gnu: python-sip: Update to 4.18.1.

* gnu/packages/qt.scm (python-sip): Update to 4.18.1.

gnu: python-pyqt-4: Use 'modify-phases' syntax.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyqt-4)[arguments]: Use 'modify-phases'
syntax.

gnu: python-pyqt@5.5: Remove variable.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyqt@5.5, python2-pyqt@5.5): Remove them.

gnu: calibre: Update qt dependancies.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre)[native-inputs]: Remove qt, add
qtbase.
[inputs]: Remove qt, replace python2-pyqt@5.5 with python2-pyqt.

gnu: python-pyqt: Build with more qt modules.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyqt)[inputs]: Add qtbase, qtconnectivity,
qtdeclarative, qtlocation, qtmultimedia, qtsensors, qtserialport, qtsvg,
qttools, qtwebchannel, qtwebkit, qtwebsockets, qtx11extras,
qtxmlpatterns.
(python2-pyqt)[inputs]: Same.
(python-pyqt@4)[inputs]: Only use python.

gnu: orfm: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (orfm): Update to 0.6.0.

gnu: direnv: Update to 2.10.0.

* gnu/packages/shellutils.scm (direnv): Update to 2.10.0.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

Merge branch 'staging'

gnu: sunxi-tools: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/admin.scm (sunxi-tools): Update to 1.4.2.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-html5lib: Add dependency on python-webencodings.

* gnu/packages/python.scm (python-html5lib,
python2-html5lib)[propagated-inputs]: Add python-webencodings.

gnu: Add python-webencodings.

* gnu/packages/python.scm (python-webencodings, python2-webencodings): New
variables.

gnu: linux-libre: Update to 4.8.14.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version, %linux-libre-hash)
(linux-libre): Update to 4.8.14.  Remove patches.
(linux-libre-arm-generic): Remove patches.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.38.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.38.
Remove patches.

gnu: fcgi: Disable parallel building.

* gnu/packages/web.scm (fcgi)[arguments]: Disable parallel building.

gnu: Add sshoot.

* gnu/packages/vpn.scm (sshoot): New variable.

gnu: Add python-argcomplete.

* gnu/packages/python.scm (python-argcomplete): New variable.

gnu: Add sshuttle.

* gnu/packages/vpn.scm (sshuttle): New variable.

services: Activate system prior to services.

* gnu/services.scm (activation-script): Move 'activation-current-system'
call before (for-each primitive-load …).

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: openjpeg-2.1.2: Use a meaningful file-name for the source code.

This is a followup to commit 0e8b7b1c351a2307bfc33211b4d76dbe7dfa01ef.

* gnu/packages/image.scm (openjpeg-2.1.2)[source]: Give a meaningful
file-name.

gnu: diffoscope: Update to 63.

* gnu/packages/package-management.scm (diffoscope): Update to 63.
[arguments]: Remove obsolete 'disable-failing-test' and 'disable-egg-zipping'
phases. The former was fixed upstream, and the latter is fixed by the new Python
build system.

gnu: openjpeg: Update replacement to 2.1.2 [fixes CVE-2016-{7445,8332}].

* gnu/packages/image.scm (openjpeg/fixed): Replace variable with ...
(openjpeg-2.1.2): ... this.
[patches]: Remove patches inherited from openjpeg.
(openjpeg)[replacement]: Replace with openjpeg-2.1.2.

Merge branch 'master' into staging

gnu: Add denemo.

* gnu/packages/music.scm (denemo): New variable.

gnu: libpsl: Update to 0.16.0.

* gnu/packages/web.scm (libpsl): Update to 0.16.0.

gnu: Add ocaml-menhir.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-menhir): New variable.

gnu: coq: Update to 8.5pl2.

* gnu/packages/ocaml.scm (coq): Update to 8.5pl2.
  [arguments]: Configure script takes single hyphen arguments.

gnu: idris: Update to 0.12.3.

* gnu/packages/haskell.scm (idris): Update to 0.12.3.
  [origin]: Remove snippet.
  [inputs]: Add ghc-aeson, ghc-async, ghc-fsnotify, ghc-regex-tdfa,
  ghc-tasty-golden, ghc-tasty-rerun and ghc-terminal-size.
  [arguments]: Disable tests.

gnu: ghc-trifecta: Update to 1.6.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-trifecta): Update to 1.6.
  [inputs]: Add ghc-doctest and ghc-quickcheck.
  [arguments]: Enable tests.

gnu: Add ghc-terminal-size.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-terminal-size): New variable.

gnu: Add ghc-ieee754.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-ieee754): New variable.

gnu: Add ghc-tasty-rerun.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-tasty-rerun): New variable.

gnu: Add ghc-fsnotify.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-fsnotify): New variable.

gnu: Add ghc-hinotify.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-hinotify): New variable.

gnu: icecat: Add more fixes from upstream mozilla-esr45.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[sources]: Add more fixes from the
upstream mozilla-esr45 repository.

gnu: Remove unused patch.

* gnu/packages/patches/openjpeg-CVE-2015-6581.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: openjpeg: Add fixes for CVE-2016-{9850,9851}.

* gnu/packages/image.scm (openjpeg)[replacement]: New field.
(openjpeg/fixed): New variable, patch against CVE-2016-9850,
CVE-2016-9851.
* gnu/packages/patches/openjpeg-CVE-2016-9850-CVE-2016-9851.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: ffmpeg@2.8: Update to 2.8.9.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg@2.8): Update to 2.8.9.

gnu: jasper: Update to 2.0.6.

* gnu/packages/image.scm (jasper): Update to 2.0.6.

gnu: password-store: Don't run tests in parallel.

* gnu/packages/password-utils.scm (password-store): Don't run tests in
  parallel, as it causes them to hang and the build to timeout.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: password-store: Delete build phase

* gnu/packages/password-utils.scm (password-store): Remove the build
  phase, as it is unused.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: openssl-next: Update to 1.1.0c [fixes CVE-{7053,7054,7055}].

* gnu/packages/tls.scm (openssl-next): Update to 1.1.0c.
[arguments]: Duplicate 'configure' to add rpath flag previously handled by
now-defunct 'patch-runpath' phase. Duplicate 'remove-miscellany' phase.

gnu: windowmaker: Fix invocation of 'wmsetbg'.

* gnu/packages/gnustep.scm (windowmaker)[arguments]: Add substitution of
40-character limit with a 107-character limit.

gnu: vsearch: Update to 2.3.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (vsearch): Update to 2.3.4.

gnu: pardre: Update to 1.1.5-1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pardre): update to 1.1.5-1.
[source]: Update source hash.

gnu: linux-libre: Add fixes for CVE-2016-8655 et al.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre, linux-libre-arm-generic):
Add patches for CVE-2016-8655 and the vulnerability described in
<http://seclists.org/oss-sec/2016/q4/644>.

gnu: linux-libre@4.4: Add fixes for CVE-2016-8655 et al.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Add patches for CVE-2016-8655 and
the vulnerability described in <http://seclists.org/oss-sec/2016/q4/644>.

gnu: libsoup: Update to 2.56.0.

* gnu/packages/gnome.scm (libsoup): Update to 2.56.0.

offload: Allow testing machines that match a regexp.

* guix/scripts/offload.scm (check-machine-availability): Add 'pred'
parameter and honor it.
(guix-offload): for the "test" sub-command, accept an extra 'regexp'
parameter.  Pass a second argument to 'check-machine-availability'.

offload: Test each machine only once.

* guix/scripts/offload.scm (check-machine-availability)[build-machine=?]:
New procedure.
Add call to 'delete-duplicates'.

offload: Do not read ~/.ssh/known_hosts.

* guix/scripts/offload.scm (open-ssh-session): Pass #:knownhosts to
'make-session'.

gnu: ruby-sdoc: Update to 0.4.2.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-sdoc): Update to 0.4.2.
[arguments]: Remove 'relax-minitest-requirement' phase, Add 'set-rubylib'
phase.
[native-inputs]: Add ruby-hoe.

gnu: Adjust gemspec modifications for ruby-2.3.2.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-mocha)[arguments]: Adjust 'substitute*' of
gemspec.
(ruby-domain-name)[arguments]: Likewise.

gnu: linux-libre: Update to 4.8.13.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version, %linux-libre-hash)
(linux-libre): Update to 4.8.13.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.37.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.37.

gnu: gmsh: Update to 2.15.0.

* gnu/packages/maths.scm (gmsh): Update to 2.15.0.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: libev: Update to 4.23.

* gnu/packages/libevent.scm (libev): Update to 4.23.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into staging

gnu: libepoxy: Add patch to avoid segfault when GL support is missing.

* gnu/packages/patches/libepoxy-gl-null-checks.patch: New file.
* gnu/packages/gl.scm (libepoxy)[source]: Add it.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

daemon: Set ownership of kept build directories to the calling user.

Fixes <http://bugs.gnu.org/15890>.

* nix/libstore/globals.hh (Settings) Add clientUid and clientGid.
* nix/nix-daemon/nix-daemon.cc (daemonLoop] Store UID and GID of the
  caller in settings.
* nix/libstore/build.cc (_chown): New function.
  (DerivationGoal::deleteTmpDir): Use it, change ownership of build
  directory if it is kept and the new owner is not root.

gnu: ruby-sdoc: Really relax minitest version requirement.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-sdoc)[arguments]: Adjust pattern in
'relax-minitest-requirement'.

gnu: python-pyqt: Fix build by explicitly setting the stubsdir.

* gnu/packages.qt.scm (python-pyqt, python2-pyqt)[arguments]: In phase
'configure' pass option --stubsdir.

gnu: python-pyqt-5.5: Use non-inherited "configure" phase.

This allows passing different options for 5.5 than for the main version
(which is currently 5.6).

* gnu/packages.qt.scm (python-pyqt-5.5, python2-pyqt-5.5)[arguments]: Copy
from (python-pyqt)[arguments].

gnu: python2-pyqt-4: Change package name to python2-pyqt.

* gnu/packages/qt.scm (python2-pyqt-4)[package]: Change "name"
python2-pyqt.

gnu: Add python-flask-restful-swagger.

* gnu/packages/python.scm (python-flask-restful-swagger,
  python2-flask-restful-swagger): New variables.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: alot: Update to 0.4.

* gnu/packages/mail.scm (alot): Update to 0.4.
[arguments]: Update python3 comment.

gnu: php: Update to 7.0.14.

* gnu/packages/php.scm (php): Update to 7.0.14.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: parallel: Update 20161122.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20161122.

gnu: Add gnome-system-monitor.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-system-monitor): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

store: 'open-connection' no longer raises '&nar-error' for protocol errors.

* guix/store.scm (open-connection): Guard body against 'nar-error?' and
re-raise as '&nix-connection-error'.
* tests/store.scm ("connection handshake error"): New test.

gnu: Add epic5.

* gnu/packages/irc.scm (epic5): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: enlightenment: Update to 0.21.4.

* gnu/packages/enlightenment.scm (enlightenment): Update to 0.21.4.

gnu: efl: Update to 1.18.4.

* gnu/packages/enlightenment.scm (efl): Update to 1.18.4.

gnu: tor: Update to 0.2.8.11.

* gnu/packages/tor.scm (tor): Update to 0.2.8.11.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.6-7.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.6-7.

gnu: tcsh: Fix out of bounds read.

* gnu/packages/patches/tcsh-fix-out-of-bounds-read.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/shells.scm (tcsh)[replacement]: New field.
(tcsh/fixed): New variable.

gnu: Add vis.

* gnu/packages/text-editors.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

Co-authored-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: python-html5lib: Update to 1.0b10 [fixes CVE-2016-{9909,9910}].

* gnu/packages/python.scm (python-html5lib, python2-html5lib): Update to 1.0b10.

gnu: vsearch: Update to 2.3.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (vsearch): Update to 2.3.3.

gnu: libreoffice: Add 'libreoffice' symlink.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libreoffice)[arguments]: Adjust
'bin-install' phase to make 'libreoffice' symlink along with 'soffice'.

Co-authored-by: ng0 <ng0@libertad.pw>

gnu: Update 'geiser' hash and deprecate 'geiser-next'.

* gnu/packages/emacs.scm (geiser)[source]: Update the hash (the release
tarball was updated in place).
(geiser-next): Deprecate.

gnu: Fix path to /etc/netconfig in libtirpc.

* gnu/packages/onc-rpc.scm (libtirpc) [arguments]: Replace "/etc/netconfig"
with (string-append %output "/etc/netconfig")

hydra: Fix wrong-num-args error when computing the cross jobs.

Fixes a regression introduced in
dea91108cf6b9bb46071c8f65c9abf834c5b064d.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (hydra-jobs)[cross-jobs](either): Add
third parameter and honor it.

hydra: Adjust to make-bootstrap.scm change.

This is a followup to commit f13f60cb2620433280ccb2132376b7c6d3dbc06f.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (%core-packages): Call
'%glibc-bootstrap-tarball' since it's now a thunk, not a package.

hydra: Use '%final-inputs' from base.scm, not commencement.scm.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (package->job): Use the '%final-inputs'
procedure from (gnu packages base).

gnu: samba: Don't expect configuration files inside the store.

Fixes <http://bugs.gnu.org/24834>.

* gnu/packages/samba.scm (samba)[arguments]: Add --sysconfdir configure flag.
Add 'disable-etc-samba-directory-creation' phase.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add lua-lpeg.

* gnu/packages/lua.scm (lua-lpeg): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add libtermkey.

* gnu/packages/terminals.scm (libtermkey): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: cross-base: Move phases to (gnu build cross-toolchain).

* gnu/packages/cross-base.scm (cross-gcc-arguments) <#:phases>: Use
'cross-gcc-build-phases', and move body cross-toolchain.scm.
(cross-gcc): Add #:imported-modules.  Add (gnu build cross-toolchain) to
 #:modules.
* gnu/build/cross-toolchain.scm: New file, with code from
'cross-gcc-arguments'.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: cross-base: Factorize list of cross environment variables.

* gnu/packages/cross-base.scm (cross-libc): Replace literal list of
environment variable names with %GCC-CROSS-INCLUDE-PATHS.
(cross-kernel-headers): Likewise.

gnu: ams-lv2: Remove CPU optimization flags on non-Intel hardware.

* gnu/packages/music.scm (ams-lv2)[arguments]: Add phase to remove
Intel specific CPU optimization flags when compiling on non-Intel
hardware.

gnu: python-sqlalchemy-utils: Update to 0.32.11.

* gnu/packages/python.scm (python-sqlalchemy-utils): Update to 0.32.11.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add python-sadisplay.

* gnu/packages/python.scm (python-sadisplay, python2-sadisplay): New variables.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: subversion: Update to 1.8.17.

* gnu/packages/version-control.scm (subversion): Update to 1.8.17.

gnu: make-bootstrap: Produce the correct %glibc-bootstrap-tarball for Hurd systems.

* gnu/packages/make-bootstrap.scm (%glibc-bootstrap-tarball): Make it a procedure.
  (%glibc-stripped): Make it a procedure and move the kernel specific part from
  here to ...
* guix/build/make-bootstrap.scm (make-stripped-libc): ... here. New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.

gnu: cross-kernel-headers: Remove propagated-inputs from xhurd-headers.

* gnu/packages/cross-base.scm (xhurd-headers)[propagated-inputs]: Remove them.

hydra: Add "i686-w64-mingw32" as a cross-compilation target.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (%cross-targets): Add "i686-w64-mingw32".
(hydra-jobs)[cross-jobs?](pointless?): New procedure.
Use it.

gnu: guile-2.0: support mingw.

* gnu/packages/guile.scm (guile-2.0): Support MinGW.

gnu: readline: support mingw.

* gnu/packages/patches/readline-7.0-mingw.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/readline.scm (readline): Support MinGW.

gnu: ncurses: support mingw.

* gnu/packages/ncurses.scm (ncurses): Support MinGW.

Co-Authored-By: Jan Nieuwenhuizen <janneke@gnu.org>

gnu: gmp: build shared library for mingw.

* gnu/packages/multiprecision.scm (gmp)[MINGW]: Use --enable-shared.