build: Use Gnulib's 'git-version-gen'.

* Makefile.am (EXTRA_DIST, BUILT_SOURCES): Add $(top_srcdir)/.version.
($(top_srcdir)/.version, gen-tarball-version): New targets.
(dist-hook): Depend on 'gen-tarball-version'.
(.PHONY): Add 'gen-tarball-version'.
* build-aux/git-version-gen: New file, from Gnulib v0.1-1312-ga87d5e5c6.
* configure.ac: Use it in 'AC_INIT'.  Use 'https' for the URL.

build: Remove 'sync-descriptions' target.

This target predates 'guix lint'.  Nowadays it makes little sense to run
it upon 'make dist'.

* Makefile.am (sync-descriptions): Remove.
(dist-hook, .PHONY): Remove reference to 'sync-descriptions'.

dir-locals.el: Add 'modify-phases' keywords.

* .dir-locals.el: Add indentation rules for 'replace', 'add-before' and
'add-after'.

etc: indent-code.el: Define source tree by "indent-code.el".

* etc/indent-code.el.in: Set default directory by "indent-code.el"
itself, otherwise it works only when called from the top directory of
the guix source tree.

doc: Add references to Emacs-Guix manual.

* doc/htmlxref.cnf: Add links to the real manual.
* doc/contributing.texi (Formatting Code): Add reference to it.
* doc/guix.texi (Package Management): Likewise.

gnu: qca: Update to 2.1.3.

* gnu/packages/kde.scm (qca): Update to 2.1.3.
[home-page]: Use new home-page.

store: Use 'write-bytevector' instead of hand-coded equivalent.

* guix/store.scm (process-stderr): Use 'write-bytevector' in the
%STDERR-READ case.

store: Add store path computation procedures.

* guix/derivations.scm (compressed-hash, store-path)
(output-path, fixed-output-path): Move to...
* guix/store.scm: ... here.

gnu: fish-guix: Adjust the home-page.

* gnu/packages/shells.scm (fish-guix)[home-page]: Use the correct website.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add gcc-toolchain@7.

* gnu/packages/commencement.scm (gcc-toolchain-7): New variable.

tests: Use 'fold-module-public-variables' for discovery.

* gnu/tests.scm (fold-system-tests): Write in terms of
'fold-module-public-variables'.

nls: Mark (guix discovery) as translatable.

This is a followup to cd903ef7871170d3c4eced45418459d293ef48a7.

* po/guix/POTFILES.in: Add 'guix/discovery.scm'.

gnu: neovim: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/vim.scm (neovim): Update to 0.2.0.

gnu: lua5.2-libmpack: Fix make flags.

This is a follow-up to commit. b5236121065abe32a88f8f0644ceb505f5cf1d18.

* gnu/packages/serialization.scm (lua5.2-libmpack)[arguments]: Adjust make
flags.

gnu: lua-libmpack: Update to new upstream source.

Inheriting the source from libmpack no longer works, because upstream has
moved the Lua bindings to a separate repository.

This is a follow-up to commit b5236121065abe32a88f8f0644ceb505f5cf1d18.

* gnu/packages/serialization.scm (lua-libmpack)[source]: Use new upstream
source.
[arguments]: Adjust make flags and build phases.
[native-inputs]: Add package sources of libmpack.
[home-page]: Use new home page URL.

gnu: llvm-3.5: Fix build of clang-3.5.

* gnu/packages/patches/llvm-3.5-fix-clang-build-with-gcc5.patch: New file
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/llvm.scm (llvm-3.5)[source]: Add patch.

gnu: guile-bytestructures: Install sld files.

* gnu/packages/guile.scm (guile-bytestructures): Build and install sld
  files in r7 repository.

It fixes this kind of errors while using guile-bytestructures:

ice-9/psyntax.scm:3245:33: ice-9/psyntax.scm:3245:33: Syntax error:
/gnu/store/ny9mp091yw51ylv1q59z25z5vdw8bi56-profile/share/guile/site/2.2/bytestructures/guile/base.scm:8:19: include-from-path: file not found in path in subform "bytestructures/r7/base.exports.sld" of (include-from-path "bytestructures/r7/base.exports.sld")

gnu: man-pages: Update to 4.11.

* gnu/packages/man.scm (man-pages): Update to 4.11.

environment: Correct typo.

* guix/scripts/environment.scm (create-environment): Fix typo.

gnu: capnproto: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/serialization.scm (capnproto): Update to 0.6.0.

gnu: libmpack: Update to 1.0.5.

* gnu/packages/serialization.scm (libmpack): Update to 1.0.5.

gnu: msgpack: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/serialization.scm (msgpack): Update to 1.4.2.

gnu: dmenu: Update to 4.7.

* gnu/packages/suckless.scm (dmenu): Update to 4.7.

gnu: bind: Update to 9.11.1.

* gnu/packages/dns.scm (bind): Update to 9.11.1.
[license]: Change isc to mpl2.0.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

doc: Add 'Debugging Build Failures' node.

* doc/guix.texi (Debugging Build Failures): New node.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

refresh: Use (guix discovery).

* guix/scripts/refresh.scm (maybe-updater, list-updaters): Remove.
(importer-modules): New procedure.
(%updaters): Define using 'fold-module-public-variables'.  Turn into a
promise and adjust users.

Add (guix discovery).

* guix/discovery.scm, tests/discovery.scm: New files.
* gnu/packages.scm (scheme-files, file-name->module-name)
(scheme-modules, all-package-modules): Remove.
(fold-packages): Rewrite in terms of 'fold-module-public-variables'.
* gnu/tests.scm: Use (guix discovery).
* Makefile.am (MODULES): Add guix/discovery.scm.
(SCM_TESTS): Add tests/discovery.scm.

gnu: Add fish-guix.

* gnu/packages/shells.scm (fish-guix): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add missing copyright line.

* gnu/packages/version-control.scm: Add missing copyright line for commit
db88b5a.

gnu: gitolite: Avoid references to the store in authorized_keys.

* gnu/packages/version-control.scm (gitolite)[arguments]: Substitute
'$glshell' with 'gitolite-shell' in ssh-authkeys.

gnu: Add emacs-gnuplot.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-gnuplot): New variable.

gnu: Add gfortran@7.

* gnu/packages/gcc.scm (gfortran@7): New variable.

gnu: libressl: Update to 2.5.4.

* gnu/packages/tls.scm (libressl): Update to 2.5.4.
[home-page]: Use https.

gnu: tlp: Install all files.

* gnu/packages/linux.scm (tlp)[arguments]: Add ‘fix-installation’ phase so
the installation no longer aborts half-way, and use ‘zero?’ in the install
phase so this cannot go undetected again.

ui: Rename '_' to 'G_'.

This avoids collisions with '_' when the latter is used as a 'match'
pattern for instance.  See
<https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2017-04/msg00464.html>.

* guix/ui.scm: Rename '_' to 'G_'.
* po/guix/Makevars (XGETTEXT_OPTIONS): Adjust accordingly.
* build-aux/compile-all.scm (warnings): Remove 'format'.
* gnu/packages.scm,
gnu/services.scm,
gnu/services/shepherd.scm,
gnu/system.scm,
gnu/system/shadow.scm,
guix/gnupg.scm,
guix/http-client.scm,
guix/import/cpan.scm,
guix/import/elpa.scm,
guix/import/pypi.scm,
guix/nar.scm,
guix/scripts.scm,
guix/scripts/archive.scm,
guix/scripts/authenticate.scm,
guix/scripts/build.scm,
guix/scripts/challenge.scm,
guix/scripts/container.scm,
guix/scripts/container/exec.scm,
guix/scripts/copy.scm,
guix/scripts/download.scm,
guix/scripts/edit.scm,
guix/scripts/environment.scm,
guix/scripts/gc.scm,
guix/scripts/graph.scm,
guix/scripts/hash.scm,
guix/scripts/import.scm,
guix/scripts/import/cpan.scm,
guix/scripts/import/cran.scm,
guix/scripts/import/crate.scm,
guix/scripts/import/elpa.scm,
guix/scripts/import/gem.scm,
guix/scripts/import/gnu.scm,
guix/scripts/import/hackage.scm,
guix/scripts/import/nix.scm,
guix/scripts/import/pypi.scm,
guix/scripts/import/stackage.scm,
guix/scripts/lint.scm,
guix/scripts/offload.scm,
guix/scripts/pack.scm,
guix/scripts/package.scm,
guix/scripts/perform-download.scm,
guix/scripts/publish.scm,
guix/scripts/pull.scm,
guix/scripts/refresh.scm,
guix/scripts/size.scm,
guix/scripts/substitute.scm,
guix/scripts/system.scm,
guix/ssh.scm,
guix/upstream.scm: Use 'G_' instead of '_'.  Most of this change was
obtained by running: "sed -i -e's/(_ "/(G_ "/g' `find -name \*.scm`".

gnu: Add mes.

* gnu/packages/mes.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add gcc@7.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc@7): New variable.

gnu: connman: Update to 1.34.

* gnu/packages/connman.scm (connman): Update to 1.34.

services: herd: Make %shepherd-socket-file a parameter and export it.

* gnu/services/herd.scm (%shepherd-socket-file): Make it an exported
  parameter.
(open-connection): Adapt.

gnu: Add gfortran@6.

* gnu/packages/gcc.scm (gfortran@6): New variable.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.8-4.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.8-4.

gnu: build: file-systems: Add ISO-9660.

Fixes <https://bugs.gnu.org/26751>.

* gnu/build/file-systems.scm (iso9660-superblock?,
read-iso9660-primary-volume-descriptor, read-iso9660-superblock,
iso9660-superblock-uuid, iso9660-uuid->string,
iso9660-superblock-volume-name): New variables.
(%partition-label-readers): Add iso9660.
(%partition-uuid-readers): Add iso9660.

gnu: Avoid circular dependencies by Perl license.

* guix/licenses.scm (perl-license): New variable.
* gnu/packages/bioinformatics.scm: Change (package-license perl) to perl-license.
* gnu/packages/compression.scm: Same.
* gnu/packages/databases.scm: Same.
* gnu/packages/gd.scm: Same.
* gnu/packages/language.scm: Same.
* gnu/packages/libevent.scm: Same.
* gnu/packages/mail.scm: Same.
* gnu/packages/messaging.scm: Same.
* gnu/packages/ncurses.scm: Same.
* gnu/packages/networking.scm: Same.
* gnu/packages/photo.scm: Same.
* gnu/packages/tcl.scm: Same.
* gnu/packages/tex.scm: Same.
* gnu/packages/tls.scm: Same.
* gnu/packages/web.scm: Same.
* gnu/packages/wm.scm: Same.
* gnu/packages/xml.scm: Same.
* gnu/packages/xorg.scm: Same.
* gnu/packages/zip.scm: Same.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

monads: Add a template and specialization mechanism for monadic procedures.

* guix/monads.scm (%templates, %template-instances): New variables.
(register-template!, register-template-instance!): New procedures.
(template-directory, define-template): New macro.
(foldm, sequence, anym): Define using 'define-template'.  Avoid replace
ellipses with dots.
(mapm): Likewise, but do not use 'foldm'.
* guix/store.scm: Add 'template-directory' invocation.

download: Continue handshake upon TLS warning alerts.

This allows us to download from site such as
<https://fusionforge.int-evry.fr> where the server does not recognize
the server name passed via the 'server_name' extension.

* guix/build/download.scm (tls-wrap): Catch 'gnutls-error' around
'handshake'.  Upon ERROR/WARNING-ALERT-RECEIVED, print a message and
call 'handshake'.

licenses: Add CeCILL and CeCILL-B.

* guix/licenses.scm (cecill, cecill-b): New variables.

gnu: youtube-dl: Update to 2017.05.01.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2017.05.01.

gnu: hdparm: Update to 9.52.

* gnu/packages/linux.scm (hdparm): Update to 9.52.

gnu: Add python-mwclient.

Fixes <https://bugs.gnu.org/26744>.

* gnu/packages/python.scm (python-mwclient, python2-mwclient): New variables.

gnu: python-pytest-cov: Update to 2.4.0.

Fixes <https://bugs.gnu.org/26743>.

* gnu/packages/python.scm (python-pytest-cov): Update to 2.4.0.

gnu: obs: Update to 18.0.2.

* gnu/packages/video.scm (obs): Update to 18.0.2.

build: Install gnu/build/svg.scm.

Fixes a regression introduced in
commit 960887b2974ff5c3e63f58a1d89cd8d0dcb5e045.

* Makefile.am (MODULES_NOT_COMPILED): New variable.
(nobase_dist_guilemodule_DATA): Add $(MODULES_NOT_COMPILED).
(EXTRA_DIST): Remove gnu/build/svg.scm.
* gnu/local.mk (MODULES_NOT_COMPILED): New variable.

build: 'check-system' now depends on the bootstrap Guile tarballs.

Reported by Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>.

* gnu/local.mk (BOOTSTRAP_GUILE_TARBALLS): New variable.
(DISTCLEANFILES): Define as an alias for 'BOOTSTRAP_GUILE_TARBALLS'.
* Makefile.am (check-system): Depend on $(BOOTSTRAP_GUILE_TARBALLS).

substitute: Validate substitute URLs.

Reported by Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>
at <https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2017-04/msg00548.html>.

* guix/scripts/substitute.scm (validate-uri): New procedure.
(guix-substitute): Use it.

services: nscd: Create /etc/resolv.conf if it does not exist.

* gnu/services/base.scm (nscd-activation): Create /etc/resolv.conf if it
does not exist yet.

gnu: parallel: Update to 20170422.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20170422.

gnu: ocrad: Update to 0.26.

* gnu/packages/ocr.scm (ocrad): Update to 0.26.

gnu: libiconv: Update to 1.15.

* gnu/packages/base.scm (libiconv): Update to 1.15.

gnu: less: Update to 487.

* gnu/packages/less.scm (less): Update to 487.

gnu: acct: Update to 6.6.3.

* gnu/packages/acct.scm (acct): Update to 6.6.3.

gnu: emacs-emms: Update to 4.3.

* gnu/packages/emacs.scm (emms): Update to 4.3.

publish: Use a larger zlib buffer for compression with '--cache'.

* guix/scripts/publish.scm (bake-narinfo+nar): Pass #:buffer-size to
'call-with-gzip-output-port'.

gnu: ghostscript: Fix grafting of ghostscript/x and ghostscript/cups.

* gnu/packages/cups.scm (ghostscript/cups): Use package/inherit.
* gnu/packages/ghostscript.scm (ghostscript/x): Use package/inherit.
(ghostscript/fixed)[replacement]: Override to #f.

Add package/inherit.

* guix/packages.scm (package/inherit): New public macro.

gnu: icecat: Add more fixes from upstream mozilla-esr52.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source]: Add selected fixes from the
upstream mozilla-esr52 repository.

gnu: Add python-flask-oidc.

Fixes <https://bugs.gnu.org/26731>.

* gnu/packages/python.scm (python-flask-oidc): New variable.

gnu: Add python-oauth2client.

* gnu/packages/python.scm (python-oauth2client): New variable.

gnu: linux-libre: Update to 4.11.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.11.
(%linux-libre-hash): Update hash.
* gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.10-i686.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.10-x86_64.conf: Delete files.
* gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.11-i686.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.11-x86_64.conf: New files.
* Makefile.am (AUX_FILES): Adjust accordingly.

gnu: Add font-cns11643-swjz.

* gnu/packages/fonts.scm (font-cns11643-swjz): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add font-cns11643.

 * gnu/packages/fonts.scm (font-cns11643): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add tailon.

* gnu/packages/logging.scm (tailon): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: python-tornado: Update to 4.5.1.

* gnu/packages/python.scm (python-tornado): Update to 4.5.1.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add python-sockjs-tornado.

* gnu/packages/python.scm (python-sockjs-tornado): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

Revert "gnu: linux-libre: Update to 4.11."

This reverts commit cfd2ca8244bc7a5c130677718ad2ad75f7316c68.

gnu: libsndfile: Fix CVE-2017-{8361,8362,8363,8365}.

* gnu/packages/patches/libsndfile-CVE-2017-8361-8363-8365.patch,
gnu/packages/patches/libsndfile-CVE-2017-8362.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/pulseaudio.scm (libsndfile)[replacement]: New field.
(libsndfile/fixed): New variable.

gnu: font-bitstream-vera: Change license to fsdg-compatible.

This license is not X11-style because of its clause that makes it non-free.

* gnu/packages/fonts.scm (font-bitstream-vera)[license]: Change to
fsdg-compatible Bitstream Vera.

licenses: Add new meta-license fsdg-compatible.

* guix/licenses.scm (fsdg-compatible): New record with constructor.

gnu: bitcoin-core: Update to 0.14.1.

* gnu/packages/finance.scm (bitcoin-core): Update to 0.14.1.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.65.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.65.

gnu: linux-libre: Update to 4.11.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.11.
(%linux-libre-hash): Update hash.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

publish: Produce a "FileSize" narinfo field when possible.

* guix/scripts/publish.scm (narinfo-string): Add #:file-size parameter.
Produce a "FileSize" field when COMPRESSION is eq? to '%no-compression'
or when FILE-SIZE is true.
(bake-narinfo+nar): Pass #:file-size.
* tests/publish.scm ("/*.narinfo")
("/*.narinfo with properly encoded '+' sign")
("with cache"): Check for "FileSize".

gnu: python2-urwid: Disable vterm tests.

* gnu/packages/python.scm (python2-urwid)['delete-test_vterm]: Add phase to
delete problematic test modules.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

packages: Remove support for PACKAGE-VERSION deprecated syntax.

This syntax had been deprecated since 2016-02-28.

* gnu/packages.scm (%find-package): Remove #:fallback? parameter and handling.
* tests/guix-build.sh: Remove test for "time-1.7" syntax.
* doc/guix.texi (Invoking guix lint): Update 'guix lint' output in example.

refresh: Report packages using the "@" syntax.

* guix/scripts/refresh.scm (list-dependents)[full-name]: New procedure.
Use 'full-name' instead of 'package-full-name'.
* doc/guix.texi (Invoking guix refresh): Adjust example accordingly.

gnu: vcftools: Update to 0.1.15.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (vcftools): Update to 0.1.15.

gnu: services: nginx: Fix key verification.

* gnu/services/web.scm (default-nginx-server-config): Fix wrong variable name.

gnu: services: Create logs directory.

* gnu/services/web.scm (nginx-activation): Create logs directory so nginx can
log its startup messages before it loads its configuration.

gnu: services: nginx: Test certificate presence.

* gnu/services/web.scm (default-nginx-server-config): Test certificate
presence when https is requested at configure time.

gnu: neomutt: Update to 20170428.

* gnu/packages/mail.scm (neomutt): Update to 20170428.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kei@openmailbox.org>

gnu: emacs-mu4e-alert: Update to 1.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-mu4e-alert): Update to 1.0.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kei@openmailbox.org>

gnu: Add gcc-vc4.

Fixes <https://bugs.gnu.org/26541>.

* gnu/packages/bootstrap.scm (glibc-dynamic-linker): Add vc4-elf.
* gnu/packages/embedded.scm (gcc-vc4): New variable.

gnu: guile-git: Update to revision 2.

* gnu/packages/guile.scm (guile-git): Update to revision 2.
[arguments]: remove "ccache -> site-ccache" substitution because it
has been ported upstream.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kei@openmailbox.org>

gnu: python-llfuse: Update to 1.2.

* gnu/packages/python.scm (python-llfuse, python2-llfuse): Update to 1.2.

gnu: fuse: Update to 2.9.7.

* gnu/packages/linux.scm (fuse): Update to 2.9.7.

gnu: radicale: Update to 1.1.2 [fixes CVE-2017-8342].

* gnu/packages/dav.scm (radicale): Update to 1.1.2.

Revert "gnu: Move netsurf to web-browsers.scm."

This change caused building Guix to fail with:

 393: 1 [eval #<memoized glib-or-gtk-build-system> (# "3.6" "netsurf" . #)]

This reverts commit a39ee1accb384fa4747a2a14d44616557419087f.

gnu: Move netsurf to web-browsers.scm.

* gnu/packages/web.scm: Move netsurf...
* gnu/packages/web-browsers.scm: ...here.

gnu: glibc/linux: Fix build of glibc-intermediate.

This is a follow-up to commit b2fd8f63679aa4f244c36fdca62f23c00b8eded9.

* gnu/packages/base.scm (glibc/linux)[arguments]: Take patch from either
native-inputs or just inputs; fix syntax error; report errors on patch
failure.

gnu: femtolisp: Remove aarch64-linux from supported-architectures.

* gnu/packages/lisp.scm (femtolisp)[supported-systems]: Remove
aarch64-linux from supported-systems.

gnu: Add netcdf-fortran.

* gnu/packages/maths.scm (netcdf-fortran): New variable.