gnu: web: Move libyaml and libcyaml to (gnu packages serialization).

Files to be adjusted were searched with the following command:

 $ git ls-files | xargs grep -l -E ',libc?yaml' | \
       xargs grep -L '(gnu packages serialization)'

* gnu/packages/web.scm (libyaml, libyaml+static, libcyaml): Move to...
* gnu/packages/serialization.scm: ... here.

gnu: Add zchunk.

* gnu/packages/compression.scm (zchunk): New variable.

gnu: Add nginx-rtmp-module.

* gnu/packages/web.scm (nginx-rtmp-module): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add XNNPACK.

* gnu/packages/machine-learning.scm (xnnpack): New variable.
* gnu/packages/patches/xnnpack-system-libraries.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add FP16.

* gnu/packages/patches/fp16-system-libraries.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/maths.scm (fp16): New variable.

gnu: Add Psimd.

* gnu/packages/parallel.scm (psimd): New variable.

gnu: Add cpuinfo.

* gnu/packages/parallel.scm (cpuinfo): New variable.
* gnu/packages/patches/cpuinfo-system-libraries.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add googlebenchmark.

* gnu/packages/check.scm (googlebenchmark): New variable.

gnu: Add pthreadpool.

* gnu/packages/parallel.scm (pthreadpool): New variable.
* gnu/packages/patches/pthreadpool-system-libraries.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add FXDiv.

* gnu/packages/maths.scm (fxdiv): New variable.
* gnu/packages/patches/fxdiv-system-libraries.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: r-xcms: Update to 3.14.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-xcms): Update to 3.14.1.

gnu: r-reportingtools: Update to 2.32.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-reportingtools): Update to 2.32.1.

gnu: php: Update to 7.4.22 [security fixes].

* gnu/packages/php.scm (php): Update to 7.4.22.

system: Add (gnu system setuid).

I flubbed and somehow when including the patch series, this got dropped.
Oops... should fix things again.

* gnu/system/setuid.scm: New file.

services: Migrate to <setuid-program>.

* gnu/services/dbus.scm (dbus-setuid-programs, polkit-setuid-programs):
  Return setuid-programs.
* gnu/services/desktop.scm (enlightenment-setuid-programs): Return
 setuid-programs.
 (%desktop-services)[mount-setuid-helpers]: Use setuid-programs.
* gnu/services/docker.scm (singularity-setuid-programs): Return
 setuid-programs.
* gnu/services/xorg.scm(screen-locker-setuid-programs): Return
 setuid-programs.
* gnu/system.scm (%setuid-programs): Return setuid-programs.
* doc/guix.texi (Setuid Programs, operating-system Reference): Replace
  'list of G-expressions' with 'list of <setuid-program>'.

services: setuid: More configurable setuid support.

New record <setuid-program> with fields for setting the specific user
and group, as well as specifically selecting the setuid and setgid bits,
for a program within the setuid-program-service.

* gnu/services.scm (setuid-program-file-like-deprecated): New function.
  (setuid-program-service-type): Make use of
  setuid-program->activation-gexp.  Adjust the extend property to handle
  <setuid-program>.
* gnu/build/activation.scm (activate-setuid-programs): Update to expect a
  <setuid-record> list for each program entry.
* gnu/system.scm: (operating-system-setuid-programs): Renamed to
  %operating-system-setuid-programs and replace it with new procedure.
  (operating-system-default-essential-services,
  hurd-default-essential-services): Replace
  operating-system-setuid-programs with
  %operating-system-setuid-programs.
* gnu/system/setuid.scm: New file.
* doc/guix.texi (Setuid Programs): Document <setuid-program>.

Co-authored-by: Brice Waegeneire <brice@waegenei.re>

gnu: r-matrixstats: Update to 0.60.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-matrixstats): Update to 0.60.0.

gnu: r-e1071: Update to 1.7-8.

* gnu/packages/statistics.scm (r-e1071): Update to 1.7-8.

gnu: r-protolite: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-protolite): Update to 2.1.1.

gnu: r-lwgeom: Update to 0.2-7.

* gnu/packages/cran.scm (r-lwgeom): Update to 0.2-7.

gnu: r-mgsub: Update to 1.7.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-mgsub): Update to 1.7.3.

gnu: r-matrixcalc: Update to 1.0-5.

* gnu/packages/cran.scm (r-matrixcalc): Update to 1.0-5.

gnu: r-leiden: Update to 0.3.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-leiden): Update to 0.3.9.

gnu: r-dalex: Update to 2.3.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-dalex): Update to 2.3.0.

gnu: r-sf: Update to 1.0-2.

* gnu/packages/cran.scm (r-sf): Update to 1.0-2.

gnu: r-summarytools: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-summarytools): Update to 1.0.0.

gnu: r-ggeffects: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggeffects): Update to 1.1.1.

gnu: r-pillar: Update to 1.6.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-pillar): Update to 1.6.2.

gnu: r-vioplot: Update to 0.3.7.

* gnu/packages/cran.scm (r-vioplot): Update to 0.3.7.

gnu: r-stringdist: Update to 0.9.7.

* gnu/packages/cran.scm (r-stringdist): Update to 0.9.7.

gnu: r-broom: Update to 0.7.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-broom): Update to 0.7.9.

gnu: r-rpostgresql: Update to 0.7.

* gnu/packages/cran.scm (r-rpostgresql): Update to 0.7.

gnu: r-arrow: Update to 5.0.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-arrow): Update to 5.0.0.

gnu: apache-arrow: Update to 5.0.0.

* gnu/packages/databases.scm (apache-arrow): Update to 5.0.0.

gnu: vim-guix-vim: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/vim.scm (vim-guix-vim): Update to 0.3.0.
[source]: Update source uri.

gnu: julia-weakrefstrings: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-weakrefstrings): Update to 1.1.0.

gnu: julia-typedtables: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-typedtables): Update to 1.4.0.

gnu: julia-staticarrays: Update to 1.2.9.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-staticarrays): Update to 1.2.9.

gnu: julia-static: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-static): Update to 0.3.0.

gnu: julia-sortingalgorithms: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-sortingalgorithms): Update to 1.0.1.

gnu: julia-simpletraits: Update to 0.9.4.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-simpletraits): Update to 0.9.4.

gnu: julia-recipespipeline: Update to 0.3.4.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-recipespipeline): Update to 0.3.4.

gnu: julia-plotutils: Update to 1.0.11.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-plotutils): Update to 1.0.11.

gnu: julia-offsetarrays: Update to 1.10.3.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-offsetarrays): Update to 1.10.3.

gnu: julia-mutablearithmetics: Update to 0.2.20.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-mutablearithmetics): Update to 0.2.20.

gnu: julia-matrixfactorizations: Update to 0.8.4.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-matrixfactorizations): Update to 0.8.4.

gnu: julia-lazyarrays: Update to 0.21.11.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-lazyarrays): Update to 0.21.11.

gnu: julia-json3: Update to 1.9.0.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-json3): Update to 1.9.0.

gnu: julia-irtools: Update to 0.4.3.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-irtools): Update to 0.4.3.

gnu: julia-imagecore: Update to 0.9.1.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-imagecore): Update to 0.9.1.

gnu: julia-http: Update to 0.9.12.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-http): Update to 0.9.12.

gnu: julia-genericschur: Update to 0.5.1.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-genericschur): Update to 0.5.1.

gnu: julia-finitediff: Update to 2.8.1.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-finitediff): Update to 2.8.1.

gnu: julia-fillarrays: Update to 0.12.1.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-fillarrays): Update to 0.12.1.

gnu: julia-exprtools: Update to 0.1.6.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-exprtools): Update to 0.1.6.

gnu: julia-dictionaries: Update to 0.3.10.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-dictionaries): Update to 0.3.10.

gnu: julia-dataapi: Update to 1.7.0.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-dataapi): Update to 1.7.0.

gnu: julia-constructionbase: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-constructionbase): Update to 1.3.0.

gnu: julia-compat: Update to 3.32.0.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-compat): Update to 3.32.0.

gnu: julia-colorschemes: Update to 3.13.0.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-colorschemes): Update to 3.13.0.

gnu: julia-blockbandedmatrices: Update to 0.10.7.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-blockbandedmatrices): Update to 0.10.7.

gnu: julia-blockarrays: Update to 0.16.3.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-blockarrays): Update to 0.16.3.

gnu: julia-benchmarktools: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-benchmarktools): Update to 1.1.1.

gnu: julia-bandedmatrices: Update to 0.16.10.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-bandedmatrices): Update to 0.16.10.

gnu: julia-axisarrays: Update to 0.4.4.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-axisarrays): Update to 0.4.4.

gnu: julia-arraylayouts: Update to 0.7.3.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-arraylayouts): Update to 0.7.3.

gnu: julia-arrayinterface: Update to 3.1.19.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-arrayinterface): Update to 3.1.19.

gnu: julia-interpolations: Update to 0.13.3.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-interpolations): Update to 0.13.3.
[propagated-inputs]: Add julia-requires.
[native-inputs]: Add julia-zygote.

gnu: julia-recursivearraytools: Update to 2.16.1.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-recursivearraytools): Update to 2.16.1.
[propagated-inputs]: Add julia-chainrulescore.

gnu: julia-imageinterminal: Udate to 0.4.7.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-imageinterminal): Update to 0.4.7.
[propagated-inputs]: Add julia-imagebase, julia-requires. Remove
julia-imagetransformations.

gnu: julia-ellipsisnotation: Adjust test suite for julia-1.6.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-ellipsisnotation)[arguments]: Add
phase to skip outdated test.

gnu: julia-zygote: Update to 0.6.17.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-zygote): Update to 0.6.17.

gnu: julia-unitful: Update to 1.9.0.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-unitful): Update to 1.9.0.

gnu: julia-tables: Update to 1.4.4.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-tables): Update to 1.4.4.

gnu: julia-staticarrays: Update to 1.2.8.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-staticarrays): Update to 1.2.8.

gnu: julia-finitedifferences: Update to 0.12.17.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-finitedifferences): Update to 0.12.17.

gnu: julia-chainrulestestutils: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-chainrulestestutils): Update to 1.0.0.

gnu: julia-chainrulescore: Update to 1.0.2.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-chainrulescore): Update to 1.0.2.

gnu: julia-chainrules: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-chainrules): Update to 1.1.0.

gnu: julia-specialfunctions: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-specialfunctions): Update to 1.6.0.
[propagated-inputs]: Add julia-logexpfunctions.

gnu: julia-fuzzycompletions: Adjust test suite for julia-1.6.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-fuzzycompletions)[arguments]: Add
phase to skip failing test.

gnu: julia-rotations: Update to 1.0.2-1.b599102.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-rotations): Update to 1.0.2-1.b599102.

gnu: julia-nnlib: Update to 0.7.25.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-nnlib): Update to 0.7.25.
[arguments]: Skip tests.

gnu: julia-tracker: Patch for julia-1.6.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-tracker)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/julia-tracker-16-compat.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: python-pikepdf: Update to 2.16.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pikepdf): Update to 2.16.1.

gnu: emacs-csharp-mode: Update to 0.12.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-csharp-mode): Update to 0.12.0.

gnu: emacs-nswbuff: Update to 1.3.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-nswbuff): Update to 1.3.

gnu: snap: Update to 6.9.0.

* gnu/packages/education.scm (snap): Update to 6.9.0.

gnu: mame: Update to 0.234.

* gnu/packages/emulators.scm (mame): Update to 0.234.

gnu: emacs-solaire-mode: Update to 2.0.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-solaire-mode): Update to 2.0.2.

gnu: emacs-org-fragtog: Update to 0.3.3.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-fragtog): Update to 0.3.3.

gnu: Add emacs-nasm-mode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-nasm-mode): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: linux-libre 4.4: Update to 4.4.277.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4-version): Update to 4.4.277.
(linux-libre-4.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.9: Update to 4.9.277.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.277.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.14: Update to 4.14.241.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.241.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.19: Update to 4.19.199.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.199.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.4: Update to 5.4.136.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.136.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.10: Update to 5.10.54.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.10-version): Update to 5.10.54.
(linux-libre-5.10-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre: Update to 5.13.6.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.12-version, deblob-scripts-5.12
linux-libre-5.12-pristine-source, linux-libre-5.12-source,
linux-libre-headers-5.12, linux-libre-5.12): Remove variables.
(linux-libre-version, linux-libre-pristine-source, linux-libre-source,
linux-libre): Update to the 5.13 kernel series.
(linux-libre-with-bpf): Update to 5.13 kernel series.
* gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.12-arm.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.12-arm64.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.12-i686.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.12-x86_64.conf: Delete files.
* Makefile.am (AUX_FILES): Remove them.

gnu: r-catalyst: Update to 1.16.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-catalyst): Update to 1.16.2.