gnu: Add polari.

* gnu/packages/gnome.scm (polari): New package.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: gspell: Build with gobject-introspection.

* gnu/packages/gnome.scm (gspell)[native-inputs]: Add
gobject-introspection.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: mumble: Actually modify qt-build-system.

This was reported by Ivan Vilata i Balaguer.

* gnu/packages/telephony.scm (mumble)[arguments]: Refer to the
qt-build-system %supported-phases directly so we modify them.

gnu: git-annex: Update to 7.20191218.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (git-annex): Update to 7.20191218.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gexp: Add system and target support to gexp->file.

* guix/gexp.scm (gexp->file): Add system and target arguments and pass them to
gexp->derivation and load-path-expression calls,
(scheme-file-compiler): adapt accordingly to pass system and target arguments.

gnu: ktouch: Update to 19.08.3.

* gnu/packages/education.scm (ktouch): Update to 19.08.3.

gnu: Add copyright header.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm: Add copyright header for Brett Gilio
  <brettg@gnu.org>.

gnu: sbcl-cl-store: Use HTTPS home page URI.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-store)[home-page]: Use HTTPS URI.

gnu: sbcl-cl-store: Update to 0.8.11-1.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-store): Update to 0.8.11-1.

Fixes failing build against most recent SBCL.

gnu: fastx-toolkit: Build with GCC 6

* gnu/packages/bioinformatics.scm (fastx-toolkit)[native-inputs]: Add gcc-6.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: libgtextutils: Build with GCC 5

* gnu/packages/textutils.scm (libgtextutils)[native-inputs]: Add gcc-5.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: Add Mumi service.

* gnu/services/web.scm (%mumi-activation, %mumi-accounts): New variables.
(mumi-shepherd-services): New procedure.
(mumi-service-type): New variable.
* doc/guix.texi (Web Services): Document it.

gnu: mumi: Add dependency on GnuTLS.

* gnu/packages/mail.scm (mumi)[inputs]: Add GNUTLS.

gnu: mumi: Install assets.

* gnu/packages/mail.scm (mumi)[source](snippet): Modify "Makefile.am" so
that assets are installed.

gnu: mumi: Pass "--localstatedir=/var".

* gnu/packages/mail.scm (mumi)[arguments]: Add #:configure-flags.

gnu: mumi: Add dependency on mumimu.

The package definition of mumi was taken from the 'guix.scm' file in mumi.

* gnu/packages/mail.scm (mumimu): New variable.
(mumi)[inputs]: Add it.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: mumi: Install .go files in the right place.

* gnu/packages/mail.scm (mumi)[source](modules, snippet): New fields.

gnu: mumi: Do not hard-code "2.2".

* gnu/packages/mail.scm (mumi)[arguments]: Add #:modules and
 #:imported-modules.  In 'wrap-executable' phase, use
'target-guile-effective-version' instead of hard-coding "2.2".

guix system: Honor the build options in 'delete-generations'.

Until now, 'guix system delete-generations' would ignore OPTS; for
example, it would not enable #:print-extended-build-trace? & co.,
leading to suboptimal output.

* guix/scripts/system.scm (process-command)[with-store*]: New macro.
Use it for 'delete-generations', 'switch-generation', and 'roll-back'.

gnu: guile-email: Update to 0.2.2.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-email): Update to 0.2.2.

gnu: Add purpose.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm(purpose): New variable.

gnu: linux-libre: Update to 5.4.6.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.6.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.91.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.91.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.160.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.160.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.207.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.207.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.207.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4-version): Update to 4.4.207.
(linux-libre-4.4-pristine-source): Update hash.

gnu: Add gnome-characters.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-characters): New variable.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add emacs-punpun-theme.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-punpun-theme): New variable.

Signed-off-by: Brett Gilio <brettg@gnu.org>

gnu: Add java-marlin-renderer.

* gnu/packages/java-graphics.scm (java-marlin-renderer): New variable.

gnu: Add xsnow.

* gnu/packages/toys.scm (xsnow): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: intel-mpi-benchmarks: Merge with "imb-openmpi".

* gnu/packages/mpi.scm (intel-mpi-benchmarks): Remove.
* gnu/packages/benchmark.scm (imb): Rename to...
(intel-mpi-benchmarks): ... this.  Change 'name'.  Update to 2019.3.
[arguments]: Remove 'build phase.  Rewrite 'install phase.  Pass
 #:parallel-build? and #:make-flags.
(intel-mpi-benchmarks/openmpi): New variable.
(imb-openmpi): Rewrite in terms of 'deprecated-package'.

gnupg: 'gnupg-verify*' returns a status symbol.

This allows callers to distinguish between signature verification
failure and missing key.

* guix/gnupg.scm (gnupg-receive-keys): Return true on success.
(gnupg-verify*): Check return value of 'gnupg-receive-keys'.  Return two
values, the first one being a symbol.
* guix/upstream.scm (download-tarball): Get the two return values of
'gnupg-verify*', and match on the first one.
* gnu/packages/bash.scm (download-patches): Check the first return value
of 'gnupg-verify*'.

gnu: geda-gaf: Update to 1.10.0.

* gnu/packages/engineering.scm (geda-gaf): Update to 1.10.0.
[arguments]: Adjust phase "disable-failing-tests".
[inputs]: Add gamin and python-2.

gnu: Add gamin.

* gnu/packages/gnome.scm (gamin): New variable.

gnu: r-desolve: Update to 1.27.

* gnu/packages/cran.scm (r-desolve): Update to 1.27.

gnu: r-insol: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-insol): Update to 1.2.1.
[propagated-inputs]: Remove r-rgdal.

gnu: r-plot3d: Update to 1.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-plot3d): Update to 1.3.

gnu: r-sctransform: Update to 0.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-sctransform): Update to 0.2.1.
[propagated-inputs]: Remove r-future.

gnu: r-rootsolve: Update to 1.8.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-rootsolve): Update to 1.8.2.

gnu: r-reticulate: Update to 1.14.

* gnu/packages/cran.scm (r-reticulate): Update to 1.14.
[propagated-inputs]: Add r-rappdirs.

gnu: r-pillar: Update to 1.4.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-pillar): Update to 1.4.3.

gnu: r-vctrs: Update to 0.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-vctrs): Update to 0.2.1.

gnu: r-recipes: Update to 0.1.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-recipes): Update to 0.1.8.

gnu: r-psych: Update to 1.9.12.

* gnu/packages/cran.scm (r-psych): Update to 1.9.12.

gnu: r-bbmle: Update to 1.0.22.

* gnu/packages/cran.scm (r-bbmle): Update to 1.0.22.
[propagated-inputs]: Add r-bdsmatrix, r-matrix, and r-mvtnorm.

gnu: Add r-bdsmatrix.

* gnu/packages/cran.scm (r-bdsmatrix): New variable.

gnu: r-latticeextra: Update to 0.6-29.

* gnu/packages/statistics.scm (r-latticeextra): Update to 0.6-29.
[propagated-inputs]: Add r-jpeg and r-png.

gnu: r-dt: Update to 0.11.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dt): Update to 0.11.

gnu: r-rsqlite: Update to 2.1.5.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rsqlite): Update to 2.1.5.

gnu: r-mime: Update to 0.8.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mime): Update to 0.8.

gnu: r-bh: Update to 1.72.0-2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-bh): Update to 1.72.0-2.

gnu: r-foreign: Update to 0.8-73.

* gnu/packages/statistics.scm (r-foreign): Update to 0.8-73.

gnu: r-mass: Update to 7.3-51.5.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mass): Update to 7.3-51.5.

gnu: r-boot: Update to 1.3-24.

* gnu/packages/statistics.scm (r-boot): Update to 1.3-24.

gnu: r-scater: Update to 1.14.6.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-scater): Update to 1.14.6.

gnu: WireGuard: Update to 0.0.20191219.

* gnu/packages/vpn.scm (wireguard): Update to 0.0.20191219.

gnu: lepton-eda: Update to 1.9.9-20191003.

* gnu/packages/engineering.scm (lepton-eda): Update to 1.9.9-20191003.
[inputs]: Do not inherit from geda-gaf; replace guile-2.0 with guile-2.2.
[arguments]: Add phase to compile Scheme files.

gnu: catimg: Update to 2.6.0.

* gnu/packages/image-viewers.scm (catimg): Update to 2.6.0.

gnu: tig: Update to 2.5.0.

* gnu/packages/version-control.scm (tig): Update to 2.5.0.

gnu: vim-airline: Update to 0.11.

* gnu/packages/vim.scm (vim-airline): Update to 0.11.

gnu: mutt: Add preferred source uri.

* gnu/packages/mail.scm (mutt)[source]: Add upstream's preferred uri.

gnu: mutt: Update to 1.13.2.

* gnu/packages/mail.scm (mutt): Update to 1.13.2.

gnu: Add gnome-shell-extension-hide-app-icon.

* gnu/packages/gnome-xyz.scm (gnome-shell-extension-hide-app-icon):
New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: libhandy: Update description.

* gnu/packages/gnome.scm (libhandy)[description]: Fix typo and make
clear it's not only for mobile interfaces.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Update libhandy to 0.0.12.

* gnu/packages/gnome.scm (libhandy): Update to 0.0.12.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add gnome-shell-extension-dash-to-panel.

* gnu/packages/gnome-xyz.scm (gnome-shell-extension-dash-to-panel): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnupg: Compile regexps only once.

This halves the run time on a large number of subsequent 'gnupg-verify'
calls.

* guix/gnupg.scm (sigid-rx, goodsig-rx, validsig-rx, expkeysig-rx)
(errsig-rx): New variables, lifted from...
(gnupg-verify)[status-line->sexp]: ... here.

gnu: libfive: Update to 0-3.6e39254.

* gnu/packages/engineering.scm (libfive): Update to 0-3.6e39254.
[arguments]: Add build phase "find-catch".
[inputs]: Replace catch-framework with catch-framework2.
[license]: Change license for library.

gnu: catch-framework2: Update to 2.1.2.

* gnu/packages/check.scm (catch-framework2): Update to 2.1.2.
(catch-framework2-1): New variable.
* gnu/packages/cpp.scm (fifo-map)[native-inputs]: Use catch-framework2-1.

gnu: Add java-piccolo2d-extras.

* gnu/packages/java-graphics.scm (java-piccolo2d-extras): New variable.

gnu: Add java-piccolo2d-core.

* gnu/packages/java-graphics.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: sbcl: Update to 1.5.9.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-boot0): New variable.
Build 1.5.8 against CLISP.
(sbcl): Build versions >= 1.5.9 against sbcl-boot0.

Update email for Brett Gilio.

* .mailmap: Add name and email for Brett Gilio.
* gnu/local.mk, gnu/packages/admin.scm, gnu/packages/audio.scm,
  gnu/packages/bittorrent.scm, gnu/packages/build-tools.scm,
  gnu/packages/cran.scm, gnu/packages/emacs-xyz.scm,
  gnu/packages/messaging.scm, gnu/packages/python-xyz.scm,
  gnu/packages/sml.scm, gnu/packages/terminals.scm, gnu/packages/wm.scm:
  Update email for Brett Gilio.

gnu: dxvk: Update to 1.5.

* gnu/packages/wine.scm (dxvk): Update to 1.5.

gnu: wireless-tools: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/linux.scm (wireless-tools)[arguments]: Replace 'configure phase
to substitute CC, AR and RANLIB Makefile variables to suitable values when
cross-compiling.

gnu: behave: Fix tests.

* gnu/packages/check.scm (behave): Add missing directory to PYTHONPATH before
tests.

gnu: isc-dhcp: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/admin.scm (isc-dhcp)[arguments]: Add a configure flag to
specify randomdev path, which is needed when cross-compiling. Also add a
fix-bind-cross-compilation phase.

gnu: mumble: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/telephony.scm (mumble): Update to 1.3.0.
[source]: Remove patch. Update snippet.
[build-system]: Switch to qt-build-system.
[arguments]: Update custom 'configure phase. Add custom phase to disable
murmur ice.
[inputs]: Remove protobuf-3.5, libx11, qt-4, alsa-lib. Add protobuf,
mesa, qtbase, qtsvg.
[native-inputs]: Add python, qttools.
[license]: Update license info.
* gnu/packages/patches/mumble-1.2.19-abs.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

guix: Fix %hurd-systems list.

* guix/packages.scm (%hurd-systems): Replace i585-gnu with i586-gnu.

gnu: Fix python-pyside-2.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyside-2)[inputs]: Remove llvm-6, clang-6.
Add clang-toolchain-6.
[arguments]: Adjust for change in inputs.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Fix python-shiboken-2.

* gnu/packages/qt.scm (python-shiboken-2)[inputs]: Remove llvm-6,
clang-6. Add clang-toolchain-6.
[arguments]: Adjust for change in inputs.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: icedtea@2: Fix missing match catch-all.

* gnu/packages/java.scm (icedtea@2)[arguments]: In custom
'install-libjvm phase add catch-all case to 'match'.

gnu: phonon-backend-gstreamer: Fix-up inputs.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (phonon-backend-gstreamer)[inputs]:
Move qttools ...
[native-inputs]: ... to here.

gnu: ktextwidgets: Fix-up inputs.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (ktextwidgets)[inputs]: Move qttools ...
[native-inputs]: ... to here.

gnu: leocad: Update to 19.07.1.

* gnu/packages/lego.scm (leocad): Update to 19.07.1
[source]: Use git-fetch.
* .mailmap: Add preferred alias for myself.

gnu: linux-libre: Update to 5.4.5.

* gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.3-arm-veyron.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.3-arm.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.3-arm64.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.3-i686.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.3-x86_64.conf: Delete files.
* gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.4-arm-veyron.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.4-arm.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.4-arm64.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.4-i686.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.4-x86_64.conf: New files.
* Makefile.am (AUX_FILES): Update accordingly.
* gnu/packages/patches/linux-libre-active-entropy.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.
* gnu/packages/linux.scm (deblob-scripts-5.3, linux-libre-5.3-version)
(linux-libre-5.3-pristine-source, linux-libre-5.3-source)
(linux-libre-headers-5.3, linux-libre-5.3): Remove variables.
(deblob-scripts-5.4, linux-libre-5.4-version)
(linux-libre-5.4-pristine-source, linux-libre-5.4-source)
(linux-libre-headers-5.4, linux-libre-5.4): New variables.
(linux-libre-version, linux-libre-pristine-source)
(linux-libre-source, linux-libre): Point to linux-libre-5.4*.

gnu: linux-libre: Remove orphaned 5.2.x kernel configurations.

This is a followup to commit 4845dee706a1aee89917e5c7f25d3bce64f7e11c.

* gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.2-arm-veyron.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.2-arm.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.2-arm64.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.2-i686.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.2-x86_64.conf: Delete files.
* Makefile.am (AUX_FILES): Remove them.

download: Remove ramses.wh2.tu-dresden.de kernel mirror.

* guix/download.scm (%mirrors): Remove ramses.wh2.tu-dresden.de, which seems
to no longer work.

gnu: isc-dhcp: Update bundled BIND to 9.11.14.

* gnu/packages/admin.scm (isc-dhcp)[bind-patch-version]: Update to 14.
[inputs]: Update hash of bind-source-tarball.

gnu: httpfs2: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/file-systems.scm (httpfs2)[source]: Hard-code NAME.

gnu: bind: Update to 9.14.9.

* gnu/packages/dns.scm (isc-bind): Update to 9.14.9.

gnu: Add python-pox.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pox): New variable.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>
Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add python-ppft.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-ppft): New variable.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: python-multiprocess: Update to 0.70.9.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-multiprocess): Update to 0.70.9.
[arguments]: Add phase "disable-broken-tests" and run tests after installation.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>.

gnu: python-dill: Update to 0.3.1.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-dill): Update to 0.3.1.1.
[arguments]: Enable tests.
[native-inputs]: Add python-nose.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnupg: 'gnupg-status-missing-key?' returns a fingerprint when possible.

Until then, 'gnupg-status-missing-key?' would return a key id.  Its
user, 'gnupg-verify*', would then fetch a key with that ID from key
servers, thus possibly the wrong key (due to key ID collisions).  If it
did fetch the wrong key, the effect would be a signature verification
failure down the path--e.g., in "guix refresh -u".

* guix/gnupg.scm (gnupg-verify)[maybe-fingerprint]: New procedure.
[status-line->sexp](errsig-rx): Add parenthetical expression at the end.
Fetch it and add it to the 'signature-error' sexp.
(gnupg-status-missing-key?): Match the whole 'signature-error' sexp and
return preferably the fingerprint rather than KEY-ID.
(gnupg-receive-keys): Rename 'key-id' parameter to 'fingerprint/key-id'.

gnupg: 'gnupg-status-good-signature?' no longer returns a key ID.

Returning a key ID was inconsequential because the only user of
'gnupg-status-good-signature?', (guix upstream) (via 'gnupg-verify*'),
would not check the return value as long as it's true.

* guix/gnupg.scm (gnupg-status-good-signature?): Return a
fingerprint/user pair instead of key-id/user.
(gnupg-verify*): Mention it in docstring.

guix: swh: Fix example URI in comment for <origin>.

This is a one-character follow-up to
356a79becc4061d158c68718ad169abac1ab672f

Reported by Jonathan Brielmaier <jonathan.brielmaier@web.de>.

* guix/swh.scm(<origin>): Remove a slash from example URI witin a comment.

gnu: libdbi-drivers: Adapt to multiple-output MariaDB.

* gnu/packages/databases.scm (mariadb/fixed-install-db): New public variable.
(libdbi-drivers)[inputs]: Add MARIADB:DEV and MARIADB:LIB.  Remove MARIADB.
[native-inputs]: Add MARIADB/FIXED-INSTALL-DB.
[arguments]: Adjust accordingly.

gexp: Allow character literals in GEXP->SEXP.

Fixes <https://bugs.gnu.org/38628>.

* tests/gexp.scm ("lower-gexp, character literal"): New test.
* guix/gexp.scm (gexp->sexp)[self-quoting?]: Add CHAR? to the tested types.
* guix/repl.scm (self-quoting?): Likewise.
* gnu/tests.scm (marionette-shepherd-service)[self-quoting?]: Likewise.