gnu: cuirass: Update to 0.0.1-74.c8051f3.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 0.0.1-74.c8051f3.

inferior: Use a safe symlink monadic procedure.

This is a follow-up of 6ee7e3d26b8f5d2a234518cc2ab1bfeba7cd7c18.

* guix/inferior.scm (cached-channel-instance): Introduce "symlink/safe" and
use it instead of symlink. Remove the duplicated "file-exists?" call.

Revert "inferior: Break cached-channel-instance into two procedures."

This reverts commit 7d63b775513e7049047222dbe403a4181f63828d because it raises
some concerns, see:
https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2021-03/msg00124.html.

gnu: mongodb: Update to 3.4.24 [security fixes].

* gnu/packages/patches/mongodb-support-unknown-linux-distributions.patch:
Remove patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Ditto.
* gnu/packages/databases.scm (mongodb): Update to 3.4.24.
[source]: Drop patch. Update third_party libs folder names.

gnu: mysql: Update to 5.7.33 [security fixes].

* gnu/packages/databases.scm (mysql): Update to 5.7.33.

gnu: python-sanic: Update to 20.12.2.

* gnu/packages/python-web.scm (python-sanic) [version]: Update to 20.12.2.
[arguments]: Relax dependency versions.
[native-inputs]: Add python-pytest-asyncio.
[home-page]: Update.
[synopsis]: Remove Python version.
[description]: Ditto.

gnu: python-pytest-sanic: Update to 1.7.0.

* gnu/packages/python-check.scm (python-pytest-sanic) [version]: Update to
1.7.0.
[propagated-inputs]: Replace python-aiohttp with python-httpx and add
python-websockets.

gnu: python-aiofiles: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-aiofiles): Update to 0.6.0.

gnu: python-ujson: Update to 4.0.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-ujson): Update to 4.0.2.

gnu: python-tortoise-orm: Update to 0.16.21.

* gnu/packages/databases.scm (python-tortoise-orm) [version]: Update to 0.16.21.
[arguments]: Relax version requirements.

gnu: python-aiosqlite: Update to 0.17.0.

* gnu/packages/databases.scm (python-aiosqlite) [version]: Update to 0.17.0.
[arguments]: Run tests.
[propagated-inputs]: Add python-typing-extensions.

gnu: python-pypika: Update to 0.47.6.

* gnu/packages/databases.scm (python-pypika): Update to 0.47.6.

gnu: python-aiounittest: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/check.scm (python-aiounittest) [version]: Update to 1.4.0.
[source]: Switch to git repository.
[arguments]: Run notetests.
[propagated-inputs]: Add python-wrapt.

gnu: python-shouldbe: Remove.

Unmaintained upstream and its only dependent (python-gssapi) dropped it.

* gnu/packages/patches/python-shouldbe-0.1.2-cpy3.8.patch: Remove.
* gnu/local.mk: Drop patch file.
* gnu/packages/python-xyz.scm (python-shouldbe): Remove.

gnu: python-asyncssh: Update to 2.5.0.

* gnu/packages/ssh.scm (python-asyncssh): Update to 2.5.0.

gnu: python-gssapi: Update to 1.6.12.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-gssapi) [version]: Update to 1.6.12.
[arguments]: Tests have been fixed upstream, remove.
[native-inputs]: python-shouldbea is not required any more, remove.

gnu: cyrus-sasl: Fix CVE-2019-19906.

* gnu/packages/patches/cyrus-sasl-CVE-2019-19906.patch: New patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/cyrus-sasl.scm (cyrus-sasl/fixed): New variable. Apply patch.
(cyrus-sasl)[replacement]: Graft.

gnu: gajim: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/messaging.scm (gajim): Update to 1.3.1.
[arguments]: Modify custom 'disable-failing-tests phase.

gnu: sdcc: Update to 4.1.0.

* gnu/packages/embedded.scm (sdcc): Update to 4.1.0.
* gnu/packages/patches/sdcc-disable-non-free-code.patch: Update to match new
version.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: botan: Update to 2.17.3 [fixes CVE-2021-24115].

* gnu/packages/crypto.scm (botan): Update to 2.17.3.
[arguments]: Add 'library-path-for-tests phase to fix 'check phase by setting
LD_LIBRARY_PATH to intermediate build directory so tests can find libbotan.

gnu: zziplib: Update to 0.13.72 [security fixes].

Non-exhaustively, fixes CVE-2018-16548 and CVE-2018-17828.

* gnu/packages/compression.scm (zziplib/fixed): New variable.
(zziplib)[replacement]: Graft.

gnu: Add unixcw.

* gnu/packages/radio.scm (unixcw): New variable.

gnu: Add aldo.

* gnu/packages/radio.scm (aldo): New variable.

gnu: python-nbxmpp: Update to 2.0.2.

* gnu/packages/messaging.scm (python-nbxmpp) [version]: Update to 2.0.2.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: bsdiff: Fix CVE-2014-9862.

* gnu/packages/patches/bsdiff-CVE-2014-9862.patch: New patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/compression.scm (bsdiff): Apply it.

tests: cuirass: Remove cuirass simple test.

This is a follow-up of 6c883d0f1deacff4fc227a4f925414a3733efc6e.

* gnu/tests/cuirass.scm (simple-cuirass-service, %cuirass-simple-test): Remove
them.

services: cuirass: Remove simple cuirass configuration.

The Cuirass configuration has been simplified so that this is no longer
needed.

* gnu/services/cuirass.scm (<build-manifest>, <simple-cuirass-configuration>,
simple-cuirass-configuration->specs): Remove them.

ci: Remove hydra support.

This removes hydra support to use Cuirass as the only continuous integration
system.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm: Remove it.
* build-aux/hydra/guix-modular.scm: Ditto.
* build-aux/hydra/guix.scm: Ditto.
* build-aux/cuirass/hydra-to-cuirass.scm: Ditto.
* Makefile.am (EXTRA_DIST): Update it.
(hydra-jobs.scm): Remove it.
(cuirass-jobs.scm): Update it.
* build-aux/hydra/evaluate.scm: Move it to ...
* build-aux/cuirass/evaluate.scm: ... here.
* build-aux/cuirass/guix-modular.scm: Remove it.
* build-aux/cuirass/gnu-system.scm: Ditto.
* guix/packages.scm (%hydra-supported-systems): Rename it to ...
(%cuirass-supported-systems): ... this variable.
* build-aux/check-final-inputs-self-contained: Adapt it.
* etc/release-manifest.scm: Ditto.
* gnu/ci.scm (package->alist): Remove it.
(derivation->job): New procedure.
(package-job, package-cross-job, cross-jobs, image-jobs, system-test-jobs,
tarball-jobs): Use it.
(guix-jobs): New procedure.
(hydra-jobs): Rename it to ...
(cuirass-jobs): ... this procedure.

channels: Export channel-instance->sexp.

* guix/channels.scm (channel-instance->sexp): Export it.

inferior: Fix concurrent cached-profile calls.

* guix/inferior.scm (cached-profile): Do not create the profile symlink if it
already exists.

inferior: Break cached-channel-instance into two procedures.

Break cached-channel-instance into two different procedures:
channels->cached-profile and instances->cached-profile operating respectively
on channels and channels instances.

* guix/inferior.scm (cached-channel-instance): Rename it into ...
(cached-profile): ... this new procedure.
(channels->cached-profile, instances->cached-profile): New procedures.
* guix/scripts/time-machine.scm (guix-time-machine): Adapt accordingly.

services: cuirass: Do not create the database directory.

Fixes: <https://issues.guix.gnu.org/46683>.

* gnu/services/cuirass.scm (cuirass-activation): Since the PostgreSQL switch,
it is no longer needed to create the database directory.

gnu: cuirass: Update to 0.0.1-73.14e1335.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 0.0.1-73.14e1335.
[arguments]: Enable tests and add new 'set-PATH-for-tests phase.
[native-inputs]: Add ephemeralpg.

gnu: guile-simple-zmq: Update to 0.0.0-9.b2ea97e.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-simple-zmq): Update to 0.0.0-9.b2ea97e.

gnu: gnucobol: Update to 3.1.2 [security fixes].

* gnu/packages/cobol.scm (gnucobol): Update to 3.1.2.
[arguments]: Add 'set-TERM phase before 'check to set the TERM environment
variable for tests that expect it.

gnu: osc: Update to 0.172.0 [fixes CVE-2019-3681].

* gnu/packages/build-tools.scm (osc): Update to 0.172.0.
[native-inputs]: Add python-chardet. Required by tests.

gnu: python-m2crypto: Disable tests because they are date-sensitive.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-m2crypto)[arguments]: Set '#:tests?'
to '#f'.

gnu: linux-libre 5.4: Update to 5.4.104.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.104.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.10: Update to 5.10.22.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.10-version): Update to 5.10.22.
(linux-libre-5.10-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre: Update to 5.11.5.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.11-version): Update to 5.11.5.
(linux-libre-5.11-pristine-source): Update hash.

gnu: c-ares: Update to 1.17.1 [fixes CVE-2020-8277].

* gnu/packages/adns.scm (c-ares/fixed): New variable.
(c-ares)[replacement]: Graft.

gnu: imagemagick/fixed: Retain version length for successful grafting.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick/fixed):
[version]: Append 'g'.
[source]: Hardcode version.

gnu: password-store: Update to 1.7.3-1.918992c.

* gnu/packages/password-utils.scm (password-store): Update to
1.7.3-1.918992c.
[arguments]<#:phases>['wrap-path]: Add "wl-clipboard".
[inputs]: Add "wl-clipboard".

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: dcmtk: Update to 3.6.6.

* gnu/packages/image-processing.scm (dcmtk): Update to 3.6.6.
[inputs]: Add icu4c.

gnu: electron-cash: Update to 4.2.4.

* gnu/packages/finance.scm (electron-cash): Update to 4.2.4.

gnu: range-v3: Fix typo in description.

* gnu/packages/cpp.scm (range-v3)[description]: Fix typo.

doc: Fix grammar.

* doc/contributing.texi (Package Naming): Fix grammar.

gnu: fcitx5: Update to 5.0.5.

* gnu/packages/fcitx5.scm (fcitx5): Update to 5.0.5.

gnu: lmdb: Update to 0.9.28.

* gnu/packages/databases.scm (lmdb): Update to 0.9.28.

gnu: git: Update to 2.30.2 [fixes CVE-2021-21300].

* gnu/packages/version-control.scm (git): Update to 2.30.2.

gnu: libtiff: Update to 4.2.0 [security fixes].

Non-exhaustively, fixes CVE-2020-35523, CVE-2020-35522 and CVE-2020-35521.

* gnu/packages/image.scm (libtiff/fixed): New variable.
(libtiff)[replacement]: Graft.

gnu: Add nextcloud-client.

* gnu/packages/messaging.scm (nextcloud-client): New variable.

Signed-off-by: Leo Prikler <leo.prikler@student.tugraz.at>

gnu: Add qtsolutions.

* gnu/packages/qt.scm (qtsolutions): New variable.

Signed-off-by: Leo Prikler <leo.prikler@student.tugraz.at>

gnu: Add appstream.

* gnu/packages/freedesktop.scm (appstream): New variable.

Signed-off-by: Leo Prikler <leo.prikler@student.tugraz.at>

gnu: imagemagick: Update to 6.9.12-2 [security fixes].

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick/fixed): New variable.
(imagemagick)[replacement]: Graft.

gnu: r-lubridate: Update to 1.7.10.

* gnu/packages/statistics.scm (r-lubridate): Update to 1.7.10.

gnu: r-pbkrtest: Update to 0.5.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-pbkrtest): Update to 0.5.1.

gnu: r-quantreg: Update to 5.85.

* gnu/packages/statistics.scm (r-quantreg): Update to 5.85.

gnu: r-matrixmodels: Update to 0.5-0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-matrixmodels): Update to 0.5-0.

gnu: r-beeswarm: Update to 0.3.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-beeswarm): Update to 0.3.1.

gnu: r-hmisc: Update to 4.5-0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-hmisc): Update to 4.5-0.

gnu: r-tidyr: Update to 1.1.3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-tidyr): Update to 1.1.3.

gnu: r-glmnet: Update to 4.1-1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-glmnet): Update to 4.1-1.

gnu: r-sparsem: Update to 1.81.

* gnu/packages/statistics.scm (r-sparsem): Update to 1.81.

gnu: r-segmented: Update to 1.3-3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-segmented): Update to 1.3-3.

gnu: r-rmarkdown: Update to 2.7.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rmarkdown): Update to 2.7.

gnu: r-desc: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-desc): Update to 1.3.0.
[propagated-inputs]: Remove r-assertthat.

gnu: r-data-table: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-data-table): Update to 1.14.0.

gnu: r-dplyr: Update to 1.0.5.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dplyr): Update to 1.0.5.

gnu: r-tibble: Update to 3.1.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-tibble): Update to 3.1.0.
[propagated-inputs]: Remove r-cli and r-crayon.

gnu: r-testthat: Update to 3.0.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-testthat): Update to 3.0.2.

gnu: r-mime: Update to 0.10.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mime): Update to 0.10.

gnu: r-svglite: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-svglite): Update to 2.0.0.
[inputs]: Add libpng and zlib.
[propagated-inputs]: Remove r-bh, r-gdtools, and r-rcpp; add r-cpp11 and
r-systemfonts.

gnu: r-mgcv: Update to 1.8-34.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mgcv): Update to 1.8-34.

gnu: r-cluster: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-cluster): Update to 2.1.1.

gnu: r-mass: Update to 7.3-53.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mass): Update to 7.3-53.1.

gnu: r-boot: Update to 1.3-27.

* gnu/packages/statistics.scm (r-boot): Update to 1.3-27.

gnu: r-ragg: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-ragg): Update to 1.1.1.

gnu: r-textshaping: Update to 0.3.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-textshaping): Update to 0.3.1.

gnu: r-mlr3tuning: Update to 0.7.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-mlr3tuning): Update to 0.7.0.

gnu: r-mlr3: Update to 0.11.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-mlr3): Update to 0.11.0.
[propagated-inputs]: Add r-palmerpenguins and r-parallelly.

gnu: r-paradox: Update to 0.7.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-paradox): Update to 0.7.1.

gnu: r-tune: Update to 0.1.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-tune): Update to 0.1.3.
[propagated-inputs]: Remove r-hardhat.

gnu: r-dicedesign: Update to 1.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-dicedesign): Update to 1.9.

gnu: r-rsample: Update to 0.0.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-rsample): Update to 0.0.9.
[propagated-inputs]: Remove r-modeldata.

gnu: r-survminer: Update to 0.4.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-survminer): Update to 0.4.9.
[propagated-inputs]: Add r-ggtext.

gnu: r-flexsurv: Update to 2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-flexsurv): Update to 2.0.
[propagated-inputs]: Add r-assertthat, r-dplyr, r-generics, r-magrittr,
r-matrix, r-numderiv, r-purrr, r-rlang, r-rstpm2, and r-tidyselect.

gnu: r-isoband: Update to 0.2.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-isoband): Update to 0.2.4.
[propagated-inputs]: Remove r-testthat.

gnu: r-erm: Update to 1.0-2.

* gnu/packages/cran.scm (r-erm): Update to 1.0-2.

gnu: r-openmx: Update to 2.19.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-openmx): Update to 2.19.1.

gnu: r-isocodes: Update to 2021.02.24.

* gnu/packages/cran.scm (r-isocodes): Update to 2021.02.24.

gnu: r-imager: Update to 0.42.7.

* gnu/packages/cran.scm (r-imager): Update to 0.42.7.

gnu: r-gamlss: Update to 5.3-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-gamlss): Update to 5.3-1.

gnu: r-lifecycle: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-lifecycle): Update to 1.0.0.

gnu: r-parameters: Update to 0.12.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-parameters): Update to 0.12.0.

gnu: r-kableextra: Update to 1.3.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-kableextra): Update to 1.3.4.
[propagated-inputs]: Add r-svglite.

gnu: r-dalex: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-dalex): Update to 2.1.1.

gnu: r-xmlparsedata: Update to 1.0.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-xmlparsedata): Update to 1.0.5.

gnu: r-ggraph: Update to 2.0.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggraph): Update to 2.0.5.

gnu: r-ggforce: Update to 0.3.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggforce): Update to 0.3.3.