gnu: freebayes: Update to 1.3.3.
authorEfraim Flashner <efraim@flashner.co.il>
Sun, 17 Jan 2021 13:31:21 +0000 (15:31 +0200)
committerEfraim Flashner <efraim@flashner.co.il>
Sun, 17 Jan 2021 13:47:32 +0000 (15:47 +0200)
commitfc9fd5496f33f697f4dc1e0dc1f20ba62c15726a
tree4d398aab6234f711ad2bbbc5e2bc85105fec7763
parent3ddeefe854a9f0fc3e33998f001e8445ee72a9f0
gnu: freebayes: Update to 1.3.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (freebayes): Update to 1.3.3.
[source]: Add patch. Add snippet to remove vendored library.
[build-system]: Switch to meson-build-system.
[inputs]: Remove bamtools. Add fastahack, smithwaterman, tabixpp.
[native-inputs]: Remove procps, python-2, tabixpp source, smithwaterman
source, multichoose source, fsom source, filevercmp source, fastahack
source, bash-tap source. Add bash-tap, grep, pkg-config, simde, vcflib.
[arguments]: Drop make-flags. Don't delete 'configure phase. Delete
custom 'fix-tests, 'build-tabixpp-and-vcflib, 'fix-makefiles, 'install
phases. Adjust 'unpack-submodule-sources phase to changed native-inputs.
Add new 'patch-source phase.
gnu/local.mk
gnu/packages/bioinformatics.scm
gnu/packages/patches/freebayes-devendor-deps.patch [new file with mode: 0644]