tests: hackage: Fix mock urls.
[jackhill/guix/guix.git] / gnu / packages / statistics.scm
index 90dc414..990f2fc 100644 (file)
@@ -5,6 +5,7 @@
 ;;; Copyright © 2016 Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>
 ;;; Copyright © 2016 Pjotr Prins <pjotr.guix@thebird.nl>
 ;;; Copyright © 2016 Roel Janssen <roel@gnu.org>
+;;; Copyright © 2016 Ben Woodcroft <donttrustben@gmail.com>
 ;;;
 ;;; This file is part of GNU Guix.
 ;;;
@@ -61,7 +62,7 @@
 (define-public pspp
   (package
     (name "pspp")
-    (version "0.10.1")
+    (version "0.10.2")
     (source
      (origin
       (method url-fetch)
@@ -69,7 +70,7 @@
                           version ".tar.gz"))
       (sha256
        (base32
-        "0xw61kq0hxh7f6a4yjhnqbhc0fj9r3wb3qnpq05qhdp79n30ik24"))))
+        "1afsq0a3iij64qacczvwhk81qg0q5rfqm055y5h9ls28d6paqz7p"))))
     (build-system gnu-build-system)
     (inputs
      `(("cairo" ,cairo)
@@ -99,7 +100,7 @@ be output in text, PostScript, PDF or HTML.")
 (define-public r
   (package
     (name "r")
-    (version "3.2.5")
+    (version "3.3.0")
     (source (origin
               (method url-fetch)
               (uri (string-append "mirror://cran/src/base/R-"
@@ -107,7 +108,7 @@ be output in text, PostScript, PDF or HTML.")
                                   version ".tar.gz"))
               (sha256
                (base32
-                "1dc0iybjk9kr1nghz3fpir6mb9hb9rnrz9bgh00w5pg5vir5cx30"))))
+                "1r0i0cqs3p0vrpiwq0zg5kbrmja9rmaijyzf9f23v6d5n5ab2mlj"))))
     (build-system gnu-build-system)
     (arguments
      `(#:make-flags
@@ -121,10 +122,14 @@ be output in text, PostScript, PDF or HTML.")
           ;; Set default pager to "cat", because otherwise it is "false",
           ;; making "help()" print nothing at all.
           (lambda _ (setenv "PAGER" "cat") #t))
-         (add-before
-          'check 'set-timezone
+         (add-before 'check 'set-timezone
           ;; Some tests require the timezone to be set.
-          (lambda _ (setenv "TZ" "UTC") #t))
+          (lambda* (#:key inputs #:allow-other-keys)
+            (setenv "TZ" "UTC")
+            (setenv "TZDIR"
+                    (string-append (assoc-ref inputs "tzdata")
+                                   "/share/zoneinfo"))
+            #t))
          (add-after 'build 'make-info
           (lambda _ (zero? (system* "make" "info"))))
          (add-after 'build 'install-info
@@ -160,7 +165,11 @@ be output in text, PostScript, PDF or HTML.")
        ("which" ,which) ; for tests/Examples/base-Ex.R
        ("xz" ,xz)))
     (inputs
-     `(("cairo" ,cairo)
+     `(;; We need not only cairo here, but pango to ensure that tests for the
+       ;; "cairo" bitmapType plotting backend succeed.
+       ("pango" ,pango)
+       ("curl" ,curl)
+       ("tzdata" ,tzdata)
        ("gfortran" ,gfortran)
        ("icu4c" ,icu4c)
        ("libjpeg" ,libjpeg)
@@ -350,13 +359,13 @@ Munsell colour system.")
 (define-public r-rcpp
   (package
     (name "r-rcpp")
-    (version "0.12.4")
+    (version "0.12.5")
     (source
      (origin
        (method url-fetch)
        (uri (cran-uri "Rcpp" version))
        (sha256
-        (base32 "1lyhyaxrnb5w4igi3l1p378s4jblcnrv6h7h5ym42ljm54mm44w3"))))
+        (base32 "1vw0zbd6zhqixqg7h8ahn1dr1hb492365x419nrp2lhvr60r8i0k"))))
     (build-system r-build-system)
     (home-page "http://www.rcpp.org")
     (synopsis "Seamless R and C++ Integration")
@@ -371,6 +380,50 @@ and Francois (2011, JSS), and the book by Eddelbuettel (2013, Springer); see
 'citation(\"Rcpp\")' for details on these last two.")
     (license license:gpl2+)))
 
+(define-public r-mgcv
+  (package
+   (name "r-mgcv")
+   (version "1.8-12")
+   (source
+    (origin
+     (method url-fetch)
+     (uri (cran-uri "mgcv" version))
+     (sha256
+      (base32
+       "1khzy36nn6xbnzqfc2953ng0sv8w91mns1ymhibaqn1150x1qid0"))))
+   (build-system r-build-system)
+   (home-page "http://cran.r-project.org/web/packages/mgcv")
+   (synopsis "Mixed generalised additive model computation")
+   (description
+    "GAMs, GAMMs and other generalized ridge regression with multiple smoothing
+parameter estimation by GCV, REML or UBRE/AIC.  The library includes a
+@code{gam()} function, a wide variety of smoothers, JAGS support and
+distributions beyond the exponential family.")
+   (license license:gpl2+)))
+
+(define-public r-permute
+  (package
+   (name "r-permute")
+   (version "0.9-0")
+   (source
+    (origin
+     (method url-fetch)
+     (uri (cran-uri "permute" version))
+     (sha256
+      (base32
+       "0w68cqw6s4pixix8bh1qzsy1pm64jqh1cjznw74h82ygp8sj7p73"))))
+   (build-system r-build-system)
+   ;; Tests do not run correctly, but running them properly would entail a
+   ;; circular dependency with vegan.
+   (home-page "https://github.com/gavinsimpson/permute")
+   (synopsis "Functions for Generating Restricted Permutations of Data")
+   (description
+    "This package provides a set of restricted permutation designs for freely
+exchangeable, line transects (time series), spatial grid designs and permutation
+of blocks (groups of samples).  @code{permute} also allows split-plot designs,
+in which the whole-plots or split-plots or both can be freely exchangeable.")
+   (license license:gpl2+)))
+
 (define-public r-plyr
   (package
     (name "r-plyr")
@@ -545,7 +598,8 @@ legends.")
        ("r-plyr" ,r-plyr)
        ("r-proto" ,r-proto)
        ("r-reshape2" ,r-reshape2)
-       ("r-scales" ,r-scales)))
+       ("r-scales" ,r-scales)
+       ("r-svglite" ,r-svglite)))
     (home-page "http://ggplot2.org")
     (synopsis "An implementation of the grammar of graphics")
     (description
@@ -557,6 +611,55 @@ multidimensional conditioning system and a consistent interface to map data to
 aesthetic attributes.")
     (license license:gpl2+)))
 
+(define-public r-gdtools
+  (package
+    (name "r-gdtools")
+    (version "0.0.7")
+    (source
+     (origin
+       (method url-fetch)
+       (uri (cran-uri "gdtools" version))
+       (sha256
+        (base32
+         "1bmnf9d677f2jy8jnb9ymjz1qzm4yrd0qp6k5qrrly06jfffyx7g"))))
+    (build-system r-build-system)
+    (native-inputs
+     `(("r-rcpp" ,r-rcpp)
+       ("pkg-config" ,pkg-config)))
+    (inputs
+     `(("cairo" ,cairo)))
+    (home-page "http://cran.r-project.org/web/packages/gdtools")
+    (synopsis "Utilities for graphical rendering")
+    (description
+     "The @code{gdtools} package provides functionalities to get font metrics
+and to generate base64 encoded string from raster matrix.")
+    (license license:gpl3)))
+
+(define-public r-svglite
+  (package
+    (name "r-svglite")
+    (version "1.1.0")
+    (source
+     (origin
+       (method url-fetch)
+       (uri (cran-uri "svglite" version))
+       (sha256
+        (base32
+         "11ryicjglfi6jvkk4jgg5kra42qbs5z2zid7jjhlslpjcljfwc70"))))
+    (build-system r-build-system)
+    (native-inputs  `(("r-rcpp" ,r-rcpp)))
+    (propagated-inputs
+     `(("r-bh" ,r-bh)
+       ("r-gdtools" ,r-gdtools)))
+    (home-page "https://github.com/hadley/svglite")
+    (synopsis "SVG graphics device")
+    (description
+     "@code{svglite} is a graphics device that produces clean
+@dfn{SVG} (Scalable Vector Graphics) output, suitable for use on the web, or
+hand editing.  Compared to the built-in @code{svg()}, @code{svglite} is
+considerably faster, produces smaller files, and leaves text as is.")
+    (license license:gpl2+)))
+
 (define-public r-assertthat
   (package
     (name "r-assertthat")
@@ -598,13 +701,13 @@ evaluation (NSE) in R.")
 (define-public r-dbi
   (package
     (name "r-dbi")
-    (version "0.3.1")
+    (version "0.4-1")
     (source (origin
               (method url-fetch)
               (uri (cran-uri "DBI" version))
               (sha256
                (base32
-                "0xj5baxwnhl23rd5nskhjvranrwrc68f3xlyrklglipi41bm69hw"))))
+                "13n6ibmrma42qmq17qgkyjsc0ciwqf17sd7lw7w26pwpyjd4mwgg"))))
     (build-system r-build-system)
     (home-page "https://github.com/rstats-db/DBI")
     (synopsis "R database interface")
@@ -618,13 +721,13 @@ R/DBMS implementations.")
 (define-public r-bh
   (package
     (name "r-bh")
-    (version "1.60.0-1")
+    (version "1.60.0-2")
     (source (origin
               (method url-fetch)
               (uri (cran-uri "BH" version))
               (sha256
                (base32
-                "08gc3b0irgvpjl59irdxs8jhlbky4yp4fvs3zi4pq0wdwj43cfsk"))))
+                "136497fng9bcvrf8favpj8inz96pxdwp1rrb2k00sxjxjbgawhg4"))))
     (build-system r-build-system)
     (home-page "https://github.com/eddelbuettel/bh")
     (synopsis "R package providing subset of Boost headers")
@@ -636,13 +739,13 @@ for template use among CRAN packages.")
 (define-public r-evaluate
   (package
     (name "r-evaluate")
-    (version "0.8.3")
+    (version "0.9")
     (source (origin
               (method url-fetch)
               (uri (cran-uri "evaluate" version))
               (sha256
                (base32
-                "08d6164m9wqf9qq6yh1s9a0qxwqzqpsq7312hilzy79gxf9gixzr"))))
+                "1bn6bympg9prr8d16g1g530bddii8i04hf4i2bkw0yf4dsfqq4g8"))))
     (build-system r-build-system)
     (propagated-inputs
      `(("r-stringr" ,r-stringr)))
@@ -658,13 +761,13 @@ adapted for other output formats, such as HTML or LaTeX.")
 (define-public r-formatr
   (package
     (name "r-formatr")
-    (version "1.3")
+    (version "1.4")
     (source (origin
               (method url-fetch)
               (uri (cran-uri "formatR" version))
               (sha256
                (base32
-                "09fsd0z6nhksc1h921h8q28f87hr6d1q8d6dmpxphjylb9r5xmj4"))))
+                "1fvynq0fj1r9grg9vvfdh5fl2riv6qki9f2rfpyvbvqq3xxpmi3f"))))
     (build-system r-build-system)
     (home-page "http://yihui.name/formatR")
     (synopsis "Format R code automatically")
@@ -678,13 +781,13 @@ There is also a Shiny app as a user interface in this package.")
 (define-public r-highr
   (package
     (name "r-highr")
-    (version "0.5.1")
+    (version "0.6")
     (source (origin
               (method url-fetch)
               (uri (cran-uri "highr" version))
               (sha256
                (base32
-                "11hyawzhaw3ph5y5xphi7alx6df1d0i6wh0a2n5m4sxxhdrzswnb"))))
+                "0n9v44dxdy5fhkdmpbpa2p78whyd9z3rhhy42ipdz5m5vsr55qa3"))))
     (build-system r-build-system)
     (home-page "https://github.com/yihui/highr")
     (synopsis "Syntax highlighting for R source code")
@@ -759,13 +862,13 @@ emitter (http://pyyaml.org/wiki/LibYAML) for R.")
 (define-public r-knitr
   (package
     (name "r-knitr")
-    (version "1.12.3")
+    (version "1.13")
     (source (origin
               (method url-fetch)
               (uri (cran-uri "knitr" version))
               (sha256
                (base32
-                "1v3rzv6wq8mvpdrljsaqk4z3f8323jnv385js24wmn4fglqly6dz"))))
+                "0v69846myi4fbjp8wiik4295fhba67s3i6ccysghm6x031i2f26q"))))
     (build-system r-build-system)
     (propagated-inputs
      `(("r-evaluate" ,r-evaluate)
@@ -785,6 +888,29 @@ generation in R using Literate Programming techniques.")
     ;; here.
     (license license:gpl2+)))
 
+(define-public r-knitrbootstrap
+  (package
+    (name "r-knitrbootstrap")
+    (version "1.0.0")
+    (source
+     (origin
+       (method url-fetch)
+       (uri (cran-uri "knitrBootstrap" version))
+       (sha256
+        (base32
+         "0pshn2slzqwpryklslsxwh1dmqcnwv6bwi7yfm6m342wjybpk0wl"))))
+    (properties `((upstream-name . "knitrBootstrap")))
+    (build-system r-build-system)
+    (propagated-inputs
+     `(("r-knitr" ,r-knitr)
+       ("r-rmarkdown" ,r-rmarkdown)))
+    (home-page "https://github.com/jimhester/knitrBootstrap")
+    (synopsis "Knitr bootstrap framework")
+    (description
+     "This package provides a framework to create Bootstrap 3 HTML reports
+from knitr Rmarkdown.")
+    (license license:expat)))
+
 (define-public r-microbenchmark
   (package
     (name "r-microbenchmark")
@@ -909,13 +1035,13 @@ R packages that praise their users.")
 (define-public r-testthat
   (package
     (name "r-testthat")
-    (version "1.0.0")
+    (version "1.0.2")
     (source (origin
               (method url-fetch)
               (uri (cran-uri "testthat" version))
               (sha256
                (base32
-                "1ci1y54kaz7g4di79fcibp0m0wkkxn2glchhs6v8jfg6374ka410"))))
+                "0pj1r01x4ny4capr83dfa19hi5i2sjjxky99schzip8zrq5dzxqf"))))
     (build-system r-build-system)
     (propagated-inputs
      `(("r-digest" ,r-digest)
@@ -1205,7 +1331,8 @@ building design matrices.")
                            "s/statsmodels/statsmodels-" version ".tar.gz"))
        (sha256
         (base32
-         "0xn67sqr0cc1lmlhzm71352hrb4hw7g318p5ff5q97pc98vl8kmy"))))
+         "0xn67sqr0cc1lmlhzm71352hrb4hw7g318p5ff5q97pc98vl8kmy"))
+       (patches (search-patches "python-statsmodels-fix-tests.patch"))))
     (build-system python-build-system)
     (arguments
      `(#:phases
@@ -1249,7 +1376,8 @@ inference for statistical models.")
   (let ((stats (package-with-python2 python-statsmodels)))
     (package (inherit stats)
       (propagated-inputs
-       `(("python2-numpy" ,python2-numpy)
+       `(("python2-pytz" ,python2-pytz)
+         ("python2-numpy" ,python2-numpy)
          ("python2-scipy" ,python2-scipy)
          ("python2-pandas" ,python2-pandas)
          ("python2-patsy" ,python2-patsy)
@@ -1279,6 +1407,25 @@ diagnostic tests of convergence to the equilibrium distribution of the Markov
 chain.")
     (license license:gpl2+)))
 
+(define-public r-ade4
+  (package
+    (name "r-ade4")
+    (version "1.7-4")
+    (source
+      (origin
+        (method url-fetch)
+        (uri (cran-uri "ade4" version))
+        (sha256
+          (base32
+            "17sbicash7z4b63dlrbaf8xx2pbwh62vykzvhdjs43h8jkl881y7"))))
+    (build-system r-build-system)
+    (home-page "http://pbil.univ-lyon1.fr/ADE-4")
+    (synopsis "Multivariate data analysis and graphical display")
+    (description
+     "The ade4 package contains data analysis functions to analyze ecological
+and environmental data in the framework of Euclidean exploratory methods.")
+    (license license:gpl2+)))
+
 (define-public r-xml2
   (package
     (name "r-xml2")
@@ -1303,6 +1450,32 @@ chain.")
 files in R.  It is built on top of the libxml2 C library.")
     (license license:gpl2+)))
 
+(define-public r-multitaper
+  (package
+    (name "r-multitaper")
+    (version "1.0-11")
+    (source
+     (origin
+       (method url-fetch)
+       (uri (cran-uri "multitaper" version))
+       (sha256
+        (base32
+         "1s0lmjzpyd7zmc2p1ywv5fm7qkq357p70b76gw9wjlms6d81j1n4"))))
+    (build-system r-build-system)
+    (native-inputs
+     `(("gfortran" ,gfortran)))
+    (home-page "http://github.com/wesleyburr/multitaper/")
+    (synopsis "Multitaper spectral analysis tools")
+    (description
+     "This package implements multitaper spectral estimation
+techniques using prolate spheroidal sequences (Slepians) and sine
+tapers for time series analysis.  It includes an adaptive weighted
+multitaper spectral estimate, a coherence estimate, Thomson's Harmonic
+F-test, and complex demodulation.  The Slepians sequences are
+generated efficiently using a tridiagonal matrix solution, and
+jackknifed confidence intervals are available for most estimates.")
+    (license license:gpl2+)))
+
 (define-public r-rversions
   (package
     (name "r-rversions")
@@ -1389,14 +1562,14 @@ collation, and NAMESPACE files.")
 (define-public r-openssl
   (package
     (name "r-openssl")
-    (version "0.9.2")
+    (version "0.9.3")
     (source
      (origin
        (method url-fetch)
        (uri (cran-uri "openssl" version))
        (sha256
         (base32
-         "1dbsaciz39zvsmcyxkmpfm5yxzrpw2iv2nb86525wn80q0cyv0cb"))))
+         "0ldqam7d9fyxwhr651ld6lsh05lg4v2y8ajxwzq9ywzjmfb3vlpz"))))
     (build-system r-build-system)
     (inputs
      `(("openssl" ,openssl)))
@@ -1446,13 +1619,13 @@ functions make it easy to control additional request components.")
 (define-public r-git2r
   (package
     (name "r-git2r")
-    (version "0.14.0")
+    (version "0.15.0")
     (source (origin
               (method url-fetch)
               (uri (cran-uri "git2r" version))
               (sha256
                (base32
-                "0jkkrggffpflaaw0gn2hnm1wz83xs31amriim481g73zf30g2bpr"))))
+                "1rpdf85wy9fp456ypvbhl3p9whkb7kgl0n7rkqxd2bhvyzkvjak8"))))
     (build-system r-build-system)
     ;; This R package contains modified sources of libgit2.  This modified
     ;; version of libgit2 is built as the package is built.  Hence libgit2 is
@@ -1490,13 +1663,13 @@ informative error messages when it's not available.")
 (define-public r-devtools
   (package
     (name "r-devtools")
-    (version "1.11.0")
+    (version "1.11.1")
     (source (origin
               (method url-fetch)
               (uri (cran-uri "devtools" version))
               (sha256
                (base32
-                "101j15d0f9107pnmdpdwqyvk2ncykq48336rl8lnqp6idiq8id2q"))))
+                "0ik3l3q62sspdph613f9ik5yz36s8q5nrc50dqgn3pxzvpwpdj2i"))))
     (build-system r-build-system)
     (propagated-inputs
      `(("r-curl" ,r-curl)
@@ -1561,13 +1734,13 @@ disk (or a connection).")
 (define-public r-plotrix
   (package
     (name "r-plotrix")
-    (version "3.6-1")
+    (version "3.6-2")
     (source (origin
               (method url-fetch)
               (uri (cran-uri "plotrix" version))
               (sha256
                (base32
-                "1y8xnlpy4zba70af9lwj2sshvfdfcmfdh92wamyzj8z9gciailfr"))))
+                "1jn1k3skmlgyvpijj6vlcn5m2zgrsdh00g1fq8n5dqs1pkl1sqrw"))))
     (build-system r-build-system)
     (home-page "http://cran.r-project.org/web/packages/plotrix")
     (synopsis "Various plotting functions")
@@ -1640,13 +1813,13 @@ well as additional utilities such as panel and axis annotation functions.")
 (define-public r-rcpparmadillo
   (package
     (name "r-rcpparmadillo")
-    (version "0.6.700.3.0")
+    (version "0.6.700.6.0")
     (source (origin
               (method url-fetch)
               (uri (cran-uri "RcppArmadillo" version))
               (sha256
                (base32
-                "1mc62b6my568ni18w4clgs6l6ggqrwzsm3lgx0c1prf4rap69s8w"))
+                "0x736cjg1pbvn8c6h91c88qmmz4pddvvqg88k9c9kwhn24fjrra0"))
               (modules '((guix build utils)))
               ;; Remove bundled armadillo sources
               (snippet
@@ -1724,14 +1897,14 @@ encoder/decoder, round-off-error-free sum and cumsum, etc.")
 (define-public r-rmarkdown
   (package
     (name "r-rmarkdown")
-    (version "0.9.5")
+    (version "0.9.6")
     (source
       (origin
         (method url-fetch)
         (uri (cran-uri "rmarkdown" version))
         (sha256
           (base32
-            "1zz98jxvw3lzva5kkj1n37gbhjwqd96gjs04y6h37pqy6qmkhk8c"))))
+            "09ajq5miqzz46q0i9svvbh93dbi7xbjn4702d6z3scdz272gx7l2"))))
     (properties `((upstream-name . "rmarkdown")))
     (build-system r-build-system)
     (propagated-inputs
@@ -2096,6 +2269,29 @@ parallel.")
 using the parallel package.")
     (license license:gpl2+)))
 
+(define-public r-domc
+  (package
+    (name "r-domc")
+    (version "1.3.4")
+    (source
+     (origin
+       (method url-fetch)
+       (uri (cran-uri "doMC" version))
+       (sha256
+        (base32
+         "0y47jl6g4f83r14pj8bafdzq1phj7bxy5dwyz3k43d2rr8phk8bn"))))
+    (properties `((upstream-name . "doMC")))
+    (build-system r-build-system)
+    (propagated-inputs
+     `(("r-foreach" ,r-foreach)
+       ("r-iterators" ,r-iterators)))
+    (home-page "http://cran.r-project.org/web/packages/doMC")
+    (synopsis "Foreach parallel adaptor for the 'parallel' package")
+    (description
+     "This package provides a parallel backend for the @code{%dopar%} function
+using the multicore functionality of the parallel package.")
+    (license license:gpl2+)))
+
 (define-public r-dt
   (package
     (name "r-dt")
@@ -2168,6 +2364,32 @@ singular and eigenvalue decompositions, as well as for principal component
 analysis of large sparse or dense matrices.")
     (license (list license:gpl2+ license:gpl3+))))
 
+(define-public r-glmnet
+  (package
+   (name "r-glmnet")
+   (version "2.0-5")
+   (source
+    (origin
+     (method url-fetch)
+     (uri (cran-uri "glmnet" version))
+     (sha256
+      (base32
+       "1cbpzmbv837fvq88rgn6mgzgr9f1wqp9fg8gh2kkmngvr1957a9c"))))
+   (build-system r-build-system)
+    (inputs
+     `(("gfortran" ,gfortran)))
+   (propagated-inputs
+    `(("r-foreach" ,r-foreach)))
+   (home-page "http://www.jstatsoft.org/v33/i01")
+   (synopsis "Lasso and elastic-net regularized generalized linear models")
+   (description
+    "The glmnet package provides efficient procedures for fitting the entire
+lasso or elastic-net regularization path for linear and Poisson regression, as
+well as logistic, multinomial, Cox, multiple-response Gaussian and grouped
+multinomial models.  The algorithm uses cyclical coordinate descent in a
+path-wise fashion.")
+   (license license:gpl2+)))
+
 (define-public r-pkgmaker
   (package
     (name "r-pkgmaker")
@@ -2405,13 +2627,13 @@ persistent (on the file system).")
 (define-public r-r-rsp
   (package
     (name "r-r-rsp")
-    (version "0.21.0")
+    (version "0.30.0")
     (source (origin
               (method url-fetch)
               (uri (cran-uri "R.rsp" version))
               (sha256
                (base32
-                "0snc6ps75s3ci6sy8mil1wg2i9xmlr1ygh9n244y1brdvp43dfsw"))))
+                "1ssykygqkxzx9qblxhavxlf2z6r5bhk0s47yw1dllfiyc8zy7jv2"))))
     (properties `((upstream-name . "R.rsp")))
     (build-system r-build-system)
     (propagated-inputs
@@ -2433,16 +2655,35 @@ things.  RSP is ideal for self-contained scientific reports and R package
 vignettes.")
     (license license:lgpl2.1+)))
 
+(define-public r-mvtnorm
+  (package
+    (name "r-mvtnorm")
+    (version "1.0-5")
+    (source (origin
+              (method url-fetch)
+              (uri (cran-uri "mvtnorm" version))
+              (sha256
+               (base32
+                "1pc1mi2h063gh4a40009xk5j6pf5bm4274i5kycln38dixsry3yh"))))
+    (build-system r-build-system)
+    (inputs
+     `(("gfortran" ,gfortran)))
+    (home-page "http://mvtnorm.R-forge.R-project.org")
+    (synopsis "Package for multivariate normal and t-distributions")
+    (description "This package can compute multivariate normal and
+t-probabilities, quantiles, random deviates and densities.")
+    (license license:gpl2)))
+
 (define-public r-matrixstats
   (package
     (name "r-matrixstats")
-    (version "0.50.1")
+    (version "0.50.2")
     (source (origin
               (method url-fetch)
               (uri (cran-uri "matrixStats" version))
               (sha256
                (base32
-                "08l32abp7dfnsc49ca4hzznh934y60n5z01x5ga2ixky5961s57c"))))
+                "0zj27xxx9cyrq16rn4g3l0krqg68p8f2qp18w1w4i767j87amlbj"))))
     (properties `((upstream-name . "matrixStats")))
     (build-system r-build-system)
     (native-inputs
@@ -2538,13 +2779,13 @@ It uses and relies on grid graphics and formal (S4) classes and methods.")
 (define-public r-plotly
   (package
     (name "r-plotly")
-    (version "3.4.13")
+    (version "3.6.0")
     (source (origin
               (method url-fetch)
               (uri (cran-uri "plotly" version))
               (sha256
                (base32
-                "1pfl9w35iwin8a1hfwcihajyps2ngjbyrmvi61b9lspcdbk39lf8"))))
+                "15hvqa0sf4z6l6vvr614zjszfphwpv66zpc665iyiynq0pd1jv2c"))))
     (build-system r-build-system)
     (propagated-inputs
      `(("r-base64enc" ,r-base64enc)
@@ -2568,6 +2809,68 @@ directly from R.  Once uploaded to a plotly account, plotly graphs (and the
 data behind them) can be viewed and modified in a web browser.")
     (license license:x11)))
 
+(define-public r-biased-urn
+  (package
+   (name "r-biased-urn")
+   (version "1.07")
+   (source
+    (origin
+     (method url-fetch)
+     (uri (cran-uri "BiasedUrn" version))
+     (sha256
+      (base32
+       "13i2lgfnjhlbbm2yxfc2l5hswqw6x03pwba5csjmirv8kpjw4xr3"))))
+   (properties `((upstream-name . "BiasedUrn")))
+   (build-system r-build-system)
+   (home-page "http://www.agner.org/random/")
+   (synopsis "Biased urn model distributions")
+   (description
+    "This package provides statistical models of biased sampling in the form
+of univariate and multivariate noncentral hypergeometric distributions,
+including Wallenius' noncentral hypergeometric distribution and Fisher's
+noncentral hypergeometric distribution (also called extended hypergeometric
+distribution).")
+   (license license:gpl3+)))
+
+(define-public r-runit
+  (package
+    (name "r-runit")
+    (version "0.4.31")
+    (source
+     (origin
+       (method url-fetch)
+       (uri (cran-uri "RUnit" version))
+       (sha256
+        (base32
+         "1jqr871jkll2xmk7wk5hv1z3a36hyn2ibgivw7bwk4b346940xlx"))))
+    (properties `((upstream-name . "RUnit")))
+    (build-system r-build-system)
+    (home-page "http://cran.r-project.org/web/packages/RUnit")
+    (synopsis "R unit test framework")
+    (description
+     "This package provides R functions implementing a standard unit testing
+framework, with additional code inspection and report generation tools.")
+    (license license:gpl2+)))
+
+(define-public r-zoo
+  (package
+    (name "r-zoo")
+    (version "1.7-13")
+    (source (origin
+              (method url-fetch)
+              (uri (cran-uri "zoo" version))
+              (sha256
+               (base32
+                "0m67bnrg7r1jxvs9p7rpa430szp5qfp65r056yb8bivpc16jd98c"))))
+    (build-system r-build-system)
+    (propagated-inputs
+     `(("r-lattice" ,r-lattice)))
+    (home-page "http://zoo.R-Forge.R-project.org/")
+    (synopsis "S3 infrastructure for regular and irregular time series")
+    (description "This package contains an S3 class with methods for totally
+ordered indexed observations.  It is particularly aimed at irregular time
+series of numeric vectors/matrices and factors.")
+    (license license:gpl2+)))
 
 (define-public r-ztable
   (package