Merge branch 'version-1.2.0' of ssh://git.sv.gnu.org/srv/git/guix into version-1.2.0

gnu: python-pysam: Update to version 0.16.0.1.

The check phase was failing with:

starting phase `check'
make: Entering directory '...drv-0/python-pysam-0.15.1-checkout/tests/pysam_data'
samtools faidx ex1.fa
samtools import ex1.fa.fai ex1.sam.gz ex1.bam
[main] "samtools import" has been removed. Please use "samtools view" instead.
make: *** [Makefile:56: ex1.bam] Error 1

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pysam): Update to version 0.16.0.1.
[phases]{check}: Delete a couple more failing test files.
[native-inputs]: Add python-pytest.

gnu: guix: Update to 3ba6ffd.

gnu: guix: Update to 1.2.0rc1.

Update NEWS.

gnu: glib: Graft patch to detect changes to the installed applications.

Fixes <https://bugs.gnu.org/35594>.
Reported by sirgazil <sirgazil@zoho.com> and others.

* gnu/packages/patches/glib-appinfo-watch.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/glib.scm (glib)[replacement]: New field.
(glib-with-gio-patch): New variable.
(glib-with-documentation): Use 'package/inherit'.

maint: Use 'guix' instead of 'guile3.0-guix' for the binary tarball.

* Makefile.am (GUIX_FOR_BINARY_TARBALL): Change to 'guix'.

gnu: python-flask-basicauth: Fix indentation.

* gnu/packages/python-web.scm (python-flask-basicauth): Fix indentation.

gnu: python-flask-basicauth: Fix build.

* gnu/packages/python-web.scm (python-flask-basicauth)[phases]: Add a
'fix-imports phase.

maint: update-guix-package: Optionally add sources to store.

Following discussions in <https://issues.guix.gnu.org/43893>, keeping a copy
of the updated package source is desirable when generating a release.

* build-aux/update-guix-package.scm (version-controlled?): Remove variable.
(call-with-temporary-git-worktree): Renamed from
'with-temporary-git-worktree'.  Update doc.  Do not change directory
implicitly.  Define as a procedure, not a syntax.
(keep-source-in-store): New procedure.
(main): Adjust to use with call-with-temporary-git-worktree.  Add the sources
to the store when GUIX_ALLOW_ME_TO_USE_PRIVATE_COMMIT is set.  Exit gracefully
when FIND-ORIGIN-REMOTE returns #f.
(%savannah-guix-git-repo-push-url-regexp): Adjust match for a potential colon
separator.
* Makefile.am (GUIX_ALLOW_ME_TO_USE_PRIVATE_COMMIT): Adjust.
* .dir-locals.el (scheme-mode): Remove entry for with-temporary-git-worktree.
* doc/contributing.texi (Updating the Guix Package): Update doc.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

nls: Update string translations.

nls: Update translations of the manual.

nls: Update translations of the manual.

nls: Update 'ta' translation.

lint: patch-file-names: Simplify 'search-patch' error handling.

* guix/lint.scm (check-patch-file-names): Remove 'message-condition?'
guard, which is useless since d51bfe242fbe6f3f8f71d723e8fe0c7bbe711ba1.
Remove call to 'format' in the 'formatted-message?' case.

publish: Increase TCP buffer size when sending non-cached nars.

This increases throughput tenfold (!) on localhost when downloading
large nars without '--cache'.  This is a followup to
5e3d169945935b53325e6b738a307ba286751259.

Reported by Maxim Cournoyer.

* guix/scripts/publish.scm (http-write): In the
'application/x-nix-archive' case, add call to 'setsockopt'.

vm: expression->derivation-in-linux-vm: Run in a UTF-8 locale.

* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm): Add calls to
'setenv' and 'setlocale'.

gnu: audiofile: Shorten patch file names.

At least 'audiofile-division-by-zero-BlockCodec-runPull.patch' could end
up not being included in a tarball.

* gnu/packages/patches/audiofile-Check-the-number-of-coefficients.patch:
Rename to...
* gnu/packages/patches/audiofile-check-number-of-coefficients.patch:
... this.
* gnu/packages/patches/audiofile-division-by-zero-BlockCodec-runPull.patch:
Rename to...
* gnu/packages/patches/audiofile-division-by-zero.patch: ....this.
* gnu/packages/patches/audiofile-signature-of-multiplyCheckOverflow.patch:
Rename to...
* gnu/packages/patches/audiofile-function-signature.patch: ... this.
* gnu/packages/patches/audiofile-Fix-multiply-overflow-sfconvert.patch:
Rename to....
* gnu/packages/patches/audiofile-multiply-overflow.patch: ... this.
* gnu/packages/patches/audiofile-Fix-overflow-in-MSADPCM-decodeSam.patch:
Rename to...
* gnu/packages/patches/audiofile-overflow-in-MSADPCM.patch: ... this.
* gnu/packages/audio.scm (audiofile)[source]: Adjust accordingly.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Likewise.

gnu: python2-pygobject@2: Shorten patch file name.

The file would not be included in the tarball produced by "make dist"
because its name was too long.

* gnu/packages/patches/python2-pygobject-2-gi-info-type-error-domain.patch:
Rename to...
* gnu/packages/patches/python2-pygobject-2-deprecation.patch: ... this.
* gnu/packages/glib.scm (python2-pygobject-2)[source]: Adjust accordingly.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Likewise.

ui: Use the right accessor when reporting '&gexp-input-error'.

* guix/ui.scm (call-with-error-handling): In the 'gexp-input-error?'
case, use 'gexp-error-invalid-input' as the accessor.

vm: 'system-qemu-image' forces the use of i386/BIOS GRUB.

Fixes <https://bugs.gnu.org/44511>.
Reported by Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>.

* gnu/system/vm.scm (system-qemu-image): Add 'bootloader' field to OS.

Update NEWS.

machine: ssh: Do not import the host (guix config).

* gnu/machine/ssh.scm (machine-boot-parameters): Use 'make-config.scm'
for (guix config).

publish: Create files in the cache as #o644.

Reported by Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>.

* guix/scripts/publish.scm (compress-nar): Add 'chmod' call to ensure
PORT is #o644, in the uncompressed case.
(bake-narinfo+nar): Likewise for the narinfo file.
* tests/publish.scm ("with cache"): Check permissions on CACHED and NAR.

services: nginx: Re-introduce server-names-hash-bucket-size.

This was unintentionally removed in
00014f769233facebd84f13a00b10032a22cb440.

* gnu/services/web.scm (default-nginx-config): Re-introduce processing
of server-names-hash-bucket-size option.

installer: parted: Add debug output.

* gnu/installer/parted.scm (mkpart): Log partition creation.

gnu: cross-base: Move glibc Hurd patches to 'inputs'.

Fixes "guix build --target=i586-pc-gnu bootstrap-tarballs".

* gnu/packages/cross-base.scm (cross-libc): Move Hurd patches from
'native-inputs' to 'inputs'.

image: Offload "disk-image" derivations.

This is a followup to 99efa804bd6df5de4760ec5974ed2297f1746366.

* gnu/system/image.scm (system-disk-image): Pass #:local-build? #f to
'computed-file'.

maint: Reduce the package set for "i586-gnu".

* etc/release-manifest.scm (%base-packages/hurd): New variable.
(%base-manifest): Use it when SYSTEM is "i586-gnu".

installer: Limit listbox height.

Fixes: <https://issues.guix.gnu.org/44428>.

* gnu/installer/newt.scm (init): Print screen size.
* gnu/installer/newt/page.scm (default-listbox-height): New variable.
(run-listbox-selection-page): Use it.
* gnu/installer/newt/wifi.scm (wifi-listbox-height): Ditto.
* gnu/installer/newt/network.scm (run-technology-page): Set the maximum
listbox height to 5.
* gnu/installer/newt/ethernet.scm (run-ethernet-page): Ditto.
* gnu/installer/newt/final.scm (run-config-display-page): Change listbox
height.
* gnu/installer/newt/partition.scm (run-disk-page): Ditto.
* gnu/installer/newt/welcome.scm (display-logo?): New procedure.
(run-menu-page): Use it.
* gnu/installer/steps.scm (%configuration-file-width): Remove it.

Update NEWS.

Update NEWS.

tests: nfs-root-fs: Use the right store file name.

* gnu/tests/nfs.scm (run-nfs-root-fs-test): Pass "nfs-root-fs-test" as
the first argument to 'gexp->derivation'.

tests: git-http: Avoid race condition.

* gnu/tests/version-control.scm (run-git-http-test)[test]("fcgiwrap
listens"): New test.

gnu: libffi: Fix building on powerpc.

* gnu/packages/libffi.scm (libffi)[inputs]: New field.
[arguments]: Add 'apply-patch' phase when targeting PowerPC.
* gnu/packages/patches/libffi-3.3-powerpc-fixes.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: mpd: Remove race condition; use default MPD configuration.

* gnu/tests/audio.scm (%mpd-os): Use the default 'mpd-configuration'.
(run-mpd-test)[test]("mpd listening"): New test.
("mpc connect"): Use 'system*' and 'test-equal'.

services: mpd: Fix daemon startup.

Until now it would wait for a PID file that'd never come.

* gnu/services/audio.scm (mpd-shepherd-service): Add 'requirement'.
Remove #:pid-file from 'start'.
(mpd-service-activation): Create the ".mpd" directory since that's what
the daemon expects.

services: mpd: Always create the "mpd" user account.

* gnu/services/audio.scm (%mpd-accounts): New variable.
(mpd-service-type)[extensions]: Add ACCOUNT-SERVICE-TYPE extension.

ui: Add missing format argument in 'warn-about-load-error'.

* guix/ui.scm (warn-about-load-error): Add missing argument to 'warning'.

tests: Test "guix system search .".

This is a followup to 0c5d0c57d370b34f3ba677838deaa8baf7bca58a.

* tests/guix-system.sh: Run "guix system search .".

tests: docker-system: Increase VM memory.

The test was failing with ENOSPC.

* gnu/tests/docker.scm (run-docker-system-test)[vm]: Increase 'memory-size'.
(%test-docker-system): Change 'locale-libcs' for the OS passed to
'system-docker-image'.

services: mpd: Do not eagerly look for a user.

Running 'guix system search mpd' would throw a backtrace because the
mpd-shepherd-service service start Gexp contained an unquoted call to
'getpwnam', which would look for a missing 'mpd' user and fail.

* gnu/services/audio.scm (mpd-shepherd-service): gexp-unquote only the
relevant variable rather than the whole expression.

Update NEWS.

gnu: chromium: Silent 'local-file' warning.

This is a followup to fddc87063231f8f9aa22bbbc5bca4a46b9bbf004.

* gnu/packages/chromium.scm (%guix-patches): Use 'assume-valid-file-name'.

services: Remove imports of (ice-9 …) modules.

* gnu/services/monitoring.scm (zabbix-server-activation): Remove (ice-9
rdelim) from the imported modules.
(zabbix-agent-activation): Likewise.
* gnu/tests/mail.scm (run-exim-test)[test]: Remove (ice-9 ftw) from the
imported modules.

pack: Do not include the host (guix config).

* guix/scripts/pack.scm (store-database)[build]: Import a
synthetic (guix config).

shepherd: Remove dependency on (guix utils).

Since commit 8ce6f4dc2879919c12bc76a2f4b01200af97e019, importing this
module in a gexp would pull in (guix config) from the host, thereby
leading to non-reproducible derivations.  Users in (gnu services ...) do
not expect that so simply remove the (guix utils) dependency for now.

* gnu/build/shepherd.scm (fork+exec-command/container)[strip-pid]: New
procedure.
Use it instead of 'strip-keyword-arguments'.

gexp: Warn when importing (guix config) or (ice-9 …).

While importing those modules from the host system is valid, it is often
a mistake that introduces non-reproducibility.  This patch prints a
warning when that happens.

* guix/gexp.scm (gexp-attribute): Add #:validate parameter and honor it.
(gexp-modules)[validate-modules]: New procedure.
Pass it to 'gexp-attribute'.
* tests/gexp.scm ("gexp-modules, warning"): New test.

gexp: Store the source code location in <gexp>.

* guix/gexp.scm (<gexp>)[location]: New field.
(gexp-location): New procedure.
(write-gexp): Print the location of GEXP.
(gexp->derivation): Adjust call to 'make-gexp'.
(gexp): Likewise.

image: Error out when passed an unsupported partition type.

* gnu/build/image.scm (make-partition-image): Use 'raise' instead of
'format' when TYPE is not supported.
(convert-disk-image): Remove unneeded 'begin'.

gnu: dump1090: Update to 4.0.

* gnu/packages/radio.scm (dump1090): Update to 4.0.

gnu: virt-viewer: Enable VNC support.

* gnu/packages/spice.scm (virt-viewer)[inputs]: Add gtk-vnc.

gnu: praat: Update to 6.1.30.

* gnu/packages/language.scm (praat): Update to 6.1.30.

gnu: python-audioread: Update to 2.1.9.

* gnu/packages/mp3.scm (python-audioread): Update to 2.1.9.

gnu: toxic: Update to 0.8.4.

* gnu/packages/messaging.scm (toxic): Update to 0.8.4.

gnu: libnice: Update to 0.1.18.

* gnu/packages/networking.scm (libnice): Update to 0.1.18.
[arguments]: Add a new ‘disable-failing-test’ phase.

gnu: lldpd: Omit static library.

* gnu/packages/networking.scm (lldpd)[arguments]: Add ‘--disable-static’
to the #:configure-flags.

gnu: lldpd: Update to 1.0.7.

* gnu/packages/networking.scm (lldpd): Update to 1.0.7.

gnu: fldigi: Update to 4.1.15.

* gnu/packages/radio.scm (fldigi): Update to 4.1.15.

gnu: python-sphinx-intl: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/sphinx.scm (python-sphinx-intl): Update to 2.0.1.

gnu: oil: Update to 0.8.3.

* gnu/packages/shells.scm (oil): Update to 0.8.3.

gnu: xl2tpd: Update to 1.3.16.

* gnu/packages/vpn.scm (xl2tpd): Update to 1.3.16.

gnu: i3-gaps: Update to 4.18.3.

* gnu/packages/wm.scm (i3-gaps): Update to 4.18.3.

gnu: i3-wm: Update to 4.18.3.

* gnu/packages/wm.scm (i3-wm): Update to 4.18.3.

gnu: vera: Update to 1.24.

* gnu/packages/dictionaries.scm (vera): Update to 1.24.
[arguments]: Replace problematic (non-)character.

gnu: php: Move a test disablement.

* gnu/packages/php.scm (php)[arguments]: Disable bug73837.phpt under a
more appropriate comment section.

gnu: colord: Update to 1.4.5.

* gnu/packages/gnome.scm (colord): Update to 1.4.5.

gnu: zeitgeist: Update to 1.0.3.

* gnu/packages/gnome.scm (zeitgeist): Update to 1.0.3.

gnu: gpxsee: Update to 7.35.

* gnu/packages/gps.scm (gpxsee): Update to 7.35.

gnu: wavemon: Update to 0.9.2.

* gnu/packages/hardware.scm (wavemon): Update to 0.9.2.
[source]: Add two bonus upstream commits as patches.

gnu: python-djangorestframework: Update to 3.12.1.

* gnu/packages/django.scm (python-djangorestframework): Update to 3.12.1.

gnu: python-django@2.2: Update to 2.2.17.

* gnu/packages/django.scm (python-django-2.2): Update to 2.2.17.

gnu: python-django: Update to 3.1.3.

* gnu/packages/django.scm (python-django): Update to 3.1.3.

gnu: ungoogled-chromium: Fix hardware acceleration.

* gnu/packages/chromium.scm (ungoogled-chromium)[arguments]: Patch in absolute
file name of libGL.so, and install Chromiums own libEGL.so and libGLESv2.so.

gnu: ungoogled-chromium: Update to 86.0.4240.183-0.b68e17f [security fixes].

This fixes CVE-2020-16004, CVE-2020-16005, CVE-2020-16006, CVE-2020-16007,
CVE-2020-16008, CVE-2020-16009, and CVE-2020-16011.

* gnu/packages/chromium.scm (%ungoogled-revision, %ungoogled-origin): Update
to b68e17f.
(ungoogled-chromium): Update to 86.0.4240.183.

gnu: ungoogled-chromium: Add search path for installed extensions.

* gnu/packages/patches/ungoogled-chromium-extension-search-path.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/chromium.scm (%guix-patches): New variable.
(ungoogled-chromium-snippet): Apply %GUIX-PATCHES.
(ungoogled-chromium)[arguments]: Don't hard-code extensions directory.
[native-search-paths]: New field.

services: guix: Do not embed the host (guix config).

Fixes a bug whereby different users would get different derivations for
the same service.

* gnu/services/base.scm (guix-shepherd-service): In 'start' method, do
not embed (guix config).

vm: system-qemu-image: Fix type error, remove more actual file systems.

* gnu/system/vm.scm (system-qemu-image)[file-systems-to-keep]: Check
whether SOURCE is a string before calling 'string-prefix?'.  Remove
UUIDs and file system labels as well.

gnu: dump1090: Fix license.

* gnu/packages/radio.scm (dump1090)[license]: Use GPL2+.

gnu: Add Cantata.

* gnu/packages/mpd.scm (cantata): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: pam-krb5: Update source uri.

* gnu/packages/admin.scm (pam-krb5)[source]: Add archive location.

gnu: solaar: Update to 1.0.4.

* gnu/packages/admin.scm (solaar): Update to 1.0.4.
[arguments]: Remove custom 'fix-prefix-detection phase.

gnu: solaar: Update source uri.

* gnu/packages/admin.scm (solaar)[source]: Update source URI.

gnu: dstat: Update source uri.

* gnu/packages/admin.scm (dstat)[source]: Update to new source URI.

gnu: thermald: Update to 2.2.

* gnu/packages/admin.scm (thermald): Update to 2.2.
[arguments]: Remove sysconfdir flag from configure-flags.
[native-inputs]: Add autoconf-archive.

gnu: thermald: Update source uri.

* gnu/packages/admin.scm (thermald)[source]: Update to new source URI.

git-annex: Enable pairing and assistant features.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (git-annex): Add appropriate
  dependencies and adjust flags to enable "assistant" and "pairing"
  features.

gnu: Add ghc-network-multicast.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-network-multicast): New variable.

gnu: Add ghc-mountpoints.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-mountpoints): New variable.

gnu: guix: Update to 5e7cf66.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 5e7cf66.

publish: Do not path the empty string to 'query-path-info'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/44442>.
Regression introduced in 2b2ab7796ac186d88060793b8873fc0e21462758.

* guix/scripts/publish.scm (render-nar/cached): Do not call
'bypass-cache?' when ITEM is the empty string.
* tests/publish.scm ("with cache, cache bypass, unmapped hash part"):
New test.

gnu: Add bsd-games.

* gnu/packages/games.scm (bsd-games): New variable.

New patches, taken from Arch and Debian:
* gnu/packages/patches/bsd-games-2.17-64bit.patch
* gnu/packages/patches/bsd-games-bad-ntohl-cast.patch
* gnu/packages/patches/bsd-games-gamescreen.h.patch
* gnu/packages/patches/bsd-games-getline.patch
* gnu/packages/patches/bsd-games-null-check.patch
* gnu/packages/patches/bsd-games-number.c-and-test.patch
* gnu/packages/patches/bsd-games-prevent-name-collisions.patch
* gnu/packages/patches/bsd-games-stdio.h.patch

New patches with our customizations (configure-config built after Arch's):
* gnu/packages/patches/bsd-games-add-configure-config.patch
* gnu/packages/patches/bsd-games-add-wrapper.patch
* gnu/packages/patches/bsd-games-dont-install-empty-files.patch

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-vdiff: Update to 0.2.4.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-vdiff): Update to 0.2.4.

gnu: java-fasterxml-jackson-dataformat-xml: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/java.scm (java-fasterxml-jackson-dataformat-xml)[source]:
Download using git-fetch.

gnu: java-woodstox-core: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/java.scm (java-woodstox-core)[source]: Download using
git-fetch.

gnu: skopeo: Build documentation.

* gnu/packages/virtualization.scm (skopeo)[native-inputs]: Add
go-github-com-go-md2man.
[arguments]<phases>{build-docs}: New phase.
{install}: Update make target to install manpages. Install example
configuration.

gnu: vim: Update to 8.2.1947.

* gnu/packages/vim.scm (vim): Update to 8.2.1947.

gnu: synapse: Update to 1.22.1.

* gnu/packages/matrix.scm (synapse): Update to 1.22.1.
[propagated-inputs]: Add python-packaging.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: haunt: Update home page.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (haunt)[home-page]: Update.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: archivemount: Update to 0.9.1.

* gnu/packages/linux.scm (archivemount): Update to 0.9.1.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>