Merge branch 'master' into core-updates

gnu: at-spi2-core: Move html documentation to 'doc' output.

* gnu/packages/gtk.scm (at-spi2-core)[outputs]: New field.
  [arguments]: Add #:configure-flags.

gnu: at-spi2-atk: Propagate input at-spi2-core.

* gnu/packages/gtk.scm (at-spi2-atk): Move at-spi2-core to 'propagated-inputs'.
  Move dbus to 'native-inputs'.

gnu: at-spi2-atk: Enable tests.

* gnu/packages/gtk.scm (at-spi2-atk)[arguments]: Remove #:tests? #f.
  Add #:phases.

gnu: atk: Propagate input glib.

* gnu/packages/gtk.scm (atk): Move glib to 'propagated-inputs'.

gnu: at-spi2-atk: Update to 2.16.0.

* gnu/packages/gtk.scm (at-spi2-atk): Update to 2.16.0.

gnu: atk: Move html documentation to 'doc' output.

* gnu/packages/gtk.scm (atk)[outputs]: New field.
  [arguments]: New field.

gnu: atk: Update to 2.16.0.

* gnu/packages/gtk.scm (atk): Update to 2.16.0.

gnu: at-spi2-core: Enable GObject introspection.

* gnu/packages/gtk.scm (at-spi2-core)[arguments]: Add #:make-flags.
  [native-inputs]: Add gobject-introspection.

gnu: at-spi2-core: Propagate inputs dbus and glib.

* gnu/packages/gtk.scm (at-spi2-core): Move dbus and glib to
  'propagated-inputs'.

gnu: at-spi2-core: Enable tests.

* gnu/packages/gtk.scm (at-spi2-core)[arguments]: Remove #:tests? #f.
  Add #:phases.

gnu: at-spi2-core: Update to 2.16.0.

* gnu/packages/gtk.scm (at-spi2-core): Update to 2.16.0.

gnu: gtk+-2: Move html documentation to 'doc' output.

* gnu/packages/gtk.scm (gtk+-2)[outputs]: New field.
  [arguments]<#:configure-flags>: Add '--with-html-dir'.

gnu: gtk+-2: Add more inputs.

* gnu/packages/gtk.scm (gtk+-2)[inputs]: Add cups, libxcomposite,
  libxcursor, libxdamage, libxi, libxinerama and libxrandr.
  [native-inputs]: Add gettext.
  [arguments]: Add #:configure-flags.

gnu: gtk+-2: Update to 2.24.27.

* gnu/packages/gtk.scm (gtk+-2): Update to 2.24.27.

gnu: julia: Pass MARCH make flag.

* gnu/packages/julia.scm (julia)[arguments]: Pass "MARCH" flag for supported
  architectures.

gnu: julia: Mark as unsupported on ARM and MIPS.

* gnu/packages/julia.scm (julia): Add 'supported-systems' field.

gnu: wavpack: Fix wavpack.pc by passing '--libdir' to `configure'.

* gnu/packages/audio.scm (wavpack)[arguments]: New field.

doc: Refer to "Substitutes" from "Setting Up the Daemon".

Suggested by Mark H Weaver.

* doc/guix.texi (Setting Up the Daemon): Add xref to "Substitutes".

doc: Mention the relation between module names and file names.

* doc/guix.texi (Package Modules): Mention the relation between module
  names and file names.

doc: Mention that the current generation is not deleted.

* doc/guix.texi (Invoking guix package): Mention that the current
  generation is not deleted.  This is a followup to d26eb84.

gnu: Emit a warning when a package module cannot be loaded.

* guix/ui.scm (warn-about-load-error): New procedure.
* gnu/packages.scm (package-modules): Wrap 'resolve-interface' call in
  'catch #t', and call 'warn-about-load-error' in handler.

ui: Add 'report-load-error'.

* guix/scripts/system.scm (read-operating-system): Replace error
  handling code by a call to 'report-load-error'.
* guix/ui.scm (report-load-error): New procedure.

gnu: Change ld-wrapper extension from .scm to .in.

* gnu/packages/ld-wrapper.scm: Rename to...
* gnu/packages/ld-wrapper.in: ... this.
* gnu/packages/base.scm (make-ld-wrapper): Adjust "wrapper" input
  accordingly.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Remove ld-wrapper.scm.
  (MISC_DISTRO_FILES): New variable.

gnu: gcc: Disable RUNPATH validation for native builds.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-4.7)[arguments]: Pass
  #:validate-runpath? #f.
* gnu/packages/commencement.scm (gcc-boot0)[arguments]: Override
  #:validate-runpath? with 'substitute-keyword-arguments'.
  (gcc-final)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/cross-base.scm (cross-gcc-arguments): Likewise.

gnu: ld-wrapper: Add 'GUIX_LD_WRAPPER_DISABLE_RPATH' environment variable.

* gnu/packages/ld-wrapper.scm (%disable-rpath?): New variable.
  (rpath-arguments): Honor it.

gnu: ld-wrapper: Add '-rpath' flag only for libraries that are in the store.

This avoids adding bogus entries to the RUNPATH of installed binaries,
pointing to the build directory or similar.

* gnu/packages/ld-wrapper.scm (store-file-name?): New procedure.
  (rpath-arguments): Add "-rpath" flag on when FILE matches
  'store-file-name?', not when it matches 'pure-file-name?'.

gnu: ld-wrapper: Extract symlink dereferencing.

* gnu/packages/ld-wrapper.scm (readlink*, dereference-symlinks): New
  procedures.
  (pure-file-name?): Use it instead of local loop.

gnu: kbd: Update to 2.0.2.

* gnu/packages/linux.scm (kbd): Update to 2.0.2.

gnu: Add python-drmaa.

* gnu/packages/python.scm (python-drmaa, python2-drmaa): New variables.

gnu: Add Solfege.

* gnu/packages/music.scm (solfege): New variable.

gnu: Add Csound.

* gnu/packages/audio.scm (csound): New variable.

gnu: Add libiec61883.

* gnu/packages/linux.scm (libiec61883): New variable.

gnu: apl: Update to 1.5.

* gnu/packages/apl.scm (apl): Update to 1.5.

gnu: parallel: Update to 20150322.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20150322.

gnu: Add libsoup.

* gnu/packages/gnome.scm (libsoup): New variable.

gnu: dbus: Update to 1.8.16.

* gnu/packages/glib.scm (dbus): Update to 1.8.16.

gnu: gnutls: Update to 3.3.14.

* gnu/packages/gnutls.scm (gnutls): Update to 3.3.14.

gnu: gtk+: Update to 3.16.0.

* gnu/packages/gtk.scm (gtk+): Update to 3.16.0.  Add libepoxy to
  propagated-inputs.  Add gettext to native-inputs.  Add a 'pre-configure'
  phase instead of modifying the existing 'configure' phase.  Fix references
  to 'gtk-update-icon-cache' in Makefile.in files.

Co-Authored-By: Mark H Weaver <mhw@netris.org>

gnu: Add libepoxy.

* gnu/packages/gl.scm (libepoxy): New variable.

Modified-By: Mark H Weaver <mhw@netris.org>

gnu: Paper over a build circularity problem.

A forthcoming gtk+ update that will import (gnu packages gl) from
(gnu packages gtk) triggers an issue related to circular dependencies
between modules.  This patch works around the issue.

* gnu/packages/sdl.scm: Remove the #:prefix from the (gnu packages fontutils)
  import, and instead #:hide 'freetype' from the (guix licenses) import.

Modified-By: Mark H Weaver <mhw@netris.org>

utils: 'find-files' does not follow symlinks by default.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20081>.
Reported by Tomáš Čech <sleep_walker@suse.cz>.

* guix/build/utils.scm (find-files): Add #:stat parameter.  Pass it as
  last argument to 'file-system-fold'.

nls: Add Danish translation.

* po/guix/da.po: New file.
* po/guix/LINGUAS: Add 'da'.

tests: Move 'guix package' tests that require networking to a separate file.

* tests/guix-package.sh (shebang_not_too_long): Remove.
  Move everything below "if [networking + shebang_not_too_long]" to...
* tests/guix-package-net.sh: ... here.  New file.
* Makefile.am (SH_TESTS): Add it.

guix package: Avoid 'exit' calls in 'delete-matching-generations'.

* guix/scripts/package.scm (delete-matching-generations): Remove call to
  'exit' when PATTERN is "0".  Call 'leave' instead of 'exit'
  when (null-list? number).

guix package: Never remove the current generation and warn about it.

Fixes <http://bugs.gnu.org/19978>.
Reported by taylanbayirli@gmail.com (Taylan Ulrich Bayırlı/Kammer).

* guix/scripts/package.scm (delete-matching-generations): Warn when
  CURRENT is in NUMBERS, and always remove it before calling
  'delete-generations'.
* tests/guix-package.sh: Add --switch-generation=2 invocation before
  --delete-generations=3 invocation.
  Add --delete-generations=1.. test case.

tests: Deal with 'mount-points' not returning "/".

Fixes <http://bugs.gnu.org/20261>.
Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* tests/syscalls.scm ("mount-points"): Check for a few other likely
  mount points in addition to "/".

gnu: lsof: Add mirrors.

Reported by Tomáš Čech.

* gnu/packages/lsof.scm (lsof)[source]: Add two mirrors.

guix package: Move generation deletion to its own procedure.

* guix/scripts/package.scm (delete-matching-generations): New procedure,
  with code formerly found...
  (guix-package)[process-actions]: ... here.  Use it.
  Remove 'current-generation-number'.

gnu: Perl GD: Add real patch.

Replaces the stub patch added in 43754738e030a4083b0881b2264b905bc563e78b.

* gnu/packages/patches/perl-gd-options-passthrough-and-fontconfig.patch:
  Update patch.

43754738e030a4083b0881b2264b905bc563e78b

gnu: linux-libre-headers: Update to 3.14.37.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-headers): Update to 3.14.37.

gnu: icecat: Fix source URI.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source]: Fix source URI computation.

build-system/gnu: Add docstring to 'delete-info-dir-file'.

* guix/build/gnu-build-system.scm (delete-info-dir-file): Add docstring.

build-system/gnu: Add 'delete-info-dir-file' phase.

* guix/build/gnu-build-system.scm (delete-info-dir-file): New procedure.
  (%standard-phases): Use it.

gnu: icecat: Update to 31.6.0-gnu1.

* gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0801.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0807.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0815-pt1.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0815-pt2.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0815-pt3.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0816.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0817.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0818-pt1.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0818-pt2.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-bug-1127780.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-bug-1145870.patch: Remove files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove them.
* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat): Update to 31.6.0-gnu1.  Remove patches.

gnu: nss: Update to 3.18.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (nss): Update to 3.18.  Compute source URI
  automatically based on version.

Remove unused module import (gnu packages ed) from (gnu packages commencement).

* gnu/packages/commencement.scm: Remove (gnu packages ed) module import.

gnu: emacs: Add librsvg to inputs.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs)[inputs]: Add librsvg.
  (emacs-no-x)[inputs]: Remove librsvg from inherited inputs.

gnu: linux-libre: Fix drm_wait_one_vblank warnings.

* gnu/packages/patches/linux-libre-vblank-fix.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/linux.scm (linux-libre)[source]: Add patch.

gnu: glib: Add search path specification for 'GIO_EXTRA_MODULES'.

* gnu/packages/glib.scm (glib): Add specification for 'GIO_EXTRA_MODULES'.

gnu: Add glib-networking.

* gnu/packages/gnome.scm (glib-networking): New variable.

gnu: cairo: Update to 1.14.2.

* gnu/packages/gtk.scm (cairo): Update to 1.14.2.

gnu: glib: Update to 2.44.0.

* gnu/packages/glib.scm (glib): Update to 2.44.0.

gnu: gettext: Link explicitly to libexpat, again.

* gnu/packages/gettext.scm (gnu-gettext): Re-enable patch from
  0e4e4b1329bcf881620f230fda60b6b63d1f8356 to explictly link to
  libexpat.  Otherwise libexpat was searched at runtime via dlopen,
  which obviously doesn't work in a Guix context.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: util-linux: Install Bash completions under 'etc/bash_completion.d'.

* gnu/packages/linux.scm (util-linux)[arguments]: Pass
  --with-bashcompletiondir.

linux-initrd: Add virtio drivers by default.

* gnu/system/linux-initrd.scm (base-initrd): Change #:virtio? default
  to #t.  This will facilitate the use of GuixSD in VM guests.

Add Andy to 'AUTHORS'.

system: Take kernel modules from the user-specified kernel.

* gnu/system/linux-initrd.scm (base-initrd): Add #:linux option to
  specify the linux kernel to use.
* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm): Propagate
  #:linux to base-initrd.
* gnu/system.scm (operating-system-initrd-file): Pass #:linux to
  'make-initrd'.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: nginx: Clean up installation directories.

* gnu/packages/web.scm (nginx): Add 'fix-root-dirs' phase.

gnu: nginx: Use modify-phases syntax.

* gnu/packages/web.scm (nginx): Use modify-phases syntax.

gnu: Add livestreamer.

* gnu/packages/video.scm (livestreamer): New variable.

gnu: Add python-singledispatch.

* gnu/packages/python.scm (python-singledispatch, python2-singledispatch): New
  variables.

gnu: python-requests: Fix Python 2 version and add support for Python 3.

* gnu/packages/python.scm (python-requests): New variable.
  (python2-requests): Generate based on Python 3 variant.

gnu: gnome-mines: Update to 3.16.0.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-mines): Update to 3.16.0.

gnu: gsettings-desktop-schemas: Enable GObject introspection.

* gnu/packages/gnome.scm (gsettings-desktop-schemas)[native-inputs]:
  Add gobject-introspection.

gnu: gsettings-desktop-schemas: Update to 3.16.0.

* gnu/packages/gnome.scm (gsettings-desktop-schemas): Update to 3.16.0.

gremlin: Ignore non-store file names in RUNPATH and warn about them.

* guix/build/gremlin.scm (validate-needed-in-runpath)[runpath]:
  Add (filter absolute-file-name? ...).
  Emit a warning when RUNPATH file names that do not match
  'store-file-name?'.  Change format of error message to begin with file
  name.
* guix/build/utils.scm (store-file-name?): New procedure.

gnu: ghostscript: Add $libdir to the RUNPATH of executables.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20050>.
Reported by taylanbayirli@gmail.com (Taylan Ulrich Bayırlı/Kammer).

* gnu/packages/patches/ghostscript-runpath.patch: New file.
* gnu/packages/ghostscript.scm (ghostscript)[source]: Use it.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: ghostscript: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/ghostscript.scm (ghostscript)[arguments]: Use
  'modify-phases' instead of a chain of 'alist-cons-after'.

gnu: ghostscript: Make sure phases don't fail.

* gnu/packages/ghostscript.scm (ghostscript)[arguments]: Wrap 'system*'
  calls in (zero? ...).

gnu: Add aalib.

* gnu/packages/video.scm (aalib): New variable.

gnu: Add WavPack.

* gnu/packages/audio.scm (wavpack): New variable.

gnu: Add libshout.

* gnu/packages/xiph.scm (libshout): New varibale.

gnu: Add libavc1394.

* gnu/packages/linux.scm (libavc1394): New variable.

gnu: Add libraw1394.

* gnu/packages/linux.scm (libraw1394): New variable.

gnu: Add icecast.

* gnu/packages/xiph.scm (icecast): New variable.

gnu: openssl: Set appropriate RUNPATH on shared libraries.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20041>.
Reported by taylanbayirli@gmail.com (Taylan Ulrich Bayırlı/Kammer).

* gnu/packages/patches/openssl-runpath.patch: New file.
* gnu/packages/openssl.scm (openssl)[source]: Use it.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

scripts: Add 'publish' command.

* guix/scripts/publish.scm: New file.
* po/guix/POTFILES.in: Add it.
* tests/publish.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add script module.
  (SCM_TESTS): Add test module.
* doc/guix.texi ("Invoking guix publish"): New node.

store: Add query-path-info operation.

* guix/store.scm (<path-info>): New record type.
  (read-path-info): New procedure.
  (read-arg): Add 'path-info' syntax.
  (query-path-info): New variable.
* tests/store.scm ("query-path-info"): New test.

gnu: node: Update to 0.12.2.

gnu: Add gnome-terminal.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-terminal): New variable.

gnu: Perl GD: Add stub patch.

This is a temporary fix to enable hydra to complete evaluations, which were
broken by f7ee7a9b06a386863d7752ba028a79bb98d3504d due to a missing patch
file.  The real patch will be put into place in a later commit.

* gnu/packages/patches/perl-gd-options-passthrough-and-fontconfig.patch:
  New file.  This is just a stub.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: source-highlight: Remove obsolete patch.

This should have been done in a952b10c23c9ca5931793d862a718b55492a046d.

* gnu/packages/patches/source-highlight-regexrange-test.patch: Remove.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove it.
* gnu/packages/pretty-print.scm (source-highlight)[source]: Remove patch.

gnu: ed: Update to 1.11.

* gnu/packages/ed.scm (ed): Update to 1.11.

gnu: source-highlight: Update to 3.1.8.

* gnu/packages/pretty-print.scm (source-highlight): Update to 3.1.8.

build-system: Add haskell-build-system.

* guix/build-system/haskell.scm: New file.
* guix/build/haskell-build-system.scm: New file.
* doc/guix.texi: Add section on 'haskell-build-system'.

gnu: ghc: Fix i686 build.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-bootstrap-7.8.4): Replace with ...
  (ghc-bootstrap-i686-7.8.4, ghc-bootstrap-x86_64-7.8.4): ... these.
  (ghc)[native-inputs]: Select the appropriate bootstrap.

gnu: Add Catalyst-View-JSON.

* gnu/packages/web.scm (perl-catalyst-view-json): New variable.

gnu: Add Perl YAML.

* gnu/packages/perl.scm (perl-yaml): New variable.

gnu: Add Test-YAML.

* gnu/packages/perl.scm (perl-test-yaml): New variable.