894dc27e05f6f081f.

* guix/describe.scm (package-path-entries): Use
'current-channel-entries', not 'current-profile-entries'.

Revert "packages: 'package-input-rewriting' can take a promise."

This reverts commit 7d2be1277b44de9d0528d9d3015443b40cb3b104, which
turned out to be unhelpful for the problem at hand:

  https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2019-01/msg00486.html

gnu: guile-stis-parser: Override source file name.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-stis-parser)[source]: Provide file name
for git checkout.

gnu: Add r-deds.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-deds): New variable.

gnu: Add r-zim.

* gnu/packages/cran.scm (r-zim): New variable.

gnu: Add r-penalized.

* gnu/packages/cran.scm (r-penalized): New variable.

gnu: Add r-nonnest2.

* gnu/packages/cran.scm (r-nonnest2): New variable.

gnu: Add r-lavaan.

* gnu/packages/cran.scm (r-lavaan): New variable.

gnu: Add r-pbivnorm.

* gnu/packages/cran.scm (r-pbivnorm): New variable.

gnu: Add r-msir.

* gnu/packages/cran.scm (r-msir): New variable.

gnu: Add r-moments.

* gnu/packages/cran.scm (r-moments): New variable.

gnu: Add r-minpack-lm.

* gnu/packages/cran.scm (r-minpack-lm): New variable.

gnu: Add r-gamlss-dist.

* gnu/packages/cran.scm (r-gamlss-dist): New variable.

gnu: Add r-drimpute.

* gnu/packages/cran.scm (r-drimpute): New variable.

gnu: Add r-cobs.

* gnu/packages/cran.scm (r-cobs): New variable.

gnu: Add r-compositions.

* gnu/packages/cran.scm (r-compositions): New variable.

gnu: Add r-rarpack.

* gnu/packages/cran.scm (r-rarpack): New variable.

gnu: Add r-tensora.

* gnu/packages/cran.scm (r-tensora): New variable.

gnu: Add r-bayesm.

* gnu/packages/cran.scm (r-bayesm): New variable.

gnu: Add r-outliers.

* gnu/packages/cran.scm (r-outliers): New variable.

gnu: Add r-upsetr.

* gnu/packages/cran.scm (r-upsetr): New variable.

gnu: Add r-blockmodeling.

* gnu/packages/cran.scm (r-blockmodeling): New variable.

gnu: Add r-dorng.

* gnu/packages/cran.scm (r-dorng): New variable.

gnu: r-qvalue: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-qvalue): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-qvalue): ...to here.

gnu: Add r-hsmmsinglecell.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-hsmmsinglecell): New variable.

gnu: Add guile-persist.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-persist): New variable.

gnu: Add tmux-xpanes.

* gnu/packages/tmux.scm (tmux-xpanes): New variable.

gnu: Add emacs-eshell-bookmark.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-eshell-bookmark): New variable.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

nls: Update 'de' translation of the manual.

gnu: python-pygit2: Update to 0.27.4.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pygit2): Update to 0.27.4.
(python-pygit2)[arguments]: Disable tests.

gnu: inxi-minimal: Declare source-file-name.

* gnu/packages/admin.scm (inxi-minimal)[source]: Add missing field.

gnu: inxi-minimal: Update to 3.0.22-1.

* gnu/packages/admin.scm (inxi-minimal): Update to 3.0.22-1.

gnu: perl-anyevent: Update to 7.15.

* gnu/packages/libevent.scm (perl-anyevent): Update to 7.15.

gnu: aide: Update to 0.16.1.

* gnu/packages/admin.scm (aide): Update to 0.16.1.

gnu: aide: Move project home.

* gnu/packages/admin.scm (aide)[source, home-page]: Update.

gnu: aspell-dict-it: Update to 2.4-20070901-0.

* gnu/packages/aspell.scm (aspell-dict-it): Update to 2.4-20070901-0.

gnu: libinput: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libinput)[source]: Hard-code NAME.

gnu: geos: Update to 3.7.1.

* gnu/packages/geo.scm (geos): Update to 3.7.1.

gnu: Add emacs-lisp-extra-font-lock.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-lisp-extra-font-lock): New variable.

gnu: emacs-suggest: Update to 0.7.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-suggest): Update to 0.7.

gnu: emacs-helm: Update to 3.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm): Update to 3.1.

gnu: freedink-engine: Update to 109.6.

* gnu/packages/games.scm (freedink-engine): Update to 109.6.

gnu: libmanette: Update to 0.2.2.

* gnu/packages/games.scm (libmanette): Update to 0.2.2.

gnu: kicad-symbols: Use GIT-FILE-NAME.

* packages/engineering.scm (kicad-symbols)[source]: Use GIT-FILE-NAME.

gnu: kicad-symbols: Update to 5.0.2.

* gnu/packages/engineering.scm (kicad-symbols): Update to 5.0.2.

gnu: kicad: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/engineering.scm (kicad)[source]: Hard-code NAME.

gnu: kicad: Update to 5.0.2.

* gnu/packages/engineering.scm (kicad): Update to 5.0.2.

gnu: gtkwave: Update to 3.3.99.

* gnu/packages/fpga.scm (gtkwave): Update to 3.3.99.

gnu: python-sqlalchemy: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/databases.scm (python-sqlalchemy)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: python-sqlalchemy: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/databases.scm (python-sqlalchemy): Update to 1.3.1.

gnu: gcompris-qt: Update to 0.96.

* gnu/packages/education.scm (gcompris-qt): Update to 0.96.
[inputs]: Add openssl.

gnu: python-sql: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/databases.scm (python-sql): Update to 1.0.0.

gnu: python-pyodbc: Update to 4.0.25.

* gnu/packages/databases.scm (python-pyodbc): Update to 4.0.25.

gnu: python-psycopg2: Update to 2.7.7.

* gnu/packages/databases.scm (python-psycopg2): Update to 2.7.7.

gnu: perl-dbd-sqlite: Update to 1.62.

* gnu/packages/databases.scm (perl-dbd-sqlite): Update to 1.62.

gnu: perl-dbd-mysql: Update to 4.050.

* gnu/packages/databases.scm (perl-dbd-mysql): Update to 4.050.

gnu: perl-sql-abstract: Update to 1.86.

* gnu/packages/databases.scm (perl-sql-abstract): Update to 1.86.

gnu: guile-colorized: Move project home.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-colorized)[source, home-page]: Update.

gnu: guile-colorized: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-colorized)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: Add emacs-debpaste.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-debpaste): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-xml-rpc.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-xml-rpc): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

packages: Add the channel .go files to the search path.

Until now %LOAD-COMPILED-PATH would wrongfully contain:

  CHANNEL/share/guile/site/X.Y

for each channel, thereby ignoring all the .go files of channels.  This
fixes it so that %LOAD-COMPILED-PATH instead contains:

  CHANNEL/lib/guile/X.Y/site-ccache

* guix/describe.scm (current-channel-entries): New procedure.
(package-path-entries): Change to return the %LOAD-COMPILED-PATH entries
as a second value.
* gnu/packages.scm (%package-module-path): Expect two values from
'package-path-entries' and augment %LOAD-COMPILED-PATH accordingly.

services: mate-desktop: Deprecate the 'mate-desktop-service' procedure.

* gnu/services/desktop.scm (mate-desktop-service): Deprecate.
* doc/guix.texi (Desktop Services): Document 'mate-desktop-service-type'
and 'mate-desktop-configuration'.  Fix spelling of "Enlightenment".

services: mate-desktop: Add default value.

* gnu/services/desktop.scm (mate-desktop-service-type)[default-value]:
New field.

gnu: swaylock: Fix indentation.

* gnu/packages/wm.scm (swaylock): Fix indentation.

gnu: Add swaylock.

* gnu/packages/wm.scm (swaylock): New variable.

gnu: Add swayidle.

* gnu/packages/wm.scm (swayidle): New variable.

gnu: Add sway.

* gnu/packages/wm.scm (sway): New variable.

gnu: Add wlroots.

* gnu/packages/wm.scm (wlroots): New variable.

gnu: emacs-magit: Fix perl path in dedicated variable.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-magit)[arguments]: Do it.

gnu: Add emacs-lorem-ipsum.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-lorem-ipsum): New variable.

gnu: emacs-json-reformat: Fix test.

This patch deletes a test which tries to compare JSON objects order.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-json-reformat): Delete
'json-reformat-test:json-reformat-region' test.