doc: cookbook: Adding a section "Running Guix on a Linode Server"
[jackhill/guix/guix.git] / doc / guix-cookbook.texi
index 66f94a0..a783c0a 100644 (file)
 Copyright @copyright{} 2019 Ricardo Wurmus@*
 Copyright @copyright{} 2019 Efraim Flashner@*
 Copyright @copyright{} 2019 Pierre Neidhardt@*
+Copyright @copyright{} 2020 Oleg Pykhalov@*
+Copyright @copyright{} 2020 Matthew Brooks@*
+Copyright @copyright{} 2020 Marcin Karpezo@*
+Copyright @copyright{} 2020 Brice Waegeneire@*
+Copyright @copyright{} 2020 André Batista@*
+Copyright @copyright{} 2020 Christopher Lemmer Webber
 
 Permission is granted to copy, distribute and/or modify this document
 under the terms of the GNU Free Documentation License, Version 1.3 or
@@ -58,6 +64,8 @@ Translation Project}.
 * Scheme tutorials::            Meet your new favorite language!
 * Packaging::                   Packaging tutorials
 * System Configuration::        Customizing the GNU System
+* Advanced package management:: Power to the users!
+* Environment management::      Control environment
 
 * Acknowledgments::             Thanks!
 * GNU Free Documentation License::  The license of this document.
@@ -104,15 +112,16 @@ Let's get started!
 
 Guix uses the Guile implementation of Scheme.  To start playing with the
 language, install it with @code{guix install guile} and start a
-@uref{https://en.wikipedia.org/wiki/Read%E2%80%93eval%E2%80%93print_loop,
-REPL} by running @code{guile} from the command line.
+@dfn{REPL}---short for @uref{https://en.wikipedia.org/wiki/Read%E2%80%93eval%E2%80%93print_loop,
+@dfn{read-eval-print loop}}---by running @code{guile} from the command line.
 
 Alternatively you can also run @code{guix environment --ad-hoc guile -- guile}
 if you'd rather not have Guile installed in your user profile.
 
-In the following examples we use the @code{>} symbol to denote the REPL
-prompt, that is, the line reserved for user input.  @xref{Using Guile
-Interactively,,, guile, GNU Guile Reference Manual}) for more details on the
+In the following examples, lines show what you would type at the REPL;
+lines starting with ``@result{}'' show evaluation results, while lines
+starting with ``@print{}'' show things that get printed.  @xref{Using Guile
+Interactively,,, guile, GNU Guile Reference Manual}, for more details on the
 REPL.
 
 @itemize
@@ -120,18 +129,21 @@ REPL.
 Scheme syntax boils down to a tree of expressions (or @emph{s-expression} in
 Lisp lingo).  An expression can be a literal such as numbers and strings, or a
 compound which is a parenthesized list of compounds and literals.  @code{#t}
-and @code{#f} stand for the booleans "true" and "false", respectively.
+and @code{#f} stand for the Booleans ``true'' and ``false'', respectively.
 
 Examples of valid expressions:
 
-@example scheme
-> "Hello World!"
+@lisp
 "Hello World!"
-> 17
+@result{} "Hello World!"
+
 17
-> (display (string-append "Hello " "Guix" "\n"))
-"Hello Guix!"
-@end example
+@result{} 17
+
+(display (string-append "Hello " "Guix" "\n"))
+@print{} Hello Guix!
+@result{} #<unspecified>
+@end lisp
 
 @item
 This last example is a function call nested in another function call.  When a
@@ -142,94 +154,99 @@ last evaluated expression as its return value.
 @item
 Anonymous functions are declared with the @code{lambda} term:
 
-@example scheme
-(lambda (x) (* x x))
-#<procedure 120e348 at <unknown port>:24:0 (x)>
-@end example
+@lisp
+(lambda (x) (* x x))
+@result{} #<procedure 120e348 at <unknown port>:24:0 (x)>
+@end lisp
 
 The above procedure returns the square of its argument.  Since everything is
 an expression, the @code{lambda} expression returns an anonymous procedure,
 which can in turn be applied to an argument:
 
-@example scheme
-((lambda (x) (* x x)) 3)
-9
-@end example
+@lisp
+((lambda (x) (* x x)) 3)
+@result{} 9
+@end lisp
 
 @item
 Anything can be assigned a global name with @code{define}:
 
-@example scheme
-(define a 3)
-(define square (lambda (x) (* x x)))
-(square a)
-9
-@end example
+@lisp
+(define a 3)
+(define square (lambda (x) (* x x)))
+(square a)
+@result{} 9
+@end lisp
 
 @item
 Procedures can be defined more concisely with the following syntax:
 
-@example scheme
+@lisp
 (define (square x) (* x x))
-@end example
+@end lisp
 
 @item
 A list structure can be created with the @code{list} procedure:
 
-@example scheme
-(list 2 a 5 7)
-(2 3 5 7)
-@end example
+@lisp
+(list 2 a 5 7)
+@result{} (2 3 5 7)
+@end lisp
 
 @item
-The @emph{quote} disables evaluation of a parenthesized expression: the first
-term is not called over the other terms.  Thus it effectively returns a list
-of terms.
+The @dfn{quote} disables evaluation of a parenthesized expression: the
+first term is not called over the other terms (@pxref{Expression Syntax,
+quote,, guile, GNU Guile Reference Manual}).  Thus it effectively
+returns a list of terms.
 
-@example scheme
-> '(display (string-append "Hello " "Guix" "\n"))
-(display (string-append "Hello " "Guix" "\n"))
-> '(2 a 5 7)
-(2 a 5 7)
-@end example
+@lisp
+'(display (string-append "Hello " "Guix" "\n"))
+@result{} (display (string-append "Hello " "Guix" "\n"))
+
+'(2 a 5 7)
+@result{} (2 a 5 7)
+@end lisp
 
 @item
-The @emph{quasiquote} disables evaluation of a parenthesized expression until
-a comma re-enables it.  Thus it provides us with fine-grained control over
-what is evaluated and what is not.
+The @dfn{quasiquote} disables evaluation of a parenthesized expression
+until @dfn{unquote} (a comma) re-enables it.  Thus it provides us with
+fine-grained control over what is evaluated and what is not.
 
-@example scheme
-`(2 a 5 7 (2 ,a 5 ,(+ a 4)))
-(2 a 5 7 (2 3 5 7))
-@end example
+@lisp
+`(2 a 5 7 (2 ,a 5 ,(+ a 4)))
+@result{} (2 a 5 7 (2 3 5 7))
+@end lisp
 
 Note that the above result is a list of mixed elements: numbers, symbols (here
 @code{a}) and the last element is a list itself.
 
 @item
-Multiple variables can be named locally with @code{let}:
+Multiple variables can be named locally with @code{let} (@pxref{Local
+Bindings,,, guile, GNU Guile Reference Manual}):
 
-@example scheme
-> (define x 10)
-> (let ((x 2)
-        (y 3))
-    (list x y))
-(2 3)
-> x
-10
-> y
-ERROR: In procedure module-lookup: Unbound variable: y
-@end example
+@lisp
+(define x 10)
+(let ((x 2)
+      (y 3))
+  (list x y))
+@result{} (2 3)
+
+x
+@result{} 10
+
+y
+@error{} In procedure module-lookup: Unbound variable: y
+@end lisp
 
 Use @code{let*} to allow later variable declarations to refer to earlier
 definitions.
 
-@example scheme
-(let* ((x 2)
-         (y (* x 3)))
-    (list x y))
-(2 6)
-@end example
+@lisp
+(let* ((x 2)
+       (y (* x 3)))
+  (list x y))
+@result{} (2 6)
+@end lisp
 
 @item
 The keyword syntax is @code{#:}; it is used to create unique identifiers.
@@ -241,14 +258,15 @@ the build stage.  Note that it is merely a convention, like @code{_} in C.
 Scheme treats @code{%} exactly the same as any other letter.
 
 @item
-Modules are created with @code{define-module}.  For instance
+Modules are created with @code{define-module} (@pxref{Creating Guile
+Modules,,, guile, GNU Guile Reference Manual}).  For instance
 
-@example scheme
+@lisp
 (define-module (guix build-system ruby)
   #:use-module (guix store)
   #:export (ruby-build
             ruby-build-system))
-@end example
+@end lisp
 
 defines the module @code{guix build-system ruby} which must be located in
 @file{guix/build-system/ruby.scm} somewhere in the Guile load path.  It
@@ -268,7 +286,7 @@ online}, together with
 @uref{https://ocw.mit.edu/courses/electrical-engineering-and-computer-science/6-001-structure-and-interpretation-of-computer-programs-spring-2005/video-lectures/,
 videos of the lectures by the authors}.  The book is available in Texinfo
 format as the @code{sicp} Guix package.  Go ahead, run @code{guix install
-sicp} and start reading with @code{info sicp} (or with the Emacs Info reader).
+sicp} and start reading with @code{info sicp} (@pxref{,,, sicp, Structure and Interpretation of Computer Programs}).
 An @uref{https://sarabander.github.io/sicp/, unofficial ebook is also
 available}.
 
@@ -313,7 +331,7 @@ package definitions.
 @item
 Inheritance makes it easy to customize a package by inheriting from it and
 modifying only what is needed.
+
 @item
 Batch processing: the whole package collection can be parsed, filtered and
 processed.  Building a headless server with all graphical interfaces stripped
@@ -330,19 +348,20 @@ It does not assume much knowledge of the Guix system nor of the Lisp language.
 The reader is only expected to be familiar with the command line and to have some
 basic programming knowledge.
 
-@subsection A "Hello World" package
+@node A ``Hello World'' package
+@subsection A ``Hello World'' package
 
-The “Defining Packages” section of the manual introduces the basics of Guix
+The ``Defining Packages'' section of the manual introduces the basics of Guix
 packaging (@pxref{Defining Packages,,, guix, GNU Guix Reference Manual}).  In
 the following section, we will partly go over those basics again.
 
-``GNU hello'' is a dummy project that serves as an idiomatic example for
+GNU@tie{}Hello is a dummy project that serves as an idiomatic example for
 packaging.  It uses the GNU build system (@code{./configure && make && make
 install}).  Guix already provides a package definition which is a perfect
 example to start with.  You can look up its declaration with @code{guix edit
 hello} from the command line.  Let's see how it looks:
 
-@example scheme
+@lisp
 (define-public hello
   (package
     (name "hello")
@@ -362,7 +381,7 @@ serves as an example of standard GNU coding practices.  As such, it supports
 command-line arguments, multiple languages, and so on.")
     (home-page "https://www.gnu.org/software/hello/")
     (license gpl3+)))
-@end example
+@end lisp
 
 As you can see, most of it is rather straightforward.  But let's review the
 fields together:
@@ -414,15 +433,15 @@ available licenses.
 @end table
 
 Time to build our first package!  Nothing fancy here for now: we will stick to a
-dummy "my-hello", a copy of the above declaration.
+dummy @code{my-hello}, a copy of the above declaration.
 
-As with the ritualistic "Hello World" taught with most programming languages,
-this will possibly be the most "manual" approach.  We will work out an ideal
+As with the ritualistic ``Hello World'' taught with most programming languages,
+this will possibly be the most ``manual'' approach.  We will work out an ideal
 setup later; for now we will go the simplest route.
 
 Save the following to a file @file{my-hello.scm}.
 
-@example scheme
+@lisp
 (use-modules (guix packages)
              (guix download)
              (guix build-system gnu)
@@ -446,7 +465,7 @@ serves as an example of standard GNU coding practices.  As such, it supports
 command-line arguments, multiple languages, and so on.")
   (home-page "https://www.gnu.org/software/hello/")
   (license gpl3+))
-@end example
+@end lisp
 
 We will explain the extra code in a moment.
 
@@ -520,8 +539,800 @@ We've gone as far as we could without any knowledge of Scheme.  Before moving
 on to more complex packages, now is the right time to brush up on your Scheme
 knowledge.  @pxref{A Scheme Crash Course} to get up to speed.
 
-@c TODO: Continue the tutorial
+@node Setup
+@subsection Setup
+
+In the rest of this chapter we will rely on some basic Scheme
+programming knowledge.  Now let's detail the different possible setups
+for working on Guix packages.
+
+There are several ways to set up a Guix packaging environment.
+
+We recommend you work directly on the Guix source checkout since it makes it
+easier for everyone to contribute to the project.
+
+But first, let's look at other possibilities.
+
+@node Local file
+@subsubsection Local file
+
+This is what we previously did with @samp{my-hello}.  With the Scheme basics we've
+covered, we are now able to explain the leading chunks.  As stated in @code{guix
+package --help}:
+
+@example
+  -f, --install-from-file=FILE
+                         install the package that the code within FILE
+                         evaluates to
+@end example
+
+Thus the last expression @emph{must} return a package, which is the case in our
+earlier example.
+
+The @code{use-modules} expression tells which of the modules we need in the file.
+Modules are a collection of values and procedures.  They are commonly called
+``libraries'' or ``packages'' in other programming languages.
+
+@node @samp{GUIX_PACKAGE_PATH}
+@subsubsection @samp{GUIX_PACKAGE_PATH}
+
+@emph{Note: Starting from Guix 0.16, the more flexible Guix @dfn{channels} are the
+preferred way and supersede @samp{GUIX_PACKAGE_PATH}.  See next section.}
+
+It can be tedious to specify the file from the command line instead of simply
+calling @code{guix package --install my-hello} as you would do with the official
+packages.
+
+Guix makes it possible to streamline the process by adding as many ``package
+declaration directories'' as you want.
+
+Create a directory, say @file{~./guix-packages} and add it to the @samp{GUIX_PACKAGE_PATH}
+environment variable:
+
+@example
+$ mkdir ~/guix-packages
+$ export GUIX_PACKAGE_PATH=~/guix-packages
+@end example
+
+To add several directories, separate them with a colon (@code{:}).
+
+Our previous @samp{my-hello} needs some adjustments though:
+
+@lisp
+(define-module (my-hello)
+  #:use-module (guix licenses)
+  #:use-module (guix packages)
+  #:use-module (guix build-system gnu)
+  #:use-module (guix download))
+
+(define-public my-hello
+  (package
+    (name "my-hello")
+    (version "2.10")
+    (source (origin
+              (method url-fetch)
+              (uri (string-append "mirror://gnu/hello/hello-" version
+                                  ".tar.gz"))
+              (sha256
+               (base32
+                "0ssi1wpaf7plaswqqjwigppsg5fyh99vdlb9kzl7c9lng89ndq1i"))))
+    (build-system gnu-build-system)
+    (synopsis "Hello, Guix world: An example custom Guix package")
+    (description
+     "GNU Hello prints the message \"Hello, world!\" and then exits.  It
+serves as an example of standard GNU coding practices.  As such, it supports
+command-line arguments, multiple languages, and so on.")
+    (home-page "https://www.gnu.org/software/hello/")
+    (license gpl3+)))
+@end lisp
+
+Note that we have assigned the package value to an exported variable name with
+@code{define-public}.  This is effectively assigning the package to the @code{my-hello}
+variable so that it can be referenced, among other as dependency of other
+packages.
+
+If you use @code{guix package --install-from-file=my-hello.scm} on the above file, it
+will fail because the last expression, @code{define-public}, does not return a
+package.  If you want to use @code{define-public} in this use-case nonetheless, make
+sure the file ends with an evaluation of @code{my-hello}:
+
+@lisp
+; ...
+(define-public my-hello
+  ; ...
+  )
+
+my-hello
+@end lisp
+
+This last example is not very typical.
+
+Now @samp{my-hello} should be part of the package collection like all other official
+packages.  You can verify this with:
+
+@example
+$ guix package --show=my-hello
+@end example
+
+@node Guix channels
+@subsubsection Guix channels
+
+Guix 0.16 features channels, which is very similar to @samp{GUIX_PACKAGE_PATH} but
+provides better integration and provenance tracking.  Channels are not
+necessarily local, they can be maintained as a public Git repository for
+instance.  Of course, several channels can be used at the same time.
+
+@xref{Channels,,, guix, GNU Guix Reference Manual} for setup details.
+
+@node Direct checkout hacking
+@subsubsection Direct checkout hacking
+
+Working directly on the Guix project is recommended: it reduces the friction
+when the time comes to submit your changes upstream to let the community benefit
+from your hard work!
+
+Unlike most software distributions, the Guix repository holds in one place both
+the tooling (including the package manager) and the package definitions.  This
+choice was made so that it would give developers the flexibility to modify the
+API without breakage by updating all packages at the same time.  This reduces
+development inertia.
+
+Check out the official @uref{https://git-scm.com/, Git} repository:
+
+@example
+$ git clone https://git.savannah.gnu.org/git/guix.git
+@end example
+
+In the rest of this article, we use @samp{$GUIX_CHECKOUT} to refer to the location of
+the checkout.
+
+
+Follow the instructions in the manual (@pxref{Contributing,,, guix, GNU Guix
+Reference Manual}) to set up the repository environment.
+
+Once ready, you should be able to use the package definitions from the
+repository environment.
+
+Feel free to edit package definitions found in @samp{$GUIX_CHECKOUT/gnu/packages}.
+
+The @samp{$GUIX_CHECKOUT/pre-inst-env} script lets you use @samp{guix} over the package
+collection of the repository (@pxref{Running Guix Before It Is
+Installed,,, guix, GNU Guix Reference Manual}).
+
+@itemize
+@item
+Search packages, such as Ruby:
+
+@example
+  $ cd $GUIX_CHECKOUT
+  $ ./pre-inst-env guix package --list-available=ruby
+      ruby    1.8.7-p374      out     gnu/packages/ruby.scm:119:2
+      ruby    2.1.6   out     gnu/packages/ruby.scm:91:2
+      ruby    2.2.2   out     gnu/packages/ruby.scm:39:2
+@end example
+
+@item
+Build a package, here Ruby version 2.1:
+
+@example
+  $ ./pre-inst-env guix build --keep-failed ruby@@2.1
+  /gnu/store/c13v73jxmj2nir2xjqaz5259zywsa9zi-ruby-2.1.6
+@end example
+
+@item
+Install it to your user profile:
+
+@example
+  $ ./pre-inst-env guix package --install ruby@@2.1
+@end example
+
+@item
+Check for common mistakes:
+
+@example
+  $ ./pre-inst-env guix lint ruby@@2.1
+@end example
+@end itemize
+
+Guix strives at maintaining a high packaging standard; when contributing to the
+Guix project, remember to
+
+@itemize
+@item
+follow the coding style (@pxref{Coding Style,,, guix, GNU Guix Reference Manual}),
+@item
+and review the check list from the manual (@pxref{Submitting Patches,,, guix, GNU Guix Reference Manual}).
+@end itemize
+
+Once you are happy with the result, you are welcome to send your contribution to
+make it part of Guix.  This process is also detailed in the manual.  (@pxref{Contributing,,, guix, GNU Guix Reference Manual})
+
+
+It's a community effort so the more join in, the better Guix becomes!
+
+@node Extended example
+@subsection Extended example
+
+The above ``Hello World'' example is as simple as it goes.  Packages can be more
+complex than that and Guix can handle more advanced scenarios.  Let's look at
+another, more sophisticated package (slightly modified from the source):
+
+@lisp
+(define-module (gnu packages version-control)
+  #:use-module ((guix licenses) #:prefix license:)
+  #:use-module (guix utils)
+  #:use-module (guix packages)
+  #:use-module (guix git-download)
+  #:use-module (guix build-system cmake)
+  #:use-module (gnu packages ssh)
+  #:use-module (gnu packages web)
+  #:use-module (gnu packages pkg-config)
+  #:use-module (gnu packages python)
+  #:use-module (gnu packages compression)
+  #:use-module (gnu packages tls))
+
+(define-public my-libgit2
+  (let ((commit "e98d0a37c93574d2c6107bf7f31140b548c6a7bf")
+        (revision "1"))
+    (package
+      (name "my-libgit2")
+      (version (git-version "0.26.6" revision commit))
+      (source (origin
+                (method git-fetch)
+                (uri (git-reference
+                      (url "https://github.com/libgit2/libgit2/")
+                      (commit commit)))
+                (file-name (git-file-name name version))
+                (sha256
+                 (base32
+                  "17pjvprmdrx4h6bb1hhc98w9qi6ki7yl57f090n9kbhswxqfs7s3"))
+                (patches (search-patches "libgit2-mtime-0.patch"))
+                (modules '((guix build utils)))
+                (snippet '(begin
+                            ;; Remove bundled software.
+                            (delete-file-recursively "deps")
+                            #t))))
+      (build-system cmake-build-system)
+      (outputs '("out" "debug"))
+      (arguments
+       `(#:tests? #t                            ; Run the test suite (this is the default)
+         #:configure-flags '("-DUSE_SHA1DC=ON") ; SHA-1 collision detection
+         #:phases
+         (modify-phases %standard-phases
+           (add-after 'unpack 'fix-hardcoded-paths
+             (lambda _
+               (substitute* "tests/repo/init.c"
+                 (("#!/bin/sh") (string-append "#!" (which "sh"))))
+               (substitute* "tests/clar/fs.h"
+                 (("/bin/cp") (which "cp"))
+                 (("/bin/rm") (which "rm")))
+               #t))
+           ;; Run checks more verbosely.
+           (replace 'check
+             (lambda _ (invoke "./libgit2_clar" "-v" "-Q")))
+           (add-after 'unpack 'make-files-writable-for-tests
+               (lambda _ (for-each make-file-writable (find-files "." ".*")))))))
+      (inputs
+       `(("libssh2" ,libssh2)
+         ("http-parser" ,http-parser)
+         ("python" ,python-wrapper)))
+      (native-inputs
+       `(("pkg-config" ,pkg-config)))
+      (propagated-inputs
+       ;; These two libraries are in 'Requires.private' in libgit2.pc.
+       `(("openssl" ,openssl)
+         ("zlib" ,zlib)))
+      (home-page "https://libgit2.github.com/")
+      (synopsis "Library providing Git core methods")
+      (description
+       "Libgit2 is a portable, pure C implementation of the Git core methods
+provided as a re-entrant linkable library with a solid API, allowing you to
+write native speed custom Git applications in any language with bindings.")
+      ;; GPLv2 with linking exception
+      (license license:gpl2))))
+@end lisp
+
+(In those cases were you only want to tweak a few fields from a package
+definition, you should rely on inheritance instead of copy-pasting everything.
+See below.)
+
+Let's discuss those fields in depth.
+
+@subsubsection @code{git-fetch} method
+
+Unlike the @code{url-fetch} method, @code{git-fetch} expects a @code{git-reference} which takes
+a Git repository and a commit.  The commit can be any Git reference such as
+tags, so if the @code{version} is tagged, then it can be used directly.  Sometimes
+the tag is prefixed with a @code{v}, in which case you'd use @code{(commit (string-append
+"v" version))}.
+
+To ensure that the source code from the Git repository is stored in a
+directory with a descriptive name, we use @code{(file-name (git-file-name name
+version))}.
+
+The @code{git-version} procedure can be used to derive the
+version when packaging programs for a specific commit, following the
+Guix contributor guidelines (@pxref{Version Numbers,,, guix, GNU Guix
+Reference Manual}).
+
+How does one obtain the @code{sha256} hash that's in there, you ask?  By
+invoking @command{guix hash} on a checkout of the desired commit, along
+these lines:
+
+@example
+git clone https://github.com/libgit2/libgit2/
+cd libgit2
+git checkout v0.26.6
+guix hash -rx .
+@end example
+
+@command{guix hash -rx} computes a SHA256 hash over the whole directory,
+excluding the @file{.git} sub-directory (@pxref{Invoking guix hash,,,
+guix, GNU Guix Reference Manual}).
+
+In the future, @command{guix download} will hopefully be able to do
+these steps for you, just like it does for regular downloads.
+
+@subsubsection Snippets
+
+Snippets are quoted (i.e. non-evaluated) Scheme code that are a means of patching
+the source.  They are a Guix-y alternative to the traditional @file{.patch} files.
+Because of the quote, the code in only evaluated when passed to the Guix daemon
+for building.  There can be as many snippets as needed.
+
+Snippets might need additional Guile modules which can be imported from the
+@code{modules} field.
+
+@subsubsection Inputs
+
+First, a syntactic comment: See the quasi-quote / comma syntax?
 
+@lisp
+    (native-inputs
+     `(("pkg-config" ,pkg-config)))
+@end lisp
+
+is equivalent to
+
+@lisp
+    (native-inputs
+     (list (list "pkg-config" pkg-config)))
+@end lisp
+
+You'll mostly see the former because it's shorter.
+
+There are 3 different input types.  In short:
+
+@table @asis
+@item native-inputs
+Required for building but not runtime -- installing a package
+through a substitute won't install these inputs.
+@item inputs
+Installed in the store but not in the profile, as well as being
+present at build time.
+@item propagated-inputs
+Installed in the store and in the profile, as well as
+being present at build time.
+@end table
+
+@xref{Package Reference,,, guix, GNU Guix Reference Manual} for more details.
+
+The distinction between the various inputs is important: if a dependency can be
+handled as an @emph{input} instead of a @emph{propagated input}, it should be done so, or
+else it ``pollutes'' the user profile for no good reason.
+
+For instance, a user installing a graphical program that depends on a
+command line tool might only be interested in the graphical part, so there is no
+need to force the command line tool into the user profile.  The dependency is a
+concern to the package, not to the user.  @emph{Inputs} make it possible to handle
+dependencies without bugging the user by adding undesired executable files (or
+libraries) to their profile.
+
+Same goes for @emph{native-inputs}: once the program is installed, build-time
+dependencies can be safely garbage-collected.
+It also matters when a substitute is available, in which case only the @emph{inputs}
+and @emph{propagated inputs} will be fetched: the @emph{native inputs} are not required to
+install a package from a substitute.
+
+@subsubsection Outputs
+
+Just like how a package can have multiple inputs, it can also produce multiple
+outputs.
+
+Each output corresponds to a separate directory in the store.
+
+The user can choose which output to install; this is useful to save space or
+to avoid polluting the user profile with unwanted executables or libraries.
+
+Output separation is optional.  When the @code{outputs} field is left out, the
+default and only output (the complete package) is referred to as @code{"out"}.
+
+Typical separate output names include @code{debug} and @code{doc}.
+
+It's advised to separate outputs only when you've shown it's worth it: if the
+output size is significant (compare with @code{guix size}) or in case the package is
+modular.
+
+@subsubsection Build system arguments
+
+The @code{arguments} is a keyword-value list used to configure the build process.
+
+The simplest argument @code{#:tests?} can be used to disable the test suite when
+building the package.  This is mostly useful when the package does not feature
+any test suite.  It's strongly recommended to keep the test suite on if there is
+one.
+
+Another  common argument is @code{:make-flags}, which specifies a list of flags to
+append when running make, as you would from the command line.  For instance, the
+following flags
+
+@lisp
+#:make-flags (list (string-append "prefix=" (assoc-ref %outputs "out"))
+                   "CC=gcc")
+@end lisp
+
+translate into
+
+@example
+$ make CC=gcc prefix=/gnu/store/...-<out>
+@end example
+
+This sets the C compiler to @code{gcc} and the @code{prefix} variable (the installation
+directory in Make parlance) to @code{(assoc-ref %outputs "out")}, which is a build-stage
+global variable pointing to the destination directory in the store (something like
+@file{/gnu/store/...-my-libgit2-20180408}).
+
+Similarly, it's possible to set the configure flags:
+
+@lisp
+#:configure-flags '("-DUSE_SHA1DC=ON")
+@end lisp
+
+The @code{%build-inputs} variable is also generated in scope.  It's an association
+table that maps the input names to their store directories.
+
+The @code{phases} keyword lists the sequential steps of the build system.  Typically
+phases include @code{unpack}, @code{configure}, @code{build}, @code{install} and @code{check}.  To know
+more about those phases, you need to work out the appropriate build system
+definition in @samp{$GUIX_CHECKOUT/guix/build/gnu-build-system.scm}:
+
+@lisp
+(define %standard-phases
+  ;; Standard build phases, as a list of symbol/procedure pairs.
+  (let-syntax ((phases (syntax-rules ()
+                         ((_ p ...) `((p . ,p) ...)))))
+    (phases set-SOURCE-DATE-EPOCH set-paths install-locale unpack
+            bootstrap
+            patch-usr-bin-file
+            patch-source-shebangs configure patch-generated-file-shebangs
+            build check install
+            patch-shebangs strip
+            validate-runpath
+            validate-documentation-location
+            delete-info-dir-file
+            patch-dot-desktop-files
+            install-license-files
+            reset-gzip-timestamps
+            compress-documentation)))
+@end lisp
+
+Or from the REPL:
+
+@lisp
+(add-to-load-path "/path/to/guix/checkout")
+,use (guix build gnu-build-system)
+(map first %standard-phases)
+@result{} (set-SOURCE-DATE-EPOCH set-paths install-locale unpack bootstrap patch-usr-bin-file patch-source-shebangs configure patch-generated-file-shebangs build check install patch-shebangs strip validate-runpath validate-documentation-location delete-info-dir-file patch-dot-desktop-files install-license-files reset-gzip-timestamps compress-documentation)
+@end lisp
+
+If you want to know more about what happens during those phases, consult the
+associated procedures.
+
+For instance, as of this writing the definition of @code{unpack} for the GNU build
+system is
+
+@lisp
+(define* (unpack #:key source #:allow-other-keys)
+  "Unpack SOURCE in the working directory, and change directory within the
+source.  When SOURCE is a directory, copy it in a sub-directory of the current
+working directory."
+  (if (file-is-directory? source)
+      (begin
+        (mkdir "source")
+        (chdir "source")
+
+        ;; Preserve timestamps (set to the Epoch) on the copied tree so that
+        ;; things work deterministically.
+        (copy-recursively source "."
+                          #:keep-mtime? #t))
+      (begin
+        (if (string-suffix? ".zip" source)
+            (invoke "unzip" source)
+            (invoke "tar" "xvf" source))
+        (chdir (first-subdirectory "."))))
+  #t)
+@end lisp
+
+Note the @code{chdir} call: it changes the working directory to where the source was
+unpacked.
+Thus every phase following the @code{unpack} will use the source as a working
+directory, which is why we can directly work on the source files.
+That is to say, unless a later phase changes the working directory to something
+else.
+
+We modify the list of @code{%standard-phases} of the build system with the
+@code{modify-phases} macro as per the list of specified modifications, which may have
+the following forms:
+
+@itemize
+@item
+@code{(add-before PHASE NEW-PHASE PROCEDURE)}: Run @code{PROCEDURE} named @code{NEW-PHASE} before @code{PHASE}.
+@item
+@code{(add-after PHASE NEW-PHASE PROCEDURE)}: Same, but afterwards.
+@item
+@code{(replace PHASE PROCEDURE)}.
+@item
+@code{(delete PHASE)}.
+@end itemize
+
+The @code{PROCEDURE} supports the keyword arguments @code{inputs} and @code{outputs}.  Each
+input (whether @emph{native}, @emph{propagated} or not) and output directory is referenced
+by their name in those variables.  Thus @code{(assoc-ref outputs "out")} is the store
+directory of the main output of the package.  A phase procedure may look like
+this:
+
+@lisp
+(lambda* (#:key inputs outputs #:allow-other-keys)
+  (let (((bash-directory (assoc-ref inputs "bash"))
+         (output-directory (assoc-ref outputs "out"))
+         (doc-directory (assoc-ref outputs "doc"))
+  ; ...
+  #t)
+@end lisp
+
+The procedure must return @code{#t} on success.  It's brittle to rely on the return
+value of the last expression used to tweak the phase because there is no
+guarantee it would be a @code{#t}.  Hence the trailing @code{#t} to ensure the right value
+is returned on success.
+
+@subsubsection Code staging
+
+The astute reader may have noticed the quasi-quote and comma syntax in the
+argument field.  Indeed, the build code in the package declaration should not be
+evaluated on the client side, but only when passed to the Guix daemon.  This
+mechanism of passing code around two running processes is called @uref{https://arxiv.org/abs/1709.00833, code staging}.
+
+@subsubsection Utility functions
+
+When customizing @code{phases}, we often need to write code that mimics the
+equivalent system invocations (@code{make}, @code{mkdir}, @code{cp}, etc.)@: commonly used during
+regular ``Unix-style'' installations.
+
+Some like @code{chmod} are native to Guile.
+@xref{,,, guile, Guile reference manual} for a complete list.
+
+Guix provides additional helper functions which prove especially handy in the
+context of package management.
+
+Some of those functions can be found in
+@samp{$GUIX_CHECKOUT/guix/guix/build/utils.scm}.  Most of them mirror the behaviour
+of the traditional Unix system commands:
+
+@table @asis
+@item which
+Like the @samp{which} system command.
+@item find-files
+Akin to the @samp{find} system command.
+@item mkdir-p
+Like @samp{mkdir -p}, which creates all parents as needed.
+@item install-file
+Similar to @samp{install} when installing a file to a (possibly
+non-existing) directory.  Guile has @code{copy-file} which works
+like @samp{cp}.
+@item copy-recursively
+Like @samp{cp -r}.
+@item delete-file-recursively
+Like @samp{rm -rf}.
+@item invoke
+Run an executable.  This should be used instead of @code{system*}.
+@item with-directory-excursion
+Run the body in a different working directory,
+then restore the previous working directory.
+@item substitute*
+A ``@command{sed}-like'' function.
+@end table
+
+@subsubsection Module prefix
+
+The license in our last example needs a prefix: this is because of how the
+@code{license} module was imported in the package, as @code{#:use-module ((guix licenses)
+#:prefix license:)}.  The Guile module import mechanism
+(@pxref{Using Guile Modules,,, guile, Guile reference manual})
+gives the user full control over namespacing: this is needed to avoid
+clashes between, say, the
+@samp{zlib} variable from @samp{licenses.scm} (a @emph{license} value) and the @samp{zlib} variable
+from @samp{compression.scm} (a @emph{package} value).
+
+@node Other build systems
+@subsection Other build systems
+
+What we've seen so far covers the majority of packages using a build system
+other than the @code{trivial-build-system}.  The latter does not automate anything
+and leaves you to build everything manually.  This can be more demanding and we
+won't cover it here for now, but thankfully it is rarely necessary to fall back
+on this system.
+
+For the other build systems, such as ASDF, Emacs, Perl, Ruby and many more, the
+process is very similar to the GNU build system except for a few specialized
+arguments.
+
+@xref{Build Systems,,, guix, GNU Guix Reference Manual}, for more
+information on build systems, or check the source code in the
+@samp{$GUIX_CHECKOUT/guix/build} and
+@samp{$GUIX_CHECKOUT/guix/build-system} directories.
+
+@node Programmable and automated package definition
+@subsection Programmable and automated package definition
+
+We can't repeat it enough: having a full-fledged programming language at hand
+empowers us in ways that reach far beyond traditional package management.
+
+Let's illustrate this with some awesome features of Guix!
+
+@node Recursive importers
+@subsubsection Recursive importers
+
+You might find some build systems good enough that there is little to do at all
+to write a package, to the point that it becomes repetitive and tedious after a
+while.  A @emph{raison d'être} of computers is to replace human beings at those
+boring tasks.  So let's tell Guix to do this for us and create the package
+definition of an R package from CRAN (the output is trimmed for conciseness):
+
+@example
+$ guix import cran --recursive walrus
+
+(define-public r-mc2d
+    ; ...
+    (license gpl2+)))
+
+(define-public r-jmvcore
+    ; ...
+    (license gpl2+)))
+
+(define-public r-wrs2
+    ; ...
+    (license gpl3)))
+
+(define-public r-walrus
+  (package
+    (name "r-walrus")
+    (version "1.0.3")
+    (source
+      (origin
+        (method url-fetch)
+        (uri (cran-uri "walrus" version))
+        (sha256
+          (base32
+            "1nk2glcvy4hyksl5ipq2mz8jy4fss90hx6cq98m3w96kzjni6jjj"))))
+    (build-system r-build-system)
+    (propagated-inputs
+      `(("r-ggplot2" ,r-ggplot2)
+        ("r-jmvcore" ,r-jmvcore)
+        ("r-r6" ,r-r6)
+        ("r-wrs2" ,r-wrs2)))
+    (home-page "https://github.com/jamovi/walrus")
+    (synopsis "Robust Statistical Methods")
+    (description
+      "This package provides a toolbox of common robust statistical
+tests, including robust descriptives, robust t-tests, and robust ANOVA.
+It is also available as a module for 'jamovi' (see
+<https://www.jamovi.org> for more information).  Walrus is based on the
+WRS2 package by Patrick Mair, which is in turn based on the scripts and
+work of Rand Wilcox.  These analyses are described in depth in the book
+'Introduction to Robust Estimation & Hypothesis Testing'.")
+    (license gpl3)))
+@end example
+
+The recursive importer won't import packages for which Guix already has package
+definitions, except for the very first.
+
+Not all applications can be packaged this way, only those relying on a select
+number of supported systems.  Read about the full list of importers in
+the guix import section of the manual
+(@pxref{Invoking guix import,,, guix, GNU Guix Reference Manual}).
+
+@node Automatic update
+@subsubsection Automatic update
+
+Guix can be smart enough to check for updates on systems it knows.  It can
+report outdated package definitions with
+
+@example
+$ guix refresh hello
+@end example
+
+In most cases, updating a package to a newer version requires little more than
+changing the version number and the checksum.  Guix can do that automatically as
+well:
+
+@example
+$ guix refresh hello --update
+@end example
+
+@node Inheritance
+@subsubsection Inheritance
+
+If you've started browsing the existing package definitions, you might have
+noticed that a significant number of them have a @code{inherit} field:
+
+@lisp
+(define-public adwaita-icon-theme
+  (package (inherit gnome-icon-theme)
+    (name "adwaita-icon-theme")
+    (version "3.26.1")
+    (source (origin
+              (method url-fetch)
+              (uri (string-append "mirror://gnome/sources/" name "/"
+                                  (version-major+minor version) "/"
+                                  name "-" version ".tar.xz"))
+              (sha256
+               (base32
+                "17fpahgh5dyckgz7rwqvzgnhx53cx9kr2xw0szprc6bnqy977fi8"))))
+    (native-inputs
+     `(("gtk-encode-symbolic-svg" ,gtk+ "bin")))))
+@end lisp
+
+All unspecified fields are inherited from the parent package.  This is very
+convenient to create alternative packages, for instance with different source,
+version or compilation options.
+
+@node Getting help
+@subsection Getting help
+
+Sadly, some applications can be tough to package.  Sometimes they need a patch to
+work with the non-standard file system hierarchy enforced by the store.
+Sometimes the tests won't run properly.  (They can be skipped but this is not
+recommended.)  Other times the resulting package won't be reproducible.
+
+Should you be stuck, unable to figure out how to fix any sort of packaging
+issue, don't hesitate to ask the community for help.
+
+See the @uref{https://www.gnu.org/software/guix/contact/, Guix homepage} for information on the mailing lists, IRC, etc.
+
+@node Conclusion
+@subsection Conclusion
+
+This tutorial was a showcase of the sophisticated package management that Guix
+boasts.  At this point we have mostly restricted this introduction to the
+@code{gnu-build-system} which is a core abstraction layer on which more advanced
+abstractions are based.
+
+Where do we go from here?  Next we ought to dissect the innards of the build
+system by removing all abstractions, using the @code{trivial-build-system}: this
+should give us a thorough understanding of the process before investigating some
+more advanced packaging techniques and edge cases.
+
+Other features worth exploring are the interactive editing and debugging
+capabilities of Guix provided by the Guile REPL@.
+
+Those fancy features are completely optional and can wait; now is a good time
+to take a well-deserved break.  With what we've introduced here you should be
+well armed to package lots of programs.  You can get started right away and
+hopefully we will see your contributions soon!
+
+@node References
+@subsection References
+
+@itemize
+@item
+The @uref{https://www.gnu.org/software/guix/manual/en/html_node/Defining-Packages.html, package reference in the manual}
+
+@item
+@uref{https://gitlab.com/pjotrp/guix-notes/blob/master/HACKING.org, Pjotr’s hacking guide to GNU Guix}
+
+@item
+@uref{https://www.gnu.org/software/guix/guix-ghm-andreas-20130823.pdf, ``GNU Guix: Package without a scheme!''}, by Andreas Enge
+@end itemize
 
 @c *********************************************************************
 @node System Configuration
@@ -535,7 +1346,12 @@ chapter is to demonstrate some advanced configuration concepts.
 reference.
 
 @menu
-* Customizing the Kernel::     Creating and using a custom Linux kernel on Guix System.
+* Customizing the Kernel::       Creating and using a custom Linux kernel on Guix System.
+* Connecting to Wireguard VPN::  Connecting to a Wireguard VPN.
+* Customizing a Window Manager:: Handle customization of a Window manager on Guix System.
+* Running Guix on a Linode Server:: Running Guix on a Linode Server
+* Setting up a bind mount:: Setting up a bind mount in the file-systems definition.
+* Getting substitutes from Tor:: Configuring Guix daemon to get substitutes through Tor.
 @end menu
 
 @node Customizing the Kernel
@@ -563,7 +1379,7 @@ nature of how the package definition is written.
 The @code{linux-libre} kernel package definition is actually a procedure which
 creates a package.
 
-@example scheme
+@lisp
 (define* (make-linux-libre version hash supported-systems
                            #:key
                            ;; A function that takes an arch and a variant.
@@ -574,19 +1390,19 @@ creates a package.
                            (extra-options %default-extra-linux-options)
                            (patches (list %boot-logo-patch)))
   ...)
-@end example
+@end lisp
 
 The current @code{linux-libre} package is for the 5.1.x series, and is
 declared like this:
 
-@example scheme
+@lisp
 (define-public linux-libre
   (make-linux-libre %linux-libre-version
                     %linux-libre-hash
                     '("x86_64-linux" "i686-linux" "armhf-linux" "aarch64-linux")
                     #:patches %linux-libre-5.1-patches
                     #:configuration-file kernel-config))
-@end example
+@end lisp
 
 Any keys which are not assigned values inherit their default value from the
 @code{make-linux-libre} definition.  When comparing the two snippets above,
@@ -602,7 +1418,7 @@ including an actual @file{.config} file as a native input to our custom
 kernel.  The following is a snippet from the custom @code{'configure} phase of
 the @code{make-linux-libre} package definition:
 
-@example scheme
+@lisp
 (let ((build  (assoc-ref %standard-phases 'build))
       (config (assoc-ref (or native-inputs inputs) "kconfig")))
 
@@ -613,13 +1429,13 @@ the @code{make-linux-libre} package definition:
         (copy-file config ".config")
         (chmod ".config" #o666))
       (invoke "make" ,defconfig))
-@end example
+@end lisp
 
 Below is a sample kernel package.  The @code{linux-libre} package is nothing
 special and can be inherited from and have its fields overridden like any
 other package:
 
-@example scheme
+@lisp
 (define-public linux-libre/E2140
   (package
     (inherit linux-libre)
@@ -627,7 +1443,7 @@ other package:
      `(("kconfig" ,(local-file "E2140.config"))
       ,@@(alist-delete "kconfig"
                       (package-native-inputs linux-libre))))))
-@end example
+@end lisp
 
 In the same directory as the file defining @code{linux-libre-E2140} is a file
 named @file{E2140.config}, which is an actual kernel configuration file.  The
@@ -640,7 +1456,7 @@ The second way to create a custom kernel is to pass a new value to the
 @code{extra-options} keyword works with another function defined right below
 it:
 
-@example scheme
+@lisp
 (define %default-extra-linux-options
   `(;; https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2014-04/msg00039.html
    ("CONFIG_DEVPTS_MULTIPLE_INSTANCES" . #t)
@@ -666,11 +1482,11 @@ it:
                        (string-append option "=n")))
                     options)
                "\n"))
-@end example
+@end lisp
 
 And in the custom configure script from the `make-linux-libre` package:
 
-@example scheme
+@lisp
 ;; Appending works even when the option wasn't in the
 ;; file.  The last one prevails if duplicated.
 (let ((port (open-file ".config" "a"))
@@ -679,16 +1495,16 @@ And in the custom configure script from the `make-linux-libre` package:
   (close-port port))
 
 (invoke "make" "oldconfig"))))
-@end example
+@end lisp
 
 So by not providing a configuration-file the @file{.config} starts blank, and
 then we write into it the collection of flags that we want.  Here's another
 custom kernel:
 
-@example scheme
+@lisp
 (define %macbook41-full-config
   (append %macbook41-config-options
-          %filesystems
+          %file-systems
           %efi-support
           %emulation
           (@@@@ (gnu packages linux) %default-extra-linux-options)))
@@ -702,10 +1518,10 @@ custom kernel:
                       #:extra-version "macbook41"
                       #:patches (@@@@ (gnu packages linux) %linux-libre-5.1-patches)
                       #:extra-options %macbook41-config-options))
-@end example
+@end lisp
 
-In the above example @code{%filesystems} is a collection of flags enabling
-different filesystem support, @code{%efi-support} enables EFI support and
+In the above example @code{%file-systems} is a collection of flags enabling
+different file system support, @code{%efi-support} enables EFI support and
 @code{%emulation} enables a x86_64-linux machine to act in 32-bit mode also.
 @code{%default-extra-linux-options} are the ones quoted above, which had to be
 added in since they were replaced in the @code{extra-options} keyword.
@@ -754,7 +1570,7 @@ CONFIG_VIRTIO=m
 @end example
 
 After copying all the configuration options, run @code{make localmodconfig}
-again to make sure that you don't have any output starting with "module".
+again to make sure that you don't have any output starting with ``module''.
 After all of these machine specific modules there are a couple more left that
 are also needed.  @code{CONFIG_MODULES} is necessary so that you can build and
 load modules separately and not have everything built into the kernel.
@@ -769,7 +1585,7 @@ The second way to setup the kernel configuration makes more use of Guix's
 features and allows you to share configuration segments between different
 kernels.  For example, all machines using EFI to boot have a number of EFI
 configuration flags that they need.  It is likely that all the kernels will
-share a list of filesystems to support.  By using variables it is easier to
+share a list of file systems to support.  By using variables it is easier to
 see at a glance what features are enabled and to make sure you don't have
 features in one kernel but missing in another.
 
@@ -778,6 +1594,1047 @@ likely that you'll need to modify the initrd on a machine using a custom
 kernel, since certain modules which are expected to be built may not be
 available for inclusion into the initrd.
 
+@node Connecting to Wireguard VPN
+@section Connecting to Wireguard VPN
+
+To connect to a Wireguard VPN server you need the kernel module to be
+loaded in memory and a package providing networking tools that support
+it (e.g.  @code{wireguard-tools} or @code{network-manager}).
+
+Here is a configuration example for Linux-Libre < 5.6, where the module
+is out of tree and need to be loaded manually---following revisions of
+the kernel have it built-in and so don't need such configuration:
+
+@lisp
+(use-modules (gnu))
+(use-service-modules desktop)
+(use-package-modules vpn)
+
+(operating-system
+  ;; …
+  (services (cons (simple-service 'wireguard-module
+                                  kernel-module-loader-service-type
+                                  '("wireguard"))
+                  %desktop-services))
+  (packages (cons wireguard-tools %base-packages))
+  (kernel-loadable-modules (list wireguard-linux-compat)))
+@end lisp
+
+After reconfiguring and restarting your system you can either use
+Wireguard tools or NetworkManager to connect to a VPN server.
+
+@subsection Using Wireguard tools
+
+To test your Wireguard setup it is convenient to use @command{wg-quick}.
+Just give it a configuration file @command{wg-quick up ./wg0.conf}; or
+put that file in @file{/etc/wireguard} and run @command{wg-quick up wg0}
+instead.
+
+@quotation Note
+Be warned that the author described this command as a: “[…] very quick
+and dirty bash script […]”.
+@end quotation
+
+@subsection Using NetworkManager
+
+Thanks to NetworkManager support for Wireguard we can connect to our VPN
+using @command{nmcli} command.  Up to this point this guide assumes that
+you're using Network Manager service provided by
+@code{%desktop-services}.  Ortherwise you need to adjust your services
+list to load @code{network-manager-service-type} and reconfigure your
+Guix system.
+
+To import your VPN configuration execute nmcli import command:
+
+@example shell
+# nmcli connection import type wireguard file wg0.conf
+Connection 'wg0' (edbee261-aa5a-42db-b032-6c7757c60fde) successfully added
+@end example
+
+This will create a configuration file in
+@file{/etc/NetworkManager/wg0.nmconnection}.  Next connect to the
+Wireguard server:
+
+@example shell
+$ nmcli connection up wg0
+Connection successfully activated (D-Bus active path: /org/freedesktop/NetworkManager/ActiveConnection/6)
+@end example
+
+By default NetworkManager will connect automatically on system boot.  To
+change that behaviour you need to edit your config:
+
+@example shell
+# nmcli connection modify wg0 connection.autoconnect no
+@end example
+
+For more specific information about NetworkManager and wireguard
+@uref{https://blogs.gnome.org/thaller/2019/03/15/wireguard-in-networkmanager/,see
+this post by thaller}.
+
+@node Customizing a Window Manager
+@section Customizing a Window Manager
+@cindex wm
+
+@node StumpWM
+@subsection StumpWM
+@cindex stumpwm
+
+You could install StumpWM with a Guix system by adding
+@code{stumpwm} and optionally @code{`(,stumpwm "lib")}
+packages to a system configuration file, e.g.@: @file{/etc/config.scm}.
+
+An example configuration can look like this:
+
+@lisp
+(use-modules (gnu))
+(use-package-modules wm)
+
+(operating-system
+  ;; …
+  (packages (append (list sbcl stumpwm `(,stumpwm "lib"))
+                    %base-packages)))
+@end lisp
+
+@cindex stumpwm fonts
+By default StumpWM uses X11 fonts, which could be small or pixelated on
+your system.  You could fix this by installing StumpWM contrib Lisp
+module @code{sbcl-ttf-fonts}, adding it to Guix system packages:
+
+@lisp
+(use-modules (gnu))
+(use-package-modules fonts wm)
+
+(operating-system
+  ;; …
+  (packages (append (list sbcl stumpwm `(,stumpwm "lib"))
+                    sbcl-ttf-fonts font-dejavu %base-packages)))
+@end lisp
+
+Then you need to add the following code to a StumpWM configuration file
+@file{~/.stumpwm.d/init.lisp}:
+
+@lisp
+(require :ttf-fonts)
+(setf xft:*font-dirs* '("/run/current-system/profile/share/fonts/"))
+(setf clx-truetype:+font-cache-filename+ (concat (getenv "HOME") "/.fonts/font-cache.sexp"))
+(xft:cache-fonts)
+(set-font (make-instance 'xft:font :family "DejaVu Sans Mono" :subfamily "Book" :size 11))
+@end lisp
+
+@node Session lock
+@subsection Session lock
+@cindex sessionlock
+
+Depending on your environment, locking the screen of your session might come built in
+or it might be something you have to set up yourself. If you use a desktop environment
+like GNOME or KDE, it's usually built in. If you use a plain window manager like
+StumpWM or EXWM, you might have to set it up yourself.
+
+@node Xorg
+@subsubsection Xorg
+
+If you use Xorg, you can use the utility
+@uref{https://www.mankier.com/1/xss-lock, xss-lock} to lock the screen of your session.
+xss-lock is triggered by DPMS which since Xorg 1.8 is auto-detected and enabled if
+ACPI is also enabled at kernel runtime.
+
+To use xss-lock, you can simple execute it and put it into the background before
+you start your window manager from e.g. your @file{~/.xsession}:
+
+@example
+xss-lock -- slock &
+exec stumpwm
+@end example
+
+In this example, xss-lock uses @code{slock} to do the actual locking of the screen when
+it determines it's appropriate, like when you suspend your device.
+
+For slock to be allowed to be a screen locker for the graphical session, it needs to
+be made setuid-root so it can authenticate users, and it needs a PAM service. This
+can be achieved by adding the following service to your @file{config.scm}:
+
+@lisp
+(screen-locker-service slock)
+@end lisp
+
+If you manually lock your screen, e.g. by directly calling slock when you want to lock
+your screen but not suspend it, it's a good idea to notify xss-lock about this so no
+confusion occurs. This can be done by executing @code{xset s activate} immediately
+before you execute slock.
+
+@node Running Guix on a Linode Server
+@section Running Guix on a Linode Server
+@cindex linode, Linode
+
+To run Guix on a server hosted by @uref{https://www.linode.com, Linode},
+start with a recommended Debian server.  We recommend using the default
+distro as a way to bootstrap Guix. Create your SSH keys.
+
+@example
+ssh-keygen
+@end example
+
+Be sure to add your SSH key for easy login to the remote server.
+This is trivially done via Linode's graphical interface for adding
+SSH keys.  Go to your profile and click add SSH Key.
+Copy into it the output of:
+
+@example
+cat ~/.ssh/<username>_rsa.pub
+@end example
+
+Power the Linode down. In the Linode's Disks/Configurations tab, resize
+the Debian disk to be smaller. 30 GB is recommended.
+
+In the Linode settings, "Add a disk", with the following:
+@itemize @bullet
+@item
+Label: "Guix"
+
+@item
+Filesystem: ext4
+
+@item
+Set it to the remaining size
+@end itemize
+
+On the "configuration" field that comes with the default image, press
+"..." and select "Edit", then on that menu add to @file{/dev/sdc} the "Guix"
+label.
+
+Now "Add a Configuration", with the following:
+@itemize @bullet
+@item
+Label: Guix
+
+@item
+Kernel:GRUB 2 (it's at the bottom!  This step is @b{IMPORTANT!})
+
+@item
+Block device assignment:
+
+@item
+@file{/dev/sda}: Guix
+
+@item
+@file{/dev/sdb}: swap
+
+@item
+Root device: @file{/dev/sda}
+
+@item
+Turn off all the filesystem/boot helpers
+@end itemize
+
+Now power it back up, picking the Debian configuration.  Once it's
+booted up, ssh in your server via @code{ssh
+root@@@var{<your-server-IP-here>}}. (You can find your server IP address in
+your Linode Summary section.) Now you can run the "install guix from
+@pxref{Binary Installation,,, guix, GNU Guix}" steps:
+
+@example
+sudo apt-get install gpg
+wget https://sv.gnu.org/people/viewgpg.php?user_id=15145 -qO - | gpg --import -
+wget https://git.savannah.gnu.org/cgit/guix.git/plain/etc/guix-install.sh
+chmod +x guix-install.sh
+./guix-install.sh
+guix pull
+@end example
+
+Now it's time to write out a config for the server.  The key information
+is below. Save the resulting file as @file{guix-config.scm}.
+
+@lisp
+(use-modules (gnu)
+             (guix modules))
+(use-service-modules networking
+                     ssh)
+(use-package-modules admin
+                     certs
+                     package-management
+                     ssh
+                     tls)
+
+(operating-system
+  (host-name "my-server")
+  (timezone "America/New_York")
+  (locale "en_US.UTF-8")
+  ;; This goofy code will generate the grub.cfg
+  ;; without installing the grub bootloader on disk.
+  (bootloader (bootloader-configuration
+               (bootloader
+                (bootloader
+                 (inherit grub-bootloader)
+                 (installer #~(const #t))))))
+  (file-systems (cons (file-system
+                        (device "/dev/sda")
+                        (mount-point "/")
+                        (type "ext4"))
+                      %base-file-systems))
+
+
+  (swap-devices (list "/dev/sdb"))
+
+
+  (initrd-modules (cons "virtio_scsi"    ; Needed to find the disk
+                        %base-initrd-modules))
+
+  (users (cons (user-account
+                (name "janedoe")
+                (group "users")
+                ;; Adding the account to the "wheel" group
+                ;; makes it a sudoer.
+                (supplementary-groups '("wheel"))
+                (home-directory "/home/janedoe"))
+               %base-user-accounts))
+
+  (packages (cons* nss-certs            ;for HTTPS access
+                   openssh-sans-x
+                   %base-packages))
+
+  (services (cons*
+             (service dhcp-client-service-type)
+             (service openssh-service-type
+                      (openssh-configuration
+                       (openssh openssh-sans-x)
+                       (password-authentication? #f)
+                       (authorized-keys
+                        `(("janedoe" ,(local-file "janedoe_rsa.pub"))
+                          ("root" ,(local-file "janedoe_rsa.pub"))))))
+             %base-services)))
+@end lisp
+
+Replace the following fields in the above configuration:
+@lisp
+(host-name "my-server")       ; replace with your server name
+; if you chose a linode server outside the U.S., then
+; use tzselect to find a correct timezone string
+(timezone "America/New_York") ; if needed replace timezone
+(name "janedoe")              ; replace with your username
+("janedoe" ,(local-file "janedoe_rsa.pub")) ; replace with your ssh key
+("root" ,(local-file "janedoe_rsa.pub")) ; replace with your ssh key
+@end lisp
+
+The last line in the above example lets you log into the server as root
+and set the initial root password.  After you have done this, you may
+delete that line from your configuration and reconfigure to prevent root
+login.
+
+Save your ssh public key (eg: @file{~/.ssh/id_rsa.pub}) as
+@file{@var{<your-username-here>}_rsa.pub} and your
+@file{guix-config.scm} in the same directory.  In a new terminal run
+these commands.
+
+@example
+sftp root@@<remote server ip address>
+put /home/<username>/ssh/id_rsa.pub .
+put /path/to/linode/guix-config.scm .
+@end example
+
+In your first terminal, mount the guix drive:
+
+@example
+mkdir /mnt/guix
+mount /dev/sdc /mnt/guix
+@end example
+
+Due to the way we set things up above, we do not install GRUB
+completely.  Instead we install only our grub configuration file.  So we
+need to copy over some of the other GRUB stuff that is already there:
+
+@example
+mkdir -p /mnt/guix/boot/grub
+cp -r /boot/grub/* /mnt/guix/boot/grub/
+@end example
+
+Now initialize the Guix installation:
+
+@example
+guix system init guix-config.scm /mnt/guix
+@end example
+
+Ok, power it down!
+Now from the Linode console, select boot and select "Guix".
+
+Once it boots, you should be able to log in via SSH!  (The server config
+will have changed though.)  You may encounter an error like:
+
+@example
+$ ssh root@@<server ip address>
+@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+@    WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED!     @
+@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+IT IS POSSIBLE THAT SOMEONE IS DOING SOMETHING NASTY!
+Someone could be eavesdropping on you right now (man-in-the-middle attack)!
+It is also possible that a host key has just been changed.
+The fingerprint for the ECDSA key sent by the remote host is
+SHA256:0B+wp33w57AnKQuHCvQP0+ZdKaqYrI/kyU7CfVbS7R4.
+Please contact your system administrator.
+Add correct host key in /home/joshua/.ssh/known_hosts to get rid of this message.
+Offending ECDSA key in /home/joshua/.ssh/known_hosts:3
+ECDSA host key for 198.58.98.76 has changed and you have requested strict checking.
+Host key verification failed.
+@end example
+
+Either delete @file{~/.ssh/known_hosts} file, or delete the offending line
+starting with your server IP address.
+
+Be sure to set your password and root's password.
+
+@example
+ssh root@@<remote ip address>
+passwd  ; for the root password
+passwd <username> ; for the user password
+@end example
+
+You may not be able to run the above commands at this point.  If you
+have issues remotely logging into your linode box via SSH, then you may
+still need to set your root and user password initially by clicking on
+the ``Launch Console'' option in your linode.  Choose the ``Glish''
+instead of ``Weblish''.  Now you should be able to ssh into the machine.
+
+Horray!  At this point you can shut down the server, delete the
+Debian disk, and resize the Guix to the rest of the size.
+Congratulations!
+
+By the way, if you save it as a disk image right at this point, you'll
+have an easy time spinning up new Guix images!  You may need to
+down-size the Guix image to 6144MB, to save it as an image.  Then you
+can resize it again to the max size.
+
+@node Setting up a bind mount
+@section Setting up a bind mount
+
+To bind mount a file system, one must first set up some definitions
+before the @code{operating-system} section of the system definition.  In
+this example we will bind mount a folder from a spinning disk drive to
+@file{/tmp}, to save wear and tear on the primary SSD, without
+dedicating an entire partition to be mounted as @file{/tmp}.
+
+First, the source drive that hosts the folder we wish to bind mount
+should be defined, so that the bind mount can depend on it.
+
+@lisp
+(define source-drive ;; "source-drive" can be named anything you want.
+   (file-system
+    (device (uuid "UUID goes here"))
+    (mount-point "/path-to-spinning-disk-goes-here")
+    (type "ext4"))) ;; Make sure to set this to the appropriate type for your drive.
+@end lisp
+
+The source folder must also be defined, so that guix will know it's not
+a regular block device, but a folder.
+@lisp
+(define (%source-directory) "/path-to-spinning-disk-goes-here/tmp") ;; "source-directory" can be named any valid variable name.
+@end lisp
+
+Finally, inside the @code{file-systems} definition, we must add the
+mount itself.
+
+@lisp
+(file-systems (cons*
+
+                ...<other drives omitted for clarity>...
+
+                source-drive ;; Must match the name you gave the source drive in the earlier definition.
+
+                (file-system
+                 (device (%source-directory)) ;; Make sure "source-directory" matches your earlier definition.
+                 (mount-point "/tmp")
+                 (type "none") ;; We are mounting a folder, not a partition, so this type needs to be "none"
+                 (flags '(bind-mount))
+                 (dependencies (list source-drive)) ;; Ensure "source-drive" matches what you've named the variable for the drive.
+                 )
+
+                 ...<other drives omitted for clarity>...
+
+                ))
+@end lisp
+
+@node Getting substitutes from Tor
+@section Getting substitutes from Tor
+
+Guix daemon can use a HTTP proxy to get substitutes, here we are
+configuring it to get them via Tor.
+
+@quotation Warning
+@emph{Not all} Guix daemon's traffic will go through Tor!  Only
+HTTP/HTTPS will get proxied; FTP, Git protocol, SSH, etc connections
+will still go through the clearnet.  Again, this configuration isn't
+foolproof some of your traffic won't get routed by Tor at all.  Use it
+at your own risk.
+
+Also note that the procedure described here applies only to package
+substitution. When you update your guix distribution with
+@command{guix pull}, you still need to use @command{torsocks} if
+you want to route the connection to guix's git repository servers
+through Tor.
+@end quotation
+
+Guix's substitute server is available as a Onion service, if you want
+to use it to get your substitutes through Tor configure your system as
+follow:
+
+@lisp
+(use-modules (gnu))
+(use-service-module base networking)
+
+(operating-system
+  …
+  (services
+    (cons
+      (service tor-service-type
+              (tor-configuration
+                (config-file (plain-file "tor-config"
+                                         "HTTPTunnelPort 127.0.0.1:9250"))))
+      (modify-services %base-services
+        (guix-service-type
+          config => (guix-configuration
+                      (inherit config)
+                      ;; ci.guix.gnu.org's Onion service
+                      (substitute-urls "https://bp7o7ckwlewr4slm.onion")
+                      (http-proxy "http://localhost:9250")))))))
+@end lisp
+
+This will keep a tor process running that provides a HTTP CONNECT tunnel
+which will be used by @command{guix-daemon}.  The daemon can use other
+protocols than HTTP(S) to get remote resources, request using those
+protocols won't go through Tor since we are only setting a HTTP tunnel
+here.  Note that @code{substitutes-urls} is using HTTPS and not HTTP or
+it won't work, that's a limitation of Tor's tunnel; you may want to use
+@command{privoxy} instead to avoid such limitations.
+
+If you don't want to always get substitutes through Tor but using it just
+some of the times, then skip the @code{guix-configuration}.  When you
+want to get a substitute from the Tor tunnel run:
+
+@example
+sudo herd set-http-proxy guix-daemon http://localhost:9250
+guix build --substitute-urls=https://bp7o7ckwlewr4slm.onion …
+@end example
+
+@c *********************************************************************
+@node Advanced package management
+@chapter Advanced package management
+
+Guix is a functional package manager that offers many features beyond
+what more traditional package managers can do.  To the uninitiated,
+those features might not have obvious use cases at first.  The purpose
+of this chapter is to demonstrate some advanced package management
+concepts.
+
+@pxref{Package Management,,, guix, GNU Guix Reference Manual} for a complete
+reference.
+
+@menu
+* Guix Profiles in Practice::     Strategies for multiple profiles and manifests.
+@end menu
+
+@node Guix Profiles in Practice
+@section Guix Profiles in Practice
+
+Guix provides a very useful feature that may be quite foreign to newcomers:
+@emph{profiles}.  They are a way to group package installations together and all users
+on the same system are free to use as many profiles as they want.
+
+Whether you're a developer or not, you may find that multiple profiles bring you
+great power and flexibility.  While they shift the paradigm somewhat compared to
+@emph{traditional package managers}, they are very convenient to use once you've
+understood how to set them up.
+
+If you are familiar with Python's @samp{virtualenv}, you can think of a profile as a
+kind of universal @samp{virtualenv} that can hold any kind of software whatsoever, not
+just Python software.  Furthermore, profiles are self-sufficient: they capture
+all the runtime dependencies which guarantees that all programs within a profile
+will always work at any point in time.
+
+Multiple profiles have many benefits:
+
+@itemize
+@item
+Clean semantic separation of the various packages a user needs for different contexts.
+
+@item
+Multiple profiles can be made available into the environment either on login
+or within a dedicated shell.
+
+@item
+Profiles can be loaded on demand.  For instance, the user can use multiple
+shells, each of them running different profiles.
+
+@item
+Isolation: Programs from one profile will not use programs from the other, and
+the user can even install different versions of the same programs to the two
+profiles without conflict.
+
+@item
+Deduplication: Profiles share dependencies that happens to be the exact same.
+This makes multiple profiles storage-efficient.
+
+@item
+Reproducible: when used with declarative manifests, a profile can be fully
+specified by the Guix commit that was active when it was set up.  This means
+that the exact same profile can be
+@uref{https://guix.gnu.org/blog/2018/multi-dimensional-transactions-and-rollbacks-oh-my/,
+set up anywhere and anytime}, with just the commit information.  See the
+section on @ref{Reproducible profiles}.
+
+@item
+Easier upgrades and maintenance: Multiple profiles make it easy to keep
+package listings at hand and make upgrades completely friction-less.
+@end itemize
+
+Concretely, here follows some typical profiles:
+
+@itemize
+@item
+The dependencies of a project you are working on.
+
+@item
+Your favourite programming language libraries.
+
+@item
+Laptop-specific programs (like @samp{powertop}) that you don't need on a desktop.
+
+@item
+@TeX{}live (this one can be really useful when you need to install just one
+package for this one document you've just received over email).
+
+@item
+Games.
+@end itemize
+
+Let's dive in the set up!
+
+@node Basic setup with manifests
+@subsection Basic setup with manifests
+
+A Guix profile can be set up @emph{via} a so-called @emph{manifest specification} that looks like
+this:
+
+@lisp
+(specifications->manifest
+  '("package-1"
+    ;; Version 1.3 of package-2.
+    "package-2@@1.3"
+    ;; The "lib" output of package-3.
+    "package-3:lib"
+    ; ...
+    "package-N"))
+@end lisp
+
+@pxref{Invoking guix package,,, guix, GNU Guix Reference Manual}, for
+the syntax details.
+
+We can create a manifest specification per profile and install them this way:
+
+@example
+GUIX_EXTRA_PROFILES=$HOME/.guix-extra-profiles
+mkdir -p "$GUIX_EXTRA_PROFILES"/my-project # if it does not exist yet
+guix package --manifest=/path/to/guix-my-project-manifest.scm --profile="$GUIX_EXTRA_PROFILES"/my-project/my-project
+@end example
+
+Here we set an arbitrary variable @samp{GUIX_EXTRA_PROFILES} to point to the directory
+where we will store our profiles in the rest of this article.
+
+Placing all your profiles in a single directory, with each profile getting its
+own sub-directory, is somewhat cleaner.  This way, each sub-directory will
+contain all the symlinks for precisely one profile.  Besides, ``looping over
+profiles'' becomes obvious from any programming language (e.g.@: a shell script) by
+simply looping over the sub-directories of @samp{$GUIX_EXTRA_PROFILES}.
+
+Note that it's also possible to loop over the output of
+
+@example
+guix package --list-profiles
+@end example
+
+although you'll probably have to filter out @file{~/.config/guix/current}.
+
+To enable all profiles on login, add this to your @file{~/.bash_profile} (or similar):
+
+@example
+for i in $GUIX_EXTRA_PROFILES/*; do
+  profile=$i/$(basename "$i")
+  if [ -f "$profile"/etc/profile ]; then
+    GUIX_PROFILE="$profile"
+    . "$GUIX_PROFILE"/etc/profile
+  fi
+  unset profile
+done
+@end example
+
+Note to Guix System users: the above reflects how your default profile
+@file{~/.guix-profile} is activated from @file{/etc/profile}, that latter being loaded by
+@file{~/.bashrc} by default.
+
+You can obviously choose to only enable a subset of them:
+
+@example
+for i in "$GUIX_EXTRA_PROFILES"/my-project-1 "$GUIX_EXTRA_PROFILES"/my-project-2; do
+  profile=$i/$(basename "$i")
+  if [ -f "$profile"/etc/profile ]; then
+    GUIX_PROFILE="$profile"
+    . "$GUIX_PROFILE"/etc/profile
+  fi
+  unset profile
+done
+@end example
+
+When a profile is off, it's straightforward to enable it for an individual shell
+without "polluting" the rest of the user session:
+
+@example
+GUIX_PROFILE="path/to/my-project" ; . "$GUIX_PROFILE"/etc/profile
+@end example
+
+The key to enabling a profile is to @emph{source} its @samp{etc/profile} file.  This file
+contains shell code that exports the right environment variables necessary to
+activate the software contained in the profile.  It is built automatically by
+Guix and meant to be sourced.
+It contains the same variables you would get if you ran:
+
+@example
+guix package --search-paths=prefix --profile=$my_profile"
+@end example
+
+Once again, see (@pxref{Invoking guix package,,, guix, GNU Guix Reference Manual})
+for the command line options.
+
+To upgrade a profile, simply install the manifest again:
+
+@example
+guix package -m /path/to/guix-my-project-manifest.scm -p "$GUIX_EXTRA_PROFILES"/my-project/my-project
+@end example
+
+To upgrade all profiles, it's easy enough to loop over them.  For instance,
+assuming your manifest specifications are stored in
+@file{~/.guix-manifests/guix-$profile-manifest.scm}, with @samp{$profile} being the name
+of the profile (e.g.@: "project1"), you could do the following in Bourne shell:
+
+@example
+for profile in "$GUIX_EXTRA_PROFILES"/*; do
+  guix package --profile="$profile" --manifest="$HOME/.guix-manifests/guix-$profile-manifest.scm"
+done
+@end example
+
+Each profile has its own generations:
+
+@example
+guix package -p "$GUIX_EXTRA_PROFILES"/my-project/my-project --list-generations
+@end example
+
+You can roll-back to any generation of a given profile:
+
+@example
+guix package -p "$GUIX_EXTRA_PROFILES"/my-project/my-project --switch-generations=17
+@end example
+
+Finally, if you want to switch to a profile without inheriting from the
+current environment, you can activate it from an empty shell:
+
+@example
+env -i $(which bash) --login --noprofile --norc
+. my-project/etc/profile
+@end example
+
+@node Required packages
+@subsection Required packages
+
+Activating a profile essentially boils down to exporting a bunch of
+environmental variables.  This is the role of the @samp{etc/profile} within the
+profile.
+
+@emph{Note: Only the environmental variables of the packages that consume them will
+be set.}
+
+For instance, @samp{MANPATH} won't be set if there is no consumer application for man
+pages within the profile.  So if you need to transparently access man pages once
+the profile is loaded, you've got two options:
+
+@itemize
+@item
+Either export the variable manually, e.g.
+@example
+export MANPATH=/path/to/profile$@{MANPATH:+:@}$MANPATH
+@end example
+
+@item
+Or include @samp{man-db} to the profile manifest.
+@end itemize
+
+The same is true for @samp{INFOPATH} (you can install @samp{info-reader}),
+@samp{PKG_CONFIG_PATH} (install @samp{pkg-config}), etc.
+
+@node Default profile
+@subsection Default profile
+
+What about the default profile that Guix keeps in @file{~/.guix-profile}?
+
+You can assign it the role you want.  Typically you would install the manifest
+of the packages you want to use all the time.
+
+Alternatively, you could keep it ``manifest-less'' for throw-away packages
+that you would just use for a couple of days.
+This way makes it convenient to run
+
+@example
+guix install package-foo
+guix upgrade package-bar
+@end example
+
+without having to specify the path to a profile.
+
+@node The benefits of manifests
+@subsection The benefits of manifests
+
+Manifests are a convenient way to keep your package lists around and, say,
+to synchronize them across multiple machines using a version control system.
+
+A common complaint about manifests is that they can be slow to install when they
+contain large number of packages.  This is especially cumbersome when you just
+want get an upgrade for one package within a big manifest.
+
+This is one more reason to use multiple profiles, which happen to be just
+perfect to break down manifests into multiple sets of semantically connected
+packages.  Using multiple, small profiles provides more flexibility and
+usability.
+
+Manifests come with multiple benefits.  In particular, they ease maintenance:
+
+@itemize
+@item
+When a profile is set up from a manifest, the manifest itself is
+self-sufficient to keep a ``package listing'' around and reinstall the profile
+later or on a different system.  For ad-hoc profiles, we would need to
+generate a manifest specification manually and maintain the package versions
+for the packages that don't use the default version.
+
+@item
+@code{guix package --upgrade} always tries to update the packages that have
+propagated inputs, even if there is nothing to do.  Guix manifests remove this
+problem.
+
+@item
+When partially upgrading a profile, conflicts may arise (due to diverging
+dependencies between the updated and the non-updated packages) and they can be
+annoying to resolve manually.  Manifests remove this problem altogether since
+all packages are always upgraded at once.
+
+@item
+As mentioned above, manifests allow for reproducible profiles, while the
+imperative @code{guix install}, @code{guix upgrade}, etc. do not, since they produce
+different profiles every time even when they hold the same packages.  See
+@uref{https://issues.guix.gnu.org/issue/33285, the related discussion on the matter}.
+
+@item
+Manifest specifications are usable by other @samp{guix} commands.  For example, you
+can run @code{guix weather -m manifest.scm} to see how many substitutes are
+available, which can help you decide whether you want to try upgrading today
+or wait a while.  Another example: you can run @code{guix pack -m manifest.scm} to
+create a pack containing all the packages in the manifest (and their
+transitive references).
+
+@item
+Finally, manifests have a Scheme representation, the @samp{<manifest>} record type.
+They can be manipulated in Scheme and passed to the various Guix @uref{https://en.wikipedia.org/wiki/Api, APIs}.
+@end itemize
+
+It's important to understand that while manifests can be used to declare
+profiles, they are not strictly equivalent: profiles have the side effect that
+they ``pin'' packages in the store, which prevents them from being
+garbage-collected (@pxref{Invoking guix gc,,, guix, GNU Guix Reference Manual})
+and ensures that they will still be available at any point in
+the future.
+
+Let's take an example:
+
+@enumerate
+@item
+We have an environment for hacking on a project for which there isn't a Guix
+package yet.  We build the environment using a manifest, and then run @code{guix
+   environment -m manifest.scm}.  So far so good.
+
+@item
+Many weeks pass and we have run a couple of @code{guix pull} in the mean time.
+Maybe a dependency from our manifest has been updated; or we may have run
+@code{guix gc} and some packages needed by our manifest have been
+garbage-collected.
+
+@item
+Eventually, we set to work on that project again, so we run @code{guix environment
+   -m manifest.scm}.  But now we have to wait for Guix to build and install
+stuff!
+@end enumerate
+
+Ideally, we could spare the rebuild time.  And indeed we can, all we need is to
+install the manifest to a profile and use @code{GUIX_PROFILE=/the/profile;
+. "$GUIX_PROFILE"/etc/profile} as explained above: this guarantees that our
+hacking environment will be available at all times.
+
+@emph{Security warning:} While keeping old profiles around can be convenient, keep in
+mind that outdated packages may not have received the latest security fixes.
+
+@node Reproducible profiles
+@subsection Reproducible profiles
+
+To reproduce a profile bit-for-bit, we need two pieces of information:
+
+@itemize
+@item
+a manifest,
+@item
+a Guix channel specification.
+@end itemize
+
+Indeed, manifests alone might not be enough: different Guix versions (or
+different channels) can produce different outputs for a given manifest.
+
+You can output the Guix channel specification with @samp{guix describe
+--format=channels}.
+Save this to a file, say @samp{channel-specs.scm}.
+
+On another computer, you can use the channel specification file and the manifest
+to reproduce the exact same profile:
+
+@example
+GUIX_EXTRA_PROFILES=$HOME/.guix-extra-profiles
+GUIX_EXTRA=$HOME/.guix-extra
+
+mkdir "$GUIX_EXTRA"/my-project
+guix pull --channels=channel-specs.scm --profile "$GUIX_EXTRA/my-project/guix"
+
+mkdir -p "$GUIX_EXTRA_PROFILES/my-project"
+"$GUIX_EXTRA"/my-project/guix/bin/guix package --manifest=/path/to/guix-my-project-manifest.scm --profile="$GUIX_EXTRA_PROFILES"/my-project/my-project
+@end example
+
+It's safe to delete the Guix channel profile you've just installed with the
+channel specification, the project profile does not depend on it.
+
+@c *********************************************************************
+@node Environment management
+@chapter Environment management
+
+Guix provides multiple tools to manage environment.  This chapter
+demonstrate such utilities.
+
+@menu
+* Guix environment via direnv:: Setup Guix environment with direnv
+@end menu
+
+@node Guix environment via direnv
+@section Guix environment via direnv
+
+Guix provides a @samp{direnv} package, which could extend shell after
+directory change.  This tool could be used to prepare a pure Guix
+environment.
+
+The following example provides a shell function for @file{~/.direnvrc}
+file, which could be used from Guix Git repository in
+@file{~/src/guix/.envrc} file to setup a build environment similar to
+described in @pxref{Building from Git,,, guix, GNU Guix Reference
+Manual}.
+
+Create a @file{~/.direnvrc} with a Bash code:
+
+@example
+# Thanks <https://github.com/direnv/direnv/issues/73#issuecomment-152284914>
+export_function()
+@{
+  local name=$1
+  local alias_dir=$PWD/.direnv/aliases
+  mkdir -p "$alias_dir"
+  PATH_add "$alias_dir"
+  local target="$alias_dir/$name"
+  if declare -f "$name" >/dev/null; then
+    echo "#!$SHELL" > "$target"
+    declare -f "$name" >> "$target" 2>/dev/null
+    # Notice that we add shell variables to the function trigger.
+    echo "$name \$*" >> "$target"
+    chmod +x "$target"
+  fi
+@}
+
+use_guix()
+@{
+    # Set GitHub token.
+    export GUIX_GITHUB_TOKEN="xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx"
+
+    # Unset 'GUIX_PACKAGE_PATH'.
+    export GUIX_PACKAGE_PATH=""
+
+    # Recreate a garbage collector root.
+    gcroots="$HOME/.config/guix/gcroots"
+    mkdir -p "$gcroots"
+    gcroot="$gcroots/guix"
+    if [ -L "$gcroot" ]
+    then
+        rm -v "$gcroot"
+    fi
+
+    # Miscellaneous packages.
+    PACKAGES_MAINTENANCE=(
+        direnv
+        git
+        git:send-email
+        git-cal
+        gnupg
+        guile-colorized
+        guile-readline
+        less
+        ncurses
+        openssh
+        xdot
+    )
+
+    # Environment packages.
+    PACKAGES=(help2man guile-sqlite3 guile-gcrypt)
+
+    # Thanks <https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2016-09/msg00859.html>
+    eval "$(guix environment --search-paths --root="$gcroot" --pure guix --ad-hoc $@{PACKAGES[@@]@} $@{PACKAGES_MAINTENANCE[@@]@} "$@@")"
+
+    # Predefine configure flags.
+    configure()
+    @{
+        ./configure --localstatedir=/var --prefix=
+    @}
+    export_function configure
+
+    # Run make and optionally build something.
+    build()
+    @{
+        make -j 2
+        if [ $# -gt 0 ]
+        then
+            ./pre-inst-env guix build "$@@"
+        fi
+    @}
+    export_function build
+
+    # Predefine push Git command.
+    push()
+    @{
+        git push --set-upstream origin
+    @}
+    export_function push
+
+    clear                        # Clean up the screen.
+    git-cal --author='Your Name' # Show contributions calendar.
+
+    # Show commands help.
+    echo "
+build          build a package or just a project if no argument provided
+configure      run ./configure with predefined parameters
+push           push to upstream Git repository
+"
+@}
+@end example
+
+Every project containing @file{.envrc} with a string @code{use guix}
+will have predefined environment variables and procedures.
+
+Run @command{direnv allow} to setup the environment for the first time.
+
 @c *********************************************************************
 @node Acknowledgments
 @chapter Acknowledgments