gnu: unionfs-fuse: Enable tests.

* gnu/packages/linux.scm (unionfs-fuse)[arguments]: Replace 'check phase.
[native-inputs]: Add python, python-pytest.

gnu: unionfs-fuse: Update to 2.0.

* gnu/packages/linux.scm (unionfs-fuse): Update to 2.0.
[home-page]: Update to Github page.

gnu: wiredtiger: Enable building on aarch64-linux.

* gnu/packages/databases.scm (wiredtiger)[supported-systems]: Add
aarch64-linux to supported-systems.

gnu: reptyr: Remove aarch64 from supported systems.

* gnu/packages/screen.scm (reptyr)[supported-systems]: Remove
aarch64-linux from supported-systems.

gnu: sdl-gfx: Enable building on all architectures.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl-gfx)[arguments]: On non-Intel architectures
disable mmx processor instructions.
[supported-systems]: Remove field.

gnu: libsmpeg: Set source file-name.

* gnu/packages/video.scm (libsmpeg)[source]: Add file-name field.

libcroco: Fix CVE-2017-{7960,7961}.

* gnu/packages/gnome.scm (libcroco)[replacement]: New field.
(libcroco/fixed): New variable.
* gnu/packages/patches/libcroco-CVE-2017-7960.patch,
gnu/packages/patches/libcroco-CVE-2017-7961.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.

gnu: Add emacs-google-maps.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-google-maps): New variable.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kei@openmailbox.org>

gnu: r-minimal: Update to 3.4.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-minimal): Update to 3.4.0.
[arguments]: Set timezone to UTC+1 in "set-timezone" phase to avoid regression
test failure.

gnu: Add font-linuxlibertine.

* gnu/packages/fonts.scm (font-linuxlibertine): New variable.

gnu: obs: Mark as supported only on Intel systems.

* gnu/packages/video.scm (obs)[supported-systems]: New field.
[arguments]: Remove armhf and mips specific substitutions.

gnu: nss: Further increase test timeouts on armhf.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (nss)[arguments]<#:phases>: Add a substitution
when target platform is armhf.

Increase "TasksMax" in 'guix-daemon.service'.

* etc/guix-daemon.service.in (TasksMax): Increase to 8192.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: coreutils@8.27: Do not apply 'coreutils-cut-huge-range-test.patch'.

This patch is not needed in 8.27.
Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* gnu/packages/base.scm (coreutils-8.27)[arguments]: New field.

gnu: Add aspell-dict-pt-br.

* gnu/packages/aspell.scm (aspell-dict-pt-br): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: guile-bytestructures: Update to 91d042e

* gnu/packages/guile.scm (guile-bytestructures): Update to 91d042e.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-guix: Adjust to both 2.2 and 2.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-guix)[arguments]: In #:configure-flags,
use 'find-files' to determine the --with-guix-site-dir argument.

gnu: guix: Honor the effective Guile version.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-0.12.0)[arguments]: In
'wrap-program' phase, use the effective Guile version rather than "2.0".
Add #:modules argument.

gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to 25a4929.

gnu: r-caret: Update to 6.0-76.

* gnu/packages/statistics.scm (r-caret): Update to 6.0-76.
[propagated-inputs]: Add r-lattice and r-nlme.

gnu: r-lme4: Update to 1.1-13.

* gnu/packages/statistics.scm (r-lme4): Update to 1.1-13.
[propagated-inputs]: Add r-lattice and r-matrix.

gnu: r-quantreg: Update to 5.33.

* gnu/packages/statistics.scm (r-quantreg): Update to 5.33.
[propagated-inputs]: Add r-matrix.

gnu: r-compquadform: Update to 1.4.3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-compquadform): Update to 1.4.3.

gnu: r-zoo: Update to 1.8-0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-zoo): Update to 1.8-0.

gnu: r-matrixstats: Update to 0.52.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-matrixstats): Update to 0.52.2.

gnu: r-r-rsp: Update to 0.41.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-r-rsp): Update to 0.41.0.

gnu: r-rtsne: Update to 0.13.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rtsne): Update to 0.13.

gnu: r-rcpparmadillo: Update to 0.7.800.2.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rcpparmadillo): Update to 0.7.800.2.0.

gnu: r-memoise: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-memoise): Update to 1.1.0.

gnu: r-markdown: Update to 0.8.

* gnu/packages/statistics.scm (r-markdown): Update to 0.8.

gnu: r-assertthat: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-assertthat): Update to 0.2.0.

gnu: r-rpart: Update to 4.1-11.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rpart): Update to 4.1-11.

gnu: r-mass: Update to 7.3-47.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mass): Update to 7.3-47.

gnu: r-boot: Update to 1.3-19.

* gnu/packages/statistics.scm (r-boot): Update to 1.3-19.

gnu: r-curl: Update to 2.5.

* gnu/packages/web.scm (r-curl): Update to 2.5.

gnu: r-seqminer: Update to 5.9.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-seqminer): Update to 5.9.

gnu: Add nss-pam-ldapd.

* gnu/packages/openldap.scm (nss-pam-ldapd): New variable.

gnu: Add the Hurd.

* gnu/packages/hurd.scm (hurd): New variable.
* gnu/packages/patches/hurd-fix-eth-multiplexer-dependency.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: hurd: Add hurd-source-url procedure.

* gnu/packages/hurd.scm (hurd-source-url): New procedure.
  (hurd-headers)[source]: Adjust accordingly.

system: Rename operating-system-parameters-file to operating-system-boot-parameters-file.

* gnu/system.scm (operating-system-parameters-file): Rename to ...
(operating-system-boot-parameters-file): ... this.
(operating-system-directory-base-entries): Adapt call site.

system: Rename operating-system-kernel-arguments to operating-system-user-kernel-arguments.

* gnu/system.scm (operating-system-kernel-arguments): Rename to ...
(operating-system-user-kernel-arguments): ... this.
(<operating-system>): Adapt accordingly.
(operating-system-bootcfg): Adapt accordingly.
(operating-system-parameters-file): Adapt accordingly.
* gnu/system/vm.scm (system-qemu-image/shared-store-script): Adapt
accordingly.

gnu: weechat: Update to 1.7.1.

* gnu/packages/irc.scm (weechat): Update to 1.7.1.
[source, home-page]: Use HTTPS.

gnu: weechat: Mention ‘IRC’.

* gnu/packages/irc.scm (weechat)[description]: Mention the search term
‘IRC’, split into paragraphs, and other small tweaks.

gnu: hyperrogue: Update to 9.4g.

* gnu/packages/games.scm (hyperrogue): Update to 9.4g.

gnu: gnuplot: Update to 5.0.6.

* gnu/packages/maths.scm (gnuplot): Update to 5.0.6.

cache: Work around 'time-monotonic' bug in Guile 2.2.2.

* guix/cache.scm (time-monotonic) [guile-2.2]: New variable.
* tests/cache.scm (time-monotonic) [guile-2.2]: Likewise.
* guix/build/download.scm (time-monotonic) [guile-2.2]: Adjust comment:
it's a 2.2.2 bug.

derivations: Adjust builder encoding test.

This is a followup to 9231ef12f2a595b8f1e677dbe50cc499555302b6.

* tests/derivations.scm ("build-expression->derivation and builder
encoding"): Set '%default-port-encoding' to "UTF-8".

gnu: xf86-video-nouveau: Update to 1.0.15.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-nouveau): Update to 1.0.15.
[home-page]: Use HTTPS.

gnu: emacs: Update to 25.2.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs, emacs-minimal, emacs-no-x,
emacs-no-x-toolkit): Update to 25.2.

gnu: xdg-utils: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/freedesktop.scm (xdg-utils): Update to 1.1.1.
[source]: Adjust file name.
[native-inputs]: Add DOCBOOK-XSL, DOCBOOK-XML-4.1.2, LIBXSLT, W3M and XMLTO.
[arguments]<#:phases>: Add 'patch-hardcoded-paths' and 'locate-catalog-files'
phases. New parameter.
[home-page]: Update to new home.

gnu: linux-libre: Update to 4.10.12.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.10.12.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.24.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.24.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.63.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.63.

gnu: Add guile2.2-ssh.

* gnu/packages/ssh.scm (guile2.2-ssh): New variable.

download: Work around Guile 2.2 bug with 'time-monotonic' objects.

* guix/build/download.scm (time-monotonic) [guile-2.2]: New variable.

gnu: Add policycoreutils.

* gnu/packages/selinux.scm (policycoreutils): New variable.

gnu: Add python-setools.

* gnu/packages/selinux.scm (python-setools): New variable.

gnu: Add python-ipy.

* gnu/packages/networking.scm (python-ipy): New variable.

gnu: Add python-sepolgen.

* gnu/packages/selinux.scm (python-sepolgen): New variable.

gnu: Add secilc.

* gnu/packages/selinux.scm (secilc): New variable.

gnu: Add libsemanage.

* gnu/packages/selinux.scm (libsemanage): New variable.

gnu: Add libselinux.

* gnu/packages/selinux.scm (libselinux): New variable.

gnu: Add checkpolicy.

* gnu/packages/selinux.scm (checkpolicy): New variable.

gnu: Add libsepol.

* gnu/packages/selinux.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: ibus-libpinyin: Update to 1.9.0.

* gnu/packages/ibus.scm (ibus-libpinyin): Update to 1.9.0.

gnu: libpinyin: Adjust indentation.

* gnu/packages/ibus.scm (libpinyin)[arguments]: Adjust indentation.

gnu: libpinyin: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/ibus.scm (libpinyin): Update to 2.0.0.

gnu: Remove unused patches.

* gnu/packages/patches/gcc-libiberty-printf-decl.patch,
gnu/packages/patches/grub-CVE-2015-8370.patch,
gnu/packages/patches/grub-freetype.patch,
gnu/packages/patches/grub-gets-undeclared.patch,
gnu/packages/patches/guile-arm-fixes.patch,
gnu/packages/patches/mplayer2-theora-fix.patch,
gnu/packages/patches/soprano-find-clucene.patch,
gnu/packages/patches/util-linux-CVE-2017-2616.patch,
gnu/packages/patches/xf86-video-intel-compat-api.patch,
gnu/packages/patches/xf86-video-intel-glibc-2.20.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.

tests: Adjust to the addition of a new Coreutils version.

* tests/scripts-build.scm ("options->transformation, with-input"): Use
'specification->package' rather than refer to Coreutils by its
variable.  This is a followup to e162050dfc0dee708a7ac5bfcf37d2afd6081604.

derivations: Restore UTF-8 encoding of build scripts.

Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>
at <https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2017-04/msg00457.html>.

* guix/derivations.scm (build-expression->derivation): Use a string
output port for the expression.  This reverts part of
2dce88d5bbe7a65e101c0734d1c6db44ecc8c299.
* tests/derivations.scm ("build-expression->derivation and builder
encoding"): New test.

gnu: libsodium: Update to 1.0.12.

* gnu/packages/crypto.scm (libsodium): Update to 1.0.12.

gnu: Add crawl.

* gnu/packages/games.scm (crawl): New variable.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: Add libbson.

* gnu/packages/serialization.scm (libbson): New variables.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: mutt: Update to 1.8.2.

* gnu/packages/mail.scm (mutt): Update to 1.8.2.

gnu: neomutt: Don't rewrite the source file-name.

* gnu/packages/mail.scm (neomutt)[file-name]: Remove field.

gnu: neomutt: Update to 20170421.

* gnu/packages/mail.scm (neomutt): Update to 20170421.
[native-inputs]: Add 'gettext-minimal'.
[description]: Clarify the state of neomutt as it is now a microfork of mutt.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: icecat: Fix GTK 3 file chooser crash.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[arguments]: Add a 'wrap-program' phase to
set XDG_DATA_DIRS.

gnu: Add mcomix.

* gnu/packages/image-viewers.scm (mcomix): New variable.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

store: Support 'ssh://' URIs in 'GUIX_DAEMON_SOCKET'.

This allows 'guix' commands to talk to a remote store over SSH.

* guix/store.scm (connect-to-daemon)[connect]: Call 'resolve-interface'
for unknown URI schemes.
* guix/store/ssh.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
* doc/guix.texi (The Store): Document it.  Mark remote access as
experimental.

ssh: Decompose 'connect-to-remote-daemon'.

* guix/ssh.scm (remote-daemon-channel): New procedure.
(connect-to-remote-daemon): Implement in terms of it.

ssh: Move 'open-ssh-session' to (guix ssh).

* guix/scripts/copy.scm (%compression, open-ssh-session): Move to...
* guix/ssh.scm: ... here.  Use '&message' conditions instead of calling
'leave'.

offload: Avoid using '_' as a 'match' pattern.

* guix/scripts/offload.scm (host-key->type+key, machine-load)
(process-request, guix-offload): Do not use '_' as a 'match' pattern.

store: Add support for remote connections via 'guix://' URIs.

* guix/store.scm (open-inet-socket): New procedure.
(connect-to-daemon): Support the 'guix' URI scheme.
* doc/guix.texi (The Store): Document it.

store: Add 'system-error-to-connection-error' macro.

* guix/store.scm (system-error-to-connection-error): New macro.
(open-unix-domain-socket): Use it instead of 'catch'.

store: 'GUIX_DAEMON_SOCKET' can now be a URI.

* guix/store.scm (%daemon-socket-file): Rename to...
(%daemon-socket-uri): ... this.
(connect-to-daemon): New procedure.
(open-connection): Rename 'file' to 'uri'.  Use 'connect-to-daemon'
instead of 'open-unix-domain-socket'.
* guix/tests.scm (open-connection-for-tests): Rename 'file' to 'uri'.
* tests/guix-build.sh: Add tests.
* tests/store.scm ("open-connection with file:// URI"): New tests.

gnu: guile: Update to 2.2.2.

* gnu/packages/guile.scm (guile-2.2): Update to 2.2.2.

gnu: imlib2: Update to 1.4.10.

* gnu/packages/image.scm (imlib2): Update to 1.4.10.

gnu: sdl-gfx: Update to 2.0.26.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl-gfx): Update to 2.0.26.

gnu: portaudio: Update to 190600.20161030.

* gnu/packages/audio.scm (portaudio): Update to 190600.20161030.
* gnu/packages/patches/portaudio-audacity-compat.patch: Adjust line endings.

gnu: soxr: Update to 0.1.2.

* gnu/packages/audio.scm (soxr): Update to 0.1.2.

gnu: python-pyopenssl: Update to 17.0.0.

* gnu/packages/python.scm (python-pyopenssl, python2-pyopenssl): Update to 17.0.0.
[native-inputs]: Change PYTHON-PYTEST to PYTHON-PYTEST-3.0.
* gnu/packages/patches/python-pyopenssl-skip-network-test.patch: Adjust.

gnu: proteinortho: Update to 5.16.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (proteinortho): Update to 5.16.

gnu: diamond: Update to 0.8.38.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (diamond): Update to 0.8.38.

gnu: miniupnpc: Use @dfn mark-up.

gnu/packages/upnp.scm (miniupnpc)[description]: Use @dfn.

gnu: miniupnpc: Update to 2.0.20170421.

gnu/packages/upnp.scm (miniupnpc): Update to 2.0.20170421.

gnu: fortify-headers: Use @code mark-up.

* gnu/packages/suckless.scm (fortify-headers)[description]: Use @code.

gnu: Use HTTPS on 2f30.org.

* gnu/packages/suckless.scm (spoon, xbattmon, wificurse, skroll, sbm)
(prout, noice, fortify-headers, colors)[source, home-page]: Use HTTPS.
(human)[home-page]: Likewise.
* gnu/packages/version-control.scm (stagit)[source, home-page]: Likewise.

gnu: version-control: Use HTTPS where possible.

* gnu/packages/version-control.scm (git)[home-page]: Use HTTPS.
(cvs)[source, home-page]: Likewise.

gnu: git-crypt: Double-space Texinfo mark-up.

* gnu/packages/version-control.scm (git-crypt)[description]: Use two spaces
where one would suffice.

gnu: diffstat: Use @command mark-up.

* gnu/packages/version-control.scm (diffstat)[synopsis, description]:
Use @command.