tests: Set a hard build timeout.

* guix/tests.scm (open-connection-for-tests): Pass #:timeout to
'set-build-options'.
(call-with-external-store): Add call to 'set-build-options'.

gnu: emacs-howm: Update to 1.4.8.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-howm): Update to 1.4.8.

gnu: emacs-package-lint: Update to 0.16.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-package-lint): Update to 0.16.

gnu: tiled: Update to 1.8.1.

* gnu/packages/game-development.scm (tiled): Update to 1.8.1.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: neon: Update to 0.32.2.

* gnu/packages/version-control.scm (neon): Update to 0.32.2.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: srain: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/irc.scm (srain): Update to 1.3.2.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: hexchat: Update to 2.16.1.

* gnu/packages/messaging.scm (hexchat): Update to 2.16.1.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add rtss.

* gnu/packages/rust-apps.scm (rtss): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: feh: Update to 3.8.

* gnu/packages/image-viewers.scm (feh): Update to 3.8.
[inputs]: Sort lexically.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: udpcast: Update to 20211207.

* gnu/packages/admin.scm (udpcast): Update to 20211207.
[source]: Remove buildroot.net uri.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: alfis: Fix build.

* gnu/packages/rust-apps: (alfis): [arguments]<#:phases>:
Relax the rust-zeroize requirements for rust-chacha20poly1305
and rust-chacha20 in the 'relax-requirements' phase.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: rust-chacha20poly1305: Fix build.

* gnu/packages/crates-io: (rust-chacha20poly1305):
[arguments]<#:phases>: Add a new 'relax-requirements' phase.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: xfce4-notifyd: Update to 0.6.3.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-notifyd): Update to 0.6.3.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add cl-wordnet.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-wordnet, ecl-wordnet, sbcl-wordnet): New
  variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: freecad: Update to 0.19.3-0.09a05a9.

* gnu/packages/engineering.scm (freecad): Update to 0.19.3-0.09a05a9.
  [source]: Remove patches.
  [arguments]: Remove unneeded variables for pyside2 and shiboken2 from
  'configure-flags'.
* gnu/packages/patches/freecad-boost-serialization.patch: Remove file.
* gnu/packages/patches/freecad-vtk9.patch: Remove file.
* gnu/locak.mk (dist_patch_DATA): Remove "freecad-boost-serialization.patch"
  and "freecad-vtk9.patch".

gnu: WebKitGTK: Update to 2.34.5 [security fixes].

Fixes CVE-2022-22589, CVE-2022-22590, CVE-2022-22592:

https://webkitgtk.org/security/WSA-2022-0002.html

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk): Update to 2.34.5.

gnu: non-sequencer: Build with libsigc++ 2.

This fixes the build:

------
Configuring sequencer
Checking for 'sigc++-2.0' >= 2.0.0                   : not found
The configuration failed
------

* gnu/packages/music.scm (non-sequencer)[inputs]: Replace libsigc++ with
libsigc++-2.

gnu: qview: Update to 5.0.

* gnu/packages/image-viewers.scm (qview): Update to 5.0.
[build-system]: Use QT-BUILD-SYSTEM.
[arguments]<#:phases>: Use G-expressions.  Remove trailing #T.  Add a new phase
for tests.
[native-inputs]: Add QTTOOLS.
[inputs]: Re-order alphabetically.

gnu: Mutt: Update to 2.2.0.

* gnu/packages/mail.scm (mutt): Update to 2.2.0.

gnu: libngspice: Update to 36.

* gnu/packages/engineering.scm (libngspice, ngspice): Update to 36.
(libngspice)[inputs]: Remove labels.

gnu: cozy: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/ebook.scm (cozy): Update to 1.2.0.
[native-inputs]: Remove labels.
[inputs]: Add bash-minimal to please 'guix lint'.

gnu: gnome-commander: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-commander): Update to 1.14.0.
[native-inputs]: Add flex.
[inputs]: Remove deprecated gnome-vfs. Add glib.

gnu: python-astropy: Update to 5.0.1.

* gnu/packages/astronomy.scm (python-astropy): Update to 5.0.1.

gnu: libredwg: Update to 0.12.5.

* gnu/packages/engineering.scm (libredwg): Update to 0.12.5.
[native-inputs]: Remove labels.

gnu: openxr: Update to 1.0.22.

* gnu/packages/graphics.scm (openxr): Update to 1.0.22.

gnu: linux-libre 4.14.266: Fix source code hash.

This is a followup to commit 54ac2ec4e95a3ef7f95dcbc03089fbffc47e609b.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-pristine-source): Fix hash.

gnu: linux-libre 4.9: Update to 4.9.301.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.301.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.14: Update to 4.14.266.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.266.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.19: Update to 4.19.229.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.229.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.4: Update to 5.4.179.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.179.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.10: Update to 5.10.100.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.10-version): Update to 5.10.100.
(linux-libre-5.10-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre: Update to 5.15.23.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.15-version): Update to 5.15.23.
(linux-libre-5.15-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.16: Update to 5.16.9.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.16-version): Update to 5.16.9.
(linux-libre-5.16-pristine-source): Update hash.

gnu: cpu: Add detection for AMD CPUs.

* guix/cpu.scm <cpu>: Add vendor field.
(current-cpu): Also fill in the 'vendor' field.
(cpu->gcc-architecture): Add detection logic for AMD CPUs.

guix: cpu: Rewrite based on feature flags.

* guix/cpu.scm (cpu->gcc-architecture): Rewrite detection based on
detected feature flags.

gnu: gcc: Add compiler-cpu-architectures for armhf.

* gnu/packages/gcc.scm (%gcc-7.5-armhf-micro-architectures,
%gcc-10-armhf-micro-architectures): New variables.
(gcc-7, gcc-10)[properties]: Add armhf compiler-cpu-architectures.

gnu: gcc: Add compiler-cpu-architectures for aarch64.

* gnu/packages/gcc.scm (%gcc-7.5-aarch64-micro-architectures,
%gcc-10-aarch64-micro-architectures): New variables.
(gcc-7, gcc-10)[properties]: Add aarch64 compiler-cpu-architectures.

gnu: monado: Remove input labels.

* gnu/packages/graphics.scm (monado)[inputs]: Remove labels.

gnu: monado: Provide missing input.

* gnu/packages/graphics.scm (monado)[inputs]: Add PYTHON.

gnu: fping: Update to 5.1.

* gnu/packages/networking.scm (fping): Update to 5.1.

doc: Zabbix: Improvide description.

* doc/guix.texi (Monitoring Services): Document the various 'zabbix-*' service
types, and expand description of all Zabbix services.  Use less marketing terms.
(Web Services): Add subsubheading for PHP-FPM, and anchors for
cross-referencing.
* gnu/services/monitoring.scm (zabbix-front-end-configuration): Use @ref
instead of @pxref for cross-referencing.

gnu: Zabbix: Update to 5.4.10.

* gnu/packages/monitoring.scm (zabbix-agentd): Update to 5.4.10.
[source](snippet): Simplify fping substitution.

gnu: zabbix-agentd: Use the correct license.

* gnu/packages/monitoring.scm (zabbix-agentd)[license]: Change from GPL2 to GPL2+.

gnu: zabbix-agentd: Add release-monitoring-url.

* gnu/packages/monitoring.scm (zabbix-agentd)[properties]: New field.

gnu: qt5ct: Update to 1.5.

* gnu/packages/qt.scm (qt5ct): Update to 1.5.
[arguments]: Remove trailing #t.

gnu: enlightenment: Update to 0.25.3.

* gnu/packages/enlightenment.scm (enlightenment): Update to 0.25.3.

gnu: Add julia-optim.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-optim): New variable.

gnu: Add julia-linesearches.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-linesearches): New variable.

gnu: dino: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/messaging.scm (dino): Update to 0.3.0.
[arguments]: Add 'wrap phase.
[inputs]: Add gstreamer, gst-plugins-base, gst-plugins-good, libcanberra,
libsrtp, and webrtc-audio-processing.

gnu: Add texlive-stmaryrd/fixed.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-stmaryrd/fixed): New variable.

gnu: Add texlive-psnfss/fixed.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-psnfss/fixed): New variable.

gnu: Add texlive-babel/fixed.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-babel/fixed): New variable.

gnu: Add texlive-amsmath.

This is a corrected variant of texlive-latex-amsmath, which should be removed.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-amsmath): New variable.

gnu: emacs-corfu: Update to 0.19.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-corfu): Update to 0.19.

gnu: Add emacs-multi-vterm.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-multi-vterm): New variable.

gnu: protonvpn-cli: Remove sanity-check phase.

* gnu/packages/vpn.scm (protonvpn-cli)[arguments]: Remove sanity-check
phase.

gnu: protonvpn-cli: Do not try to wrap the wrapper.

* gnu/packages/vpn.scm (protonvpn-cli)[arguments]: Try to wrap the
original program, and not the wrapper, as wrap-program handles that
properly.

gnu: emacs-with-editor: Update to 3.2.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-with-editor): Update to 3.2.0.
[arguments]<#:phases>: Use G-expressions.

gnu: emacs-no-littering: Update to 1.2.5.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-no-littering): Update to 1.2.5.

gnu: emacs-moody: Update to 0.7.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-moody): Update to 0.7.1.

gnu: emacs-keycast: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-keycast): Update to 1.2.0.

gnu: uBlock Origin: Update to 1.41.2.

* gnu/packages/browser-extensions.scm (ublock-origin): Update to 1.41.2.

gnu: ungoogled-chromium: Update to 98.0.4758.80-1.

* gnu/packages/patches/ungoogled-chromium-accelerated-video-decode.patch:
Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/chromium.scm (%chromium-version): Set to 98.0.4758.80.
(arch-patch, %arch-patches): Remove variables.
(%guix-patches): Remove accelerated video decode patch which no longer works.
(%ungoogled-origin): Update hash.
(ungoogled-chromium-snippet): Don't apply %ARCH-PATCHES.
(ungoogled-chromium)[source]: Update hash.
[arguments]: Remove obsolete #:configure-flags.  Adjust substitutions.

gnu: wxsvg: Update to 1.5.23.

* gnu/packages/wxwidgets.scm (wxsvg): Update to 1.5.23.

gnu: re2: Use G-expressions.

* gnu/packages/regex.scm (re2)[arguments]: Rewrite with gexps.  Simplify
cross-compilation fix by using CXX-FOR-TARGET.

gnu: re2: Update to 2022-02-01.

* gnu/packages/regex.scm (re2): Update to 2022-02-01.

gnu: rav1e: Remove input labels.

* gnu/packages/video.scm (rav1e)[native-inputs]: Remove labels.

gnu: rav1e: Omit static library.

* gnu/packages/video.scm (rav1e)[arguments]: Add phase.

tests: Adjust pypi test to recent changes.

This is a followup to 00762a4c4c8ecdd71cccf6afdd87ae68bf9b4964.

* tests/pypi.scm ("pypi->guix-package, no wheel"): Guard against
'error?' instead of 'quit'.

tests: Pass #:guile to 'computed-file' & co.

Fixes a regression introduced in
af57d1bf6c46f47d82dbc234dde1e16fa8634e9d whereby tests would end up
building the world.

* guix/gexp.scm (mixed-text-file): Add #:guile parameter and honor it.
* tests/gexp.scm ("mixed-text-file"): Pass #:guile to 'mixed-text-file'.
("file-union"): Pass #:guile to 'file-union'.
("lower-object, computed-file"): Pass #:guile to 'computed-file'.
("lower-object, computed-file + grafts"): Likewise.
* tests/packages.scm ("origin->derivation, single file with snippet"):
Likewise.
* tests/profiles.scm ("profile-derivation, ordering & collisions"):
Likewise.
* guix/tests.scm (test-file): Likewise.

gnu: ungoogled-chromium: Use 'search-auxiliary-file'.

Fixes a regression introduced in
076e825dc5d585943ce820a279fffe4af09757fb whereby "guix build
ungoogled-chromium" would fail with:

  canonicalize-path: No such file or directory: "aux-files/chromium/master-preferences.json"

* gnu/packages/chromium.scm (ungoogled-chromium)[arguments]: Use
'search-auxiliary-file' for "master-preferences.json".  For some reason,
on Guile 3.0.8, 'local-file' would have its (current-source-directory)
expand to #f.

gnu: emacs-subed: Update to 1.0.3.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-subed): Update to 1.0.3.
[source]: Use url-fetch.
[arguments]: Remove phase CHDIR-SUBED, enable tests.
[native-inputs]: Add EMACS-BUTTERCUP.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-desktop-environment: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-desktop-environment): Update to 0.5.0.
[source]: Update URI.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-markdown-mode: Update to 2.5.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-markdown-mode): Update to 2.5.

gnu: crawl-tiles: Remove input labels.

* gnu/packages/games.scm (crawl-tiles)[inputs, native-inputs]: Remove labels.

gnu: crawl: Use G-epressions.

* gnu/packages/games.scm (crawl)[arguments]: Use G-expressions.
<#:phases>: Remove trailing #T.  Remove unnecessary arguments.
(crawl-tiles)[arguments]: Use G-expressions.

gnu: crawl: Remove input labels.

* gnu/packages/games.scm (crawl)[native-inputs, inputs]: Remove labels.

gnu: crawl: Update to 0.28.0.

* gnu/packages/games.scm (crawl): Update to 0.28.0.
[inputs]: Add BASH-MINIMAL.
* gnu/packages/patches/crawl-upgrade-saves.patch: Update for 0.28.

gnu: mutter: Disable timeline tests.

* gnu/packages/gnome.scm (mutter)[disable-problematic-tests]: Also disable
timeline tests.

gnu: Add emacs-nyan-mode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-nyan-mode): New variable.

gnu: emacs-paren-face: Update to 1.0.8.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-paren-face): Update to 1.0.8.

gnu: lagrange: Update to 1.10.5.

* gnu/packages/web-browsers.scm (lagrange): Update to 1.10.5.

gnu: lokke: Build with Guile 3.0.8.

* gnu/packages/guile.scm (guile-3.0-for-lokke): Remove.
* gnu/packages/patches/guile-3.0.7-psyntax-nil.patch: Remove.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/guile-xyz.scm (lokke)[native-inputs]: Replace
GUILE-3.0-FOR-LOKKE by GUILE-3.0-LATEST.

gnu: guile: Add version 3.0.8 as 'guile-3.0-latest'.

* gnu/packages/guile.scm (guile-3.0-latest): Set to 3.0.8.

build-system/texlive: Be explicit about #:guile-for-build.

This ensures package derivations are not a function of the value
of (%guile-for-build).

* guix/build-system/texlive.scm (texlive-build): Explicitly pass
 #:guile-for-build to 'gexp->derivation'.

gexp: <computed-file> does not honor (%guile-for-build).

* guix/gexp.scm (computed-file-compiler): Default to (default-guile).
That way, lowering of <computed-file> is not affected by the
'%guile-for-build' parameter.
(file-union): Add #:guile parameter and honor it.
* gnu/packages/ruby.scm (ruby-tzinfo-data): Pass #:guile to 'file-union'.

gnu: autogen: Fix compilation.

* gnu/packages/autogen.scm (autogen)[source]: Add 'modules' and
'snippet'.

gnu: Remove kicad-i18n.

* gnu/packages/engineering.scm (kicad-i18n): Remove variable. i18n is handled
  directly now in kicad@6.0.0 package source tree.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: kicad: Update to 6.0.1.

* gnu/packages/engineering.scm (kicad): Update to 6.0.1.
  Applied guix style command.
  [native-inputs]: Remove kicad-i18n. Use new syntax.
  [inputs]: Add bash-minimal, gtk+ and use opencascade-occt instead of
  opencascade-oce. Use new syntax.
  [arguments]: Remove phase install-translations.
  (kicad-doc): Update to 6.0.1.
  [native-inputs]: Add ruby-asciidoctor. Simplify inputs.
  (kicad-symbols, kicad-footprints, kicad-packages3d, kicad-templates): Update
  to 6.0.1.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: opencascade-occt: Update to 7.6.0.

* gnu/packages/maths.scm (opencascade-occt): Update to 7.6.0.
  [native-inputs]: Add fontconfig.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add r-torch.

* gnu/packages/cran.scm (r-torch): New variable.

gnu: Add liblantern.

* gnu/packages/machine-learning.scm (liblantern): New variable.

gnu: Add python-pytorch-for-r-torch.

* gnu/packages/patches/python-pytorch-1.9.0-system-libraries.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/machine-learning.scm (python-pytorch-for-r-torch): New variable.

gnu: python-pytorch: Update to 1.10.2.

* gnu/packages/machine-learning.scm (python-pytorch): Update to 1.10.2.

gnu: Add r-coro.

* gnu/packages/cran.scm (r-coro): New variable.

gnu: Add cl-hamcrest.

* gnu/packages/lisp-check.scm (cl-hamcrest, ecl-hamcrest, sbcl-hamcrest): New
  variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: icedove: Update to 91.6.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icedove): Update to 91.6.

gnu: Add nfiles.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-nfiles, ecl-nfiles, sbcl-nfiles): New variables.

gnu: coq-stdpp: Update to 1.7.0.

* gnu/packages/coq.scm (coq-stdpp): Update to 1.7.0.

gnu: coq-mathcomp: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/coq.scm (coq-mathcomp): Update to 1.14.0.