gnu: zile: Update to 2.6.2.

* gnu/packages/zile.scm (zile): Update to 2.6.2.
[arguments]: Adjust file list in custom 'patch-/bin/sh phase.
[inputs]: Add gee and glib.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: emacs-chronometrist: Update to 0.9.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-chronometrist): Update to 0.9.0.
[source]: Update upstream URL.
[inputs]: Add emacs-spark.  Remove emacs-anaphora and emacs-literate-elisp.

gnu: python-pikepdf: Update to 2.14.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pikepdf): Update to 2.14.2.

gnu: pinentry-bemenu: Fix license.

* gnu/packages/gnupg.scm (pinentry-bemenu)[license]: Use GPL 3+.

gnu: Add pinentry-bemenu.

* gnu/packages/gnupg.scm (pinentry-bemenu): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: bemenu: Update to 0.6.2.

* gnu/packages/xdisorg.scm (bemenu): Update to 0.6.2.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: newsboat: Update to 2.24.

* gnu/packages/syndication.scm (newsboat): Update to 2.24.
[arguments]: Update rust to 1.48.
[cargo-inputs]: Replace rust-cxx-0.5 with 1, rust-gettext-rs-0.6 with
0.7.
[cargo-development-inputs]: Replace rust-cxx-build-0.5 with 1.

gnu: rust-once-cell-1: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-once-cell-1): Update to 1.8.0.

gnu: mcrl2: Update to 202106.0.

* gnu/packages/maths.scm (mcrl2): Update to 202106.0.

mailmap: Update entries for Matthew James Kraai.

* .mailmap: Change name for Matthew James Kraai.
* gnu/packages/lisp-xyz.scm, gnu/packages/python-xyz.scm,
gnu/packages/rust.scm: Likewise.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: darktable: Update to 3.6.0.

* gnu/packages/photo.scm (darktable): Update to 3.6.0.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-consult-notmuch.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-consult-notmuch): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-deadgrep: Add missing input.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-deadgrep)[inputs]: Add ripgrep.
[arguments]: Add configure phase to set deadgrep-executable to absolute path.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: %guile-3.0-static-stripped: Rename to %guile-static-stripped.

* gnu/packages/make-bootstrap.scm (%guile-3.0-static-stripped): Rename
to %guile-static-stripped.
(%guile-bootstrap-tarball): Adjust accordingly.
* gnu/system/linux-initrd.scm (expression->initrd): Use
%guile-static-stripped as default guile.
* doc/guix.texi (initial RAM disk)[expression->initrd]: Adjust
documentation accordingly.

gnu: make-bootstrap: Use guile-3.0 bootstrap tarball.

* gnu/packages/make-bootstrap.scm (%guile-bootstrap-tarball): Use
guile-3.0.
(%guile-static-stripped): Remove variable.

gnu: make-bootstrap: Build with gcc-7.

* gnu/packages/make-bootstrap.scm (gcc-for-bootstrap)[Inherit]: Inherit
from gcc-7.
[inputs]: Use package-inputs from gcc-7.
(package-with-relocatable-glibc)[native-inputs]: Have cross-gcc use
gcc-7.
(%gcc-static)[inherit]: Inherit from gcc-7.
[arguments]: Use package-arguments from gcc-7.
[inputs]: Replace isl-0.18 with isl. Use package-inputs from gcc-7.
[native-inputs]: Use package-native-inputs from gcc-7.
(%gcc-stripped)[inherit]: Inherit from gcc-7.

guix-install.sh: Prompt for configuring substitutes discovery.

Also ensure prompt_yes_no always print the message with a trailing space,
which is more pleasing to the eye.

* etc/guix-daemon.conf.in <--discover=no>: New guix-daemon option.
* etc/guix-daemon.service.in: Likewise.
* etc/init.d/guix-daemon.in: Likewise.
* etc/openrc/guix-daemon.in: Likewise.
* etc/guix-install.sh (configure_substitute_discovery): New procedure.
(sys_enable_guix_daemon): Ask the user whether automatic substitute discovery
should be enabled.  Set the '--discover' argument accordingly.
(prompt_yes_no): Add a trailing space to the message.
(sys_authorize_build_farms): Remove trailing space from the message argument.
* NEWS (Distribution): Add news.

gnu: python-pikepdf: Update to 2.14.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pikepdf): Update to 2.14.1.

gnu: giac: Update to 1.7.0-17.

* gnu/packages/algebra.scm (giac): Update to 1.7.0-17.

gnu: emacs-pyim: Update to 3.9.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-pyim): Update to 3.9.0.

gnu: VTK 8: Re-fix a build failure with recent versions of freetype.

* gnu/packages/patches/vtk-8-fix-freetypetools-build-failure.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/image-processing.scm (vtk-8): Dis-inherit from VTK. Use the
package definition that predated the update to VTK 9, taken from commit
f4dc8ac6dfa036d98aa0990ae22268a9650899d0.

gnu: kicad-doc: Remove unnecessary code.

* gnu/packages/engineering.scm (arguments): Skip #:tests? instead of
deleting the 'check phase.  Remove the 'set-perl-env phase.

gnu: kicad-doc: Fix build.

Fixes <https://issues.guix.gnu.org/49458>.

* gnu/packages/engineering.scm (native-inputs): Add perl-yaml-tiny.

guix-install.sh: No longer export GUIX_PROFILE.

If GUIX_PROFILE is exported here, any subsequent
"source /some/other/profile/etc/profile" will set variables pointing to
"$HOME/.guix-profile" instead of pointing to the sourced profile.

* etc/guix-install.sh (sys_create_init_profile): No longer export GUIX_PROFILE.

self: Build translated manuals with a single process.

Works around <https://issues.guix.gnu.org/47428>.

* guix/self.scm (translate-texi-manuals): Set parallel-job-count to 1.

services: Add bitmask-service-type.

* gnu/services/vpn.scm (bitmask-service-type): New variable.
* doc/guix.texi: Document it.

Co-authored-by: jgart <jgart@dismail.de>

gnu: Add bitmask.

* gnu/packages/vpn.scm (bitmask): New variable.

Co-authored-by: jgart <jgart@dismail.de>

gnu: Add go-0xacab-org-leap-shapeshifter.

* gnu/packages/golang.scm (go-0xacab-org-leap-shapeshifter): New variable.

gnu: Add go-github-com-operatorfoundation-shapeshifter-transports.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-operatorfoundation-shapeshifter-transports): New variable.

gnu: Add go-github-com-kataras-golog.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-kataras-golog): New variable.

gnu: Add go-github-com-kataras-pio.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-kataras-pio): New variable.

gnu: Add go-github-com-shadowsocks-go-shadowsocks2.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-shadowsocks-go-shadowsocks2): New variable.

gnu: Add go-github-com-riobard-go-bloom.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-riobard-go-bloom): New variable.

gnu: Add go-github-com-aead-chacha20.

* gnu/packages/golang.org (go-github-com-aead-chacha20): New variable.

gnu: Add go-github-com-mufti1-interconv.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-mufti1-interconv): New variable.

gnu: Add go-github-com-opentracing-opentracing-go.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-opentracing-opentracing-go): New variable.

gnu: Add go-github-com-operatorfoundation-monolith-go.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-operatorfoundation-monolith-go): New variable.

gnu: Add go-github-com-deckarep-golang-set.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-deckarep-golang-set): New variable.

gnu: Add go-github-com-blanu-dust.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-blanu-dust): New variable.

gnu: Add go-github-com-op-go-logging.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-op-go-logging): New variable.

gnu: Add go-github-com-operatorfoundation-shapeshifter-ipc.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-operatorfoundation-shapeshifter-ipc): New variable.

gnu: Add go-github-com-operatorfoundation-obfs4.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-operatorfoundation-obfs4): New variable.

gnu: Add go-github-com-willscott-goturn.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-willscott-goturn): New variable.

gnu: Add go-torproject-org-pluggable-transports-goptlib.

* gnu/packages/golang.scm (go-torproject-org-pluggable-transports-goptlib): New variable.

gnu: Add go-github-com-sevlyar-go-daemon.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-sevlyar-go-daemon): New variable.

gnu: Add go-github-com-keybase-go-ps.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-keybase-go-ps): New variable.

gnu: Add go-github-com-apparentlymart-go-openvpn-mgmt.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-apparentlymart-go-openvpn-mgmt): New variable.

gnu: Add go-github-com-emersion-go-autostart.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-emersion-go-autostart): New variable.

gnu: Add go-github-com-dchest-siphash.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-dchest-siphash): New variable.

Co-authored-by: jgart <jgart@dismail.de>

gnu: Add go-github-com-rakyll-statik.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-rakyll-statik): New variable.

Co-authored-by: jgart <jgart@dismail.de>

gnu: pies: Update to 1.6.

* gnu/packages/admin.scm (pies): Update to 1.6.

gnu: Add rewritefs.

* gnu/packages/file-systems.scm (rewritefs): New public variable.

Revert "gnu: libvirt: Support ZFS."

This reverts commit 61ccd756e5ff73b2f8dc3449df537f1c5adb5872.

Revert "syscalls: 'terminal-dimension' ignores EPERM."

This reverts commit 17a102332a253f0e3b1f511fa7bda2094264a77c.
See <https://github.com/koverstreet/bcachefs/pull/277>.

doc: Fix broken reference in guix.texi.

This is a follow-up to c2ff06e5e410e615397b9df901af8028a64b3d82, in which
a link to the cookbook was added using a different name than the actual
section.

* doc/guix.texi (Using the Configuration System): Fix broken link to cookbook.

doc: Add guide showing auto-login on a specific TTY to the cookbook.

This is a follow-up to the discussion in <https://bugs.gnu.org/48974>.

* doc/guix-cookbook.texi (System Configuration): Add a brief guide that
explains auto login a user to one TTY.

* doc/guix.texi (System Services): Add an texinfo anchor, so that the cookbook
entry "Auto Login a User to a Specific TTY" can refer back to the precise
point that the GNU Guix Reference manual.  Also add a reference to the
cookbook that shows how to auto login a specific user to one TTY.

Signed-off-by: Leo Prikler <leo.prikler@student.tugraz.at>

lint: Lint usages of 'wrap-program' without a "bash" input.

When using 'wrap-program', "bash" (or "bash-minimal") should be
in inputs.  Otherwise, when cross-compiling, 'wrap-program' will use
a native bash instead of the cross bash and the 'patch-shebangs' won't
be able to correct this.

Tobias Geerinckx-Rice is added to the copyright lines because
a part of the "straw-viewer" package definition is included.

This linter detects 365 problematic package definitions at time
of writing.

* guix/lint.scm
  (report-wrap-program-error): New procedure.
  (check-wrapper-inputs): New linter.
  (%local-checkers)[wrapper-inputs]: Add the new linter.
  ("explicit #:sh argument to 'wrap-program' is acceptable")
  ("'check-wrapper-inputs' detects 'wrap-program' without \"bash\" in inputs")
  ("'check-wrapper-inputs' detects 'wrap-qt-program' without \"bash\" in inputs")
  ("\"bash\" in 'inputs' satisfies 'check-wrapper-inputs'")
  ("\"bash-minimal\" in 'inputs' satisfies 'check-wrapper-inputs'")
  ("'cut' doesn't hide bad usages of 'wrap-program'")
  ("bogus phase specifications don't crash the linter"): New tests.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

lint: Define some procedures for analysing code in phases.

* guix/lint.scm
  (check-optional-tests): Extract logic for extracting the phases from a
  package to ...
  (find-phase-deltas): ... here, and ...
  (report-bogus-phase-deltas): ... here.
  (check-optional-tests)[check-check-procedure]: Extract code for extracting
  the procedure body to ...
  (find-procedure-body) ... here.
  (find-phase-procedure): New procedure.
  (report-bogus-phase-procedure): New procedure.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: julia: Adjust make-flags.

* gnu/packages/julia.scm (julia)[arguments]: Adjust architecture
specific make-flags for some architectures.

gnu: openblas: Fix building on powerpc64le-linux.

* gnu/packages/maths.scm (openblas)[arguments]: Add make-flags to enable
building for powerpc64le-linux.

gnu: openblas: Fix building on armhf-linux.

* gnu/packages/maths.scm (openblas)[arguments]: Add make-flag to set
target architecture.

gnu: ytfzf: Fix loading of thumbnails.

* gnu/packages/patches/ytfzf-programs.patch: Modify.

gnu: Mutt: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/mail.scm (mutt): Update to 2.1.0.

gnu: shotcut: Update to 21.06.29.

* gnu/packages/video.scm (shotcut): Update to 21.06.29.
[arguments]{#:phases}: Don't return #t.
[inputs]: Use MLT 7.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add MLT 7.

* gnu/packages/video.scm (mlt): New variable.
(mlt-6): Inherit from above.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: mlt: Rename to mlt-6.

* gnu/packages/video.scm (mlt): Rename to mlt-6.
[build-system]: Use cmake-build-system.
[arguments]: Remove #:make-flags. Adjust 'override-LDFLAGS phase.
{#:configure-flags}: Remove --enable-gpl3 and --enable-gpl. Set
"GTK2_GDKCONFIG_INCLUDE_DIR" and "GTK2_GLIBCONFIG_INCLUDE_DIR".
(shotcut): Use mlt-6.
* gnu/packages/animation.scm (synfig): Use mlt-6.
* gnu/packages/kde.scm (kdenlive): Use mlt-6.

This change is to add MLT 7 which will be done in the next commit.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: rtaudio: Fix include path.

* gnu/packages/audio.scm (rtaudio)[arguments]: Add phase 'fix-inc-path to move
the header to where pkg-config expects it.
* gnu/packages/music.scm (muse-sequencer)[arguments]{#:phases}: Remove
'fix-include. Don't return #t.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: ytfzf: Use patches inside source block, instead of inputs.

* gnu/packages/image-viewers.scm (ytfzf)[patches]: Add ytfzf-programs.patch
and ytfzf-updates.patch.
[phases](apply-patches): Remove phase.
[native-inputs]: Remove ytfzf-programs and ytfzf-updates.

gnu: Add ytfzf.

* gnu/packages/image-viewers.scm (ytfzf): New variable.

Co-authored-by: jgart <jgart@dismail.de>

gnu: Add python-ueberzug.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-ueberzug): New variable.

Co-authored-by: jgart <jgart@dismail.de>

doc: Change Debbugs usertags user to "guix".

* doc/contributing.texi (Debbugs Usertags): Change the user for usertags from
"guix-devel@gnu.org" to "guix".  This was discussed on the guix-devel email
list: <https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2021-06/msg00212.html>.

guix: docker: Ensure repository name length limits are met.

* guix/docker.scm (canonicalize-repository-name): Fix typo in doc.  Capture
repository name length limits and ensure they are met, by either truncating or
padding the normalized name.

Reported-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: ocaml-earley: Update to 3.0.0.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-earley): Update to 3.0.0.  Use latest
ocaml version.

gnu: Add ocaml-sqlite3.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-sqlite3): New variable.
(ocaml4.07-sqlite3): Inherit from ocaml-sqlite3.
* gnu/packages/bioinformatics.scm (pplacer): Also use package-with-ocaml4.07
with ocaml-sqlite3.

guix: opam: Allow for whitespace at the start of an opam file.

* guix/import/opam.scm (records): Accept whitespace at the beginning.

gnu: conda: Update to 4.10.3.

* gnu/packages/package-management.scm (conda): Update to 4.10.3.
[arguments]: Add phase fix-ruamel-yaml-dependency; disable three more tests;
remove sudo workaround in "init" phase.
[native-inputs]: Add python-pytest-timeout.

gnu: python-conda-package-handling: Update to 1.7.3.

* gnu/packages/package-management.scm (python-conda-package-handling): Update
to 1.7.3.
[arguments]: Run all tests in check phase.
[native-inputs]: Add python-pytest-mock.

gnu: python-anaconda-client: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/package-management.scm (python-anaconda-client): Update to
1.8.0.
[propagated-inputs]: Add python-nbformat.
[native-inputs]: Add python-freezegun.
(python2-anaconda-client): Remove variable.

gnu: rust-predicates-2: Fix build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-predicates-2)[arguments]
<#:cargo-development-inputs>: Add missing input.

gnu: Add cl-hunchenissr-routes.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-hunchenissr-routes, ecl-hunchenissr-routes,
  cl-hunchenissr-routes): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-hunchenissr.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-hunchenissr, ecl-hunchenissr,
  cl-hunchenissr): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-portal.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-portal, ecl-portal, cl-portal): New
  variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: vim: Install manpages

* gnu/packages/vim.scm (vim)[arguments]<#:phases>: Add fix-install.sh phase.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

import: go: Replace tildes with hyphens in package names.

Fixes <https://issues.guix.gnu.org/48111>.

* guix/import/go.scm (go-module->guix-package-name): Replace tildes with
hyphens.

Signed-off-by: Leo Prikler <leo.prikler@student.tugraz.at>

gnu: rust-quick-xml-0.22: Fix build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-quick-xml-0.22)[arguments]
<#:cargo-development-inputs>: Add missing inputs.

gnu: Add rust-serde-value-0.7.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-serde-value-0.7): New variable.
(rust-serde-value-0.6): Inherit from above.

gnu: emacs-transient: Update to 0.3.6.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-transient): Update to 0.3.6.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: monolith: Update to 2.6.1.

* gnu/packages/web.scm (monolith): Update to 2.6.1.

gnu: rust-reqwest-0.11: Update to 0.11.4.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-reqwest-0.11): Update to 0.11.4.

gnu: rust-assert-cmd-1: Update to 1.0.7.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-assert-cmd-1): Update to 1.0.7.

gnu: Add rust-predicates-2.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-predicates-2): New variable.
(rust-predicates-1): Inherit from above.

gnu: Add rust-difflib-0.4.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-difflib-0.4): New variable.

gnu: python2-pgpdump: Remove package.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python2-pgpdump): Remove variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: python2-pyfakefs: Remove package.

* gnu/packages/check.scm (python2-pyfakefs): Remove variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: python2-pyzmq: Remove package.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-pyzmq): Remove variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: python2-testpath: Remove package.

* gnu/packages/check.scm (python2-testpath): Remove variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: python2-toolz: Remove package.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-toolz): Remove variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: python2-terminado: Remove package.

* gnu/packages/python-web.scm (python2-terminado): Remove variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: python2-nbformat: Remove package.

Follow the remove of 'python2-jupyter-core' by commit
a0a8fdeaf2db2695dd7944ee7d2e5eeade9e600b.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-nbformat): Remove variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: python2-ipython: Remove package.

Commit a0a8fdeaf2db2695dd7944ee7d2e5eeade9e600b removed the variable
'python2-jupyer-core' which breaks the dependency 'python2-nbformat'.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-ipython): Remove variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>