gnu: pcmanfm: Add missing inputs. Remove comment.

* gnu/packages/lxde.scm (pcmanfm)[inputs]: Add GVFS.
[propagated-inputs]: Add LXMENU-DATA.
Remove comment suggesting to use --sysconfdir.  Inspection of the configure
script shows that <output>/etc is used for configuration by default anyway,
so such a flag is not needed.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Update package count.

* doc/guix.texi (Limitations): Update package count.

bootloader: extlinux: Fix device tree path.

* gnu/bootloader/extlinux.scm (extlinux-configuration-file): Use kernel
  directory to format device tree file path.

linux-libre: Adapt some arm options to match intel conf.

* gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.14-arm.conf: GuixSD base-initrd expects
  ext4 and fat filesystem to be built-in. Adapt configuration
  accordingly. Also set devtmpfs_mount to yes.

gnu: fish: Update to 2.7.0.

* gnu/packages/shell.scm (fish): Update to 2.7.0.
[source]: Add alternative source.

gnu: knot: Update to 2.6.2.

* gnu/packages/dns.scm (knot): Update to 2.6.2.

gnu: subread: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (subread): Update to 1.6.0.

gnu: emacs-org: Update to 9.1.3.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-org): Update to 20171116 a.k.a. Org 9.1.3.

services: dicod: Run in a container.

* gnu/services/dict.scm (dicod-shepherd-service): Add
'with-imported-modules' form and 'modules' field.  Use
'make-forkexec-constructor/container' instead of
'make-forkexec-constructor'.

shepherd: Include /etc/group in service containers.

* gnu/build/shepherd.scm (default-mounts)[passwd]: Rename to...
[accounts]: ... this.  Add /etc/group.

gnu: gnumeric: Update to 1.12.36.

* gnu/packages/gnome.scm (gnumeric): Update to 1.12.36.

gnu: goffice: Update to 0.10.36.

* gnu/packages/gnome.scm (goffice): Update to 0.10.36.

gnu: libzip: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/compression.scm (libzip): Update to 1.3.2.

gnu: libzip: Use new libzip.org home page.

* gnu/packages/compression.scm (libzip)[home-page]: Update.

gnu: vlc: Update to 2.2.8 [fixes CVE-2017-9300, CVE-2017-10699].

* gnu/packages/video.scm (vlc): Update to 2.2.8.

gnu: emacs-magit-popup: Update for the new source.

'magit-popup' is not a part of 'magit' anymore.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-magit-popup): Update to 2.12.0.
[source]: Update origin URL and file-name.
[home-page]: Update to the new home.
[native-inputs]: Add 'texinfo' to build the info manual.
[arguments]: Add 'make-info' phase.

gnu: emacs-hl-todo: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-hl-todo): Update to 1.8.0.

doc: Split the "Substitutes" section into subsections.

* doc/guix.texi (Substitutes): Move information into sections, and create one
  new subsection regarding substitution failure.
  (Top): In the detailed listing, add entries for the new subsections.
  (Official Substitute Server): Move info about hydra here.  Add information
  that explains when substitutes are enabled by default.
  (Substitute Server Authorization): Move information about how to enable or
  disable substitutes here.
  (Substitute Authentication): Move information about how Guix authenticates
  substitutes here.
  (Proxy Settings): Move information about how to download substitutes via
  proxy here.
  (Substitution Failure): New section.  Add information about how Guix handles
  substitution failure.  Be extra clear about behavior concerning --fallback.
  (On Trusting Binaries): Move information about trusting binaries here.
  (Invoking guix-daemon): Remove an incorrect statement about when substitutes
  are enabled by default.
  (Common Build Options): Add cross-references for the --fallback option.

Co-authored-by: George Clemmer <myglc2@gmail.com>

gnu: procmail: Fix CVE-2017-16844.

* gnu/packages/patches/procmail-CVE-2017-16844.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/mail.scm (procmail)[source]: Use it.

gnu: linux-libre: Update to 4.14.1.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.14.1.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.64.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.64.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.100.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.100.

gnu: lmms: Fix build.

* gnu/packages/music.scm (lmms)[arguments]: Add phases "remove-Werror" and
"make-manpages-writable".

Revert "Add (guix self) and use it when pulling."

This reverts commit 5f93d97005897c2d859f0be1bdff34c88467ec61.

'guix pull' would fail because (guix self) needs 'scheme-files'
from (guix discovery), which was not exported until now.

gnu: idr: Update to 2.0.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (idr): Update to 2.0.3.
[source]: Add snippet to remove generated code.

gnu: idr: Correct license.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (idr)[license]: Change to GPLv2+.

hydra: Add jobs for the modular Guix.

* build-aux/hydra/guix-modular.scm: New file.
* Makefile.am (EXTRA_DIST): Add it.

hydra: 'evaluate' passes an alist to the entry point.

* build-aux/hydra/evaluate.scm (%top-srcdir): New variable.
<top level>: Pass it to 'hydra-jobs'.

Add (guix self) and use it when pulling.

This mitigates <https://bugs.gnu.org/27284>.

* guix/self.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
* build-aux/build-self.scm (libgcrypt, zlib, gzip, bzip2, xz)
(false-if-wrong-guile, package-for-current-guile, guile-json)
(guile-ssh, guile-git, guile-bytestructures): Remove.
(build): Rewrite to simply delegate to 'compiled-guix'.
* gnu/packages.scm (%distro-root-directory): Rewrite to try different
directories.
* guix/discovery.scm (guix): Export 'scheme-files'.
* guix/scripts/pull.scm (build-and-install): Split into...
(install-latest): ... this.  New procedure.  And...
(build-and-install): ... this, which now takes a monadic value argument.
(indirect-root-added): Remove.
(guix-pull): Call 'add-indirect-root'.  Call 'build-from-source' and
pass the result to 'build-and-install'.

git: Do not add '.git' to the store.

This makes 'latest-repository-commit' significantly more efficient and
reduces disk usage in the store.

* guix/git.scm (copy-to-store)[dot-git?]: New procedure.
Pass it as the #:select? argument to 'add-to-store'.

pull: Trim import list.

* guix/scripts/pull.scm: Remove useless imports.

gexp: 'directory-union' has a #:quiet? parameter.

* guix/gexp.scm (directory-union): Add #:quiet? and honor it.

union: Parametrize the symlink procedure .

* guix/gexp.scm (directory-union): Add #:hard-links and honor it.
* guix/build/union.scm (union-build): Add #:symlink parameter.

gnu: guix: Update snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 953c2de.

tests: Disable test for freed disk space that fails on Btrfs.

This is a follow-up to commit 40e89f5be609045bc2666cc16a4ef80bb7f84095.

* tests/store.scm ("dead path can be explicitly collected"): Don't check
that (> freed 0).
* gnu/packages/package-management.scm (guix)[arguments]<#:phases>: Remove
workaround for the same problem.

gnu: taglib: Update to 1.11.1 and fix home page.

* gnu/packages/mp3.scm (taglib)[version]: Update to 1.11.1.
[arguments]: Configure with -DBUILD_SHARED_LIBS=ON.
[home-page]: Change to http://taglib.org.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: retroarch: Update to 1.6.9.

* gnu/packages/games.scm (retroarch): Update to 1.6.9.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: gnupg: Update to 2.2.3.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg): Update to 2.2.3.

gnu: orc: Update to 0.4.28.

* gnu/packages/gstreamer.scm (orc): Update to 0.4.28.

gnu: samba: Update to 4.7.3 [fixes CVE-2017-14746 and CVE-2017-15275].

* gnu/packages/samba.scm (samba): Update to 4.7.3.

gnu: signify: Update to 23.

* gnu/packages/crypto.scm (signify): Update to 23.

gnu: guix: Disable test that fails on Btrfs.

Works around <https://bugs.gnu.org/29363>.
Reported by Rutger Helling <rhelling@mykolab.com>.

* gnu/packages/package-management.scm (guix)[arguments]: Rename
'disable-container-tests' phase to 'disable-failing-tests' and add
substitution to disable test for freed disk space.

gnu: retroarch: Update to 1.6.8.

* gnu/packages/games.scm (retroarch): Update to 1.6.8.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: cdogs-sdl: Update to 0.6.6.

* gnu/packages/games.scm (cdogs-sdl): Update to 0.6.6.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: procenv: Update to 0.50.

* gnu/packages/linux.scm (procenv): Update to 0.50.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: you-get: Update to 0.4.964.

* gnu/packages/video.scm (you-get): Update to 0.4.964.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Patch path to locale in gnome-desktop.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-desktop)[arguments]: Add 'patch-path phase to
  get libgnome-desktop to use the full path to the locale binary.

gnu: knot: Update licence information.

* gnu/packages/dns.scm (knot)[license]: Add PUBLIC-DOMAIN. Expand comments.

gnu: knot: Support dnstap query logging.

* gnu/packages/dns.scm (knot)[source]: No longer delete dnstap.  It appears
that dnstap is intended to be bundled and modified.
[inputs]: Add fstrm and protobuf-c.
[arguments]: Add ‘--with-module-dnstap=yes’ to #:configure-flags.

gnu: Use ‘license:’ prefix in (gnu packages protobuf).

* gnu/packages/protobuf.scm (fstrm, protobuf, protobuf-2, protobuf-c)
(python-protobuf, python2-protobuf): Use ‘license:’ prefix.

gnu: Add fstrm.

* gnu/packages/protobuf.scm (fstrim): New public variable.

gnu: protobuf: Add ‘static’ output.

* gnu/packages/protobuf.scm (protobuf)[outputs]: New field.
[arguments]: Add new ‘move-static-libraries’ phase.

gnu: perl-devel-stacktrace: Update to 2.03.

* gnu/packages/perl.scm (perl-devel-stacktrace): Update to 2.03.

gnu: btrfs-progs: Update to 4.14.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs): Update to 4.14.

gnu: nss: Mark up description.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (nss)[description]: Use @dfn.

gnu: eid-mw: Update to 4.3.4.

* gnu/packages/security-token.scm (eid-mw): Update to 4.3.4.
Fix up indentation.

gnu: musl: Update to 1.1.18.

* gnu/packages/musl.scm (musl): Update to 1.1.18.

compile: Put an upper bound on the number of workers.

* guix/build/compile.scm (compile-files): Don't use more than 8 workers.

gnu: Add python-pyodbc.

* gnu/packages/databases.scm (python-pyodbc, python2-pyodbc): New variables.

Add semicolon in commands that set GUIX_PROFILE.

Fixes <https://bugs.gnu.org/28223>.
Reported by Rosebud Uplink <Uplink.Introversion@outlook.com>.

* doc/guix.texi (Binary Installation): Add missing semicolon after
'GUIX_PROFILE=' line.
(Invoking guix package): Likewise.
* gnu/system.scm (operating-system-etc-service)[profile]: Likewise.
* guix/build/profiles.scm (build-etc/profile): Likewise.

gnu: wget2: Switch to official URL.

* gnu/packages/wget.scm (wget2): Switch to official URL.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: scribus: Fix No module named _sysconfigdata_nd.

* gnu/packages/scribus.scm (scribus): Wrap PATH with expected Python around
  executable.

Fixes <https://bugs.gnu.org/25035>.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.63.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.63.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.99.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.99.

gnu: Add python-clf.

* gnu/packages/web.scm (python-clf): New variable.

gnu: kodi: Update snapshot.

* gnu/packages/kodi.scm (kodi): Update to 18.0_alpha-67fd70f.

gnu: gcc@6: Respect SOURCE_DATE_EPOCH in __DATE__ and __TIME__ macros.

* gnu/packages/patches/gcc-6-source-date-epoch-1.patch,
gnu/packages/patches/gcc-6-source-date-epoch-2.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register them.
* gnu/packages/gcc.scm (gcc-6)[source]: Use them.

gnu: guix: Update snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 0b4c385.

gnu: gajim: Add python2-axolotl to inputs.

* gnu/packages/messaging.scm (gajim)[inputs]: Add python2-axolotl.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: qtox: Add filteraudio to inputs.

* gnu/packages/messaging.scm (qtox)[inputs]: Add filteraudio.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: c-toxcore: Update to 0.1.10.

* gnu/packages/messaging.scm (c-toxcore): Update to 0.1.10.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

zlib: Fix race condition when closing gzip ports.

Fixes <https://bugs.gnu.org/29335>.

* guix/zlib.scm (close-procedure): Remove.
(make-gzip-input-port): Do (dup (fileno port)) to get a file descriptor
for 'gzdopen'.  Close PORT before returning.  Use 'gzclose' as the
'close' procedure of the returned port.
(make-gzip-output-port): Likewise.

ssh: Use (guix i18n).

* guix/ssh.scm: Use (guix i18n) instead of (guix ui).

gnu: audacity: Fix building on non-Intel systems.

* gnu/packages/audio.scm (audacity)[arguments]: On non-Intel systems add
a configure-flag to disable SSE optimizations.

gnu: nss, nss-certs: Update to 3.34.

* gnu/packages/certs.scm (nss-certs): Update to 3.34.
* gnu/packages/gnuzilla.scm (nss): Update to 3.34.

gnu: bitcoin: Update to 0.15.1.

* gnu/packages/finance.scm (bitcoin-core): Update to 0.15.1.

gnu: strace: Update to 4.20.

* gnu/packages/linux.scm (strace): Update to 4.20.

gnu: samba: Update to 4.7.2.

* gnu/packages/samba.scm (samba): Update to 4.7.2.

gnu: tevent: Update to 0.9.34.

* gnu/packages/samba.scm (tevent): Update to 0.9.34.

Update email address for ng0.

gnu: Patch ikiwiki to set PERL5LIB in the CGI wrapper.

This helps with CGI support.

* gnu/packages/web.scm (ikiwik)[arguments]: Add 'include-PERL5LIB-in-wrapper
  phase.

gnu: nano: Update to 2.9.0.

* gnu/packages/nano.scm (nano): Update to 2.9.0.

gnu: owncloud-client: Update to 2.3.4.

* gnu/packages/sync.scm (owncloud-client): Update to 2.3.4.

gnu: owncloud-client: Don't check for updates.

* gnu/packages/sync.scm (owncloud-client)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/owncloud-disable-updatecheck.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: libreoffice: Remove GTK+ 2.

LibreOffice doesn't need to use both GTK+ 2 and GTK+ 3.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libreoffice)[inputs]: Remove gtk+-2.
[configure-flags]: Add "--disable-gtk".

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: libassuan: Update to 2.4.4.

* gnu/packages/gnupg.scm (libassuan): Update to 2.4.4.

gnu: mes: Update to 0.11.

* gnu/packages/mes.scm (mes): Update to 0.11.

gnu: audacity: Update to 2.2.0.

* gnu/packages/patches/audacity-build-with-system-portaudio.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/audio.scm (audacity): Update to 2.2.0.
[source]: Add patch to build with system portaudio; add snippet to remove most
bundled libraries.
[inputs]: Replace "gtk+-2" with "gtk+", replace "wxwidgets-gtk2" with
"wxwidgets"; remove "libsbsms"; add "suil" and "portmidi".
[arguments]: Adjust configure flags to avoid using bundled libraries; remove
phase "autoreconf"; add phases "fix-sbsms-check" and "use-upstream-headers".

gnu: java-mail: Let build phase return boolean.

* gnu/packages/java.scm (java-mail)[arguments]: Let build phase
"move-version.java" return #t.

gnu: bitshuffle-for-snappy: Simplify.

* gnu/packages/compression.scm (bitshuffle-for-snappy)[arguments]: Simplify
Makefile generation.

gnu: bitshuffle: Let build phase return #t.

* gnu/packages/compression.scm (bitshuffle)[arguments]: Let
"make-required-dir" return #t.

gnu: python-pylast: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/music.scm (python-pylast): Update to 2.0.0.
[native-inputs]: Add python-pycodestyle and python-flaky.

gnu: Move date/time packages from python.scm to time.scm.

* gnu/packages/python.scm (python-pytz, python2-pytz, python-dateutil,
python2-dateutil, python-parsedatetime, python2-parsedatetime,
python-tzlocal, python-isodate, python2-isodate, python-iso8601,
python2-iso8601, python-monotonic, python2-monotonic, python-pyrfc3339,
python2-pyrfc3339, python-arrow, python2-arrow, python-aniso8601,
python2-aniso8601): Move from here...
* gnu/packages/time.scm: ...to here.
* gnu/packages/calendar.scm,
gnu/packages/check.scm,
gnu/packages/django.scm,
gnu/packages/ebook.scm,
gnu/packages/gnome.scm,
gnu/packages/irc.scm,
gnu/packages/jrnl.scm,
gnu/packages/mail.scm,
gnu/packages/openstack.scm,
gnu/packages/package-management.scm,
gnu/packages/python-crypto.scm,
gnu/packages/python-web.scm,
gnu/packages/rdf.scm,
gnu/packages/statistics.scm,
gnu/packages/tls.scm,
gnu/packages/tryton.scm,
gnu/packages/version-control.scm: Adjust accordingly.

gnu: Move more testing packages from python.scm to check.scm.

* gnu/packages/python.scm (python-flexmock, python2-flexmock,
python-freezegun, python2-freezegun, python-flaky, python2-flaky): Move from
here...
* gnu/packages/check.scm: ...to here.

gnu: Add java-plexus-container-default.

* gnu/packages/java.scm (java-plexus-container-default): New variable.

gnu: Add java-plexus-archiver.

* gnu/packages/java.scm (java-plexus-archiver): New variable.

gnu: Add java-plexus-io.

* gnu/packages/java.scm (java-plexus-io): New variable.

gnu: Add java-plexus-container-default-bootstrap.

* gnu/packages/java.scm (java-plexus-container-default-bootstrap): New
variable.

gnu: Add java-tukaani-xz.

* gnu/packages/java.scm (java-tukaani-xz): New variable.

gnu: Add java-geronimo-xbean-reflect.

* gnu/packages/java.scm (java-geronimo-xbean-reflect): New variable.