gnu: guix: Update to ad4953b.

gnu: guix: Update to 0.14.0.

Update NEWS.

Revert "packages: 'package-grafts' trims native inputs."

This reverts commit 91c9b5d016ac8bed127557d378c70fbc56cec0e5
following the concerns raised by Mark, Ben, and Tobias:
<https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2017-12/msg00081.html>.

Update NEWS.

services: console-font: Use 'tcsetattr' instead of invoking 'unicode_start'.

This is more robust, faster, and incidentally gets rid of remaining
"error in the finalization thread: Bad file descriptor" messages.

* gnu/services/base.scm (unicode-start): Rewrite to use 'tcgetattr' and
'tcsetattr'.
(console-font-shepherd-services)[start]: Add 'loop' to check whether
DEVICE is ready.  Tolerate EX_OSERR return from 'setfont'.
[modules]: New field.

syscalls: Define 'input-flags' for 'tcgetattr' and friends.

* guix/build/syscalls.scm (input-flags): New macro.

gnu: guix: Update snapshot to 91c9b5d.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 91c9b5d.

gnu: ghostscript-with-cups: Turn into a public variable.

Tris allows Hydra/Cuirass to pick it up and to build its replacement.
Failing that, users have to build "ghostscript-with-cups-9.22" from
source.

* gnu/packages/cups.scm (ghostscript/cups): Move to 'ghostscript.scm'.
(cups-filters)[inputs]: Remove 'force'.
* gnu/packages/ghostscript.scm (ghostscript/cups): New variable.

packages: 'package-grafts' trims native inputs.

'package-grafts' returns a list of potentially applicable grafts, which
'cumulative-grafts' then narrows by looking at store item references and
determining the subset of the grafts that's actually applicable.

Until now, 'package-grafts' would traverse native inputs and would thus
return a large superset of the applicable grafts, since native inputs
are not in the reference graph by definition.  This patch fixes that by
having 'package-grafts' ignore entirely native inputs from the
dependency graph.

* guix/packages.scm (fold-bag-dependencies)[bag-direct-inputs*]: Add
special case for libc.
* guix/packages.scm (bag-grafts)[native-grafts, target-grafts]: Remove.
[grafts]: New procedure.
Use it.
* tests/packages.scm ("package-grafts, grafts of native inputs
ignored"): New test.

Update NEWS.

packages: 'fold-bag-dependencies' honors nativeness in recursive calls.

Previously recursive calls to 'loop' would always consider all the bag
inputs rather than those corresponding to NATIVE?.

* guix/packages.scm (fold-bag-dependencies)[bag-direct-inputs*]: New
procedure.  Use it both in the 'match' expression and in its body.

gnu: commencement: Do not graft early bootstrap packages.

By definition, these packages are not depended on at run time by any of
the packages we use.  Thus it does not make sense to inherit grafts.
Furthermore, those grafts would often lead to extra overhead for users
who would end up downloading those "-boot0" packages just to build
package replacements that are in fact not going to be used.

This reverts parts of f1597427f220b0799b9c8847768d2f5a93fe3730 and
ce27857f710ff32c05f4ba19a04a695c1cc2ce20.

Reported by Christopher Baines at
<https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2017-12/msg00058.html>.

* gnu/packages/commencement.scm (file-boot0, binutils-boot0): Use plain
'inherit' instead of 'package/inherit'.

install: Don't start sshd by default.

Reported by Christopher Baines <mail@cbaines.net>
at <https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2017-12/msg00058.html>.

* gnu/services/ssh.scm (<openssh-configuration>)[%auto-start?]: New
field.
(openssh-shepherd-service): Honor it.
* gnu/system/install.scm (%installation-services): Set '%auto-start?' to
 #f for openssh-service-type.

doc: Mention berlin.guixsd.org.

* doc/guix.texi (Substitute Server Authorization): Add note about
berlin.guixsd.org.  Nitpick.

maint: Add 'berlin.guixsd.org.pub'.

* bayfront.guixsd.org.pub: Rename to...
* berlin.guixsd.org.pub: ... this.
* Makefile.am (dist_pkgdata_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/services/base.scm (%default-authorized-guix-keys): Likewise.

Update NEWS.

gnu: git: Remove unreliable git-svn tests.

Reported in <https://bugs.gnu.org/29546>
by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* gnu/packages/version-control.scm (git)[arguments]: In 'patch-tests'
phase, delete three git-svn tests.

maint: Let 'guix system vm-image' determine the right size.

* Makefile.am (GUIXSD_VM_IMAGE_BASE): Remove.
(release): Remoev --image-size argument to 'guix system vm-image'.

maint: Add 'aarch64-linux' to the supported systems.

* Makefile.am (SUPPORTED_SYSTEMS): Add aarch64-linux.

maint: Add the '.iso' extension to installation images.

* Makefile.am (release): Add the '.iso' suffix to image files.
* doc/guix.texi (USB Stick and DVD Installation): Adjust accordingly.

doc: Merge "USB Stick Installation" and "DVD Installation".

* doc/guix.texi (USB Stick Installation): Rename to...
(USB Stick and DVD Installation): ... this.  Merge contents with...
(DVD Installation): ... this node.  Remove.

tests: Look for multi-digit column numbers in unbound variable test.

* tests/guix-system.sh: Match one or more digits in unbound-variable test.

nls: Update 'fr' translation.

gnu: elixir: Update to 1.5.2 and disable failing tests.

* gnu/packages/elixir.scm (elixir)[origin]: Update to 1.5.2.
[arguments]: Patch the shebang of mix. Disable failing tests.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: erlang: Update to 20.1.

* gnu/packages/erlang.scm (erlang): Update to 20.1.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: xorg: Properly handle the case where ~/.xession is used.

Fixes a regression introduced in
65c0f43649b455db94f1e8b0a244a889cb961b25 in the case where users provide
~/.xsession and SESSION is #f.

* gnu/services/xorg.scm (xinitrc): In the XSESSION-FILE case, check
whether SESSION is #f.

gnu: protobuf: Update to 3.5.0.

* gnu/packages/protobuf.scm (protobuf): Update to 3.5.0.

gnu: you-get: Update to 0.4.995.

* gnu/packages/video.scm (you-get): Update to 0.4.995.

gnu: ghc-async: Update to 2.1.1.1.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-async): Update to 2.1.1.1.

gnu: ghc-alex: Update to 3.2.3.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-alex): Update to 3.2.3.
[arguments]: Run tests.

gnu: ghc-comonad: Remove duplicate input.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-comonad)[inputs]: Remove ghc-contravariant.
Order alphabetically to make this less likely to happen again.

gnu: di: Update to 4.44.

* gnu/packages/admin.scm (di): Update to 4.44.

gnu: eolie: Update to 0.9.13.

* gnu/packages/gnome.scm (eolie): Update to 0.9.13.

gnu: coda: Update to 2.18.3.

* gnu/packages/maths.scm (coda): Update to 2.18.3.

gnu: python-scikit-learn: Update to 0.19.1.

* gnu/packages/machine-learning.scm (python-scikit-learn): Update to 0.19.1.

gnu: guix: Update snapshot to 3fb6464.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 3fb6464.

gnu: you-get: Update to 0.4.990.

* gnu/packages/video.scm (you-get): Update to 0.4.990.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

ui: Tweak conflicting profile entry error message.

* guix/ui.scm (call-with-error-handling): Use 'manifest-entry-output*'
when reporting conflicting profile entries.

gnu: shepherd: Avoid "Bad file descriptor" warnings.

* gnu/packages/patches/shepherd-close-fds.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/admin.scm (shepherd)[source]: Use it.

profiles: Really disable deprecation warnings for 'profile-derivation'.

This is a followup to 2815fca1423cf72e6f3d0e774f1058bcbf8dfdbf.

* guix/profiles.scm (profile-derivation)[builder]: Remove
'debug-disable' call, which was ineffective.
Pass #:env-vars to 'gexp->derivation'.

scripts: Default to Guile 2.2 as the guile-for-build.

* guix/scripts/environment.scm (guix-environment): '%guile-for-build'
now defaults to GUILE-2.2 instead of GUILE-2.0.
* guix/scripts/package.scm (guix-package): Likewise.
* guix/scripts/pull.scm (guix-pull): Likewise.

gnu: samplv1: Update to 0.8.5.

* gnu/packages/music.scm (samplv1): Update to 0.8.5.

gnu: drumkv1: Update to 0.8.5.

* gnu/packages/music.scm (drumkv1): Update to 0.8.5.

gnu: synthv1: Update to 0.8.5.

* gnu/packages/music.scm (synthv1): Update to 0.8.5.

profile: Use _IO* but disable deprecation warning.

This fixes a regression introduced in
2f60084f77815f454d1521396c2a383390ea2865, whereby the profile derivation
would fail to run on Guile 2.0 (as is the case with "guix package
--bootstrap").

Reported by Christopher Baines.

* guix/profiles.scm (profile-derivation)[builder]: Use _IO* but add
'debug-disable' call.

install: Add colors in 'motd' and 'issue'.

* gnu/system/install.scm (%installation-services)[motd]: Add colors.
[services]: Use the "lat9u-16" font.
(%issue): Add colors.

profiles: Avoid _IO* in profile builder.

* guix/profiles.scm (profile-derivation)[builder]: Avoid the deprecated
_IO* constants.

doc: Link to work on bootstrapping.

* doc/guix.texi (Reducing the Set of Bootstrap Binaries): New section.

install: Add the prerequisites of 'profile-derivation' as GC roots.

* gnu/system/install.scm (%installation-services): Add
GLIBC-UTF8-LOCALES, TEXINFO, and GUILE-FINAL as GC roots.

profiles: Do not import the host's srfi-{19,26}.scm files.

Previously the "manual-database" derivation would always import the
host's srfi-{19,26}.scm files in the build side.  In practice this means
that different users could get different manual-database.drv depending
on the Guile version they're using in the host.

For example, the (gnu tests install) tests would fail if the host was
running Guile 2.2.3 because the guest is running 2.2.2, and thus has
different srfi-{19,26}.scm files.  The manual-database.drv would need to
be built from source, which would fail because prerequisites were
missing.

Reported by Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>
at <https://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=29409#96>.

* guix/profiles.scm (manual-database): Do not pass #:modules to
'gexp->derivation'.  Wrap 'build' gexp in 'with-imported-modules' form.

gnu: Add kallisto.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (kallisto): New variable.

gnu: calf: Update to 0.90.0.

* gnu/packages/audio.scm (calf): Update to 0.90.0.

gnu: jack-2: Update to 1.9.11-RC1.

* gnu/packages/audio.scm (jack-2): Update to 1.9.11-RC1.

gnu: guitarix: Update to 0.36.1.

* gnu/packages/audio.scm (guitarix): Update to 0.36.1.

gnu: faust-2: Remove inherited phase.

* gnu/packages/audio.scm (faust-2)[arguments]: Remove build phase
"fix-permissions".

gnu: faust: Update to 0.9.90.

* gnu/packages/audio.scm (faust): Update to 0.9.90.
[source]: Download sources via git-fetch.
[arguments]: Add phase "fix-permissions".

gnu: Add gst123.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gst123): New variable.

gnu: weechat: Update to 2.0.

* gnu/packages/irc.scm (weechat): Update to 2.0.

gnu: libwebp: Update to 0.6.1.

* gnu/packages/image.scm (libwebp): Update to 0.6.1.

gnu: git: Update to 2.15.1.

* gnu/packages/version-control.scm (git): Update to 2.15.1.

gnu: wireshark: Update to 2.4.3.

* gnu/packages/networking.scm (wireshark): Update to 2.4.3.

gnu: giac-xcas: Update to 1.4.9-33.

* gnu/packages/algebra.scm (giac-xcas): Update to 1.4.9-33.

gnu: guile-dsv: Update to 0.2.1 & correct sha256.

* gnu/packages/guile.scm (guile-dsv): Update to 0.2.1.

gnu: mescc-tools: Update to 0.3.

* gnu/packages/mes.scm (mescc-tools): Update to 0.3.
[supported-systems]: Remove field.

gnu: u-boot: Update to 2017.11.

* gnu/packages/bootloaders.scm (u-boot): Update to 2017.11.

linux-boot: Remove unneeded import.

* gnu/build/linux-boot.scm: Remove unnecessary autoload of (system base
compile).

build: Do not compile (gnu build shepherd).

* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Move 'build/shepherd.scm' to...
(MODULES_NOT_COMPILED): ... here.

uuid: Fix typo in comment.

* gnu/system/uuid.scm: Fix typo in comment.

gnu: elogind: Add file-name for source.

* gnu/packages/freedesktop.scm (elogind)[source]: Add file-name field.

gnu: youtube-dl: Update to 2017.12.02.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2017.12.02.

gnu: mtr: Don't mention only ICMP ECHO.

* gnu/packages/networking.scm (mtr)[description]: Allude to the fact that
mtr can send more than mere ICMP.

gnu: man-db: Use 'groff-minimal' at run time.

This reduces the closure of man-db from 175 MiB to 97 MiB.

* gnu/packages/man.scm (man-db)[native-inputs]: Add GROFF.
[inputs]: Replace GROFF with GROFF-MINIMAL.
[arguments]: #:configure-flags now refers to GROFF-MINIMAL.
Add #:disallowed-references.

gnu: Add groff-minimal.

* gnu/packages/groff.scm (groff-minimal): New variable.

gnu: xfig: Don't ignore 'xmkmf' exit code.

Suggested by Mike Gerwitz <mtg@gnu.org>.

* gnu/packages/xfig.scm (xfig)[arguments]: Use 'invoke' when invoking
'xmkmf'.

system: vm: Fix typo in comment.

* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Fix typo targetting -> targeting.

gnu: keepassxc: Update to 2.2.2.

* password-utils.scm (keepassxc): Update to 2.2.2.

gnu: nss-certs: Update to 3.34.1.

* gnu/packages/certs.scm (nss-certs): Update to 3.34.1.

Do not set '%fresh-auto-compile'.

* guix/scripts/offload.scm (build-machines): Comment out
'(set! %fresh-auto-compile #t)' since with Guile 2.2.3 it could lead to
an actual rebuild of everything that gets loaded from there on.  See
<https://bugs.gnu.org/29226>.
* guix/ui.scm (load*): Likewise.

tests: Avoid double slash in URIs.

* tests/publish.scm ("with cache"): Remove extra slash in NAR-URL.  This
would lead to a 'uri-error' exception on Guile 2.2.3.

records: Use 'make-struct/no-tail'.

* guix/records.scm (make-syntactic-constructor): Use
'make-struct/no-tail' as 'make-struct' is deprecated as of 2.2.3.

gnu: guile-sly: Do not propagate Guile.

* gnu/packages/guile.scm (guile-sly)[propagated-inputs]: Move GUILE-2.2
to...
[inputs]: ... here.

gnu: tor: Update to 3.1.9 [security fixes].

This release contains fixes for TROVE-2017-{009,010,011,012,013}.

* gnu/packages/tor.scm (tor): Update to 3.1.9.

gnu: glusterfs: Replace hardcoded FHS references.

* gnu/packages/patches/glusterfs-use-PATH-instead-of-hardcodes.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/file-systems.scm (glusterfs)[source]: Use it.

gnu: Add mtr.

* gnu/packages/networking.scm (mtr): New public variable.

gnu: ghc-blaze-builder: Update to 0.4.0.2.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-blaze-builder): Update to 0.4.0.2.

gnu: ghc-asn1-types: Update to 0.3.2.

* gnu/packages/haskell-crypto.scm (ghc-asn1-types): Update to 0.3.2.

gnu: ghc-asn1-encoding: Update to 0.9.5.

* gnu/packages/haskell-crypto.scm (ghc-asn1-encoding): Update to 0.9.5.

gnu: ghc-array: Update to 0.5.2.0.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-array): Update to 0.5.2.0.

gnu: ghc-aeson-qq: Update to 0.8.2.

* gnu/packages/haskell-web.scm (ghc-aeson-qq): Update to 0.8.2.

gnu: java: Fix several synopses & descriptions.

* gnu/packages/java.scm (java-plexus-classworlds)[description]: Fix typo and
use @code.
(java-plexus-container-default-bootstrap)[synopsis]: Hyphenate for clarity,
as done in the description.
[description]: Fix typo and use @dfn.
(java-jmh)[description]: Fix typo.
(java-xerial-core)[synopsis, description]: Fix typos.

gnu: guile: Add version 2.2.3.

* gnu/packages/guile.scm (guile-2.2.3): New variable.

gnu: gnome-default-applications: Add Evince for PDF and PS.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-default-applications)[propagated-inputs]:
Add EVINCE.
[arguments]: Associate Evince with application/pdf and
application/postscript.

services: xorg: Add 'font-misc-misc' to the default font set.

Fixes <https://bugs.gnu.org/24279>.
Reported by John Darrington <john@darrington.wattle.id.au>.

* gnu/services/xorg.scm (%default-xorg-fonts): Add FONT-MISC-MISC.

guix system: 'init' displays a progress bar while copying.

Until now it would print the name of each store item being copied, which
was verbose and unhelpful.

* guix/scripts/system.scm (copy-closure): Use 'progress-reporter/bar'
and 'call-with-progress-reporter'.
(guix-system): Parameterize 'current-terminal-columns'.

guix system: Simplify closure copy.

* guix/scripts/system.scm (copy-item): Add 'references' argument and
remove 'references*' call.  Turn into a non-monadic procedure.
(copy-closure): Remove initial call to 'references*'.  Only pass ITEM to
'topologically-sorted*' since that's equivalent.  Compute the list of
references corresponding to TO-COPY and pass it to 'copy-item'.

weather: Use (guix progress) for progress report.

* guix/progress.scm (start-progress-reporter!, stop-progress-reporter!)
(progress-reporter-report!): New procedures.
* guix/scripts/weather.scm (call-with-progress-reporter): New procedure.
(package-outputs)[update-progress!]: Remove.
Use 'call-with-progress-reporter' instead.
(guix-weather): Parameterize 'current-terminal-columns'.

progress: Add 'progress-reporter/bar'.

* guix/progress.scm (progress-reporter/bar): New procedure.

progress: 'progress-bar' accounts for brackets.

* guix/progress.scm (progress-bar): Subtract 2 to BAR-WIDTH to account
for brackets.

progress: Factorize erase-in-line.

* guix/progress.scm (erase-in-line): New procedure.
(progress-reporter/file): Use it.