gnu: Add grub-minimal.

* gnu/packages/bootloaders.scm (grub-minimal): New variable.

gnu: nghttp2: Remove jemalloc dependency for the Hurd.

* gnu/packages/web.scm (nghttp2)[inputs]: Remove jemalloc for the Hurd.

gnu: gnutls: Remove net-tools for the Hurd.

* gnu/packages/tls.scm (gnutls)[inputs]: Remove net-tools for the
Hurd.

gnu: isc-dhcp: Support for the Hurd.

* gnu/packages/admin.scm (isc-dhcp)[inputs]: Remove net-tools,
iproute on the Hurd.

gnu: coreutils: Handle failing tests on Hurd.

* gnu/base/coreutils.scm (coreutils)[arguments]: Use make-flags to mark some
tests XFAIL_TESTS on the Hurd.

gnu: guile: Disable failing tests on the Hurd.

* gnu/packages/guile.scm (guile-2.0)[arguments]: Remove failing/hanging tests
on the Hurd.

gnu: qtbase: Patch the 'moc' executable to cope with GCCs C++ headers.

* gnu/packages/patches/qtbase-moc-ignore-gcc-macro.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/qt.scm (qtbase)[source](patches): Add it.

gnu: coreutils-mesboot: Make variable private.

This fixes a test failure in tests/graph.scm because the package does not use
glibc, yet is part of the public packages.

* gnu/packages/commencement.scm (coreutils-mesboot): Use DEFINE instead of
DEFINE-PUBLIC.

gnu: Adjust 'package-for-guile-2.0' for the Guile 3 switch.

* gnu/packages/guile.scm (package-for-guile-2.0): Rewrite GUILE-3.0 instead of
GUILE-2.2.

gnu: Export the deprecated 'libjpeg' variable.

* gnu/packages/image.scm (libjpeg): Export.

gnu: OpenJDK: Build with GNU Make 4.2.

* gnu/packages/base.scm (gnu-make-4.2): New public variable.
* gnu/packages/java.scm (openjdk9, openjdk10, openjdk11,
openjdk12)[native-inputs]: Add it.

gnu: gcc-static: Make sure #:modules is not overridden by the inherited GCC.

This fixes a regression introduced by 56c833ea287f8f6d3c72f8bddc314960c0164d64
and 25bc0f34c6c059394f546f29a203c2cb9b7cdcf6 where #:modules became ineffective.

* gnu/packages/make-bootstrap.scm (%gcc-static)[arguments]: Prepend the
required modules to those inherited from GCC-5.  While at it, do not splice in
the inherited arguments.

gnu: guile-static: Provide a libgc variant with statically built libraries.

* gnu/packages/bdw-gc.scm (libgc/static-libs): New public variable.
* gnu/packages/make-bootstrap.scm (%guile-static)[propagated-inputs]: Change
from LIBGC to LIBGC/STATIC-LIBS.

gnu: bdw-gc: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/bdw-gc.scm (libgc)[propagated-inputs]: When cross-compiling,
add LIBATOMIC-OPS.

gnu: mercurial: Fix test failures with Python 3.8.2.

* gnu/packages/version-control.scm (mercurial-patch, %mercurial-patches): New
variables.
(mercurial)[source](patches): Add %MERCURIAL-PATCHES.

gnu: libgc: Promote libgc@8 to the default libgc.

* gnu/packages/bdw-gc.scm (libgc): Update to 8.0.4.
[arguments]: Remove #:phases.
[inputs]: Remove LIBATOMIC-OPS.
(libgc-8.0): Remove variable.
(libgc-7): New variable.

gnu: guile: Update to 3.0.2.

* gnu/packages/guile.scm (guile-3.0): Update to 3.0.2.
[source](patches): Remove.
* gnu/packages/patches/guile-3.0-crash.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.

gnu: ovmf: Adapt to CPLUS_INCLUDE_PATH changes.

* gnu/packages/firmware.scm (ovmf)[native-inputs]: Distinguish GCC-5.
[arguments]: Add phase to hide the default GCC from CPLUS_INCLUDE_PATH.

gnu: emacs: Fix format strings for compatibility with Guile 3.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs)[arguments]: In the 'patch-program-file-names'
and 'install-site-start' phases, specify port in the calls to FORMAT.

gnu: mscgen: Fix build with gd >= 2.3.0.

'gd' no longer provides 'libgd-config', so use 'pkg-config' instead.

* gnu/packages/graph.scm (mscgen)[native-inputs]: Add PKG-CONFIG.

gnu: icu4c: Incorporate grafted changes.

* gnu/packages/icu4c.scm (icu4c)[replacement]: Remove.
[source](patches, patch-flags): New fields.
(icu4c/fixed): Remove variable.

gnu: help2man: Remove version 1.47.12.

* gnu/packages/man.scm (help2man): Update to 1.47.13.
(help2man/latest): Remove variable.

gnu: Automake: Remove version 1.16.1.

* gnu/packages/autotools.scm (automake): Update to 1.16.2.
[arguments]: Add phase "skip-test".
(automake-1.16.2): Remove variable.

Merge branch 'master' into core-updates

 Conflicts:
gnu/packages/icu4c.scm
gnu/packages/man.scm
gnu/packages/python-xyz.scm
guix/scripts/environment.scm
guix/scripts/pack.scm
guix/scripts/package.scm
guix/scripts/pull.scm
guix/store.scm

gnu: OpenSSL: Add upstream patch to preserve compatibility in EOF handling.

This is a follow-up to ad8254c23a86c3ca4ca32bc68fc8d76954aa80fd, which
unexpectedly caused a test failure in the Python test suite.

* gnu/packages/patches/openssl-1.1.1e-revert-detect-eof.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/tls.scm (openssl)[source](patches): Add it.

gnu: xkbcomp: Update to 1.4.3.

* gnu/packages/xorg.scm (xkbcomp): update to 1.4.3.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: ImageMagick: Build reproducibly.

Fixes <https://bugs.gnu.org/38449>.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick)[arguments]: In #:configure-flags,
add "--enable-reproducible-build".

(cherry picked from commit 87bc9f022cdd3487e85cf83cf82222315246abf9)

gnu: libsigc++: Update to 2.10.3.

* gnu/packages/glib.scm (libsigc++): Update to 2.10.3.

gnu: libgsf: Update to 1.14.47.

* gnu/packages/gnome.scm (libgsf): Update to 1.14.47.

gnu: potrace: Update to 1.16.

* gnu/packages/patches/potrace-tests.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/fontutils.scm (potrace): Update to 1.16.
[source](patches): Remove.

gnu: python-fonttools: Update to 4.6.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-fonttools): Update to 4.6.0.

gnu: python-xmlschema: Update to 1.1.2.

* gnu/packages/xml.scm (python-xmlschema): Update to 1.1.2.

gnu: libxcb: Update to 1.14.

* gnu/packages/xorg.scm (libxcb): Update to 1.14.
[source](uri): Change to .xz tarball.

gnu: xcb-proto: Update to 1.14.

* gnu/packages/xorg.scm (xcb-proto): Update to 1.14.
[source](uri): Change to .xz tarball.

gnu: gd: Update to 2.3.0.

* gnu/packages/patches/gd-fix-tests-on-i686.patch: Adjust context.
* gnu/packages/patches/gd-CVE-2018-1000222.patch,
gnu/packages/patches/gd-CVE-2018-5711.patch,
gnu/packages/patches/gd-CVE-2019-6977.patch,
gnu/packages/patches/gd-CVE-2019-6978.patch,
gnu/packages/patches/gd-freetype-test-failure.patch: Delete files.
* gnu/packages/patches/gd-brect-bounds.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly
* gnu/packages/gd.scm (gd): Update to 2.3.0.
[source](patches): Remove obsolete.
* gnu/packages/gd.scm (gd):
[propagated-inputs]: Move LIBJPEG-TURBO and FONTCONFIG ...
[inputs]: ... here.

gnu: bison: Update to 3.5.3.

* gnu/packages/bison.scm (bison): Update to 3.5.3.

gnu: perl: Update to 5.30.2.

* gnu/packages/perl.scm (perl): Update to 5.30.2.

gnu: GLib: Update to 2.62.6.

* gnu/packages/glib.scm (glib): Update to 2.62.6.

gnu: ghostscript: Update to 9.52.

* gnu/packages/ghostscript.scm (ghostscript): Update to 9.52.
[arguments]: Remove obsolete phases.

gnu: OpenSSL: Remove replacement package.

* gnu/packages/tls.scm (openssl): Update to 1.1.1e.
[replacement]: Remove.
(openssl-1.1.1e): Remove variable.

gnu: icu4c: Explicitly add patch flags in replacement package.

This is to prevent a build failure when this gets merged to 'core-updates'
which does not have any patch-flags to inherit.

* gnu/packages/icu4c.scm (icu4c/fixed)[source](patch-flags): New field.

gnu: help2man: Update to 1.47.13.

* gnu/packages/man.scm (help2man/latest): Update to 1.47.13.

gnu: Add python-pywinrm.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pywinrm): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add python-requests_ntlm.

* gnu/packages/python-web.scm (python-requests_ntlm): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add python-ntlm-auth.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-ntlm-auth): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add python-kerberos.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-kerberos): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Update sambamba to 0.7.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (sambamba): Update to 0.7.1;
  Remove unneeded undead input.

gnu: Add 7kaa.

* gnu/packages/games.scm (7kaa): New variable.

gnu: boinc-client: Update to 7.16.5.

* gnu/packages/distributed.scm (boinc-client): Update to 7.16.5.

gnu: boinc-server: Fix build.

* gnu/packages/distributed.scm (boinc-server)[inputs]: Replace openssl
with openssl-1.0, mariadb with mariadb:dev.

status: Display synthetic information about profiles being built.

* guix/status.scm (print-build-event): Add 'profile case.
* guix/scripts/package.scm (build-and-use-profile): Remove now redundant
message.

profiles: 'profile-derivation' sets a 'type' property.

* guix/profiles.scm (profile-derivation): Pass #:properties to
'gexp->derivation'.

gnu: gnupg: Use ~/.guix-profile/bin/pinentry by default.

Fixes <https://bugs.gnu.org/24076>.
Reported by Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>.

* gnu/packages/patches/gnupg-default-pinentry.patch: New file.
* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg)[source]: Use it.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

llvm: Add support for the Hurd.

* gnu/packages/llvm.scm (system->llvm-target): Use X86 for i586 (i.e., the
Hurd).

gnu: mit-krb5: Supprt for the Hurd.

* gnu/packages/patches/mit-krb5-hurd.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/kerberos.scm (mit-krb5): Use it.

gnu: shadow: Build fix for the Hurd.

* gnu/packages/patches/shadow-hurd-pctrl.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/admin.scm (shadow): Use it.

gnu: screen: Build fix for the Hurd.

* gnu/packages/patches/screen-hurd-path-max.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/screen.scm (screen): Use it.

gnu: inetutils: Support for the Hurd.

* gnu/packages/linux.scm (net-tools)[supported-systems]: Remove the Hurd.
* gnu/packages/patches/inetutils-hurd.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/admin.scm (inetutils): Use it.  Disable some features on the
Hurd.
[native-inputs]: Include net-tools only on supported systems

gnu: shepherd: Build fix for the Hurd.

* gnu/packages/patches/shepherd-hurd.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/admin.scm (shepherd): Use it.

gnu: pciutils: Build fixes for the Hurd.

* gnu/packages/linux.scm (kmod)[supported-systems]: Remove the Hurd.
* gnu/packages/patches/pciutils-hurd-configure.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/pciutils.scm (pciutils): Use it.
[inputs]: Include kmod only for supported systems.

gnu: shadow: Add linux-pam dependency for the Hurd.

* gnu/packages/admin.scm (shadow): Also include linux-pam dependency
for the Hurd.

gnu: fontconfig: Build fix for the Hurd.

* gnu/packages/patches/fontconfig-hurd-path-max.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/fontutils.scm (fontconfig): Use it.

gnu: less: Build fix for the Hurd.

* gnu/packages/patches/less-hurd-path-max.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/less.scm (less): Use it.

daemon: Avoid kill -1 bug on the Hurd.

This allows for native builds on the Hurd, doing

    sudo ./pre-inst-env guix-daemon --disable-chroot --build-users-group=guixbuild &
    ./pre-inst-env guix build hello

* nix/libutil/util.cc (killUser)[__GNU__]: Avoid kill -1 bug; kill only
current process and ignore SIGKILL status in parent.

Co-authored-by: Jan Nieuwenhuizen <janneke@gnu.org>

daemon: Do not use clone on the Hurd.

Checking for CLONE_NEWNS is only needed for using tha Linux specific clone(2),
otherwise we can use fork(2).  Using clone on the Hurd needs some work, only
support LINUX for now.  See
https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2020-03/msg00190.html

* nix/libstore/build.cc (CHROOT_ENABLED): Break into CHROOT_ENABLED
and CLONE_ENABLED.
(DerivationGoal::startBuilder): Replace CHROOT_ENABLED with __linux__.
(DerivationGoal::runChild): Only define pivot_root() if SYS_pivot_root is
defined.

Co-authored-by: Jan Nieuwenhuizen <janneke@gnu.org>

gnu: hurd: Update to hurd-headers version: 0.9-91a51672.

* gnu/packages/patches/hurd-cross.patch: New file.
* gnu/packages/patches/hurd-fix-eth-multiplexer-dependency.patch: Remove
unused file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Update admin.
* gnu/packages/hurd.scm (hurd): Update to latest git master: version and
source from hurd-headers; Add hurd-cross patch.

gnu: commencement: glibc-final: Allow gnumach-headers references.

* gnu/packages/commencement.scm (glibc-final): Allow gnumach-headers-boot0
references for the Hurd.

gnu: commencement: gnumach-headers-boot0: Update to 1.8-116-g28b53508.

* gnu/packages/commencement.scm (gnumach-headers-boot0): Update to
1.8-116-g28b53508.

gnu: commencement: hurd-source: Update to latest git.

* gnu/packages/commencement.scm (hurd-source-version): Update to
0.9-229-ga1efcee8.
(hurd-source-boot0): Update url to updated lilypond tarball.

gnu: commencement: glibc-intermediate: Build fixes for the Hurd.

* gnu/packages/commencement.scm (glibc-intermediate): Configure with
--disable-werror, update pthreads workaround.

gnu: commencement: hurd-minimal-boot0: Build from tarball.

The 'hurd-minimal' package (via hurd-headers) now uses a git checkout and
added dependencies on autoconf, automake and teiinfo to build.  Using those in
commencement creates a bootstrap loop.  So, revert to a tarball release.

* gnu/packages/commencement.scm (hurd-minimal-boot0): Build from tarball;
remove autoconf, automake, texinfo bootstrap dependencies.

gnu: commencement: hurd-headers-boot0: Build from tarball.

The 'hurd-headers' package now uses a git checkout and added dependencies on
autoconf and automake to build.  Using those in commencement creates a
bootstrap loop.  So, revert to a tarball release.

* gnu/packages/commencement.scm (hurd-version-boot0, hurd-source-boot0): New
variable.
(hurd-headers-boot0): Use it to build from tarball; remove autoconf, automake,
texinfo bootstrap dependencies.

gnu: commencement: gnumach-headers-boot0: Build from tarball.

The 'gnumach-headers' package now uses a git checkout and added dependencies
on autoconf, automake and texinfo to build.  Using those in commencement
creates a bootstrap loop.  So, revert to a tarball release.

* gnu/packages/commencement.scm (gnumach-headers-boot0): Build from tarball;
remove autoconf, automake, texinfo bootstrap dependencies.

gnu: make: Support for the Hurd.

* gnu/packages/base.scm (gnu-make): Use fork/exec rather than posix_spawn on
the Hurd.  Also, add __alloca linkage workaround.

gnu: java-jansi-native: Compile fix for the Hurd.

* gnu/packages/java.scm (java-jansi-native): Add catch-all clause;
fixes running guix refresh.

gnu: bootstrap: Add support for the Hurd.

On 3342a1182b15ec031f0ec6f602fd96c1dca3d4b0
   gnu: make-bootstrap: Use _IOLBF on Guile 2.0 only.

Run
    ./pre-inst-env guix build --target=i586-pc-gnu bootstrap-tarballs --verbosity=1

Producing

    /gnu/store/lhca65c997pvic5cfrpm0dasniwqlg2a-bootstrap-tarballs-0

With guix hash -rx /gnu/store/lhca65c997pvic5cfrpm0dasniwqlg2a-bootstrap-tarballs-0

    07jnq2by98f2a45k8wd2gj62iazvwfa4z7p3w3id4m1g0fdsvc3b

* gnu/packages/bootstrap.scm (%bootstrap-executables): Add entries for the
Hurd.
(bootstrap-executable-url): Use lilypond url for the Hurd.
(bootstrap-guile-url-path): Likewise.
(bootstrap-guile-hash): Add entry for the Hurd.
(%bootstrap-coreutils&co): Likewise.
(%bootstrap-binutils): Likewise.
(%bootstrap-glibc): Likewise.
(%bootstrap-gcc): Likewise.
* guix/packages.scm (%supported-systems): Add i586-gnu.

Co-authored-by: Jan Nieuwenhuizen <janneke@gnu.org>

gnu: youtube-viewer: Don't build gtk3 front-end.

* gnu/packages/video.scm (youtube-viewer)[arguments]: Update
module-build-flags to only build gtk2 front-end.

gnu: youtube-viewer: Update to 3.7.5.

* gnu/packages/video.scm (youtube-viewer): Update to 3.7.5.
[inputs]: Add perl-json-xs.

tests: install: Add %test-gui-installed-desktop-os-encrypted.

* gnu/tests/install.scm (gui-test-program): Add a desktop? argument, and pass it to choose-services,
(installation-target-os-for-gui-tests): new procedure,
(installation-target-desktop-os-for-gui-tests): new procedure,
(guided-installation-test): add target-os and desktop? arguments. Use
target-os instead of the previous os variable. Pass desktop? argument to
gui-test-program.
(%test-gui-installed-os): Adapt accordingly,
(%test-gui-installed-os-encrypted): ditto,
(%test-gui-installed-desktop-os-encrypted): new exported variable.

installer: tests: Use a filter to select desktop-environments.

* gnu/installer/tests.scm (choose-services): Turn desktop-environments list
into a choose-desktop-environment procedure. This way, it is easier to select
all desktop-environments or none, in the same way as choose-network-service?
and choose-network-management-tool? arguments.

gnu: emacs-helm-exwm: Update to 0.0.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm-exwm): Update to 0.0.2.

gnu: r-argon2: Fix case in synopsis and use full sentence in description.

* gnu/packages/cran.scm (r-argon2)[synopsis]: Use lower case.
[description]: Use full sentence.

gnu: r-getpass: Change case in synopsis and adjust indentation.

* gnu/packages/cran.scm (r-getpass): Adjust indentation.
[synopsis]: Do not capitalize all words.

gnu: r-remoter: Fix indentation.

* gnu/packages/cran.scm (r-remoter): Fix indentation.

gnu: r-remoter: Use lower case in the synopsis.

* gnu/packages/cran.scm (r-remoter)[synopsis]: Do not capitalize all words.

gnu: make-bootstrap: Use _IOLBF on Guile 2.0 only.

* gnu/packages/make-bootstrap.scm (%binutils-static-stripped, %gcc-stripped,
%bootstrap-tarballs)[arguments]: Wrap use of '_IOLBF' in 'cond-expand' and use
'line instead on Guile > 2.0.

gnu: linux-libre-5.4-source: Add patch to support pinebook pro.

* gnu/packages/patches/linux-libre-support-for-Pinebook-Pro.patch:
  New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Update accordingly.
* gnu/packages/linux (linux-libre-5.4-source): Add patch.

gnu: linux-libre: Update deblob scripts.

* gnu/packages/linux.scm (deblob-scripts-5.4): Update to 5.4.28.

gnu: linux-libre: Update to 5.4.28.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.28.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.113.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.113.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: icu4c: Fix CVE-2020-10531.

* gnu/packages/patches/icu4c-CVE-2020-10531.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/icu4c.scm (icu4c)[replacement]: New field.
(icu4c/fixed): New variable.

gnu: Add r-remoter.

* gnu/packages/cran.scm (r-remoter): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add r-getpass.

* gnu/packages/cran.scm (r-getpass): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add r-argon2.

* gnu/packages/cran.scm (r-argon2): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add emacs-chronometrist.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-chronometrist): New variable.

gnu: abseil-cpp: Update to 20200225.1.

* gnu/packages/cpp.scm (abseil-cpp): Update to 20200225.1.

import/cran: Import missing module.

This is a follow-up to commit b005c240bb5e436ffe9d55c2dd75c9af85aa0fdd.

Reported-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>
* guix/import/cran.scm: Import (guix ui) module.

gnu: gnu-pw-mgr: Build reproducibly.

* gnu/packages/gnu-pw-mgr.scm (gnu-pw-mgr)[native-inputs]: Remove
AUTOGEN so that man pages are not regenerated with a fresh date.

tests: Adjust to 'show-manifest-transaction' changes.

This is a followup to 3e5ab0a7a9399bb098b9ced46bf3cbf4085c6bab.

* tests/ui.scm ("show-manifest-transaction"): Update regexp.
* tests/guix-package.sh: Adjust Emacs regexp in --with-source test.

environment: Use 'with-build-handler'.

* guix/scripts/environment.scm (build-environment): Remove.
(guix-environment): Wrap 'with-status-verbosity' in
'with-build-handler'.  Remove 'dry-run?' conditional.  Use
'built-derivations' instead of 'build-environment'.