gnu: rcs: Fix build against gcc-5.4.0.

* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add patch.
* gnu/packages/patches/rcs-5.9.4-noreturn.patch: New file.
* gnu/packages/version-control.scm (rcs)[source]: Applied patch.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: gfortran-5: Move definition before "gfortran".

This is a follow-up to commit cb4805e34c9997edca14743516b9a0fde6303d1c.

* gnu/packages/gcc.scm (gfortran-5): Move definition.

gnu: gfortran: Change default version to gfortran-5.

* gnu/packages/gcc.scm (gfortran): Point to gfortran-5.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into core-updates

gnu: dtc: Build with flex-2.6.1.

* gnu/packages/bootloaders.scm (dtc)[native-inputs]: Use flex-2.6.1 and
not flex.

gnu: idris: Update to 0.99.1.

* gnu/packages/idris.scm (idris): Update to 0.99.1.
[inputs]: Add ghc-code-page.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add ghc-code-page.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-code-page): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: star: Update to 2.5.3a.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (star): Update to 2.5.3a.

gnu: scotch: Build with flex-2.6.1.

* gnu/packages/maths.scm (scotch)[native-inputs]: Use flex-2.6.1 and not
flex.

gnu: libffcall: Remove aarch64-linux from supported systems.

* gnu/packages/libffcall.scm (libffcall)[supported-systems]: New field,
remove aarch64-linux.
[home-page]: Use https.

gnu: youtube-dl: Update to 2017.03.22.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2017.03.22.

gnu: python-natsort: Update to 5.0.2.

* gnu/packages/python.scm (python-natsort): Update to 5.0.2.

gnu: python2-futures: Update to 3.0.5.

* gnu/packages/python.scm (python2-futures): Update to 3.0.5.

gnu: python-rauth: Update to 0.7.3.

* gnu/packages/python.scm (python-rauth): Update to 0.7.3.

gnu: python-ipaddress: Update to 1.0.18.

* gnu/packages/python.scm (python-ipaddress): Update to 1.0.18.

gnu: python-appdirs: Update to 1.4.3.

* gnu/packages/python.scm (python-appdirs): Update to 1.4.3.

gnu: python-beautifulsoup4: Update to 4.5.3.

* gnu/packages/python.scm (python-beautifulsoup4): Update to 4.5.3.

gnu: python-drmaa: Update to 0.7.7.

* gnu/packages/python.scm (python-drmaa): Update to 0.7.7.

gnu: python-sqlalchemy-utils: Update to 0.32.13.

* gnu/packages/python.scm (python-sqlalchemy-utils): Update to 0.32.13.

gnu: python-pafy: Update to 0.5.3.1.

* gnu/packages/python.scm (python-pafy): Update to 0.5.3.1.

gnu: gpsbabel: Fix a build failure with GCC 5.

* gnu/packages/gps.scm (gpsbabel)[arguments]: Add -fPIC to #:configure-flags.

gnu: libffcall: Set source file-name.

* gnu/packages/libffcall.scm (libffcall)[source]: Add file-name field.
[home-page]: Use https.

gnu: chicken: Update to 4.12.0.

* gnu/packages/scheme.scm (chicken): Update to 4.12.0.

gnu: wine: Build with flex-2.6.1.

* gnu/packages/wine.scm (wine)[native-inputs]: Use flex-2.6.1 and not
flex.

gnu: binutils-vc4: Build with flex-2.6.1.

* gnu/packages/embedded.scm (binutils-vc4)[native-inputs]: Use
flex-2.6.1 and not flex.

gnu: dovecot: Update to 2.2.28.

* gnu/packages/mail.scm (dovecot): Update to 2.2.28.

gnu: rustc: Honor max line length.

* gnu/packages/rust.scm (rustc)[arguments]: patch-tests: Honor max line
length.

gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to 73a4645.

gnu: binutils-vc4: Set source file-name.

* gnu/packages/embedded.scm (binutils-vc4)[source]: Add file-name field.

build: 'test-driver.scm' prints Scheme values with 'write'.

Previously it would print them with 'display', which was inconvenient.

* build-aux/test-driver.scm (test-display): Use ~S for VALUE.
(test-runner-gnu): Use 'format' instead of 'test-display' for the test
name, location, and result kind.

tests: Skip 'guix pack' test when networking is unavailable.

* tests/pack.scm ("self-contained-tarball"): Skip unless (network-reachable?).

tests: Fix 'cond-expand' clause for 2.2/2.0.

Fixes a mistake in a9a0227c0127e1813190a7664f7ad858e791480d.

* tests/store.scm ("current-build-output-port, UTF-8 + garbage"):
Inverse the 'cond-expand' clauses since the 'guile-2.0' feature doesn't
exist.

gnu: freeimage: Fix build with GCC 5.

* gnu/packages/patches/freeimage-fix-build-with-gcc-5.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/image.scm (freeimage)[source]: Add patch.

gnu: autoconf-archive: Update to 2017.03.21.

* gnu/packages/autotools.scm (autoconf-archive): Update to 2017.03.21.

publish: Add '--nar-path'.

* guix/scripts/publish.scm (show-help, %options): Add '--nar-path'.
(%default-options): Add 'nar-path'.
(guix-publish): Honor it.

publish: Make the nar URL prefix a parameter.

* guix/scripts/publish.scm (narinfo-string): Add #:nar-path and honor it.
(render-narinfo): Likewise.
(make-request-handler): Likewise.
(run-publish-server): Likewise.
* tests/publish.scm ("custom nar path"): New test.

publish: Add '--public-key' and '--private-key'.

* guix/scripts/publish.scm (show-help, %options): Add --public-key and
--private-key.
* doc/guix.texi (Invoking guix publish): Document it.

publish: The public and private keys are now SRFI-39 parameters.

* guix/scripts/publish.scm (%default-options): Add 'public-key-file' and
'private-key-file'.
(lazy-read-file-sexp): Remove.
(%private-key, %public-key): Turn into SRFI-39 parameters.
(signed-string, render-narinfo): Adjust accordingly.
(guix-publish): Honor 'public-key-file' and 'private-key-file' from
OPTS.  Use 'parameterize'.
* guix/pk-crypto.scm (read-file-sexp): New procedure.
* tests/publish.scm: Initialize '%public-key' and '%private-key'.

gnu: guile: Add 'guile-next' as a deprecated alias.

This is a followup to f6396d862f9f8ce0c0e6894ce30599773167af0c.

* gnu/packages/guile.scm (guile-next): New variable.

gnu: rustc: End resultless phases in #t.

* gnu/packages/rust.scm (rustc): End resultless phases in #t.

gnu: python-pysam: Run tests in parallel.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pysam)[arguments]: Run nose tests in
parallel.

gnu: python-pysam: Run tests before installation.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pysam)[arguments]: Adjust check
phase to be run before installation.

gnu: python-pysam: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pysam): Update to 0.10.0.

gnu: python-pysam: Run tests in parallel.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pysam)[arguments]: Run nose tests in
parallel.

gnu: python-pysam: Run tests before installation.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pysam)[arguments]: Adjust check
phase to be run before installation.

gnu: python-pysam: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pysam): Update to 0.10.0.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into core-updates

gnu: perl-mojolicious: Update to 7.29.

* gnu/packages/perl-web.scm (perl-mojolicious): Update to 7.29.

gnu: perl-io-compress: Update to 2.074.

* gnu/packages/compression.scm (perl-io-compress): Update to 2.074.
[propagated-inputs]: Update minimum versions to 2.074.

gnu: perl-compress-raw-bzip2: Update to 2.074.

* gnu/packages/compression.scm (perl-compress-raw-bzip2): Update to 2.074.

gnu: perl-compress-raw-zlib: Update to 2.074.

* gnu/packages/compression.scm (perl-compress-raw-zlib): Update to 2.074.

gnu: openssh: Update to 7.5p1.

* gnu/packages/ssh.scm (openssh): Update to 7.5p1.

gnu: ntp: Update to 4.2.8p10 [security fixes].

Fixes CVE-2016-9042 and CVE-2017-{6451,6452,6455,6458,6459,6460,6462,6463,6464}
and others. See 'NEWS' in the source code for more information.

* gnu/packages/ntp.scm (ntp): Update to 4.2.8p10.

gnu: python-psycopg2: Update to 2.6.2.

* gnu/packages/python.scm (python-psycopg2): Update to 2.6.2.

gnu: python-zope-component: Update to 4.3.0.

* gnu/packages/python.scm (python-zope-component): Update to 4.3.0.
[source]: Use pypi-uri.

gnu: python-atomicwrites: Update to 1.1.5.

* gnu/packages/python.scm (python-atomicwrites): Update to 1.1.5.

gnu: python-texttable: Update to 0.8.7.

* gnu/packages/python.scm (python-texttable): Update to 0.8.7.

gnu: python-feedgenerator: Update to 1.9.

* gnu/packages/python.scm (python-feedgenerator): Update to 1.9.

gnu: python-wrapt: Update to 1.10.8.

* gnu/packages/python.scm (python-wrapt): Update to 1.10.8.
[source]: Use pypi-uri.

gnu: python-py: Update to 1.4.32.

* gnu/packages/python.scm (python-py): Update to 1.4.32.

gnu: python-sphinx-cloud-sptheme: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/python.scm (python-sphinx-cloud-sptheme): Update to 1.8.0.

gnu: python-wcwidth: Update to 0.1.7.

* gnu/packages/python.scm (python-wcwidth): Update to 0.1.7.
[source]: Use pypi-uri.

gnu: python-markdown: Update to 2.6.8.

* gnu/packages/python.scm (python-markdown): Update to 2.6.8.

gnu: dns: Return #t instead of something undefined.

* gnu/packages/dns.scm (yadifa, knot)[arguments]: Return #t after calling
‘substitute*’.
(knot)[source]: Return #t after calling ‘delete-file-recursively’.

file-systems: Add missing docstring.

* gnu/system/file-systems.scm (file-system-type-predicate): Add
docstring.

file-systems: Do not use (gnu packages …).

Fixes a regression introduced in
7208995426714c9fc3ad59cadc3cc0f52df0f018 whereby (gnu system
file-systems) would pull in (gnu packages …) module, which in turn
breaks when importing things like (gnu build shepherd).

* gnu/system/file-systems.scm (file-system-type-predicate): Export.
(file-system-packages): Move to...
* gnu/system/linux-initrd.scm (file-system-packages): ... here.  Add
docstring.
* gnu/services/base.scm: Use it.
* tests/file-systems.scm ("does not pull (gnu packages …)"): New test.

gnu: vapoursynth: Update to 37.

* gnu/packages/video.scm (vapoursynth): Update to 37.

gnu: zimg: Update to 2.5.

* gnu/packages/image.scm (zimg): Update to 2.5.

gnu: libesmtp: Add alternate source URL.

* gnu/packages/mail.scm (libesmtp)[source]: Add alternate URL.

gnu: python-pillow: Fix test failures with freetype-2.7.

* gnu/packages/patches/python-pillow-freetype-2.7-test-failure.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/python.scm (python-pillow, python2-pillow)[source]: Use it.

gnu: openblas: Add support for aarch64.

* gnu/packages/maths.scm (openblas)[arguments]: Mark aarch64 as
substitutable, build for target ARMv8.

tests: ssh: Add a test for SFTP.

* gnu/tests/ssh.scm (run-ssh-test): Introduce "SFTP file writing and reading".
Make 'sftp?' a keyword parameter.
(%test-openssh): Pass #:sftp? #t to 'run-ssh-test'.

tests: ssh: Abstract session connection and authentication.

* gnu/tests/ssh.scm (run-ssh-test): Introduce make-session-for-test,
call-with-connected-session and call-with-connected-session/auth.
(run-ssh-test)["connect"]: Rename to "shell command".  Abstract its session
connection and authentication work into the above three functions.

services: openssh: Add 'subsystems' option.

* gnu/services/ssh.scm (openssh-config-file): Add it.
(<openssh-configuration>)[subsystems]: Add it.
* doc/guix.texi (Networking Services): Document it.

services: openssh: Cosmetic changes.

* gnu/services/ssh.scm (<openssh-configuration>): Reformat to fit in 80
columns.

gnu: Add lmms.

* gnu/packages/music.scm (lmms): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add megaglest.

* gnu/packages/games.scm (megaglest): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add megaglest-data.

* gnu/packages/games.scm (megaglest-data): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: ots: Use 'modify-phases' syntax.

* gnu/packages/ots.scm (ots)[arguments]: Use 'modify-phases' syntax.

gnu: ots: Add download mirror.

* gnu/packages/ots.scm (ots)[source]: Add Debian mirror.

gnu: xf86-video-vmware: Fix build failure due to missing LLVM.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-vmware)[inputs]: Add llvm.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: libcmis: Update to 0.5.1.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libcmis): Update to 0.5.1.
[source]: Use new source URL. Remove obsolete patch
'libcmis-fix-test-onedrive.patch'.
[home-page]: Update URL.
* gnu/packages/patches/libcmis-fix-test-onedrive.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: x265: Fix build on aarch64.

* gnu/packages/video.scm (x265)[arguments]: On aarch64 add a
configure-flag to enable PIC.

gnu: Adjust asciidoc-related build options.

Commits 9099a45792306fade2d9ca55138e49ef4f01f1ea and
3078821d1380c26c738be6b5d430c595327d401f make many package inputs and
build configurations related to asciidoc obsolete.

* gnu/packages/compton.scm (compton)[inputs]: Remove docbook-xml,
libxml2 and libxslt.
* gnu/packages/mail.scm (offlinemap)[native-inputs]: Remove libxslt.
* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs)[native-inputs]: Remove docbook-xml.
(perf)[inputs]: Remove docbook-xml and libxslt.
* gnu/packages/text-editors.scm (kakoune)[native-inputs]: Remove libxslt.
* gnu/packages/version-control.scm (cgit)[native-inputs]: Remove
docbook-xml, docbook-xsl, libxml2 and libxslt.
(cvs-fast-export)[native-inputs]: Remove docbook-xml, docbook-xsl,
libxml2 and libxslt.
* gnu/packages/web.scm (qutebrowser)[native-inputs]: Remove docbook-xml,
docbook-xsl, libxml2, and libxslt.
(tinyproxy)[native-inputs]: Remove docbook-xml, docbook-xsl, libxml2 and
libxslt.
* gnu/packages/wm.scm (awesome)[make-flags]: Remove XML_CATALOG_FILES flag.
(i3-wm)[inputs]: Remove docbook-xml.
[native-inputs]: Add libxml2.

gnu: Add swaks.

* gnu/packages/mail.scm (swaks): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: git: Update to 2.12.1.

* gnu/packages/version-control.scm (git): Update to 2.12.1.

gnu: Add perl-ole-storage-lite.

* gnu/packages/perl.scm (perl-ole-storage-lite): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add perl-crypt-rc4.

* gnu/pakages/perl.scm (perl-crypt-rc4): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: kodi: Wrap executable so it finds libcurl.

* gnu/packages/kodi.scm (kodi)[arguments]: Add 'wrap' phase.

download: Handle username and password properties for FTP URIs.

* guix/build/download.scm (ftp-fetch): Process username and password from a URI.

ftp-client: Allow custom username and password for FTP servers.

* guix/ftp-client.scm (ftp-open): Add username and password arguments.

gnu: go@1.4, go@1.7: Skip test that fails with tzdata-2017a.

* gnu/packages/golang.scm (go-1.4, go-1.7)[arguments]: Disable the test
TestParseInLocation in 'prebuild' phase.

gnu: dtc: Update to 1.4.4.

* gnu/packages/bootloaders.scm (dtc): Update to 1.4.4.
[source]: Use mirror://kernel.org.

gnu: greenisland: Update to 0.9.0.1.

* gnu/packages/display-managers.scm (greenisland): Update to 0.9.0.1.

gnu: vim: Update to 8.0.0494.

* gnu/packages/patches/vim-CVE-2017-5953.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.
* gnu/packages/vim.scm (vim, vim-full): Update to 8.0.0494.
[source]: Remove patch.
(vim-full)[arguments]: Add two phases to drop tests and start xorg.
[native-inputs]: Add XORG-SERVER.

gnu: kodi: Update to 18.0_alpha-0-b35147e.

* gnu/packages/kodi.scm (libdvdnav/kodi, libdvdread/kodi, libdvdcss/kodi): New
variables.
(kodi): Update to 18.0_alpha-0-b35147e.
[source]: Download from git. Unbundle more stuff.
[build-system]: Change to CMAKE-BUILD-SYSTEM.
[arguments]: Add #:configure-flag to disable nonfree components. Rework phases
to patch bundled software and bootstrap more libraries.
[native-inputs]: Remove CMAKE, DOXYGEN, GAWK and WHICH. Add LIBDVDCSS/KODI,
LIBDVDNAV/KODI and LIBDVDREAD/KODI.
[inputs]: Remove BOOST, BZIP2, ENCA, GPERF, JASPER, LIBMODPLUG, LIBSAMPLERATE,
LIBXMU, LIBXT, MESA-UTILS, SDL2 and UNZIP. Add FMT, GIFLIB, LCMS and LIBDRM.
[license]: Update for remaining software bundles.

gnu: Add fmt.

* gnu/packages/pretty-print.scm (fmt): New variable.

build: Install .go files to $libdir/guile/X.Y.

* configure.ac: Define and substitute 'guileobjectdir'.
* Makefile.am (nobase_nodist_guilemodule_DATA): Remove $(GOBJECTS).
(nobase_nodist_guileobject_DATA): New variable.
(guix_install_go_files): Adjust accordingly.
(install-data-hook): Likewise.
* scripts/guix.in (config-lookup): Add 'exec_prefix' and
'guileobjectdir'.  Add '_' in VAR-REF-REGEXP.
(maybe-augment-load-paths!): Distinguish OBJECT-DIR from MODULE-DIR.

gnu: Remove leftover patch.

* gnu/packages/patches/openjpeg-use-after-free-fix.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: openjpeg: Remove obsolete patches.

* gnu/packages/patches/openjpeg-CVE-2016-5157.patch,
gnu/packages/patches/openjpeg-CVE-2016-7163.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.
* gnu/packages/image.scm (openjpeg)[source]: Remove them.