gnu: isc-dhcp: Update bundled bind to 9.9.11-P1 [fixes CVE-2017-3145].

* gnu/packages/admin.scm (isc-dhcp): Update to 9.9.11-P1.

gnu: bind: Update to 9.11.2-P1 [fixes CVE-2017-3145].

* gnu/packages/dns.scm (isc-bind): Update to 9.11.2-P1.

gnu: haskell-check: Use HTTPS for hspec.github.io home pages.

* gnu/packages/haskell-check.scm (hspec-discover, ghc-hspec-core)
(ghc-hspec-meta, ghc-hspec, ghc-hspec-contrib)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: python: Use HTTPS for ipython.org home pages.

* gnu/packages/python.scm (python-ipython-genutils, python-traitlets)
(python-ipykernel, python-ipython, python-widgetsnbextension)
(python-ipywidgets)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: lxde: Use HTTPS for lxde.org home pages.

* gnu/packages/lxde.scm (libfm, lxappearance, lxrandr, lxtask, lxterminal)
(menu-cache, pcmanfm, lxmenu-data, lxde-icon-theme, lxde-common, lxinput)
(lxsession, lxpanel)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: american-fuzzy-lop: Update to 2.52b.

* gnu/packages/debug.scm (american-fuzzy-lop): Update to 2.52b.
[inputs]: custom-qemu now inherits from qemu-minimal.
(qemu-2.3.0): Remove variable.

gnu: transmission: Mention CVE-2018-5702.

* gnu/packages/bittorrent.scm (transmission): Add comment.

gnu: python-libxml2: Inherit the replacement source of libxml2.

Previously, python-libxml2 would inherit the ungrafted libxml2, missing
several patches on the libxml2 source code.

* gnu/packages/xml.scm (python-libxml2, python2-libxml2): Use
package/inherit.

gnu: libxml2: Fix CVE-2017-15412.

* gnu/packages/patches/libxml2-CVE-2017-15412.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/xml.scm (libxml2/fixed)[source]: Use it.

gnu: Add curlftpfs.

* gnu/packages/file-systems.scm (curlftpfs): New variable.

gnu: Add eureka.

* gnu/packages/game-development.scm (eureka): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: freedom: add native search-paths.

* gnu/packages/games.scm (freedoom) [native-search-paths]: Set DOOMWADDIR and
  DOOMWADPATH, so source ports and map editors can find the freedoom IWAD.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python-matplotlib: Fix import failure

* gnu/packages/python.scm (python-matplotlib)[propagated-inputs]: Add
  python-pyqt.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: clojure: Update to 1.9.0.

* gnu/packages/java.scm (clojure): Update to 1.9.0. Add "core-specs-alpha-src"
and "spec-alpha-src". Remove "java-classpath-src" and "tools-reader-src".

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Fix typo.

Reported by Nicolas Goaziou.

* doc/guix.texi (Invoking guix archive): Fix typo.

gnu: fish-guix: Remove it.

fish-guix has been merged into Guix in 'etc/completion/fish'

* gnu/packages/shells.scm (fish-guix): Remove it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

etc: Add completions for fish.

* etc/completion/fish/guix.fish: New file.
* Makefile.am: Register the file.
* configure.ac: Add the fish vendor-completions directory.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: mc: Update to 4.8.20.

* gnu/packages/mc.scm (mc): Update to 4.8.20.
[arguments]: Rename ‘fix-absolutism’ to (hopefully) more accurate
‘patch-FHS-file-names’.  Patch more.  Fix new VFS test.

gnu: mc: Use HTTPS for home page.

* gnu/packages/mc.scm (mc)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: opensmtpd: Support PAM authentication.

* gnu/packages/mail.scm (opensmtpd)[arguments]: Add ‘--with-auth-pam’
to #:configure-flags.

gnu: opensmtpd: Update to 6.0.3p1.

* gnu/packages/mail.scm (opensmtpd): Update to 6.0.3p1.

gnu: Use HTTPS for invisible-island.net home pages.

* gnu/packages/ncurses.scm (dialog)[home-page]: Use HTTPS.
* gnu/packages/version-control.scm (diffstat)[home-page]: Likewise.
* gnu/packages/xorg.scm (xterm)[home-page]: Likewise.

gnu: dialog: Update to 1.3-20171209.

* gnu/packages/ncurses.scm (dialog): Update to 1.3-20171209.

gnu: audio: Use HTTPS for kokkinizita.linuxaudio.org home pages.

* gnu/packages/audio.scm (clalsadrv, amb-plugins, mcp-plugins, rev-plugins)
(fil-plugins, ste-plugins, vco-plugins, wah-plugins, g2reverb)
(zita-convolver, zita-resampler, zita-alsa-pcmi)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: java: Use HTTPS for osgi.org home pages.

* gnu/packages/java.scm (java-osgi-annotation, java-osgi-core)
(java-osgi-service-event, java-osgi-cmpn)
(java-osgi-service-component-annotations, java-osgi-dto, java-osgi-resource)
(java-osgi-namespace-contract, java-osgi-namespace-extender)
(java-osgi-namespace-service, java-osgi-util-function)
(java-osgi-util-promise, java-osgi-service-metatype-annotations)
(java-osgi-service-repository, java-osgi-framework, java-osgi-service-log)
(java-osgi-service-jdbc, java-osgi-service-resolver, java-osgi-util-tracker)
(java-osgi-service-cm, java-osgi-service-packageadmin)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: mpg123: Use HTTPS for home page.

* gnu/packages/mp3.scm (mpg123)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: mpg123: Update to 1.25.8.

* gnu/packages/mp3.scm (mpg123): Update to 1.25.8.

gnu: compression, text-editors: Use Savannah mirror://.

* gnu/packages/compression.scm (lunzip, clzip, lzlib, plzip)[source]: Use
mirror:// URI.
* gnu/packages/text-editors.scm (leafpad)[source]: Likewise.

services: bitlbee: Add test.

* gnu/tests/messaging.scm (run-bitlbee-test): New procedure.
(%test-bitlbee): New variable.

doc: Deprecate 'bitlbee-service' procedure.

* gnu/services/messaging.scm (bitlbee-service): Mark as deprecated.
* doc/guix.texi (Messaging Services): Document 'bitlbee-service-type'
and 'bitlbee-configuration'.  Remove 'bitlbee-service'.

services: bitlbee: Move to (gnu services messaging).

* gnu/services/networking.scm (<bitlbee-configuration>)
(bitlbee-shepherd-service, %bitlbee-accounts, %bitlbee-activation)
(bitlbee-service-type, bitlbee-service): Move to...
* gnu/services/messaging.scm: ... here.
* doc/guix.texi (Networking Services): Move 'bitlbee-service' doc to...
(Messaging Services): ... here.

linux-container: Work around EBADF errors upon exit.

Typically 'read-pid-file/container' would fail when starting services in
containers such as BitlBee.

* gnu/build/linux-container.scm (call-with-clean-exit): Use
'primitive-_exit' instead of 'primitive-exit'.
(container-excursion*): Close OUT.

ui: Disable '%fresh-auto-compile' only for Guile 2.2.3.

Mitigates <https://bugs.gnu.org/29881>.
Reported by Diego Nicola Barbato <dnbarbato@posteo.de>.

* guix/ui.scm (load*): Unset '%fresh-auto-compile' only on Guile 2.2.3.

doc: Connect "guix archive", "guix pack", and co.

* doc/guix.texi (Invoking guix pack): Add xrefs to "guix publish", "guix
copy", and "guix archive".
(Invoking guix archive): Add xref to "guix pack".

offload: Look at machine loads for the past minute.

Previously we were looking at the load of the past 5 minutes, which
means that, after a build, we could end up waiting for 5 minutes for
that metric to be low enough.

* guix/scripts/offload.scm (machine-load): Compute RAW based on ONE, not
FIVE.

ruby-build-system: Fix build error.

* gnu/build/ruby-build-system.scm: Import (ice-9 rdelim).

Follow-up to d9df4bf055f2bef8c2c428db34c5fa056bdeba73.

gnu: talloc: Update to 2.1.11.

* gnu/packages/samba.scm (talloc): Update to 2.1.11.
[arguments]: Run all tests.  Use INVOKE.

gnu: iniparser: Update to 4.1.

* gnu/packages/samba.scm (iniparser): Update to 4.1.
[arguments]: Update library SONAME.
[home-page]: Abandon outdated home page with no mention of version 4.

gnu: iniparser: Use INSTALL-FILE.

* gnu/packages/samba.scm (iniparser)[arguments]: Simplify ‘install’ phase by
replacing COPY-FILE with INSTALL-FILE.

gnu: iniparser: Use #:make-flags.

* gnu/packages/samba.scm (iniparser)[arguments]: Use #:make-flags to set
‘CC’ instead of patching the Makefile.  Remove fruitless SYMLINK call.

gnu: iniparser: Fix documentation directory.

* gnu/packages/samba.scm (iniparser)[arguments]: Install documentation to
‘/share/doc/iniparser’ instead of ‘/share/doc’.

gnu: ccache: Update to 3.3.5.

* gnu/packages/ccache.scm (ccache): Update to 3.3.5.
[arguments]: Don't substitute ‘which’ in ‘setup-tests’ phase.
Add new ‘munge-failing-test’ phase to make test suite pass.

gnu: Add emacs-json-mode.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-json-mode): New public variable.

gnu: Add emacs-json-reformat.

* gnu/packages/patches/emacs-json-reformat-fix-tests.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add this.
* gnu/packages/emacs.scm (emacs-json-reformat): New variable.

gnu: ghc-hmatrix-special: Update to 0.4.0.1.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-hmatrix-special): Update to 0.4.0.1.

gnu: ghc-hmatrix-gsl-stats: Update to 0.4.1.7.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-hmatrix-gsl-stats): Update to 0.4.1.7.

gnu: ghc-hmatrix-gsl: Update to 0.18.0.1.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-hmatrix-gsl): Update to 0.18.0.1.

gnu: ghc-hmatrix: Update to 0.18.1.0.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-hmatrix): Update to 0.18.1.0.

gnu: ghc-juicypixels: Update to 3.2.9.3.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-juicypixels): Update to 3.2.9.3.

gnu: ghc-iproute: Use HTTPS for home page.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-iproute)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: ghc-iproute: Update to 1.7.1.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-iproute): Update to 1.7.1.

gnu: opusfile: Update to 0.9.

* gnu/packages/xiph.scm (opusfile): Update to 0.9.

gnu: xiph: Use HTTPS for home pages where possible.

* gnu/packages/xiph.org (libogg, libvorbis, libtheora, ao, flac)
(vorbis-tools, opusfile, icecast)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: linux: Use HTTPS for home pages where possible.

* gnu/packages/linux.scm (ltrace, libnl, pflask, acpi, module-init-tools)
(snapscreenshot)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: tls: Use HTTPS for home pages where possible.

* gnu/packages/tls.scm (openssl, p11-kit, python-acme)[home-page]: Use
HTTPS instead of HTTP, irony.

gnu: geos: Update to 3.6.2.

* gnu/packages/geo.scm (geos): Update to 3.6.2.

gnu: gpsbabel: Complete licencing information.

* gnu/packages/gps.scm (gpsbabel)[source]: Remove unused files in a snippet.
[license]: Add expat.

gnu: gpsbabel: Use HTTPS for home page.

* gnu/packages/gps.scm (gpsbabel)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: libedit: Update to 20170329-3.1.

* gnu/packages/libedit.scm (libedit): Update to 20170329-3.1.
[arguments]: Remove deprecated ‘--enable-widec’ from #:configure-flags.

gnu: libedit: Use HTTPS for home page.

* gnu/packages/libedit.scm (libedit)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: Remove redundant wrapping from packages using ruby-build-system.

Now that the build system does wrapping automatically, it can be removed from
the packages that do it manually.

* gnu/packages/databases.scm (es-dump-restore)[arguments]: Remove #:phases.
* gnu/packages/ruby.scm (ruby-redcloth)[arguments]: Remove #:phases.
  (ruby-httpclient)[arguments]: Remove 'wrap-bin-httpclient from the modified
  phases.

ruby-build-system: Add a new wrap phase.

Wrap files in bin/ and sbin/ with the location of the gem itself and the
location of any other gems in use (GEM_PATH). This ensures that the bin files
will run with the right environment when executed.

It does however mean that native-inputs will also get wrapped up in any
binaries, which is not good, as it increases the size of the closure, and
risks this code being used at runtime.

* guix/build/ruby-build-system.scm (wrap): New procedure.
  (%standard-phases): Add the wrap phase.

ruby-build-system: Add wrap-ruby-program.

A modified copy of wrap-program from (guix build utils). The wrap-program
procedure doesn't work well for Ruby scripts, as it breaks using the -S flag
with ruby to execute the script, as when -S is passed to ruby, it expects the
script on the PATH to use ruby in the shebang, and not bash.

Therefore, to wrap the program, but keep the shebang as ruby, wrap it with a
ruby script instead.

wrap-ruby-program uses .real/foo rather than .foo-real, as this might be
neater. This procedure also includes a call to Gem.clear_paths to make it
possible to set the GEM_PATH through this method, and for it to take effect.

* gnu/build/ruby-build-system.scm (wrap-ruby-program): New procedure.

guix: build: ruby-build-system: Install to the vendor directory

* guix/build/ruby-build-system.scm (install): Install gems to the vendor
  directory, rather than the GEM_HOME. The vendor directory does not include
  the version of ruby used to install the gem in the path, which makes it
  easier to add it to the GEM_PATH for all versions of ruby to use.
  (gem-home): Remove procedure.
* gnu/packages/ruby.scm (ruby, ruby-2.1)[native-search-paths]: Switch to
  lib/ruby/vendor_ruby.
  (ruby-1.8)[native-search-paths]: Remove native-search-paths.
  (gem-directory): Remove procedure.
  (ruby-ansi, ruby-ae)[arguments]: Remove use of gem-directory.
  (ruby-metaclass, ruby-instantiator, ruby-introspection, ruby-mocha,
  ruby-nokogiri, ruby-minitest-tu-shim, ruby-redcloth)[arguments]: Remove use
  of gem-home.
  (ruby-git, ruby-httpclient)[arguments]: Remove use of GEM_HOME.
* gnu/packages/databases.scm (es-dump-restore)[arguments]: Remove use of
  GEM_HOME.

arb: Update to 2.12.0.

* gnu/packages/algebra.scm (arb): Update to 2.12.0.

gnu: pari-gp: Update to 2.9.4.

* gnu/packages/algebra.scm (pari-gp): Update to 2.9.4.

doc: Correct documentation of NGINX-LOCATION-CONFIGURATION.

* doc/guix.texi (Web Services): The body of an NGINX-LOCATION-CONFIGURATION
is a list of strings and not a string.

gnu: rct: Re-categorize some inputs.

OpenSSL and zlib are referred to by the built package, so we make them
regular inputs.

This is a followup to commit e8b409741baf3b9de30faa8683722375196dd1e9.

* gnu/packages/cpp.scm (rct)[native-inputs]: Move openssl and zlib to ...
[inputs]: ... new field.

gnu: Add rct.

* gnu/packages/cpp.scm (rct): New variable.

gnu: flashrom: Update to 1.0.

* gnu/packages/flashing-tools.scm (flashrom): Update to 1.0.

gnu: flashrom: Use HTTPS for home page.

* gnu/packages/flashing-tools.scm (flashrom)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: mpd: Remove (gnu packages gcc) import.

This follows up commit 7641266b0328f8a3a4f3643560d00dcf82d539b3.

* gnu/packages/mpd.scm: Don't #:use-module (gnu packages gcc).

gnu: mpd: Use HTTPS for musicpd.org home pages.

* gnu/packages/mpd.scm (libmpdclient, mpd, mpd-mpc, ncmpc)[home-page]: Use
HTTPS.

gnu: mpdscribble: Update home page.

* gnu/packages/mpd.scm (mpdscribble)[home-page]: This package seems to have
found a home.  Use it.

gnu: libmpdclient: Update to 2.13.

* gnu/packages/mpd.scm (libmpdclient): Update to 2.13.
[build-system]: Switch to meson-build-system.
[native-inputs]: Add pkg-config and check.
[arguments]: Enable tests and build documentation.

gnu: pcre: Use HTTPS for home pages.

* gnu/packages/pcre.scm (pcre, pcre2)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: gsm: Update to 1.0.17.

* gnu/packages/audio.scm (gsm): Update to 1.0.17.

gnu: youtube-dl: Update to 2018.01.14.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2018.01.14.

gnu: libcap-ng: Use HTTPS for home page.

* gnu/packages/admin.scm (libcap-ng)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: lz4: Update to 1.8.1.

* gnu/packages/compression.scm (lz4): Update to 1.8.1.
[arguments]: Enable ‘#:parallel-tests?’, now considered safe upstream.
Use ‘more GNU’-style lowercase ‘prefix=’.

gnu: krita: Update to 3.3.3.

* gnu/packages/kde.scm (krita): Update to 3.3.3.

gnu: xfce: Use HTTPS for xfce.org home pages.

* gnu/packages/xfce.scm (gtk-xfce-engine, libxfce4util, xfconf, libxfce4ui)
(exo, garcon, tumbler, xfce4-panel, xfce4-battery-plugin)
(xfce4-clipman-plugin, xfce4-pulseaudio-plugin, xfce4-xkb-plugin)
(xfce4-appfinder, xfce4-session, xfce4-settings, thunar, thunar-volman)
(xfwm4, xfdesktop, xfce4-terminal, xfce, xfce4-power-manager, ristretto)
(xfce4-taskmanager, orage)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: xfce4-terminal: Update to 0.8.6.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-terminal): Update to 0.8.6.

gnu: gl2ps: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/gl.scm (gl2ps): Update to 1.4.0.

gnu: dmidecode: Update to 3.1.

* gnu/packages/admin.scm (dmidecode): Update to 3.1.

gnu: gpgme: Update to 1.10.0.

* gnu/packages/gnupg.scm (gpgme): Update to 1.10.0.
[arguments]: Remove ‘patch-cmake-file’ work-around for fixed bug.

gnu: offlineimap: Update to 7.1.5.

* gnu/packages/mail.scm (offlineimap): Update to 7.1.5.

gnu: lcov: Update to 1.13.

* gnu/packages/code.scm (lcov): Update to 1.13.
[arguments]: Remove superfluous #:make-flags.

gnu: java-powermock-modules-junit4: Fix junit version detection.

* gnu/packages/java.scm (java-powermock-modules-junit4)[arguments]: Fix
junit version detection.

gnu: java-powermock-core: Include resources.

* gnu/packages/java.scm (java-powermock-core)[arguments]: Add a phase to
include resources.

gnu: guix: Update snapshot to 0dcf675.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 0dcf675.

gnu: hunspell-dict-en: Include all the .dic files.

Fixes a regression introduced in
d4d7d70912642be18d93c9ce6470f8650097b5e5 which broke
'hunspell-dict-en' (but not the 'hunspell-dict-en-*' variants.)

* gnu/packages/aspell.scm (aspell-word-list)[install]: Check whether
'LANGUAGE.dic' exist before installing it.  If it doesn't exist, install
all of *.dic.

ssh: Switch back to 'get-bytevector-some'.

This mostly reverts 17af5d51de7c40756a4a39d336f81681de2ba447.
Suggested by Andy Wingo <wingo@igalia.com>.

* guix/ssh.scm (remote-daemon-channel)[redirect]: Remove 'read!' FFI
hack.  Use buffered ports.

offload: 'test' reports Guile and module errors more nicely.

Fixes <https://bugs.gnu.org/26008>.
Reported by Myles English <mylesenglish@gmail.com>.

* guix/ssh.scm (retrieve-files*): Move error reporting to...
(report-guile-error, report-module-error): ... here.  New procedures.
* guix/scripts/offload.scm (assert-node-repl): Use 'report-guile-error'.
(assert-node-has-guix): Explicitly check for 'use-modules' first.  Use
'report-module-error'.

offload: 'test' gracefully handles 'node-repl-error'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/28057>.
Reported by Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>.

* guix/scripts/offload.scm (assert-node-has-guix): Catch
'node-repl-error' and call 'leave'.

ssh: 'retrieve-files' now only retrieves what's missing.

* guix/ssh.scm (retrieve-files): Remove the subset of FILES that is
valid in LOCAL.
(store-export-channel): Add comment.

offload: Fix regression in file retrieval.

This fixes a regression in 'retrieve-files*' introduced in
896fec476f728183b331cbb6e2afb891207b4205, whereby (guix scripts offload)
would not read the initial sexp now sent by the remote host via
'store-export-channel'.  This would effectively prevent file retrieval
entirely when offloading.

* guix/ssh.scm (retrieve-files*): New procedure, like former
'retrieve-files' but with an extra #:import parameter.
(retrieve-files): Rewrite in terms of 'retrieve-files*'.
(file-retrieval-port): Make private.
* guix/scripts/offload.scm (transfer-and-offload): Pass #:import to
'retrieve-files*'.
(retrieve-files*): Remove.

gnu: transmission: Fix a DNS rebinding vulnerability that allows RCE.

* gnu/packages/patches/transmission-fix-dns-rebinding-vuln.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/bittorrent.scm (transmission)[source]: Use it.

gnu: dtc: Update to 1.4.6.

* gnu/packages/bootloaders.scm (dtc): Update to 1.4.6.
[source]: Remove both patches.
* gnu/packages/patches/dtc-format-modifier.patch: Delete file.
* gnu/packages/patches/dtc-32-bits-check.patch: Likewise.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove both.

gnu: harminv: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/engineering.scm (harminv): Update to 1.4.1.
[source, home-page]: Switch to new host.