Update NEWS.

services: shepherd: Increase the PID file timeout to 30s.

When running the installation image off a DVD, early I/O operations are
extremely slow, to the point that something like dbus-daemon would need
~20s to start.  This change works around the issue.

Fixes <https://bugs.gnu.org/40572>.
Reported by Florian Pelz <pelzflorian@pelzflorian.de>.

* gnu/services/shepherd.scm (shepherd-configuration-file): Set
%pid-file-timeout to 30.

doc: Improve anchor collection.

This allows us to catch "operating_002dsystem-1", for instance.

* doc/build.scm (syntax-highlighted-html)[build](anchor-id->key): Drop
"-1" & co. from ID.

doc: Avoid invalid 'match' pattern in 'syntax-highlighted-html'.

This is a followup to da9deba13d551e316f5a99a614834efa27ddc7d1.

Last-minute modification of the 'match' pattern would lead to an error:

  "multiple ellipsis patterns not allowed at same level"

* doc/build.scm (syntax-highlighted-html)[build](collect-anchors):
Add 'worthy-entry?' procedure and use it instead of the unsupported
pattern for ('dt ...).

doc: Emit hyperlinks in HTML output for @lisp snippets.

This makes it easier to jump to the definition of a procedure or
variable when looking at a code snippet.  There can be false-positive
because scoping rules are ignored, for example, but it should be a good
approximation.

* doc/build.scm (syntax-highlighted-html)[build](highlights->sxml*): Add
'anchors' parameter.  Add clause for ('symbol text).
(syntax-highlight): Add 'anchors' parameter.  Wrap body in named let and
use it in recursive calls.  Pass ANCHORS to 'highlights->sxml*'.
(underscore-decode, anchor-id->key, collect-anchors, html?): New procedures.
(process-file): Add 'anchors' parameter. and honor it.
Rewrite mono-node and multi-node HTML files separately.

weather: Delete duplicate entries coming from '--manifest'.

* guix/scripts/weather.scm (load-manifest): Call 'delete-duplicates'.

maint: Ensure substitutes are available for '%default-xorg-modules'.

* etc/release-manifest.scm (%system-packages): Append
%DEFAULT-XORG-MODULES.

maint: Actually check for the availablility of system packages.

* etc/release-manifest.scm (%system-manifest): New variable.
<top level>: Add it in 'concatenate-manifests' call.

installer: Only load uvesafb kernel module when needed.

This is a follow-up to commit 557e6820a77b24f8f3f03f28ee473137b1caeb64.

* gnu/system/install.scm (uvesafb-shepherd-service): Check
that /dev/fb0 is not already present.

nls: Update.

installer: Open manual in the selected language on tty2.

Fixes <https://bugs.gnu.org/40624>.
Reported by Florian Pelz <pelzflorian@pelzflorian.de>.

Regression introduced in b5c2d93d7a223155898dd0ed6932f6acf78ac454.

* gnu/installer.scm (apply-locale): Remove 'lambda' around
'stop-service' and 'start-service' calls.

services: kernel-module-loader: Clean up.

Suggested by Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>.
See <https://lists.gnu.org/archive/html/bug-guix/2020-04/msg00237.html>.

* gnu/services/linux.scm (kernel-module-loader-shepherd-service):
Remove unneeded 'respawn?' field.

Update NEWS.

gnu: guix: Update to 9d0d27f.

gnu: guix: Update to 1.1.0rc2.

nls: Update.

build: Cap build parallelism on i686.

Works around <https://bugs.gnu.org/40522>.

* build-aux/compile-all.scm (parallel-job-count*): New procedure.
<top level>: Use it instead of 'parallel-job-count'.

gnu: gdm: Don't offer GNOME when it's not in the system profile.

Fixes <https://bugs.gnu.org/37831>.
Reported by Pierre Neidhardt <mail@ambrevar.xyz>.

* gnu/packages/patches/gdm-default-session.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/gnome.scm (gdm)[source]: Use it.

installer: Load uvesafb kernel module.

Fixes <https://bugs.gnu.org/40538>.

Machines without Kernel Mode Setting (those with many old and current AMD
GPUs, SiS GPUs, …) need uvesafb to show the GUI installer.  Some may also need
a kernel parameter like nomodeset or vga=793, but we leave that for the user
to specify in GRUB.

* gnu/system/install.scm (uvesafb-shepherd-service): New procedure.
(uvesafb-service-type): New variable.
(%installation-services): Add it.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: Run guided installation tests from an ISO image.

* gnu/tests/install.scm (guided-installation-test): Pass
 #:installation-disk-image-file-system-type to 'run-install'.

installer: tests: Don't install to a CD/DVD.

* gnu/installer/tests.scm (choose-partitioning): Use 'find' to select
the disk.

vm: 'system-disk-image' honors #:substitutable? for ISO9660 images.

This is a followup to a328f66a9e16d7bae765d8bc088e4a97037e6e2b.

* gnu/system/vm.scm (iso9660-image): Add #:substitutable? and pass it to
'expression->derivation-in-linux-vm'.
(system-disk-image): Pass #:substitutable? to 'iso9660-image'.

gnu: sdl-pango: Shorten file name of patch.

* gnu/packages/patches/sdl-pango-fix-explicit-SDLPango_CopyFTBitmapTo.patch:
Rename to...
* gnu/packages/patches/sdl-pango-header-guard.patch: ... this.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/sdl.scm (sdl-pango):
Likewise.

gnu: akonadi: Shorten file name of patch.

This ensures we stay below the POSIX tar file name length limit.

* gnu/packages/patches/akonadi-Revert-Make-installation-properly-relo.patch:
Rename to...
* gnu/packages/patches/akonadi-not-relocatable.patch: ... this.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/kde-pim.scm (akonadi): Likewise.

gnu: binutils: Shorten file names of MinGW patches.

This ensures we stay below the POSIX tar file name length limit.

* gnu/packages/patches/binutils-mingw-w64-reproducible-import-libraries.patch:
Rename to...
* gnu/packages/patches/binutils-mingw-w64-deterministic.patch: ... this.
* gnu/packages/patches/binutils-mingw-w64-specify-timestamp.patch:
Rename to...
* gnu/packages/patches/binutils-mingw-w64-timestamp.patch: ... this.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/cross-base.scm (cross-binutils): Likewise.

gnu: installer: Fix issue with "Esperanto" locale.

According to glibc manual, locale are under the following form:
          language[_territory[.codeset]][@modifier]

The esperanto locale "epo" does not have a territory. Modify run-command to
take this into account.

Reported by Alex Sassmannshausen here:
https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2020-04/msg00192.html.

* gnu/installer/utils.scm (run-command): Handle locale without territory such
as "epo".

gnu: xfce: Fix typo.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce)[inputs]: Re-spell ‘tumlber’.

services: gnome: Fix ‘gnome’ field name.

To match its own documentation & other similar services.

* gnu/services/desktop.scm (gnome-desktop-configuration)[gnome-package]:
Rename to…
[gnome]: …this.

vm: Transparently compress iso9660 images.

* gnu/build/vm.scm (make-iso9660-image): Use the ‘--zisofs’ xorriso
filter at the highest compression settings for supported directories.

maint: 'release' targets runs ./bootstrap for new version string.

Reported by Vagrant Cascadian <vagrant@debian.org>.

* Makefile.am (dist-with-updated-version): New target.
(release): Depend on 'dist-with-updated-version'.

Add missing services/linux.scm to gnu/local.mk.

* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add linux.scm.

Update NEWS.

gnu: qemu: Skip tests on i686-linux.

* gnu/packages/virtualization.scm (qemu)[arguments]: Add #:tests?.

maint: 'release' builds with '--fallback'.

* Makefile.am (guix-binary.%.tar.xz): Pass '--fallback' to 'guix pack'.
(release): Pass '--fallback' to 'guix build' and 'guix system'.

maint: 'release' target no longer uses -K, to allow for offloading.

This is a followup to 2ce08a5d79f6eb1d2d3839aca859559b9829ae36.

* Makefile.am (release): Remove -K flag.

maint: Binary tarball uses "guile3.0-guix", not "guix".

* Makefile.am (GUIX_FOR_BINARY_TARBALL): New variable.
(guix-binary.%.tar.xz): Use $(GUIX_FOR_BINARY_TARBALL) instead of
"guix".
(release): Likewise.

installer: Include empty variant in keyboard layout selection.

Previously for Azerbaijani, no Latin layout but only the Cyrillic variant
could be selected.

* gnu/installer/newt/keymap.scm (add-empty-variant): New procedure.
(run-keymap-page): Use it to insert an empty variant.

installer: Allow Alt+Shift toggle from non-Latin keyboard layouts.

Fixes <https://bugs.gnu.org/40493>.

* gnu/installer/newt/keymap.scm (%non-latin-layouts): New variable.
(%non-latin-variants): New variable.
(%latin-layout+variants): New variable.
(toggleable-latin-layout): New procedure to compute combined layouts.
(run-keymap-page): Use it.
(keyboard-layout->configuration): Apply it in config.scm.
(run-layout-page): Mention Alt+Shift.
* gnu/installer/keymap.scm (kmscon-update-keymap): Pass on XKB options.
* gnu/installer/record.scm (<installer>): Adjust code comments.
* gnu/installer.scm (apply-keymap): Pass on XKB options.
(installer-steps): Adjust code comments.
* gnu/packages/patches/kmscon-runtime-keymap-switch.patch: Apply XKB options.

services/web: Fix ordering of default-nginx-config.

Fixes an error message '"load_module" directive is specified too late'.

* gnu/services/web.scm (default-nginx-config): Emit load_module before
global directives.

gnu: cataclysm-dda: Update to 0.E.

* gnu/packages/games.scm (cataclysm-dda): Update to 0.E.

gnu: linux-libre: Update to 5.4.31.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.31.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@5.6: Update to 5.6.3.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.6-version): Update to 5.6.3.
(linux-libre-5.6-pristine-source): Update hash.

news: Add ‘de’ translation.

* etc/news.scm: Add a ‘de’ translation.

download: Use correct system and guile in 'url-fetch/tarbomb' and 'url-fetch/zipbomb'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/40115>.

Previously the result of `guix build -s $system $package' would depend on the
system Guix was built for if $package or one of its dependencies used
'url-fetch/tarbomb' or 'url-fetch/zipbomb' as the origin method of its
source (e.g. `guix build -s i686-linux ffmpeg' on i686-linux would build a
different derivation than on x86_64-linux).

This patch fixes this by explicitly passing the correct system and guile to
'gexp->derivation'.

* guix/download.scm (url-fetch/tarbomb): Pass #:system system and
  #:guile-for-build guile to 'gexp->derivation', where guile is the derivation
  of guile for system.
  (url-fetch/zipbomb): Likewise.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: openntpd: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/ntp.scm (openntpd)[source]: Hard-code NAME.

gnu: et: Update home page.

* gnu/packages/ssh.scm (et)[home-page]: Update.

gnu: mosh: Tweak description.

* gnu/packages/ssh.scm (mosh)[description]: Use full sentences and note
that only the client may roam.

gnu: Add chrony.

* gnu/packages/ntp.scm (chrony): New public variable.

doc: Mention HTTP/HTTPS proxy in the system installation instructions.

* doc/guix.texi (Keyboard Layout and Networking and Partitioning):
Mention 'herd set-http-proxy guix-daemon'.

tests: Mark VM images as non-substitutable.

* gnu/tests/install.scm (run-install): Pass #:substitutable? to
'system-disk-image' and to 'gexp->derivation'.

vm: Allow images to be marked as non-substitutable.

* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm): Add
 #:substitutable? parameter.  Pass it to 'gexp->derivation'.
(qemu-image): Add #:substitutable? and pass it to
'expression->derivation-in-linux-vm'.
(system-disk-image): Add #:substitutable? and pass it to 'qemu-image'.

gnu: genimage: Update to 11.

* gnu/packages/genimage.scm (genimage): Update to 11,
[arguments]: add a new test dump file to the patched ones
because of missing /etc/passwd in build environment.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

installer: Add proxy support.

* gnu/installer/proxy.scm: New file.
* gnu/local.mk (INSTALLER_MODULES): Add it.
* po/guix/POTFILES.in: Add it.
* gnu/installer/newt/parameters.scm (run-proxy-page): New procedure,
(run-parameters-page): add the previous procedure to the parameters menu.

installer: Turn help menu into parameters menu.

* gnu/local.mk (INSTALLER_MODULES): Rename help.scm into parameters.scm.
* po/guix/POTFILES.in: Ditto.
* gnu/installer/record.scm (<installer>): Rename help-menu into parameter-menu
and help-page into parameters-page.
* gnu/installer/newt/parameters.scm: Renamed from help.scm. Update information
messages.
* gnu/installer/newt.scm: Update accordingly.
* gnu/installer/newt/keymap.scm: Ditto.

gnu: higan: Update description.

* gnu/packages/emulators.scm (higan)[synopsis, description]: Update
description.

gnu: higan: Update to 110.

* gnu/packages/emulators.scm (higan): Update to 110.
[source]: Switch to new repository.
[inputs]: Add libxrandr, replace sdl with sdl2.
[home-page]: Use new URL.
[license]: Switch license.
* gnu/packages/patches/higan-remove-march-native-flag.patch: Delete file.
* gnu/local.mk: Reflect patch removal.

gnu: Syncthing: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/syncthing.scm (syncthing): Update to 1.4.1.

gnu: Add go-github-com-calmh-murmur3.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-calmh-murmur3): New variable.
(go-github-com-willf-bloom)[propagated-inputs]: Replace
go-github-com-spaolacci-murmur3 with it.
[arguments]: Patch the murmur3 import path in a new 'patch-import-path' phase.

gnu: Go: Update to 1.13.9.

* gnu/packages/golang.scm (go-1.13): Update to 1.13.9.

maint: Cross-build GUILE-2.2/FIXED.

* etc/release-manifest.scm (%packages-to-cross-build): Replace
"guile@2.2" with GUILE-2.2/FIXED.

records: Have ABI check work well for cross-compilation.

Reported by Jan (janneke) Nieuwenhuizen <janneke@gnu.org>.

* guix/records.scm (define-record-type*): Use
'target-most-positive-fixnum' on Guile 3 instead of 'most-positive-fixnum'.

compile: Run the load phase within 'with-target'.

* guix/build/compile.scm (compile-files)[build]: Remove 'with-target'.
Wrap body in 'with-target'.

reconfigure: Correctly re-throw SRFI-34 exceptions on Guile 3.

Previously, we'd just print an ugly backtrace when running on Guile 3
because the '%exception throw would not be caught anywhere.

Reported by Arne Babenhauserheide <arne_bab@web.de>
in <https://bugs.gnu.org/40496>.

* guix/scripts/system/reconfigure.scm (install-bootloader-program): In
'catch' handler, match '%exception and use 'raise-exception' instead of
'throw' to rethrow in that case.

Revert "Allow double-click select of URL in status"

As discussed on #guix, this should wait until 1.1.0 is branched off to avoid
having to update translations.

This reverts commit 9f1b787120b1b81abffaf0fa13fdbdf4cca39f2d.

Allow double-click select of URL in status

Various places while downloading or compiling guix prints
the source URL. This change makes the URL easier to use by
placing a space between the URL and the trailing dots.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: gnurl: Update to 7.69.1.

* gnu/packages/gnunet.scm (gnurl): Update to 7.69.1.
[source](uri): Switch to ".tar.gz" archive.

gnu: Add tap-lv2.

* gnu/packages/music.scm (tap-lv2): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: icecat: Update to 68.7.0-guix0-preview1 [security fixes].

Includes fixes for CVE-2020-6821, CVE-2020-6822, CVE-2020-6825,
CVE-2020-6827, and CVE-2020-6828.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (%icecat-version, %icecat-build-id): Update.
(icecat-source): Update gnuzilla commit, base version, and hashes.
* gnu/packages/patches/icecat-makeicecat.patch: Adapt to new version.

gnu: emacs-beancount: Do not inherit inputs from beancount.

* gnu/packages/finance.scm (emacs-beancount)[inputs, native-inputs]: New fields.

gnu: beancount: pytest is a native input.

* gnu/packages/finance.scm (beancount)[inputs]: Move PYTHON-PYTEST ...
[native-inputs]: ... here.

gnu: beancount: Do not propagate inputs.

* gnu/packages/finance.scm (beancount)[propagated-inputs]: Move everything
from here ...
[inputs]: ... to here.

gnu: emacs-beancount: Move to (gnu packages finance).

This is a fixup for commit abcac7a52932bdf66c333659679b0a5e6169e34c, as
inheritance across modules is not safe.  Fixes <https://bugs.gnu.org/40488>.
Reported by Christopher Baines <mail@cbaines.net>.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-beancount): Move from here ...
* gnu/packages/finance.scm: ... to here.

gnu: Add python-ipython-cluster-helper.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-ipython-cluster-helper): New variable.

gnu: Add python-ipyparallel.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-ipyparallel): New variable.

lint: 'm4' is a native input.

* guix/lint.scm (check-inputs-should-be-native): Add "m4".

gnu: python-coveralls: Update to 1.11.1.

* gnu/packages/python-check.scm (python-coveralls): Update to 1.11.1.
[source]: Change to GIT-FETCH.
[arguments]: New field.
[propagated-inputs]: Remove PYTHON-SH and PYTHON-URLLIB3.

gnu: julia: Upgrade to 1.3.1.

* gnu/packages/julia.scm (libuv-julia): Upgrade to 2.0.0-1.35b1504.
(libunwind-julia): New variable.
(llvm-patch): Rename to ...
(julia-patch): ... this. Update to 1.3.1.
(llvm-julia): Adjust patch-set based on above change. Adjust indent.
(julia): Update to 1.3.1.
[source]: Add patch.
[arguments]: Adjust custom 'prepare-deps (llvm-patch): Rename to ...
(julia-patch): ... this. Update to 1.3.1.
(llvm-julia): Adjust patch-set based on above change.
(julia): Upgrade to 1.3.1.
[arguments]: Adjust custom 'prepare-deps phase based on changed inputs.
Remove most of 'hardcode-soname-map. Adjust 'fix-include-and-link-paths.
Add new 'fix-precompile phase. Adjust custom 'disable-broken-tests
phase. Add new 'make-wrapper phase. Adjust make-flags.
[inputs]: Add p7zip, mbedtls-apache, curl libssh2.
Remove openspecfun, fftw, fftwf, python2-virtualenv, rmath.
Replace libunwind with libunwind-julia, custom suitesparse with system
suitesparse, custom dsfmt with system dsfmt.
[native-search-paths]: Add JULIA_DEPOT_PATH.
* gnu/packages/patches/julia-SOURCE_DATE_EPOCH-mtime.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: julia.scm: Fix indentaion.

* gnu/packages/julia.scm: Re-indent file.

gnu: libgit2: Upgrade to 1.0.0.

* gnu/packages/version-control.scm (libgit2): Upgrade to 1.0.0.
[source]: Download using url-fetch.
[arguments]: Remove 'fix-pcre2-reference, 'make-git-checkout-writable
custom phases.
[home-page]: Update home-page.

gnu: sssd: Upgrade to 1.16.5.

* gnu/packages/sssd.scm (sssd): Upgrade to 1.16.5.
[source]: Use https.

gnu: libgit2: Use system http-parser.

* gnu/packages/version-control.scm (libgit2)[source]: Update snippet.
[arguments]: Add configure-flag to use system http-parser.
[inputs]: Add http-parser.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: http-parser: Add support for RFC 3986.

Fixes parsing of colon followed by empty port, allowed by RFC 3986
specifications.  Fedora is applying it to system http-parser too.

* gnu/packages/web.scm (http-parser)[source]: Add patch from Fedora.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add dsfmt.

* gnu/packages/maths.scm (dsfmt): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: mumi: Update to 0.0.0-15.c85015d.

* gnu/packages/mail.scm (mumi): Update to 0.0.0-15.c85015d.

gnu: Add perl-authen-dechpwd.

* gnu/packages/perl.scm (perl-authen-dechpwd): New variable.

gnu: Add perl-data-integer.

* gnu/packages/perl.scm (perl-data-integer): New variable.

gnu: Add perl-digest-crc.

* gnu/packages/perl.scm (perl-digest-crc): New variable.

gnu: Add perl-scalar-string.

* gnu/packages/perl.scm (perl-scalar-string): New variable.

gnu: mumi: Update to 0.0.0-14.ab53797.

* gnu/packages/mail.scm (mumi): Update to 0.0.0-14.ab53797.

gnu: libxfce4util: Update to 4.15.0.

* gnu/packages/xfce.scm (libxfce4util): Update to 4.15.0.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: gp2c: Update to 0.0.11pl3.

* gnu/packages/algebra.scm (gp2c): Update to 0.0.11pl3.

gnu: pari-gp: Update to 2.11.3.

* gnu/packages/algebra.scm (pari-gp): Update to 2.11.3.

gnu: mame: Update to 0.220.

* gnu/packages/emulators.scm (mame): Update to 0.220.

services: guix: Add 'set-http-proxy' action.

Fixes <https://bugs.gnu.org/25569>.
Reported by Divan Santana <divan@santanas.co.za>.

* gnu/services/base.scm (shepherd-set-http-proxy-action): New procedure.
(guix-shepherd-service): Add 'actions' field.  Change 'start' to a
lambda; check the value of the "http_proxy" environment variable and
add "http_proxy" and "https_proxy" to #:environment-variables as a
function of that.
* gnu/tests/base.scm (run-basic-test)["guix-daemon set-http-proxy
action", "guix-daemon set-http-proxy action, clear"]: New tests.
* doc/guix.texi (Base Services): Document it.

maint: Remove GCC from the packages to cross-build.

* etc/release-manifest.scm (%packages-to-cross-build): Remove GCC.

installer: Reduce height of the help window.

* gnu/installer/newt/help.scm (run-help-page): Pass #:listbox-height.

ci: Remove "mips64el-linux-gnuabi64" from '%cross-targets'.

The N64 ABI has always been a niche, it seems.

* gnu/ci.scm (%cross-targets): Remove "mips64el-linux-gnuabi64".

gnu: thinkfan: Update to 1.1.

* gnu/packages/linux.scm (thinkfan): Update to 1.1.

gnu: emacs-org-superstar: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-superstar): Update to 1.1.0.

gnu: Add emacs-ctrlf.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ctrlf): New variable.