inferior: Move initialization bits away from 'inferior-eval-with-store'.

* guix/inferior.scm (port->inferior): In the inferior, define
'cached-store-connection', 'store-protocol-error?', and
'store-protocol-error-message'.
(inferior-eval-with-store): Use them.

inferior: Inferior caches store connections.

Fixes <https://issues.guix.gnu.org/48007>.
Reported by Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>.

Previously, at each 'inferior-eval-with-store' call, the inferior would
create a new <store-connection> object with empty caches.  Consequently,
when repeatedly calling 'inferior-package-derivation', we would not
benefit from any caching and instead recompute all the derivations for
every package.  This patch fixes it by caching <store-connection>
objects in the inferior.

* guix/inferior.scm (port->inferior): Define '%store-table' in the inferior.
(inferior-eval-with-store): Cache store connections in %STORE-TABLE.
Remove now unneeded 'dynamic-wind' with 'close-port' call.

inferior: Keep the store bridge connected.

Previously, each 'inferior-eval-with-store' would lead the inferior to
connect to the named socket the parent is listening to.  With this
change, the connection is established once for all and reused
afterwards.

* guix/inferior.scm (<inferior>)[bridge-file-name]: Remove.
(open-bidirectional-pipe): New procedure.
(inferior-pipe): Use it instead of 'open-pipe*' and return two values.
(port->inferior): Adjust call to 'inferior'.
(open-inferior): Adjust to 'inferior-pipe' changes.
(close-inferior): Remove 'inferior-bridge-file-name' handling.
(open-store-bridge!): Switch back to 'call-with-temporary-directory'.
Define '%bridge-socket' in the inferior, connected to the caller.
(proxy): Change first argument to be an inferior.  Add 'reponse-port'
and call to 'drain-input'.  Pass 'reponse-port' to 'select' and use it
as a loop termination clause.
(inferior-eval-with-store): Remove 'socket' and 'connect' calls from the
inferior code, and use '%bridge-socket' instead.

inferior: Create the store proxy listening socket only once.

Previously, each 'inferior-eval-with-store' call would have the calling
process create a temporary directory with a listening socket in there.
Now that listening socket is created once and reused in subsequent
calls.

* guix/inferior.scm (<inferior>)[bridge-file-name, bridge-socket]: New
fields.
(port->inferior): Adjust accordingly.
(close-inferior): Close 'inferior-bridge-socket' and delete
'inferior-bridge-file-name' if set.
(open-store-bridge!, ensure-store-bridge!): New procedures.
(inferior-eval-with-store): Use them.

gnu: darktable: Add release-monitoring-url.

* gnu/packages/photo.scm (darktable)[properties]: New field.

gnu: guile-drmaa: Update to 0.1.1.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-drmaa): Update to 0.1.1.

gnu: gnome-mines: Fix build.

* gnu/packages/web.scm (gnome-mines)[native-inputs]: Add python-wrapper.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: libzim: Fix build.

* gnu/packages/web.scm (libzim)[inputs]: Add python-wrapper.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: uriparser: Update to 0.9.6.

* gnu/packages/web.scm (uriparser): Update to 0.9.6.

gnu: Add %final-inputs-riscv64.

* gnu/packages/commencement.scm (%final-inputs-riscv64): New variable.
* guix/build-system/gnu.scm (standard-inputs): Use %final-inputs-riscv64
when targeting riscv64-linux.

gnu: nyacc: Remove unnecessary phase.

This partially reverts commit f15ca337bec89f238b9b9ced08c2e02c35629a33.  What
mattered was the addition of guile-bytestructures.

* gnu/packages/mes.scm (nyacc)[arguments]: Remove phase
'install-system-module.

gnu: Borg: Improve the description.

Attic... Now that's a name I've not heard in a long time.

* gnu/packages/backup.scm (borg)[description]: Improve it.

gnu: Add Vorta.

* gnu/packages/backup.scm (vorta): New variable.

gnu: Add linux-libre 5.16.2.

* gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.16-arm.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.16-arm64.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.16-i686.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.16-x86_64.conf : New files.
* Makefile.am (AUX_FILES): Add them.
* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.16-version,
linux-libre-5.16-gnu-revision, deblob-scripts-5.16,
linux-libre-5.16-pristine-source, linux-libre-5.16-source,
linux-libre-headers-5.16, linux-libre-5.16): New variables.

gnu: util-linux: Fix CVE-2021-3995 and CVE-2021-3996.

* gnu/packages/patches/util-linux-CVE-2021-3995.patch,
gnu/packages/patches/util-linux-CVE-2021-3996.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/linux.scm (util-linux)[replacement]: New field.
(util-linux/fixed): New variable.

gnu: giac: Update to 1.7.0-47.

* gnu/packages/algebra.scm (giac): Update to 1.7.0-47.

gnu: polkit: Fix CVE-2021-4034.

* gnu/packages/patches/polkit-CVE-2021-4034.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/polkit.scm (polkit-mozjs)[replacement]: New field.
* gnu/packages/polkit.scm (polkit-mozjs/fixed): New variable.

gnu: fennel: Update to 03c1c95.

* gnu/packages/lua.scm (fennel): Update to 03c1c95.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add fnlfmt.

* gnu/packages/lua.scm (fnlfmt): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

import: pypi: Convert hyphens to underscores in PyPI URLs if needed.

* guix/import/pypi.scm (find-project-url): New function.
(make-pypi-sexp): Use find-project-url.
* tests/pypi.scm (foo-json): New procedure.
(test-json-1, test-json-2): Define in terms of it.
("find-project-url, with numpy", "find-project-url, uWSGI"):
("find-project-url, flake8-array-spacing")
("find-project-url, foo/goo"): New tests.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: utf-8-lineseparator: Update to 7.

* gnu/packages/textutils.scm (utf-8-lineseparator): Update to 7.  Adjust
'commit' field accordingly.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

utils: 'edit-expression' reads and conses less when not modifying.

* guix/utils.scm (edit-expression): Delay call to 'get-bytevector-all'
until after (string=? str* str).

gnu: emacs-emms: Update to 9.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-emms): Update to 9.

gnu: emacs-ebdb: Update to 0.8.9.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ebdb): Update to 0.8.9.

gnu: Add go-go-etcd-io-bbolt.

* gnu/packages/databases.scm (go-go-etcd-io-bbolt): New variable.

gnu: Add go-gopkg-in-mgo-v2.

* gnu/packages/databases.scm (go-gopkg-in-mgo-v2): New variable.

gnu: Add go-github-com-gomodule-redigo.

* gnu/packages/databases.scm (go-github-com-gomodule-redigo): New variable.

gnu: Add go-github-com-cupcake-rdb.

* gnu/packages/databases.scm (go-github-com-cupcake-rdb): New variable.

gnu: Add go-github-com-couchbase-gomemcached.

* gnu/packages/databases.scm (go-github-com-couchbase-gomemcached): New variable.

gnu: Add go-github-com-bradfitz-gomemcache.

* gnu/packages/databases.scm (go-github-com-bradfitz-gomemcache): New variable.

gnu: sqlitebrowser: Enable tests.

* gnu/packages/databases.scm (sqlitebrowser)[arguments]: Don't skip
tests. Add configure-flag to enable tests.

gnu: sqlitebrowser: Unbundle qscintilla.

* gnu/packages/databases.scm (sqlitebrowser)[source]: Add snippet.
[arguments]: Add configure-flag to find qscintilla include directory.
[inputs]: Add qscintilla.

gnu: Add sqlitebrowser.

* gnu/packages/databases.scm (sqlitebrowser): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: openssl: Update to 1.1.1m [security fixes].

* gnu/packages/tls.scm (openssl/fixed): New variable.
(openssl)[replacement]: New field.

gnu: nyacc: Install all modules.

* gnu/packages/mes.scm (nyacc)[arguments]: Add build phase
'install-system-module.
[propagated-inputs]: Add guile-bytestructures.

services: zabbix-server: Do not write database password to the store.

* gnu/services/monitoring.scm (zabbix-front-end-config): Read the secret file
from zabbix.conf.php at runtime instead of embedding the contents.

gnu: zabbix-server: Remove duplicate input.

* gnu/packages/monitoring.scm (zabbix-server)[inputs]: Remove CURL.

gnu: zabbix-server: Don't install agent.

* gnu/packages/monitoring.scm (zabbix-server)[arguments]: Delete
"--enable-agent" from #:configure-flags.

gnu: zabbix-server: Adjust style.

* gnu/packages/monitoring.scm (zabbix-server)[arguments]: Rewrite as gexp,
use #:phases matching, and remove trailing #t's.

services: zabbix-agent: Respect user and group configuration.

* gnu/services/monitoring.scm (zabbix-agent-account): Look up user and group
from CONFIG instead of hard-coded values.

etc: Remove redundant SELinux permissions block.

* etc/guix-daemon.cil.in (guix_daemon): Consolidate two blocks adding
sock_file permissions on guix_daemon_conf_t.

gnu: nyacc: Fix bug 60474.

* gnu/packages/mes.scm (nyacc)[arguments]: Add build phase 'fix-60474.

gnu: nyacc: Update to 1.06.5.

* gnu/packages/mes.scm (nyacc): Update to 1.06.5.
[source]: Simplify snippet.

.guix-authorizations: Authorize Vinicius Monego.

* .guix-authorizations (monego): Add OpenPGP key fingerprint.

gnu: Add python-regions.

* gnu/packages/astronomy.scm (python-regions): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-photutils.

* gnu/packages/astronomy.scm (python-photutils): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-astropy-healpix.

* gnu/packages/astronomy.scm (python-astropy-healpix): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-astroquery.

* gnu/packages/astronomy.scm (python-astroquery): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-pyvo.

* gnu/packages/astronomy.scm (python-pyvo): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Document 'invoke' & co.

* doc/guix.texi (Build Utilities)[Program Invocation]: New subsection.

build: Require Guile >= 3.0.3.

Fixes <https://issues.guix.gnu.org/53157>.
Reported by Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>.

* configure.ac: Require Guile >= 3.0.3.
* doc/guix.texi (Requirements): Update accordingly.

environment: '--check' does nothing when used with '--container'.

Partly fixes <https://issues.guix.gnu.org/53355>.
Reported by Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>.

* guix/scripts/environment.scm (guix-environment*): Warn and do nothing
when both '--check' and '--container' are used.

gnu: Add emacs-puni.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-puni): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: QGIS: Build without QtWebKit.

See <https://issues.guix.gnu.org/53289> and <https://issues.guix.gnu.org/53512>
for more information about this change.

* gnu/packages/geo.scm (qgis)[inputs]: Remove qtwebkit.
[arguments]: Pass "-DWITH_QTWEBKIT=NO" to #:configure-flags. Make the
custom 'check' phase honor TESTS?. Skip even more failing tests.

gnu: FreeCAD: Replace QtWebKit with QtWebEngine.

See <https://issues.guix.gnu.org/53289> for more information about this change.

* gnu/packages/engineering.scm (freecad)[inputs]: Remove QTWEBKIT. Add
QTDECLARATIVE, QTWEBCHANNEL, and QTWEBENGINE.

Add copyright notice for 'Bird'.

This is a followup to commit cc74d19d663b78a9ec8207d7e3a41cabfbe1a100.

* gnu/packages/video.scm: Add copyright attribution.

gnu: Add gallery-dl.

* gnu/packages/video.scm (gallery-dl): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python-esprima.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-esprima): New variable.

gnu: python-uvloop: Update to 0.16.0.

Version 0.14.0 is not compatible with Python 3.9[1]. Additionally unvendor the
copy of libuv, which was unused, but retained in the source tarball,
fix subprocess spawning and enable tests, so we know when future updates
break it.

[1] https://github.com/MagicStack/uvloop/issues/349

* gnu/packages/python-web.scm (python-uvloop): Update to 0.16.0.
[source]: Add snippet to remove pre-built loop.c and vendored libuv.
[arguments]<#:phases>: Substitute /bin/sh in 'preparations phase, override
'check phase and disable failing tests.
[native-inputs]: Remove python-flake8, because it causes test failures
and add python-pytest-timeout.

gnu: newsboat: Add release-monitoring-url.

* gnu/packages/syndication.scm (newsboat)[properties]: New field.

gnu: youtube-dl: Add release-monitoring-url.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl)[properties]: New field.

gnu: yt-dlp: Add release-monitoring-url.

* gnu/packages/video.scm (yt-dlp)[properties]: New field.

gnu: parallel: Update to 20220122.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20220122.

gnu: Add btrbk.

* gnu/packages/backup.scm (btrbk): New variable.

gnu: lagrange: Update to 1.10.2.

* gnu/packages/web-browsers.scm (lagrange): Update to 1.10.2.

gnu: Add grc.

* gnu/packages/shellutils.scm (grc): New variable.

gnu: luajit: Remove powerpc64le-linux from supported-systems.

* gnu/packages/lua.scm (luajit)[supported-systems]: New field.  Set it to the
result of deleting "powerpc64le-linux" from %supported-systems.

gnu: fsearch: Update to 0.1.1.

* gnu/packages/search.scm (fsearch): Update to 0.1.1.

gnu: Add python-tweepy.

* gnu/packages/python-web.scm (python-tweepy): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: zig: Update to 0.9.0

* gnu/packages/patches/zig-disable-libc-note-test.patch: Move patch changes to new file.
* gnu/packages/patches/zig-use-system-paths.patch: Update line numbers.
* gnu/packages/zig.scm: Update to 0.9.0

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: guile@2.0: Build with '-fexcess-precision=standard' on i686.

Fixes <https://issues.guix.gnu.org/53462>.
Reported by Denis 'GNUtoo' Carikli <GNUtoo@cyberdimension.org>.

This is a followup to 9b09a753a9711f7614564272013138fce6fec708.

* gnu/packages/guile.scm (guile-2.0)[arguments]: Augment #:configure-flags
when 'target-x86-32?'.
(guile-2.2)[arguments]: Tweak #:configure-flags to keep derivation unchanged.
(guile-3.0)[arguments]: Likewise.

gnu: scribus: Update to 1.5.8.

* gnu/packages/scribus.scm (scribus): Update to 1.5.8.
[inputs]: Remove labels.

gnu: emacs-posframe: Update to 1.1.7.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-posframe): Update to 1.1.7.

gnu: emacs-meow: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-meow): Update to 1.4.0.

gnu: emacs-geiser: Update to 0.22.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-geiser): Update to 0.22.1.

gnu: xgboost: Update to 1.5.2.

* gnu/packages/machine-learning.scm (xgboost, python-xgboost): Update to
1.5.2.
(python-xgboost)[arguments]: Enable previously failing test.
* gnu/packages/patches/xgboost-use-system-dmlc-core.patch: Update patch.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

etc: Add more SELinux permissions for the daemon.

* etc/guix-daemon.cil.in (guix_daemon): Permit write on guix_daemon_conf_t
sock_file, necessary for garbage collection.

gnu: gcompris-qt: Update to 2.1.

* gnu/packages/education.scm (gcompris-qt): Update to 2.1.
[source]: Download from new upstream location.

build-system/clojure: Support compiling Java.

* guix/build/clojure-build-system.scm (compile-java): New variable.
(build): Copy classes compiled from Java and optionally Java sources to
the final jar.
(%standard-phases): Add compile-java phase before build.
* guix/build/clojure-utils.scm (%java-source-dirs): New variable.
(%java-compile-dir): New variable.
* guix/build-system/clojure.scm (clojure-build): Include %java-source-dirs and
%java-compile-dir.
(builder): Include %java-source-dirs and %java-compile-dir.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

build-system/clojure: Exit with non-zero if tests fail.

* guix/build/clojure-build-system.scm (check): Exit test process with a
non-zero exit code if tests fail.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add yubikey-oath-dmenu.

* gnu/packages/security-token.scm (yubikey-oath-dmenu): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: nomad: Fix missing webkit2gtk-4.0 compilation error.

* gnu/package/guile-xyz.scm (nomad)[arguments]<phases>: Add phase
'fix-webkitgtk' to update webkit2gtk-4.0 reference in file 'configure.ac'
and 'typelib/Makefile.am'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Clarify search path bits.

Suggested by Maxime Devos <maximedevos@telenet.be>
and Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>.

* doc/guix.texi (package Reference): Clarify 'native-search-paths'
vs. 'search-paths'.
(Search Paths): Link to it.  Remove unnecessarily "define libxml2".
Reword 'file-pattern' description that said "When true".

gnu: python-parsedatetime: Update to 2.6.

* gnu/packages/time.scm (python-parsedatetime): Update to 2.6.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: sbcl-spinneret: Update to 20220117.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-spinneret): Update to 20220117.

gnu: FreeCAD: Update to 0.19.3.

* gnu/packages/engineering.scm (freecad): Update to 0.19.3.

Revert "gnu: xkeyboard-config: Build man page."

This reverts commit f7236fa1b2e92288633b4261997b55914e25648b.

gnu: xkeyboard-config: Build man page.

* gnu/packages/xorg.scm (xkeyboard-config)[native-inputs]: Add libxslt and
remove labels.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: vlc: Build with correct librsvg.

* gnu/packages/video.scm (vlc)[inputs]: Replace librsvg
with librsvg-for-system.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gnome-settings-daemon: Build with correct librsvg.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-settings-daemon)[inputs]:
Replace librsvg with librsvg-for-system.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gtk-vnc: Build with correct librsvg.

* gnu/packages/gnome.scm (gtk-vnc)[inputs]: Replace librsvg with
  librsvg-for-system.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gtk-vnc: Remove dependency on GJS on non-x86_64.

* gnu/packages/gnome.scm (gtk-vnc)[native-inputs]: Provide GJS
only when 'target-x86-64?'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add rofi-calc.

* gnu/packages/xdisorg.scm (rofi-calc): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: rofi: Add a search path for plugins.

* gnu/packages/xdisorg.scm (rofi)[native-search-paths]: Add ROFI_PLUGIN_PATH.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add utf-8-lineseparator.

* gnu/packages/textutils.scm (utf-8-lineseparator): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Tweak Guix Home bits.

* doc/guix.texi (Shepherd Home Service): Tweak section name.  Add
intro.
(Invoking guix home): Refer to "guix search".  Use @var where
appropriate.

gnu: Add font-charter.

* gnu/packages/fonts.scm (font-charter): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Document search paths.

* doc/guix.texi (package Reference): Link to "Search Paths".
(Invoking guix package): Likewise.
(Build Phases): Mention 'set-paths' phase.
(Search Paths): New node.

compile: Really disable cross-module inlining and related features.

This is a followup to d87a1ba6b8b2f08ba6898033353d7463355bd146.

* guix/build/compile.scm (strip-keyword-arguments): Rename to...
(clear-keyword-arguments): ... this, and set the value associated with
each of KEYWORDS to #f.
(optimizations-for-level): Adjust accordingly.

gnu: python-pillow-simd: Update to 9.0.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pillow-simd): Update to 9.0.0.
[arguments]: Remove field.