daemon: Fix 'HashSink::currentHash()'.

Before that, calls to 'HashSink::currentHash()' would eventually lead to
a segfault because the underlying gcrypt handle has been closed.  (Note
that this method is only used via 'importPaths' and 'exportPath', though.)

* nix/libutil/gcrypt-hash.hh (struct guix_hash_context): Add a
  constructor and a copy constructor; move out of 'extern "C"'.
* nix/libutil/gcrypt-hash.cc (guix_hash_final): Clear 'md_handle' upon
  exit.
* nix/sync-with-upstream (top_srcdir): Change hash.{cc,hh} to read
  'struct Ctx' instead of 'union Ctx'.

daemon: Add libgcrypt call to state that the initialization is over.

* nix/nix-daemon/guix-daemon.cc (main): Add 'gcry_control' call.

gnu: xf86-video-vmware: Add input xorg-server.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-vmware): Add input xorg-server.

gnu: iso-codes: Update to 3.49.

* gnu/packages/iso-codes.scm (iso-codes): Update to 3.49.

gnu: shishi: Use libgcrypt-1.5.

* gnu/packages/shishi.scm (shishi): Use input libgcrypt-1.5 instead of 1.6.

gnu: libgcrypt: Make old version 1.5.3 public.

* gnu/packages/gnupg.scm (libgcrypt-1.5): New variable.
* gnu/packages/ssh.scm (libssh): Use libgcrypt-1.5 instead of defining it
    ad-hoc.

gnu: libssh: Upgrade to 0.5.5.

* gnu/packages/ssh.scm (libssh): Upgrade to 0.5.5.

gnu: libssh: Build against an older libgcrypt.

* gnu/packages/ssh.scm (libssh): Use libgcrypt 1.5.3 as an input.

gnu: ffmpeg: Modify runpath of binaries to include output library path.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Patch binaries to add output library path
    to runpath.

gnu: tor: Upgrade to 0.2.4.19.

* gnu/packages/tor.scm (tor): Upgrade to 0.2.4.19.

gnu: freeipmi: Upgrade to 1.3.4.

* gnu/packages/freeipmi.scm (freeipmi): Upgrade to 1.3.4.

gnu: libgcrypt: Upgrade to 1.6.0.

* gnu/packages/gnupg.scm (libgcrypt): Upgrade to 1.6.0.

pull: Move build code to (guix build pull).

* guix/build/pull.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
* guix/scripts/pull.scm (unpack): Use it.

gnu: Add gnome-desktop.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-desktop): New variable.

gnu: Add iso-codes.

* gnu/packages/iso-codes.scm: New file.
* gnu-system.am: Add it.

gnu: Add libpeas.

* gnu/packages/gnome.scm (libpeas): New variable.

gnu: gtk+: enable introspection.

* gnu/packages/gtk.scm (atk, gdk-pixbuf, gtk+, pango): enable introspection
* guix/build/gnome.scm: New file.

gnu: gobject-introspection: look for 'gcc' when no compiler seems available.

* gnu/packages/patches/gobject-introspection.patch: New file.

gnu: Move libelf and patchelf to (gnu packages elf).

* gnu/packages/patchelf.scm (patchelf): Move to...
* gnu/packages/elf.scm (patchelf): ... here.
* gnu/packages/patchelf.scm: Remove.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Adjust accordingly.
* gnu/packages/gcc.scm (libelf): Move to...
* gnu/packages/elf.scm (libelf): ... here.
* gnu/packages/cdrom.scm, gnu/packages/icu4c.scm,
  gnu/packages/samba.scm, gnu/packages/scheme.scm, gnu/packages/ssh.scm:
  Adjust references to (gnu packages patchelf).

gnu: Add elfutils.

* gnu/packages/elf.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: Move numerous "inputs" which should be "native-inputs".

* gnu/packages/avahi.scm, gnu/packages/cdrom.scm, gnu/packages/cryptsetup.scm,
  gnu/packages/curl.scm, gnu/packages/emacs.scm, gnu/packages/fontutils.scm,
  gnu/packages/gdb.scm, gnu/packages/geeqie.scm, gnu/packages/ghostscript.scm,
  gnu/packages/glib.scm, gnu/packages/gnome.scm, gnu/packages/gnunet.scm,
  gnu/packages/gnupg.scm, gnu/packages/gnuzilla.scm, gnu/packages/graphviz.scm,
  gnu/packages/groff.scm, gnu/packages/gstreamer.scm, gnu/packages/gtk.scm,
  gnu/packages/gv.scm, gnu/packages/imagemagick.scm, gnu/packages/irssi.scm,
  gnu/packages/kde.scm, gnu/packages/libcanberra.scm, gnu/packages/libtiff.scm,
  gnu/packages/linux.scm, gnu/packages/lvm.scm, gnu/packages/mp3.scm,
  gnu/packages/netpbm.scm, gnu/packages/parted.scm, gnu/packages/pdf.scm,
  gnu/packages/pulseaudio.scm, gnu/packages/qemu.scm, gnu/packages/qt.scm,
  gnu/packages/ratpoison.scm, gnu/packages/rdf.scm, gnu/packages/slim.scm,
  gnu/packages/texlive.scm, gnu/packages/version-control.scm,
  gnu/packages/video.scm, gnu/packages/vpn.scm, gnu/packages/w3m.scm,
  gnu/packages/xml.scm, gnu/packages/xnee.scm, gnu/packages/xorg.scm,
  gnu/packages/zip.scm:  Move some build-time dependencies from `inputs' to
  `native-inputs'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gnupg: Fix cross-compile issues.

* gnu/packages/gnupg.scm (libgpg-error): Add gcc as a native input,
  and set the CC_FOR_BUILD variable.

* gnu/packages/gnupg.scm (libgcrypt): Add libgpg-error as a native input and
  set the --with-gpg-error-prefix configure option.

* gnu/packages/gnupg.scm (libksba): Add libgpg-error as a native input and
  set the --with-gpg-error-prefix configure option.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: openssl: Fix cross-compile issues.

* gnu/packages/openssl.scm (openssl): Move perl from inputs to
  native-inputs.
  Replace reference to target bash with the native bash or target bash as
  appropriate.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: imagemagick: Add inputs.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Add inputs fftw and lcms.

gnu: imagemagick: Update to 6.8.7-9.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.8.7-9.

gnu: qt: Update to 5.2.0.

* gnu/packages/qt.scm (qt): Update to 5.2.0.

guix package: allow multiple arguments after -i, -r, and -u.

* guix/scripts/package.scm (%options): Adapt option processors to accept and
  return a second seed value: 'arg-handler', which handles bare arguments (if
  not false).  The install, remove, and upgrade option processors return an
  arg-handler that repeat the same operation.  All other option processors
  return #f as the arg-handler.  Make the arguments to install and remove
  optional.  The upgrade option processor deletes (upgrade . #f) from the
  alist before adding a new entry.
  (guix-package): Procedures passed to 'args-fold*' accept the new seed value
  'arg-handler'.  The 'operand-proc' uses 'arg-handler' (if not false).

* doc/guix.texi (Invoking guix package): Update docs.

* tests/guix-package.sh: Add test.

gnu: libxml2: Fixed cross-compilation.

* gnu/packages/xml.scm (libxml2): assign "cross-libc"
  to the variable glibc.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: tzdata: Fix cross-compilation.

Reported by John Darrington <john@darrington.wattle.id.au>.

* gnu/packages/base.scm (tzdata): Use the 'source' keyword argument in
  phases rather than the "source" input.  This fixes cross-compilation.

pull: Compile guix/ files before gnu/ files.

* guix/scripts/pull.scm (unpack)[builder]: Build files under guix/
  before files under gnu/.

pull: Compile files in parallel.

* guix/scripts/pull.scm (unpack)[builder](compile-file*): Remove.
  (call-with-process, p-for-each): New procedures.  Use them to compile
  files in parallel.

pull: Limit memory usage when compiling.

Reported by Arne Babenhauserheide <arne.babenhauserheide@kit.edu>.

* guix/scripts/pull.scm (unpack)[builder](compile-file*): Change to run
  'compile-file' in a child process.  This limits memory usage; before
  that memory usage was proportional to the number of files to compile.

gnu: icecat: Further analyse the failure of using system libpng and libjpeg.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat): Add comments.

gnu: file: Fixed cross-compilation.

* gnu/packages/file.scm (file): [(eq? (%current-target-system) #f)] Add native-inputs.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: icecat: Build without debugging symbols; use some of the system libs.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat): Add 'native-inputs'.  Add bzip2,
  libevent, libffi, and zlib as inputs.  Add #:configure-flags.  Change
  'configure' phase to honor it.

gnu: idutils: Add Emacs as an input so idutils.el gets compiled and installed.

* gnu/packages/idutils.scm (idutils): Add Emacs to 'native-inputs'.

gnu: global: Install the elisp file under $out/share/emacs/site-lisp.

* gnu/packages/global.scm (global)[arguments]: Add #:phases.

gnu: ffmpeg: Check via "make fate".

* gnu/packages/patches/ffmpeg-check.patch: Drop patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Unregister patch.
* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Drop patch and use "fate" as test target
    as recommended at http://trac.ffmpeg.org/ticket/3177#comment:11 .
* gnu/packages/video.scm

gnu: libtasn1: Upgrade to 3.4.

* gnu/packages/gnutls.scm (libtasn1): Upgrade to 3.4.  Add
  'native-inputs' field.

build: Skip one 'package-source-derivation' test when networking is missing.

* tests/packages.scm ("package-source-derivation, snippet"): Skip when
  networking is missing.

gnu: guix: Upgrade to 0.5.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Upgrade to 0.5.  Update
  the bootstrap binaries; add mips64el; add
  'guix-test-networking.patch'.

build: Bump to version 0.6.

* configure.ac: Switch to 0.6.

Update 'NEWS'.

build: Remove '..' from srcdir/builddir in 'pre-inst-env'.

* pre-inst-env.in (abs_top_srcdir, abs_top_builddir): New variables.
  Use them instead of @abs_top_srcdir@ and @abs_top_builddir@.
  This fixes the "package-field-location, relative file name" test in
  'make distcheck'.

doc: Slightly improve the "System Configuration" node.

* doc/guix.texi (System Configuration): Add paragraph on upgrades and
  rollback, moved from "Using the Configuration System".
  (Using the Configuration System): Change variable name to
  'komputilo'.  Add xref to "Package Modules".

gnu: gdb: Upgrade to 7.6.2.

* gnu/packages/gdb.scm (gdb): Update to 7.6.2.

gnu: vm: Increase size of VM image.

* gnu/system/vm.scm (system-qemu-image): Add 'disk-image-size'
  parameter; increase it.

store: Optimize 'store-path-package-name' and 'store-path-hash-part'.

* guix/store.scm (store-regexp*): New procedure.
  (store-path-package-name, store-path-hash-part): Use it.

store: Add tests for 'store-path-package-name'.

* tests/store.scm ("store-path-package-name", "store-path-package-name
  #f"): New tests.

Update '.po' files.

NEWS: Small changes.

NEWS: Typos and very minor changes.

Update 'NEWS'.

gnu: Honor the operating system's locale and timezone.

* gnu/system.scm (etc-directory): Add 'locale' and 'timezone'
  parameters.  Set 'LC_ALL', 'TZ', and 'TZDIR' in /etc/profile.
  (operating-system-derivation): Adjust call accordingly.
* gnu/system/vm.scm (%demo-operating-system): Change locale to
  'en_US.UTF-8'.  Add TZDATA to 'packages'.

hydra: Add zlib, gzip, and xz to the core package set.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (%core-packages): Add zlib, gzip, and xz.

gnu: compression: Fix cross-compilation of zlib.

* gnu/packages/compression.scm : Zlib uses a non-standard
  way of configuring for cross-compilation.  Thanks to Ludovic
  for showing me the correct way to fix this.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: First stab at documenting whole-system configuration.

* doc/guix.texi (Features): Add xref to "Using the Configuration
  System".
  (System Configuration, Using the Configuration System, Defining
  Services): New nodes.

gnu: Allow a plain list of packages in 'operating-system'.

* gnu/system.scm (union): Allow (PACKAGE OUTPUT), (PACKAGE), and
  PACKAGE.
  (<operating-system>)[packages]: Make the default a list of package?
  objects.
* gnu/system/vm.scm (%demo-operating-system): Likewise.  Add a few
  packages.

gnu: Add 'inputs' field to <user-account>; make 'shell' a monadic value.

* gnu/system/shadow.scm (<user-account>)[inputs]: New field.
  (passwd-file): Bind the 'shell' field of each account.
* gnu/system/vm.scm (%demo-operating-system): Remove 'shell' field.
* gnu/system/dmd.scm (guix-build-accounts): Store a monadic value in
  'shell'.  Add 'inputs' field.
* gnu/system.scm (operating-system-derivation): Remove 'shell' field for
  'root' account.  Add all the 'user-account-inputs' to EXTRAS.

gnu: dmd: Avoid "already exists" error on startup.

* gnu/system/dmd.scm (dmd-configuration-file)[config]: Remove
  "/var/nix/gcroots/etc-directory" before trying to recreate it.

gnu: Add (gnu system).

* gnu/system/vm.scm (lower-inputs): Move to monads.scm.
  (qemu-image): Don't add GRUB-CONFIGURATION to the INPUTS-TO-COPY.
  (union, file-union, etc-directory): Move to gnu/system.scm.
  (%demo-operating-system): New variable.
  (system-qemu-image): Add 'os' parameter.  Rewrite in terms of
  'operating-system-derivation'.
* guix/monads.scm (lower-inputs): New procedure.
* gnu/system/grub.scm (grub-configuration-file): Change 'entries' to be
  a plain list instead of a list of monadic values.
* gnu/system.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

monads: Fix 'anym'.

* guix/monads.scm (anym): Fix successful case.
* tests/monads.scm ("anym"): New test.

gnu: perl-xml-dom: Propagate inputs.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-dom): Drop inputs that are obtained through
    propagation, propagate the other inputs.

gnu: perl-libxml: Propagate input.

* gnu/packages/xml.scm (perl-libxml): Propagate input perl-xml-parser.

gnu: perl-http-message: Propagate input perl-http-date.

* gnu/packages/web.scm (perl-http-message): Propagate input perl-http-date.
* gnu/packages/web.scm (perl-http-cookies, perl-http-daemon): Drop input perl-http-date.

gnu: perl-libwww: Propagate all inputs.

* gnu/packages/web.scm (perl-libwww): Drop inputs that appear through
    propagation, and propagate all others.

gnu: perl-file-listing: Propagate input.

* gnu/packages/web.scm (perl-file-listing): Propagate input perl-http-date.

gnu: perl-www-robotrules: Propagate input.

* gnu/packages/web.scm (perl-www-robotrules): Propagate input perl-uri.

gnu: perl-http-negotiate: Propagate input.

* gnu/packages/web.scm (perl-http-negotiate): Propagate input
    perl-http-message, drop input perl-uri (propagated by perl-http-message).

gnu: perl-http-daemon: Propagate inputs.

* gnu/packages/web.scm (perl-http-daemon): Propagate inputs perl-http-date,
    perl-http-message and perl-lwp-mediatypes; drop input perl-uri
    (propagated by perl-http-message).

gnu: perl-http-cookies: Propagate inputs.

* gnu/packages/web.scm (perl-http-cookies): Propagate inputs perl-http-date
    and perl-http-message; drop input perl-uri (itself propagated from
    perl-http-message).

gnu: perl-http-message: Propagate input perl-uri.

* gnu/packages/web.scm (perl-http-message): Propagate input perl-uri,
    since "perl -MHTTP::Message" complains that it is missing.

gnu: Add perl-xml-dom.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-dom): New variable.

gnu: Add perl-libwww.

* gnu/packages/web.scm (perl-libwww): New variable.

gnu: Add perl-encode-locale.

* gnu/packages/web.scm (perl-encode-locale): New variable.

gnu: Add perl-file-listing.

* gnu/packages/web.scm (perl-file-listing): New variable.

gnu: Add perl-file-list.

* gnu/packages/perl.scm (perl-file-list): New variable.

build-system/perl: Honour phases argument in perl build system.

* guix/build-system/perl.scm (perl-build): Propagate phases argument to
    builder.

gnu: rcs: Update to 5.9.2.

* gnu/packages/version-control.scm (rcs): Update to 5.9.2.

gnu: parallel: Update to 20131122.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20131122.

gnu: Populate /etc upon startup.

* gnu/packages/patches/dmd-getpw.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/system.scm (dmd): Use it.
* gnu/system/vm.scm (system-qemu-image): Don't explicitly populate /etc;
  don't add ETC to the GC roots.
* gnu/system/dmd.scm (dmd-configuration-file): Add 'etc' parameter.
  [config]: Populate /etc from there.

gnu: Add perl-net-http.

* gnu/packages/web.scm (perl-net-http): New variable.

gnu: Add perl-www-robotrules.

* gnu/packages/web.scm (perl-www-robotrules): New variable.

gnu: Add perl-http-negotiate.

* gnu/packages/web.scm (perl-http-negotiate): New variable.

gnu: bison: Update to 3.0.2.

* gnu/packages/bison.scm (bison): Update to 3.0.2.

gnu: Add perl-http-daemon.

* gnu/packages/web.scm (perl-http-daemon): New variable.

gnu: Add perl-http-cookies.

* gnu/packages/web.scm (perl-http-cookies): New variable.

gnu: Add perl-http-message.

* gnu/packages/web.scm (perl-http-message): New variable.

gnu: Add perl-io-html.

* gnu/packages/web.scm (perl-io-html): New variable.

gnu: Add perl-lwp-mediatypes.

* gnu/packages/web.scm (perl-lwp-mediatypes): New variable.

gnu: Add perl-uri.

* gnu/packages/web.scm (perl-uri): New variable.

gnu: Add perl-http-date.

* gnu/packages/web.scm (perl-http-date): New variable.

gnu: Add perl-html-parser.

* gnu/packages/web.scm (perl-html-parser): New variable.

gnu: Add perl-html-tagset.

* gnu/packages/web.scm (perl-html-tagset): New variable.

gnu: Rename perl-xml-parser-perlsax to perl-libxml.

* gnu/packages/xml.scm (perl-libxml): Rename from perl-xml-parser-perlsax.

gnu: dmd: Add 'pam-services' field to <service>.

* gnu/system/dmd.scm (<service>)[pam-services]: New field.
  (mingetty-service): Add #:motd and #:allow-empty-passwords?
  parameters.  Add MOTD to 'inputs' field; add 'pam-services' field.
* gnu/system/vm.scm (system-qemu-image): Aggregate PAM entries from
  SERVICES.

gnu: vm: Fix inputs in 'file-union'.

* gnu/system/vm.scm (file-union): Filter out members of FILES that are
  outputs of INPUTS.

gnu: dmd: Add 'user-accounts' and 'user-groups' fields to <service>.

* gnu/system/shadow.scm (guix-build-accounts): Move to...
* gnu/system/dmd.scm (guix-build-accounts): ... here.
  (<service>)[user-accounts, user-groups]: New fields.
  (guix-service): New #:build-user-id and #:build-accounts parameters.
  Use 'guix-build-accounts' and set the 'user-accounts' and
  'user-groups' fields accordingly.
* gnu/system/vm.scm (system-qemu-image): Remove use of
  'guix-build-accounts'.  Augment ACCOUNTS and GROUPS from what SERVICES
  demand.

doc: Adjust "Building from Git" instructions.

* HACKING (Building from Git): As a follow-up to ff1cbb9, update the
  error reported when pkg.m4 is missing.  Suggested by
  John Darrington <john@darrington.wattle.id.au>.

gnu: Move /etc/resolv.conf handling to the networking service.

* gnu/system/vm.scm (etc-directory): Remove 'resolv.conf'.
  (system-qemu-image): Use 'static-networking-service' with
  #:name-servers.  Don't populate the image with /etc/resolv.conf.
* gnu/system/dmd.scm (static-networking-service): Add #:name-servers
  parameter.  Use it to populate /etc/resolv.conf.

gnu: vm: Factorize /etc creation.

* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm)[lower-inputs]:
  Move to top-level...
  (lower-inputs): ... here.  New variable.
  (file-union, etc-directory): New procedures.
  (system-qemu-image): Use 'etc-directory'; remove redundant code, and
  register the result of 'etc-directory' as a GC root.