gnu: r-afex: Update to 0.26-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-afex): Update to 0.26-0.

gnu: r-gh: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-gh): Update to 1.1.0.
[propagated-inputs]: Add r-cli.

gnu: r-sjplot: Update to 2.8.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-sjplot): Update to 2.8.2.
[propagated-inputs]: Remove r-ggrepel, r-glmmtmb, r-lme4, r-magrittr,
r-modelr, and r-psych.

gnu: r-effectsize: Update to 0.1.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-effectsize): Update to 0.1.1.

gnu: r-performance: Update to 0.4.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-performance): Update to 0.4.3.

gnu: r-bayestestr: Update to 0.5.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-bayestestr): Update to 0.5.1.

gnu: r-sjstats: Update to 0.17.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-sjstats): Update to 0.17.8.
[propagated-inputs]: Add r-effectsize.

gnu: r-survey: Update to 3.37.

* gnu/packages/cran.scm (r-survey): Update to 3.37.

gnu: r-magick: Update to 2.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-magick): Update to 2.3.

gnu: r-sjlabelled: Update to 1.1.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-sjlabelled): Update to 1.1.2.
[propagated-inputs]: Remove r-magrittr, r-purrr, r-rlang, and r-tidyselect.

gnu: r-factominer: Update to 2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-factominer): Update to 2.1.

gnu: r-leaps: Update to 3.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-leaps): Update to 3.1.

gnu: r-vctrs: Update to 0.2.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-vctrs): Update to 0.2.2.
[propagated-inputs]: Remove r-backports and r-zeallot.

gnu: r-tsp: Update to 1.1-8.

* gnu/packages/cran.scm (r-tsp): Update to 1.1-8.

gnu: r-xts: Update to 0.12-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-xts): Update to 0.12-0.

gnu: r-broom: Update to 0.5.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-broom): Update to 0.5.4.

gnu: r-lpsolve: Update to 5.6.15.

* gnu/packages/cran.scm (r-lpsolve): Update to 5.6.15.

gnu: r-prettyunits: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-prettyunits): Update to 1.1.1.

gnu: r-rgooglemaps: Update to 1.4.5.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-rgooglemaps): Update to 1.4.5.2.

gnu: r-callr: Update to 3.4.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-callr): Update to 3.4.1.

gnu: r-diversitree: Update to 0.9-13.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-diversitree): Update to 0.9-13.

gnu: r-metap: Update to 1.3.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-metap): Update to 1.3.

gnu: python-testpath: Remove incorrect #:imported-modules.

Fixes <https://bugs.gnu.org/39298>.
Reported by Clément Lassieur <clement@lassieur.org>
and Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>.

This pacakge would import (srfi srfi-1) from the host Guile, leading to
build failures when the host Guile is 3.0.

* gnu/packages/check.scm (python-testpath)[arguments]: Remove incorrect
 #:imported-modules.

gnu: emacs-org-make-toc: Update to 0.4.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-make-toc): Update to 0.4

gnu: public-inbox: Enable support for background HTTP/NNTP daemons.

* gnu/packages/mail.scm (public-inbox)[inputs]: Add perl-net-server.

gnu: keepassxc: Update to 2.5.3.

* gnu/packages/password-utils.scm (keepassxc): Update to 2.5.3.

gnu: s6: Install documentation.

* gnu/packages/skarnet.scm (s6)[arguments]: Add 'install-doc' phase.

gnu: ocaml: Switch to ocaml 4.09 by default.

Bap and earley cannot be updated as they do not support 4.09 yet. Bap requires
the janestreet packages, which cannot be upgraded as no version supports
4.09 and 4.07 at the same time. Moreover, newer versions of the
janestreet packages have a different dependency graph, which will
require a whole new set of packages. We cannot simply use
package-with-ocaml4.07 on them.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-sqlite3, ocaml-ppx-tools, ocaml-gen)
(ocaml-sedlex, ocaml-pcre, ocaml-expect, ocaml-ezjsonm, ocaml-uri)
(ocaml-piqilib, ocaml-piqi, ocaml-charinfo-width, ocaml-zed)
(ocaml-lambda-term, ocaml-utop, ocaml-ppx-inline-test, ocaml-earley)
(ocaml-merlin, ocaml-gsl, ocaml-gsl-1, ocaml-sexplib0, ocaml-parsexp)
(ocaml-sexplib, ocaml-base, ocaml-stdio, ocaml-ppxlib, ocaml-ppx-compare)
(ocaml-fieldslib, ocaml-variantslib, ocaml-ppx-fields-conv)
(ocaml-ppx-sexp-conv, ocaml-ppx-variants-conv, ocaml-ppx-custom-printf)
(ocaml-bin-prot, ocaml-ppx-hash, ocaml-ppx-enumerate, ocaml-ppx-bench)
(ocaml-ppx-here, ocaml-ppx-typerep, ocaml-ppx-sexp-value)
(ocaml-ppx-sexp-message, ocaml-ppx-pipebang, ocaml-ppx-optional)
(ocaml-ppx-optcomp, ocaml-ppx-fail, ocaml-ppx-let, ocaml-ppx-assert)
(ocaml-ppx-expect, ocaml-ppx-js-style, ocaml-ppx-typerep-conv)
(ocaml-ppx-base, ocaml-ppx-bin-prot, ocaml-ppx-jane)
(ocaml-splittable-random, ocaml-configurator, ocaml-spawn, ocaml-core)
(ocaml-core-kernel, ocaml-odoc, ocaml-fftw3, ocaml-lacaml): Rename to ...
(ocaml4.07-sqlite3, ocaml4.07-ppx-tools, ocaml4.07-gen, ocaml4.07-sedlex)
(ocaml4.07-pcre, ocaml4.07-expect, ocaml4.07-ezjsonm, ocaml4.07-uri)
(ocaml4.07-piqilib, ocaml4.07-piqi, ocaml4.07-charinfo-width)
(ocaml4.07-zed, ocaml4.07-lambda-term, ocaml4.07-utop)
(ocaml4.07-ppx-inline-test, ocaml4.07-earley, ocaml4.07-merlin)
(ocaml4.07-gsl, ocaml4.07-gsl-1, ocaml4.07-sexplib0, ocaml4.07-parsexp)
(ocaml4.07-sexplib, ocaml4.07-base, ocaml4.07-stdio, ocaml4.07-ppxlib)
(ocaml4.07-ppx-compare, ocaml4.07-fieldslib, ocaml4.07-variantslib)
(ocaml4.07-ppx-fields-conv, ocaml4.07-ppx-sexp-conv)
(ocaml4.07-ppx-variants-conv, ocaml4.07-ppx-custom-printf)
(ocaml4.07-bin-prot, ocaml4.07-ppx-hash, ocaml4.07-ppx-enumerate)
(ocaml4.07-ppx-bench, ocaml4.07-ppx-here, ocaml4.07-ppx-typerep)
(ocaml4.07-ppx-sexp-value, ocaml4.07-ppx-sexp-message)
(ocaml4.07-ppx-pipebang, ocaml4.07-ppx-optional, ocaml4.07-ppx-optcomp)
(ocaml4.07-ppx-fail, ocaml4.07-ppx-let, ocaml4.07-ppx-assert)
(ocaml4.07-ppx-expect, ocaml4.07-ppx-js-style)
(ocaml4.07-ppx-typerep-conv, ocaml4.07-ppx-base, ocaml4.07-ppx-bin-prot)
(ocaml4.07-ppx-jane, ocaml4.07-splittable-random)
(ocaml4.07-configurator, ocaml4.07-spawn, ocaml4.07-core)
(ocaml4.07-core-kernel, ocaml4.07-odoc, ocaml4.07-fftw3)
(ocaml4.07-lacaml): ... to this and use ocaml 4.07.
(bap, unison): Use ocaml-4.07.
* gnu/packages/bioinformatics.scm (pplacer): Use ocaml-4.07.

guix: ocaml: Also replace dune when relevant in package-with-explicit-ocaml.

* guix/build-system/ocaml.scm (package-with-explicit-ocaml): Take a dune
argument and add it to transformed packages when relevant.

gnu: Add ocaml4.07-dune.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml4.07-dune): New variable.

gnu: Add ocaml4.07-lablgtk.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml4.07-lablgtk): New variable.
(lablgtk)[properties]: Add variant.

gnu: ocambuild: Update to 0.14.0.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocamlbuild): Update to 0.14.0.
[build-system]: Use ocaml-build-system.

gnu: pcsxr: Wrap with GSETTINGS_SCHEMA_DIR path variable.

Without setting this path variable, gtk+ must be installed in the user's
profile for pcsxr's GUI to work.

* gnu/packages/emulators.scm (pcsxr)[arguments]: Add 'wrap-program' phase and
return #t from 'cd-subdir' and 'fix-cdio-lookup' phases.

gnu: sicp: Remove unused module import.

* gnu/packages/scheme.scm (sicp)[arguments]: Do not import (srfi srfi-1).

gnu: emacs-org-contrib: Update to 20200126.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-contrib): Update to 20200126.

gnu: emacs-org: Update to 9.3.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org): Update to 9.3.2.

gnu: emacs-modus-themes: Update to 0.4.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-modus-themes): Update to 0.4.0.

Revert "gnu: Add python-pathtools."

This package was already in Guix since commit
dbcef44a0bdc5472cd49cd02d9d11a9c5ff037c9.

This reverts commit 87435943d1cf082b64fd2ee581e9db85b373ddb9.

Revert "gnu: Add python-iocapture."

This package was already in Guix since commit
dbcef44a0bdc5472cd49cd02d9d11a9c5ff037c9.

This reverts commit 2cb4ee2787281b0c155ab4794fa1251652251d3b.

Revert "gnu: Add python-argh."

This package was already in Guix since commit
db6bd842aa4a6254b185740bda36f01c83cd9779.

This reverts commit fb4db07467fb764e7df64a4aacae13eaaf7f912c.

guix-install.sh: Correctly treat empty or unset $XDG_DATA_DIRS

If $XDG_DATA_DIRS is unset, default value of "/usr/local/share:/usr/share"
is used according to XDG Base Directory Specification. However,
/etc/profile.d/guix.sh treats this value as empty list when appending its
own directory, so after installing Guix on the system, launchers such
as Rofi stop searching for .desktop files in /usr/share/applications/
and can't launch applications other than those installed with Guix.

This patch fixes the bug in generated /etc/profile.d/guix.sh

* etc/guix-install.sh (sys_create_init_profile): Use default value of
  /usr/local/share:/usr/share/ before appending if $XDG_DATA_DIRS is not
  set.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

guix-install.sh: Create /etc/profile.d if it does not exist

* etc/guix-install.sh (sys_create_init_profile): Add code to create
/etc/profile.d if it somehow does not exist; the function still carries
on because it is possible that /etc/profile is still configured to read
the *.sh files from /etc/profile.d, if they exist.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

guix-install.sh: Export INFOPATH to contain updated guix info-pages

* etc/guix-install.sh (sys_create_init_profile): Export INFOPATH to include
the updated info-pages from ~/.config/guix/current/share/info.  This also makes
sure that both /usr/bin/info and $GUIX_PROFILE/bin/info can read guix info pages
without throwing "no menu item 'guix' in node dir(Top)" error.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: mailutils: Add "guile3.0-mailutils" variant.

* gnu/packages/mail.scm (mailutils)[arguments]: In #:configure-flags,
replace hard-coded "2.2" with the 'version-major+minor' of the "guile"
input.
(guile3.0-mailutils): New variable.

gnu: Add emacs-vterm.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-vterm): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: linux-libre: Update to 5.4.15.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.15.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: Add missing modules.

* gnu/packages/text-editors.scm: Add missing modules.

gnu: Add qemacs.

* gnu/packages/text-editors.scm (qemacs): New variable.

gnu: Add offlate.

* gnu/packages/python-xyz.scm (offlate): New variable.

gnu: Add python-watchdog.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-watchdog): New variable.

gnu: Add python-argh.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-argh): New variable.

gnu: Add python-iocapture.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-iocapture): New variable.

gnu: Add python-pathtools.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pathtools): New variable.

gnu: Add python-android-stringslib.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-android-stringslib): New variable.

gnu: Add python-gitlab.

* gnu/packages/python-web.scm (python-gitlab): New variable.

gnu: add python-httmock.

* gnu/packages/python-check.scm (python-httmock): New variable.

gnu: Add python-translation-finder.

* gnu/packages/python-web.scm (python-translation-finder): New variable.

gnu: Add python-codacy-coverage.

* gnu/packages/python-check.scm (python-codacy-coverage): New variable.

gnu: Add python-check-manifest.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-check-manifest): New variable.

gnu: Add python-pyenchant.

* gnu/packages/enchant.scm (python-pyenchant): New variable.

services: Fix typo in spice-vdagent-service.

* gnu/services/spice.scm (spice-vdagent-service): Fix typo.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: ghmm: Fix missing module import.

This is a follow-up to commit 9c2563a80b6f1d8fb8677f5314e6180ea9916aa5.

* gnu/packages/machine-learning.scm (ghmm)[arguments]: Add #:modules.

gnu: kobodeluxe: Provide missing dependency.

* gnu/packages/games.scm (kobodeluxe)[inputs]: Add GLU.

gnu: ir: Update to 1.3.4.

* gnu/packages/audio.scm (ir): Update to 1.3.4.
[source]: Fetch via git.
[home-page]: Update.
[arguments]: Pass INSTDIR.

gnu: libofx: Disable parallel build.

* gnu/packages/finance.scm (libofx)[arguments]: Add #:parallel-build?.

gnu: python-xmlschema: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/xml.scm (python-xmlschema): Update to 1.1.0.
[source]: Change to GIT-FETCH.
[arguments]: Adjust test invokation.

gnu: python-elementpath: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/xml.scm (python-elementpath): Update to 1.4.0.

gnu: font-mathjax: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/javascript.scm (font-mathjax)[source]: Download using
git-fetch.
[arguments]: Adjust for change in source.
[native-inputs]: Remove gzip, tar.
(js-mathjax)[source]: Adjust for change in source.

gnu: vim-fugitive: Update to 3.2.

* gnu/packages/vim.scm (vim-fugitive): Update to 3.2.

gnu: Add guile3.0-gi.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile3.0-gi): New variable.

gnu: guile-gi: Update to 0.2.2.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-gi): Update to 0.2.2.

gnu: freehdl: Fix build.

* gnu/packages/engineering.scm (freehdl)[native-inputs]: Add gcc-5.

gnu: public-inbox: Update to 1.2.0-0.05a06f3.

* gnu/packages/mail.scm (public-inbox): Update to 1.2.0-0.05a06f3.

gnu: cuirass: Update to 0.0.1-28.b9031db.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 0.0.1-28.b9031db.

gnu: mgba: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/emulators.scm (mgba): Update to 0.8.0.

gnu: musescore: Update to 3.4.1.

* gnu/packages/music.scm (musescore): Update to 3.4.1.
[source]: Remove unnecessary snippet.
[arguments]: Do not build telemetry module.

gnu: silkaj: Update to 0.7.6.

* gnu/packages/finance.scm (silkaj): Update to 0.7.6.
[source]: Move to Pypi.
[home-page]: Update home page.

gnu: python-duniterpy: Update to 0.56.0.

* gnu/packages/finance.scm (python-duniterpy): Update to 0.56.0.
[source]: Move source to Pypi.
[arguments]: Add phase to work around a missing file.  Remove phases building
documentation since they are not applicable anymore.
[native-inputs]: Remove it, since it is not applicable in Pypi package.
[inputs]: Replace "python-attr" with "python-attrs".

gnu: Add emacs-eshell-toggle.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-eshell-toggle): New variable.

gnu: ode: Selectively disable tests.

* gnu/packages/game-development.scm (ode)[arguments]: Run tests only on
x86_64.

gnu: youtube-dl: Update to 2020.01.24.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2020.01.24.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

bootloader: grub: Add gfxmode (resolution) override.

* gnu/bootloader/grub.scm (<grub-theme>): Add `gfxmode' entry.
(eye-candy): Use it.
* doc/guix.texi (Bootloader Configuration): Document it.

gnu: python-parso: Update to 0.5.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-parso): Update to 0.5.2.

gnu: python-pympler: Update to 0.8.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pympler): Update to 0.8.

gnu: Remove python2-debian.

This trivial package fails to build and has no users in Guix.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-debian): Remove variable.

gnu: Add bitcoin-unlimited.

* gnu/packages/finance.scm (bitcoin-unlimited): New variable.

gnu: WebKitGTK: Update to 2.26.3.

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk): Update to 2.26.3.

gnu: QEMU: Update to 4.2.0.

* gnu/packages/virtualization.scm (qemu): Update to 4.2.0.
[source]: Use new patch.
* gnu/packages/patches/qemu-fix-documentation-build-failure.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: QEMU: Install the manual pages.

* gnu/packages/virtualization.scm (qemu)[arguments]: Add '--enable-docs'
to #:configure-flags.
[native-inputs]: Add python-sphinx.
(qemu-minimal-2.10)[native-inputs]: Remove python-sphinx.

gnu: QEMU: Fix CVE-2020-{7039,7211}.

* gnu/packages/patches/qemu-CVE-2020-7039.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2020-7211.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/virtualization.scm (qemu)[source]: Use them.

gnu: httpie: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/python-web.scm (httpie): Update to 2.0.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python-pygments: Update to 2.5.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pygments): Update to 2.5.2.
[home-page]: Follow redirect to https.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: guile-ics: Add "guile3.0-ics" variant.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-ics)[source]: Add 'modules' and 'snippet'.
(guile3.0-ics): New variable.

serialization: 'read-byte-string' makes a single read(2) call.

On "guix build libreoffice -nd", this reduces the number of read(2)
system calls from 10,434 to 8092.

* guix/serialization.scm (sub-bytevector): New procedure.
(read-byte-string): Make a single 'get-bytevector-n*' call and use
'sub-bytevector'.

guix build, archive, graph: Disable absolute file port name canonicalization.

This avoids an 'lstat' storm.  Specifically:

  ./pre-inst-env strace -c guix build -nd libreoffice

goes from 1,711 to 214 'lstat' calls.

* guix/scripts/build.scm (options->things-to-build): When SPEC matches
'derivation-path?', call 'canonicalize-path'.
(guix-build): Remove 'with-fluids' for %FILE-PORT-NAME-CANONICALIZATION.
* guix/scripts/archive.scm (guix-archive): Remove 'with-fluids' for
%FILE-PORT-NAME-CANONICALIZATION.
* guix/scripts/graph.scm (guix-graph): Likewise.

ui: Do not display error messages with bare format strings.

On Guile 3, with, say, an error in ~/.guile, we'd get:

  $ guix repl
  guix repl: error: Unbound variable: ~S

* guix/ui.scm (call-with-error-handling): Add
'&exception-with-kind-and-args' case.

gnu: swi-prolog: Update to 8.1.21.

* gnu/packages/prolog.scm (swi-prolog): Update to 8.1.21.

gnu: emacs-telega: Update to 0.5.10.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-telega): Update to 0.5.10.

gnu: tdlib: Update to 1.5.5.

* gnu/packages/messaging.scm (tdlib): Update to 1.5.5.

gnu: ode: Disable tests.

* gnu/packages/game-development.scm (ode): Tests are failing or other systems
than x86_64, so we disable them.