gnu: linux-libre: Update to 5.12.5.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.11-version, deblob-scripts-5.11,
linux-libre-5.11-pristine-source, linux-libre-5.11-source,
linux-libre-headers-5.11, linux-libre-5.11): Remove variables.
(linux-libre-version, linux-libre-pristine-source, linux-libre-source,
linux-libre): Update to the 5.12 kernel series.
(linux-libre-with-bpf): Update to the 5.12 kernel series.
* gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.11-arm.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.11-arm64.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.11-i686.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.11-x86_64.conf: Delete files.
* Makefile.am (AUX_FILES): Remove them.

gnu: python-pikepdf: Update to 2.12.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pikepdf): Update to 2.12.1.

gnu: giac: Update to 1.7.0-9.

* gnu/packages/algebra.scm (giac): Update to 1.7.0-9.

gnu: Add font-victor-mono

* gnu/packages/fonts.scm (font-victor-mono): New variable.

gnu: sameboy: Update to 0.14.3

* gnu/packages/emulators.scm (sameboy): Update to 0.14.3.
[native-inputs]: Remove gcc-9.
[arguments]: Use cc-for-target instead of hard-coding gcc.

gnu: Add numdiff.

* gnu/packages/maths.scm (numdiff): New variable.

gnu: sbcl-cl-html5-parser: Enable tests.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-html5-parser)
  [arguments]: Enable tests, clean up not required #:asd-systems.
  [native-inputs]: Add json-streams, split-sequence and stefil.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-json-streams.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-json-streams, ecl-json-streams,
  cl-json-streams): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-woo.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-woo, ecl-woo, cl-woo): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-lev.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-lev, ecl-lev, cl-lev): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-speedy-queue.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-speedy-queue, ecl-cl-speedy-queue,
  cl-speedy-queue): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: detox: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/admin.scm (detox): Update to 1.4.2
[arguments]: Remove '#:tests?', provide customer 'check' phase.

gnu: kicad: Fix ngspice support.

Fixes <https://bugs.gnu.org/48336>.

* gnu/packages/engineering.scm (kicad)[arguments]: Add 'fix-ngspice-detection'
  phase.

gnu: emacs-org-super-agenda: Disable failing test.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-super-agenda)[arguments]<#:phases>:
Disable the “org-super-agenda-test--:auto-tags” test.  The test failure was
caused by commit 71045f4e6425a686667cf30252a2a71cff36308b.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: dav1d: Update to 0.9.0.

* gnu/packages/video.scm (dav1d): Update to 0.9.0.

gnu: libaom: Update to 3.1.0.

* gnu/packages/video.scm (libaom): Update to 3.1.0.

guix: Build texlive-configuration only when texlive-base is present.

Fixes <https://bugs.gnu.org/48519>.

* guix/profiles.scm (texlive-configuration): Build only if texlive-base is
present in the profile's manifest.

gnu: emacs-ob-erlang: Update to 20210321.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ob-erlang): Update to 20210321.

gnu: Add julia-recipesbase.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-recipesbase): New variable.

gnu: Add julia-static.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-static): New variable.

gnu: Add julia-aqua.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-aqua): New variable.

gnu: Add julia-pdmats.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-pdmats): New variable.

gnu: Add julia-stablerngs.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-stablerngs): New variable.

gnu: Add julia-crayons.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-crayons): New variable.

gnu: Add julia-parameters.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-parameters): New variable.

gnu: Add julia-unpack.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-unpack): New variable.

gnu: Add julia-safetestsets.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-safetestsets): New variable.

gnu: Add julia-sortingalgorithms.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-sortingalgorithms): New variable.

gnu: Add julia-ifelse.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-ifelse): New variable.

gnu: Add julia-imagemagick-jll.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-imagemagick-jll): New variable.

gnu: Add julia-libtiff-jll.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-libtiff-jll): New variable.

gnu: Add julia-libpng-jll.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-libpng-jll): New variable.

gnu: Add julia-zstd-jll.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-zstd-jll): New variable.

gnu: Add julia-jpegturbo-jll.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-jpegturbo-jll): New variable.

gnu: emacs-picpocket: Update to version 41.

Partially resolves <https://issues.guix.gnu.org/47592>.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-picpocket): Update to version 41.

gnu: r-rhdf5filters: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rhdf5filters): Update to 1.2.1.

gnu: r-multidataset: Update to 1.18.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-multidataset): Update to 1.18.2.

gnu: txr: Update to 259.

* gnu/packages/lisp.scm (txr): Update to 259.

gnu: sbcl-flexi-streams: Update to 1.0.19.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-flexi-streams): Update to 1.0.19.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: sbcl-fiveam: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-fiveam): Update to 1.4.2.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: sbcl-golden-utils: Update to 0.0.0-3.fe1898f.

* gnu/packages/lisp-xyz.scp (sbcl-golden-utils): Update to 0.0.0-3.fe1898f.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: sbcl-numcl: Update to 0.2.0-2.3dcdb0e.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-numcl): Update to 0.2.0-2.3dcdb0e.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: sbcl-pzmq: Update to 0.0.0-2.6f7b2ca.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-pzmq): Update to 0.0.0-2.6f7b2ca.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: emacs-org: Update to 9.4.6.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org): Update to 9.4.6.
[arguments]<phases>: Remove unnecessary phase.
(emacs-org-contrib): Update to 20210519.

gnu: nyxt: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/web-browsers.scm (nyxt): Update to 2.0.0.
[arguments]: Remove useless set-version phase.
[inputs]: Remove unused file-attributes.
[description]: Follow upstream updates.

gnu: sbcl-iolib: Also build iolib/os.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-iolib)[arguments]: Add iolib/os to
asd-systems.

scripts: challenge: Fix regression.

This is a follow-up of 3cde5231aa78aa5e31b27888cd78ee0b250a7a1c that fixes the
challenge test.

When dealing with uncompressed NAR, the file size is false. Propagate it to
progress-reporter/file as it used to be the case.

* guix/scripts/challenge.scm (call-with-nar): Accept false size.

gnu: r-lme4: Update to 1.1-27.

* gnu/packages/statistics.scm (r-lme4): Update to 1.1-27.
[propagated-inputs]: Remove r-statmod.

gnu: r-diptest: Update to 0.76-0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-diptest): Update to 0.76-0.

gnu: r-statmod: Update to 1.4.36.

* gnu/packages/statistics.scm (r-statmod): Update to 1.4.36.

gnu: r-viridis: Update to 0.6.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-viridis): Update to 0.6.1.

gnu: r-rmarkdown: Update to 2.8.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rmarkdown): Update to 2.8.

gnu: r-hms: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-hms): Update to 1.1.0.

gnu: r-devtools: Update to 2.4.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-devtools): Update to 2.4.1.
[propagated-inputs]: Remove r-jsonlite.

gnu: r-dplyr: Update to 1.0.6.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dplyr): Update to 1.0.6.
[propagated-inputs]: Add r-pillar.

gnu: r-tibble: Update to 3.1.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-tibble): Update to 3.1.2.

gnu: r-stringi: Update to 1.6.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-stringi): Update to 1.6.2.

gnu: r-matrix: Update to 1.3-3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-matrix): Update to 1.3-3.

gnu: r-pdftools: Update to 3.0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-pdftools): Update to 3.0.1.

gnu: r-textshaping: Update to 0.3.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-textshaping): Update to 0.3.4.

gnu: r-seuratobject: Update to 4.0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-seuratobject): Update to 4.0.1.
[propagated-inputs]: Remove r-sctransform.

gnu: r-rsample: Update to 0.1.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-rsample): Update to 0.1.0.
[propagated-inputs]: Add r-lifecycle.

gnu: r-clusterr: Update to 1.2.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-clusterr): Update to 1.2.4.

gnu: r-rfast: Update to 2.0.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-rfast): Update to 2.0.3.

gnu: r-oai: Update to 0.3.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-oai): Update to 0.3.2.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-proxyc: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-proxyc): Update to 0.2.0.

gnu: r-caret: Update to 6.0-88.

* gnu/packages/cran.scm (r-caret): Update to 6.0-88.

gnu: r-bio3d: Update to 2.4-2.

* gnu/packages/cran.scm (r-bio3d): Update to 2.4-2.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-terra: Update to 1.2-10.

* gnu/packages/cran.scm (r-terra): Update to 1.2-10.

gnu: r-systemfonts: Update to 1.0.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-systemfonts): Update to 1.0.2.

gnu: r-ibreakdown: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-ibreakdown): Update to 2.0.1.

gnu: r-ggplotify: Update to 0.0.7.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggplotify): Update to 0.0.7.

gnu: r-msigdbr: Update to 7.4.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-msigdbr): Update to 7.4.1.
[propagated-inputs]: Add r-babelgene.

gnu: r-pegas: Update to 1.0-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-pegas): Update to 1.0-1.

gnu: r-valr: Update to 0.6.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-valr): Update to 0.6.3.

gnu: r-irkernel: Update to 1.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-irkernel): Update to 1.2.

gnu: r-fields: Update to 12.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-fields): Update to 12.3.
[propagated-inputs]: Add r-viridis.

gnu: r-rnifti: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-rnifti): Update to 1.3.1.

gnu: r-softimpute: Update to 1.4-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-softimpute): Update to 1.4-1.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-fmsb: Update to 0.7.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-fmsb): Update to 0.7.1.

gnu: r-ouch: Update to 2.17.

* gnu/packages/cran.scm (r-ouch): Update to 2.17.

gnu: r-biocmanager: Update to 1.30.15.

* gnu/packages/cran.scm (r-biocmanager): Update to 1.30.15.

gnu: r-rcppparallel: Update to 5.1.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-rcppparallel): Update to 5.1.4.

gnu: r-performance: Update to 0.7.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-performance): Update to 0.7.2.

gnu: r-sandwich: Update to 3.0-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-sandwich): Update to 3.0-1.

gnu: r-flextable: Update to 0.6.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-flextable): Update to 0.6.6.

gnu: r-sjmisc: Update to 2.8.7.

* gnu/packages/cran.scm (r-sjmisc): Update to 2.8.7.

gnu: r-sjlabelled: Update to 1.1.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-sjlabelled): Update to 1.1.8.

gnu: r-insight: Update to 0.14.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-insight): Update to 0.14.0.

gnu: r-overlap: Update to 0.3.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-overlap): Update to 0.3.4.

gnu: r-arules: Update to 1.6-8.

* gnu/packages/cran.scm (r-arules): Update to 1.6-8.

gnu: r-cubature: Update to 2.0.4.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-cubature): Update to 2.0.4.2.

gnu: r-pillar: Update to 1.6.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-pillar): Update to 1.6.1.

gnu: r-xfun: Update to 0.23.

* gnu/packages/cran.scm (r-xfun): Update to 0.23.

gnu: r-corrplot: Update to 0.88.

* gnu/packages/cran.scm (r-corrplot): Update to 0.88.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-inline: Update to 0.3.18.

* gnu/packages/cran.scm (r-inline): Update to 0.3.18.

gnu: r-distillery: Update to 1.2-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-distillery): Update to 1.2-1.

gnu: r-dendextend: Update to 1.15.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-dendextend): Update to 1.15.1.

gnu: r-shape: Update to 1.4.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-shape): Update to 1.4.6.

gnu: r-colorspace: Update to 2.0-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-colorspace): Update to 2.0-1.