gnu: r-wgcna: Move to (gnu packages bioconductor).
[jackhill/guix/guix.git] / README
diff --git a/README b/README
index 5829320..5e9069f 100644 (file)
--- a/README
+++ b/README
@@ -1,42 +1,29 @@
 -*- mode: org -*-
 
-[[http://www.gnu.org/software/guix/][GNU Guix]] (IPA: /ɡiːks/) is a purely functional package manager, and
-associated free software distribution, for the [[http://www.gnu.org/gnu/gnu.html][GNU system]].  In addition
+[[https://www.gnu.org/software/guix/][GNU Guix]] (IPA: /ɡiːks/) is a purely functional package manager, and
+associated free software distribution, for the [[https://www.gnu.org/gnu/gnu.html][GNU system]].  In addition
 to standard package management features, Guix supports transactional
 upgrades and roll-backs, unprivileged package management, per-user
 profiles, and garbage collection.
 
-It provides [[http://www.gnu.org/software/guile/][Guile]] Scheme APIs, including a high-level embedded
+It provides [[https://www.gnu.org/software/guile/][Guile]] Scheme APIs, including a high-level embedded
 domain-specific languages (EDSLs) to describe how packages are to be
 built and composed.
 
-A user-land free software distribution for GNU/Linux comes as part of
-Guix.
+GNU Guix can be used on top of an already-installed GNU/Linux distribution, or
+it can be used standalone (we call that “Guix System”).
 
-Guix is based on the [[http://nixos.org/nix/][Nix]] package manager.
+Guix is based on the [[https://nixos.org/nix/][Nix]] package manager.
 
 
 * Requirements
 
-GNU Guix currently depends on the following packages:
+If you are building Guix from source, please see the manual for build
+instructions and requirements, either by running:
 
-  - [[http://gnu.org/software/guile/][GNU Guile 2.0.x]], version 2.0.7 or later
-  - [[http://gnupg.org/][GNU libgcrypt]]
-  - [[http://www.gnu.org/software/make/][GNU Make]]
-  - optionally [[http://savannah.nongnu.org/projects/guile-json/][Guile-JSON]], for the 'guix import pypi' command
-  - optionally [[http://www.gnutls.org][GnuTLS]] compiled with guile support enabled, for HTTPS support
-    in the 'guix download' command.  Note that 'guix import pypi' requires
-    this functionality.
+  info -f doc/guix.info "Requirements"
 
-Unless `--disable-daemon' was passed, the following packages are needed:
-
-  - [[http://sqlite.org/][SQLite 3]]
-  - [[http://www.bzip.org][libbz2]]
-  - [[http://gcc.gnu.org][GCC's g++]]
-
-When `--disable-daemon' was passed, you instead need the following:
-
-  - [[http://nixos.org/nix/][Nix]]
+or by checking the [[https://guix.gnu.org/manual/en/html_node/Requirements.html][web copy of the manual]].
 
 * Installation
 
@@ -44,7 +31,7 @@ See the manual for the installation instructions, either by running
 
   info -f doc/guix.info "Installation"
 
-or by checking the [[http://www.gnu.org/software/guix/manual/guix.html#Installation][web copy of the manual]].
+or by checking the [[https://guix.gnu.org/manual/en/html_node/Installation.html][web copy of the manual]].
 
 For information on installation from a Git checkout, please see the section
 "Building from Git" in the manual.
@@ -61,7 +48,8 @@ To do so:
   - Re-run the 'configure' script passing it the option
     '--localstatedir=/somewhere', where '/somewhere' is the 'localstatedir'
     value of the currently installed Guix (failing to do that would lead the
-    new Guix to consider the store to be empty!).
+    new Guix to consider the store to be empty!).  We recommend to use the
+    value '/var'.
 
   - Run "make", "make check", and "make install".
 
@@ -73,43 +61,23 @@ the promise of a build; it is stored as a text file under
 `derivation' primitive, as well as higher-level wrappers such as
 `build-expression->derivation'.
 
-Guix does remote procedure calls (RPCs) to the Guix or Nix daemon (the
-=guix-daemon= or =nix-daemon= command), which in turn performs builds
-and accesses to the Nix store on its behalf.  The RPCs are implemented
-in the (guix store) module.
-
-* Installing Guix as non-root
-
-The Guix daemon allows software builds to be performed under alternate
-user accounts, which are normally created specifically for this
-purpose.  For instance, you may have a pool of accounts in the
-=guixbuild= group, and then you can instruct =guix-daemon= to use them
-like this:
-
-  $ guix-daemon --build-users-group=guixbuild
-
-However, unless it is run as root, =guix-daemon= cannot switch users.
-In that case, it falls back to using a setuid-root helper program call
-=nix-setuid-helper=.  That program is not setuid-root by default when
-you install it; instead you should run a command along these lines
-(assuming Guix is installed under /usr/local):
-
-  # chown root.root /usr/local/libexec/nix-setuid-helper
-  # chmod 4755 /usr/local/libexec/nix-setuid-helper
+Guix does remote procedure calls (RPCs) to the build daemon (the =guix-daemon=
+command), which in turn performs builds and accesses to the store on its
+behalf.  The RPCs are implemented in the (guix store) module.
 
 * Contact
 
 GNU Guix is hosted at https://savannah.gnu.org/projects/guix/.
 
-Please email <bug-guix@gnu.org> for bug reports or questions regarding
-Guix and its distribution; email <gnu-system-discuss@gnu.org> for
-general issues regarding the GNU system.
+Please email <help-guix@gnu.org> for questions and <bug-guix@gnu.org> for bug
+reports; email <gnu-system-discuss@gnu.org> for general issues regarding the
+GNU system.
 
 Join #guix on irc.freenode.net.
 
 * Guix & Nix
 
-GNU Guix is based on [[http://nixos.org/nix/][the Nix package manager]].  It implements the same
+GNU Guix is based on [[https://nixos.org/nix/][the Nix package manager]].  It implements the same
 package deployment paradigm, and in fact it reuses some of its code.
 Yet, different engineering decisions were made for Guix, as described
 below.
@@ -132,7 +100,7 @@ the store.  Guix produces such derivations, which are then interpreted
 by the daemon to perform the build.  Thus, Guix derivations can use
 derivations produced by Nix (and vice versa).
 
-With Nix and the [[http://nixos.org/nixpkgs][Nixpkgs]] distribution, package composition happens at
+With Nix and the [[https://nixos.org/nixpkgs][Nixpkgs]] distribution, package composition happens at
 the Nix language level, but builders are usually written in Bash.
 Conversely, Guix encourages the use of Scheme for both package
 composition and builders.  Likewise, the core functionality of Nix is
@@ -141,13 +109,13 @@ but exposes all the API as Scheme.
 
 * Related software
 
-  - [[http://nixos.org][Nix, Nixpkgs, and NixOS]], functional package manager and associated
+  - [[https://nixos.org][Nix, Nixpkgs, and NixOS]], functional package manager and associated
     software distribution, are the inspiration of Guix
-  - [[http://www.gnu.org/software/stow/][GNU Stow]] builds around the idea of one directory per prefix, and a
+  - [[https://www.gnu.org/software/stow/][GNU Stow]] builds around the idea of one directory per prefix, and a
     symlink tree to create user environments
-  - [[http://www.pvv.ntnu.no/~arnej/store/storedoc_6.html][STORE]] shares the same idea
+  - [[https://www.pvv.ntnu.no/~arnej/store/storedoc_6.html][STORE]] shares the same idea
   - [[https://live.gnome.org/OSTree/][GNOME's OSTree]] allows bootable system images to be built from a
     specified set of packages
-  - The [[http://www.gnu.org/s/gsrc/][GNU Source Release Collection]] (GSRC) is a user-land software
+  - The [[https://www.gnu.org/s/gsrc/][GNU Source Release Collection]] (GSRC) is a user-land software
     distribution; unlike Guix, it relies on core tools available on the
     host system