gnu: util-linux: Update to 2.31.1.

* gnu/packages/linux.scm (util-linux): Update to 2.31.1.

gnu: libuv: Update to 1.19.1.

* gnu/packages/libevent.scm (libuv): Update to 1.19.1.
[arguments]: Use INVOKE instead of SYSTEM*.

gnu: libtasn1: Update to 4.13.

* gnu/packages/tls.scm (libtasn1): Update to 4.13.
[source]: Remove patches.
* gnu/packages/patches/libtasn1-CVE-2017-10790.patch,
gnu/packages/patches/libtasn1-CVE-2018-6003.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.

gnu: boost: Update to 1.66.0.

* gnu/packages/boost.scm (boost): Update to 1.66.0.
[arguments]: Replace system* with invoke.
[home-page]: Update URI.

gnu: gnutls: Update to 3.5.18.

* gnu/packages/tls.scm (gnutls): Update to 3.5.18.

gnu: tar: Update to 1.30.

* gnu/packages/base.scm (tar): Update to 1.30.
[source]: Remove 'tar-CVE-2016-6321.patch'.
* gnu/packages/patches/tar-CVE-2016-6321.patch: Remove.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: libgcrypt: Update to 1.8.2.

* gnu/packages/gnupg.scm (libgcrypt): Update to 1.8.2.

gnu: libatomic-ops: Update to 7.6.2.

* gnu/packages/bdw-gc.scm (libatomic-ops): Update to 7.6.2.
[description]: Fix typo.

gnu: libgc: Update to 7.6.4.

* gnu/packages/bdw-gc.scm (libgc): Update to 7.6.4.

gnu: pango: Update to 1.41.1.

* gnu/packages/gtk.scm (pango): Update to 1.41.1.
[inputs]: Add fribi.

gnu: lcms: Update to 2.9.

* gnu/packages/ghostscript.scm (lcms): Update to 2.9.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/lcms-CVE-2016-10165.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: harfbuzz: Update to 1.7.5.

* gnu/packages/gtk.scm (harfbuzz): Update to 1.7.5.

gnu: kmod: Update phase style.

* gnu/packages/linux.scm (kmod)[arguments]: Use MODIFY-PHASES syntax and
end phase in #t.

gnu: kmod: Update to 25.

* gnu/packages/linux.scm (kmod): Update to 25.

gnu: fftw: Update phase style.

* gnu/packages/algebra.scm (fftw)[arguments]: Use MODIFY-PHASES syntax
and end phase with #t.

gnu: fftw: Update to 3.3.7.

* gnu/packages/algebra.scm (fftw): Update to 3.3.7.
(fftw-3.3.7): Remove, and...
(fftw-avx): ...update the only caller.

gnu: bzip2: Use install-file.

* gnu/packages/compression.scm (bzip2)[arguments]: Use simpler install-file
instead of copy-file.  Remove let binding for (now) single-use basename.

gnu: lzip: Update to 1.20.

* gnu/packages/compression.scm (lzip): Update to 1.20.

gnu: chromaprint: Update to 1.4.3.

* gnu/packages/mp3.scm (chromaprint): Update to 1.4.3.
[source]: Update URI.

gnu: socat: Update to 1.7.3.2.

* gnu/packages/networking.scm (socat): Update to 1.7.3.2.

gnu: setbfree: Update to 0.8.5.

* gnu/packages/music.scm (setbfree): Update to 0.8.5.

gnu: ola: Update to 0.10.6.

* gnu/packages/lighting.scm (ola): Update to 0.10.6.

gnu: pciutils: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/pciutils.scm (pciutils)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: neomutt: Update to 20171215.

* gnu/packages/mail.scm (neomutt): Update to 20171215.
[inputs]: Move "docbook-xsl" to [native-inputs].
[native-inputs]: Remove "autoconf". Add "tcl", "docbook-xml", "w3m".
[argumnets]: Switch to autosetup based build. Add new phases "fix-sasl-test",
"fix-docbook". Remove phase "autoconf".

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add basic support for s390x-linux-gnu targets.

* gnu/packages/bootstrap.scm (glibc-dynamic-linker): Add
  "s390x-linux".
* gnu/packages/linux.scm (system->linux-architecture): Add "s390"
  prefix.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: Remove outdated comment.

* gnu/tests/base.scm (run-basic-test): Remove outdated comment.

marionette: Use QEMU's "VM channel" mechanism.

* gnu/tests.scm (<marionette-configuration>)[device]: Default to
"/dev/virtio-ports/org.gnu.guix.port.0".
* gnu/tests.scm (marionette-shepherd-service): Remove (guix build
syscalls) from 'modules'.  Remove 'tcsetattr' call from 'start'.
* gnu/build/marionette.scm (make-marionette): Use "-virtserialport"
instead of "-virtconsole".

services: console-font: Don't emit the IUTF8 console code.

Fixes <https://bugs.gnu.org/30505>.

* gnu/services/base.scm (unicode-start): Remove 'display' call to FD for
"\x1b%G" console code.

nls: Update 'fr' translation.

gnu: qqc2-desktop-style: Fix missing input 'qtquickcontrols2'.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (qqc2-desktop-style)<inputs>:
  Add qtquickcontrols2.

gnu: mcomix: Disable tests.

* gnu/packages/image-viewers.scm (mcomix)[arguments]: Disable tests.

Fixes <https://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=30523>.

gnu: nss-pam-ldapd: Update to 0.9.9.

* gnu/packages/openldap.scm (nss-pam-ldapd): Update to 0.9.9.

gnu: ddrescue: Update to 1.23.

* gnu/packages/disk.scm (ddrescue): Update to 1.23.

gnu: ffmpeg@2.8: Update to 2.8.14.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg-2.8): Update to 2.8.14.

gnu: xpra: Disable abstract X11 sockets.

* gnu/packages/xorg.scm (xpra): Disable abstract X11 sockets.

gnu: clisp: Fix building on aarch64-linux.

* gnu/packages/lisp.scm (clisp)[arguments]: Remove 'bindings/glibc' module.

gnu: r-delayedmatrixstats: Update to 1.0.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-delayedmatrixstats): Update to 1.0.3.

gnu: r-scater: Update to 1.6.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-scater): Update to 1.6.3.

gnu: r-gviz: Update to 1.22.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gviz): Update to 1.22.3.

gnu: r-gprofiler: Update to 0.6.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gprofiler): Update to 0.6.4.

gnu: r-ensembldb: Update to 2.2.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-ensembldb): Update to 2.2.2.

gnu: r-seurat: Update to 2.2.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-seurat): Update to 2.2.1.
[propagated-inputs]: Remove r-nmf; add r-metap.

gnu: r-qtl: Update to 1.42-7.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-qtl): Update to 1.42-7.

gnu: r-genomicranges: Update to 1.30.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicranges): Update to 1.30.2.

gnu: r-getopt: Update to 1.20.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-getopt): Update to 1.20.2.

gnu: r-pryr: Update to 0.1.4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-pryr): Update to 0.1.4.

gnu: r-bh: Update to 1.66.0-1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-bh): Update to 1.66.0-1.

gnu: r-nlme: Update to 3.1-131.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-nlme): Update to 3.1-131.1.

gnu: r-bookdown: Update to 0.7.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-bookdown): Update to 0.7.
[propagated-inputs]: Add r-tinytex.

gnu: Add r-metap.

* gnu/packages/cran.scm (r-metap): New variable.

gnu: Add r-tinytex.

* gnu/packages/cran.scm (r-tinytex): New variable.

gnu: youtube-dl: Update to 2018.02.11.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2018.02.11.

gnu: retroarch: Update to 1.7.1.

* gnu/packages/games.scm (retroarch): Update to 1.7.1.

gnu: iverilog: Use Texinfo in description.

* gnu/packages/fpga.scm (iverilog)[description]: Substitute @command for
inverted commas.

gnu: iverilog: Update to 10.2.

* gnu/packages/fpga.scm (iverilog): Update to 10.2.

gnu: nyacc: Update to 0.83.3.

* gnu/packages/mes.scm (nyacc): Update to 0.83.3.

gnu: nasm: Update to 2.13.03.

* gnu/packages/assembly.scm (nasm): Update to 2.13.03.

gnu: ccache: Update to 3.4.1.

* gnu/packages/ccache.scm (ccache): Update to 3.4.1.

gnu: lsof: Run tests.

* gnu/packages/lsof.scm (lsof)[arguments]: Remove untrue #:TESTS?.
Add ‘disable-failing-tests’ and ‘check’ phases to run them.

gnu: lsof: Remove build timestamp.

* gnu/packages/lsof.scm (lsof)[arguments]: Add ‘patch-timestamps’ phase.

gnu: lsof: Update phase style.

* gnu/packages/lsof.scm (lsof)[arguments]: Substitute INVOKE for SYSTEM*
and end phases with #t.

gnu: lsof: Make perl a native input.

* gnu/packages/lsof.scm (lsof)[inputs]: Move perl from here...
[native-inputs]: ...to here.

gnu: lsof: Factorise source URIs.

* gnu/packages/lsof.scm (%ftp-base): Remove variable.
(lsof)[source]: Construct mirror URI list programatically.

gnu: lsof: Replace dead mirror.

* gnu/packages/lsof.scm (lsof)[source]: Replace sunsite.ualberta.ca with
mirrorservice.org, which offers both HTTP and FTP services.

gnu: dvdstyler: Update to 3.0.4.

* gnu/packages/cdrom.scm (dvdstyler): Update to 3.0.4.

gnu: perl-xml-sax: Update to 1.00.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-sax): Update to 1.00.

gnu: perl-importer: Update to 0.025.

* gnu/packages/perl.scm (perl-importer): Update to 0.025.

gnu: perl-params-validationcompiler: Update to 0.27.

* gnu/packages/perl.scm (perl-params-validationcompiler): Update to 0.27.
[native-inputs]: Add perl-type-tiny for another test.

gnu: xinetd: Don't hard-code tarball version.

* gnu/packages/web.scm (xinetd)[source]: Construct URI using VERSION.

gnu: ncftp: Update to 3.2.6.

* gnu/packages/ftp.scm (ncftp): Update to 3.2.6.
[source]: Use .xz instead of (discontinued) .bz2 tarball.

gnu: knot: Update to 2.6.5.

* gnu/packages/dns.scm (knot): Update to 2.6.5.

gnu: awscli: Update to 1.14.41.

* gnu/packages/python-web.scm (awscli): Update to 1.14.41.

gnu: libfilezilla: Update to 0.12.0.

* gnu/packages/ftp.scm (libfilezilla): Update to 0.12.0.

gnu: erlang: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/erlang.scm (erlang)[home-page]: Use HTTPS with the new
canonical domain.

gnu: Add gzdoom.

* gnu/packages/games.scm (gzdoom): New variable.
* gnu/packages/patches/gzdoom-search-in-installed-share.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add fluid-3.

* gnu/packages/audio.scm (fluid-3): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: guix: Update snapshot to bdf0c64.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to bdf0c64.
[arguments] <copy-bootstrap-guile>: Move after 'check' phase.  Rewrite
to use "guix download" and to intern only one or two tarballs.
[inputs]: Remove "boot-guile/*".  Add "boot-guile" and, optionally,
"boot-guile/i686".

services: avahi: Publish '_workstation._tcp' by default.

This reverts to the behavior of avahi-daemon prior to Avahi 0.7 (commit
550f4509acf2c0f67882260414b0bb2843e07465).

* gnu/services/avahi.scm (<avahi-configuration>)[publish-workstation?]:
New field.
(configuration-file): Honor it.

services: avahi: Read PID file from /run.

* gnu/services/avahi.scm (%avahi-activation, avahi-shepherd-service):
Use /run/avahi-daemon/ instead of /var/run/avahi-daemon/.  This was the
case since the switch to Avahi 0.7 (commit
550f4509acf2c0f67882260414b0bb2843e07465).

gnu: qt.scm: Remove unneeded import.

* gnu/packages/qt.scm (define-module): Don't import (gnu packages base).

gnu: Add xorgproto.

* gnu/packages/xorg.scm (xorgproto): New public variable.

gnu: lvm2: Remove obsolete phase.

* gnu/packages/linux.scm (lvm2)[arguments]: Remove MAKE-OBJECTS-WRITABLE-PHASE.

gnu: argon2: Update to 20171227.

* gnu/packages/password-utils.scm (argon2): Update to 20171227.
[arguments]: Add OPTTEST=1 to #:make-flags to prevent "-march=native".  Remove
custom install phase.  Add 'patch-Makefile' phase.
[license]: Add ASL2.0.

gnu: Add qqc2-desktop-style.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (qqc2-desktop-style): New
  variable.

gnu: knotifications: Add optional input "qtspeech".

* gnu/pacakges/kde-frameworks.scm (knotifications)[inputs]: Add
  qtspeech.

gnu: ktextwidgets: Add optional input "qtspeech".

* gnu/pacakges/kde-frameworks.scm (ktextwidgets)[inputs]: Add
  qtspeech.

gnu: qca: Use mirror://kde scheme for source-url.

* gnu/packages/kde.scm (qca)[source]: Use mirror://kde scheme.

gnu: snorenotify: Use mirror://kde scheme for source-url.

* gnu/packages/kde.scm (snorenotify)[source]: Use mirror://kde scheme.

gnu: libkomparediff2: Use mirror://kde scheme for source-url.

* gnu/packages/kde.scm (libkomparediff2)[source]: Use mirror://kde
  scheme.

gnu: libkomparediff2: Update to 17.12.1

* gnu/packages/kde.scm(libkomparediff2): Update to 17.12.1.
  [source] Switch to KDE mirror, use mirror://kde scheme.

gnu: libksysguard: Update to 5.11.5.

* gnu/packages/kde.scm (libksysguard: Update to 5.11.5).

gnu: kpmcore: Update to 3.3.0

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kpmcore): Update to 3.3.0.

gnu: kde-frameworks: Update to 5.42.0 resp. 5.42.1

Beside simple updating:
- Change all todo-comments for test-cases into "fixme" comments to make them
  easier to find.
- breeze-icons: Blacklist a test failing at build.kde.org, too.
- extra-cmake-modules: Patch out a vanised test-case.
- kfilemetadata: Can now run the test-suite uninstalled. Blacklist a failing
  test-case.
- kimageformats: No longer symlink plugins into ./bin for testing.
- ktexteditor: Remove now unused patch.
- plasma-framework: Add input kirigami
- sonnet: For testing set QT_QPA_PLATFORM=offscreen.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (attica, baloo, bluez-qt, kactivities,
  kactivities-stats, kapidox, karchive, kauth, kbookmarks, kcmutils, kcodecs,
  kcompletion, kconfig, kconfigwidgets, kcoreaddons, kcrash, kdbusaddons,
  kde-frameworkintegration, kdeclarative, kded, kdelibs4support,
  kdesignerplugin, kdesu, kdewebkit, kdnssd, kdoctools, kemoticons,
  kglobalaccel, kguiaddons, khtml, ki18n, kiconthemes, kidletime, kinit, kio,
  kirigami, kitemmodels, kitemviews, kjobwidgets, kjs, kjsembed, kmediaplayer,
  knewstuff, knotifications, knotifyconfig, kpackage, kparts, kpeople,
  kplotting, kpty, kross, krunner, kservice, ksyntaxhighlighting,
  ktextwidgets, kunitconversion, kwallet, kwayland, kwindowsystem, kxmlgui,
  kxmlrpcclient, modemmanager-qt, networkmanager-qt, oxygen-icons,
  prison, solid, threadweaver): Update to 5.42.0.
  (kwidgetsaddons): Update to 5.42.1.
  (breeze-icons): Update to 5.42.0. [#:phases]<disable-failing-test> New
  phase.
  (extra-cmake-modules): Update to 5.42.0.
  [#:phases]<post-5.42.0-release-fix>: New phase.
  (kfilemetadata): Update to 5.42.0. [#:phases]: No longer move check behind
  install. [#:phases]<check-setup> Remove. [#:phase]<disable-failing-test> New
  phase.
  (kimageformats): Update to 5.42.0. [#:phases]<check-setup>: No longer
  symlink plugins into ./bin.
  (ktesteditor)[source]: Remove patch.
  (plasma-framework)[inputs]: Add  kirigami
  (sonnet): Update to 5.42.0. [#:phases]<check-setup> New phase.
* gnu/packages/patches/ktexteditor-5.39.0-autotests-dependencies.patch:
  Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: qtserialport: Use the store paths for dynamically loaded libs.

Transfer the applicable NixOS patches for qtserialport as of 2018-01-19:

- src/serialport/qtudev_p.h: Transferred: Use hard-coded path to libudev.

* gnu/packages/qt.scm(qtserialport)[#:phases]<patch-dlopen-paths>:
  New phase.

gnu: qtbase: Use the store paths for other packages and dynamically loaded libs.

Transfer the applicable NixOS patches as of 2018-01-19:

- Not adopted: We don't change the .cmake.in and .prf, but use config
  mechanisms provided by th Qt build system.

- src/corelib/tools/qtimezoneprivate_tz.cpp: Adopted patch: Use $TZDIR to
  search for time-zone data. Thus avoid depending on package "tzdata", which
  often introduces changes with near-immediate effects, so it's important to
  be able to update it fast.

- src/corelib/kernel/qcoreapplication.cpp: Not adopted: NixOS adds plugin
  paths derived from PATH. We do not need this, since we already have
  native-search-path QT_PLUGIN_PATH.

- src/network/kernel/qdnslookup_unix.cpp,
  src/network/kernel/qhostinfo_unix.cpp: Transferred: Use hard-coded path to
  libresolv.

- src/network/ssl/qsslcontext_openssl.cpp: Not adopted: NixOS changes a
  conditional compilation for Qt 5.9 (but leaves it unchanged for Qt 5.10) to
  fix compilation with libressl.  But Qt does not support libressl anway, see
  config.tests/openssl/openssl.cpp in qtbase 5.9.4.

- src/plugins/platforminputcontexts/compose/generator/qtablegenerator.cpp:
  Transferred: Use hard-coded path to libx11.

- src/plugins/platforms/xcb/gl_integrations/xcb_glx/qglxintegration.cpp:
  Transferred: Use hard-coded path to mess's libGL, no need for a fall-back.

- src/plugins/platforms/xcb/qxcbcursor.cpp: Transferred: Use hard-coded path
  to Xcursor.

- src/plugins/platformthemes/gtk3/main.cpp: Not adopted: NixOS changes
  $XDG_DATA_DIRS and $GIO_EXTRA_MODULES in the code. We already have a
  search-path-specification for this.

- src/testlib/qtestassert.h: Decided not to adopt this for guix.

* gnu/packages/patches/qtbase-use-TZDIR.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/qt.scm (qtbase): Add comment. [source]: Use new patch.
  [arguments]<#:phases>'patch-paths': New phase.

gnu: python2-django-mailman3: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/python.scm (python2-django-mailman3): Update to 1.1.0.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: python-mailmanclient: Update to 3.1.1.

* gnu/packages/python.scm (python-mailmanclient, python2-mailmanclient):
Update to 3.1.1.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: haskell: Use HTTPS where possible.

* gnu/packages/haskell.scm (cl-yale-haskell)[source, home-page]: Use HTTPS.
(ghc-libxml)[source, home-page]: Likewise.
(ghc-haddock-library)[home-page]: Likewise.
(ghc-haddock-api)[home-page]: Likewise.
(ghc-haddock)[home-page]: Likewise.
(ghc-simple-reflect)[home-page]: Likewise.
(ghc-alex)[home-page]: Likewise.
(ghc-concatenative)[description]: Likewise.
(ghc-openglraw)[home-page]: Likewise.
(ghc-glut)[home-page]: Likewise.
(ghc-gluraw)[home-page]: Likewise.
(ghc-opengl)[home-page]: Likewise.
(cabal-install)[home-page]: Likewise.
(ghc-mtl)[description]: Likewise.
(ghc-temporary)[home-page]: Likewise.
(ghc-temporary-rc)[home-page]: Likewise.
(ghc-fgl)[home-page]: Likewise.
(ghc-blaze-markup)[home-page]: Likewise.
(ghc-doctest)[description]: Likewise.
(ghc-scientific)[description]: Likewise.
(ghc-regex-pcre-builtin)[description]: Likewise.
(ghc-diff)[home-page]: Likewise.
(ghc-highlighting-kate)[description]: Likewise.
(ghc-hslua)[description]: Likewise.
(ghc-pandoc)[home-page]: Likewise.
(ghc-rfc5051)[home-page]: Likewise.
(ghc-data-ordlist)[home-page]: Likewise.
(ghc-regex-compat-tdfa)[home-page]: Likewise.
(ghc-sandi)[home-page]: Likewise.
(ghc-bytestring-handle)[home-page]: Likewise.
(ghc-tar)[home-page]: Likewise.
(ghc-transformers)[home-page]: Likewise.
(ghc-patience)[home-page]: Likewise.
(ghc-monads-tf)[home-page]: Likewise.
(ghc-colour)[home-page]: Likewise.
(ghc-directory)[home-page]: Likewise.
(ghc-process)[home-page]: Likewise.
(ghc-wl-pprint-text)[home-page]: Likewise.
(ghc-fgl-arbitrary)[home-page]: Likewise.
(ghc-graphviz)[description]: Likewise.
(ghc-array)[home-page]: Likewise.
(ghc-storable-complex)[source]: Likewise.
(ghc-hmatrix)[source]: Likewise.
(ghc-hmatrix-gsl)[source]: Likewise.
(ghc-hmatrix-special)[source]: Likewise.
(ghc-hmatrix-gsl-stats)[source]: Likewise.
(ghc-easyplot)[source, home-page]: Likewise.
(ghc-hashtables)[source]: Likewise.
(ghc-data-accessor)[home-page]: Likewise.
(ghc-data-accessor-transformers)[home-page]: Likewise.
(ghc-gnuplot)[home-page]: Likewise.
(ghc-terminal-size)[home-page]: Likewise.
(ghc-language-c)[home-page]: Likewise.
(ghc-hslogger)[home-page]: Likewise.
(ghc-json)[home-page]: Likewise.
(ghc-hex)[home-page]: Likewise.
(ghc-psqueues)[description]: Likewise.
(ghc-uuid-types)[description]: Likewise.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: swaks: Use HTTPS home page and source URIs.

* gnu/packages/mail.scm (swaks)[source]: Use HTTPS URI.
[home-page]: Use HTTPS URI.
[arguments]: Replace system* with invoke.

gnu: Add python2-mapnik.

* gnu/packages/geo.scm (python2-mapnik): New variable.